运行档案 / T2:heart:val_interp / 10-03 04:34
G24 T2/T3 首跑 / D 组
先看终选决定，再沿节点查看方法、代码改动和对话证据。
终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。
n21
本运行目标 66.96（种子 0 单次）
节点?搜索树里的每个候选程序。
29
已打分 23
官网分?官网 P2 返回的真实分数。
—
还没有提交或还没有分数
大模型调用次数?各角色（调研员、工程师、分析员、审查员）调用大模型的次数。
96
分析员 21、工程师 21、调研员 23、审查员 13、tune 18
实际结果与评分依据
搜索目标、护栏和诊断分开阅读。不同真值分片或 seed 的同名尺子保留各自记录。
| 尺子 | 用途 | 分数 | 评分上下文 |
|---|---|---|---|
| proxy | 搜索目标复测 | 67.0 | 真值 B 半 / 3 个 seed均值 |
| X2 | 终检诊断 | 47.9 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
来历?终选程序从种子程序一步步改过来的路径，每一步都写了改了什么、分数变了多少。
括号里的分差只表示变化方向，不代表统计显著性。
n2 种子
seed mix
搜索目标分 59.50 · proxy 59.50 · 3 次复测均分 59.36
审查意见?审查员（Reviewer）检查程序是否越界读取、写死目标或钻评分器漏洞后的意见。 通过 seed (human-written, locked)
↓
n5 改进
分型 Sinkhorn OT 重心投影插值（T2HI-02）：mix 组成不变，共有类型细胞沿表达匹配的传输路径按 gamma·t 向对侧重心位移坐标；机制在代理上单调伤 shape/cell_state，最终取最温和配置 coords+gamma0.25，仍略低于父节点 mix。
搜索目标分 59.52（+0.0） · proxy 59.52（+0.0） · 3 次复测均分 59.11
分析员结论?分析员（Analyst）看完分数后写下的第一条经验。：分型 Sinkhorn OT 重心位移（γ=0.25、仅坐标）叠在 mix 组成上：榜分 59.50→59.52（+0.02），四个分组全部在 T2 噪声内，机制没有产生可测收益，代价是耗时 1.4→19.1s、内存 0.46→1.03GB。
↓
n7 改进
mix 组成不变，把每类型内的 i.i.d. 随机抽样换成空间连续簇抽样（k-NN 贪心区域生长，k=25、每型约 10 簇），输出继承源阶段局部邻域结构；A 半 62.4，local_spatial 53.5→64.6。
搜索目标分 62.61（+3.1） · proxy 62.61（+3.1） · 3 次复测均分 61.92
分析员结论：在 mix 组成不变的前提下，把类型内随机抽样换成空间连续簇抽样（k=25, n_clusters=10），local_spatial 提升 +11.35，总榜分 +3.10（62.61 vs 59.52），而 expr/state/shape 三组不动——证明局部空间结构是 local_spatial 的主导因素且可通过抽样策略单独优化。
审查意见 通过 检查1（越界读取）：未发现问题。run.py 只经 src.task2_spatial.view_io 从 --data 视图目录读取（load_manifest/panel_genes/read_stage），cluster_sample.py 仅用 numpy/scipy，无绝对路径、'..'、/mnt、data/raw、评分器路径，无联网代码（grep 全文无 requests/urllib/http）。; 检查2（硬编码目标统计
↓
n8 改进
在父节点簇抽样（k=25,n_clusters=10）上，把 Procrustes 对齐的地标从 exact-name 共有类型换成跨类型表达相关贪心匹配对（Pearson r≥0.3、每侧≥30 细胞），组成/表达/配额逻辑不变。
搜索目标分 63.52（+0.9） · proxy 63.52（+0.9） · 3 次复测均分 62.27
分析员结论：两个正交机制（对齐质量 x 抽样策略）可以叠加：本节点只改对齐地标，shape_scale +3.15 而 local_spatial/expression_change/cell_state 不动，说明簇抽样收益未被破坏，收益归属清晰。
审查意见 通过 检查项1（越界读取）：未发现问题——run.py 只经 view_io（load_manifest/panel_genes/read_stage）读取 --data 视图数据，仅 import 任务库 src.task2_spatial.frame/methods/sample/transport/view_io（非打分器 src/common/evaluation），全部源码无 open()/绝对路径/'..'/mnt/home/da
↓
n11 改进
实现并对照 PLAN 的 FPS 播种机制（T2HI-04），代理上 FPS 各变体及对齐加权/阈值/簇数微调均未超父节点 8，故提交回退已验证父配置（随机播种，与 node8 逐位相同）。
搜索目标分 63.52（+0.0） · proxy 63.52（+0.0）
分析员结论：在该 T2 心脏插值代理上，用 FPS 替代随机播种选簇种子：occupancy_dice 不升（0.810–0.829 vs 父 0.828），local_spatial 反降 3+ 分（neighborhood_mmd 0.0518→0.058），因为 FPS 种子落在型云最远点/边缘，区域生长出的簇处于 5-NN 稀疏区——最远点覆盖类播种对邻域结构指标有固有伤害，jitter(σ=0.02·RMS) 缓解有限。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——候选代码（run.py/cluster_sample.py/matched_align.py）无任何直接文件 I/O、网络或绝对路径，数据读取全部经 view_io 的 load_manifest/read_stage/interp_bracket（run.py:79-89）走视图清单；imports 仅限 src.task2_spatial 提供的库，未触及 src/common/evaluation 或目
↓
n13 改进
在父 mix+簇抽样上压实尺度校正：target RMS 乘 K^(4t(1−t))（K=0.62，中点峰、端点为 1），修正心脏窗口非单调压实导致的 log 线性系统过冲；其余路径逐位不变。
搜索目标分 67.43（+3.9） · proxy 67.43（+3.9） · 3 次复测均分 66.18
分析员结论：当 log 线性尺度插值系统过冲（预测 RMS 346 vs 目标 ~217）时，对 target RMS 做只依赖 t 的 bump 形乘性下修 K^(4t(1-t))（K=0.62）可把 shape_scale 从 55.9 拉到 71.6（+15.65），且 expression/cell_state/local_spatial 三组逐位不变——均匀全局缩放对这三组指标是零成本的。
审查意见 通过 检查项1（越界读取）：未发现问题。run.py 只经 view_io 的 load_manifest/panel_genes/interp_bracket/read_stage/write_t2 用 args.data/args.out 访问数据，无绝对路径、.. 、/mnt、/home、data/raw、downloads、src/common/evaluation 读取，无 requests/urllib/http/socket 联
↓
n19 改进
在父 mix+簇抽样+压实尺度上叠加类型级表达均值时间插值：共有类型细胞加逐基因偏移 γ·t·Δ（a 侧）/−γ·(1−t)·Δ（b 侧），只校正高表达基因（mean>2），γ=2，坐标不动。
搜索目标分 68.38（+0.9） · proxy 68.38（+0.9） · 3 次复测均分 66.96
分析员结论：类型级表达均值时间平移在 T2:heart:val_interp 上有效：榜分 67.43→68.38（+0.95），主要收益在 expression_change 和 local_spatial，shape_scale 逐位不受影响（表达校正与坐标校正正交，可安全叠加）。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题。数据读取全部经 src.task2_spatial.view_io（load_manifest/read_stage/panel_genes，run.py:205-215），路径来自 --data 视图；全代码无 open()/绝对路径/../、无网络库。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题。新机制 apply_type_mean_shift（run.py:111-156）的 pseudobulk 均值、共有类
↓
实现 PLAN 的逐类型自适应簇粒度（n_clusters_c=clip(n_cells_c/TCS,3,25)、k_c 同步自适应）并做 ON/OFF 对照；代理上 4 档 TCS 全部低于父配置（local_spatial 66.92→64.7–66.3），按 PLAN 步骤 5 提交关闭态，输出与父节点 19 逐位一致。
搜索目标分 68.38（+0.0） · proxy 68.38（+0.0） · 3 次复测均分 66.96
分析员结论：在本管线（K=0.62 压实 + 固定 n_clusters=10）下，把大类型的大块连续簇打碎（自适应到最多 25 簇）对 neighborhood_mmd 的伤害（0.0476→0.0490–0.0525）大于小类型去碎片化的收益，local_spatial 在 TCS∈[120,300] 全档下降，簇粒度维度双向饱和。
审查意见 通过 检查1（越界读取）：未发现问题——所有数据 IO 均通过 src.task2_spatial.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 基于 --data 完成（run.py:226-236），solution/*.py 中无 open()、无绝对路径、无 ..//mnt//home/data/raw、无网络库导入；README.md:5 提到的 data/processed h5ad
搜索树?每个点是一个节点，连线从父节点指向子节点；颜色表示结果。
蓝色粗线是来历路径；鼠标停在点上看节点，点一下打开节点页。
已打分?程序正常跑完并拿到分数。没有改动?这次会话没有对代码做任何修改。
搜索分数的变化?横轴是从运行开始算起的分钟数，纵轴是到那时为止最好的搜索目标分。
全部节点与对话（29）
| 节点 | 父节点 | 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 状态 | 搜索目标分?搜索用来比较节点的分数（各把尺子按权重合成，种子 0 单次）。 | 比父节点?这个节点的分数减去它父节点的分数；正数是变好。 | proxy?替代题：用手头已知阶段造的本地考题，T1 是用 E8.5 预测 E9.5。 | 3 次复测?换 3 个随机种子各跑一次取平均 ± 标准差，比单次分更稳。 | 审查 | 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| n1 | — | 种子 | 已打分 | 48.7 | — | 48.7 | 48.6 | 通过 | 不到 1 分 | seed copy_last |
| n2 | — | 种子 | 已打分 | 59.5 | — | 59.5 | 59.4 | 通过 | 不到 1 分 | seed mix |
| n3 | n2 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 1 分 | — |
| n4 | n1 | 改进 | 已打分 | 59.9 | +11.2 | 59.9 | 59.6 | 通过 | 18 分 | 类型匹配混合插值（matched-align mix）+ 类型位移机制（对照显示代理上有害，提交关闭） |
| n5 | n2 | 改进 | 已打分 | 59.5 | +0.0 | 59.5 | 59.1 | 未审查 | 20 分 | 分型 Sinkhorn OT 重心投影插值（T2HI-02）：mix 组成不变，共有类型细胞沿表达匹配的传输路径按 gamma·t 向对侧重心位移坐标；机制在代理上单调伤 shape/cell_state，最终取最温和配置 coords+gamma0.25，仍略低于父节点 mix |
| n6 | n4 | 改进 | 已打分 | 59.9 | +0.0 | 59.9 | — | 未审查 | 17 分 | 相关加权Procrustes+PCA规范化+残差剔除+z网格均衡：PLAN机制全部实现并对照，加权/剔除/z均衡均有害，提交=父节点对齐+PCA规范化（中性） |
| n7 | n5 | 改进 | 已打分 | 62.6 | +3.1 | 62.6 | 61.9 | 通过 | 13 分 | mix 组成不变，把每类型内的 i.i.d. 随机抽样换成空间连续簇抽样（k-NN 贪心区域生长，k=25、每型约 10 簇），输出继承源阶段局部邻域结构；A 半 62.4，local_spatial 53.5→64.6。 |
| n8 | n7 | 改进 | 已打分 | 63.5 | +0.9 | 63.5 | 62.3 | 通过 | 21 分 | 在父节点簇抽样（k=25,n_clusters=10）上，把 Procrustes 对齐的地标从 exact-name 共有类型换成跨类型表达相关贪心匹配对（Pearson r≥0.3、每侧≥30 细胞），组成/表达/配额逻辑不变。 |
| n9 | n4 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 2 分 | — |
| n10 | — | 草稿 | 已打分 | 63.0 | — | 63.0 | 62.2 | 未审查 | 19 分 | T2HI-01 draft：对齐后按 logit 插值类型组成，共有类型内用 k-NN 区域生长抽样并对每个细胞与对侧表达最近邻做伪批量凸组合插值，坐标保留真实对齐位置。 |
| n11 | n8 | 改进 | 已打分 | 63.5 | +0.0 | 63.5 | — | 通过 | 18 分 | 实现并对照 PLAN 的 FPS 播种机制（T2HI-04），代理上 FPS 各变体及对齐加权/阈值/簇数微调均未超父节点 8，故提交回退已验证父配置（随机播种，与 node8 逐位相同）。 |
| n12 | n10 | 改进 | 已打分 | 63.0 | +0.0 | 63.0 | — | 未审查 | 25 分 | 在父节点10实现跨类型表达相关匹配对齐(matched-align)替代exact-name作Procrustes地标；机制激活(22匹配对)但shape_scale未提升(55.2–56.2 vs 56.21)，按PLAN回退关闭，提交=父节点行为。 |
| n13 | n11 | 改进 | 已打分 | 67.4 | +3.9 | 67.4 | 66.2 | 通过 | 17 分 | 在父 mix+簇抽样上压实尺度校正：target RMS 乘 K^(4t(1−t))（K=0.62，中点峰、端点为 1），修正心脏窗口非单调压实导致的 log 线性系统过冲；其余路径逐位不变。 |
| n14 | n12 | 改进 | 已打分 | 63.0 | +0.0 | 63.0 | — | 未审查 | 10 分 | 按 PLAN 在 T2HI-01 输出坐标端实现确定性 PCA 规范化（减质心→PCA 旋转→det=+1→三阶矩定向）并做 ON/OFF 对照；对照显示形状对齐已旋转不变、规范化仅微伤 occupancy，按 PLAN 判据关闭提交，产物与父节点12逐位一致。 |
| n15 | n13 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 2 分 | — |
| n16 | n11 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 2 分 | — |
| n17 | — | 草稿 | 已打分 | 59.5 | — | 59.5 | — | 未审查 | 31 分 | T2HI-02：保z Procrustes对齐的mix+FGW耦合kNN平滑位移场（每端≤1200锚点，α=0.5，γ可开关）；代理对照显示位移场升邻域但塌形状，按PLAN判据提交关闭态（=对齐mix）。 |
| n18 | — | 草稿 | 已打分 | 56.0 | — | 56.0 | — | 未审查 | 17 分 | 表达PCA+相对几何联合latent的Sinkhorn配对插值（T2HI-03 draft）：a侧细胞经OT配偶做表达凸组合，坐标保真实（γ=0），mix配额/对齐/压实尺度为复用部件。 |
| n19 | n13 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.9 | 68.4 | 67.0 | 通过 | 24 分 | 在父 mix+簇抽样+压实尺度上叠加类型级表达均值时间插值：共有类型细胞加逐基因偏移 γ·t·Δ（a 侧）/−γ·(1−t)·Δ（b 侧），只校正高表达基因（mean>2），γ=2，坐标不动。 |
| n20 | n14 | 改进 | 已打分 | 66.9 | +3.9 | 66.9 | 66.1 | 通过 | 12 分 | 在 T2HI-01 插值上把 log-线性 target RMS 乘压实因子 K^(4t(1−t))（K=0.62，端点为1、中点最大），修正心脏窗口尺度过冲；shape_scale 56.2→71.9，A半 62.6→66.5。 |
| n21 | n19 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.0 | 68.4 | 67.0 | 通过 | 13 分 | 实现 PLAN 的逐类型自适应簇粒度（n_clusters_c=clip(n_cells_c/TCS,3,25)、k_c 同步自适应）并做 ON/OFF 对照；代理上 4 档 TCS 全部低于父配置（local_spatial 66.92→64.7–66.3），按 PLAN 步骤 |
| n22 | n20 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 31 分 | — |
| n23 | n21 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.0 | 68.4 | — | 不通过 | 7 分 | 实现 PLAN 的类型内 kNN 空间表达平滑（每细胞与同型 k 空间近邻均值按 λ 混合，叠加在 γ=2 型均值平移之后）并做 ON/OFF 对照；代理上 cell_state 随 λ 单调下降（67.10→64.13）、local_spatial 持平，机制证伪，按节点 11 |
| n24 | n21 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.0 | 68.4 | 67.0 | 通过 | 12 分 | 实现 PLAN 的基因级信噪比收缩表达时移（每基因乘 s=Δ²/(Δ²+κV)，V=两侧型内方差均值+ε）并做 ON/OFF 对照；代理上 κ=1.0 与 κ=0.5 均不超父（board 随 κ 减小单调回到父值），按 PLAN 回退判据以关闭态提交，输出与父节点 21（=19 |
| n25 | n19 | 改进 | 已打分 | 68.4 | -0.0 | 68.4 | 67.0 | 未审查 | 12 分 | 在父节点19类型级表达均值平移上，把标量γ换成逐基因自适应γ_eff[g]=γ·clamp(|Δ[g]|/σ_pooled[g]/d_ref,0,1)（型内合并std现场计算），并提交γ=3.5、d_ref=1.5：高时间信噪比基因全额外插、低信噪比基因衰减。 |
| n26 | n24 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.0 | 68.4 | 67.0 | 通过 | 11 分 | 表达时移扩展到 matched_align 跨类型相关匹配对（γ 按 r 幂次加权）；代理上 expr +2 但 cell_state −1.6、board +0.2（噪声内），按判据提交关闭态（=父，逐位一致）。 |
| n27 | n25 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 2 分 | — |
| n28 | n21 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.0 | 68.4 | 67.0 | 通过 | 12 分 | 实现 PLAN 的类型内表达方差时间插值（每个同名共有类型逐基因把源侧细胞的型内残差按 std_t=(1−λw)std_src+λw·std_other 缩放，clip [0.5,2]，min_mean>2 过滤）并做 ON/OFF 对照；代理上 λ=1.0/0.5 均未达 PL |
| n29 | n26 | 改进 | 已打分 | 68.4 | +0.0 | 68.4 | 67.0 | 通过 | 6 分 | 扫描表达时移幅度 γ∈{2.5,3.0} 与压实因子 K∈{0.55,0.60,0.65,0.70}：均不超父 +1（最优 γ=2.5 仅 +0.11，K=0.62 为局部最优），按 PLAN 判据提交关闭态（=父，逐位一致）。 |
资源消耗与失败情况
没有改动 6
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 大模型调用次数 | 失败 | 总用时 | 输入 token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输出 token |
|---|---|---|---|---|---|
| 分析员 | 21 | 0 | 13 分 | 241,332 | 39,165 |
| 工程师 | 21 | 0 | 4 小时 33 分 | 1,271,652 | 442,995 |
| 调研员 | 23 | 0 | 54 分 | 233,242 | 129,411 |
| 审查员 | 13 | 0 | 35 分 | 375,086 | 85,898 |
| tune | 18 | 0 | 12 分 | 141,323 | 29,026 |
运行配置与来源
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-043412-search-t2-heart-interp-g24-D-s1 10-03 04:34 · 自动搜索 · T2:heart:val_interp · G24 T2/T3 首跑 · D 组 · s1 |
|---|---|
| 题目?比赛的哪道题、哪个阶段，例如 T1:val 是第 1 题的验证阶段。 | T2:heart:val_interp |
| 方式?自动搜索：ERA 式搜索树，多个节点不断改进程序；单 Agent：一个 Agent 会话从头做到尾。 | 自动搜索 |
| 搜索目标?这次运行用哪几把尺子、按什么权重合成分数来比较节点；目标不同的运行，最佳分不能直接比。 | proxy；终检 X2；护栏 proxy |
| 状态 | 已结束 |
| 开始 / 结束 | 10-03 04:34 / 10-03 08:14 |
| 用时 | 3 小时 40 分 / 预算 4 小时 |
| 所在副本?运行目录所在的代码副本（Spark 上 ~/vec 下的哪个目录）。 | 2026_virtual_embryo |
出处?这次运行用的代码、配置、数据和模型的指纹，靠它们可以原样找回并复现。
| 代码版本?运行锁定时代码仓库的 git 提交号；带 +dirty 表示当时有未提交的改动。 | e2bd93010911075060bdfd728e71fdb880af58e4 |
|---|---|
| 版本标签?可提交运行在锁定的提交上打的 git 标签 run/<运行编号>，以后能原样找回代码。 | — |
| 配置文件 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-heart-interp-g24-D-s1/config_source.yaml 配置指纹 e1f62686fee33098 |
| 锁定指纹?启动时把配置、代码、提示词等全部锁定后算出的总指纹。 | 0420d54ef7d4dab2 锁定格式 v8 |
| 运行专用代码副本?启动时为这次运行单独检出的一份只读代码；运行全程只读它，不受主副本更新影响。 | 目录存在 /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-heart-interp-g24-D-s1/code |
| 打分口径指纹?打分器、数据视图、种子等合起来的指纹；指纹相同，分数才能直接比较。 | e9275e3a9c25ee9e |
| 数据视图指纹?程序能看到的输入数据文件的指纹，按视图汇总成一个短指纹。 | final：23 个文件，指纹 a426ceccd34c4666 proxy：20 个文件，指纹 5b83f22cc8c89b58 test：19 个文件，指纹 7982bdcbdbe0a565 |
| 大模型?每个角色用的大模型；括号里是接口实际报告的模型名。 | 分析员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 工程师：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 调研员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 审查员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） |
| 运行目录 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-heart-interp-g24-D-s1 主机 spark-ad3f |
| 提交账本?notes/changelogs/submissions.tsv：每次上传官网的记录和返回的官网分。 | 这次运行没有提交过官网 |
| 迭代报告?运行结束后自动生成的中文复盘报告（notes/reports/runs）。 | 还没有迭代报告 |