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节点 n29

扫描表达时移幅度 γ∈{2.5,3.0} 与压实因子 K∈{0.55,0.60,0.65,0.70}：均不超父 +1（最优 γ=2.5 仅 +0.11，K=0.62 为局部最优），按 PLAN 判据提交关闭态（=父，逐位一致）。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 9ac3c707f1:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 54558c6420。改动的文件：solution/METHOD.md +38 −44

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 683f0c8..0e20470 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,57 +1,51 @@-表达时移扩展到 matched_align 跨类型相关匹配对（γ 按 r 幂次加权）；代理上 expr +2 但 cell_state −1.6、board +0.2（噪声内），按判据提交关闭态（=父，逐位一致）。+扫描表达时移幅度 γ∈{2.5,3.0} 与压实因子 K∈{0.55,0.60,0.65,0.70}：均不超父 +1（最优 γ=2.5 仅 +0.11，K=0.62 为局部最优），按 PLAN 判据提交关闭态（=父，逐位一致）。 -## 方法（family T2HI-01，improve）+## 方法（family T2HI-01，improve，节点 29） -基座与父节点 24（=21=19=13）完全相同：mix 插值（按 t 从括号两端分层抽真实细胞）-+ 空间连续簇抽样（k=25、每型 10 簇）+ matched-align Procrustes（r≥0.3 贪心跨类型地标）-+ 压实尺度校正（K=0.62）+ 类型级表达均值时移（γ=2，mean>2 基因，clip [0,∞)）。+提交态 = 父节点 26 的关闭态（与节点 19/21/24 逐位一致）：+mix 插值（按 t 从括号两端分层抽真实细胞）+ 空间连续簇抽样（k=25、每型 10 簇）++ matched-align Procrustes（r≥0.3 贪心跨类型地标）+ 压实尺度校正+（target RMS × K^(4t(1−t))，K=0.62）+ 类型级表达均值时移+（同名共有类型，逐基因偏移 γ·t·Δ / −γ·(1−t)·Δ，mean>2 基因，clip [0,∞)，γ=2）。+单输入阶段（b is None）不进平移/缩放分支。代码相对父节点零改动。 -本节点机制（PLAN 指定）：把表达时移的配对从**同名交集**（仅 5 对）扩展到-matched_align 已算出的**跨类型表达相关贪心匹配对**（r≥min_r 过滤），每对-γ_pair = γ_base·(r/min_r)^α。开关 `T2_EXPR_SHIFT_MODE=matched|name`（默认 name）、-`T2_SHIFT_MIN_R`（默认 0.4）、`T2_SHIFT_ALPHA`（默认 0）、`T2_SHIFT_SAME_NAME_ONLY`（消融）。-min_mean=2 过滤、[0,∞) 截断、其余路径不变。单输入阶段（b is None）同父，不进平移分支。+## 本节点实验（PLAN：γ 完备插值校正 + K 精调，A 半代理 E8.25+E9.5→E8.75） -## 机制生效证据（stderr JSON，A 半代理 E8.25+E9.5→E8.75，t=0.4）+父关闭态代理 board = 67.79。每次 vec-score 为一个配置（12 次查询，含 6 次输出截断重查）： -- 配对数：matched 21 对（min_r=0.4）vs name 5 对；机制确实改变了更多细胞-  （如 ExEM-2→early-VEC 881/179 个、NCC→NCC 619/341 个被平移）。-- 新对 ‖Δ‖ 14–27，与同名对同量级；高 r 对生物学合理（Endo↔Great Artery Endoth-  r=0.86、JCF↔Peri 0.84、IFT-CM↔A-CM 0.81、d-CSE↔SE 0.77）。-- 四组分变化（vs name 对照）：expression_change +2.80（66.13→68.93 @r0.4）、-  cell_state −4.64、local_spatial −0.78、shape_scale +0.00（坐标不动，符合设计）。+| 配置 | board | expr | cell_state | shape | local |+|---|---:|---:|---:|---:|---:|+| γ=2.5（K=0.62） | 67.90 | 66.31 | 67.25 | 71.01 | 67.05 |+| γ=3.0（K=0.62） | 67.84 | 66.06 | 67.33 | 71.01 | 66.97 |+| K=0.55（γ=2） | 66.47 | — | — | 65.72 | — |+| K=0.60（γ=2） | 67.59 | — | — | 70.19 | — |+| K=0.65（γ=2） | 67.11 | — | — | 68.28 | — |+| K=0.70（γ=2） | 66.24 | — | — | 64.82 | — | -## 对照与网格（vec-score A 半，seed 0；父 name=67.79）+结论：+1. γ 幅度方向（PLAN 假设「γ=2 欠插值、γ≈1/t≈2.5 完备插值应升 expr」）**未被证实**：+   γ=2.5 时 expr 66.31 反而低于父的 66.67，board +0.11 在噪声内；γ=3.0 更低。+   expr 对 γ 在 [2,3] 上平坦/微降，与节点 25（基因级 γ）和节点 26（配对扩展）一致：+   expression_change 在 γ=2、同名全覆盖处已是局部最优。+2. K 邻域单调劣于 0.62（shape：0.55→65.7、0.60→70.2、0.62→71.6、0.65→68.3、0.70→64.8），+   K=0.62 是尖锐局部最优，无收益空间。+3. 组合步骤（PLAN 步骤 3）无意义：两个维度各自最优都是当前父配置。 -| 配置 | board | expr | cell_state | local_spatial |-|---|---:|---:|---:|---:|-| name（父，OFF 对照） | 67.79 | 66.13 | 67.10 | 66.92 |-| matched r0.4 α0 | 67.13 | 68.93 | 62.46 | 66.14 |-| matched r0.6 α0 | 67.58 | 68.40 | 64.14 | 66.76 |-| matched r0.7 α0 | 67.99 | 68.12 | 65.46 | 67.37 |-| matched r0.7 α1 | 67.83 | 67.85 | 65.22 | 67.24 |-| matched r0.75 / r0.8 α0 | 67.16 / 67.08 | 65.56 / 65.14 | 65.59 / 66.00 | 66.49 / 66.17 |-| matched r0.7 仅同名（1 对） | 67.39 | 65.29 | 67.32 | 65.92 |+## 机制对照（mechanism_off_control） -结论：expr 随配对放宽单调上升、cell_state 单调下降，board 最高仅 +0.20（r0.7），-远小于 ~2 分噪声，也不满足「>父+1 才提交」判据 → 按 PLAN 回退，提交关闭态。-消融显示：仅同名+r 过滤（1 对）反而 −0.40，说明 name 模式的 5 个无过滤同名对-本身已是好配置；r0.7 的微小领先来自 12 对混合，不可靠。+关闭态 = 默认环境变量（T2_EXPR_GAMMA=2, T2_CONTRACT_K=0.62, T2_EXPR_SHIFT_MODE=name），+输出与父节点逐位一致（代码未改动，同 seed 同输出）。开启态（γ=2.5 / K≠0.62）确实改变了+输出（board 差 0.1–1.5 分、shape 随 K 单调变化），机制生效但无正收益。+按 PLAN 步骤 4 判据「组合需超父 +1 才提交，否则提交关闭态」，提交关闭态。 -## OFF 对照验证+## 验证与未验证 -默认（无环境变量）走 name 路径，与父节点 24/21/19 逐语句等价；实测默认输出-两次运行逐位一致（np.array_equal），且 A 半查分 67.7899 与父记录 67.79 一致，-四组分 +0.00。--## 验证过 / 未验证--- 验证：代理视图（两输入括号）上 8 个配置、确定性、OFF 逐位对照、vec-check。-- 未验证：真实括号（E8.25+E8.75→E9.0?）上 matched 配对质量；γ_base>2 与 matched-  的组合（父建议的 γ=2.5/3.0 方向未在本节点探，留给后续）。+- 已验证：默认配置在完整 proxy 视图上跑通（1.9s、0.46GB），vec-check ok；+  6 个开启态配置的 A 半代理分。+- 未验证：B 半分数（A/B 差约 ±1，本次所有差异均在噪声内，回退是正确决策）；+  γ<2 方向（γ=1.5）——节点 19 建立 γ=2 时未扫低侧，但 γ 曲线在 [2,3] 平坦，低侧收益预期有限。  ## 知识来源 -仅复用方法卡中已发布阶段的 RMS 轨迹（E8.25/E8.75/E9.5，均为允许输入阶段）与-通用谱系知识（匹配对合理性核对：内皮/心肌/心外膜谱系对应关系，属通用机制知识）。-未使用任何保留阶段（E8.5、E10.5、E12.5、禁窗）或保留基因型信息。+无新增生物学知识；所有参数为纯数值扫描。基座方法沿用父系（mix + 簇抽样 ++matched-align + 压实尺度 + 类型均值时移），来源见父节点 METHOD.md。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

vec-check already passed earlier with the absolute path. Done.

**总结**：按 PLAN 扫描了 γ∈{2.5,3.0}（12 次查询用了 12/20）。γ=2.5 board 67.90（父 67.79，+0.11 噪声内，expr 反降）；K∈{0.55,0.60,0.65,0.70} 全部单调劣于 K=0.62（shape 71.6 是尖锐局部最优）。两个维度均无收益，按判据提交关闭态（与父节点 26 逐位一致），METHOD.md 已记录扫描表与对照。

**下一步最值得试**：expr 对 γ 在 [2,3] 平坦、配对/基因/幅度三个维度都到边界，建议换维度——如 local_spatial（67.3，簇抽样 k/n_clusters 在时移叠加后未重调）或对 b 侧细胞做与 a 侧对称的组成/表达校正；心脏插值四组分已都在 66–72，接近该基座天花板。

调研员

{
  "name": "表达时移插值完备性校正 + 压实深度K精调",
  "motivation": "expression_change 是最弱组（66.67），当前 γ=2 在代理 t≈0.4 时仅完成 80% 均值插值（shift=γ·t·Δ=0.8Δ），存在系统性欠插值的结构偏差。节点 25 的逐基因自适应 γ（γ_base=3.5+d_ref 截断）未改善 expr（66.47，−0.20），说明问题不在基因级权重而在整体幅度。同时 shape_scale（71.58）是唯一不受 expr/cell_state 权衡污染的独立维度，K=0.62 从未在邻域精调（父 ANALYSIS 明确建议扫 K∈{0.55,0.60,0.65,0.70}）。节点 26 证实跨名配对方向已探到边界（expr 与 cell_state 共享权衡轴），本节点不再动配对维度。",
  "approach": "步骤 1（结构校正，针对 expression_change）：在 name 模式（5 个同名对，mean>2，clip≥0）下，将 T2_EXPR_GAMMA 从 2 扫至 {2.5, 3.0}。结构依据：代理括号 t≈0.4，γ=2 给 0.8Δ 欠插值；γ=2.5 给 1.0Δ（完备插值），γ=3.0 给 1.2Δ（轻微过冲，测试非线性轨迹）。若 cell_state 掉幅超过 expr 涨幅的 1.6 倍（节点 26 实测权衡比），立即回退。步骤 2（独立维度，针对 shape_scale）：扫 T2_CONTRACT_K∈{0.55, 0.60, 0.65, 0.70}（当前 0.62）。K 只影响坐标缩放因子 K^(4t(1-t))，不影响表达，与步骤 1 正交。步骤 3（组合）：取步骤 1 和步骤 2 各自最优配置组合，验证叠加效果。步骤 4（判定）：组合配置 board 需超父（67.79 A 半）+1 才提交；否则提交关闭态（=父）。单输入阶段退路：b is None 时不进平移/缩放分支，同父。vec-score 用法：每个配置跑一次 A 半（约 2s），共约 4+4+1=9 次查分，远在 20 次上限内。",
  "expected_groups": ["expression_change", "shape_scale"],
  "risks": "1) γ=2.5/3.0 可能重蹈节点 25 覆辙（expr 不涨或微涨但 cell_state 掉），Engineer 应在第一次查分后立即比较 expr 和 cell_state 的变化方向，若 cell_state 掉 >1.5 而 expr 涨 <1 则跳过剩余 γ 直接做 K 扫描。2) K 邻域可能无改善（0.62 已是局部最优），此时该维度无收益但不损害。3) 代理 A 半与 B 半有 ~1 分噪声，+0.5 以内的差异不可信，需组合配置至少 +1 才提交。",
  "family_id": "T2HI-01",
  "mechanism": "将类型均值时移的幅度参数 γ 从固定 2 校正为匹配实际插值分数 t 的完备插值值（γ≈1/t≈2.5），消除系统性欠插值；同时精调压实因子 K 以修正尺度校正深度。",
  "vs_constant_shift": "常数位移对所有基因/类型施加相同偏移量；本机制的偏移量是逐类型逐基因的（γ·t·Δ[g,c]），且本次修改的是插值完备性（γ 与 t 的匹配关系）和几何压缩深度（K），不是简单加大统一位移。关闭后（γ=2, K=0.62）输出逐位等于父节点。",
  "mechanism_evidence": "Engineer 在 stderr 输出：(1) 每种每种基因的实际位移量 ‖shift‖ 分布（γ=2 vs 2.5 vs 3.0），验证欠插值→完备插值→过冲的梯度；(2) 四组分各自变化（重点 expr 和 cell_state 的增减比）；(3) K 各值下输出 RMS 与目标 RMS 的比值（验证压缩深度变化）；(4) 若 expr 涨而 cell_state 不涨，说明完备插值确实修正了结构偏差而非过拟合。",
  "mechanism_off_control": "设 T2_EXPR_GAMMA=2, T2_CONTRACT_K=0.62（即当前父配置），同一程序跑一次，输出应与父节点逐位一致（np.array_equal）。预期差别：关闭态 = 父（67.79 A 半），开启态在 expr 和/或 shape_scale 上有 ≥1 分变化。若开启态与关闭态逐位一致，说明机制未生效（环境变量未正确传入）。"
}

审查员

REVIEW.json written