运行档案 / T2:heart:val_interp / 10-03 00:49
G24 T2/T3 首跑
先看终选决定，再沿节点查看方法、代码改动和对话证据。
终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。
n18
本运行目标 61.49（种子 0 单次）
节点?搜索树里的每个候选程序。
24
已打分 22
官网分?官网 P2 返回的真实分数。
61.1
官网 P2 返回
大模型调用次数?各角色（调研员、工程师、分析员、审查员）调用大模型的次数。
80
分析员 20、工程师 22、调研员 22、审查员 16
实际结果与评分依据
搜索目标、护栏和诊断分开阅读。不同真值分片或 seed 的同名尺子保留各自记录。
| 尺子 | 用途 | 分数 | 评分上下文 |
|---|---|---|---|
| proxy | 搜索目标复测 | 61.5 | 真值 B 半 / 3 个 seed均值 |
| X2 | 终检诊断 | 53.6 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| T2:heart:val_interp | 官网结果 | 61.1 | 提交预测对应的评分 |
来历?终选程序从种子程序一步步改过来的路径，每一步都写了改了什么、分数变了多少。
括号里的分差只表示变化方向，不代表统计显著性。
n1 种子
seed copy_last
搜索目标分 48.68 · proxy 48.68 · 3 次复测均分 48.60
审查意见?审查员（Reviewer）检查程序是否越界读取、写死目标或钻评分器漏洞后的意见。 通过 seed (human-written, locked)
↓
n6 改进
copy_last 细胞+坐标不变，按细胞型叠加 t×(上bracket型均值−下bracket型均值) 的表达位移；无同名型的细胞借用最近似型位移（超阈值不位移）。
搜索目标分 51.02（+2.3） · proxy 51.02（+2.3） · 3 次复测均分 50.69
分析员结论?分析员（Analyst）看完分数后写下的第一条经验。：在 copy_last 地板（表达不变）上，仅按细胞型叠加时间插值均值位移即可把 expression_change 从 44.26 提到 51.89，但榜分只 +2.34，说明不改细胞组成/坐标的表达修正天花板约 51 分。
↓
n7 改进
双bracket组成插值：按 t 从上下 bracket 分层抽样真实细胞混合，Procrustes 对齐坐标并统一缩放到插值 RMS；型均值位移实测各变体均降分，默认关闭。
搜索目标分 59.50（+8.5） · proxy 59.50（+8.5） · 3 次复测均分 59.36
分析员结论：在两bracket真实细胞混合之上再叠加型均值表达位移（任何方向/借用/仅共有型变体）都会使cell_state和local_spatial下降超过expression_change的收益（proxy实测：双向借用55.26、仅共有型58.80 vs 纯mix 59.07），因为混合的真实细胞已呈现目标时刻表达分布，额外平移把细胞推出该分布并劈裂空间相邻同型细胞。
↓
n10 改进
双bracket组成插值（父节点7）+ 型内近邻坐标融合（T2HI-04）：Procrustes 对齐后，每个共有型的 b 侧细胞向其 a 侧同型最近邻位移 α=1.0，修复型内局部空间连续性，local_spatial 54.0→56.0。
搜索目标分 60.43（+0.9） · proxy 60.43（+0.9） · 3 次复测均分 60.13
分析员结论：在Procrustes全局对齐后，逐细胞的型内最近邻融合（α=1.0，b细胞落到a侧同型最近邻处）使local_spatial +2.6，跨α∈[0.85,1.15]平台一致，证明mix家族的空间瓶颈来自全局刚体对齐无法保证的型内邻域连续性。
审查意见 通过 检查1（越界读取）：未发现问题。run.py 仅通过 view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 读取 manifest['inputs'] 给出的 bracket 阶段（run.py:128-131,170），无绝对路径、'..'、/mnt、data/raw、评分器路径，未使用 external/ 与 prior/，无网络访问。; 检查2（硬编码目标统计量）：未发现问题。所有统计量（t
↓
n11 改进
在节点10的α=1.0型内NN融合后新增型内校准弥散（T2HI_DISP，b细胞加Uniform(0,β·d_med)各向同性随机位移，d_med为该型a侧中位最近邻距离）：proxy全β网格无净提升（shape_scale不动、local_spatial单调变差），机制判失败，提交版默认关闭、输出与节点10逐元素一致。
搜索目标分 60.43（+0.0） · proxy 60.43（+0.0）
分析员结论：在α=1.0 NN融合已把b细胞精确落到a侧位置（b-a NN=0）的条件下，用a侧局部间距d_med（~9.6）做尺度的各向同性随机弥散无法恢复融合抹掉的b侧空间尺度（b-a NN原为200.6）：β≤1时位移（≤5）被完全淹没，β大到起作用（≥10）时位移变成纯噪声直接破坏邻域对齐，local_spatial单调回吐。
↓
n14 改进
在节点10坐标融合框架上，把被融合的b细胞表达向其配对a侧最近邻做逐细胞混合（gamma=1.2轻度过冲以补偿型内方差）：门控于坐标融合、仅共有型、逐细胞异质，非per-type常数位移。
搜索目标分 60.80（+0.4） · proxy 60.80（+0.4） · 3 次复测均分 60.45
分析员结论：在坐标融合(α=1.0)框架下对共有型被融合b细胞做逐细胞NN表达混合(gamma≈1.0-1.3)，expression_change(+1.75)和local_spatial(+1.64)提升但cell_state(-1.88)等量回吐，榜分仅+0.38，在T2噪声(~1)内，PLAN自己的判据(目标组合计>1分)未满足。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题。run.py 只通过框架的 load_manifest/panel_genes/read_stage/interp_bracket（run.py:45-51、169-172、211）读取 manifest 给出的输入阶段，全文无绝对路径、'..'、/mnt、/home、external/、prior/、打分器或 src/common/evaluation 的访问，也没有 open()/np.load/h5py/
↓
n16 改进
按表达差异分位数门控NN表达混合（T2HI-01）：只对被融合b细胞中 ||X_a_nn−X_b|| ≥ 全局 q=0.7 分位数的高失配细胞做 gamma=1.2 逐细胞混合，低失配细胞保持b侧原表达，修复 cell_state 回吐。
搜索目标分 61.21（+0.4） · proxy 61.21（+0.4） · 3 次复测均分 60.90
分析员结论：PLAN判据全部兑现(cell_state回升≥1、expr_change不降、local_spatial降幅<0.5)，但四组净效应汇总到榜分只有+0.41，在T2约1分噪声内——分组层面的机制成功不等于榜分可辨提升，提交前应以多分组净增益>噪声为判据
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——run.py 只通过 load_manifest/read_stage/panel_genes 从 --data 视图读取输入（run.py:174-177），无绝对路径、..、/mnt、/home、目标阶段文件或网络访问；external(MOSTA E9.5) 在 METHOD.md:48 明确未使用。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题——gamma=1.2、gate_q=0.7 等为标量超参数（run
↓
chg_l2门控坐标位移已实现检验：α_low<1单调降分（机制证伪），保留α=1；转向加大高失配细胞表达过冲 γ=1.2→2.8、q=0.7→0.8，A半 60.76→61.35（seed1 61.55）。
搜索目标分 61.87（+0.7） · proxy 61.87（+0.7） · 3 次复测均分 61.49
分析员结论：在型内NN融合框架下对低chg_l2细胞回撤坐标位移（α_low<1）：A半随α_low单调降（60.11@0→60.76@1.0），local_spatial/shape_scale同向单调，证明a侧NN位移对表达已匹配的细胞也有正贡献，'低失配细胞不该被搬移'假设不成立，PLAN风险1兑现。
审查意见 通过 检查1 越界读取：未发现问题——run.py 仅通过 --data 参数经 load_manifest/read_stage/panel_genes 读取视图内输入（run.py:182-185,224），无绝对路径、'..'、/mnt、external、prior 或打分器路径访问，无联网。; 检查2 硬编码目标统计量：未发现问题——代码中的数值均为机制超参数（gamma=2.8、gate_q=0.8、min_count=30、see
搜索树?每个点是一个节点，连线从父节点指向子节点；颜色表示结果。
蓝色粗线是来历路径；鼠标停在点上看节点，点一下打开节点页。
已打分?程序正常跑完并拿到分数。生成失败?会话没能产出可用的程序。
搜索分数的变化?横轴是从运行开始算起的分钟数，纵轴是到那时为止最好的搜索目标分。
全部节点与对话（24）
| 节点 | 父节点 | 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 状态 | 搜索目标分?搜索用来比较节点的分数（各把尺子按权重合成，种子 0 单次）。 | 比父节点?这个节点的分数减去它父节点的分数；正数是变好。 | proxy?替代题：用手头已知阶段造的本地考题，T1 是用 E8.5 预测 E9.5。 | 3 次复测?换 3 个随机种子各跑一次取平均 ± 标准差，比单次分更稳。 | 审查 | 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| n1 | — | 种子 | 已打分 | 48.7 | — | 48.7 | 48.6 | 通过 | 不到 1 分 | seed copy_last |
| n2 | — | 种子 | 已打分 | 59.5 | — | 59.5 | 59.4 | 通过 | 不到 1 分 | seed mix |
| n3 | n2 | 改进 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 31 分 | mix + 表达空间 NN 匹配后的坐标位移插值 |
| n4 | n1 | 改进 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 32 分 | copy_last + 型内表达时间插值（双bracket） |
| n5 | n2 | 改进 | 已打分 | 59.5 | +0.0 | 59.5 | — | 不通过 | 15 分 | mix + 型心残差位移（T2HI-02，钳幅 xy 版）：在 mix 混合云上按共有细胞型的 Procrustes 后质心残差施加分数 t 的位移，位移幅度钳到 0.15×RMS 且只动 xy。 |
| n6 | n1 | 改进 | 已打分 | 51.0 | +2.3 | 51.0 | 50.7 | 未审查 | 8 分 | copy_last 细胞+坐标不变，按细胞型叠加 t×(上bracket型均值−下bracket型均值) 的表达位移；无同名型的细胞借用最近似型位移（超阈值不位移）。 |
| n7 | n6 | 改进 | 已打分 | 59.5 | +8.5 | 59.5 | 59.4 | 未审查 | 25 分 | 双bracket组成插值：按 t 从上下 bracket 分层抽样真实细胞混合，Procrustes 对齐坐标并统一缩放到插值 RMS；型均值位移实测各变体均降分，默认关闭。 |
| n8 | n2 | 改进 | 已打分 | 59.8 | +0.3 | 59.8 | 59.0 | 通过 | 12 分 | mix 空间分层抽样（T2HI-04）：每共有型 xy k-means 分 bin，bin 内按 (1−t,t) 抽两阶段细胞；local_spatial 未提升（3 种子均值 58.99 vs 父 59.36），机制已生效但方向无效。 |
| n9 | n8 | 改进 | 已打分 | 59.8 | -0.0 | 59.8 | 59.2 | 未审查 | 22 分 | mix + 类型级 xy 形状插值（T2HI-02）：共有型质心+协方差对数欧拉插值后仿射重排坐标，位移钳到 0.08×RMS；机制生效但 proxy 上与父节点持平（3 种子均值 59.07 vs 父 59.04）。 |
| n10 | n7 | 改进 | 已打分 | 60.4 | +0.9 | 60.4 | 60.1 | 通过 | 15 分 | 双bracket组成插值（父节点7）+ 型内近邻坐标融合（T2HI-04）：Procrustes 对齐后，每个共有型的 b 侧细胞向其 a 侧同型最近邻位移 α=1.0，修复型内局部空间连续性，local_spatial 54.0→56.0。 |
| n11 | n10 | 改进 | 已打分 | 60.4 | +0.0 | 60.4 | — | 未审查 | 15 分 | 在节点10的α=1.0型内NN融合后新增型内校准弥散（T2HI_DISP，b细胞加Uniform(0,β·d_med)各向同性随机位移，d_med为该型a侧中位最近邻距离）：proxy全β网格无净提升（shape_scale不动、local_spatial单调变差），机制判失败， |
| n12 | n9 | 改进 | 已打分 | 60.7 | +0.9 | 60.7 | 59.9 | 通过 | 12 分 | mix+空间分层上移植型内近邻坐标融合（T2HI-04）：关闭已证无效的形状插值；Procrustes 对齐后，每个共有型的 b 侧细胞用 cKDTree 向其 a 侧同型最近邻做 3D 位移（α=1.0），恢复型内局部空间连续性，表达矩阵不动。 |
| n13 | n12 | 改进 | 已打分 | 60.7 | +0.0 | 60.7 | — | 通过 | 11 分 | 型内NN空间融合后同步表达β混合（T2HI-01）：被融合b细胞表达向其a侧同型最近邻做(1−β)X_b+βX_a线性混合；proxy全β网格净分不高于β=0对照（expr_change/local_spatial升被cell_state等量降抵消），提交默认β=0（输出与父节点 |
| n14 | n11 | 改进 | 已打分 | 60.8 | +0.4 | 60.8 | 60.5 | 通过 | 17 分 | 在节点10坐标融合框架上，把被融合的b细胞表达向其配对a侧最近邻做逐细胞混合（gamma=1.2轻度过冲以补偿型内方差）：门控于坐标融合、仅共有型、逐细胞异质，非per-type常数位移。 |
| n15 | n13 | 改进 | 已打分 | 60.7 | +0.0 | 60.7 | — | 通过 | 12 分 | 外部MOSTA E9.5型均值表达再锚定（T2HI-07）：实现NN融合后b细胞→参考同型真实均值的γ重锚（含varfix），标签门诊断失败（严格共有型0、可靠映射仅NCC 1型/覆盖率15%），按PLAN第1步放弃网格，提交γ=0默认（输出与父节点13逐位一致）。 |
| n16 | n14 | 改进 | 已打分 | 61.2 | +0.4 | 61.2 | 60.9 | 通过 | 10 分 | 按表达差异分位数门控NN表达混合（T2HI-01）：只对被融合b细胞中 ||X_a_nn−X_b|| ≥ 全局 q=0.7 分位数的高失配细胞做 gamma=1.2 逐细胞混合，低失配细胞保持b侧原表达，修复 cell_state 回吐。 |
| n17 | n15 | 改进 | 已打分 | 61.7 | +1.0 | 61.7 | 61.0 | 通过 | 22 分 | 在父节点 NN 融合底座上实现并实测 PLAN 的型内径向尺度匹配（T2HI-02，λ>0 全档阴性、默认关闭），改为提交分位数门控的逐细胞 NN 表达过冲混合（β=2.2、q=0.7）。 |
| n18 | n16 | 改进 | 已打分 | 61.9 | +0.7 | 61.9 | 61.5 | 通过 | 20 分 | chg_l2门控坐标位移已实现检验：α_low<1单调降分（机制证伪），保留α=1；转向加大高失配细胞表达过冲 γ=1.2→2.8、q=0.7→0.8，A半 60.76→61.35（seed1 61.55）。 |
| n19 | n18 | 改进 | 已打分 | 61.8 | -0.1 | 61.8 | 61.4 | 通过 | 12 分 | 实现PLAN T2HI-06：融合坐标云的PCA逐轴异速缩放（实测因子≈1、proxy上结构性退化、分数中性，默认关）与PCA手性canonicalization（det −1→+1、消除取向方差，默认开），关闭对照与节点18逐位一致。 |
| n20 | n17 | 改进 | 已打分 | 62.0 | +0.3 | 62.0 | 61.2 | 通过 | 18 分 | 按失配自适应 NN 表达过冲强度（T2HI-01）：PLAN 的型级 β 实测激活但增益在噪声内；提交逐细胞 β_i=clip(2.8·(mism_i/m_global)^1.5,1.2,3.5)+全局 q0.8 门。 |
| n21 | n19 | 改进 | 已打分 | 61.8 | +0.0 | 61.8 | 61.4 | 通过 | 19 分 | 实现PLAN T2HI-04结构性修复：把型内b→a的1-NN贪心换成容量约束最优指派（LAP），实测local_spatial零响应、shape/expression小幅变差，提交态默认关闭（输出与节点19逐位一致）。 |
| n22 | n20 | 改进 | 已打分 | 62.0 | +0.0 | 62.0 | 61.2 | 通过 | 18 分 | NN融合后型内密度均衡位移（T2HI-04）：重复坐标栈按质量点处理，沿加权密度梯度+确定性去栈方向位移，λ=0.4、k=5、钳幅0.03×RMS，位移后全局RMS精确复原。 |
| n23 | n21 | 改进 | 已打分 | 61.8 | +0.0 | 61.8 | 61.4 | 通过 | 18 分 | 实现PLAN T2HI-01：表达混合靶点从空间1-NN单细胞改为同型a侧k近邻均值（门控仍用1-NN解耦），实测k=3/5与γ联动扫描全部无净增益（≤+0.09，噪声内），提交态取k=1（输出与节点21逐位一致）。 |
| n24 | n22 | 改进 | 已打分 | 62.0 | +0.0 | 62.0 | 61.2 | 通过 | 10 分 | 实现PLAN T2HI-04软kNN高斯加权质心融合（k=8，σ=c·d_med）替代1-NN硬吸附：全c网格实测shape_scale与local_spatial双降、判阴，提交SOFT_C=0（输出与父22逐位一致）。 |
资源消耗与失败情况
生成失败 2
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 大模型调用次数 | 失败 | 总用时 | 输入 token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输出 token |
|---|---|---|---|---|---|
| 分析员 | 20 | 0 | 13 分 | 249,220 | 38,064 |
| 工程师 | 22 | 2 | 5 小时 19 分 | 1,255,582 | 414,538 |
| 调研员 | 22 | 0 | 48 分 | 237,410 | 112,743 |
| 审查员 | 16 | 0 | 34 分 | 454,004 | 76,622 |
运行配置与来源
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24 10-03 00:49 · 自动搜索 · T2:heart:val_interp · G24 T2/T3 首跑 |
|---|---|
| 题目?比赛的哪道题、哪个阶段，例如 T1:val 是第 1 题的验证阶段。 | T2:heart:val_interp |
| 方式?自动搜索：ERA 式搜索树，多个节点不断改进程序；单 Agent：一个 Agent 会话从头做到尾。 | 自动搜索 |
| 搜索目标?这次运行用哪几把尺子、按什么权重合成分数来比较节点；目标不同的运行，最佳分不能直接比。 | proxy；终检 X2；护栏 proxy |
| 状态 | 已结束 |
| 开始 / 结束 | 10-03 00:49 / 10-03 04:21 |
| 用时 | 3 小时 32 分 / 预算 4 小时 |
| 所在副本?运行目录所在的代码副本（Spark 上 ~/vec 下的哪个目录）。 | 2026_virtual_embryo |
出处?这次运行用的代码、配置、数据和模型的指纹，靠它们可以原样找回并复现。
| 代码版本?运行锁定时代码仓库的 git 提交号；带 +dirty 表示当时有未提交的改动。 | 39ecc8143dca8e7ae8c96ef598890ad7ce3b98df |
|---|---|
| 版本标签?可提交运行在锁定的提交上打的 git 标签 run/<运行编号>，以后能原样找回代码。 | — |
| 配置文件 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/config_source.yaml 配置指纹 e07317750a1ed551 |
| 锁定指纹?启动时把配置、代码、提示词等全部锁定后算出的总指纹。 | c65062d06140f0d9 锁定格式 v8 |
| 运行专用代码副本?启动时为这次运行单独检出的一份只读代码；运行全程只读它，不受主副本更新影响。 | 目录存在 /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/code |
| 打分口径指纹?打分器、数据视图、种子等合起来的指纹；指纹相同，分数才能直接比较。 | e9275e3a9c25ee9e |
| 数据视图指纹?程序能看到的输入数据文件的指纹，按视图汇总成一个短指纹。 | final：23 个文件，指纹 a426ceccd34c4666 proxy：20 个文件，指纹 5b83f22cc8c89b58 test：19 个文件，指纹 7982bdcbdbe0a565 |
| 大模型?每个角色用的大模型；括号里是接口实际报告的模型名。 | 分析员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 工程师：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 调研员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 审查员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） |
| 运行目录 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24 主机 spark-ad3f |
| 提交账本?notes/changelogs/submissions.tsv：每次上传官网的记录和返回的官网分。 | 第 37 行 · 2026-10-02 · T2:heart:val_interp · 预测文件指纹 343e55ea3c9114bf · 官网分 61.1 |
| 迭代报告?运行结束后自动生成的中文复盘报告（notes/reports/runs）。 | 还没有迭代报告 |