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节点 n11 在终选来历上
在节点10的α=1.0型内NN融合后新增型内校准弥散(T2HI_DISP,b细胞加Uniform(0,β·d_med)各向同性随机位移,d_med为该型a侧中位最近邻距离):proxy全β网格无净提升(shape_scale不动、local_spatial单调变差),机制判失败,提交版默认关闭、输出与节点10逐元素一致。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24 |
|---|---|
| 父节点 | n10 |
| 子节点 | n14 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 60.43(+0.0) · proxy 60.43(+0.0) |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 15 分 |
| 程序版本 | 0d24478a5eb0be2cd08450a5b1e0030abcb21746 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 0d24478a5e:solution/METHOD.md
在节点10的α=1.0型内NN融合后新增型内校准弥散(T2HI_DISP,b细胞加Uniform(0,β·d_med)各向同性随机位移,d_med为该型a侧中位最近邻距离):proxy全β网格无净提升(shape_scale不动、local_spatial单调变差),机制判失败,提交版默认关闭、输出与节点10逐元素一致。
方法(family T2HI-04,improve 自节点 10)
流程与节点 10 相同:双 bracket 组成插值(t 分层抽样)→ Procrustes 对齐 → 缩放 → 每个共有型的 b 侧细胞向 a 侧同型最近邻位移 α=1.0 → 拼接、_jitter、统一 scale_to_rms。表达完全未改。
新增机制(本节点,PLAN T2HI-04 弥散):融合后、拼接前,对每个已融合的共有型:
- 在 a 侧该型坐标上用 cKDTree 计算中位最近邻距离 d_med(proxy 上均值 9.6,表征该型局部细胞间距);
- 每个融合后的 b 细胞叠加各向同性随机位移:方向为单位球面均匀(高斯归一化),幅度 ~ Uniform(0, β·d_med);
- 随机数用独立
default_rng(seed + 7919),对 seed 确定;非共有型与未融合细胞不动; - 环境变量:
T2HI_DISP=1开启(β 由T2HI_BETA,初值 0.5),T2HI_DISP=0或不设 = 关闭。提交版默认关闭(理由见下)。
单输入 / 不被 bracket → t=0 → copy_last 分支,不触发融合与弥散(视图无关退路保留)。弥散只用两 bracket 现场的坐标与标签,无绝对时间 / 路径分支。
机制生效证据(开启时确实改变了细胞坐标)
- proxy seed 0,α=1.0 融合后:
cells_fused=17338(b 云 98%),融合使 b-a 最近邻距离 200.6→0; - β=0.5:d_med=9.6,平均位移 2.4,弥散后 b-a NN=2.4;β=1.0:位移 4.8,NN=4.7;β=3.0:位移 14.3,NN=13.0;β=10:位移 47.7,NN=37.5 —— b-a NN 随 β 单调增,符合预期;
- 表达(X)逐元素不变(本地验证 β=0.5 与 β=0 的 X 全等),故 cell_state 66.70 / expression_change 63.90 全网格恒定;
- 关闭对照:
T2HI_DISP=0输出与节点 10 输出逐元素一致(X、坐标全等,本地验证)。
对照结果(vec-score A 半,proxy,seed 0)
| 配置 | 榜分 | cell_state | expr_change | local_spatial | shape_scale |
|---|---|---|---|---|---|
| 节点10(= 本节点关闭态) | 59.85 | 65.93 | 63.83 | 56.03 | 53.62 |
| β=0.5(PLAN 初值) | 59.85 | 65.93 | 63.83 | 56.04 | 53.62 |
| β=1.0 | 59.84 | 65.93 | 63.83 | 55.97 | 53.62 |
| β=3.0 | 59.75 | 65.93 | 63.83 | 55.53 | 53.72 |
| β=10 | 59.30 | 65.93 | 63.83 | 53.83 | 53.63 |
β=0.5 三种子(0/1/2):59.85 / 60.08 / 60.25,均值 60.06 vs 节点 10 的 60.08 —— 统计上与关闭态全等。
结论:机制失败(如实报告,PLAN 风险 4 成立)
- shape_scale 对 β 完全无响应(53.62–53.72,<0.1 变化,噪声内);local_spatial 随 β 单调变差(β=10 时 −2.2)。无最优 β,无净提升。
- 原因分析:d_med(a 侧局部间距 ~9.6)远小于融合抹掉的 b 侧空间尺度(b-a NN 200.6),β 在 [0.2,1.0] 的位移(≤5)被完全淹没;β 大到能起作用时(≥10)位移是各向同性噪声,直接破坏融合换来的邻域对齐。shape_scale 的瓶颈不在 b 侧多样性,而在 a 侧样本形状 + proxy 特有的 RMS 不匹配(scale_log_ratio 0.467 = ln(346/217),方法卡明确不要在 proxy 上调 damp)。
- 因此提交版把 T2HI_DISP 默认设为关闭,输出与节点 10 逐元素一致,保住 rank3 60.13;弥散代码与环境变量开关保留,供后续节点复核或换校准尺度重试。
验证过 / 没验证
- 验证:关闭态与节点 10 逐元素一致;β=0.5 与关闭态 X 全等;三种子均值无回退;默认输出 vec-check ok;CPU ~2.3s、内存 <1GB;对 seed 确定。
- 没验证:真实 bracket(31 共有型、a 侧密度不同→d_med 不同)上的 β 网格——proxy 上机制方向已判死,未消耗额度。伪装视图未重跑(默认路径与节点 10 相同,代码只用时间差与数据)。
知识来源
无外部生物知识写入程序;弥散只用两 bracket 现场坐标与 celltype 标签(数据驱动)。未使用 external/ 与 prior/。
下一步建议
- shape_scale 在 proxy 上被 scale_log_ratio(RMS 346 vs 217)锁死,坐标弥散类机制无空间;若要动 shape_scale,需接受"proxy 不可验证"的风险在 damp 上做文章,或改攻 occupancy_dice / d2_shape(如融合后按 a 侧密度重采样 b 细胞,而非各向同性加噪)。
- cell_state / expression_change(66.7 / 63.9)仍未动:按节点 10 建议,在当前融合坐标框架下复测仅共有型的型内表达插值(T2HI_EXPR + T2HI_BORROW=0),是剩下两个大组分里最可行的方向。
调研员的计划
| 名称 | 融合后型内校准弥散恢复b侧空间多样性(修复shape_scale) |
|---|---|
| 动机 | 节点10的shape_scale=54.46为四组最弱。α=1.0 NN融合使b细胞精确落到a侧同型最近邻位置,输出云的空间结构完全由a侧样本决定,b侧空间多样性仅靠全局_jitter的极小扰动维持(ANALYSIS明确指出'融合后b细胞与a细胞坐标重合靠jitter分开')。这导致输出云的形状(PCA特征值比、空间延展)退化为a侧云的形状,丢失了b侧应有的空间贡献,限制了shape_scale。节点10的α扫描中α=0.85时shape_scale 53.83略优于α=1.0的53.62,暗示保留少量b侧空间信息有利于shape_scale,但直接降α会损害local_spatial(56.03→55.76)。因此需要一个与α正交的机制:在保持α=1.0融合(local_spatial最优)的同时,恢复b侧的空间多样性。 |
| 做法 | 在父节点10的_blend_within_type之后、拼接之前,新增型内校准弥散步骤(环境变量T2HI_DISP=1开启,默认开启;T2HI_DISP=0关闭,输出与父节点10逐元素一致): 1. 对每个已融合的共有型,用cKDTree计算a侧该型细胞的中位最近邻距离d_med(表征该型的局部细胞间距); 2. 对每个融合后的b细胞,生成随机3D单位向量,位移幅度从Uniform(0, β×d_med)采样,叠加到融合后坐标上; 3. β为弥散系数,初值0.5,搜索网格[0.2, 0.3, 0.5, 0.7, 1.0]; 4. 弥散后的b细胞照常参与拼接、_jitter去重、统一scale_to_rms。 关键实现细节: - d_med在融合前的a侧坐标上计算(不受融合影响),每型一个标量; - 随机方向用np.random.default_rng(seed)生成,保证可复现; - 非共有型和未融合细胞不加弥散; - 弥散在3D全轴上施加(与α=1.0的3D融合一致)。 单输入退路:t≤0时走copy_last分支,不触发融合和弥散,与父节点一致。 快速筛选:先跑β=0(确认与父节点一致)和β=0.5(默认),比较shape_scale和local_spatial;若shape_scale提升≥1且local_spatial降幅<1,再扫β网格;否则直接判失败。预计每次运行~2s,30分钟内可完成全部网格+种子验证。 |
| 风险 | 1. β过大(>1.0)会破坏融合带来的邻域对齐,local_spatial回吐>2分,净效果为负——Engineer应在β=0.5时先查四组分,若local_spatial降幅>1.5立即停止大β方向;2. shape_scale在proxy上受RMS不匹配限制(354/335 vs 目标217,METHOD.md已注明),弥散改善的是空间多样性而非绝对尺度,若shape_scale提升<1分可能是proxy特有瓶颈,需用3种子均值确认;3. 弥散是随机过程,不同seed结果有方差,需至少跑2个seed确认趋势;4. 若β全网格均无净提升,说明shape_scale瓶颈不在b侧多样性而在a侧样本本身的形状,应如实报告失败。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 df60eb9640。改动的文件:solution/METHOD.md +33 −33、solution/run.py +56 −14
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 3fe2e88..175b4f1 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,52 +1,52 @@-双bracket组成插值(父节点7)+ 型内近邻坐标融合(T2HI-04):Procrustes 对齐后,每个共有型的 b 侧细胞向其 a 侧同型最近邻位移 α=1.0,修复型内局部空间连续性,local_spatial 54.0→56.0。+在节点10的α=1.0型内NN融合后新增型内校准弥散(T2HI_DISP,b细胞加Uniform(0,β·d_med)各向同性随机位移,d_med为该型a侧中位最近邻距离):proxy全β网格无净提升(shape_scale不动、local_spatial单调变差),机制判失败,提交版默认关闭、输出与节点10逐元素一致。 -## 方法(family T2HI-04,improve 自节点 7)+## 方法(family T2HI-04,improve 自节点 10) -流程与节点 7 相同:`interp_bracket` 取 (a, b, t)(proxy: E8.25_late + E9.5 → E8.75,t=0.4);按 t 分层抽样 (1−t)n a 细胞 + tn b 细胞;坐标 `align_pair(procrustes)`(z 保持,xy 共有型质心 Kabsch)后各自缩放到 log 插值 RMS;拼接、`_jitter` 去重、统一缩放;表达位移默认关闭(T2HI_EXPR=0,节点 7 已验证各变体均降分)。+流程与节点 10 相同:双 bracket 组成插值(t 分层抽样)→ Procrustes 对齐 → 缩放 → 每个共有型的 b 侧细胞向 a 侧同型最近邻位移 α=1.0 → 拼接、_jitter、统一 scale_to_rms。表达完全未改。 -**新增机制(本节点,T2HI_BLEND,默认 α=1.0)**:在对齐+缩放之后、拼接之前,对每个共有细胞型(两侧细胞数均 ≥ T2HI_BLEND_MIN=5):-1. 用 `cKDTree` 在 a 侧该型全细胞坐标中为每个 b 侧细胞找最近邻,得位移 d = pa_nn − pb;-2. b 细胞坐标更新为 pb + α·d(逐细胞,方向与幅度由局部几何决定,非型均值常数位移);-3. 非共有型不融合;融合后照常拼接、去重、统一 scale_to_rms。+**新增机制(本节点,PLAN T2HI-04 弥散)**:融合后、拼接前,对每个已融合的共有型:+1. 在 a 侧该型坐标上用 cKDTree 计算中位最近邻距离 d_med(proxy 上均值 9.6,表征该型局部细胞间距);+2. 每个融合后的 b 细胞叠加各向同性随机位移:方向为单位球面均匀(高斯归一化),幅度 ~ Uniform(0, β·d_med);+3. 随机数用独立 `default_rng(seed + 7919)`,对 seed 确定;非共有型与未融合细胞不动;+4. 环境变量:`T2HI_DISP=1` 开启(β 由 `T2HI_BETA`,初值 0.5),`T2HI_DISP=0` 或不设 = 关闭。**提交版默认关闭**(理由见下)。 -单输入 / 目标不被 bracket → t=0 → copy_last 分支,不触发融合(视图无关退路保留)。+单输入 / 不被 bracket → t=0 → copy_last 分支,不触发融合与弥散(视图无关退路保留)。弥散只用两 bracket 现场的坐标与标签,无绝对时间 / 路径分支。 -## 机制生效证据+## 机制生效证据(开启时确实改变了细胞坐标) -- proxy seed 0:`types_fused=5, cells_fused=17338`(b 云 98% 细胞被融合),`nn_dist_before=200.6 → nn_dist_after=0.0`(α=1.0 时 b 细胞精确落到 a 侧同型最近邻位置,后续 `_jitter` 分开重叠点),`mean_disp=200.6`。-- 四组分:expression_change 63.83 与 cell_state 65.93 完全不变(表达未改,符合预期);local_spatial 54.03→56.03(+2.0);shape_scale 53.37→53.62(+0.25)。-- 对照(mechanism_off):`T2HI_BLEND=0` 输出与父节点 7 输出**逐元素一致**(X、坐标、细胞集全等,本地验证),榜分即父节点 59.50。+- proxy seed 0,α=1.0 融合后:`cells_fused=17338`(b 云 98%),融合使 b-a 最近邻距离 200.6→0;+- β=0.5:d_med=9.6,平均位移 2.4,弥散后 b-a NN=2.4;β=1.0:位移 4.8,NN=4.7;β=3.0:位移 14.3,NN=13.0;β=10:位移 47.7,NN=37.5 —— b-a NN 随 β 单调增,符合预期;+- 表达(X)逐元素不变(本地验证 β=0.5 与 β=0 的 X 全等),故 cell_state 66.70 / expression_change 63.90 全网格恒定;+- 关闭对照:`T2HI_DISP=0` 输出与节点 10 输出**逐元素一致**(X、坐标全等,本地验证)。 -## 查分(vec-score A 半,proxy,seed 0,除注明外)+## 对照结果(vec-score A 半,proxy,seed 0) | 配置 | 榜分 | cell_state | expr_change | local_spatial | shape_scale | |---|---:|---:|---:|---:|---:|-| **提交版:all-ref α=1.0(3d)** | **59.85** | 65.93 | 63.83 | **56.03** | 53.62 |-| all-ref α=1.15 | 59.85 | 65.93 | 63.83 | 56.09 | 53.56 |-| all-ref α=0.85 | 59.84 | 65.93 | 63.83 | 55.76 | 53.83 |-| sampled-ref α=1.0(只向输出内 a 细胞融合) | 59.76 | 65.93 | 63.83 | 55.90 | 53.40 |-| xy-only α=1.0 | 59.63 | 65.93 | 63.83 | 54.42 | 54.36 |-| mutual α=0.5(双侧互融) | 59.35 | 65.93 | 63.83 | 54.39 | 53.25 |-| all-ref α=1.5(过冲) | 59.44 | 65.93 | 63.83 | 54.77 | 53.23 |-| α=0.2 / 0.4 / 0.5 / 0.6 / 0.8 | —(未记全)| 65.93 | 63.83 | 单调升(neighborhood_mmd 0.0825→0.0770) | ~53.3 |-| off(α=0 = 节点 7) | 59.50(节点记录) | 66.70 | 63.90 | 54.03 | 53.37 |--- α 从 0.2 到 1.0 neighborhood_mmd 单调下降、local_spatial 单调升;峰在 α∈[0.85, 1.15] 平台(59.84–59.85),α=1.5 过冲回落。选 α=1.0(平台中心、语义清晰:b 细胞落到 a 侧同型最近邻处)。-- 种子稳健性(提交版):seed 0 / 1 / 2 = 59.85 / 60.09 / 60.29,3 种子均值 **60.08**(父节点 rank3 = 59.36)。-- 榜分 +0.35(seed 0)在噪声边缘,但 local_spatial +2.0 跨 α 平台、跨变体(sampled-ref 55.9)一致,且 3 种子均值 +0.7,方向可信。+| 节点10(= 本节点关闭态) | 59.85 | 65.93 | 63.83 | 56.03 | 53.62 |+| β=0.5(PLAN 初值) | 59.85 | 65.93 | 63.83 | 56.04 | 53.62 |+| β=1.0 | 59.84 | 65.93 | 63.83 | 55.97 | 53.62 |+| β=3.0 | 59.75 | 65.93 | 63.83 | 55.53 | 53.72 |+| β=10 | 59.30 | 65.93 | 63.83 | 53.83 | 53.63 |++β=0.5 三种子(0/1/2):59.85 / 60.08 / 60.25,均值 60.06 vs 节点 10 的 60.08 —— 统计上与关闭态全等。++## 结论:机制失败(如实报告,PLAN 风险 4 成立)++- shape_scale 对 β 完全无响应(53.62–53.72,<0.1 变化,噪声内);local_spatial 随 β 单调变差(β=10 时 −2.2)。无最优 β,无净提升。+- 原因分析:d_med(a 侧局部间距 ~9.6)远小于融合抹掉的 b 侧空间尺度(b-a NN 200.6),β 在 [0.2,1.0] 的位移(≤5)被完全淹没;β 大到能起作用时(≥10)位移是各向同性噪声,直接破坏融合换来的邻域对齐。shape_scale 的瓶颈不在 b 侧多样性,而在 a 侧样本形状 + proxy 特有的 RMS 不匹配(scale_log_ratio 0.467 = ln(346/217),方法卡明确不要在 proxy 上调 damp)。+- 因此提交版把 T2HI_DISP 默认设为关闭,输出与节点 10 逐元素一致,保住 rank3 60.13;弥散代码与环境变量开关保留,供后续节点复核或换校准尺度重试。 ## 验证过 / 没验证 -- 验证:off 对照与父节点逐元素一致;默认输出与查分文件逐元素一致;seed 0 两次运行确定;vec-check ok;CPU 运行 ~2.5s、内存 <1GB。-- 没验证:真实 bracket(31 个共有型)上的效果——proxy 只有 5 个共有型但已覆盖 98% b 细胞;共有型更多时融合更细粒度,预期方向相同。伪装视图重跑未测(代码只用时间差与数据,无绝对时间/路径分支,预期通过)。-- 已知局限:α=1.0 使共有型 b 细胞与 a 细胞坐标重合(靠 jitter 分开),b 侧空间多样性由 jitter 和缩放兜底,shape_scale 未受损(53.6);xy-only 与 mutual 变体更差,说明 z 方向融合(离散切片间)在此数据上是有利的。+- 验证:关闭态与节点 10 逐元素一致;β=0.5 与关闭态 X 全等;三种子均值无回退;默认输出 vec-check ok;CPU ~2.3s、内存 <1GB;对 seed 确定。+- 没验证:真实 bracket(31 共有型、a 侧密度不同→d_med 不同)上的 β 网格——proxy 上机制方向已判死,未消耗额度。伪装视图未重跑(默认路径与节点 10 相同,代码只用时间差与数据)。 ## 知识来源 -无外部生物知识写入程序。融合只用两 bracket 现场的细胞坐标与 `celltype` 标签(数据驱动);未使用 external/ 与 prior/。+无外部生物知识写入程序;弥散只用两 bracket 现场坐标与 celltype 标签(数据驱动)。未使用 external/ 与 prior/。 ## 下一步建议 -1. local_spatial 已到 56:可对 b 侧独有型(非共有)用 a 侧表达最近型的坐标做门控融合(proxy 上 b 侧 22 型中仅 5 型共有,剩余 2% 细胞未融合;真实 bracket 31/33 共有,收益有限)。-2. cell_state 65.9 / expression_change 63.8 未动:坐标融合不改表达,下一节点可在融合后的空间框架上重试仅共有型的型内表达插值(节点 7 教训:借用型位移有害,仅共有型 58.80 vs 59.07 接近噪声,值得在新坐标框架下复测)。-3. shape_scale 53.6 受 proxy RMS 不匹配限制(354/335 vs 目标 217),不要在 proxy 上调 damp。+1. shape_scale 在 proxy 上被 scale_log_ratio(RMS 346 vs 217)锁死,坐标弥散类机制无空间;若要动 shape_scale,需接受"proxy 不可验证"的风险在 damp 上做文章,或改攻 occupancy_dice / d2_shape(如融合后按 a 侧密度重采样 b 细胞,而非各向同性加噪)。+2. cell_state / expression_change(66.7 / 63.9)仍未动:按节点 10 建议,在当前融合坐标框架下复测仅共有型的型内表达插值(T2HI_EXPR + T2HI_BORROW=0),是剩下两个大组分里最可行的方向。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 6315ef6..49b5cd5 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -17,7 +17,11 @@ Fallbacks (view-independent): single input / target not bracketed -> t = 0 -> copy_last. Mechanism switches: T2HI_COMPMIX=0 keeps all cells in the lower bracket (parent node behaviour); T2HI_EXPR=0 disables displacement (pure mix); T2HI_BORROW=0 restricts displacement to common types; T2HI_T=0 forces-copy_last.+copy_last. T2HI_BLEND sets the per-type NN fusion alpha (default 1.0, 0 =+node 7). T2HI_DISP=1 (+T2HI_BETA) enables within-type calibrated dispersion+of fused b cells (isotropic offsets ~ Uniform(0, beta*d_med), d_med = median+a-side NN distance per type); default OFF because the beta grid showed no+net gain on the proxy (see METHOD.md). """ from __future__ import annotations@@ -76,20 +80,32 @@ def _blend_within_type( min_count: int = 5, axes: str = "3d", mutual: bool = False,+ disp_beta: float = 0.0,+ rng: np.random.Generator | None = None, ) -> tuple[np.ndarray, np.ndarray, dict]:- """Per-type NN coordinate fusion (family T2HI-04 blend).+ """Per-type NN coordinate fusion (family T2HI-04 blend) + optional+ within-type calibrated dispersion (T2HI_DISP). For each common cell type, every b-side cell is moved towards its nearest a-side cell of the same type (in the aligned frame): pb <- pb + alpha*d,- d = pa_nearest - pb. Non-common types keep Procrustes coords. Returns the- fused b cloud and evidence stats.+ d = pa_nearest - pb. Non-common types keep Procrustes coords.++ With disp_beta > 0, after fusion each fused b cell gets an isotropic+ random 3D offset with magnitude ~ Uniform(0, beta * d_med), where d_med is+ the median nearest-neighbour distance among a-side cells of that type+ (computed on pre-fusion a coords). This restores b-side spatial diversity+ lost when alpha=1 collapses b cells onto a-side positions.+ Returns the fused b cloud and evidence stats. """ out_a = ca.copy() out_b = cb.copy() la = np.asarray(labels_a).astype(str) lb = np.asarray(labels_b).astype(str) sl = slice(0, 2) if axes == "xy" else slice(0, 3)- stats = {"types_fused": 0, "cells_fused": 0, "dist_before": [], "disp": []}+ stats = {+ "types_fused": 0, "cells_fused": 0, "dist_before": [], "disp": [],+ "d_med": [], "disp_mag": [], "disp_nn_after": [],+ } for lab in common: idx_a = np.flatnonzero(la == lab) idx_b = np.flatnonzero(lb == lab)@@ -99,22 +115,36 @@ def _blend_within_type( dist, j = cKDTree(pa[:, sl]).query(pb[:, sl], k=1) disp_b = np.zeros_like(pb) disp_b[:, sl] = alpha * (pa[j][:, sl] - pb[:, sl])- out_b[idx_b] = pb + disp_b+ pb_new = pb + disp_b if mutual: dist2, j2 = cKDTree(pb[:, sl]).query(pa[:, sl], k=1) disp_a = np.zeros_like(pa) disp_a[:, sl] = alpha * (pb[j2][:, sl] - pa[:, sl]) out_a[idx_a] = pa + disp_a+ if disp_beta > 0.0 and rng is not None:+ tree_a = cKDTree(pa)+ if idx_a.size >= 2:+ nn_a, _ = tree_a.query(pa, k=2)+ d_med = float(np.median(nn_a[:, 1]))+ else:+ d_med = 0.0+ dirs = rng.normal(size=(pb_new.shape[0], 3))+ dirs /= np.maximum(np.linalg.norm(dirs, axis=1, keepdims=True), 1e-12)+ mags = rng.uniform(0.0, disp_beta * d_med, size=pb_new.shape[0])+ offset = dirs * mags[:, None]+ pb_new = pb_new + offset+ d_nn, _ = tree_a.query(pb_new, k=1)+ stats["d_med"].append(d_med)+ stats["disp_mag"].append(float(mags.mean()))+ stats["disp_nn_after"].append(float(d_nn.mean()))+ out_b[idx_b] = pb_new stats["types_fused"] += 1 stats["cells_fused"] += int(idx_b.size) stats["dist_before"].append(float(np.mean(dist))) stats["disp"].append(float(np.linalg.norm(disp_b, axis=1).mean()))- if stats["dist_before"]:- stats["dist_before"] = float(np.mean(stats["dist_before"]))- stats["disp"] = float(np.mean(stats["disp"]))- else:- stats["dist_before"] = 0.0- stats["disp"] = 0.0+ for k in ("dist_before", "disp", "d_med", "disp_mag", "disp_nn_after"):+ v = stats[k]+ stats[k] = float(np.mean(v)) if v else 0.0 return out_a, out_b, stats @@ -197,12 +227,19 @@ def main() -> None: cb = scale_to_rms(aligned_b, target_rms) blend_alpha = float(os.environ.get("T2HI_BLEND", "1.0"))+ disp_beta = float(os.environ.get("T2HI_BETA", "0.5"))+ # Dispersion default OFF: on the proxy the full beta grid gave no net gain+ # (shape_scale flat, local_spatial monotonically worse; see METHOD.md).+ if os.environ.get("T2HI_DISP", "0") == "0":+ disp_beta = 0.0+ rng_disp = np.random.default_rng(args.seed + 7919) if disp_beta > 0.0 else None blend_info = None blend_ref = os.environ.get("T2HI_BLEND_REF", "all") if blend_alpha > 0.0 and blend_ref == "sampled": blend_min = int(os.environ.get("T2HI_BLEND_MIN", "5")) ca_s, cb_s, blend_info = _blend_within_type(- ca[ia], cb[ib], a.labels[ia], b.labels[ib], common, blend_alpha, blend_min, "3d", False+ ca[ia], cb[ib], a.labels[ia], b.labels[ib], common, blend_alpha, blend_min, "3d",+ False, disp_beta, rng_disp, ) ca = ca.astype(np.float64, copy=True) cb = cb.astype(np.float64, copy=True)@@ -213,7 +250,8 @@ def main() -> None: blend_axes = os.environ.get("T2HI_BLEND_AXES", "3d") blend_mutual = os.environ.get("T2HI_BLEND_MUTUAL", "0") != "0" ca, cb, blend_info = _blend_within_type(- ca, cb, a.labels, b.labels, common, blend_alpha, blend_min, blend_axes, blend_mutual+ ca, cb, a.labels, b.labels, common, blend_alpha, blend_min, blend_axes, blend_mutual,+ disp_beta, rng_disp, ) if blend_info is not None: blend_min = int(os.environ.get("T2HI_BLEND_MIN", "5"))@@ -253,6 +291,10 @@ def main() -> None: f"nn_dist_before={blend_info['dist_before']:.1f} " f"nn_dist_after={blend_info['dist_after']:.1f} " f"mean_disp={blend_info['disp']:.1f}", flush=True)+ if disp_beta > 0.0:+ print(f"[disp] beta={disp_beta:.2f} d_med={blend_info['d_med']:.1f} "+ f"mean_offset={blend_info['disp_mag']:.1f} "+ f"b_a_nn_after_disp={blend_info['disp_nn_after']:.1f}", flush=True) write_t2(args.out, expr, coords.astype(np.float32), genes, seed=args.seed)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k027 | Joint expression-geometry generation with relative geometry | notes/competition/03_solution_landscape.md |
| k026 | Canonicalise predicted 3D coordinates before submission | notes/pitfalls/04_scorer_invariance.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 在节点10的α=1.0型内NN融合后新增型内校准弥散(T2HI_DISP/T2HI_BETA,融合b细胞叠加幅度~Uniform(0,β·d_med)的各向同性随机位移,d_med为该型a侧中位最近邻距离)。proxy全β网格无净提升,提交版默认关闭,输出与节点10逐元素一致,榜分与四组分全部+0.00。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内:+0.00(66.70→66.70) expression_change:噪声内:+0.00(63.90→63.90,表达未改,符合预期) local_spatial:噪声内:+0.00(56.65→56.65);开启态local_spatial随β单调变差(β=10时−2.2),无最优β shape_scale:噪声内:+0.00(54.46→54.46);开启态β扫描中shape_scale也仅53.62–53.72(<0.1,噪声内),机制对目标组分无响应 |
| family_id | T2HI-04 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 否 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 2 次:bash 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 11,215 · 输出 1,009 · 思考 410 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n11 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/11/analyst.jsonl 6 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/11/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 19 |
| 工具调用 | 共 20 次:bash 12、edit 5、read 2、write 1 |
| 用时 | 8 分 |
| token 数 | 输入 42,495 · 输出 8,186 · 思考 6,089 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:融合后型内校准弥散恢复b侧空间多样性(修复shape_scale) |
| 最后的回答(摘录) | **完成。** - **做了什么**:按 PLAN 在节点 10 的 α=1.0 融合后实现型内校准弥散(T2HI_DISP/T2HI_BETA,独立 rng,d_med=9.6,关闭态与父节点逐元素一致已验证)。 - **查分结果**(7/20 次):β=0.5 → 59.85(与父节点 59.85 全等,三种子均值 60.06 vs 60.08);β=1.0 → 59.84;β=3.0 → 59.75;β=10 → 59.30。shape_scale 全网格不动(53.62–53.72),local_spatial 单调变差 —— 机制失败(PLAN 风险 4 成立),提交版默认关闭、输出=节点 10,vec-check ok、确定、~2s。 - **下一步最值得试**:shape_scale 在 proxy 被 scale_log_ratio(RMS 346 vs 217)锁死,坐标加噪类无空间;应改攻 cell_state/expression_change —— 在融合坐标框架下复测仅共有型的型内表达插值(T2HI_EXPR + BORROW=0)。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/11/engineer.jsonl 122 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/11/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 6 分 |
| token 数 | 输入 11,429 · 输出 8,140 · 思考 8,192 |
| 任务(第一行) | 为节点 n11(改进,父节点 n10)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | 的空间结构完全由a侧样本决定,b侧空间多样性仅靠全局_jitter的极小扰动维持(ANALYSIS明确指出'融合后b细胞与a细胞坐标重合靠jitter分开')。这导致输出云的形状(PCA特征值比、空间延展)退化为a侧云的形状,丢失了b侧应有的空间贡献,限制了shape_scale。节点10的α扫描中α=0.85时shape_scale 53.83略优于α=1.0的53.62,暗示保留少量b侧空间信息有利于shape_scale,但直接降α会损害local_spatial(56.03→55.76)。因此需要一个与α正交的机制:在保持α=1.0融合(local_spatial最优)的同时,恢复b侧的空间多样性。", "approach": "在父节点10的_blend_within_type之后、拼接之前,新增型内校准弥散步骤(环境变量T2HI_DISP=1开启,默认开启;T2HI_DISP=0关闭,输出与父节点10逐元素一致):\n1. 对每个已融合的共有型,用cKDTree计算a侧该型细胞的中位最近邻距离d_med(表征该型的局部细胞间距);\n2. 对每个融合后的b细胞,生成随机3D单位向量,位移幅度从Uniform(0, β×d_med)采样,叠加到融合后坐标上;\n3. β为弥散系数,初值0.5,搜索网格[0.2, 0.3, 0.5, 0.7, 1.0];\n4. 弥散后的b细胞照常参与拼接、_jitter去重、统一scale_to_rms。\n\n关键实现细节:\n- d_med在融合前的a侧坐标上计算(不受融合影响),每型一个标量;\n- 随机方向用np.random.default_rng(seed)生成,保证可复现;\n- 非共有型和未融合细胞不加弥散;\n- 弥散在3D全轴上施加(与α=1.0的3D融合一致)。\n\n单输入退路:t≤0时走copy_last分支,不触发融合和弥散,与父节点一致。\n\n快速筛选:先跑β=0(确认与父节点一致)和β=0.5(默认),比较shape_scale和local_spatial;若shape_scale提升≥1且local_spatial降幅<1,再扫β网格;否则直接判失败。预计每次运行~2s,30分钟内可完成全部网格+种子验证。", "expected_groups": ["shape_scale"], "risks": "1. β过大(>1.0)会破坏融合带来的邻域对齐,local_spatial回吐>2分,净效果为负——Engineer应在β=0.5时先查四组分,若local_spatial降幅>1.5立即停止大β方向;2. shape_scale在proxy上受RMS不匹配限制(354/335 vs 目标217,METHOD.md已注明),弥散改善的是空间多样性而非绝对尺度,若shape_scale提升<1分可能是proxy特有瓶颈,需用3种子均值确认;3. 弥散是随机过程,不同seed结果有方差,需至少跑2个seed确认趋势;4. 若β全网格均无净提升,说明shape_scale瓶颈不在b侧多样性而在a侧样本本身的形状,应如实报告失败。", "family_id": "T2HI-04", "mechanism": "在α=1.0 NN融合后,对每个融合型按a侧中位最近邻距离为尺度,给b细胞施加各向同性随机弥散,恢复融合过程中丢失的b侧空间多样性,使输出云的形状不再完全由a侧决定。", "vs_constant_shift": "常数位移对同一型的所有细胞施加相同向量;本弥散为每个细胞独立采样随机方向和幅度(幅度还按该型局部密度校准),不同细胞位移不同,且均值为零(不改变型质心),是空间多样性恢复而非位置平移。与全局组成重加权也无关——不改变各型细胞数量比例。", "mechanism_evidence": "1. 打印每型的d_med、弥散后b细胞的平均位移量(应≈β×d_med/2)和弥散后b-a最近邻距离分布(α=1.0时为0,弥散后应>0且与β×d_med量级一致);2. 四组分变化:预期shape_scale提升≥1、local_spatial变化<1、cell_state和expression_change不变(弥散不改表达和细胞集);3. β从0.2到1.0,b-a最近邻距离应单调增,shape_scale先升后平/降,存在最优β;4. β=0输出与父节点10逐元素一致。", "mechanism_off_control": "T2HI_DISP=0(或β=0):跳过弥散步骤,融合后b细胞坐标不变,后续流程与父节点10完全相同,预期输出与父节点10逐元素一致、榜分回到60.43。", "sources": [] } |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/11/researcher.jsonl 33 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/11/researcher.stderr |