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节点 n24
实现PLAN T2HI-04软kNN高斯加权质心融合(k=8,σ=c·d_med)替代1-NN硬吸附:全c网格实测shape_scale与local_spatial双降、判阴,提交SOFT_C=0(输出与父22逐位一致)。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24 |
|---|---|
| 父节点 | n22 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 62.01(+0.0) · proxy 62.01(+0.0) · 3 次复测均分 61.24 |
| 审查 | 通过 1 越界读取:未发现问题——数据读取仅经 src.task2_spatial.view_io 的 load_manifest/read_stage(run.py:80-90),外部参考仅按 manifest['external'] 挂载路径读取(expr_reanchor.py:64-73,且 EXPR_REANCHOR_GAMMA 默认 0 不触发);无绝对路径、'..'、/mnt、data/raw、评分器路径或联网代码。; 2 硬编码目标统计量:未发现问题——所有关键量(d_med、共有型集合、t、分层配额、mism/m_global、RMS)均从输入现场计算(nn_fuse.py:61… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 10 分 |
| 程序版本 | 1bb4e50cca42fe065c5cd99ff5e7ca7a71745b9d (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 1bb4e50cca:solution/METHOD.md
实现PLAN T2HI-04软kNN高斯加权质心融合(k=8,σ=c·d_med)替代1-NN硬吸附:全c网格实测shape_scale与local_spatial双降、判阴,提交SOFT_C=0(输出与父22逐位一致)。
方法
底座与父 22 完全相同:mix(align=procrustes, scale_damp=1)→ 型内空间分层 (1−t,t) 抽样 → 共有型 b 细胞向 a 侧同型最近邻 α=1.0 位移融合 → 逐细胞自适应表达过冲 β_i=clip(2.8·(mism_i/m_global)^1.5,1.2,3.5)+全局 q0.8 门 → dens_eq(λ=0.4, k=5, clamp=0.03×RMS)+ RMS 精确复原。
本节点新增(nn_fuse.py 内 soft_c/soft_k,环境变量 SOFT_C/SOFT_K):融合目标从单个 a 侧最近邻坐标改为 k=8 个最近邻的高斯加权质心 target_i = Σ_j w_j·pos_a_j / Σ_j w_j,w_j = exp(−d_ij²/(2σ²)),σ = c·d_med(d_med = 该型 a 侧中位最近邻距离,现场计算)。表达混合仍用 1-NN 邻居(机制不碰表达矩阵);非共有型不碰;单输入阶段(b is None)走原有 read_stage/take 退路,本模块不执行。
机制生效证据(FUSE_DIAG=1,融合后/dens_eq 前,按型 max_stack)
- off(1-NN):63 / 59 / 103 / 146 / 87(与父22报告的146一致)
- c=0.5:340 / 490 / 709 / 237 / 258 —— 栈反而更大:同一局部邻域的多个 b 细胞共享同一组 k 近邻,得到完全相同的加权质心,从"多b吸到同一a细胞"变成"多b吸到同一质心";
- c=1.0:327 / 268 / 587 / 225 / 257;c=1.5:236 / 97 / 416 / 203 / 257;
- c=2.0:86 / 21 / 277 / 150 / 256;c=3.0:27 / 2 / 86 / 77 / 251 —— 只有 σ 足够大(权重随 d 平滑变化)才逐步去栈;
- 位移逐细胞异质(disp_std 90–162),非常数位移;表达矩阵逐位不变(所有配置 X 与 off 完全相等,expr/state 四舍五入不动)。
关闭对照(mechanism_off_control)
SOFT_C=0(提交默认)走原 1-NN 代码路径,本地实测输出与父 22 提交版逐位一致(X 与 spatial_3D array_equal=True),A 半 61.594 与父 22 的 61.594 完全复现。seed 0 双跑逐位一致。
查分(A 半,vec-score --task T2:heart:val_interp,本节点用 11 次,余 9)
| 配置 | board | expr | state | shape | local |
|---|---|---|---|---|---|
| off(c=0,提交) | 61.594 | 68.03 | 66.37 | 53.76 | 58.22 |
| c=0.5, k=8 | 59.439 | 68.03 | 66.37 | 46.99 | 56.38 |
| c=1.0, k=8 | 59.806 | 68.03 | 66.37 | 47.62 | 57.21 |
| c=1.5, k=8 | 59.889 | 68.03 | 66.37 | 48.53 | 56.64 |
| c=2.0, k=8 | 60.587 | 68.03 | 66.37 | 50.28 | 57.68 |
| c=3.0, k=8 | 61.021 | 68.03 | 66.37 | 51.83 | 57.86 |
结论(如实):全网格单调劣于 off,判阴。PLAN 的停止条件(c=3.0 时 local<58.0 停止大 c 方向;前 3 档 board<62.5 报弱阳性)全部触发,实际是强阴性。失败原因分析:
- 加权质心把 b 细胞系统性地拉向 a 侧局部均值,融合云的局部方差被压缩(over-smoothing),d2_shape/occupancy_dice 恶化(shape_scale 掉 2–6.8 分),且事后全局 scale_to_rms(管线里本来就有)救不回形状分量——形状损伤不在 RMS 上;
- 小 c 时质心是"离散吸引子"(同邻域同目标),栈伪影不减反增,local_spatial 也随之掉(56.4 vs 58.2);
- local_spatial 在任何 c 下都没有超过 1-NN 的 58.22——与父 22 的教训一致:打散/改变融合栈对 local_spatial 无益,该组余量不在融合几何伪影上。
验证过 / 未验证
- 验证过:off 逐位一致对照;c ∈ {0.5,1,1.5,2,3}×k=8 全网格 A 半查分;融合后栈诊断;表达不变;seed 确定性;
vec-check通过。 - 未验证:k≠8(k=2/3 更轻度平滑)——趋势上 c 网格已单调劣于 off、且小扰动方向(c→0 端)栈更差分数更低,未再花额度;final 视图(31 个共有型)——机制在 proxy 上判阴,按"不提交劣化机制"原则默认关闭,final 上未测。
下一步建议
坐标侧事后/源头几何改造已连续 6 个节点(11、17、9、22、21、24)证伪,local_spatial 与 shape_scale 对融合几何不敏感,建议彻底停止坐标几何方向;余量更可能在表达侧(expression_change 68.03 是 A 半上最强组但 final 括号覆盖率是 proxy 的 3 倍,β/p/q 档位在 final 上未重扫——父 22 next_suggestions 同)或需要机制层面全新假设。
知识来源
无外部生物知识;全部为几何/统计操作,参数现场从 view 数据计算(d_med、共有型、括号、t),无阶段/细胞数/数据集/board 硬编码。
调研员的计划
| 名称 | 软kNN加权质心融合替代1-NN硬吸附,从源头消除坐标栈 |
|---|---|
| 动机 | 父22 ANALYSIS明确指出:(1)事后几何均衡(节点22 +0.13)、随机弥散(节点11)、径向匹配(节点17)、形状插值(节点9)均已证伪,不应再做事后位移;(2)建议'改在融合源头消除坐标栈——α=1.0精确吸附改为把b细胞散布到a侧最近邻周围'。当前shape_scale 54.47为最弱组、local_spatial 58.59次弱。α=1.0硬1-NN导致33–77%细胞处于完全重复栈(最大146细胞/点),这是occupancy_dice和局部空间指标的结构瓶颈。节点18证明α<1单调降分(不到达目标),节点11证明事后随机抖动无效,节点21证明容量约束LAP零响应——但从未试过改变目标点本身的计算方式(从单点变为加权质心)。 |
| 做法 | 在nn_fuse.py中把硬1-NN目标替换为软kNN加权质心:对每个被融合b细胞,找a侧同型k=8个最近邻,计算高斯加权质心 target_i = Σ_j w_j·pos_a_j / Σ_j w_j,w_j = exp(−d_ij²/(2σ²)),σ = c·d_med(d_med为该型a侧中位NN距离)。b细胞新坐标 = target_i(等价α=1.0但目标不再是单个a细胞坐标)。关键参数:c(带宽系数),初值1.0,搜索{0.5, 0.75, 1.0, 1.5, 2.0, 3.0};k固定8(足够平滑且计算快)。实现步骤:(1)修改nn_fuse.py,在cKDTree查询后取k=8邻居,计算加权质心替代1-NN坐标;(2)c=0退化为1-NN(off对照);(3)vec-score快速扫c网格(每次~2s),选local+shape净分最高的c;(4)确认shape_scale不降(若降则加RMS复原);(5)提交最佳c。单输入阶段退路:b is None时走原有read_stage/take,本模块不执行。全程不碰表达矩阵,不碰非共有型。 |
| 风险 | 1) σ过大(c>2)导致目标过于平均化,丢失局部结构,local_spatial反降——Engineer应在c=3.0时若local<58.0即停止大c方向;2) σ过小(c<0.5)退化为1-NN,无效果——与off对照比较即可发现;3) 加权质心可能系统性偏移型心,改变全局shape——用RMS复原+质心对齐保护;4) 增益仍在噪声内(<1分)——若前3个c值board均<62.5,如实报告弱阳性。尽早发现:第一次c=1.0跑完即知方向正误。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 443b5ac207。改动的文件:solution/METHOD.md +31 −38、solution/nn_fuse.py +27 −5、solution/run.py +5 −2
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 36c697e..eefb34c 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,56 +1,49 @@-NN融合后型内密度均衡位移(T2HI-04):重复坐标栈按质量点处理,沿加权密度梯度+确定性去栈方向位移,λ=0.4、k=5、钳幅0.03×RMS,位移后全局RMS精确复原。+实现PLAN T2HI-04软kNN高斯加权质心融合(k=8,σ=c·d_med)替代1-NN硬吸附:全c网格实测shape_scale与local_spatial双降、判阴,提交SOFT_C=0(输出与父22逐位一致)。 ## 方法 -底座与父 20 完全相同:mix(align=procrustes, scale_damp=1)→ 型内空间分层 (1−t,t) 抽样 → 共有型 b 细胞向 a 侧同型最近邻 α=1.0 位移融合 → 逐细胞自适应表达过冲 β_i=clip(2.8·(mism_i/m_global)^1.5,1.2,3.5)+全局 q0.8 门。只在**坐标融合之后、jitter/重缩放之前**新增密度均衡步骤(`dens_eq.py`,`DENS_EQ=1` 默认开):+底座与父 22 完全相同:mix(align=procrustes, scale_damp=1)→ 型内空间分层 (1−t,t) 抽样 → 共有型 b 细胞向 a 侧同型最近邻 α=1.0 位移融合 → 逐细胞自适应表达过冲 β_i=clip(2.8·(mism_i/m_global)^1.5,1.2,3.5)+全局 q0.8 门 → dens_eq(λ=0.4, k=5, clamp=0.03×RMS)+ RMS 精确复原。 -- 诊断发现:α=1.0 融合把 b 细胞精确吸附到 a 细胞坐标上,融合云里存在大量**完全重复的坐标栈**(proxy 上 5 个共有型内 33–77% 的细胞处于栈中,最大栈 146 个细胞/点)——这是 PLAN 预期的密度尖峰的极端形式,朴素逐细胞 kNN 密度在其上失效(中位 d_k=0、梯度为 0)。-- 因此把重复坐标组合并为**质量点**(质量 m=重复数),对唯一坐标建 cKDTree:d_k(g)=到 k=5 个最近不同位置的平均距离,ρ=1/d_k,grad(g)=Σ_j m_j·(pos_g−pos_j)/‖pos_g−pos_j‖²(指向密度下降方向),dev=clip((ρ−ρ_med)/ρ_med,−1,1)。-- 位移 δ_i = λ·scale·[normalize(grad)·dev + u_i·(1−1/m_i)]:第二项只对栈内细胞生效,u_i 是按型标签 crc32 播种的确定性伪随机单位向量,把栈炸开而不是整体平移(否则同栈细胞梯度/dev 完全相同,只会一起动、栈依旧)。scale=型内正 d_k 中位数。-- 硬钳 ‖δ‖ ≤ DENS_CLAMP(0.03)×RMS_cloud;随后整云 `scale_to_rms` 回位移前的精确 RMS(实测差 0.0,shape_scale 四档指标 d2_shape/occupancy_dice/scale_log_ratio 全部不动,验证成立)。-- 只动共有型(有融合 b 细胞的型)细胞;非共有型和表达矩阵不碰。单输入阶段(b is None)走原有 read_stage/take 退路,本模块不执行。+本节点新增(`nn_fuse.py` 内 `soft_c`/`soft_k`,环境变量 `SOFT_C`/`SOFT_K`):融合目标从单个 a 侧最近邻坐标改为 **k=8 个最近邻的高斯加权质心** target_i = Σ_j w_j·pos_a_j / Σ_j w_j,w_j = exp(−d_ij²/(2σ²)),σ = c·d_med(d_med = 该型 a 侧中位最近邻距离,现场计算)。表达混合仍用 1-NN 邻居(机制不碰表达矩阵);非共有型不碰;单输入阶段(b is None)走原有 read_stage/take 退路,本模块不执行。 -提交默认:`DENS_LAM=0.4, DENS_K=5, DENS_CLAMP=0.03, DENS_SCALE=nn`。括号、t、共有型、密度统计全部现场从 view 计算;无任何阶段/细胞数/数据集/board 硬编码;去栈随机方向由型标签 crc32 播种,与 `--seed` 和视图路径无关,输出只依赖数据与 seed。+## 机制生效证据(FUSE_DIAG=1,融合后/dens_eq 前,按型 max_stack) -## 机制生效证据(DENS_DIAG=1,λ=0.4 前的 λ=0.1 实测,λ 只线性缩幅度)--- 型内 kNN 距离变异系数 CV:1.486 → 1.257(λ=0.1;逐型:Peri 1.82→1.29、V-CM 1.40→1.16、pPHM 1.88→1.63、NCC 1.09→1.03、aPHM 1.25→1.18)——密度场确实在均衡;-- 位移中位数 1.92、p95 6.01(λ=0.1),位移/型内 d_med 比 0.070(λ=0.4 时约 0.28,>5% 门槛);梯度方向两两 |cos| 中位 0.56,非单方向平移;-- 全局 RMS 位移前后 337.560700934 → 337.560700934(差 <1e-9);-- 四组分(λ=0.4 vs 父 20 A半基线):expression_change 68.03→68.03、cell_state 66.37→66.37(表达未动,逐位不变);shape_scale 53.78→53.76(噪声内);local_spatial 58.09→58.22(+0.13)。+- off(1-NN):63 / 59 / 103 / 146 / 87(与父22报告的146一致)+- c=0.5:340 / 490 / 709 / 237 / 258 —— **栈反而更大**:同一局部邻域的多个 b 细胞共享同一组 k 近邻,得到完全相同的加权质心,从"多b吸到同一a细胞"变成"多b吸到同一质心";+- c=1.0:327 / 268 / 587 / 225 / 257;c=1.5:236 / 97 / 416 / 203 / 257;+- c=2.0:86 / 21 / 277 / 150 / 256;c=3.0:27 / 2 / 86 / 77 / 251 —— 只有 σ 足够大(权重随 d 平滑变化)才逐步去栈;+- 位移逐细胞异质(disp_std 90–162),非常数位移;表达矩阵逐位不变(所有配置 X 与 off 完全相等,expr/state 四舍五入不动)。 ## 关闭对照(mechanism_off_control) -`DENS_EQ=0`(即 λ=0)时 `density_eq` 在触碰坐标前直接返回,输出与父 20 提交版逐位一致(本地跑两次 off 全部 array_equal=True;父 20 同配置 A 半 61.567)。+`SOFT_C=0`(提交默认)走原 1-NN 代码路径,本地实测输出与父 22 提交版**逐位一致**(X 与 spatial_3D array_equal=True),A 半 61.594 与父 22 的 61.594 完全复现。seed 0 双跑逐位一致。 -## 查分(A 半,`vec-score --task T2:heart:val_interp`,共 15 次,额度余 5)+## 查分(A 半,`vec-score --task T2:heart:val_interp`,本节点用 11 次,余 9) -基线 = 父 20 提交配置 **61.567**(expr 68.03 / state 66.37 / shape 53.78 / local 58.09)。+| 配置 | board | expr | state | shape | local |+|---|---:|---:|---:|---:|---:|+| **off(c=0,提交)** | **61.594** | 68.03 | 66.37 | 53.76 | 58.22 |+| c=0.5, k=8 | 59.439 | 68.03 | 66.37 | 46.99 | 56.38 |+| c=1.0, k=8 | 59.806 | 68.03 | 66.37 | 47.62 | 57.21 |+| c=1.5, k=8 | 59.889 | 68.03 | 66.37 | 48.53 | 56.64 |+| c=2.0, k=8 | 60.587 | 68.03 | 66.37 | 50.28 | 57.68 |+| c=3.0, k=8 | 61.021 | 68.03 | 66.37 | 51.83 | 57.86 | -| 配置 (λ, k, clamp) | board | local | shape |-|---|---:|---:|---:|-| 0.05, 5, 0.03 | 61.557 | 58.06 | 53.78 |-| 0.1, 5, 0.03 | 61.554 | 58.05 | 53.77 |-| 0.15, 5, 0.03 | 61.565 | 58.10 | 53.76 |-| 0.2, 5, 0.03 | 61.575 | 58.15 | 53.76 |-| 0.3, 5, 0.03 | 61.587 | 58.20 | 53.76 |-| **0.4, 5, 0.03(提交)** | **61.594** | 58.22 | 53.76 |-| 0.45, 5, 0.03 | 61.586 | 58.19 | 53.76 |-| 0.6, 5, 0.03 | 61.581 | 58.17 | 53.76 |-| 1.0, 5, 0.03 | 61.577 | 58.15 | 53.76 |-| 0.3, 5, 0.05 / 0.10 | 61.544 / 61.540 | 58.14 / 58.13 | 53.65 / 53.64 |-| 0.6, 5, 0.10 | 61.524 | 58.09 | 53.62 |-| 0.3, 3, 0.03 | 61.572 | 58.14 | 53.76 |-| 0.3, 7, 0.03 | 61.571 | 58.23 | 53.66 |-| 0.4, 7, 0.03 | 61.564 | 58.20 | 53.66 |+结论(如实):**全网格单调劣于 off,判阴**。PLAN 的停止条件(c=3.0 时 local<58.0 停止大 c 方向;前 3 档 board<62.5 报弱阳性)全部触发,实际是强阴性。失败原因分析: -结论(如实):机制方向正确——λ 从 0.15→0.4 单调升、峰在 λ≈0.4、CV 显著下降、clamp≤0.03 时 shape 不动;但**净增益 +0.027 board / +0.13 local,全部低于 0.5 的噪声门,判为弱阳性**。k=7 的 local 最高(58.23)但 shape_scale 一致掉 0.1,净分更低;clamp>0.03 伤 shape(大位移改变 occupancy/d2_shape),判阴。栈是 local_spatial 的主导伪影但打散它对 A 半分数几乎无感,提示 local_spatial 的余量不在融合尖峰上。+1. 加权质心把 b 细胞系统性地拉向 a 侧局部均值,融合云的局部方差被压缩(over-smoothing),d2_shape/occupancy_dice 恶化(shape_scale 掉 2–6.8 分),且事后全局 scale_to_rms(管线里本来就有)救不回形状分量——形状损伤不在 RMS 上;+2. 小 c 时质心是"离散吸引子"(同邻域同目标),栈伪影不减反增,local_spatial 也随之掉(56.4 vs 58.2);+3. local_spatial 在**任何** c 下都没有超过 1-NN 的 58.22——与父 22 的教训一致:打散/改变融合栈对 local_spatial 无益,该组余量不在融合几何伪影上。 ## 验证过 / 未验证 -- 验证过:seed 0 两次运行逐位一致;seed 0/1 均通过 `vec-check`(17616 细胞、500 基因、无 NaN、spatial_3D 有限);off 对照与父 20 逐位一致;提交档输出与查分的 `lam0.4` 预测 array_equal;运行 ~2 s、内存与父同量级;RMS 复原差 <1e-9。-- 未验证:final 视图(31 个共有型、栈结构可能不同)上 λ=0.4 是否仍是峰——λ 曲线在 0.3–0.6 之间平坦(±0.01),风险小;DENS_SCALE=rms 档、去栈幅度与梯度幅度分离的双 λ、以及「融合时直接散布而非事后均衡」(从源头避免栈)未试。+- 验证过:off 逐位一致对照;c ∈ {0.5,1,1.5,2,3}×k=8 全网格 A 半查分;融合后栈诊断;表达不变;seed 确定性;`vec-check` 通过。+- 未验证:k≠8(k=2/3 更轻度平滑)——趋势上 c 网格已单调劣于 off、且小扰动方向(c→0 端)栈更差分数更低,未再花额度;final 视图(31 个共有型)——机制在 proxy 上判阴,按"不提交劣化机制"原则默认关闭,final 上未测。++## 下一步建议++坐标侧事后/源头几何改造已连续 6 个节点(11、17、9、22、21、24)证伪,local_spatial 与 shape_scale 对融合几何不敏感,建议彻底停止坐标几何方向;余量更可能在表达侧(expression_change 68.03 是 A 半上最强组但 final 括号覆盖率是 proxy 的 3 倍,β/p/q 档位在 final 上未重扫——父 22 next_suggestions 同)或需要机制层面全新假设。 -## 生物学知识来源+## 知识来源 -无新增外部知识:只用了「同一细胞型在相邻阶段的细胞应占据连续、无重叠的组织空间」这一泛用空间假设;密度均衡是纯几何操作,不依赖任何保留阶段/保留基因型的测量、比例、标记基因或形态信息;未使用 `external/`、`prior/`。+无外部生物知识;全部为几何/统计操作,参数现场从 view 数据计算(d_med、共有型、括号、t),无阶段/细胞数/数据集/board 硬编码。diff --git a/solution/nn_fuse.py b/solution/nn_fuse.pyindex 61ed7ce..216c53f 100644--- a/solution/nn_fuse.py+++ b/solution/nn_fuse.py@@ -36,7 +36,7 @@ def fuse_nn(coords: np.ndarray, labels_pick: np.ndarray, from_a: np.ndarray, q_gate: float = 0.0, beta_adapt: bool = False, beta_p: float = 1.0, beta_lo: float = 1.2, beta_hi: float = 3.5, min_type_cells: int = 10, gate_mode: str = "global",- beta_mode: str = "") -> dict:+ beta_mode: str = "", soft_c: float = 0.0, soft_k: int = 8) -> dict: """In-place displacement of picked b-side cells toward same-type a-side NNs. If beta > 0 and expr/expr_a/ia are given, the expression of each fused@@ -79,15 +79,36 @@ def fuse_nn(coords: np.ndarray, labels_pick: np.ndarray, from_a: np.ndarray, pos = coords[rows_b].astype(np.float64) dist, idx = tree.query(pos[:, :fuse_ndim], k=1) disp = np.zeros_like(pos)- disp[:, :fuse_ndim] = alpha * (xa[idx][:, :fuse_ndim] - pos[:, :fuse_ndim])+ if soft_c > 0.0 and xa.shape[0] >= 2:+ # soft kNN gaussian-weighted centroid target instead of hard 1-NN+ kk = int(min(max(soft_k, 1), xa.shape[0]))+ dk, ik = tree.query(pos[:, :fuse_ndim], k=kk)+ dk = np.atleast_2d(dk)+ ik = np.atleast_2d(ik)+ da, _ = tree.query(xa[:, :fuse_ndim], k=2)+ da = np.atleast_2d(da)+ d_med = float(np.median(da[:, 1]))+ sigma = max(float(soft_c) * d_med, 1e-12)+ w = np.exp(-(dk.astype(np.float64) ** 2) / (2.0 * sigma * sigma))+ tgt = np.einsum("ij,ijk->ik", w, xa[ik][:, :, :fuse_ndim].astype(np.float64)) \+ / np.maximum(w.sum(1), 1e-12)[:, None]+ disp[:, :fuse_ndim] = alpha * (tgt - pos[:, :fuse_ndim])+ else:+ disp[:, :fuse_ndim] = alpha * (xa[idx][:, :fuse_ndim] - pos[:, :fuse_ndim]) coords[rows_b] = pos + disp diag["n_fused"] += int(rows_b.size) diag["fused_rows_by_type"][lab] = rows_b+ cr = np.round(coords[rows], 3)+ _, stack_cnt = np.unique(cr, axis=0, return_counts=True) diag["types"][lab] = { "n_b": int(rows_b.size), "nn_dist": float(np.mean(dist)), "disp_norm": float(np.mean(np.linalg.norm(disp, axis=1))), "disp_std": float(np.std(disp, axis=0).mean()),+ "n_cells_type": int(rows.size),+ "n_unique_coords": int(stack_cnt.size),+ "max_stack": int(stack_cnt.max()),+ "frac_stacked": float((stack_cnt[stack_cnt > 1].sum()) / max(rows.size, 1)), } disp_stds.append(float(np.std(disp, axis=0).mean())) nn_dists.append(float(np.mean(dist)))@@ -221,7 +242,7 @@ def interpolate_fuse(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, min_type_cells: int = 10, gate_mode: str = "global", beta_mode: str = "", dens_lam: float = 0.0, dens_k: int = 5, dens_clamp: float = 0.03,- dens_scale: str = "nn"):+ dens_scale: str = "nn", soft_c: float = 0.0, soft_k: int = 8): t = float(t) damp = float(params.get("scale_damp", 1.0)) align = str(params.get("align", "procrustes"))@@ -262,8 +283,8 @@ def interpolate_fuse(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, ia=ia, beta=float(beta), varfix=bool(varfix), q_gate=float(q_gate), beta_adapt=bool(beta_adapt), beta_p=float(beta_p), beta_lo=float(beta_lo), beta_hi=float(beta_hi),- min_type_cells=int(min_type_cells), gate_mode=str(gate_mode),- beta_mode=str(beta_mode))+ min_type_cells=int(min_type_cells), gate_mode=str(gate_mode),+ beta_mode=str(beta_mode), soft_c=float(soft_c), soft_k=int(soft_k)) fused_rows_by_type = diag.pop("fused_rows_by_type", {}) dens_diag = density_eq(coords, labels_pick, list(fused_rows_by_type), float(dens_lam), int(dens_k), float(dens_clamp), str(dens_scale))@@ -318,5 +339,6 @@ def interpolate_fuse(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, spread_types=spread_diag.get("types", {}), dens_lam=float(dens_lam), dens_k=int(dens_k), dens_clamp=float(dens_clamp), dens_scale=str(dens_scale), dens_diag=dens_diag,+ soft_c=float(soft_c), soft_k=int(soft_k), ) return expr, coords.astype(np.float32), infodiff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 0d980d1..6370169 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -66,6 +66,8 @@ DENS_LAM = float(os.environ.get("DENS_LAM", "0.4")) DENS_K = int(os.environ.get("DENS_K", "5")) DENS_CLAMP = float(os.environ.get("DENS_CLAMP", "0.03")) DENS_SCALE = os.environ.get("DENS_SCALE", "nn")+SOFT_C = float(os.environ.get("SOFT_C", "0.0"))+SOFT_K = int(os.environ.get("SOFT_K", "8")) def main() -> None:@@ -114,8 +116,9 @@ def main() -> None: gate_mode=EXPR_GATE_MODE, beta_mode=EXPR_BETA_MODE, dens_lam=DENS_LAM if DENS_EQ else 0.0,- dens_k=DENS_K, dens_clamp=DENS_CLAMP,- dens_scale=DENS_SCALE)+ dens_k=DENS_K, dens_clamp=DENS_CLAMP,+ dens_scale=DENS_SCALE,+ soft_c=SOFT_C, soft_k=SOFT_K) if ref_diag: info["ref_diag"] = ref_diag elif SPATIAL_STRATIFY:
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k026 | Canonicalise predicted 3D coordinates before submission | notes/pitfalls/04_scorer_invariance.md |
| k003 | Fused Gromov-Wasserstein mapping for spatial snapshots | 10.1038/s41586-024-08453-2 |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 在nn_fuse.py中实现软kNN高斯加权质心融合目标(soft_c/soft_k,k=8,σ=c·d_med)替代1-NN硬吸附,并加栈诊断;A半实测c∈{0.5,1,1.5,2,3}全网格单调劣于off后,提交SOFT_C=0,输出与父22逐位一致(榜分/四组/耗时/内存全部+0.00)。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内(+0.00,67.08) expression_change:噪声内(+0.00,67.88;表达矩阵逐位未动) local_spatial:噪声内(+0.00,58.59;机制开启时A半任何c下均未超off的58.22,最低56.38) shape_scale:噪声内(+0.00,54.47;提交版=父22。机制开启时A半实测掉2–6.8分:c=0.5→46.99 vs off 53.76) |
| family_id | T2HI-04 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 是 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 2 次:bash 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 11,505 · 输出 947 · 思考 807 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n24 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/analyst.jsonl 6 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 19 |
| 工具调用 | 共 23 次:bash 11、edit 9、read 2、write 1 |
| 用时 | 7 分 |
| token 数 | 输入 49,809 · 输出 6,315 · 思考 5,767 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:软kNN加权质心融合替代1-NN硬吸附,从源头消除坐标栈 |
| 最后的回答(摘录) | Done. Final state verified: `solution/run.py` with default `SOFT_C=0` produces output bit-identical to parent 22 (A半 61.594), passes `vec-check`, deterministic across seeds.
**做了什么**:按 PLAN T2HI-04 在 nn_fuse.py 实现软 kNN 高斯加权质心融合(k=8,σ=c·d_med)替代 1-NN 硬吸附,跑 off 对照(逐位一致)+ c∈{0.5,1,1.5,2,3} 全网格,共 11 次查分。
**查分结果**:全网格单调劣于 off——c=0.5→3.0 board 59.44→61.02,均低于 off 61.59;shape_scale 掉 2–6.8、local_spatial 在任何 c 下都未超 58.22,强阴性判阴。诊断显示小 c 时同邻域 b 细胞共享质心,栈反而从 146 涨到 709。提交 SOFT_C=0(=父 22 逐位一致,不倒退),METHOD.md 如实记录。
**下一步最值得试**:坐标几何方向已连续 6 节点证伪(11/17/9/22/21/24),应彻底停止;余量更可能在表达侧——在 final 括号(31 共有型、覆盖率 3×)重扫 β_base/p/q 档位,或表达侧全新机制假设。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/engineer.jsonl 145 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 2 分 |
| token 数 | 输入 14,051 · 输出 1,067 · 思考 4,340 |
| 任务(第一行) | 为节点 n24(改进,父节点 n22)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "软kNN加权质心融合替代1-NN硬吸附,从源头消除坐标栈",
"motivation": "父22 ANALYSIS明确指出:(1)事后几何均衡(节点22 +0.13)、随机弥散(节点11)、径向匹配(节点17)、形状插值(节点9)均已证伪,不应再做事后位移;(2)建议'改在融合源头消除坐标栈——α=1.0精确吸附改为把b细胞散布到a侧最近邻周围'。当前shape_scale 54.47为最弱组、local_spatial 58.59次弱。α=1.0硬1-NN导致33–77%细胞处于完全重复栈(最大146细胞/点),这是occupancy_dice和局部空间指标的结构瓶颈。节点18证明α<1单调降分(不到达目标),节点11证明事后随机抖动无效,节点21证明容量约束LAP零响应——但从未试过改变目标点本身的计算方式(从单点变为加权质心)。",
"approach": "在nn_fuse.py中把硬1-NN目标替换为软kNN加权质心:对每个被融合b细胞,找a侧同型k=8个最近邻,计算高斯加权质心 target_i = Σ_j w_j·pos_a_j / Σ_j w_j,w_j = exp(−d_ij²/(2σ²)),σ = c·d_med(d_med为该型a侧中位NN距离)。b细胞新坐标 = target_i(等价α=1.0但目标不再是单个a细胞坐标)。关键参数:c(带宽系数),初值1.0,搜索{0.5, 0.75, 1.0, 1.5, 2.0, 3.0};k固定8(足够平滑且计算快)。实现步骤:(1)修改nn_fuse.py,在cKDTree查询后取k=8邻居,计算加权质心替代1-NN坐标;(2)c=0退化为1-NN(off对照);(3)vec-score快速扫c网格(每次~2s),选local+shape净分最高的c;(4)确认shape_scale不降(若降则加RMS复原);(5)提交最佳c。单输入阶段退路:b is None时走原有read_stage/take,本模块不执行。全程不碰表达矩阵,不碰非共有型。",
"expected_groups": ["local_spatial", "shape_scale"],
"risks": "1) σ过大(c>2)导致目标过于平均化,丢失局部结构,local_spatial反降——Engineer应在c=3.0时若local<58.0即停止大c方向;2) σ过小(c<0.5)退化为1-NN,无效果——与off对照比较即可发现;3) 加权质心可能系统性偏移型心,改变全局shape——用RMS复原+质心对齐保护;4) 增益仍在噪声内(<1分)——若前3个c值board均<62.5,如实报告弱阳性。尽早发现:第一次c=1.0跑完即知方向正误。",
"family_id": "T2HI-04",
"mechanism": "将1-NN硬目标替换为k近邻高斯加权质心,每个b细胞的融合目标取决于其局部邻域的加权几何中心而非单个a细胞坐标,从源头消除多b细胞映射到同一a坐标的栈伪影。",
"vs_constant_shift": "常数位移对型内所有细胞施加相同向量;本机制为每个b细胞计算不同的加权质心目标(取决于其独特的局部邻域构型),位移方向和幅度逐细胞异质,且仅在共有型的融合b细胞上生效。",
"mechanism_evidence": "Engineer应记录:(1)融合后型内唯一坐标数(off=1-NN时约124个唯一坐标,on时应接近细胞总数);(2)型内kNN距离CV(应从1.49下降);(3)位移向量两两余弦分布(应非单峰,证明非平移);(4)四组分各自变化(预期local+shape升、expr/state不动);(5)最大栈大小应从146→1或2。",
"mechanism_off_control": "c=0(或设SOFT_FUSE=0)时σ→0,高斯权重退化为1-NN(最近邻权重1、其余为0),输出与父22提交版逐位一致。Engineer跑off对照确认array_equal=True。",
"sources": []
}
``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/researcher.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 11 |
| 工具调用 | 共 16 次:bash 8、read 7、write 1 |
| 用时 | 3 分 |
| token 数 | 输入 41,172 · 输出 1,741 · 思考 2,830 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n24 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/reviewer.jsonl 188 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24/nodes/24/reviewer.stderr |