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节点 n47 在终选来历上

q=0.7 操作点下再闭合强度 γ 从 1.5 重扫至 2.0、型因子封顶 cap 从 3 放宽至 10（β=-0.10 不变），型间亮度结构保留更多，nb_mmd/mmd_u/variogram 同步改善。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git e755c16aa0:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 2fe857c90f。改动的文件：solution/METHOD.md +95 −102、solution/README.md +15 −16、solution/run.py +67 −28

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 427722f..5807553 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,102 +1,95 @@-# 节点44：符号反转型内前沿解码（β=−0.1，前沿细胞少移/后沿细胞多移，型内沿速度轴同步化收缩）×型内分位数再闭合参考（q=0.7），叠加节点43管线--- family_id: T2HX-01-- parent: node 43（A 半 58.2125，B 半 58.49）-- 提交配置（run.py 默认，无需环境变量）：w=0.3、γ=1.5、cap=3、β_rec=0.15、ε=0.1、k=0.5、α=1、PBC=10、-  **VEC_TYPEREC_Q=0.7、VEC_FRONT_BETA=−0.10**、坐标/行序/细胞数/组成冻结-- A 半 proxy_noscale：**58.50**（+0.29 vs 父 58.2125）-- `--ablate mechanism`：FRONT_BETA→0 且 TYPEREC_Q→0.5，其余保持节点43提交态；已验证与父43输出 **bit-identical**（array_equal 全部 X 数据与坐标）--## PLAN 执行结果：正向 FRONT_BETA 被证否，提交备选机制--PLAN 的机制是"前沿细胞获得更大位移"（β>0）。按 PLAN 步骤 1–2 执行后**证否**：--| FRONT_BETA | A半总分 | de_score | de_direction | mmd_u | variogram | nb_mmd |-|---|---|---|---|---|---|---|-| 0（父43基线） | 58.21 | 0.3056 | 0.4189 | 0.04400 | 0.034427 | 0.07258 |-| +0.05 | 58.26 | 0.3194 | 0.4175 | 0.04448 | 0.033994 | 0.07273 |-| +0.10 | 58.09 | 0.2917 | 0.4158 | 0.04512 | 0.033619 | 0.07302 |-| +0.15 | 58.02 | 0.2917 | 0.4129 | 0.04587 | 0.033314 | 0.07339 |-| +0.20 | 57.86 | 0.2778 | 0.4091 | 0.04674 | 0.033063 | 0.07386 |-| +0.25 | 57.70 | 0.2639 | 0.4036 | 0.04763 | 0.032873 | 0.07433 |-| +0.30 | 57.64 | 0.2778 | 0.3994 | 0.04861 | 0.032722 | 0.07491 |--PLAN 步骤 1 的守卫在 β=0.15 即失败（nb_mmd 0.07339 > 基线 0.07258，mmd_u 0.04587 > 0.045）；nb_mmd/mmd_u/de_direction-随 β>0 单调恶化，只有 variogram 单调改善——E8.75→E9.5 这一步上，型内云沿速度轴**拉伸**是错的方向（该轴上的离散度已经过大）。-结论：PLAN 的正向型内前沿解码证否（6 档幅度、守卫失败，满足 §5 判定条件）。--## 备选机制（针对同一弱项 local_spatial / cell_state）--### (a) 符号反转前沿解码 β<0（同一 VEC_FRONT_BETA 机制轴，反号）--生物学读法：型内细胞沿发育轴**同步化**（已领先的细胞少位移、滞后的细胞多位移），型内云沿速度方向收缩，-对应真实阶段群体在快速形态发生期中异步度下降。逐细胞调制：v_i = v_t·(1+β·z_i)，z_i 为细胞中心化平滑谱-在 v_t 上的标准化投影（均值 0、|z|≤3 截断），全部 24826 个细胞被调制（DEBUG: cells_modulated=1.000）。--| FRONT_BETA | A半总分 | de_score | de_direction | mmd_u | variogram | nb_mmd |-|---|---|---|---|---|---|---|-| −0.05 | 58.27 | 0.3194 | 0.4193 | 0.04371 | 0.034884 | 0.07245 |-| −0.10 | 58.26 | 0.3194 | 0.4185 | 0.04342 | 0.035328 | 0.07233 |-| −0.15 | 58.25 | 0.3194 | 0.4183 | 0.04322 | 0.035680 | 0.07227 |--nb_mmd/mmd_u/de_score 随 |β| 单调改善，variogram 单调恶化，净效应 ≈ +0.05（单独不足以提交）。-de 两项移动的原因：Newton 复原的目标伪批量本身按调制后速度计算，β≠0 时 dp 轻微改变（此处 de_score 0.3056→0.3194，改善）。--### (b) 型内分位数再闭合参考 q=0.7（ANALYSIS next_suggestions，cell_state 弱项）--节点40/43 的型内再闭合把每个细胞拉向其**型内中位**膨胀比；改为拉向型内 q 分位（全局分母同 q，-q=0.5 时与节点43 bit-identical，已验证）。dp/de 由 Newton 复原逐位钉死（速度未变，de_score=0.3056、-de_direction=0.4189 全部不变——机制作用面确实只在细胞间再分配）：--| TYPEREC_Q | A半总分 | mmd_u | variogram | nb_mmd |-|---|---|---|---|---|-| 0.4 | 58.12 | 0.04451 | 0.034340 | 0.07345 |-| 0.5（父） | 58.21 | 0.04400 | 0.034427 | 0.07258 |-| 0.6 | 58.36 | 0.04327 | 0.034514 | 0.07139 |-| 0.65 | 58.39 | 0.04304 | 0.034555 | 0.07116 |-| 0.7 | 58.38 | 0.04321 | 0.034457 | 0.07118 |-| 0.8 | 57.94 | 0.04519 | 0.034691 | 0.07465 |--内点平台 0.6–0.7：nb_mmd −1.9%、mmd_u −1.8%。解释：q>0.5 的参考电平保留了位移造成的型内"亮尾"结构-（型因子封顶命中数 9→19/33，f_cell^γ q05/q50/q95 = 0.084/0.273/11.85），比拉向中位更接近目标的型内亮度分布。--### (c) 组合与对照（提交 = 最优组合）--| 配置 | A半总分 | expr | cell_state | local |-|---|---|---|---|---|-| q0.7 × β−0.05 | 58.485 | 61.77 | 60.34 | 61.83 |-| **q0.7 × β−0.10（提交）** | **58.50** | 61.75 | 60.30 | **61.95** |-| q0.7 × γ1.6 | 58.47 | 61.74 | 60.47 | 61.67 |-| q0.7 × γ1.6 × β−0.05 | 58.45 | 61.49 | 60.49 | 61.83 |--提交配置相对父43的 raw 位移：nb_mmd 0.07258→0.07040（−3.0%）、mmd_u 0.04400→0.04231（−3.8%）、-de_score 0.3056→0.3194（+4.5%）、de_direction 0.4189→0.4185（持平）、variogram 0.034427→0.035328（+2.6%，β<0 的已知代价，q0.7 部分补偿）。-两机制作用面正交：q 改型级亮度参考（de 逐位不动），β 改型内速度分配（dp 轻移、此处 de_score 变好）。--## 查分账目（20/20 用尽）--基线×2（第二次为取分项明细，评分服务确定性：同文件两次结果逐位相同）、β>0 六档、β<0 三档、-q 五档、组合四档 = 20。γ1.6 与 q0.7 的更细交互及 β−0.10×γ1.6 组合因额度用尽未查分。--## 验证过 / 未验证--验证过（全部本地、不耗额度除注明外）：-- 提交默认输出 == 已查分的 q0.7_fbn10 文件（bit-identical）；`--ablate mechanism` == 父43基线输出（bit-identical）-- vec-check（vec-score check）通过-- 伪装视图（换路径、manifest 键序打乱+重排版、全部时间含 external 窗口 +1 天、阶段名改写）：输出 bit-identical-- seed 0 与 seed 1：输出 bit-identical（锚 n=24826 ≤ max_cells，take() 返回全部行）-- 单输入阶段视图：回退为锚阶段原样输出（β 与 q 机制都不触发，PLAN 步骤 6 退路成立）-- external/ 为空：w 强制 0，输出 == VEC_EXT_W=0 路径 bit-identical-- 门控通过：std_ratio=0.2876 ≥ 0.01，spearman=0.5742 ≥ 0.3；Newton 复原 dp_L2=1.8e−14--未验证：-- B 半迁移：A 半 +0.29 < PLAN 自设的 0.5 噪声阈值，但评分服务确定性意味着 A 半差异非抽样噪声；-  raw 位移方向与父43已验证兑现的指标轴一致（nb_mmd/mmd_u），外推榜本地尺子历史高估（54.2→49.6 先例）仍是主要风险-- β−0.10 vs β−0.05 vs γ1.6 组合之间差 ≤0.05，选择依据是 nb_mmd（权重最大+结构门）最优-- FRONT_CLIP、cap 在 q=0.7 下的重扫（额度用尽）--## 知识来源--无新增生物学先验；全部机制为数据驱动（型内速度方向投影、运行时从输入数据计算的膨胀场分位数），-不依赖任何保留阶段/基因型的测量值。外部 Qiu E8.75 心脏样本按 view 窗口规则挂载（锚同时刻复制，w=0.3 承自节点41/43），-型匹配在运行时由伪批量相关性数据驱动（corr≥0.30，本视图 10 型命中），无硬编码标签映射。+q=0.7 操作点下再闭合强度 γ 从 1.5 重扫至 2.0、型因子封顶 cap 从 3 放宽至 10（β=-0.10 不变），型间亮度结构保留更多，nb_mmd/mmd_u/variogram 同步改善。++# 节点 47（improve，父 44，T2HX-01，board T2:heart:val_extrap）++## 方法++父 44 管线全部保留（copy_last 基座：坐标/行序/细胞数/组成冻结；坐标 15-NN 两步支撑掩码扩散平滑 ε=0.1 ++伪批量列缩放复原；按共有型相对差速度 v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1) 乘法位移 α=1、k=0.5 软阈值；外部 Qiu 锚同时刻+复制按型匹配 w=0.3 混入速度；符号反转前沿解码 β=-0.10；型内 q=0.7 分位再闭合；PBC=10；逐基因 Newton+伪批量精确复原），本节点只动两个再闭合参数：++1. **VEC_GAMMA 1.5 → 2.0**（再闭合强度：s_i=(r_ref/r~_i)^γ，把细胞拉向型内参考电平的力度）。+2. **VEC_TYPEREC_CAP 3 → 10**（型因子 f_t = 型内 q 分位 / 全局 q 分位 的封顶；cap 在 f_t 上生效后再取 γ 次幂）。++PLAN 假设被证实的部分：q=0.7 改变了 γ 与 cap 的最优点（cap 在 q=0.5 下扫出 3，在 q=0.7 下最优点移到 ≥10；+γ 最优点从 1.5 移到 2.0 附近）。机制作用面与父相同：dp 被 Newton 复原钉死，改动只通过细胞间表达再分配+和（随 γ/cap 轻移的）复原目标影响分布类指标。++## 查分记录（18/20 次，全部 proxy_noscale A 半；守卫 variogram_raw≤0.0360、nb_mmd_raw≤0.07040）++| # | 配置（相对父 44 的改动） | total | de_score | de_dir | mmd_u | variogram | nb_mmd | 守卫 |+|---|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---|+| 1 | 父 44 复跑（γ1.5 cap3 β-0.10 q0.7） | 58.499 | 0.3194 | 0.4185 | 0.04231 | 0.03533 | 0.07040 | 基线 |+| 2 | γ1.6 | 58.478 | 0.3056 | 0.4184 | 0.04250 | 0.03467 | 0.07036 | ✓（total<58.50 未过 PLAN 步骤1门） |+| 3 | γ1.7 | 58.566 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04276 | 0.03407 | 0.07041 | ✓（nb 边界 +1e-5） |+| 4 | γ1.8 | 58.577 | 0.3194 | 0.4163 | 0.04306 | 0.03353 | 0.07054 | ✗ mmd_u>0.0430 且 nb 超守卫 → PLAN 止损 |+| 5 | γ1.7 β-0.15 | 58.518 | 0.3056 | 0.4168 | 0.04242 | 0.03441 | 0.07013 | ✓ 但 de_score 掉档 |+| 6 | γ1.7 β-0.05 | 58.599 | 0.3333 | 0.4169 | 0.04325 | 0.03365 | 0.07084 | ✗ nb 超守卫 → 弃 |+| 7 | γ1.7 cap2 | 58.135 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04493 | 0.03391 | 0.07397 | ✓ 显著劣化 |+| 8 | γ1.7 cap5 | 58.888 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04091 | 0.03446 | 0.06781 | ✓ |+| 9 | γ1.7 cap10 | 58.911 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04047 | 0.03493 | 0.06745 | ✓ |+| 10 | γ1.7 cap1000 | 58.774 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04061 | 0.03561 | 0.06825 | ✓ 但 variogram 转差 → cap 峰在 ~10 |+| 11 | γ1.7 cap10 β-0.15 | 58.867 | 0.3056 | 0.4168 | 0.04009 | 0.03514 | 0.06732 | ✓ 低于 β-0.10 |+| 12 | γ1.7 cap10 clip2 | 58.910 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04047 | 0.03492 | 0.06747 | clip 不咬合（≈#9） |+| 13 | γ1.6 cap10 | 58.796 | 0.3056 | 0.4184 | 0.04038 | 0.03549 | 0.06763 | ✓ |+| 14 | γ1.8 cap10 | 58.951 | 0.3194 | 0.4163 | 0.04059 | 0.03443 | 0.06734 | ✓ |+| 15 | **γ2.0 cap10（提交）** | **59.012** | 0.3194 | 0.4162 | 0.04091 | 0.03355 | 0.06724 | ✓ |+| 16 | γ2.4 cap10 | 59.032 | 0.3056 | 0.4220 | 0.04173 | 0.03220 | 0.06728 | ✓ 但 de_score/mmd_u 转差（+0.02 噪声内） |+| 17 | γ2.0 cap20 | 59.020 | 0.3194 | 0.4162 | 0.04036 | 0.03400 | 0.06716 | ✓ 与 #15 噪声内相同 |+| 18 | 提交配置 seed 1 复核 | 59.012 | 同 #15（逐位相同输出） | | | | | ✓ |++选 γ=2.0、cap=10：γ 曲线（cap10）1.6/1.7/1.8/2.0/2.4 → 58.796/58.911/58.951/59.012/59.032，2.0→2.4 增量++0.02 在噪声内且 2.4 处 de_score 掉档、mmd_u 反弹，2.0 是内点；cap 曲线（γ1.7）2/3/5/10/20(γ2.0)/1000 →+58.135/58.566/58.888/58.911/59.020/58.774，10–20 平台、1000 转差，取 10。β=-0.10 在 cap10 下仍优于+-0.05（守卫破）与 -0.15（de 掉档）；clip 2/3 无差，保持 3。++## PLAN 步骤 4 全指标对比（提交 vs 父 44，A 半 raw）++nb_mmd 0.07040→0.06724（−4.5%）、mmd_u 0.04231→0.04091（−3.3%）、variogram 0.03533→0.03355（−5.0%）+三项改善；de_score 0.3194 逐位不变；de_direction 0.4185→0.4162（−0.55%，<5%）；形状三项逐位不变（坐标冻结，+锁在地板）。守卫全过。**满足"至少 3 项 raw 改善、无单项恶化 >5%"。**++## 机制生效证据（PLAN mechanism_evidence 对照）++1. γ 扫描在 cap10 下单调上行至 2.0（非随机波动）✓；2. β 加深方向 nb_mmd/mmd_u 继续改善、variogram 代价+递增（#5/#11 与父 44 扫描方向一致）✓；3. q 改变 γ/cap 最优点：q=0.5 下 γ 峰在 1.5–1.65（节点 43 记录）、+cap=3；q=0.7 下 γ 峰移到 ~2.0、cap 峰移到 ~10（交互存在）✓；4. cap 咬合证据：cap=2→1000 输出 md5 全部+不同、nb_mmd 0.07397→0.06745 系统性变化，型因子确被封顶截断（DEBUG 下 q=0.5 时 9/33 型咬合，q=0.7 下+cap=3 仍咬合、cap=10 放宽后型内方差实测改变）✓。++## --ablate 对照++`--ablate mechanism`：γ→1.35（GAMMA_ABLATE）、cap→3、β→0、q→0.5，其余管线不变（PLAN off-control 的字面+实现）。已在本地验证：ablate 输出 = 手动设 VEC_GAMMA=1.35 VEC_TYPEREC_CAP=3 VEC_FRONT_BETA=0+VEC_TYPEREC_Q=0.5 的输出（md5 逐位相同），且 ≠ 提交输出（mechanism_active=yes 成立）。**注意**：PLAN 预期+"逐位=节点35"不可能字面成立——节点 35 早于 ext 混速/型内再闭合/Newton 复原（节点 41/40/43 引入），而 PLAN+同时要求"其余管线不变"，故 ablate 保留 w=0.3、type_rec、Newton（这是 PLAN 两处表述的冲突，取"其余管线不变"+的字面语义）。ablate 输出通过 vec-check。++## 已验证++- 提交配置默认参数下输出与查分文件逐位相同（md5）；seed 0 复跑逐位相同；seed 1 输出逐位相同（锚细胞数+  24826 ≤ max_cells 25179，行选择不依赖 seed）且 A 半分数相同（59.012）。+- 伪装视图（随机路径、manifest 键序打乱+重排版、全部阶段时间含 external 窗口 +1 天）：输出逐位相同+  （view 无关）。+- 单输入阶段视图（去掉 E8.25 输入+external 清空）：正常退出，锚阶段原样输出（退路承自父，未改动）。+- external/ 清空：输出 = VEC_EXT_W=0 路径逐位相同。+- vec-check（提交/ablate 两输出）：ok。+- 未用任何保留阶段/基因型数据；未用任何由已发布阶段尺寸算出的常数；无绝对时间依赖（只用时间差与输入顺序）。+- 知识来源：无新增生物学知识条目（本节点是纯参数再优化，所有量从视图数据现场计算）。++## 未验证 / 风险++- A 半 +0.51（58.499→59.012）在 ±1 分噪声量级内；提交依据是 raw 单调响应（cap 2→10、γ 1.6→2.0 两条曲线）+  与三项分布指标一致改善，不是单次总分差。外推榜本地尺子历史高估（54.2→49.6 先例），B 半兑现幅度未知。+- de_direction −0.55% 与 de_score 的 0.3056/0.3194 档位跳动源于 Newton 复原目标随 γ/cap 轻移的排序翻转，+  B 半可能落在另一档（±0.07 pts 量级）。+- γ=2.0/cap=10 的型因子有效范围 f_t^γ ∈ [0.01, 100]，比父的 [0.19, 15.6] 宽一个量级；真实外推目标+  （E10.5，共有型更少时 f_t 分布可能不同）上该范围的稳健性只能在 B 半/终选检验。+- 未在 cap 10–20 之间细扫（噪声内，无意义）；未重扫 w、ε、k、β_rec（父节点已扫，本节点额度优先给了+  PLAN 指定的 γ/β/cap/clip）。++## 查分额度++20 次上限，用 18 次（含 1 次父配置复跑基线、1 次 seed1 复核），余 2。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex c4fa9b9..5d19574 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,21 +1,20 @@-# 提交态 = 节点43基座 + 符号反转型内前沿解码 × 型内分位数再闭合参考（node 44，T2HX-01，T2:heart:val_extrap）+# 提交态 = 节点44基座 + q=0.7 操作点下 γ×cap 联合再优化（node 47，T2HX-01，T2:heart:val_extrap） -copy_last 基座（坐标/行序/细胞数/组成冻结）与解码管线承自节点 33/35/41/43：锚阶段表达在坐标 15-NN 图上+copy_last 基座（坐标/行序/细胞数/组成冻结）与解码管线承自节点 33/35/41/43/44：锚阶段表达在坐标 15-NN 图上 两步支撑掩码扩散平滑（ε=0.1，保零模式、伪批量列缩放复原），按共有细胞型相对差速度 v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1)-乘法位移（α=1，k=0.5 软阈值），外部 Qiu 锚同时刻复制按型匹配后以 w=0.3 混入速度；门控通过后做型内-再闭合（型因子 ±3× 封顶，γ=1.5）+ PBC=10 + 逐基因 Newton 伪批量精确复原。+乘法位移（α=1，k=0.5 软阈值），外部 Qiu 锚同时刻复制按型匹配后以 w=0.3 混入速度，符号反转前沿解码+β=-0.10；门控通过后做型内 q=0.7 分位再闭合（型因子封顶 ±10×，γ=2.0）+ PBC=10 + 逐基因 Newton 伪批量+精确复原。 -**节点44机制一（`VEC_FRONT_BETA=-0.10`，符号反转前沿解码）**：型内每个细胞的速度按其在型内发育前沿轴-（中心化平滑谱在本型 v_t 方向上的标准化投影 z_i，|z|≤3）调制为 v_i=v_t·(1+β·z_i)：前沿细胞少位移、-后沿细胞多位移（β<0，型内沿速度轴同步化收缩）。PLAN 的正向 β>0 经 6 档查分证否（nb_mmd/mmd_u/de_direction-单调恶化）。全部 24826 个细胞被调制；单输入阶段视图自动退化为锚原样。+**节点47机制（`VEC_GAMMA=2.0`、`VEC_TYPEREC_CAP=10`）**：在父 44 的 q=0.7×β=-0.10 操作点上按 PLAN 联合+重优化再闭合强度 γ 与型因子封顶 cap。q=0.7 改变了两者最优点（q=0.5 下 γ≈1.5、cap=3；q=0.7 下 γ≈2.0、+cap≈10）：更宽封顶保留更多型间亮度结构，更强 γ 把型内细胞更紧地拉向型内 70 分位参考。dp 仍被 Newton+复原钉死，机制只通过细胞间再分配与复原目标轻移起作用。β=-0.10、q=0.7、clip=3 经重扫确认仍是最优+（β-0.05 破 nb_mmd 守卫、β-0.15 掉 de_score 档；clip 不咬合）。 -**节点44机制二（`VEC_TYPEREC_Q=0.7`，型内分位数再闭合参考）**：型内再闭合的参考电平从型内中位换成型内-70 分位（全局分母同分位；q=0.5 逐位还原节点43）。Newton 复原把 dp 精确钉在复原目标上，本机制只在细胞间-再分配表达（de 两项逐位不变）。内点平台 q∈[0.6,0.7]。+`--ablate <任意名>`：γ→1.35、cap→3、β→0、q→0.5（PLAN off-control 字面实现），其余管线不变；输出 ≠ 提交+输出（已验证，且 = 手动回退旋钮的输出逐位相同）。 -`--ablate <任意名>`：FRONT_BETA→0、TYPEREC_Q→0.5，其余保持提交态 → 输出与父节点43逐位相同（已验证）。--A 半 proxy_noscale：提交 **58.50**（父43 58.21；nb_mmd 0.07258→0.07040、mmd_u 0.04400→0.04231、-de_score 0.3056→0.3194、variogram 0.034427→0.035328）。20 次查分网格与全部验证（伪装视图/种子/单输入/-空 external/bit-identical 对照）见 METHOD.md。+A 半 proxy_noscale：提交 **59.01**（父44 58.50；nb_mmd 0.07040→0.06724、mmd_u 0.04231→0.04091、+variogram 0.03533→0.03355、de_score 0.3194 逐位不变、de_direction 0.4185→0.4162）。18 次查分网格与全部+验证（伪装视图/种子/单输入/空 external/ablate 对照）见 METHOD.md。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 283eb5a..9be3e90 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -24,11 +24,43 @@ Mechanism (on by default, alpha = 1.0):  Coordinates, row order and cell count are never modified. ---ablate <name> (any name) turns THIS node's mechanisms off (node 44:-VEC_FRONT_BETA -> 0 and the re-closure reference quantile VEC_TYPEREC_Q ->-0.5) and keeps the rest of the pipeline unchanged (node 43's submitted state:-w=0.3, gamma=1.5, cap=3, type-rec + Newton restoration on), so the ablated-run is bit-for-bit parent node 43 (verified locally by array_equal).+--ablate <name> (any name) follows the node-47 PLAN off-control: it reverts+the re-optimised operating point (gamma -> 1.35, VEC_TYPEREC_CAP -> 3,+VEC_FRONT_BETA -> 0, VEC_TYPEREC_Q -> 0.5) and keeps the rest of the pipeline+as submitted (w=0.3, type-rec + Newton restoration on). Note this is the+PLAN's literal knob rollback, NOT bit-for-bit node 35 (node 35 predates the+ext mix / type-rec / Newton mechanisms, which stay on per "其余管线不变").++Node 47 (PLAN T2HX-01: joint gamma x beta re-optimisation at the q=0.7+operating point + type-factor cap re-scan; SUBMITTED gamma=2.0, cap=10,+beta=-0.10, q=0.7 -- only the two re-closure knobs moved vs node 44):+(a) gamma re-scan at q=0.7, beta=-0.10, cap=3: 1.5(base)/1.6/1.7/1.8 ->+    A-half 58.499/58.478/58.566/58.577. gamma=1.7 passes the PLAN guards+    (variogram 0.03407 <= 0.0360, nb_mmd 0.07041 ~= 0.07040); gamma=1.8+    breaks both (mmd_u 0.04306 > 0.0430 risk-stop, nb_mmd 0.07054 > guard).+    gamma=1.6 fails the PLAN step-1 total gate (58.478 < 58.50).+(b) beta re-scan at gamma=1.7, cap=3: -0.05/-0.10/-0.15 -> 58.599/58.566/+    58.518. beta=-0.05 has the higher total but breaks the nb_mmd guard+    (0.07084 > 0.07040); beta=-0.15 trades de_score down (0.3056 vs 0.3194).+    beta=-0.10 kept (guard-compliant, de_score at its high level).+(c) TYPEREC_CAP re-scan at gamma=1.7, q=0.7, beta=-0.10: 2/3/5/10/1000 ->+    58.135/58.566/58.888/58.911/58.774. The cap optimum MOVED UP under the+    q=0.7 reference (the parent's cap=3 was tuned at q=0.5): nb_mmd+    0.07041 -> 0.06745 and mmd_u 0.04276 -> 0.04047 from cap 3 -> 10, with+    all guards passing. cap=20 noise-equal at gamma=2.0 (59.020 vs 59.012);+    cap=1000 degrades variogram (0.03561) -- 10 is the interior choice.+(d) gamma re-scan at cap=10: 1.6/1.7/1.8/2.0/2.4 -> 58.796/58.911/58.951/+    59.012/59.032. gamma=2.4 is noise-equal but drops de_score to 0.3056+    and mmd_u to 0.04173; gamma=2.0 submitted. FRONT_CLIP 2 vs 3 at+    gamma=1.7/cap=10: 58.910 vs 58.911 (clip does not bite; kept 3).+SUBMITTED gamma=2.0, cap=10, q=0.7, beta=-0.10: A-half 59.012 vs parent+58.499 (+0.51). Raws vs parent: nb_mmd 0.06724 (-4.5%), mmd_u 0.04091+(-3.3%), variogram 0.03355 (-5.0%), de_score 0.3194 (bit-level),+de_direction 0.4162 (-0.55%). PLAN step-4 check: 3 raws improved, no single+raw worse by >5%. Guards: variogram 0.03355 <= 0.0360, nb_mmd 0.06724 <=+0.07040. dp is pinned by the Newton restoration, so the mechanism acts only+through between-cell redistribution + the (fixed-velocity) restoration+target. 18 vec-score queries (quota 20).  Node 44 (PLAN T2HX-01 per-cell frontier decode; the PLAN's POSITIVE beta was FALSIFIED, submitted instead: SIGN-REVERSED frontier decode beta=-0.10 x@@ -483,8 +515,8 @@ Experiment knobs (defaults = submitted configuration): VEC_VEL_REGRESS (0), VEC_REGRESS_MODE (type), VEC_REGRESS_W (1.0), VEC_REGRESS_MINGENES (50), VEC_SMOOTH_STEPS (2), VEC_SMOOTH_EPS (0.1), VEC_SMOOTH_K (15), VEC_ALPHA (1.0),-VEC_C (0.0 = pure multiplicative), VEC_K (0.5), VEC_GAMMA (1.5; node 43-re-scan, inherited base -- no longer reverted under --ablate),+VEC_C (0.0 = pure multiplicative), VEC_K (0.5), VEC_GAMMA (2.0 = node 47+submitted; 1.5 = node 43 base, 1.35 restored under --ablate), VEC_RECLOSE_GEO (1), VEC_TYPEREC_Q (0.7 = node 44 submitted quantile re-closure reference; 0.5 = node 43 median, restored under --ablate), VEC_BETA_REC (0.15; negative values sharpen the re-closure field, node 37@@ -507,7 +539,8 @@ mixshrink only), VEC_EXT_LEVEL (mult; add|none), VEC_EXT_MINCELLS (20), VEC_EXT_MINCORR (0.30), VEC_EXT_TOL (0.25 days, time-difference tolerance), VEC_FRONT_BETA (-0.10 = node 44 submitted, sign-reversed per-cell frontier decode; positive direction falsified; 0 = off under --ablate),-VEC_FRONT_CLIP (3.0), VEC_TYPEREC_CAP (3.0), VEC_TYPEREC_CAPMODE (f),+VEC_FRONT_CLIP (3.0), VEC_TYPEREC_CAP (10.0 = node 47 submitted; 3.0 =+node 43 base, restored under --ablate), VEC_TYPEREC_CAPMODE (f), VEC_NEWTON_RESTORE (1), VEC_NEWTON_TOL (1e-13), VEC_NEWTON_ITERS (200). No absolute stage times are used; only the ordering of manifest inputs. """@@ -532,7 +565,7 @@ from src.task2_spatial.view_io import ( ALPHA = float(os.environ.get("VEC_ALPHA", "1.0")) PSEUDOCOUNT = float(os.environ.get("VEC_C", "0.0")) SOFT_K = float(os.environ.get("VEC_K", "0.5"))-GAMMA = float(os.environ.get("VEC_GAMMA", "1.5"))  # node 43: re-scanned under within-type re-closure + Newton restoration (1.1/1.2/1.35/1.5/1.65/1.8 -> 57.44/57.75/57.99/58.11/58.13/58.05 A-half; 1.5 submitted, interior plateau with 1.65)+GAMMA = float(os.environ.get("VEC_GAMMA", "2.0"))  # node 47: re-scanned at cap=10 (1.6/1.7/1.8/2.0/2.4 -> 58.796/58.911/58.951/59.012/59.032 A-half; 2.0 submitted -- 2.4 is noise-equal but de_score/mmd_u degrade there); node 43 base was 1.5 under cap=3 GAMMA_ABLATE = float(os.environ.get("VEC_GAMMA_ABLATE", "1.35"))  # inherited node-35 base value, restored under --ablate (PLAN off-control: ablated output bit-for-bit node 35) DOMAIN = os.environ.get("VEC_DOMAIN", "log")  # "log" (node 24) or "lin" (node 25) CAPD = float(os.environ.get("VEC_CAPD", "0.0"))  # hard log-domain displacement cap (0 = off)@@ -662,7 +695,7 @@ TYPE_REC = os.environ.get("VEC_TYPE_REC", "1") not in ("0", "", "false", "False" # brightness spread the displacement created -- the direction opposite to # node 39's falsified within-type contraction. TYPEREC_Q = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_Q", "0.7"))  # node 44 submitted; 0.5 = node 43 median-TYPEREC_CAP = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAP", "3.0"))  # ±cap of the type factor (0 = off)+TYPEREC_CAP = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAP", "10.0"))  # node 47: re-scanned at q=0.7 (2/3/5/10/20/1000 -> 58.135/58.566/58.888/58.911/59.020/58.774 A-half at gamma=1.7; 10 submitted -- interior of the 10-20 plateau, 1000 blows the variogram); ±cap of the type factor (0 = off) TYPEREC_CAPMODE = os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAPMODE", "f")  # "f": cap f_t; "fg": cap f_t**gamma NEWTON_RESTORE = os.environ.get("VEC_NEWTON_RESTORE", "1") not in ("0", "", "false", "False") NEWTON_TOL = float(os.environ.get("VEC_NEWTON_TOL", "1e-13"))@@ -1084,17 +1117,23 @@ def main() -> None:     pseudocount = PSEUDOCOUNT     gamma = GAMMA     typerrec_q = TYPEREC_Q-    # Node 44 off-control (PLAN mechanism_off_control: VEC_FRONT_BETA=0 ->-    # parent node 43 behaviour): --ablate <any> turns off ONLY this node's-    # two mechanisms -- the sign-reversed per-cell frontier decode-    # (FRONT_BETA -> 0) and the quantile re-closure reference (TYPEREC_Q ->-    # 0.5, the node-43 median). Everything inherited from node 43 stays as-    # submitted (gamma=1.5, ext_w=0.3, type_rec on, Newton restoration on,-    # beta_rec=0.15, eps=0.1, PBC=10, gates, frozen coordinates/rows/-    # composition), so the ablated run is bit-for-bit parent node 43-    # (verified locally: array_equal with the node-43 submitted config).+    typerrec_cap = TYPEREC_CAP+    # Node 47 off-control (PLAN mechanism_off_control: "--ablate mechanism+    # 将 β→0、q→0.5、γ→1.35 (回退到节点35配置), 其余管线不变"): --ablate+    # <any> reverts this node's re-optimised operating point -- gamma -> 1.35+    # (GAMMA_ABLATE), the type-factor cap -> 3 (parent node 44 value, part of+    # this node's cap re-scan), frontier beta -> 0 and the quantile reference+    # -> 0.5 -- while the rest of the pipeline (ext_w=0.3, type_rec on,+    # Newton restoration on, beta_rec=0.15, eps=0.1, PBC=10, gates, frozen+    # coordinates/rows/composition) stays as submitted. NOTE: with type_rec+    # and Newton restoration still on, the ablated run is NOT bit-for-bit+    # node 35 (node 35 predates those mechanisms); it is the literal PLAN+    # knob rollback, and it differs from the submitted output, which is what+    # the mechanism_active comparison needs.     if args.ablate is not None:         typerrec_q = 0.5+        gamma = GAMMA_ABLATE+        typerrec_cap = 3.0     # Inherited falsified knobs stay off under every mode.     regress = VEL_REGRESS     shrink_on = SHRINK_N0 > 0.0@@ -1449,11 +1488,11 @@ def main() -> None:                                 f_raw_list.append((t, f_t, int(m_t.sum())))                                 if TYPEREC_CAPMODE == "fg":                                     ft = f_t ** gamma-                                    if TYPEREC_CAP > 0:-                                        ft = float(np.clip(ft, 1.0 / TYPEREC_CAP, TYPEREC_CAP))+                                    if typerrec_cap > 0:+                                        ft = float(np.clip(ft, 1.0 / typerrec_cap, typerrec_cap))                                 else:-                                    if TYPEREC_CAP > 0:-                                        f_t = float(np.clip(f_t, 1.0 / TYPEREC_CAP, TYPEREC_CAP))+                                    if typerrec_cap > 0:+                                        f_t = float(np.clip(f_t, 1.0 / typerrec_cap, typerrec_cap))                                     ft = f_t ** gamma                                 f_cell[m_t] = ft                             Xp_par = np.log1p(lin * sg)@@ -1467,13 +1506,13 @@ def main() -> None:                             sg = sg * f_cell[:, None]                             if DEBUG:                                 n_cap = sum(1 for _, f_t, _ in f_raw_list-                                            if TYPEREC_CAP > 0 and-                                            (f_t > TYPEREC_CAP or f_t < 1.0 / TYPEREC_CAP+                                            if typerrec_cap > 0 and+                                            (f_t > typerrec_cap or f_t < 1.0 / typerrec_cap                                              if TYPEREC_CAPMODE != "fg" else-                                             (f_t ** gamma > TYPEREC_CAP or-                                              f_t ** gamma < 1.0 / TYPEREC_CAP)))+                                             (f_t ** gamma > typerrec_cap or+                                              f_t ** gamma < 1.0 / typerrec_cap)))                                 fr = np.asarray([f for _, f, _ in f_raw_list])-                                print(f"type_rec: cap={TYPEREC_CAP} mode={TYPEREC_CAPMODE} "+                                print(f"type_rec: cap={typerrec_cap} mode={TYPEREC_CAPMODE} "                                       f"n_types={len(f_raw_list)} n_capped={n_cap} "                                       f"f_t min/med/max={fr.min():.3f}/{np.median(fr):.3f}/{fr.max():.3f} "                                       f"f_cell^g q05/q50/q95={np.quantile(f_cell, 0.05) ** gamma:.3f}/"

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。总结：

**做了什么**：按 PLAN 在 q=0.7、β=-0.10 操作点上重扫 γ、β、TYPEREC_CAP、FRONT_CLIP（18/20 次查分）。发现 q=0.7 确实移动了最优点：cap 峰从 3 → ~10（2/3/5/10/1000 → 58.14/58.57/58.89/58.91/58.77），γ 峰从 1.5 → ~2.0（cap10 下 1.6/1.7/1.8/2.0/2.4 → 58.80/58.91/58.95/59.01/59.03）；β=-0.10 保持最优（-0.05 破 nb_mmd 守卫、-0.15 掉 de_score 档），clip 不咬合。**提交 γ=2.0、cap=10**，A 半 59.012（父 58.499，+0.51）：nb_mmd −4.5%、mmd_u −3.3%、variogram −5.0%、de_score 逐位不变、de_direction −0.55%，满足 PLAN 步骤 4（3 项 raw 改善、无单项恶化 >5%），双守卫全过。

**验证**：提交输出与查分文件逐位相同；seed 0/1 相同；伪装视图（路径/键序/时间+1 天）逐位相同；单输入退路、空 external 路径、`--ablate`（γ→1.35、cap→3、β→0、q→0.5，= 手动回退旋钮逐位相同、≠ 提交输出）全部通过 vec-check。

**下一步最值得试**：① cap 有效范围 f_t^γ∈[0.01,100] 比父宽一个量级，可试 CAPMODE=fg（直接封顶 f_t^γ）看是否更稳；② γ 与 cap 在 2.0–2.4/10–20 平台内还有细结构（γ2.4 的 variogram 0.0322 全树最佳但 de 掉档），可试 γ2.2 或 de_score 档位敏感点；③ w（ext 混速）与 ε（平滑）在新再闭合操作点下未重扫，可能有交互收益。

调研员

timization: the operating point changed (q 0.5→0.7), so previously-tuned parameters are no longer at their joint optimum.

```json
{"name": "q=0.7下γ×β联合重优化+型因子封顶重扫（variogram守卫）",
 "motivation": "父44提交q=0.7×β=-0.10（γ仍为1.5），但ANALYSIS明确指出γ1.6×q0.7组合得58.47且variogram最优（0.0338），而γ1.6×q0.7×β-0.10三联因额度用尽未测。β<0单调损害variogram（0.0344→0.0357@β-0.15），γ1.6可能补偿此代价。同时TYPEREC_CAP=3是在q=0.5下扫出的，q改为0.7后型因子分布改变（分位数参考从型内中位移到70分位），封顶值未重扫——cap曾是承重件（未封顶f_t达3.8e47，9/33型命中），在新参考电平下最优封顶可能不同。",
 "approach": "步骤1：在q=0.7、β=-0.10固定下扫γ∈{1.5(基线),1.6,1.7,1.8}，每次用vec-score查A半。守卫：variogram_raw≤0.0360（父44为0.035328）且nb_mmd_raw≤0.07040（父44值）。若γ1.6或1.7过守卫且总分≥58.50，进入步骤2；否则以γ1.5（父配置）继续。步骤2：在最优γ下扫β∈{-0.10(基线),-0.15,-0.20}，同样守卫。β加深预期nb_mmd/mmd_u继续单调改善但variogram代价递增，守卫拦截止损。步骤3：在最优(γ,β,q=0.7)下重扫TYPEREC_CAP∈{2,3,5}和FRONT_CLIP∈{2,3,4}（3×3=9格，若额度允许优先cap∈{2,3,5}×clip=3的3格）。步骤4：最优组合与父44做全指标对比，确认至少3项raw改善、无单项恶化>5%。单输入阶段退路：与父相同，锚阶段原样输出（β、q、γ机制均不触发）。快速筛选：每步先本地跑输出、检查std_ratio≥0.01和spearman≥0.3，再查分；查分优先级γ扫描>β扫描>cap/clip。",
 "expected_groups": ["cell_state", "local_spatial"],
 "risks": "1)γ增大可能过度收缩型内分布导致mmd_u反弹（γ1.8在节点33曾从峰值回落），若γ1.7/1.8的mmd_u_raw>0.0430即止损回γ1.6；2)β加深到-0.20时variogram可能突破0.0360守卫，此时以-0.15为最优；3)cap/clip重扫可能全在噪声内（父配置已接近最优），此时以父配置提交、记录NO_CHANGE；4)总分改善可能仍在±1分噪声内——以raw指标单调性和多配置一致性为提交依据，不以单次总分差为准。Engineer应在步骤1的2次查分内判断γ方向是否有信号（若γ1.6和1.7均不优于1.5则提前止损）。",
 "family_id": "T2HX-01",
 "mechanism": "在q=0.7分位数再闭合参考的新操作点上，联合重优化再闭合强度γ（控制型内细胞被拉向参考电平的力度）和型内速度调制β（控制前沿/后沿细胞的位移分配），使型内亮度结构保留（q）与型内同步化收缩（β）达到变分最优；同时重扫型因子封顶以适应新参考下的型间比例。",
 "vs_constant_shift": "常数位移对所有细胞施加同一向量；本机制按细胞类型（型因子）、型内发育位置（β调制）和型内亮度分位（q参考）三个层次做逐细胞差异化位移，且q和γ共同决定每个细胞被拉向的参考点不是全局常数而是型内分位统计量。",
 "mechanism_evidence": "1)γ扫描中nb_mmd_raw和mmd_u_raw应随γ在1.5→1.7区间单调或单峰改善（非随机波动）；2)β加深时nb_mmd/mmd_u单调改善、variogram单调恶化（与父44扫描方向一致）；3)q=0.5对照下γ最优值应回到~1.5（证明q改变了γ的最优点，即两参数存在交互）；4)cap重扫中若某型因子被新封顶截断，该型的型内方差应可测量地改变。",
 "mechanism_off_control": "--ablate mechanism将β→0、q→0.5、γ→1.35（回退到节点35配置），其余管线不变；预期输出与节点35逐位相同（bit-identical），总分回到~57.1。若ablate输出与父43不同则说明退路实现有误。",
 "sources": []}
```

审查员

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