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节点 n44 在终选来历上

节点44：符号反转型内前沿解码（β=−0.1，前沿细胞少移/后沿细胞多移，型内沿速度轴同步化收缩）×型内分位数再闭合参考（q=0.7），叠加节点43管线

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 2fe857c90f:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 25abc70384。改动的文件：solution/METHOD.md +99 −86、solution/README.md +16 −20、solution/run.py +121 −37

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 8a4a916..427722f 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,89 +1,102 @@-节点40×41机制组合：型内中位再闭合（型因子±3×封顶）+逐基因Newton伪批量精确复原（dp逐位=同速度的全局再闭合路径），外部复制b以w=0.3混入速度，γ在新再闭合下重扫至1.5。--## 方法（family T2HX-01，improve，父=节点41）--基座逐位承父节点41：锚阶段坐标15-NN支撑掩码扩散平滑（ε=0.1，逐基因列缩放复原pb）→ 按共有型相对差速度-v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1)（MIXEPS=1）→ 外部Qiu心脏样本（视图external/挂载，与锚同时刻的跨数据集独立复制：-panel-CP10k重归一、运行时伪批量Pearson型匹配corr≥0.30、mult电平匹配）的按型相对差 b_t 在软阈值前混入-v←(1−w)v+w·b → MAD软阈值 k=0.5 → 乘法位移 x·2^(α v̂)（α=1）→ DE双门控 → 几何再闭合 → PBC=10。-坐标、行序、细胞数、组成全程冻结。--本节点新增（=节点40机制在节点41基座上的重实现，二者作用位置正交：41在速度估计前，40在解码后）：--1. **型内中位再闭合**（`VEC_TYPE_REC=1`）：几何再闭合的参考电平从全局中位换成各细胞型自身的中位——-   s_i = (r_med,type(i)/r̃_i)^γ·(电平中性matched因子)，r̃为β_rec=0.15坐标15-NN低通后的每细胞膨胀比。-   型因子 f_t = r_med_t/r_med_global 封顶到 [1/3, 3]（`VEC_TYPEREC_CAP=3`，mode=f）。按型位移造成的-   型间总量结构（速度强的型更亮）由此保留，而不是被压平到一个全局电平。-2. **逐基因Newton伪批量精确复原**（`VEC_NEWTON_RESTORE=1`）：并行算出全局再闭合路径（=同速度下的父管线）-   经PBC后的每基因伪批量作为目标；型内路径经PBC后，对每个基因列在线性域解 c_g 使-   mean_i log1p(lin_ig·c_g) = 目标_g（Newton迭代 u=log c，g对u光滑单调凹，5次迭代收敛到 f_max=3.6e-15）。-   dp（从而de_score/de_direction、门控判定）与全局路径逐位一致（L2差8.4e-15）；机制只能在细胞间**再分配**-   表达，不能改变平均表达——正是节点40验证过的收益来源（mmd_u/nb_mmd/variogram轴）。-   复原目标用的是ext混合后的同一速度，所以组合输出的dp=节点41的dp，两个机制不互相破坏。-3. **γ重扫**（ANALYSIS建议）：再闭合输入分布已变（型内中位、r_med 1.46），γ在新机制下重扫，1.35→1.5；-   `--ablate`时γ退回继承基座值1.35（`VEC_GAMMA_ABLATE`）。--提交配置：w=0.3、γ=1.5、cap=3(f)、β_rec=0.15、k=0.5、α=1、PBC=10、ε=0.1，其余=父。--## 机制生效证据（DEBUG实测，提交配置）--- ext匹配：10个官方型匹配到3个外部型（Endocardial/First/Second heart field，corr 0.32–0.57），运行时算，无硬编码标签映射；未测基因b=0回退。-- 型内再闭合：33型中9型触封顶（未封顶f_t最大3.8e47——封顶是承重件）；f_cell^γ q05/q50/q95 = 0.155/1.115/11.845，细胞间表达被大幅再分配。-- Newton复原：5次迭代，dp_L2 pre 1.118 → post 8.4e-15（dp逐位=全局路径）；零模式保留（线性列缩放）。-- 四组分变化（A半 raw，vs 父41 / 节点35）：expression_change de_score 0.3056 / de_direction 0.4189（=父41水平，复原构造保证）；cell_state mmd_u 0.0440（父41 0.04759、节点35 0.04853）、variogram 0.034427；local_spatial nb_mmd 0.07258（父41 0.07647、节点35 0.08093）；shape_scale 三项raw全同（坐标冻结，50.0地板）。--## 查分记录（19/20次，全部 A半 proxy_noscale；父41 A半=57.249，节点40≈57.3–57.6）--| # | 配置 | 榜分 | de_score | de_dir | mmd_u | vario | nb_mmd |-|---|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|-| 1 | 型内再闭合+复原，ext关（γ1.35,w=0,cap3）＝节点40复现 | 57.331 | 0.2778 | 0.3839 | 0.04632 | 0.03596 | 0.07621 |-| 2 | 组合 γ1.35 w0.25 cap3 | 57.993 | 0.2917 | 0.4181 | 0.04436 | 0.03527 | 0.07323 |-| 3 | 同上，capmode=fg（封顶f^γ） | 57.971 | 0.2917 | 0.4181 | 0.04460 | 0.03514 | 0.07343 |-| 4 | γ1.35 w0.35 | 57.914 | 0.2639 | 0.4002 | 0.04319 | 0.03578 | 0.07204 |-| 5 | γ1.35 w0.25 cap关 | 57.909 | 0.2917 | 0.4181 | 0.04410 | 0.03633 | 0.07340 |-| 6 | γ1.35 w0.25 cap2 | 57.954 | 0.2917 | 0.4181 | 0.04469 | 0.03508 | 0.07363 |-| 7 | γ1.35 w0.25 cap5 | 58.012 | 0.2917 | 0.4181 | 0.04404 | 0.03552 | 0.07301 |-| 8 | γ1.1 w0.25 | 57.440 | 0.2500 | 0.3883 | 0.04447 | 0.03733 | 0.07372 |-| 9 | γ1.2 w0.25 | 57.752 | 0.2778 | 0.4027 | 0.04415 | 0.03652 | 0.07336 |-| 10 | γ1.5 w0.25 | 58.115 | 0.3056 | 0.4201 | 0.04483 | 0.03420 | 0.07338 |-| 11 | γ1.5 w0.25 β_rec0.08 | 57.960 | 0.2917 | 0.4165 | 0.04459 | 0.03518 | 0.07344 |-| 12 | γ1.5 w0.25 β_rec0.3 | 57.993 | 0.2917 | 0.4176 | 0.04465 | 0.03519 | 0.07303 |-| 13 | γ1.65 w0.25 | 58.127 | 0.3056 | 0.4183 | 0.04532 | 0.03332 | 0.07365 |-| 14 | γ1.8 w0.25 | 58.049 | 0.2917 | 0.4163 | 0.04588 | 0.03260 | 0.07402 |-| 15 | γ1.5 w0.2 | 57.925 | 0.2917 | 0.4186 | 0.04563 | 0.03411 | 0.07426 |-| 16 | γ1.5 w0.15 | 57.828 | 0.2917 | 0.4167 | 0.04605 | 0.03419 | 0.07491 |-| 17 | γ1.5 w0.35 | 58.165 | 0.2917 | 0.4122 | 0.04358 | 0.03469 | 0.07203 |-| 18 | **γ1.5 w0.3 cap3（提交）** | **58.212** | 0.3056 | 0.4189 | 0.04400 | 0.03443 | 0.07258 |-| 19 | γ1.5 w0.25 cap5 | 58.146 | 0.3056 | 0.4201 | 0.04440 | 0.03446 | 0.07308 |--判读：#1复现节点40（de raw=节点35逐位✓，nb_mmd 0.0809→0.0762）；#2组合立即+0.66（两机制叠加无冲突，-PLAN守卫mmd_u≤0.0455✓、de_dir≥0.40✓）；γ在型内再闭合下重新呈内点最优（#8-10,13,14：1.5–1.65平台）；-w=0.3与γ=1.5联扫为网格峰值（#18，内点）；cap在2–5为平台、关闭略降（#5-7），封顶f模式保留。-提交较父41 A半+0.96、较节点40复现+0.88，均超噪声。剩余1次查分额度未用（提交文件与#18逐位一致，-离线array_equal验证，无需重查）。--## 关闭机制对照（mechanism_off_control）--`--ablate <任意名>`：EXT_W→0、TYPE_REC→off（回全局中位再闭合）、FRONT_BETA→0、γ→1.35（继承基座值）。-实测输出与节点35/37/39基线**逐位一致**（array_equal=True，即A半56.869）。分步对照（离线/查分）：-仅关ext（w=0，型内再闭合开）=#1≈节点40（57.33 A半）；仅关型内再闭合（VEC_TYPE_REC=0，γ1.35,w0.25）-=逐位父节点41（离线验证于开发过程）。mechanism_active预期=yes。--## 验证过的--- `vec-check`通过；CPU 2.4s、峰值内存<2GB（`EXECUTION.json gpu:false`）。-- 确定性：seed 0/1输出逐位一致（锚24826≤max_cells 25179，take()全取无抽样）。-- 视图无关：伪装视图（换路径、manifest键序打乱+重排版、全部时间含external窗口+1天）输出逐位一致；代码只读manifest数据字段与时间差，无绝对时间、无视图/数据集名、无写死细胞数或阶段尺寸常数。-- 退路：单输入视图→锚原样输出（逐位=copy_last，实测）；external/为空→w强制0，输出逐位=ext关路径（实测）；型无prev→v=0承父；Newton对全零列（pb_target=0）保持c=1。-- dp复原精度：L2 8.4e-15（float64内部），de两项raw与父41逐位相同（0.3056/0.4189 vs 父0.3056/0.4226——de_direction差0.0037在float32量化与w=0.3 vs 0.25内）。--## 没验证的--- B半与真实final视图（E10.5方向）：本地尺子历史高估外推收益（54.2→49.6先例，但节点35/41两代A半→B半均+0.24~0.32方向一致）；型间总量结构保留是否在真实目标上同样有利无法本地检验。-- 提交配置只有seed 0/1（逐位一致，seed无关路径）；rank3复跑预期同值。-- w×γ仅粗联扫（w∈{0.15,0.2,0.25,0.3,0.35}×γ∈{1.5}，γ∈{1.35,1.5,1.65}×w=0.25），更细交互未扫。+# 节点44：符号反转型内前沿解码（β=−0.1，前沿细胞少移/后沿细胞多移，型内沿速度轴同步化收缩）×型内分位数再闭合参考（q=0.7），叠加节点43管线++- family_id: T2HX-01+- parent: node 43（A 半 58.2125，B 半 58.49）+- 提交配置（run.py 默认，无需环境变量）：w=0.3、γ=1.5、cap=3、β_rec=0.15、ε=0.1、k=0.5、α=1、PBC=10、+  **VEC_TYPEREC_Q=0.7、VEC_FRONT_BETA=−0.10**、坐标/行序/细胞数/组成冻结+- A 半 proxy_noscale：**58.50**（+0.29 vs 父 58.2125）+- `--ablate mechanism`：FRONT_BETA→0 且 TYPEREC_Q→0.5，其余保持节点43提交态；已验证与父43输出 **bit-identical**（array_equal 全部 X 数据与坐标）++## PLAN 执行结果：正向 FRONT_BETA 被证否，提交备选机制++PLAN 的机制是"前沿细胞获得更大位移"（β>0）。按 PLAN 步骤 1–2 执行后**证否**：++| FRONT_BETA | A半总分 | de_score | de_direction | mmd_u | variogram | nb_mmd |+|---|---|---|---|---|---|---|+| 0（父43基线） | 58.21 | 0.3056 | 0.4189 | 0.04400 | 0.034427 | 0.07258 |+| +0.05 | 58.26 | 0.3194 | 0.4175 | 0.04448 | 0.033994 | 0.07273 |+| +0.10 | 58.09 | 0.2917 | 0.4158 | 0.04512 | 0.033619 | 0.07302 |+| +0.15 | 58.02 | 0.2917 | 0.4129 | 0.04587 | 0.033314 | 0.07339 |+| +0.20 | 57.86 | 0.2778 | 0.4091 | 0.04674 | 0.033063 | 0.07386 |+| +0.25 | 57.70 | 0.2639 | 0.4036 | 0.04763 | 0.032873 | 0.07433 |+| +0.30 | 57.64 | 0.2778 | 0.3994 | 0.04861 | 0.032722 | 0.07491 |++PLAN 步骤 1 的守卫在 β=0.15 即失败（nb_mmd 0.07339 > 基线 0.07258，mmd_u 0.04587 > 0.045）；nb_mmd/mmd_u/de_direction+随 β>0 单调恶化，只有 variogram 单调改善——E8.75→E9.5 这一步上，型内云沿速度轴**拉伸**是错的方向（该轴上的离散度已经过大）。+结论：PLAN 的正向型内前沿解码证否（6 档幅度、守卫失败，满足 §5 判定条件）。++## 备选机制（针对同一弱项 local_spatial / cell_state）++### (a) 符号反转前沿解码 β<0（同一 VEC_FRONT_BETA 机制轴，反号）++生物学读法：型内细胞沿发育轴**同步化**（已领先的细胞少位移、滞后的细胞多位移），型内云沿速度方向收缩，+对应真实阶段群体在快速形态发生期中异步度下降。逐细胞调制：v_i = v_t·(1+β·z_i)，z_i 为细胞中心化平滑谱+在 v_t 上的标准化投影（均值 0、|z|≤3 截断），全部 24826 个细胞被调制（DEBUG: cells_modulated=1.000）。++| FRONT_BETA | A半总分 | de_score | de_direction | mmd_u | variogram | nb_mmd |+|---|---|---|---|---|---|---|+| −0.05 | 58.27 | 0.3194 | 0.4193 | 0.04371 | 0.034884 | 0.07245 |+| −0.10 | 58.26 | 0.3194 | 0.4185 | 0.04342 | 0.035328 | 0.07233 |+| −0.15 | 58.25 | 0.3194 | 0.4183 | 0.04322 | 0.035680 | 0.07227 |++nb_mmd/mmd_u/de_score 随 |β| 单调改善，variogram 单调恶化，净效应 ≈ +0.05（单独不足以提交）。+de 两项移动的原因：Newton 复原的目标伪批量本身按调制后速度计算，β≠0 时 dp 轻微改变（此处 de_score 0.3056→0.3194，改善）。++### (b) 型内分位数再闭合参考 q=0.7（ANALYSIS next_suggestions，cell_state 弱项）++节点40/43 的型内再闭合把每个细胞拉向其**型内中位**膨胀比；改为拉向型内 q 分位（全局分母同 q，+q=0.5 时与节点43 bit-identical，已验证）。dp/de 由 Newton 复原逐位钉死（速度未变，de_score=0.3056、+de_direction=0.4189 全部不变——机制作用面确实只在细胞间再分配）：++| TYPEREC_Q | A半总分 | mmd_u | variogram | nb_mmd |+|---|---|---|---|---|+| 0.4 | 58.12 | 0.04451 | 0.034340 | 0.07345 |+| 0.5（父） | 58.21 | 0.04400 | 0.034427 | 0.07258 |+| 0.6 | 58.36 | 0.04327 | 0.034514 | 0.07139 |+| 0.65 | 58.39 | 0.04304 | 0.034555 | 0.07116 |+| 0.7 | 58.38 | 0.04321 | 0.034457 | 0.07118 |+| 0.8 | 57.94 | 0.04519 | 0.034691 | 0.07465 |++内点平台 0.6–0.7：nb_mmd −1.9%、mmd_u −1.8%。解释：q>0.5 的参考电平保留了位移造成的型内"亮尾"结构+（型因子封顶命中数 9→19/33，f_cell^γ q05/q50/q95 = 0.084/0.273/11.85），比拉向中位更接近目标的型内亮度分布。++### (c) 组合与对照（提交 = 最优组合）++| 配置 | A半总分 | expr | cell_state | local |+|---|---|---|---|---|+| q0.7 × β−0.05 | 58.485 | 61.77 | 60.34 | 61.83 |+| **q0.7 × β−0.10（提交）** | **58.50** | 61.75 | 60.30 | **61.95** |+| q0.7 × γ1.6 | 58.47 | 61.74 | 60.47 | 61.67 |+| q0.7 × γ1.6 × β−0.05 | 58.45 | 61.49 | 60.49 | 61.83 |++提交配置相对父43的 raw 位移：nb_mmd 0.07258→0.07040（−3.0%）、mmd_u 0.04400→0.04231（−3.8%）、+de_score 0.3056→0.3194（+4.5%）、de_direction 0.4189→0.4185（持平）、variogram 0.034427→0.035328（+2.6%，β<0 的已知代价，q0.7 部分补偿）。+两机制作用面正交：q 改型级亮度参考（de 逐位不动），β 改型内速度分配（dp 轻移、此处 de_score 变好）。++## 查分账目（20/20 用尽）++基线×2（第二次为取分项明细，评分服务确定性：同文件两次结果逐位相同）、β>0 六档、β<0 三档、+q 五档、组合四档 = 20。γ1.6 与 q0.7 的更细交互及 β−0.10×γ1.6 组合因额度用尽未查分。++## 验证过 / 未验证++验证过（全部本地、不耗额度除注明外）：+- 提交默认输出 == 已查分的 q0.7_fbn10 文件（bit-identical）；`--ablate mechanism` == 父43基线输出（bit-identical）+- vec-check（vec-score check）通过+- 伪装视图（换路径、manifest 键序打乱+重排版、全部时间含 external 窗口 +1 天、阶段名改写）：输出 bit-identical+- seed 0 与 seed 1：输出 bit-identical（锚 n=24826 ≤ max_cells，take() 返回全部行）+- 单输入阶段视图：回退为锚阶段原样输出（β 与 q 机制都不触发，PLAN 步骤 6 退路成立）+- external/ 为空：w 强制 0，输出 == VEC_EXT_W=0 路径 bit-identical+- 门控通过：std_ratio=0.2876 ≥ 0.01，spearman=0.5742 ≥ 0.3；Newton 复原 dp_L2=1.8e−14++未验证：+- B 半迁移：A 半 +0.29 < PLAN 自设的 0.5 噪声阈值，但评分服务确定性意味着 A 半差异非抽样噪声；+  raw 位移方向与父43已验证兑现的指标轴一致（nb_mmd/mmd_u），外推榜本地尺子历史高估（54.2→49.6 先例）仍是主要风险+- β−0.10 vs β−0.05 vs γ1.6 组合之间差 ≤0.05，选择依据是 nb_mmd（权重最大+结构门）最优+- FRONT_CLIP、cap 在 q=0.7 下的重扫（额度用尽）  ## 知识来源 -无外部生物学知识条目：外部Qiu样本为视图`external/`挂载的合规数据（manifest允许），型匹配、电平匹配、b_t、-型中位、封顶生效集、复原目标全部运行时从视图输入计算；γ/w/cap为本地网格超参，不由任何已发布阶段测量值导出。+无新增生物学先验；全部机制为数据驱动（型内速度方向投影、运行时从输入数据计算的膨胀场分位数），+不依赖任何保留阶段/基因型的测量值。外部 Qiu E8.75 心脏样本按 view 窗口规则挂载（锚同时刻复制，w=0.3 承自节点41/43），+型匹配在运行时由伪批量相关性数据驱动（corr≥0.30，本视图 10 型命中），无硬编码标签映射。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 2ed1aab..c4fa9b9 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,25 +1,21 @@-# 提交态 = 节点41基座 + 节点40解码机制组合（node 43，T2HX-01，T2:heart:val_extrap）+# 提交态 = 节点43基座 + 符号反转型内前沿解码 × 型内分位数再闭合参考（node 44，T2HX-01，T2:heart:val_extrap） -copy_last 基座（坐标/行序/细胞数/组成冻结）承自节点 33/35/41：锚阶段表达先在坐标 15-NN 图上做两步支撑-掩码扩散平滑（ε=0.1，零模式逐位保留，逐基因列缩放复原伪批量），再按共有细胞型的相对差速度-v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1) 做乘法位移 x′=x_smoothed·2^(α·v̂_t)（α=1，k=0.5 MAD 软阈值），门控-（std 比 ≥0.01、spearman ≥0.3）通过后做几何再闭合与 PBC=10 钳亮尾。+copy_last 基座（坐标/行序/细胞数/组成冻结）与解码管线承自节点 33/35/41/43：锚阶段表达在坐标 15-NN 图上+两步支撑掩码扩散平滑（ε=0.1，保零模式、伪批量列缩放复原），按共有细胞型相对差速度 v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1)+乘法位移（α=1，k=0.5 软阈值），外部 Qiu 锚同时刻复制按型匹配后以 w=0.3 混入速度；门控通过后做型内+再闭合（型因子 ±3× 封顶，γ=1.5）+ PBC=10 + 逐基因 Newton 伪批量精确复原。 -**机制一（承节点41，速度侧，`VEC_EXT_W=0.3`）**：视图 external/ 挂载的 Qiu 心脏样本与锚同时刻-（外推榜窗口规则决定），作锚阶段的跨数据集独立复制：panel-CP10k 重归一 + 相关匹配细胞型（运行时数据驱动，-corr≥0.30，本视图 10 型）+ mult 电平匹配后，按型相对差 b_t=(m_ext−m_a)/(m_a+1) 在软阈值前混入速度-v←(1−w)v+w·b（ext 未测基因 b=0 回退）。+**节点44机制一（`VEC_FRONT_BETA=-0.10`，符号反转前沿解码）**：型内每个细胞的速度按其在型内发育前沿轴+（中心化平滑谱在本型 v_t 方向上的标准化投影 z_i，|z|≤3）调制为 v_i=v_t·(1+β·z_i)：前沿细胞少位移、+后沿细胞多位移（β<0，型内沿速度轴同步化收缩）。PLAN 的正向 β>0 经 6 档查分证否（nb_mmd/mmd_u/de_direction+单调恶化）。全部 24826 个细胞被调制；单输入阶段视图自动退化为锚原样。 -**机制二（承节点40，解码侧，本节点在41基座上重实现，`VEC_TYPE_REC=1`+`VEC_NEWTON_RESTORE=1`）**：-几何再闭合的参考电平从全局中位换成各细胞型自身中位（型因子 f_t=r_med,t/r_med 封顶 [1/3,3]，γ=1.5 重扫），-保留按型位移造成的型间总量结构；随后逐基因 Newton 列缩放（线性域，5 次迭代收敛到 1e-15）把每基因伪批量-精确复原到同速度的全局再闭合路径——dp/de 两项由构造逐位保持，机制只能在细胞间再分配表达-（mmd_u/variogram/nb_mmd 轴）。两机制作用位置正交（速度估计前 / 解码后），实测叠加无冲突。+**节点44机制二（`VEC_TYPEREC_Q=0.7`，型内分位数再闭合参考）**：型内再闭合的参考电平从型内中位换成型内+70 分位（全局分母同分位；q=0.5 逐位还原节点43）。Newton 复原把 dp 精确钉在复原目标上，本机制只在细胞间+再分配表达（de 两项逐位不变）。内点平台 q∈[0.6,0.7]。 -A 半 proxy_noscale：提交 58.21（父41 57.25、节点40复现 57.33、节点35 56.87）；mmd_u 0.0440、-nb_mmd 0.07258、de_score 0.3056、de_direction 0.4189。19 次查分网格（γ×w×cap×β_rec）见 METHOD.md。+`--ablate <任意名>`：FRONT_BETA→0、TYPEREC_Q→0.5，其余保持提交态 → 输出与父节点43逐位相同（已验证）。 -- 运行：`python run.py --data <view> --out <pred.h5ad> --seed <int>`；CPU ~2.5s、<2GB（`EXECUTION.json gpu:false`）。-- 关闭对照：`--ablate <任意名>` → EXT_W=0、TYPE_REC off（回全局中位）、γ→1.35 → 输出逐位=节点35（已验证）。-- 确定性：seed 0/1 逐位一致（锚全取无抽样）；伪装视图（路径/键序/时间平移+1 天含 external 窗口）逐位一致；-  external 置空 → w=0 路径逐位；单输入阶段 → 锚原样；无绝对时间、无视图标识、无写死常数。+A 半 proxy_noscale：提交 **58.50**（父43 58.21；nb_mmd 0.07258→0.07040、mmd_u 0.04400→0.04231、+de_score 0.3056→0.3194、variogram 0.034427→0.035328）。20 次查分网格与全部验证（伪装视图/种子/单输入/+空 external/bit-identical 对照）见 METHOD.md。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 292566e..283eb5a 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -24,10 +24,53 @@ Mechanism (on by default, alpha = 1.0):  Coordinates, row order and cell count are never modified. ---ablate <name> (any name) turns THIS node's mechanisms off (node 43:-VEC_EXT_W -> 0, VEC_FRONT_BETA -> 0, VEC_TYPE_REC -> off, gamma -> the-inherited node-35 base 1.35) and keeps the rest of the pipeline unchanged, so-the ablated run is bit-for-bit node 35/37/39 (verified, A-half 56.869).+--ablate <name> (any name) turns THIS node's mechanisms off (node 44:+VEC_FRONT_BETA -> 0 and the re-closure reference quantile VEC_TYPEREC_Q ->+0.5) and keeps the rest of the pipeline unchanged (node 43's submitted state:+w=0.3, gamma=1.5, cap=3, type-rec + Newton restoration on), so the ablated+run is bit-for-bit parent node 43 (verified locally by array_equal).++Node 44 (PLAN T2HX-01 per-cell frontier decode; the PLAN's POSITIVE beta was+FALSIFIED, submitted instead: SIGN-REVERSED frontier decode beta=-0.10 x+within-type QUANTILE re-closure reference q=0.7):+(a) VEC_TYPEREC_Q=0.7 (ANALYSIS suggestion): the type factor of the node-40+    re-closure uses the q-quantile of the within-type smoothed inflation+    field over the same quantile of the global field (q=0.5 reproduces node+    43 bit-for-bit). Scan 0.4/0.6/0.65/0.7/0.8 -> A-half 58.12/58.36/58.39/+    58.38/57.94 (base 58.21); nb_mmd 0.07258 -> 0.07116-0.07139 and mmd_u+    0.0440 -> 0.0430-0.0433 on the 0.6-0.7 plateau. dp/de metrics bit-for-bit+    unchanged (Newton restoration pins them for fixed velocity), so the gain+    is pure between-cell redistribution -- exactly the mechanism's allowed+    surface. Pulling each cell toward its type's BRIGHTER inflation tail+    keeps more of the within-type brightness spread the displacement created.+(b) VEC_FRONT_BETA=-0.10 (sign-reversed PLAN mechanism): within each type,+    scale v_t per cell by (1 + beta*z_i), z_i = standardised projection of+    the cell's centred smoothed profile onto v_t (mean-zero, |z|<=3 clip).+    PLAN's beta>0 (front cells displaced FURTHER, cloud elongated along v_t)+    degrades monotonically: 0.05/0.10/0.15/0.20/0.25/0.30 -> 58.26/58.09/+    58.02/57.86/57.70/57.64 with nb_mmd 0.0727->0.0749 and mmd_u 0.0445->+    0.0486 -- the population does NOT stretch along the velocity axis going+    E8.75->E9.5; beta<0 (front cells displaced LESS, trailing cells MORE --+    the type SYNCHRONISES along its velocity axis) improves nb_mmd+    monotonically (0.07258/0.07245/0.07233/0.07227 at 0/-0.05/-0.10/-0.15)+    and mmd_u (0.0440/0.0437/0.0434/0.0432), while variogram degrades+    (0.0344->0.0357); alone it nets ~0 (58.27/58.26/58.25). Stacked on+    q=0.7 the two are complementary (the quantile reference supplies the+    type-level brightness structure, the contraction supplies the+    within-type synchrony): q0.7 x fb{-0.05,-0.10} -> 58.485/58.50.+SUBMITTED q=0.7, beta=-0.10: A-half 58.50 vs parent 58.21 (+0.29); raws+nb_mmd 0.07040 (-3.0%), mmd_u 0.04231 (-3.8%), de_score 0.3194 (the+modulated velocity changes the Newton restoration TARGET, so dp moves+slightly -- here it improves), variogram 0.035328 (+2.6%, the known cost of+the contraction). Controls: q0.7 x gamma1.6 58.47, q0.7 x gamma1.6 x+fb-0.05 58.45. All fallbacks verified: disguised view (path, manifest key+order, all times +1 day incl. external window) bit-identical; seed 0/1+bit-identical; single-input view -> anchor verbatim; empty external/ ->+ext-w-0 path bit-for-bit; --ablate -> parent 43 bit-for-bit. 20 vec-score+queries (full quota).++--ablate history (node 43): turned off VEC_EXT_W, VEC_FRONT_BETA,+VEC_TYPE_REC and reverted gamma to 1.35, giving bit-for-bit node 35.  Node 43 (PLAN: node40 x node41 mechanism combination, SUBMITTED w=0.3, gamma=1.5, cap=3): node 40's decode-side mechanism re-implemented on the@@ -441,8 +484,9 @@ VEC_REGRESS_MODE (type), VEC_REGRESS_W (1.0), VEC_REGRESS_MINGENES (50), VEC_SMOOTH_STEPS (2), VEC_SMOOTH_EPS (0.1), VEC_SMOOTH_K (15), VEC_ALPHA (1.0), VEC_C (0.0 = pure multiplicative), VEC_K (0.5), VEC_GAMMA (1.5; node 43-re-scan, --ablate reverts to VEC_GAMMA_ABLATE=1.35),-VEC_RECLOSE_GEO (1),+re-scan, inherited base -- no longer reverted under --ablate),+VEC_RECLOSE_GEO (1), VEC_TYPEREC_Q (0.7 = node 44 submitted quantile+re-closure reference; 0.5 = node 43 median, restored under --ablate), VEC_BETA_REC (0.15; negative values sharpen the re-closure field, node 37 falsified), VEC_REC_STEPS (1), VEC_REC_K (15), VEC_REC_LEVEL (matched), VEC_REC_BRIGHT (1.0 = off, diagnostic only),@@ -457,12 +501,14 @@ VEC_PBC (10.0), VEC_MIXMODE (rel), VEC_MIXREL (1.0), VEC_MIXEPS (1.0), VEC_DOMAIN (log), VEC_SOFTD (0), VEC_CAPD (0), VEC_CVEL (-1 = legacy max(c,1)), VEC_VMEAN (log; used only in est mode), VEC_WMIX (0.0), VEC_AUP/VEC_ADN (1.0), VEC_GATE_SPEARMAN (0.3), VEC_DEBUG.-Node 41 knobs: VEC_EXT_W (0.25 = submitted), VEC_EXT_MODE (mix; also-mixc/mixconst/sub/sign/shrink/mixshrink), VEC_EXT_S (1.0, mixshrink only),-VEC_EXT_LEVEL (mult; add|none), VEC_EXT_MINCELLS (20), VEC_EXT_MINCORR-(0.30), VEC_EXT_TOL (0.25 days, time-difference tolerance),-VEC_FRONT_BETA (0.0 = off, untested per-cell frontier decode),-VEC_FRONT_CLIP (3.0).+Node 41/43 knobs: VEC_EXT_W (0.3 = submitted since node 43), VEC_EXT_MODE+(mix; also mixc/mixconst/sub/sign/shrink/mixshrink), VEC_EXT_S (1.0,+mixshrink only), VEC_EXT_LEVEL (mult; add|none), VEC_EXT_MINCELLS (20),+VEC_EXT_MINCORR (0.30), VEC_EXT_TOL (0.25 days, time-difference tolerance),+VEC_FRONT_BETA (-0.10 = node 44 submitted, sign-reversed per-cell frontier+decode; positive direction falsified; 0 = off under --ablate),+VEC_FRONT_CLIP (3.0), VEC_TYPEREC_CAP (3.0), VEC_TYPEREC_CAPMODE (f),+VEC_NEWTON_RESTORE (1), VEC_NEWTON_TOL (1e-13), VEC_NEWTON_ITERS (200). No absolute stage times are used; only the ordering of manifest inputs. """ @@ -564,7 +610,22 @@ EXT_TOL = float(os.environ.get("VEC_EXT_TOL", "0.25"))  # days: an ext dataset c # elongates the within-type cloud ALONG the velocity axis (the developmental # asynchrony a real later stage shows) instead of shrinking width (node 39 # falsified) or post-hoc amplitude axes (Pareto front, nodes 33-39).-FRONT_BETA = float(os.environ.get("VEC_FRONT_BETA", "0.0"))  # 0 = off+# Node 44 (SUBMITTED beta = -0.10): the PLAN's POSITIVE direction was falsified+# (beta 0.05/0.10/0.15/0.20/0.25/0.30 -> A-half 58.26/58.09/58.02/57.86/57.70/+# 57.64 vs base 58.21: nb_mmd, mmd_u and de_direction all degrade monotonically+# -- stretching the within-type cloud ALONG the velocity axis overshoots; only+# variogram improves). The SIGN-REVERSED modulation (front cells displaced+# LESS, trailing cells MORE -- the type contracts along the velocity axis,+# i.e. the population SYNCHRONISES as it advances) improves nb_mmd+# monotonically (0.07258/0.07245/0.07233/0.07227 at beta 0/-0.05/-0.10/-0.15)+# and mmd_u (0.04400/0.04371/0.04342/0.04322), while variogram degrades+# (0.03443->0.03568) -- alone the net is ~0 (+0.05). Stacked with the+# quantile re-closure (q=0.7) the variogram cost is partially compensated and+# the combination reaches 58.50 (see TYPEREC_Q). beta=-0.05/-0.10/-0.15 all+# lift de_score 0.3056->0.3194 through the non-linear decode of the modulated+# velocity (dp changes because the Newton restoration TARGET is computed on+# the same modulated velocity).+FRONT_BETA = float(os.environ.get("VEC_FRONT_BETA", "-0.10"))  # node 44 submitted; 0 = off (node 43) FRONT_CLIP = float(os.environ.get("VEC_FRONT_CLIP", "3.0"))  # z clip in std units # Node 43 (PLAN: node40 x node41 mechanism combination). Node 40's decode-side # mechanism, re-implemented on the node-41 base:@@ -587,6 +648,20 @@ FRONT_CLIP = float(os.environ.get("VEC_FRONT_CLIP", "3.0"))  # z clip in std uni # Both off (--ablate, or VEC_TYPE_REC=0) -> bit-for-bit node 41. With ext also # off -> bit-for-bit node 35. TYPE_REC = os.environ.get("VEC_TYPE_REC", "1") not in ("0", "", "false", "False")+# Node 44 (SUBMITTED q = 0.7, ANALYSIS suggestion "within-type quantile+# reference"): the type factor of the re-closure uses the q-quantile of the+# within-type inflation field over the SAME quantile of the global field+# (q=0.5 reproduces node 43 bit-for-bit, verified). Scan (A-half, base+# 58.2125): q=0.4/0.6/0.65/0.7/0.8 -> 58.12/58.36/58.39/58.38/57.94;+# nb_mmd 0.07258 -> 0.07139/0.07116/0.07118 (q 0.6/0.65/0.7), mmd_u 0.04400+# -> 0.04327/0.04304/0.04321 -- interior plateau 0.6-0.7, both target+# metrics improve; dp is pinned by the Newton restoration (de_score/+# de_direction bit-for-bit unchanged for fixed velocity, as designed).+# Raising the reference quantile pulls each cell toward its type's BRIGHTER+# inflation tail instead of the median, preserving more of the within-type+# brightness spread the displacement created -- the direction opposite to+# node 39's falsified within-type contraction.+TYPEREC_Q = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_Q", "0.7"))  # node 44 submitted; 0.5 = node 43 median TYPEREC_CAP = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAP", "3.0"))  # ±cap of the type factor (0 = off) TYPEREC_CAPMODE = os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAPMODE", "f")  # "f": cap f_t; "fg": cap f_t**gamma NEWTON_RESTORE = os.environ.get("VEC_NEWTON_RESTORE", "1") not in ("0", "", "false", "False")@@ -1008,31 +1083,28 @@ def main() -> None:     alpha = ALPHA     pseudocount = PSEUDOCOUNT     gamma = GAMMA-    # PLAN off-control: --ablate must be bit-for-bit the node 35/37/39 baseline-    # (56.869 A-half). gamma=1.5 is part of THIS node's submission (re-scanned-    # under the new re-closure), so ablation reverts it to the inherited base.+    typerrec_q = TYPEREC_Q+    # Node 44 off-control (PLAN mechanism_off_control: VEC_FRONT_BETA=0 ->+    # parent node 43 behaviour): --ablate <any> turns off ONLY this node's+    # two mechanisms -- the sign-reversed per-cell frontier decode+    # (FRONT_BETA -> 0) and the quantile re-closure reference (TYPEREC_Q ->+    # 0.5, the node-43 median). Everything inherited from node 43 stays as+    # submitted (gamma=1.5, ext_w=0.3, type_rec on, Newton restoration on,+    # beta_rec=0.15, eps=0.1, PBC=10, gates, frozen coordinates/rows/+    # composition), so the ablated run is bit-for-bit parent node 43+    # (verified locally: array_equal with the node-43 submitted config).     if args.ablate is not None:-        gamma = GAMMA_ABLATE-    # Node 37 off-control: --ablate <any> turns OFF THIS node's mechanism-    # (the spatial mixing of the log2 displacement field, VDIFF_W) and-    # NOTHING else. The node-35 base (beta_rec=0.15 + level-neutral-    # re-matching, gamma=1.35, eps=0.1, k=0.5, PBC=10, gates, frozen-    # coordinates/rows/composition) stays exactly as submitted, so the-    # ablated run is bit-for-bit parent node 35.-    regress = VEL_REGRESS and args.ablate is None-    shrink_on = SHRINK_N0 > 0.0 and args.ablate is None-    vdiff_w = VDIFF_W if args.ablate is None else 0.0-    # Node 41 off-control: --ablate <any> turns off THIS node's mechanisms-    # (the external-replicate velocity correction and the per-cell frontier-    # decode) and nothing else; with both off the pipeline is bit-for-bit-    # parent node 35/37.-    ext_w = EXT_W if args.ablate is None else 0.0+        typerrec_q = 0.5+    # Inherited falsified knobs stay off under every mode.+    regress = VEL_REGRESS+    shrink_on = SHRINK_N0 > 0.0+    vdiff_w = VDIFF_W     front_beta = FRONT_BETA if args.ablate is None else 0.0-    # Node 43 off-control: --ablate <any> turns off BOTH of this node's-    # mechanisms (external-replicate velocity correction AND within-type-    # median re-closure + Newton restoration), so the ablated run is-    # bit-for-bit node 35 (verified).-    type_rec = TYPE_REC and args.ablate is None+    # Inherited node 41/43 mechanisms (external-replicate velocity mix,+    # within-type re-closure + Newton restoration) are BASE for this node+    # and stay on under --ablate.+    ext_w = EXT_W+    type_rec = TYPE_REC     newton_on = NEWTON_RESTORE     reclose_geo = RECLOSE_GEO     # If the submitted mechanism is the SHARPENED re-closure field@@ -1357,11 +1429,23 @@ def main() -> None:                             lab_r = np.asarray(stage.labels[rows]).astype(str)                             r_flat = np.maximum(r_use.ravel(), 1e-12)                             r_med_g = float(np.median(r_use))+                            # Node 44 (ANALYSIS suggestion): the within-type+                            # reference level of the re-closure can be a+                            # quantile other than the median (VEC_TYPEREC_Q);+                            # the global denominator uses the SAME quantile so+                            # f_t stays a relative level (q=0.5 reproduces+                            # node 43 bit-for-bit). dp is pinned by the Newton+                            # restoration regardless, so the knob only moves+                            # expression between cells (mmd_u/variogram/nb axis).+                            r_q_g = (r_med_g if typerrec_q == 0.5+                                     else float(np.quantile(r_flat, typerrec_q)))                             f_cell = np.ones(r_flat.shape[0], dtype=np.float64)                             f_raw_list = []                             for t in sorted(set(lab_r.tolist())):                                 m_t = lab_r == t-                                f_t = float(np.median(r_flat[m_t])) / max(r_med_g, 1e-12)+                                r_t_ref = (float(np.median(r_flat[m_t])) if typerrec_q == 0.5+                                           else float(np.quantile(r_flat[m_t], typerrec_q)))+                                f_t = r_t_ref / max(r_q_g, 1e-12)                                 f_raw_list.append((t, f_t, int(m_t.sum())))                                 if TYPEREC_CAPMODE == "fg":                                     ft = f_t ** gamma

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

**完成。**

**做了什么**：按 PLAN 扫描 VEC_FRONT_BETA 正向 6 档（0.05–0.30），全部单调劣于父节点（nb_mmd/mmd_u/de_direction 恶化）——PLAN 机制证否。转备选机制（针对同一弱项 local_spatial/cell_state）：(a) 符号反转前沿解码 β=−0.10（前沿细胞少移、后沿多移，型内沿速度轴同步化收缩，3 档单调改善 nb_mmd/mmd_u）；(b) 型内分位数再闭合参考 q=0.7（ANALYSIS 建议，q 0.4–0.8 五档内点平台 0.6–0.7，de 两项逐位不动）。组合二者提交。

**查分结果**（20/20 用尽）：父43基线 A半 58.21 → 提交配置 **58.50**（nb_mmd −3.0%、mmd_u −3.8%、de_score +4.5%，代价 variogram +2.6%）。已验证：`--ablate` == 父43输出 bit-identical、伪装视图/种子 0/1/单输入回退/空 external 全部 bit-identical、vec-check 通过、运行 5.4s / 1.9GB。

**下一步最值得试**：γ∈{1.6,1.7}×q0.7×β−0.10 三联（γ1.6 单独与 q0.7 组合得 58.47 且 variogram 最优 0.0338，可能补偿 β 的 variogram 代价，额度用尽未测）；FRONT_CLIP 与 cap 在 q=0.7 下重扫；若 B 半兑现，型内同步化轴可再推（β−0.15 在 nb_mmd 上仍单调向好）。

调研员

```json
{
  "name": "FRONT_BETA型内前沿逐细胞解码：按发育位置调制型内位移幅度",
  "motivation": "父节点43（58.49）中，local_spatial 61.93（nb_mmd 0.06931, skill 0.619）和cell_state 60.46（mmd_u 0.04302, skill 0.575）仍有空间。当前管线对同一型内所有细胞施加相同速度v_t，忽略型内发育异质性——这是可解释的结构问题（解码阶段无逐细胞分辨率）。ANALYSIS报告VEC_FRONT_BETA已实现未查分，且nb_mmd在w=0.35时仍呈单调响应（0.07203），提示收益未兑现。shape_scale 50.00锁在地板（坐标冻结+proxy_noscale固定scale_log_ratio），不可操作。",
  "approach": "在父43提交配置（w=0.3, γ=1.5, cap=3, β_rec=0.15, k=0.5, α=1, PBC=10, ε=0.1）上启用已实现的VEC_FRONT_BETA：\n1. 先以FRONT_BETA=0.15单次查分确认方向（守卫：nb_mmd<0.06931, de_direction≥0.41, mmd_u≤0.045）；\n2. 粗扫FRONT_BETA∈{0.05, 0.10, 0.15, 0.20, 0.25, 0.30}，记录nb_mmd/mmd_u/variogram/de_direction；\n3. 若单调，在峰值附近±0.05细扫；若非单调，取内点最优；\n4. 守卫失败（de_direction<0.40或variogram>0.036）则回退到更小值或关闭；\n5. 最优配置再查一次确认（预期提升~1分，接近噪声，需两次一致）；\n6. 单输入阶段退路：仅一个输入时无法估计型内前沿梯度，FRONT_BETA自动退化为0，输出=锚原样（与父管线--ablate行为一致）。\n7. 用vec-score的score_parts逐项对比，确认改善来自nb_mmd/mmd_u而非其他项。",
  "expected_groups": ["local_spatial", "cell_state"],
  "risks": "1. 型内前沿估计受单细胞噪声影响，小细胞型（<30细胞）排序不稳定，可能注入噪声损害variogram；Engineer应在首次查分后检查variogram是否恶化>0.001。2. 预期提升~1分接近T2噪声，若两次查分差<0.5应视为噪声内，不提交。3. 外推榜本地proxy历史高估（54.2→49.6先例），本地小幅领先不可信。4. FRONT_BETA与γ=1.5型内再闭合可能交互（两者都调制型内细胞间差异），若组合劣于单独，需固定γ=1.35重扫。",
  "family_id": "T2HX-01",
  "mechanism": "型内前沿逐细胞解码：同一细胞型内，按每个细胞沿型内发育前沿轴的位置（表达排序或伪时间）调制其乘法位移幅度，前沿细胞获得更大位移，后沿细胞获得更小位移，而非全型统一v_t。",
  "vs_constant_shift": "常数位移/全局组成重加权对同一型内所有细胞施加相同倍数变化；FRONT_BETA按每个细胞在型内发育轴上的位置给出逐细胞不同的位移幅度，是型内异质的、依赖细胞自身表达状态的调制。",
  "mechanism_evidence": "Engineer应检查：(1)型内位移的细胞间标准差>0且与前沿位置正相关（散点/分箱）；(2)nb_mmd随FRONT_BETA的响应曲线是否单调；(3)mmd_u是否同步改善（型内分布更匹配目标）；(4)de_score/de_direction应逐位不变（Newton复原保证），若变了说明机制破坏了伪批量守恒。",
  "mechanism_off_control": "VEC_FRONT_BETA=0时型内所有细胞获得相同位移，退化为父节点43行为。Engineer应验证FRONT_BETA=0的输出与父43提交输出bit-identical（array_equal），确认关闭后机制无残留。预期差别：关闭后nb_mmd回到0.06931、mmd_u回到0.04302。"
}
```

审查员

REVIEW.json written