Virtual Embryo Challenge更新于 10-04 04:08(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n48 终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序;可能是候选节点,也可能由护栏回退到基线。在终选来历上

PLAN的γ后封顶(CAPMODE=fg)经7档查分证否(全部≤父、mmd_u+nb_mmd同步劣化),按备选机制提交:在节点47操作点重扫外部复制混速w(0.3→0.4)与平滑底物ε(0.1→0.2),nb_mmd/de_score/variogram/de_direction四项raw同步改善。

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h
父节点n47
子节点n50
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 59.55(+0.1) · proxy_noscale 59.55(+0.1) · 3 次复测均分 59.64
审查通过 检查1(越界读取):未发现问题。数据读取只走 args.data + manifest 条目(run.py:1206-1224 read_stage/anchor_entry,run.py:896 external 仅读 manifest['external'] 挂载的 view 内路径),无绝对路径、'..'、/mnt、/home、data/raw、打分器路径,无网络下载。; 检查2(硬编码目标统计量):未发现问题。所有数值常数为管线旋钮(EXT_W/SMOOTH_EPS/GAMMA/TYPEREC_CAP 等,run.py:598-745),细胞型比例、表达量、细胞数、基因列表全部运行时…
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。27 分
程序版本5b00f6ab6b721f843671c96fc7ee1d5072051df0 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 5b00f6ab6b:solution/METHOD.md

PLAN的γ后封顶(CAPMODE=fg)经7档查分证否(全部≤父、mmd_u+nb_mmd同步劣化),按备选机制提交:在节点47操作点重扫外部复制混速w(0.3→0.4)与平滑底物ε(0.1→0.2),nb_mmd/de_score/variogram/de_direction四项raw同步改善。

  • family_id: T2HX-01
  • parent: node 47(A半 59.012)
  • board: T2:heart:val_extrap(proxy_noscale 尺子)

提交配置

父47管线全部保留(copy_last基座、坐标/行序/细胞数/组成冻结、rel速度α=1、k=0.5软阈值、 β=-0.10前沿解码、q=0.7型内分位再闭合、γ=2.0、型因子pre封顶cap=10、PBC=10、逐基因Newton 伪批量精确复原),只改两个操作点旋钮:

  • VEC_EXT_W 0.3 → 0.4:外部Qiu锚同时刻心脏复制的按型相对差 b_t 混入速度的权重;
  • VEC_SMOOTH_EPS 0.1 → 0.2:坐标15-NN图上两步支撑掩码扩散平滑的强度(位移底物)。

提交输出 A半 59.216(w0.4×ε0.2)。raw 对比父47 A半:

指标提交父47变化
de_score0.34720.3194+2 档(0.3056/0.3194/0.3333/0.3472 档位序列)
de_direction0.41650.4162+0.0003
mmd_u0.040970.04091+0.15%(持平)
variogram0.0333770.03355改善
neighborhood_mmd0.066590.06724改善(全树最佳)
形状三项逐位相同—坐标冻结

满足 PLAN 提交门槛:≥3 项 raw 改善(4项)、无单项恶化 >5%(最差 mmd_u +0.15%); 守卫全过:variogram 0.0334≤0.0360、nb_mmd 0.06659≤0.07040、de_score 0.3472≥0.3056。

PLAN 机制(CAPMODE=fg)证否记录(7 次查分)

实现:f_t^γ 直接 clip 到 [0.01, fg_cap](VEC_CAPMODE=fg、VEC_FG_CAP、VEC_FG_LO, 代码保留)。机制确实咬合:γ=2.0/cap=10 下 8/33 型触发 pre 封顶(f_t 原始范围 0.17–2e45), fg_cap=5/10/20 分别截断 10/9/8 型;fg_cap=100 与 pre cap=10 数学等价(范围都是 [0.01,100]), 实测输出逐位相同(md5 一致)——实现自校验通过。各 fg_cap 输出 md5 互不相同。

配置A半总分de_scorede_dirmmd_uvariogramnb_mmd
fg_cap=5, γ2.0(未存全量)––––0.06876(15.625 pts)
fg_cap=10, γ2.0(未存全量)––––0.06827(15.668 pts)
fg_cap=20, γ2.0(未存全量)––––0.06792(15.697 pts)
fg_cap=30, γ2.058.9600.3194 (7.521)0.4162 (7.904)0.04157 (7.307)0.03309 (8.013)0.06774 (15.713)
fg_cap=20, γ2.258.9470.3194 (7.521)0.4177 (7.911)0.04253 (7.238)0.03208 (8.104)0.06824 (15.670)
fg_cap=20, γ2.458.8750.3056 (7.457)0.4220 (7.933)0.04336 (7.180)0.03136 (8.170)0.06864 (15.635)
fg_cap=10, γ2.458.8260.3056 (7.457)0.4220 (7.933)0.04379 (7.150)0.03120 (8.185)0.06904 (15.602)
父47(pre cap=10, γ2.0)59.0120.31940.41620.040910.033550.06724

结论:nb_mmd 随 fg_cap 单调(5→30:0.06876→0.06774)但全部劣于父(0.06724),mmd_u 全部 劣于父,两项同步劣化触发 PLAN step-6 止损;上限 fg_cap=100 逐位=父,故整个 fg 家族只能 从下方收敛到父,不可能超越。提高 γ 与 fg 封顶交互只带来 variogram 改善、代价是 mmd_u/nb_mmd/ de_score 全劣。机制方向证否:压制极端型因子的亮度上限损害型间结构(与节点47"cap 放宽 到 10 才最优"一致,fg 等价于把有效上限从 100 压回 ≤30)。注:fg_cap=5/10/20 三档查分当时 只截存了 nb_mmd 分项(输出截断),未存全量 JSON,额度用尽无法补查;上表如实记录。

备选机制扫描(13 次查分共 20,全部记录)

w、ε、γ 在 pre cap=10 操作点的重扫(PLAN step 3/4 + ANALYSIS 建议2):

配置A半总分de_scorede_dirmmd_uvariogramnb_mmd
γ2.159.1000.33330.41630.041100.033170.06723
γ2.259.0590.31940.41770.041270.032830.06722
γ2.359.0100.30560.41920.041510.032500.06725
w0.2 (ε0.1)58.6740.30560.41600.043520.033240.06853
w0.4 (ε0.1)58.9360.31940.41040.041320.033900.06708
ε0.05 (w0.3)58.9510.31940.41440.040830.033810.06764
ε0.15 (w0.3)59.1150.33330.41790.041020.033240.06714
γ2.1×ε0.1559.0690.31940.41840.041200.032870.06716
ε0.2 (w0.3)59.0650.31940.41900.041190.032930.06719
w0.4×ε0.1559.1560.34720.41340.041090.033650.06673
γ2.1×w0.459.0180.33330.41040.041590.033510.06707
w0.5×ε0.1557.9220.23610.37980.045580.034100.06904
w0.4×ε0.2(提交)59.2160.34720.41650.040970.033380.06659
  • w 是内点最优:0.2/0.3/0.4/0.5 → 58.67/58.94(ε0.1)/59.16(ε0.15)/57.92(ε0.15),0.5 处 de_score 崩到 0.2361(外部批次信号混入过多,速度方向失真)。
  • ε 在 w=0.4 下 0.1/0.15/0.2 单调改善(58.94/59.16/59.22,nb_mmd 0.06708/0.06673/0.06659), 增幅递减(+0.22/+0.06),0.2 接近平台;额度用尽未能补测 ε0.25/0.3(留给后续节点)。
  • γ2.1–2.3 单独都 <59.10 且与 w/ε 组合无增益(γ2.1×ε0.15 59.07、γ2.1×w0.4 59.02), γ=2.0 保持。
  • 评分服务确定(节点47已验证同文件两次逐位相同),上述差异非抽样噪声;但 de_score 有 ±1 档(±0.07分≈±0.9总分)的 A/B 半档位风险(节点47教训)。提交配置的领先来自连续指标 nb_mmd(-0.97%)、variogram、de_direction 加上 de_score +2 档,即使 B 半 de_score 落回 0.3333 仍与父打平以上。

--ablate mechanism(关闭机制对照)

只关掉本节点提交的机制:ext_w→0.3、smooth_eps→0.1,其余(γ=2.0、cap=10 pre、q=0.7、 β=-0.10、w混速结构、type_rec、Newton复原)保持提交态。已验证:ablate 输出与父47提交配置 (pre cap=10 默认)输出逐位相同(X、坐标、稀疏结构全等),且 ≠ 提交输出 → mechanism_active 应判 yes。PLAN 原文的 off-control(γ→1.35、cap→3、q→0.5、β→0)是为 fg 机制设计的;fg 被证否后提交的是备选机制,按 CONTRACT"只关掉这个机制"的约定改为回退 w/ε, 这样对照精确隔离本节点的改动。

验证清单

  • ☑ VEC_CAPMODE=pre 默认输出与父47配置逐位一致(md5 b8a786…相同);
  • ☑ fg_cap=100 与 pre cap=10 逐位一致(实现自校验);fg_cap 5/10/20 输出 md5 互异、封顶咬合 8–10 型;
  • ☑ 提交配置 = w0.4×ε0.2 查分文件逐位一致;seed 1 输出内容与 seed 0 全等(本视图锚阶段细胞数 24826 ≤ max_cells,输出与 seed 无关);
  • ☑ vec-check --task T2:heart:val_extrap/proxy_noscale 提交与 ablate 输出均 ok;
  • ☑ 伪装视图(时间整体 +1 天、manifest 键序打乱、换路径):输出 X/坐标/稀疏结构与真实视图逐位相同(view-independent);
  • ☑ 单输入视图、空 external 视图均正常运行不崩溃;
  • ☑ 无绝对时间常数、无已发布阶段尺寸常数、无硬编码细胞数(只改两个已有旋钮的默认值)。

知识来源

本节点不引入新的生物学知识:全部改动是对既有管线两个数值旋钮(外部复制混速权重、扩散平滑 强度)在代理视图上的重扫;外部数据 Qiu E8.75 由视图 external/ 挂载(合规过滤由 harness 完成),按时间差(EXT_TOL)匹配锚同时刻,不用绝对阶段名。

未验证 / 风险

  • ε 在 w=0.4 下 0.2 之后是否继续改善(ε0.25/0.3)未测(额度用尽);
  • B 半 de_score 档位可能回落 1 档(±0.9 总分),nb_mmd/variogram 的连续改善是提交依据;
  • 外推榜本地尺子历史上高估官网分(方法卡:本地 54.2 → 官网 49.6),+0.2 的本地领先在 官网上可能不可分辨;本节点护栏尺子即 proxy_noscale,晋级按 B 半。

调研员的计划

名称再闭合型因子封顶改为γ后封顶(CAPMODE=fg)+ w操作点重扫
动机父47的mmd_u skill 0.594是活跃指标中最低(7.42/12.5),neighborhood_mmd 0.06388(skill 0.638)仍有空间。当前cap=10在γ=2.0下允许f_t^γ达100,型间亮度差异被过度放大,极端型因子导致型内分布失真。ANALYSIS建议试CAPMODE=fg(直接封顶f_t^γ,有效范围[0.01,100]),使封顶效果与γ解耦。同时w=0.3在旧操作点(γ=1.5/cap=3/q=0.5)下标定,γ=2.0/cap=10/q=0.7下交互可能移动(节点47已证实q改变后γ/cap最优点同步移动)。
做法父47管线全部保留(copy_last基座、ε=0.1扩散平滑、rel速度α=1、k=0.5、ext混速、β=-0.10、q=0.7、Newton复原、PBC=10),只动再闭合封顶结构:

1. 实现CAPMODE=fg:将封顶从f_t(γ前)移到f_t^γ(γ后)。当前:f_t=min(f_t,cap)→s_i=(r_ref/r̃_i)^(f_t^γ);改后:先算f_t^γ,再clip(f_t^γ, 0.01, fg_cap)。添加环境变量VEC_CAPMODE('fg'/'pre',默认'fg')和VEC_FG_CAP(默认10)。γ=2.0、q=0.7、β=-0.10、w=0.3、ε=0.1不变。
2. 扫fg_cap∈{5,10,20}(3次查分)。守卫:variogram_raw≤0.0360、nb_mmd_raw≤0.07040、de_score≥0.3056。若5/10/20单调,补扫边界(3或30)确认内点。
3. 在最佳fg_cap下重扫w∈{0.2,0.3,0.4}(2次增量查分,0.3已有)。w与再闭合强度存在交互(ANALYSIS lesson:改一个旋钮后应重扫交互旋钮)。
4. 若查询余量≥4,在最佳(fg_cap,w)下重扫ε∈{0.05,0.15}(2次),验证平滑底物在新操作点的最优性。
5. 全指标对比:提交配置需≥3项raw改善、无单项恶化>5%。用seed 1复核提交配置确定性。
6. vec-score快速筛选:每次查分后先看mmd_u和nb_mmd两项(目标组),若两项同时劣化立即止损该方向。
风险1. fg_cap=5可能过度压制型间亮度结构,variogram/mmd_u反升(类似cap=2的劣化,节点47 #7);Engineer应在第一组查分后立即比较mmd_u raw。2. w重扫可能无增益(w=0.3在新操作点仍最优),此时只提交CAPMODE改动。3. γ后封顶与γ前封顶在γ=2.0、cap=10下数值差异可能很小(f_t通常<10,cap不咬合),导致输出逐位不变;Engineer应先打印f_t分布,确认有型因子超过cap或低于0.01下界才继续查分。4. T2噪声~1分,fg_cap 5→10→20的总分差可能<1;用mmd_u/nb_mmd raw单调性判断,不依赖总分。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 e755c16aa0。改动的文件:solution/METHOD.md +113 −92、solution/README.md +16 −16、solution/run.py +96 −47

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 5807553..db54862 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,95 +1,116 @@-q=0.7 操作点下再闭合强度 γ 从 1.5 重扫至 2.0、型因子封顶 cap 从 3 放宽至 10(β=-0.10 不变),型间亮度结构保留更多,nb_mmd/mmd_u/variogram 同步改善。--# 节点 47(improve,父 44,T2HX-01,board T2:heart:val_extrap)--## 方法--父 44 管线全部保留(copy_last 基座:坐标/行序/细胞数/组成冻结;坐标 15-NN 两步支撑掩码扩散平滑 ε=0.1 +-伪批量列缩放复原;按共有型相对差速度 v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1) 乘法位移 α=1、k=0.5 软阈值;外部 Qiu 锚同时刻-复制按型匹配 w=0.3 混入速度;符号反转前沿解码 β=-0.10;型内 q=0.7 分位再闭合;PBC=10;逐基因 Newton-伪批量精确复原),本节点只动两个再闭合参数:--1. **VEC_GAMMA 1.5 → 2.0**(再闭合强度:s_i=(r_ref/r~_i)^γ,把细胞拉向型内参考电平的力度)。-2. **VEC_TYPEREC_CAP 3 → 10**(型因子 f_t = 型内 q 分位 / 全局 q 分位 的封顶;cap 在 f_t 上生效后再取 γ 次幂)。--PLAN 假设被证实的部分:q=0.7 改变了 γ 与 cap 的最优点(cap 在 q=0.5 下扫出 3,在 q=0.7 下最优点移到 ≥10;-γ 最优点从 1.5 移到 2.0 附近)。机制作用面与父相同:dp 被 Newton 复原钉死,改动只通过细胞间表达再分配-和(随 γ/cap 轻移的)复原目标影响分布类指标。--## 查分记录(18/20 次,全部 proxy_noscale A 半;守卫 variogram_raw≤0.0360、nb_mmd_raw≤0.07040)--| # | 配置(相对父 44 的改动) | total | de_score | de_dir | mmd_u | variogram | nb_mmd | 守卫 |-|---|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---|-| 1 | 父 44 复跑(γ1.5 cap3 β-0.10 q0.7) | 58.499 | 0.3194 | 0.4185 | 0.04231 | 0.03533 | 0.07040 | 基线 |-| 2 | γ1.6 | 58.478 | 0.3056 | 0.4184 | 0.04250 | 0.03467 | 0.07036 | ✓(total<58.50 未过 PLAN 步骤1门) |-| 3 | γ1.7 | 58.566 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04276 | 0.03407 | 0.07041 | ✓(nb 边界 +1e-5) |-| 4 | γ1.8 | 58.577 | 0.3194 | 0.4163 | 0.04306 | 0.03353 | 0.07054 | ✗ mmd_u>0.0430 且 nb 超守卫 → PLAN 止损 |-| 5 | γ1.7 β-0.15 | 58.518 | 0.3056 | 0.4168 | 0.04242 | 0.03441 | 0.07013 | ✓ 但 de_score 掉档 |-| 6 | γ1.7 β-0.05 | 58.599 | 0.3333 | 0.4169 | 0.04325 | 0.03365 | 0.07084 | ✗ nb 超守卫 → 弃 |-| 7 | γ1.7 cap2 | 58.135 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04493 | 0.03391 | 0.07397 | ✓ 显著劣化 |-| 8 | γ1.7 cap5 | 58.888 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04091 | 0.03446 | 0.06781 | ✓ |-| 9 | γ1.7 cap10 | 58.911 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04047 | 0.03493 | 0.06745 | ✓ |-| 10 | γ1.7 cap1000 | 58.774 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04061 | 0.03561 | 0.06825 | ✓ 但 variogram 转差 → cap 峰在 ~10 |-| 11 | γ1.7 cap10 β-0.15 | 58.867 | 0.3056 | 0.4168 | 0.04009 | 0.03514 | 0.06732 | ✓ 低于 β-0.10 |-| 12 | γ1.7 cap10 clip2 | 58.910 | 0.3194 | 0.4170 | 0.04047 | 0.03492 | 0.06747 | clip 不咬合(≈#9) |-| 13 | γ1.6 cap10 | 58.796 | 0.3056 | 0.4184 | 0.04038 | 0.03549 | 0.06763 | ✓ |-| 14 | γ1.8 cap10 | 58.951 | 0.3194 | 0.4163 | 0.04059 | 0.03443 | 0.06734 | ✓ |-| 15 | **γ2.0 cap10(提交)** | **59.012** | 0.3194 | 0.4162 | 0.04091 | 0.03355 | 0.06724 | ✓ |-| 16 | γ2.4 cap10 | 59.032 | 0.3056 | 0.4220 | 0.04173 | 0.03220 | 0.06728 | ✓ 但 de_score/mmd_u 转差(+0.02 噪声内) |-| 17 | γ2.0 cap20 | 59.020 | 0.3194 | 0.4162 | 0.04036 | 0.03400 | 0.06716 | ✓ 与 #15 噪声内相同 |-| 18 | 提交配置 seed 1 复核 | 59.012 | 同 #15(逐位相同输出) | | | | | ✓ |--选 γ=2.0、cap=10:γ 曲线(cap10)1.6/1.7/1.8/2.0/2.4 → 58.796/58.911/58.951/59.012/59.032,2.0→2.4 增量-+0.02 在噪声内且 2.4 处 de_score 掉档、mmd_u 反弹,2.0 是内点;cap 曲线(γ1.7)2/3/5/10/20(γ2.0)/1000 →-58.135/58.566/58.888/58.911/59.020/58.774,10–20 平台、1000 转差,取 10。β=-0.10 在 cap10 下仍优于--0.05(守卫破)与 -0.15(de 掉档);clip 2/3 无差,保持 3。--## PLAN 步骤 4 全指标对比(提交 vs 父 44,A 半 raw)--nb_mmd 0.07040→0.06724(−4.5%)、mmd_u 0.04231→0.04091(−3.3%)、variogram 0.03533→0.03355(−5.0%)-三项改善;de_score 0.3194 逐位不变;de_direction 0.4185→0.4162(−0.55%,<5%);形状三项逐位不变(坐标冻结,-锁在地板)。守卫全过。**满足"至少 3 项 raw 改善、无单项恶化 >5%"。**--## 机制生效证据(PLAN mechanism_evidence 对照)--1. γ 扫描在 cap10 下单调上行至 2.0(非随机波动)✓;2. β 加深方向 nb_mmd/mmd_u 继续改善、variogram 代价-递增(#5/#11 与父 44 扫描方向一致)✓;3. q 改变 γ/cap 最优点:q=0.5 下 γ 峰在 1.5–1.65(节点 43 记录)、-cap=3;q=0.7 下 γ 峰移到 ~2.0、cap 峰移到 ~10(交互存在)✓;4. cap 咬合证据:cap=2→1000 输出 md5 全部-不同、nb_mmd 0.07397→0.06745 系统性变化,型因子确被封顶截断(DEBUG 下 q=0.5 时 9/33 型咬合,q=0.7 下-cap=3 仍咬合、cap=10 放宽后型内方差实测改变)✓。--## --ablate 对照--`--ablate mechanism`:γ→1.35(GAMMA_ABLATE)、cap→3、β→0、q→0.5,其余管线不变(PLAN off-control 的字面-实现)。已在本地验证:ablate 输出 = 手动设 VEC_GAMMA=1.35 VEC_TYPEREC_CAP=3 VEC_FRONT_BETA=0-VEC_TYPEREC_Q=0.5 的输出(md5 逐位相同),且 ≠ 提交输出(mechanism_active=yes 成立)。**注意**:PLAN 预期-"逐位=节点35"不可能字面成立——节点 35 早于 ext 混速/型内再闭合/Newton 复原(节点 41/40/43 引入),而 PLAN-同时要求"其余管线不变",故 ablate 保留 w=0.3、type_rec、Newton(这是 PLAN 两处表述的冲突,取"其余管线不变"-的字面语义)。ablate 输出通过 vec-check。--## 已验证--- 提交配置默认参数下输出与查分文件逐位相同(md5);seed 0 复跑逐位相同;seed 1 输出逐位相同(锚细胞数-  24826 ≤ max_cells 25179,行选择不依赖 seed)且 A 半分数相同(59.012)。-- 伪装视图(随机路径、manifest 键序打乱+重排版、全部阶段时间含 external 窗口 +1 天):输出逐位相同-  (view 无关)。-- 单输入阶段视图(去掉 E8.25 输入+external 清空):正常退出,锚阶段原样输出(退路承自父,未改动)。-- external/ 清空:输出 = VEC_EXT_W=0 路径逐位相同。-- vec-check(提交/ablate 两输出):ok。-- 未用任何保留阶段/基因型数据;未用任何由已发布阶段尺寸算出的常数;无绝对时间依赖(只用时间差与输入顺序)。-- 知识来源:无新增生物学知识条目(本节点是纯参数再优化,所有量从视图数据现场计算)。+PLAN的γ后封顶(CAPMODE=fg)经7档查分证否(全部≤父、mmd_u+nb_mmd同步劣化),按备选机制提交:在节点47操作点重扫外部复制混速w(0.3→0.4)与平滑底物ε(0.1→0.2),nb_mmd/de_score/variogram/de_direction四项raw同步改善。++- family_id: T2HX-01+- parent: node 47(A半 59.012)+- board: T2:heart:val_extrap(proxy_noscale 尺子)++## 提交配置++父47管线全部保留(copy_last基座、坐标/行序/细胞数/组成冻结、rel速度α=1、k=0.5软阈值、+β=-0.10前沿解码、q=0.7型内分位再闭合、γ=2.0、型因子pre封顶cap=10、PBC=10、逐基因Newton+伪批量精确复原),只改两个操作点旋钮:++- `VEC_EXT_W` 0.3 → **0.4**:外部Qiu锚同时刻心脏复制的按型相对差 b_t 混入速度的权重;+- `VEC_SMOOTH_EPS` 0.1 → **0.2**:坐标15-NN图上两步支撑掩码扩散平滑的强度(位移底物)。++提交输出 A半 **59.216**(w0.4×ε0.2)。raw 对比父47 A半:++| 指标 | 提交 | 父47 | 变化 |+|---|---|---|---|+| de_score | 0.3472 | 0.3194 | +2 档(0.3056/0.3194/0.3333/0.3472 档位序列) |+| de_direction | 0.4165 | 0.4162 | +0.0003 |+| mmd_u | 0.04097 | 0.04091 | +0.15%(持平) |+| variogram | 0.033377 | 0.03355 | 改善 |+| neighborhood_mmd | 0.06659 | 0.06724 | 改善(全树最佳) |+| 形状三项 | 逐位相同 | — | 坐标冻结 |++满足 PLAN 提交门槛:≥3 项 raw 改善(4项)、无单项恶化 >5%(最差 mmd_u +0.15%);+守卫全过:variogram 0.0334≤0.0360、nb_mmd 0.06659≤0.07040、de_score 0.3472≥0.3056。++## PLAN 机制(CAPMODE=fg)证否记录(7 次查分)++实现:`f_t^γ` 直接 clip 到 [0.01, fg_cap](`VEC_CAPMODE=fg`、`VEC_FG_CAP`、`VEC_FG_LO`,+代码保留)。机制确实咬合:γ=2.0/cap=10 下 8/33 型触发 pre 封顶(f_t 原始范围 0.17–2e45),+fg_cap=5/10/20 分别截断 10/9/8 型;fg_cap=100 与 pre cap=10 数学等价(范围都是 [0.01,100]),+实测输出逐位相同(md5 一致)——实现自校验通过。各 fg_cap 输出 md5 互不相同。++| 配置 | A半总分 | de_score | de_dir | mmd_u | variogram | nb_mmd |+|---|---|---|---|---|---|---|+| fg_cap=5, γ2.0 | (未存全量) | – | – | – | – | 0.06876(15.625 pts) |+| fg_cap=10, γ2.0 | (未存全量) | – | – | – | – | 0.06827(15.668 pts) |+| fg_cap=20, γ2.0 | (未存全量) | – | – | – | – | 0.06792(15.697 pts) |+| fg_cap=30, γ2.0 | 58.960 | 0.3194 (7.521) | 0.4162 (7.904) | 0.04157 (7.307) | 0.03309 (8.013) | 0.06774 (15.713) |+| fg_cap=20, γ2.2 | 58.947 | 0.3194 (7.521) | 0.4177 (7.911) | 0.04253 (7.238) | 0.03208 (8.104) | 0.06824 (15.670) |+| fg_cap=20, γ2.4 | 58.875 | 0.3056 (7.457) | 0.4220 (7.933) | 0.04336 (7.180) | 0.03136 (8.170) | 0.06864 (15.635) |+| fg_cap=10, γ2.4 | 58.826 | 0.3056 (7.457) | 0.4220 (7.933) | 0.04379 (7.150) | 0.03120 (8.185) | 0.06904 (15.602) |+| 父47(pre cap=10, γ2.0) | 59.012 | 0.3194 | 0.4162 | 0.04091 | 0.03355 | 0.06724 |++结论:nb_mmd 随 fg_cap 单调(5→30:0.06876→0.06774)但全部劣于父(0.06724),mmd_u 全部+劣于父,两项同步劣化触发 PLAN step-6 止损;上限 fg_cap=100 逐位=父,故整个 fg 家族只能+从下方收敛到父,不可能超越。提高 γ 与 fg 封顶交互只带来 variogram 改善、代价是 mmd_u/nb_mmd/+de_score 全劣。机制方向证否:**压制极端型因子的亮度上限损害型间结构**(与节点47"cap 放宽+到 10 才最优"一致,fg 等价于把有效上限从 100 压回 ≤30)。注:fg_cap=5/10/20 三档查分当时+只截存了 nb_mmd 分项(输出截断),未存全量 JSON,额度用尽无法补查;上表如实记录。++## 备选机制扫描(13 次查分共 20,全部记录)++w、ε、γ 在 pre cap=10 操作点的重扫(PLAN step 3/4 + ANALYSIS 建议2):++| 配置 | A半总分 | de_score | de_dir | mmd_u | variogram | nb_mmd |+|---|---|---|---|---|---|---|+| γ2.1 | 59.100 | 0.3333 | 0.4163 | 0.04110 | 0.03317 | 0.06723 |+| γ2.2 | 59.059 | 0.3194 | 0.4177 | 0.04127 | 0.03283 | 0.06722 |+| γ2.3 | 59.010 | 0.3056 | 0.4192 | 0.04151 | 0.03250 | 0.06725 |+| w0.2 (ε0.1) | 58.674 | 0.3056 | 0.4160 | 0.04352 | 0.03324 | 0.06853 |+| w0.4 (ε0.1) | 58.936 | 0.3194 | 0.4104 | 0.04132 | 0.03390 | 0.06708 |+| ε0.05 (w0.3) | 58.951 | 0.3194 | 0.4144 | 0.04083 | 0.03381 | 0.06764 |+| ε0.15 (w0.3) | 59.115 | 0.3333 | 0.4179 | 0.04102 | 0.03324 | 0.06714 |+| γ2.1×ε0.15 | 59.069 | 0.3194 | 0.4184 | 0.04120 | 0.03287 | 0.06716 |+| ε0.2 (w0.3) | 59.065 | 0.3194 | 0.4190 | 0.04119 | 0.03293 | 0.06719 |+| w0.4×ε0.15 | 59.156 | 0.3472 | 0.4134 | 0.04109 | 0.03365 | 0.06673 |+| γ2.1×w0.4 | 59.018 | 0.3333 | 0.4104 | 0.04159 | 0.03351 | 0.06707 |+| w0.5×ε0.15 | 57.922 | 0.2361 | 0.3798 | 0.04558 | 0.03410 | 0.06904 |+| **w0.4×ε0.2(提交)** | **59.216** | 0.3472 | 0.4165 | 0.04097 | 0.03338 | 0.06659 |++- w 是内点最优:0.2/0.3/0.4/0.5 → 58.67/58.94(ε0.1)/59.16(ε0.15)/57.92(ε0.15),0.5 处+  de_score 崩到 0.2361(外部批次信号混入过多,速度方向失真)。+- ε 在 w=0.4 下 0.1/0.15/0.2 单调改善(58.94/59.16/59.22,nb_mmd 0.06708/0.06673/0.06659),+  增幅递减(+0.22/+0.06),0.2 接近平台;额度用尽未能补测 ε0.25/0.3(留给后续节点)。+- γ2.1–2.3 单独都 <59.10 且与 w/ε 组合无增益(γ2.1×ε0.15 59.07、γ2.1×w0.4 59.02),+  γ=2.0 保持。+- 评分服务确定(节点47已验证同文件两次逐位相同),上述差异非抽样噪声;但 de_score 有+  ±1 档(±0.07分≈±0.9总分)的 A/B 半档位风险(节点47教训)。提交配置的领先来自连续指标+  nb_mmd(-0.97%)、variogram、de_direction 加上 de_score +2 档,即使 B 半 de_score 落回+  0.3333 仍与父打平以上。++## `--ablate mechanism`(关闭机制对照)++只关掉本节点提交的机制:`ext_w→0.3`、`smooth_eps→0.1`,其余(γ=2.0、cap=10 pre、q=0.7、+β=-0.10、w混速结构、type_rec、Newton复原)保持提交态。已验证:ablate 输出与父47提交配置+(pre cap=10 默认)输出**逐位相同**(X、坐标、稀疏结构全等),且 ≠ 提交输出 →+mechanism_active 应判 yes。PLAN 原文的 off-control(γ→1.35、cap→3、q→0.5、β→0)是为 fg+机制设计的;fg 被证否后提交的是备选机制,按 CONTRACT"只关掉这个机制"的约定改为回退 w/ε,+这样对照精确隔离本节点的改动。++## 验证清单++- [x] `VEC_CAPMODE=pre` 默认输出与父47配置逐位一致(md5 b8a786…相同);+- [x] fg_cap=100 与 pre cap=10 逐位一致(实现自校验);fg_cap 5/10/20 输出 md5 互异、封顶咬合 8–10 型;+- [x] 提交配置 = `w0.4×ε0.2` 查分文件逐位一致;seed 1 输出内容与 seed 0 全等(本视图锚阶段细胞数 24826 ≤ max_cells,输出与 seed 无关);+- [x] `vec-check --task T2:heart:val_extrap/proxy_noscale` 提交与 ablate 输出均 ok;+- [x] 伪装视图(时间整体 +1 天、manifest 键序打乱、换路径):输出 X/坐标/稀疏结构与真实视图逐位相同(view-independent);+- [x] 单输入视图、空 external 视图均正常运行不崩溃;+- [x] 无绝对时间常数、无已发布阶段尺寸常数、无硬编码细胞数(只改两个已有旋钮的默认值)。++## 知识来源++本节点不引入新的生物学知识:全部改动是对既有管线两个数值旋钮(外部复制混速权重、扩散平滑+强度)在代理视图上的重扫;外部数据 Qiu E8.75 由视图 `external/` 挂载(合规过滤由 harness+完成),按时间差(EXT_TOL)匹配锚同时刻,不用绝对阶段名。  ## 未验证 / 风险 -- A 半 +0.51(58.499→59.012)在 ±1 分噪声量级内;提交依据是 raw 单调响应(cap 2→10、γ 1.6→2.0 两条曲线)-  与三项分布指标一致改善,不是单次总分差。外推榜本地尺子历史高估(54.2→49.6 先例),B 半兑现幅度未知。-- de_direction −0.55% 与 de_score 的 0.3056/0.3194 档位跳动源于 Newton 复原目标随 γ/cap 轻移的排序翻转,-  B 半可能落在另一档(±0.07 pts 量级)。-- γ=2.0/cap=10 的型因子有效范围 f_t^γ ∈ [0.01, 100],比父的 [0.19, 15.6] 宽一个量级;真实外推目标-  (E10.5,共有型更少时 f_t 分布可能不同)上该范围的稳健性只能在 B 半/终选检验。-- 未在 cap 10–20 之间细扫(噪声内,无意义);未重扫 w、ε、k、β_rec(父节点已扫,本节点额度优先给了-  PLAN 指定的 γ/β/cap/clip)。--## 查分额度--20 次上限,用 18 次(含 1 次父配置复跑基线、1 次 seed1 复核),余 2。+- ε 在 w=0.4 下 0.2 之后是否继续改善(ε0.25/0.3)未测(额度用尽);+- B 半 de_score 档位可能回落 1 档(±0.9 总分),nb_mmd/variogram 的连续改善是提交依据;+- 外推榜本地尺子历史上高估官网分(方法卡:本地 54.2 → 官网 49.6),+0.2 的本地领先在+  官网上可能不可分辨;本节点护栏尺子即 proxy_noscale,晋级按 B 半。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 5d19574..45a6214 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,20 +1,20 @@-# 提交态 = 节点44基座 + q=0.7 操作点下 γ×cap 联合再优化(node 47,T2HX-01,T2:heart:val_extrap)+# 提交态 = 节点47基座 + w/ε 操作点重扫(node 48,T2HX-01,T2:heart:val_extrap) -copy_last 基座(坐标/行序/细胞数/组成冻结)与解码管线承自节点 33/35/41/43/44:锚阶段表达在坐标 15-NN 图上-两步支撑掩码扩散平滑(ε=0.1,保零模式、伪批量列缩放复原),按共有细胞型相对差速度 v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1)-乘法位移(α=1,k=0.5 软阈值),外部 Qiu 锚同时刻复制按型匹配后以 w=0.3 混入速度,符号反转前沿解码-β=-0.10;门控通过后做型内 q=0.7 分位再闭合(型因子封顶 ±10×,γ=2.0)+ PBC=10 + 逐基因 Newton 伪批量-精确复原。+copy_last 基座(坐标/行序/细胞数/组成冻结)与解码管线承自节点 33/35/41/43/44/47:锚阶段+表达在坐标 15-NN 图上两步支撑掩码扩散平滑(**ε=0.2**,保零模式、伪批量列缩放复原),按共有+细胞型相对差速度 v_t=(m_a−m_p)/(m_p+1) 乘法位移(α=1,k=0.5 软阈值),外部 Qiu 锚同时刻复制+按型匹配后以 **w=0.4** 混入速度,符号反转前沿解码 β=-0.10;门控通过后做型内 q=0.7 分位再闭合+(型因子 pre 封顶 ±10×,γ=2.0)+ PBC=10 + 逐基因 Newton 伪批量精确复原。 -**节点47机制(`VEC_GAMMA=2.0`、`VEC_TYPEREC_CAP=10`)**:在父 44 的 q=0.7×β=-0.10 操作点上按 PLAN 联合-重优化再闭合强度 γ 与型因子封顶 cap。q=0.7 改变了两者最优点(q=0.5 下 γ≈1.5、cap=3;q=0.7 下 γ≈2.0、-cap≈10):更宽封顶保留更多型间亮度结构,更强 γ 把型内细胞更紧地拉向型内 70 分位参考。dp 仍被 Newton-复原钉死,机制只通过细胞间再分配与复原目标轻移起作用。β=-0.10、q=0.7、clip=3 经重扫确认仍是最优-(β-0.05 破 nb_mmd 守卫、β-0.15 掉 de_score 档;clip 不咬合)。+**节点48**:PLAN 的 γ 后封顶(CAPMODE=fg,直接 clip f_t^γ 到 [0.01, fg_cap])已实现并经 7 档+查分**证否**(fg_cap 5/10/20/30 与 γ2.2/2.4 交互全部 ≤ 父 59.01,mmd_u 与 nb_mmd 同步劣化;+fg_cap=100 与 pre cap=10 逐位等价,故 fg 家族只能从下方收敛到父)。按 PLAN 备选机制路径提交+**w 0.3→0.4、ε 0.1→0.2** 的操作点重扫(w 内点最优、0.5 崩;ε 在 w=0.4 下 0.1/0.15/0.2 单调+改善):A半 **59.216** vs 父 59.012,de_score 0.3194→0.3472(+2 档)、nb_mmd 0.06724→0.06659+(全树最佳)、variogram 0.03355→0.03338、de_direction 持平、mmd_u 持平(+0.15%),守卫全过。 -`--ablate <任意名>`:γ→1.35、cap→3、β→0、q→0.5(PLAN off-control 字面实现),其余管线不变;输出 ≠ 提交-输出(已验证,且 = 手动回退旋钮的输出逐位相同)。+`--ablate <任意名>`:只关本节点机制(w→0.3、ε→0.1),其余不动;输出与父47提交配置**逐位相同**+(已验证),≠ 提交输出 → mechanism_active=yes。 -A 半 proxy_noscale:提交 **59.01**(父44 58.50;nb_mmd 0.07040→0.06724、mmd_u 0.04231→0.04091、-variogram 0.03533→0.03355、de_score 0.3194 逐位不变、de_direction 0.4185→0.4162)。18 次查分网格与全部-验证(伪装视图/种子/单输入/空 external/ablate 对照)见 METHOD.md。+验证:seed 0/1 内容全等;伪装视图(时间+1天、manifest 键序打乱、换路径)逐位相同;单输入、+空 external 视图正常;vec-check ok。20 次查分全记录与证否表见 METHOD.md。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 9be3e90..64e3fd3 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -24,12 +24,42 @@ Mechanism (on by default, alpha = 1.0):  Coordinates, row order and cell count are never modified. ---ablate <name> (any name) follows the node-47 PLAN off-control: it reverts-the re-optimised operating point (gamma -> 1.35, VEC_TYPEREC_CAP -> 3,-VEC_FRONT_BETA -> 0, VEC_TYPEREC_Q -> 0.5) and keeps the rest of the pipeline-as submitted (w=0.3, type-rec + Newton restoration on). Note this is the-PLAN's literal knob rollback, NOT bit-for-bit node 35 (node 35 predates the-ext mix / type-rec / Newton mechanisms, which stay on per "其余管线不变").+--ablate <name> (any name) turns off the NODE-48 submitted mechanism only:+VEC_EXT_W -> 0.3 and VEC_SMOOTH_EPS -> 0.1, every other step unchanged, so the+ablated output is bit-for-bit parent node 47 (verified). (The node-48 PLAN+mechanism, CAPMODE=fg, was falsified -- see the node-48 block below -- and the+PLAN's literal off-control rollback belonged to that mechanism.)++Node 48 (PLAN T2HX-01: post-gamma type-factor cap, CAPMODE=fg -- FALSIFIED;+SUBMITTED fallback: w/eps operating-point re-scan):+(a) CAPMODE=fg clips f_t**gamma to [0.01, fg_cap] instead of clipping f_t+    before exponentiating. The cap bites (8-10 of 33 types), fg_cap=100 is+    bit-for-bit pre cap=10 (range-equivalent), but every fg_cap in+    {5,10,20,30} and every gamma interaction {fg20xg2.2, fg20xg2.4, fg10xg2.4}+    scores BELOW the parent (A-half 58.83-58.96 vs 59.01) with mmd_u AND+    nb_mmd degrading together (nb_mmd 0.06876/0.06827/0.06792/0.06774 at+    fg_cap 5/10/20/30 vs parent 0.06724, monotone toward the fg_cap=100+    limit = parent) -- PLAN step-6 stop-loss. Suppressing the extreme type+    factors destroys between-type brightness structure (consistent with+    node 47: widening the pre cap 3->10 was the gain). Kept in the code for+    reference; default CAPMODE reverted to "pre".+(b) Fallback mechanism (submitted): at the inherited node-47 point (gamma=2.0,+    pre cap=10, q=0.7, beta=-0.10), re-scan the external-replicate velocity+    mix weight w (0.2/0.3/0.4/0.5 -> 58.674/59.012*/59.156/57.922 A-half at+    eps 0.1/0.15; interior optimum 0.4, w=0.5 collapses de_score to 0.2361)+    and the diffusion substrate eps (0.05/0.1/0.15/0.2 -> 58.951/59.065(w0.3)+    /59.156(w0.4)/59.216(w0.4); nb_mmd 0.06764/0.06719/0.06673/0.06659+    monotone). SUBMITTED w=0.4, eps=0.2: A-half 59.216 vs parent 59.012;+    de_score 0.3194->0.3472 (+2 tiers), nb_mmd 0.06724->0.06659 (best of the+    whole tree), variogram 0.03355->0.03338, de_direction 0.4162->0.4165,+    mmd_u flat (0.04091->0.04097). gamma 2.1/2.2/2.3 alone (59.100/59.059/+    59.010) and combined with w/eps (59.069/59.018) give no further gain;+    gamma=2.0 kept. All guards pass (variogram<=0.0360, nb_mmd<=0.07040,+    de_score>=0.3056); 4 raw metrics improve, none degrades >5%.+Verification: submitted output seed-independent (seed 0 == seed 1 content);+disguised view (times +1d, shuffled manifest keys, new path) bit-for-bit+identical; single-input and empty-external views run clean; vec-check ok.+Full 20-query log in METHOD.md.  Node 47 (PLAN T2HX-01: joint gamma x beta re-optimisation at the q=0.7 operating point + type-factor cap re-scan; SUBMITTED gamma=2.0, cap=10,@@ -514,7 +544,8 @@ re-closure and clamp steps can never be blocked by them. Experiment knobs (defaults = submitted configuration): VEC_VEL_REGRESS (0), VEC_REGRESS_MODE (type), VEC_REGRESS_W (1.0), VEC_REGRESS_MINGENES (50), VEC_SMOOTH_STEPS (2),-VEC_SMOOTH_EPS (0.1), VEC_SMOOTH_K (15), VEC_ALPHA (1.0),+VEC_SMOOTH_EPS (0.2 = node 48 submitted; 0.1 = node 33-47 base, restored+under --ablate), VEC_SMOOTH_K (15), VEC_ALPHA (1.0), VEC_C (0.0 = pure multiplicative), VEC_K (0.5), VEC_GAMMA (2.0 = node 47 submitted; 1.5 = node 43 base, 1.35 restored under --ablate), VEC_RECLOSE_GEO (1), VEC_TYPEREC_Q (0.7 = node 44 submitted quantile@@ -533,14 +564,16 @@ VEC_PBC (10.0), VEC_MIXMODE (rel), VEC_MIXREL (1.0), VEC_MIXEPS (1.0), VEC_DOMAIN (log), VEC_SOFTD (0), VEC_CAPD (0), VEC_CVEL (-1 = legacy max(c,1)), VEC_VMEAN (log; used only in est mode), VEC_WMIX (0.0), VEC_AUP/VEC_ADN (1.0), VEC_GATE_SPEARMAN (0.3), VEC_DEBUG.-Node 41/43 knobs: VEC_EXT_W (0.3 = submitted since node 43), VEC_EXT_MODE+Node 41/43/48 knobs: VEC_EXT_W (0.4 = node 48 submitted; 0.3 = node 43-47+base, restored under --ablate), VEC_EXT_MODE (mix; also mixc/mixconst/sub/sign/shrink/mixshrink), VEC_EXT_S (1.0, mixshrink only), VEC_EXT_LEVEL (mult; add|none), VEC_EXT_MINCELLS (20), VEC_EXT_MINCORR (0.30), VEC_EXT_TOL (0.25 days, time-difference tolerance), VEC_FRONT_BETA (-0.10 = node 44 submitted, sign-reversed per-cell frontier decode; positive direction falsified; 0 = off under --ablate),-VEC_FRONT_CLIP (3.0), VEC_TYPEREC_CAP (10.0 = node 47 submitted; 3.0 =-node 43 base, restored under --ablate), VEC_TYPEREC_CAPMODE (f),+VEC_FRONT_CLIP (3.0), VEC_TYPEREC_CAP (10.0 = node 47 submitted),+VEC_CAPMODE/VEC_TYPEREC_CAPMODE (pre; fg falsified at node 48), VEC_FG_CAP+(10), VEC_FG_LO (0.01), VEC_NEWTON_RESTORE (1), VEC_NEWTON_TOL (1e-13), VEC_NEWTON_ITERS (200). No absolute stage times are used; only the ordering of manifest inputs. """@@ -612,7 +645,7 @@ REGRESS_W = float(os.environ.get("VEC_REGRESS_W", "1.0"))  # blend weight of the REGRESS_MINGENES = int(os.environ.get("VEC_REGRESS_MINGENES", "50"))  # types with fewer positive-pb genes skip regression REGRESS_KEEPMEAN = os.environ.get("VEC_REGRESS_KEEPMEAN", "0") not in ("0", "", "false", "False")  # re-add mean(v_t) to the rescaled residual SMOOTH_STEPS = int(os.environ.get("VEC_SMOOTH_STEPS", "2"))-SMOOTH_EPS = float(os.environ.get("VEC_SMOOTH_EPS", "0.1"))+SMOOTH_EPS = float(os.environ.get("VEC_SMOOTH_EPS", "0.2"))  # node 48: eps re-scanned at the gamma=2.0/cap=10/q=0.7 operating point (w=0.4: eps 0.1/0.15/0.2 -> 58.936/59.156/59.216 A-half; nb_mmd 0.06708/0.06673/0.06659 monotone; node 33-47 base was 0.1 at the old operating point); --ablate restores 0.1 SMOOTH_K = int(os.environ.get("VEC_SMOOTH_K", "15")) # Node 41 (PLAN T2HX-01 three-point velocity correction): external replicate # of the anchor stage (mounted in the view's external/, window-filtered to@@ -628,7 +661,7 @@ SMOOTH_K = int(os.environ.get("VEC_SMOOTH_K", "15")) #   sign   (PLAN conservative variant):         v <- |v|*sign(b) where signs disagree #   shrink (replicate-reliability weighting):   v <- v / (1 + w*|b|/median|b|) # w = 0 (default) -> bit-for-bit parent node 35/37.-EXT_W = float(os.environ.get("VEC_EXT_W", "0.3"))  # node 43: w re-scanned jointly with gamma=1.5 under the within-type re-closure (w 0.15/0.2/0.25/0.3/0.35 -> 57.83/57.92/58.11/58.21/58.17 A-half; 0.3 submitted, interior optimum; --ablate forces 0 = bit-for-bit node 35)+EXT_W = float(os.environ.get("VEC_EXT_W", "0.4"))  # node 48: w re-scanned at eps=0.15/0.2 (w 0.2/0.3/0.4/0.5 -> 58.674/58.936(eps0.1)/59.156(eps0.15)/57.922(eps0.15); nb_mmd 0.06853/0.06724/0.06673/0.06904 -- interior optimum 0.4, de_score 0.3472 at eps0.2); node 43-47 base was 0.3; --ablate restores 0.3 EXT_S = float(os.environ.get("VEC_EXT_S", "1.0"))  # shrink weight inside mode=mixshrink EXT_MODE = os.environ.get("VEC_EXT_MODE", "mix") EXT_LEVEL = os.environ.get("VEC_EXT_LEVEL", "mult")  # level matching of ext type means: mult | add | none@@ -695,8 +728,17 @@ TYPE_REC = os.environ.get("VEC_TYPE_REC", "1") not in ("0", "", "false", "False" # brightness spread the displacement created -- the direction opposite to # node 39's falsified within-type contraction. TYPEREC_Q = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_Q", "0.7"))  # node 44 submitted; 0.5 = node 43 median-TYPEREC_CAP = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAP", "10.0"))  # node 47: re-scanned at q=0.7 (2/3/5/10/20/1000 -> 58.135/58.566/58.888/58.911/59.020/58.774 A-half at gamma=1.7; 10 submitted -- interior of the 10-20 plateau, 1000 blows the variogram); ±cap of the type factor (0 = off)-TYPEREC_CAPMODE = os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAPMODE", "f")  # "f": cap f_t; "fg": cap f_t**gamma+TYPEREC_CAP = float(os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAP", "10.0"))  # node 47: re-scanned at q=0.7 (2/3/5/10/20/1000 -> 58.135/58.566/58.888/58.911/59.020/58.774 A-half at gamma=1.7; 10 submitted -- interior of the 10-20 plateau, 1000 blows the variogram); ±cap of the type factor in CAPMODE=pre (0 = off)+# Node 48 (PLAN: cap moved AFTER gamma): CAPMODE=fg clips f_t**gamma itself to+# [FG_LO, FG_CAP] instead of clipping f_t to [1/cap, cap] before exponentiating.+# pre cap=10 at gamma=2.0 lets f_t**gamma reach 100; fg cap=10 caps the applied+# type factor at 10 -- decoupling the effective clamp range from gamma.+# FG_CAP=100 with FG_LO=0.01 reproduces pre cap=10 at gamma=2.0 exactly+# (f_t**gamma in [0.01, 100] either way); smaller FG_CAP progressively dims the+# extreme type factors (8/33 types bite the pre cap; f_t up to 2e45 raw).+TYPEREC_CAPMODE = os.environ.get("VEC_CAPMODE", os.environ.get("VEC_TYPEREC_CAPMODE", "pre"))  # "pre"/"f": cap f_t before gamma; "fg": cap f_t**gamma after gamma (node 48 PLAN mechanism, FALSIFIED: 7 configs all <= parent, mmd_u+nb_mmd degrade together)+FG_CAP = float(os.environ.get("VEC_FG_CAP", "10"))  # upper clip on f_t**gamma in CAPMODE=fg (0 = off)+FG_LO = float(os.environ.get("VEC_FG_LO", "0.01"))  # lower clip on f_t**gamma in CAPMODE=fg NEWTON_RESTORE = os.environ.get("VEC_NEWTON_RESTORE", "1") not in ("0", "", "false", "False") NEWTON_TOL = float(os.environ.get("VEC_NEWTON_TOL", "1e-13")) NEWTON_ITERS = int(os.environ.get("VEC_NEWTON_ITERS", "200"))@@ -1118,31 +1160,31 @@ def main() -> None:     gamma = GAMMA     typerrec_q = TYPEREC_Q     typerrec_cap = TYPEREC_CAP-    # Node 47 off-control (PLAN mechanism_off_control: "--ablate mechanism-    # 将 β→0、q→0.5、γ→1.35 (回退到节点35配置), 其余管线不变"): --ablate-    # <any> reverts this node's re-optimised operating point -- gamma -> 1.35-    # (GAMMA_ABLATE), the type-factor cap -> 3 (parent node 44 value, part of-    # this node's cap re-scan), frontier beta -> 0 and the quantile reference-    # -> 0.5 -- while the rest of the pipeline (ext_w=0.3, type_rec on,-    # Newton restoration on, beta_rec=0.15, eps=0.1, PBC=10, gates, frozen-    # coordinates/rows/composition) stays as submitted. NOTE: with type_rec-    # and Newton restoration still on, the ablated run is NOT bit-for-bit-    # node 35 (node 35 predates those mechanisms); it is the literal PLAN-    # knob rollback, and it differs from the submitted output, which is what-    # the mechanism_active comparison needs.+    capmode = TYPEREC_CAPMODE+    fg_cap = FG_CAP+    fg_lo = FG_LO+    ext_w = EXT_W+    smooth_eps = SMOOTH_EPS+    # Node 48 off-control. The PLAN's fg-cap mechanism was FALSIFIED (7 configs,+    # all <= parent, mmd_u+nb_mmd degrade together), so the submitted mechanism+    # is the fallback: the operating-point re-scan of the external-replicate+    # velocity mix weight w (VEC_EXT_W 0.3 -> 0.4) and the diffusion-smoothing+    # substrate eps (VEC_SMOOTH_EPS 0.1 -> 0.2) at the inherited node-47+    # re-closure point (gamma=2.0, cap=10 pre-mode, q=0.7, beta=-0.10).+    # --ablate <any> turns off EXACTLY that mechanism: w -> 0.3, eps -> 0.1,+    # every other step unchanged -- the ablated output is bit-for-bit parent+    # node 47 (verified), which differs from the submitted output.     if args.ablate is not None:-        typerrec_q = 0.5-        gamma = GAMMA_ABLATE-        typerrec_cap = 3.0+        ext_w = 0.3+        smooth_eps = 0.1     # Inherited falsified knobs stay off under every mode.     regress = VEL_REGRESS     shrink_on = SHRINK_N0 > 0.0     vdiff_w = VDIFF_W-    front_beta = FRONT_BETA if args.ablate is None else 0.0+    front_beta = FRONT_BETA     # Inherited node 41/43 mechanisms (external-replicate velocity mix,     # within-type re-closure + Newton restoration) are BASE for this node     # and stay on under --ablate.-    ext_w = EXT_W     type_rec = TYPE_REC     newton_on = NEWTON_RESTORE     reclose_geo = RECLOSE_GEO@@ -1185,9 +1227,9 @@ def main() -> None:             # Substrate smoothing (node 29): velocity/gates keep using the             # ORIGINAL stage matrices; the displacement is applied to the             # smoothed anchor Xs. steps=0/eps=0 -> Xs is Xa bit-for-bit.-            Xs, sinfo = spatial_smooth(Xa, coords, SMOOTH_STEPS, SMOOTH_EPS, SMOOTH_K)+            Xs, sinfo = spatial_smooth(Xa, coords, SMOOTH_STEPS, smooth_eps, SMOOTH_K)             if DEBUG:-                print(f"smooth: active={sinfo['active']} steps={SMOOTH_STEPS} eps={SMOOTH_EPS} "+                print(f"smooth: active={sinfo['active']} steps={SMOOTH_STEPS} eps={smooth_eps} "                       f"k={SMOOTH_K} changed_frac_pos={sinfo.get('changed_frac_pos', 0.0):.4f} "                       f"pb_max_rel_diff={sinfo.get('pb_max_rel_diff', 0.0):.3e} "                       f"zero_pattern_preserved={sinfo.get('zero_pattern_preserved')} "@@ -1486,10 +1528,14 @@ def main() -> None:                                            else float(np.quantile(r_flat[m_t], typerrec_q)))                                 f_t = r_t_ref / max(r_q_g, 1e-12)                                 f_raw_list.append((t, f_t, int(m_t.sum())))-                                if TYPEREC_CAPMODE == "fg":+                                if capmode == "fg":+                                    # Node 48: cap AFTER gamma -- the applied+                                    # type factor f_t**gamma is clipped to+                                    # [fg_lo, fg_cap], decoupling the effective+                                    # clamp range from gamma.                                     ft = f_t ** gamma-                                    if typerrec_cap > 0:-                                        ft = float(np.clip(ft, 1.0 / typerrec_cap, typerrec_cap))+                                    if fg_cap > 0:+                                        ft = float(np.clip(ft, fg_lo, fg_cap))                                 else:                                     if typerrec_cap > 0:                                         f_t = float(np.clip(f_t, 1.0 / typerrec_cap, typerrec_cap))@@ -1505,19 +1551,22 @@ def main() -> None:                             pb_restore_target = Xp_par.mean(axis=0)                             sg = sg * f_cell[:, None]                             if DEBUG:-                                n_cap = sum(1 for _, f_t, _ in f_raw_list-                                            if typerrec_cap > 0 and-                                            (f_t > typerrec_cap or f_t < 1.0 / typerrec_cap-                                             if TYPEREC_CAPMODE != "fg" else-                                             (f_t ** gamma > typerrec_cap or-                                              f_t ** gamma < 1.0 / typerrec_cap)))+                                if capmode == "fg":+                                    n_cap = sum(1 for _, f_t, _ in f_raw_list+                                                if fg_cap > 0 and+                                                (f_t ** gamma > fg_cap or f_t ** gamma < fg_lo))+                                else:+                                    n_cap = sum(1 for _, f_t, _ in f_raw_list+                                                if typerrec_cap > 0 and+                                                (f_t > typerrec_cap or f_t < 1.0 / typerrec_cap))                                 fr = np.asarray([f for _, f, _ in f_raw_list])-                                print(f"type_rec: cap={typerrec_cap} mode={TYPEREC_CAPMODE} "+                                print(f"type_rec: cap={typerrec_cap} mode={capmode} "+                                      f"fg_cap={fg_cap} fg_lo={fg_lo} "                                       f"n_types={len(f_raw_list)} n_capped={n_cap} "-                                      f"f_t min/med/max={fr.min():.3f}/{np.median(fr):.3f}/{fr.max():.3f} "-                                      f"f_cell^g q05/q50/q95={np.quantile(f_cell, 0.05) ** gamma:.3f}/"-                                      f"{np.quantile(f_cell, 0.5) ** gamma:.3f}/"-                                      f"{np.quantile(f_cell, 0.95) ** gamma:.3f}", flush=True)+                                      f"f_t min/med/max={fr.min():.3f}/{np.median(fr):.3f}/{fr.max():.3e} "+                                      f"f_cell(applied) q05/q50/q95={np.quantile(f_cell, 0.05):.4f}/"+                                      f"{np.quantile(f_cell, 0.5):.4f}/"+                                      f"{np.quantile(f_cell, 0.95):.4f}", flush=True)                                 for t, f_t, n_t in f_raw_list:                                     print(f"  f_type {t}: n={n_t} f_t={f_t:.4f}", flush=True)                         Xp = np.log1p(lin * sg)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k019Out-of-window late-stage data as an expression prior, not a bracketnotes/plan/cards/T1.md
k026Canonicalise predicted 3D coordinates before submissionnotes/pitfalls/04_scorer_invariance.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么PLAN 主机制(CAPMODE=fg,γ后封顶 f_t^γ clip 到 [0.01,fg_cap])已实现但经 7 档查分证否(全部≤父、mmd_u+nb_mmd 同步劣化);实际提交的是备选机制:在父47操作点(γ=2.0、pre cap=10、q=0.7、β=-0.10)重扫两个旋钮 VEC_EXT_W 0.3→0.4、VEC_SMOOTH_EPS 0.1→0.2,其余管线逐位承父。ablate 输出逐位=父47,harness 判 mechanism_active=yes。
各组分数的变化cell_state:噪声内:+0.02(61.65→61.67);mmd_u raw 0.03991→0.04002 微劣(得分 -0.01),variogram 0.03299→0.03283 微好(+0.01),两者相抵。
expression_change:微弱变好但幅度在噪声内:+0.29(62.11→62.40);分解看是 de_score raw 0.3333→0.3472(得分 +0.07),de_direction raw 0.4236→0.4241 持平。与 Engineer 报告的 A半 de_score +2档方向一致。
local_spatial:微弱变好但幅度在噪声内:+0.28(63.84→64.12);nb_mmd raw 0.06388→0.06313(得分 +0.07),方向与 Engineer 的 A半扫描(nb_mmd 随 w=0.4/ε=0.2 单调改善)一致。
shape_scale:不变:+0.00,三项 raw 逐位相同(坐标冻结,锁在地板 skill 0.500)。
family_idT2HX-01
假设是否成立否
经验
  1. 在 γ=2.0/pre cap=10 操作点(f_t^γ 有效范围 [0.01,100])下,把封顶移到 γ 后(fg_cap≤30)等价于压缩型间亮度上限,mmd_u 与 nb_mmd 同步劣化且随 fg_cap 单调向父收敛——压制极端型因子损害型间结构,与节点47'cap 放宽到 10 才最优'一致。
  2. 封顶结构改动前先做等价自校验:fg_cap=100 与 pre cap=10(γ=2.0)范围等价、输出应逐位相同;实测 md5 一致证明实现正确,同时说明 fg 家族上界就是父配置,只能从下方收敛,可提前判死。
  3. 改一个操作点旋钮(γ/cap/q)后必须重扫交互旋钮:w 最优从 0.3 移到 0.4,ε 在 w=0.4 下 0.1/0.15/0.2 单调改善(58.94/59.16/59.22 A半),旧操作点标定的参数在新操作点不再最优。
  4. 外部复制混速 w 是内点最优:w=0.5 时 de_score 崩到 0.2361(外部批次信号混入过多使速度方向失真),扫描时应保留高档位以确认内点。
  5. 本地 A半 +0.2 量级的总分差在 T2 ~1 分噪声内不可作依据;提交应基于多项 raw 指标同向(本节点 nb_mmd/variogram/de_score/de_direction 四项)而非单次总分。
mechanism_active是
下一步建议
  1. 针对 local_spatial/cell_state:在 w=0.4 下补测 ε∈{0.25,0.3}(0.15→0.2 仍单调、增幅递减 +0.22→+0.06,接近平台;注意 ε=0.6 在旧操作点曾重尾劣化),守卫 nb_mmd_raw≤0.0704、variogram_raw≤0.0360。
  2. 针对 expression_change:在 ε=0.2 操作点细扫 w∈{0.35,0.45} 及 w×γ 交互,看能否推 de_direction(0.4165 A半平台)而不掉 de_score 档位。
  3. 晋级判断以 nb_mmd/variogram 等连续 raw 指标改善为准:外推榜本地尺子历史高估官网(54.2→49.6 先例),且 B半 de_score 有 ±1 档(±0.9 总分)回落风险。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。3
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 2 次:bash 1、write 1
用时1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 23,696 · 输出 1,315 · 思考 1,597
任务(第一行)分析节点 n48 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/analyst.jsonl 7 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/analyst.stderr

工程师

角色工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数54
工具调用共 55 次:bash 36、edit 10、read 7、write 2
用时22 分
token 数输入 111,064 · 输出 21,696 · 思考 16,513
任务(第一行)按计划修改程序:再闭合型因子封顶改为γ后封顶(CAPMODE=fg)+ w操作点重扫
最后的回答(摘录)
完成。

**做了什么**:按 PLAN 实现了 γ 后封顶(CAPMODE=fg,f_t^γ clip 到 [0.01, fg_cap],实现自校验:fg_cap=100 与 pre cap=10 逐位等价、封顶咬合 8–10/33 型),7 档查分证否(fg_cap 5/10/20/30 及 γ2.2/2.4 交互全部 ≤ 父 59.01,mmd_u+nb_mmd 同步劣化触发 PLAN step-6 止损)。按备选机制路径提交 w/ε 操作点重扫:**VEC_EXT_W 0.3→0.4、VEC_SMOOTH_EPS 0.1→0.2**(其余管线逐位承父47)。

**查分结果**(20/20 用完):提交配置 A半 **59.216** vs 父 59.012;de_score 0.3194→0.3472(+2档)、nb_mmd 0.06724→0.06659(全树最佳)、variogram 0.03355→0.03338、de_direction 持平、mmd_u 持平;w=0.5 崩(57.92)证实内点最优。`--ablate mechanism` 输出逐位=父47(mechanism_active=yes);seed 无关、伪装视图逐位相同、单输入/空 external 均通过、vec-check ok。

**下一步最值得试**:① ε 在 w=0.4 下 0.15→0.2 仍单调改善(nb_mmd 0.06673→0.06659),补测 ε∈{0.25, 0.3}(注意 ε=0.6 在旧操作点曾重尾劣化,需守卫);② de_score 已到 0.3472 档,检查 w×γ 细交互能否推 de_direction(0.4165 平台);③ 外推榜本地领先历史上不兑现官网(54.2→49.6),B 半 de_score 档位回落是主要风险,晋级判断以 nb_mmd/variogram 连续改善为准。
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/engineer.jsonl 326 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时3 分
token 数输入 22,661 · 输出 1,355 · 思考 6,733
任务(第一行)为节点 n48(改进,父节点 n47)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
_t^γ达100,型间亮度差异被过度放大,极端型因子导致型内分布失真。ANALYSIS建议试CAPMODE=fg(直接封顶f_t^γ,有效范围[0.01,100]),使封顶效果与γ解耦。同时w=0.3在旧操作点(γ=1.5/cap=3/q=0.5)下标定,γ=2.0/cap=10/q=0.7下交互可能移动(节点47已证实q改变后γ/cap最优点同步移动)。",
  "approach": "父47管线全部保留(copy_last基座、ε=0.1扩散平滑、rel速度α=1、k=0.5、ext混速、β=-0.10、q=0.7、Newton复原、PBC=10),只动再闭合封顶结构:\n\n1. 实现CAPMODE=fg:将封顶从f_t(γ前)移到f_t^γ(γ后)。当前:f_t=min(f_t,cap)→s_i=(r_ref/r̃_i)^(f_t^γ);改后:先算f_t^γ,再clip(f_t^γ, 0.01, fg_cap)。添加环境变量VEC_CAPMODE('fg'/'pre',默认'fg')和VEC_FG_CAP(默认10)。γ=2.0、q=0.7、β=-0.10、w=0.3、ε=0.1不变。\n2. 扫fg_cap∈{5,10,20}(3次查分)。守卫:variogram_raw≤0.0360、nb_mmd_raw≤0.07040、de_score≥0.3056。若5/10/20单调,补扫边界(3或30)确认内点。\n3. 在最佳fg_cap下重扫w∈{0.2,0.3,0.4}(2次增量查分,0.3已有)。w与再闭合强度存在交互(ANALYSIS lesson:改一个旋钮后应重扫交互旋钮)。\n4. 若查询余量≥4,在最佳(fg_cap,w)下重扫ε∈{0.05,0.15}(2次),验证平滑底物在新操作点的最优性。\n5. 全指标对比:提交配置需≥3项raw改善、无单项恶化>5%。用seed 1复核提交配置确定性。\n6. vec-score快速筛选:每次查分后先看mmd_u和nb_mmd两项(目标组),若两项同时劣化立即止损该方向。",
  "expected_groups": ["cell_state", "local_spatial"],
  "risks": "1. fg_cap=5可能过度压制型间亮度结构,variogram/mmd_u反升(类似cap=2的劣化,节点47 #7);Engineer应在第一组查分后立即比较mmd_u raw。2. w重扫可能无增益(w=0.3在新操作点仍最优),此时只提交CAPMODE改动。3. γ后封顶与γ前封顶在γ=2.0、cap=10下数值差异可能很小(f_t通常<10,cap不咬合),导致输出逐位不变;Engineer应先打印f_t分布,确认有型因子超过cap或低于0.01下界才继续查分。4. T2噪声~1分,fg_cap 5→10→20的总分差可能<1;用mmd_u/nb_mmd raw单调性判断,不依赖总分。",
  "family_id": "T2HX-01",
  "mechanism": "将再闭合型因子的封顶从γ前(cap on f_t)改为γ后(cap on f_t^γ,下界0.01),使封顶的有效强度范围与γ解耦,防止极端型因子在高γ下被过度放大。",
  "vs_constant_shift": "CAPMODE=fg改变的是逐型、逐细胞的非线性再闭合因子的截断方式:不同型有不同的f_t^γ,同一型内不同细胞按各自平滑膨胀量被拉向参考电平,封顶阈值决定截断位置。常数位移对所有型所有基因施加相同偏移,无型间/细胞间差异。",
  "mechanism_evidence": "1. fg_cap扫描在mmd_u/nb_mmd上呈单调或峰形响应(非随机波动);2. 打印f_t^γ分布:对比CAPMODE=pre和fg下被封顶截断的型因子数量和幅度,确认cap咬合(若0个型被截断则机制未运行);3. 不同fg_cap值产生不同md5输出;4. 提交配置下mmd_u、nb_mmd、variogram三项raw均优于父47(至少2项改善>1%);5. de_score/de_direction逐位或近似不变(Newton复原钉死dp)。",
  "mechanism_off_control": "--ablate mechanism回退到:CAPMODE='pre'(γ前封顶,cap=3)、γ→1.35、β→0、q→0.5,其余管线不变(w=0.3、type_rec、Newton保留)。预期:ablate输出≠提交输出(md5不同),且mmd_u/nb_mmd raw回到父44水平(~0.042/0.070),证实封顶结构改动确实改变了细胞间表达再分配。"
}
```
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/researcher.jsonl 5 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/researcher.stderr

审查员

角色审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数13
工具调用共 18 次:read 11、bash 6、write 1
用时2 分
token 数输入 65,993 · 输出 2,440 · 思考 1,917
任务(第一行)审查节点 n48 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞
最后的回答(摘录)
REVIEW.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-172000-search-t2-heart-extrap-chain-12h/nodes/48/reviewer.jsonl 354 KB
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