运行档案 / T2:heart:val_extrap / 10-03 07:02
G24 T2/T3 首跑 / D 组
先看终选决定，再沿节点查看方法、代码改动和对话证据。
终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。
n22
本运行目标 59.09（种子 0 单次），还在搜索，暂时最好
节点?搜索树里的每个候选程序。
25
已打分 18
官网分?官网 P2 返回的真实分数。
—
还没有提交或还没有分数
大模型调用次数?各角色（调研员、工程师、分析员、审查员）调用大模型的次数。
72
分析员 16、工程师 15、调研员 16、审查员 7、tune 18
实际结果与评分依据
搜索目标、护栏和诊断分开阅读。不同真值分片或 seed 的同名尺子保留各自记录。
| 分数 | 均值 | ± 标准差 | 次数 |
|---|---|---|---|
| 搜索目标分 | 59.09 | — | 1 |
| proxy | 59.09 | — | 1 |
来历?终选程序从种子程序一步步改过来的路径，每一步都写了改了什么、分数变了多少。
括号里的分差只表示变化方向，不代表统计显著性。
n2 种子
seed damped_shift
搜索目标分 49.51 · proxy 49.51 · 3 次复测均分 49.52
审查意见?审查员（Reviewer）检查程序是否越界读取、写死目标或钻评分器漏洞后的意见。 通过 seed (human-written, locked)
↓
n4 改进
表达匹配型伪批量位移（α=0.05，覆盖全部细胞）+ 坐标尺度取各输入阶段观测到的最大 RMS 半径（形状不变，仅整体缩放）。
搜索目标分 52.98（+3.5） · proxy 52.98（+3.5） · 3 次复测均分 52.98
分析员结论?分析员（Analyst）看完分数后写下的第一条经验。：PLAN 前提在本视图被证伪：proxy 两输入 33 个类型全部同名，父节点 n_shifted 已覆盖全部细胞，'只剩 5 个同名类型'只发生在 final 视图——设计前应先在打分视图上核实覆盖率假设。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题。run.py 只通过 view_io（load_manifest/panel_genes/read_stage/extrap_step/inputs_by_time，run.py:42-49,125-152）访问 --data 视图内路径，未触碰 external/、prior/、绝对路径或评分器代码，无联网。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题。常量仅 ALPHA=0.05、MIN_CELL_FRAC=0.0
↓
n10 调参
tune of #4: α from 0.05 to 0.02 (recover expression_change and cell_state gains seen in rounds 0-1), and target RMS scale factor from 1.0 to 0.95 (round 1 showed factor>1.0 hurts shape_scale; try slig
搜索目标分 53.94（+1.0） · proxy 53.94（+1.0） · 3 次复测均分 53.94
分析员结论：shape_scale 对目标 RMS 敏感且方向明确：factor 1.2→54.84、1.05→60.16、1.0→62.83、0.95→66.27，越接近参考尺度 335 越好，超过 max(输入 radii) 一定变差。
↓
n12 改进
去除伪批量位移（α=0）+ 确定性 PCA 坐标规范化 + 各向同性缩放到 0.946×max_k RMS(input_k)，shape_scale 66.60
搜索目标分 54.15（+0.2） · proxy 54.15（+0.2） · 3 次复测均分 54.00
分析员结论：在T2:heart:val_extrap上，去掉伪批量表达位移（α 0.02/0.05 → 0）使cell_state从49.04-49.40回到50.00：沿prev→last伪批量方向做阻尼位移在本proxy上方向为负，不应再调参，应整族删除。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题。run.py 仅通过框架 view_io（load_manifest/panel_genes/read_stage/extrap_step/inputs_by_time）读视图内输入阶段，无绝对路径、'..'、external/、prior/、目标阶段文件或网络访问（run.py:41-51, 100-116）。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题。唯一常量 FACTOR=0.946（run.py:53）是作用
↓
n13 改进
实现T2HX-03基因级趋势外推，proxy证伪（α=0.2→52.05、de_direction−0.06，与幅度无关），按停止规则提交α=0；坐标机制保留，输出=父节点12（54.15）。
搜索目标分 54.15（+0.0） · proxy 54.15（+0.0）
分析员结论：在本视图（T2:heart:val_extrap，proxy=E8.25_late+E8.75→E9.5）上，沿 prev→last 逐基因伪批量差做线性外推，任何 α>0 都使榜分单调下降（α=0.05→53.02、α=0.2→52.05 vs α=0→54.15），且 de_direction=−0.0596 在两个 α 上完全相同——方向指标与幅度无关，缩小 α 只能稀释损失不能翻正，故不必扫更大的 α 网格。
↓
n16 改进
实现T2HX-05逐主轴幅度趋势外推：两输入阶段PCA谱比值r_j对末阶段坐标做阻尼逐轴缩放（只改轴比）；proxy双向证伪，按停止规则提交γ=0，输出=父节点13，机制留VEC_GAMMA开关。
搜索目标分 54.15（+0.0） · proxy 54.15（+0.0）
分析员结论：在本榜上，对两输入阶段的 PCA 谱比值做阻尼外推（趋向各向同性，r_j=[0.558,0.610,0.751]）使 shape_scale 单调恶化（γ=1 时 66.60→54.37），说明目标 E9.5 的形状谱基本停在 last 阶段自身，沿 prev→last 谱趋势再走一步是错方向。
↓
n19 改进
METHOD
搜索目标分 58.26（+4.1） · proxy 58.26（+4.1） · 3 次复测均分 58.17
分析员结论：当树内所有 prev→last 时序趋势族证伪、表达三组钉死 50.00 地板时，换用与之正交的外部同阶段跨平台数据（corr(δ, 时序差)=−0.04）锚定逐基因偏移，一次性使三个表达组全部脱离地板（+3.7~+6.8）。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——数据只经 read_stage(args.data,...) 和 external_same_stage()（run.py:125-143，os.path.join(view, ent['path']) 仅拼接 manifest['external'] 声明的 qiu2024_heart_early_v1/E8.75.h5ad）读取；无绝对路径/..//mnt//home/data/raw/downloads
↓
n21 改进
METHOD
搜索目标分 59.09（+0.8） · proxy 59.09（+0.8） · 3 次复测均分 59.01
分析员结论：在 T2HX-09 族中，δ 的 official 侧限定心脏谱系细胞（消除组成混淆）方向被证伪：proxy 53.58、de_direction 从 +0.215 跌到 −0.068；反而是只取非心脏匹配类型（锐化全胚 vs 纯心脏的组成对比）单调更优（53.58 < 57.86 < 58.76），说明该视图下组成对比本身携带与真实时序方向一致的信号，不应作为混淆去除。
审查意见 通过 1 未发现问题：run.py 只经 view_io（load_manifest/read_stage/panel_genes）读 --data 视图内输入阶段，外部数据仅通过 os.path.join(view, ent['path'])（run.py:150）读取 manifest['external'] 挂载的 external/qiu2024_heart_early_v1/E8.75.h5ad；无绝对路径、..、/mnt、/hom
↓
T2HX-09b 细胞类型条件乘性修正（w_t=1−κ·s_t，s_t 为类型谱与外部心脏质心余弦）：proxy 双向证伪（κ>0 单调降、κ<0 亦低于父），按停止规则提交 κ=0，输出与父节点 21 逐字节一致。
搜索目标分 59.09（+0.0） · proxy 59.09（+0.0）
分析员结论：在该管线中，对逐基因乘性修正引入按细胞类型的异质乘子（w_t 调制）会双向劣化：κ∈{0.3,0.5,0.8,1.0} 四组分单调下降，κ∈{-0.3,-0.5} 也低于父（58.75/58.70 < 59.09），κ=0 是局部最优——统一（秩-1）修正优于任何类型异质乘子。
审查意见 通过 检查1（越界读取）：run.py 只从视图内读取——read_stage/load_manifest/panel_genes 读输入阶段(E8.25_late、E8.75)，external_same_stage 用 os.path.join(view, ent['path']) 读 manifest['external'] 挂载的 external/qiu2024_heart_early_v1/E8.75.h5ad（run.py:15
搜索树?每个点是一个节点，连线从父节点指向子节点；颜色表示结果。
蓝色粗线是来历路径；鼠标停在点上看节点，点一下打开节点页。
已打分?程序正常跑完并拿到分数。没有改动?这次会话没有对代码做任何修改。调研中?大模型正在查资料、想改进思路。编写中?大模型正在修改程序代码。
搜索分数的变化?横轴是从运行开始算起的分钟数，纵轴是到那时为止最好的搜索目标分。
全部节点与对话（25）
| 节点 | 父节点 | 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 状态 | 搜索目标分?搜索用来比较节点的分数（各把尺子按权重合成，种子 0 单次）。 | 比父节点?这个节点的分数减去它父节点的分数；正数是变好。 | proxy?替代题：用手头已知阶段造的本地考题，T1 是用 E8.5 预测 E9.5。 | 3 次复测?换 3 个随机种子各跑一次取平均 ± 标准差，比单次分更稳。 | 审查 | 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| n1 | — | 种子 | 已打分 | 50.0 | — | 50.0 | 50.0 | 通过 | 不到 1 分 | seed copy_last |
| n2 | — | 种子 | 已打分 | 49.5 | — | 49.5 | 49.5 | 通过 | 不到 1 分 | seed damped_shift |
| n3 | n1 | 改进 | 已打分 | 50.0 | +0.0 | 50.0 | — | 未审查 | 8 分 | 按细胞类型伪批量收缩/扩张（T2HX-01）：机制在 proxy 上双向证伪，默认 α=0（= copy_last） |
| n4 | n2 | 改进 | 已打分 | 53.0 | +3.5 | 53.0 | 53.0 | 通过 | 17 分 | 表达匹配型伪批量位移（α=0.05，覆盖全部细胞）+ 坐标尺度取各输入阶段观测到的最大 RMS 半径（形状不变，仅整体缩放）。 |
| n5 | n1 | 改进 | 已打分 | 52.1 | +2.1 | 52.1 | 53.0 | 未审查 | 20 分 | T2HX-02：按细胞类型质心位移的坐标线性外推（DRIFT_MULT=0.5） |
| n6 | n4 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +1.2 | 54.1 | 54.0 | 通过 | 14 分 | 去除表达位移（α=0，表达照抄末阶段），坐标各向同性缩放到 0.946×max_k RMS(input_k)（proxy 上 335，scale_log_ratio≈0），加确定性 PCA 规范化（定手性与轴朝向）；shape_scale 62.8→66.6，总分 53.2→54 |
| n7 | n5 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 3 分 | — |
| n8 | n5 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 2 分 | — |
| n9 | n6 | 改进 | 已打分 | 53.9 | -0.2 | 53.9 | 54.2 | 未审查 | 20 分 | 在节点 6（表达照抄末阶段 + 各向同性缩放到 0.946·max RMS + PCA 规范化）之上，新增去尺度 kNN 残差形变场，把末阶段点云沿 prev→last 的形状变化方向前向外推 β=−0.5 倍，只改相对几何；proxy 54.15→54.76，shape_sca |
| n10 | n4 | 调参 | 已打分 | 53.9 | +1.0 | 53.9 | 53.9 | 未审查 | 3 分 | tune of #4: α from 0.05 to 0.02 (recover expression_change and cell_state gains seen in rounds 0-1), and target RMS scale factor from 1.0 to |
| n11 | n4 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 1 分 | — |
| n12 | n10 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +0.2 | 54.1 | 54.0 | 通过 | 8 分 | 去除伪批量位移（α=0）+ 确定性 PCA 坐标规范化 + 各向同性缩放到 0.946×max_k RMS(input_k)，shape_scale 66.60 |
| n13 | n12 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +0.0 | 54.1 | — | 未审查 | 17 分 | 实现T2HX-03基因级趋势外推，proxy证伪（α=0.2→52.05、de_direction−0.06，与幅度无关），按停止规则提交α=0；坐标机制保留，输出=父节点12（54.15）。 |
| n14 | n6 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 4 分 | — |
| n15 | n9 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +0.2 | 54.1 | 54.0 | 未审查 | 9 分 | 对去尺度 kNN 残差形变场新增逐细胞位移上限（cap_frac×kNN 中位距离），扫 β∈{−0.15,−0.2,−0.25}×cap∈{0.4,0.6}，全族在榜单证伪，提交默认 β=0（形变关闭，=尺度+PCA 基线）。 |
| n16 | n13 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +0.0 | 54.1 | — | 未审查 | 17 分 | 实现T2HX-05逐主轴幅度趋势外推：两输入阶段PCA谱比值r_j对末阶段坐标做阻尼逐轴缩放（只改轴比）；proxy双向证伪，按停止规则提交γ=0，输出=父节点13，机制留VEC_GAMMA开关。 |
| n17 | n9 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +0.2 | 54.1 | 54.0 | 未审查 | 14 分 | 实现 PLAN T2HX-05「PCA 主轴长宽比趋势外推（各向异性缩放）」：由两输入阶段 PCA 逐轴 σ 比值 r_j 推 a_j=r_j^γ 对末阶段点云各向异性缩放；榜单双向证伪（γ=+0.5→52.46、γ=−0.25→53.95，均低于 γ=0 的 54.15），按停 |
| n18 | n17 | 改进 | 已打分 | 54.1 | +0.0 | 54.1 | — | 未审查 | 10 分 | 实现 T2HX-04 局部 Laplacian 平滑：输出点云每细胞向 k=10 近邻质心移动 λ 比例、RMS 等向修正保全局尺度；榜单双向证伪，按停止规则提交 λ=0（=等向缩放+PCA 规范化基线，表达照抄末阶段）。 |
| n19 | n16 | 改进 | 已打分 | 58.3 | +4.1 | 58.3 | 58.2 | 通过 | 13 分 | METHOD |
| n20 | n18 | 改进 | 已打分 | 54.5 | +0.4 | 54.5 | 54.8 | 通过 | 18 分 | T2HX-08 组成趋势重加权：由两输入阶段细胞类型比例差反向（η=−1）外推末阶段组成（TV≤0.05），按空间冗余度确定性地重采样同数细胞；表达与坐标值不动。proxy 55.63（基线 54.15）。 |
| n21 | n19 | 改进 | 已打分 | 59.1 | +0.8 | 59.1 | 59.0 | 通过 | 12 分 | METHOD |
| n22 | n21 | 改进 | 已打分 | 59.1 | +0.0 | 59.1 | — | 通过 | 13 分 | T2HX-09b 细胞类型条件乘性修正（w_t=1−κ·s_t，s_t 为类型谱与外部心脏质心余弦）：proxy 双向证伪（κ>0 单调降、κ<0 亦低于父），按停止规则提交 κ=0，输出与父节点 21 逐字节一致。 |
| n23 | n19 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 2 分 | — |
| n24 | n20 | 改进 | 编写中 | — | — | — | — | 未审查 | — | — |
| n25 | n22 | 改进 | 调研中 | — | — | — | — | 未审查 | — | — |
资源消耗与失败情况
没有改动 5
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 大模型调用次数 | 失败 | 总用时 | 输入 token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输出 token |
|---|---|---|---|---|---|
| 分析员 | 16 | 0 | 11 分 | 209,753 | 33,046 |
| 工程师 | 15 | 0 | 2 小时 40 分 | 869,563 | 323,847 |
| 调研员 | 16 | 0 | 47 分 | 181,159 | 117,937 |
| 审查员 | 7 | 0 | 12 分 | 151,747 | 33,987 |
| tune | 18 | 0 | 13 分 | 135,945 | 33,115 |
运行配置与来源
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D 10-03 07:02 · 自动搜索 · T2:heart:val_extrap · G24 T2/T3 首跑 · D 组 |
|---|---|
| 题目?比赛的哪道题、哪个阶段，例如 T1:val 是第 1 题的验证阶段。 | T2:heart:val_extrap |
| 方式?自动搜索：ERA 式搜索树，多个节点不断改进程序；单 Agent：一个 Agent 会话从头做到尾。 | 自动搜索 |
| 搜索目标?这次运行用哪几把尺子、按什么权重合成分数来比较节点；目标不同的运行，最佳分不能直接比。 | proxy；终检 X2；护栏 proxy |
| 状态 | 已停止 |
| 开始 / 结束 | 10-03 07:02 / 10-03 09:15 |
| 用时 | 2 小时 12 分 / 预算 4 小时 |
| 所在副本?运行目录所在的代码副本（Spark 上 ~/vec 下的哪个目录）。 | 2026_virtual_embryo |
出处?这次运行用的代码、配置、数据和模型的指纹，靠它们可以原样找回并复现。
| 代码版本?运行锁定时代码仓库的 git 提交号；带 +dirty 表示当时有未提交的改动。 | 5cfaf4bf99c58c41777a94be118980727ee7cfcc |
|---|---|
| 版本标签?可提交运行在锁定的提交上打的 git 标签 run/<运行编号>，以后能原样找回代码。 | — |
| 配置文件 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/config_source.yaml 配置指纹 d8eb95b2bd72a258 |
| 锁定指纹?启动时把配置、代码、提示词等全部锁定后算出的总指纹。 | 7a636109aa2994da 锁定格式 v8 |
| 运行专用代码副本?启动时为这次运行单独检出的一份只读代码；运行全程只读它，不受主副本更新影响。 | 目录存在 /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/code |
| 打分口径指纹?打分器、数据视图、种子等合起来的指纹；指纹相同，分数才能直接比较。 | 979cc0eb56dc19ce |
| 数据视图指纹?程序能看到的输入数据文件的指纹，按视图汇总成一个短指纹。 | final：23 个文件，指纹 376654f75fd9ced3 proxy：20 个文件，指纹 2ede018e6fae19d3 test：19 个文件，指纹 7982bdcbdbe0a565 |
| 大模型?每个角色用的大模型；括号里是接口实际报告的模型名。 | 分析员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 工程师：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 调研员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 审查员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） |
| 运行目录 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D 主机 spark-ad3f |
| 提交账本?notes/changelogs/submissions.tsv：每次上传官网的记录和返回的官网分。 | 这次运行没有提交过官网 |
| 迭代报告?运行结束后自动生成的中文复盘报告（notes/reports/runs）。 | 还没有迭代报告 |