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节点 n16 在终选来历上

实现T2HX-05逐主轴幅度趋势外推：两输入阶段PCA谱比值r_j对末阶段坐标做阻尼逐轴缩放（只改轴比）；proxy双向证伪，按停止规则提交γ=0，输出=父节点13，机制留VEC_GAMMA开关。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git cbb8919b2a:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 35d31a123f。改动的文件：solution/METHOD.md +32 −41、solution/run.py +108 −44

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex fa1893c..5b87e7c 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,62 +1,53 @@-实现T2HX-03基因级趋势外推，proxy证伪（α=0.2→52.05、de_direction−0.06，与幅度无关），按停止规则提交α=0；坐标机制保留，输出=父节点12（54.15）。+实现T2HX-05逐主轴幅度趋势外推：两输入阶段PCA谱比值r_j对末阶段坐标做阻尼逐轴缩放（只改轴比）；proxy双向证伪，按停止规则提交γ=0，输出=父节点13，机制留VEC_GAMMA开关。  ## 榜 / 视图 -`T2:heart:val_extrap`，proxy = E8.25_late + E8.75 → E9.5（步长比 1.5）。纯 CPU，约 2 s，峰值内存 <1 GB（`EXECUTION.json`: `gpu=false`）。+`T2:heart:val_extrap`，proxy = E8.25_late + E8.75 → E9.5（步长比 1.5）。纯 CPU，约 2.2 s，峰值内存 <1 GB（`EXECUTION.json`: `gpu=false`）。查分用量 4/20。 -## 实际实现的方法族（PLAN T2HX-03）+## 实际实现的方法族（PLAN T2HX-05） -**阻尼基因级表达趋势外推**，按 PLAN 原文实现：+**逐主轴幅度趋势外推（各向异性形状）**，按 PLAN 原文实现： -1. 加载 prev（E8.25_late，58716 细胞）与 last（E8.75，24826 细胞）两个输入阶段，对每个基因 g 计算伪批量差 `delta_g = mean(X_last[:,g]) − mean(X_prev[:,g])`（面板序，500 基因）。-2. 对末阶段每个输出细胞：`X_pred[cell,g] = clip(X_last[cell,g] + α·delta_g, 0, ∞)`。每个基因有独立的、数据驱动的位移；无变化的基因不动（本视图上 500/500 基因 |delta|>0）。这不是常数位移（每基因不同标量），也不是组成重加权（细胞集合与比例不动）。-3. 坐标管线与父节点完全一致：确定性 PCA 规范帧（去质心 → eigh 降序 → det=+1 → 第三矩定向）+ 各向同性缩放到 `0.946 × max_k RMS(input_k)`（proxy: rms_inputs=[354.13, 216.88] → rms_out=335.00）。-4. 单输入退路：prev 不存在时无 delta，α 强制为 0，表达照抄、坐标同管线，不崩。-5. 开关：`VEC_MECH_OFF=1` 或 `VEC_ALPHA=<a>`（仅扫参用）；提交默认 `ALPHA=0.0`。+1. 表达与细胞照抄末阶段（分层抽样到 max_cells 内；本视图 last.n=24826 ≤ 25179，全量输出）。父节点的基因级趋势外推（T2HX-03）保留在 `VEC_ALPHA` 开关后，提交值 α=0（该族已有 6 组证伪）。+2. **新机制**：对 prev 与 last 各自做同一确定性 PCA（协方差特征分解、特征值降序），取逐轴标准差 σ_prev[j]、σ_last[j]（谱按秩配对——旋转不变量；两阶段特征帧实际发生轴置换，见下）；计算 r_j=σ_last[j]/σ_prev[j]，对 last 的规范化坐标按轴乘 s_j=1+γ·(r_j−1)，再做原各向同性缩放到 0.946×max_k RMS(input_k)。只改轴间比例（形状），不动表达；线性映射不动共线邻域结构；各向同性分量被后续 RMS 归一吸收。+3. 单输入退路：prev 不存在 → γ 强制 0（本节点顺带修复了父节点单输入时 `float(None)` 崩溃的 bug，dt_ratio 允许为 null）。+4. 开关：`VEC_MECH_OFF=1` 或 `VEC_GAMMA=<g>`（仅扫参）；提交默认 `GAMMA=0.0`。+5. 视图无关：不读 board/路径/绝对时间，只用两输入坐标的协方差谱；在伪装视图（时间 +1 天、改路径名、乱序 manifest 键）上复跑，X 与坐标逐值相同。 -## 机制生效的证据（α=0.2 实测，proxy seed 0）+## 机制生效的证据（γ=1.0 实测，proxy seed 0） -- **实际改变了哪些细胞**：全部 24826 个输出细胞都被移动（统一加 α·delta 向量）；500/500 基因有非零位移，|delta| 中位数 0.112、P90 0.705、max 2.088（不是只有少数基因被移动）；表达矩阵 L2 变化 190.6（非零）；8.1M 个条目被下界 clip（零表达条目对负 delta 基因不动、对正 delta 基因变非零）。-- **四组分各自的变化**（α=0 对照 → α=0.2）：expression_change 50.00 → **47.88**；cell_state 50.00 → **44.98**；local_spatial 50.00 → **49.46**；shape_scale 66.60 → **65.88**。榜分 54.15 → **52.05**。de_direction 0 → −0.0596，de_score 0 → −0.1111，mmd_u 0.0586 → 0.0605，variogram 0.0586 → 0.0849。+- **实际改变了哪些细胞**：全部 24826 个输出细胞的坐标都被逐轴缩放（表达矩阵逐字节不变）；s_j=[0.558, 0.610, 0.751]（γ=1 即 r_j），输出轴比从 [1, 0.938, 0.796] 变为 [1, 0.957, 0.933]（趋近球形），RMS 仍钉在 335.0。+- **离线诊断（PLAN 要求先看）**：σ_prev=[245.3, 210.4, 144.9]、σ_last=[136.8, 128.3, 108.9]、r_j=[0.558, 0.610, 0.751]，无极端值（PLAN 风险界 0.5–2 之内）。轴比趋势：prev [1, 0.86, 0.59] → last [1, 0.94, 0.80]（点云在变得更各向同性），γ=1 即沿该谱趋势再走一步。两阶段特征帧确实置换（prev 轴0 与 last 轴2 |cos|=0.91，对角 |cos| 仅 0.42/0.28/0.13），故配对用秩排序谱（旋转不变）而非物理方向——γ=1 的操作等价于对特征值谱做一步对数外推，不受置换影响。+- **四组分各自的变化**（γ=0 对照 → γ=1.0）：expression_change 50.00 → 50.00（不变，表达未动）；cell_state 50.00 → 50.00（不变）；local_spatial 50.00 → 50.02（线性映射，邻域基本不动，符合预期）；shape_scale 66.60 → **54.37**（d2_shape 0.0489 → 0.0570，occupancy_dice 0.815 → 0.761）。榜分 54.15 → 51.10。  ## 机制对照结果（PLAN `mechanism_off_control`） -| 配置 | 榜分 | expr_change | cell_state | local_spatial | shape_scale |-|---|---:|---:|---:|---:|---:|-| α=0（`VEC_MECH_OFF=1`，= 父节点 12） | **54.15** | 50.00 | 50.00 | 50.00 | 66.60 |-| α=0.05 | 53.02 | 47.88 | 47.86 | 49.90 | 66.46 |-| α=0.2 | 52.05 | 47.88 | 44.98 | 49.46 | 65.88 |+| 配置 | 榜分 | shape_scale | d2_shape | local_spatial | 表达三组 |+|---|---:|---:|---:|---:|---|+| γ=0（`VEC_MECH_OFF=1`，= 父节点 12/13，md5 一致） | **54.15** | 66.60 | 0.0489 | 50.00 | 50.00×3 |+| γ=0.5 | 52.71 | 60.84 | 0.0546 | 50.01 | 50.00×3 |+| γ=1.0（一步谱趋势） | 51.10 | 54.37 | 0.0570 | 50.02 | 50.00×3 |+| γ=−0.5（放大各向异性，仅诊断） | 54.18 | 66.75 | 0.0436 | 49.97 | 50.00×3 |+| γ=0（提交默认，单独查分确认） | 54.15 | 66.60 | 0.0489 | 50.00 | 50.00×3 | -对照与 PLAN 预期一致（关闭后回到 54.15 / 50.00×3 / 66.60），即表达外推机制确实生效并改变了输出；但打开时**方向为负**，且 α 越小越接近 50（单调），α=0 是族内最优边界。+与 PLAN 预期一致：关闭机制后输出逐字节回到父节点（md5 9d788ba7…，与父节点重跑一致），表达三组恒为 50.00，只有 shape_scale / local_spatial 可能动。打开时方向为负且单调（γ↑ → d2_shape↑ → shape_scale↓），触发 PLAN 停止规则「shape_scale<66.0 即停、交 γ=0」。 -## 为什么提交 α=0（如实报告：机制被证伪）+## 结论与教训 -- PLAN 停止规则：「第一次查 α=0.2 时若 expression_change<50 立即终止」。实测 47.88 < 50，且 cell_state 44.98 同时 <50（PLAN 第 6 条的终止条件「两组均 ≤50」满足），故不扫 [0.1, 0.3, 0.5, 1.0]，只补了一个边界探针 α=0.05 确认单调性。-- de_score / de_direction 在 α=0.05 与 α=0.2 完全相同（−0.1111 / −0.0596）：DE 方向指标与幅度无关，说明 **prev→last 的基因级趋势方向本身与保留目标 E9.5 的真实变化方向不一致**（负相关），缩小 α 只能稀释损失、不能翻正。-- 与树内及方法卡证据一致：节点 4（分型伪批量 α=0.05）cell_state 49.04，节点 10（α=0.02）49.40，方法卡 damped_shift 分型网格 α∈[0.1,1.0] 全部 49.47→48.77 < 50，官方 pseudobulk_shift 基线 48.77。本次把证伪扩展到**全局逐基因 delta**（不分型、不做匹配）这一未测变体。-- 结构分析（离线，未耗查分）：全局 delta 的均值 −0.124（E8.75 整体表达水平比 E8.25_late 低约 20%），疑似跨样本技术差异（覆盖/深度）而非生物学趋势；组成控制后的分型 delta 均值 −0.004、幅度小 30 倍（|δ| 中位数 0.0035），与全局 delta 相关 0.71；去掉全局水平项的校正 delta 与原始 delta cos=0.87——失败的主要分量（80% 符号一致）在这两个「结构修复」变体中仍然保留，且分型版本已被方法卡网格直接证伪，故未再消耗查分探针。-- 提交 α=0.2 会把节点打到 52.05（低于父 54.15）并向树传播一个在 proxy 上有害的机制；按方法卡先例（「外推网格单调低于地板，取边界 α=0」）与节点 12 的处理方式，提交族边界 α=0，机制代码保留在 `VEC_ALPHA` 开关后供后续节点复用。+- 谱趋势方向（趋向各向同性）被 proxy 证伪：目标 E9.5 的形状谱更接近 last（E8.75）自身，γ=1 把点云推向近球形使 d2_shape 恶化 17%。与 node6（固定各向异性混合，净负）先验一致（PLAN 风险 c 命中）——「把形状向各向同性改」这个族在本榜两次独立证伪。+- γ=−0.5（沿趋势反方向、放大各向异性）shape_scale 66.75（+0.15）、榜分 +0.03，均 <1 分噪声界（PLAN 风险 d），不算进步；且负 γ 是「沿 prev 形状方向外推」，与 node13 教训同理属利用 proxy 趋势伪影的打分器特化方向，明确不提交。+- 至此坐标形状侧已有 4 组证据：各向同性缩放 0.946×maxRMS 是局部最优（66.60），kNN 残差形变（node9/15）、各向异性固定混合（node6）、逐主轴谱趋势外推（本节点）全部 ≤ 该值。shape_scale 组对「只动全局线性几何」的改动已饱和。 -## 验证过的+## 验证过 / 没验证 -- **确定性**：同 seed 重跑 `.X`（data/indices/indptr）与 `obsm/spatial_3D` 逐元素相同；seed 0 与 seed 1 的 `.X`/`obsm`/`obs`/`var` 完全相同（n=24826 ≤ max_cells=25179，无抽样，rng 未被消费；仅 `uns/generator_seed` 记录不同，与父节点行为一致）。-- **与父节点等价**：提交默认（α=0）的输出与 `VEC_MECH_OFF=1` 对照、与父节点 12 的预测逐字节一致；正式分预期 = 父节点（54.15 A 半，rank3 ≈ 54.00）。-- **视图无关**：输出只取决于视图数据与 seed；不读 `board`/`mode`/`source`/`dataset`，无绝对发育时间分支（`extrap_step` 的步长比仅写日志；时间统一平移后 prev/last 选择与 delta 不变）。-- **格式**：`vec-check --data <proxy view>` → `{"status":"ok","errors":[]}`（α=0、α=0.05、α=0.2 三个产物都通过）。--## 没验证 / 风险--- α>0 在**真实括号**（E8.75+E9.5→E10.5，同一官方数据集、delta 更干净）上的方向未验证也无法验证（目标保留）；proxy 的失败可能部分源于 E8.25_late 与 E8.75 两样本间的技术水平差。但按「分数要能迁移」与护栏规则，不能提交一个在唯一尺子上为负的机制赌真实视图翻正。-- 负 α（逆时间外推）在 proxy 上会得分更高，但那是利用两输入样本的技术水平差、对真实任务无迁移性的打分器特化，明确不做。-- 表达侧四组中 cell_state / expression_change / local_spatial 仍钉在 50.00（copy_last 地板），shape_scale 仍被 d2_shape=0.04891 钉在 66.60。本节点没有打开新缺口，贡献是把「基因级趋势外推」整族（全局 delta 变体）在 proxy 上证伪并留下可复用的开关实现。+- 验证过：proxy seed0 四档 γ 查分；γ=0 输出与父节点 md5 一致并单独查分确认 54.15；`vec-check` 通过；同 seed 复跑逐字节确定（seed 0/1）；单输入视图退路不崩（本地构造单输入视图跑通 + vec-check）；伪装视图（时间平移 +1、改路径、乱序 manifest）输出逐值相同；运行时 ~2.2 s、内存 <1 GB。+- 没验证：γ 在 (0, 0.5) 与 (−0.5, 0) 的细网格（两端单调、族已证伪，浪费额度）；final 真实括号（E8.75+E9.5→E10.5）上的 r_j 谱——但该机制提交值 γ=0，真实视图输出即父节点行为（末阶段坐标 PCA 规范化 + 0.946×maxRMS），父节点已在 final 验证过合规。  ## 知识来源 -只用通用机制知识：线性趋势外推（数值方法）；胚胎随发育时间增大、样本观测 RMS 只能低估真实尺寸（坐标机制沿用父节点，测量学常识）。未使用任何保留阶段（E8.5/E10.5/E12.5、禁窗 (8.25,8.75) 与 9.5<E≤13.5）或保留基因型的数据、比例、标记基因或形态信息；`external/`（Qiu E8.75）与 `prior/` 均未被 `run.py` 读取。+无外部生物知识；只用了输入视图内两个已发布阶段坐标的协方差谱（现场计算）与线性代数（特征值谱为旋转不变量）。未使用任何保留阶段/保留基因型信息。 -## 查分记录（共 4 次 / 上限 20）+## 下一步建议 -1. `t2hx03_a0.2` → 52.05（方向为负，触发 PLAN 停止规则）-2. `t2hx03_control_a0` → 54.15（机制关闭对照 = 父节点）-3. `t2hx03_a0.05` → 53.02（边界探针，确认单调）-4. `t2hx03_committed_a0` → 54.15（提交产物确认）+- 全局线性几何（缩放、各向异性、谱外推）已 4 组饱和于 66.6；形状侧若还想动，只剩非线性的、由表达数据（而非坐标趋势）驱动的空间重排，例如按细胞类型组成的占据格变化——但 node9/15 的 kNN 形变已两次为负，先验不利。+- 表达三组钉在 50.00 地板；树内趋势族全灭。若要突破需要与 prev→last 差正交的信号（prior/ 调控网络约束的方向、或 external/ 的 Qiu E8.75 心脏细胞作参考锚定跨样本技术差），每个方向先 1 次查分看 de_direction 符号再投入。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex b81d07d..afcafb3 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,44 +1,66 @@ #!/usr/bin/env python3-"""T2 extrapolation: copy-last expression (trend mechanism falsified, alpha=0) + PCA-normalised rescaled coordinates.--Mechanism (PLAN family T2HX-03), implemented in full and committed with-alpha = 0 because the proxy falsified every alpha > 0.  Three parts:--1. Expression trend extrapolation (new, this node): with two or more input-   stages, compute the per-gene pseudobulk delta between the last two inputs,-   ``delta_g = mean(X_last[:, g]) - mean(X_prev[:, g])``, and displace every-   output cell of the last stage by ``alpha * delta_g`` (clipped at 0).  Each-   gene gets its own data-driven displacement; genes that did not change are-   not moved.  With a single input stage there is no delta and alpha is-   forced to 0 (expression copied verbatim).+"""T2 extrapolation: copy-last expression + PCA-normalised anisotropic-trend rescaled coordinates.++Three parts:++1. Expression baseline: the last observed stage's cells are copied verbatim+   (values and sparsity structure), stratified-sampled to max_cells when+   needed.  (The per-gene trend extrapolation of family T2HX-03 is retained+   behind VEC_ALPHA for provenance but committed at ALPHA = 0: the proxy+   falsified every alpha > 0 -- alpha = 0.2 -> 52.05, alpha = 0.05 -> 53.02,+   alpha = 0 -> 54.15, with de_direction -0.0596 independent of magnitude.)++2. NEW (this node, PLAN family T2HX-05) per-axis amplitude trend+   extrapolation: run the same deterministic PCA canonicalisation on the+   previous and last input stages, giving per-axis standard deviations+   sigma_prev[j], sigma_last[j] (sqrt eigenvalues, rank-ordered -- a+   rotation-invariant spectrum pairing).  Before the final isotropic+   rescale, multiply the last stage's canonical coordinates per axis by+   ``s_j = 1 + gamma * (r_j - 1)`` with ``r_j = sigma_last[j] /+   sigma_prev[j]``.  gamma = 1 is exactly one multiplicative step of the+   observed spectrum trend (log sigma extrapolation); gamma damps it.  This+   changes only the axis ratios (cloud shape), not the expression, not the+   relative within-cloud neighbourhood geometry (the map is linear), and not+   the final RMS radius (the isotropic rescale to the target RMS happens+   afterwards).  Single input stage -> no sigma_prev, gamma forced to 0+   (output equals the parent node).++   Proxy diagnostics (E8.25_late -> E8.75): sigma_prev = [245.3, 210.4,+   144.9], sigma_last = [136.8, 128.3, 108.9], r = [0.558, 0.610, 0.751]+   (none extreme per the PLAN risk bounds 0.5-2).  Axis-ratio trend: prev+   [1, 0.86, 0.59] -> last [1, 0.94, 0.80] (cloud becoming more isotropic);+   gamma = 1 projects the last cloud onto a near-spherical spectrum.  Note+   the eigenframes of the two stages are permuted (|cos| between axis 0 of+   prev and axis 2 of last = 0.91), which is why the pairing is done on the+   rank-ordered spectra (invariant) rather than on physical directions.     Proxy verdict (T2:heart:val_extrap, E8.25_late + E8.75 -> E9.5):-   alpha = 0.2 -> board 52.05 (expression_change 47.88, cell_state 44.98,-   de_direction -0.0596); alpha = 0.05 -> board 53.02 (expression_change-   47.88, cell_state 47.86); alpha = 0 (control) -> board 54.15 with all-   expression groups at 50.00.  de_score/de_direction are identical at-   alpha = 0.05 and 0.2 (direction metrics are magnitude-invariant), so the-   prev->last per-gene trend points away from the held-out target on this-   view for any alpha > 0; the committed default is the family boundary-   alpha = 0.  VEC_ALPHA re-enables the mechanism for future probes.--2. Expression baseline: the last observed stage's cells are otherwise copied-   verbatim (values and sparsity structure), stratified-sampled to max_cells-   when needed.--3. Coordinates (unchanged from parent): the last stage's point cloud is put-   in a deterministic canonical frame (centroid at origin, PCA rotation with-   fixed chirality and axis orientation via third moments) and then rescaled-   isotropically to ``FACTOR * max_k RMS(input_k)``.  Rationale: the measured-   RMS radius of a sample can only underestimate the extent of the structure-   (field of view / sections kept), it is not monotone in time, and the embryo-   grows, so the target extent is at least the largest observed input RMS,-   damped by FACTOR.  Cell-to-cell relative geometry is preserved.--``VEC_MECH_OFF=1`` disables the expression extrapolation (alpha forced to 0;-output equals the parent node: copied expression + scaled coordinates).-``VEC_ALPHA`` overrides ALPHA (scan knob, defaults to the committed value).-``VEC_FACTOR`` overrides FACTOR (scan knob).+   the family is falsified in both directions.  gamma = 1.0 -> board 51.10+   (shape_scale 54.37, d2_shape 0.0570); gamma = 0.5 -> 52.71 (shape_scale+   60.84, d2_shape 0.0546); gamma = 0 (control) -> 54.15 (shape_scale+   66.60, d2_shape 0.0489); gamma = -0.5 (amplify anisotropy, diagnostic+   only) -> 54.18 (shape_scale 66.75, d2_shape 0.0436), within noise of+   gamma = 0.  d2_shape is monotone in gamma toward isotropy: the target+   E9.5 shape spectrum sits essentially at the last stage's spectrum, so+   no damped trend extrapolation of it helps (and negative gamma gains+   would be proxy-specific scorer chasing, explicitly not committed).  The+   committed default is the family boundary GAMMA = 0; VEC_GAMMA+   re-enables the mechanism for future probes.++3. Coordinates: the last stage's point cloud is put in a deterministic+   canonical frame (centroid at origin, PCA rotation with fixed chirality+   and axis orientation via third moments), per-axis scaled as in (2), then+   rescaled isotropically to ``FACTOR * max_k RMS(input_k)``.  Rationale for+   the isotropic target: the measured RMS radius of a sample can only+   underestimate the extent of the structure, it is not monotone in time,+   and the embryo grows, so the target extent is at least the largest+   observed input RMS, damped by FACTOR.++``VEC_MECH_OFF=1`` disables the anisotropic mechanism (gamma forced to 0;+output equals the parent node: copied expression + isotropically scaled+coordinates).  ``VEC_GAMMA`` overrides GAMMA (scan knob).  ``VEC_ALPHA``+overrides ALPHA (falsified family, kept at 0).  ``VEC_FACTOR`` overrides+FACTOR (scan knob). """  from __future__ import annotations@@ -64,6 +86,28 @@ from src.task2_spatial.view_io import (  FACTOR = 0.946 ALPHA = 0.0+GAMMA = 0.0  # family boundary: proxy falsified every gamma != 0 (see module docstring)+++def _eig_desc(coords: np.ndarray) -> tuple[np.ndarray, np.ndarray]:+    """Covariance eigen-decomposition, eigenvalues/vectors in descending order."""+    x = np.asarray(coords, dtype=np.float64)+    x = x - x.mean(axis=0)+    cov = (x.T @ x) / max(len(x) - 1, 1)+    evals, evecs = np.linalg.eigh(cov)+    order = np.argsort(-evals, kind="stable")+    return evals[order], evecs[:, order]+++def sigma_spectrum(coords: np.ndarray) -> np.ndarray:+    """Per-axis standard deviations (sqrt eigenvalues), descending order.++    Rotation-invariant shape spectrum of the point cloud; this is what the+    per-axis trend pairs between stages (rank pairing, not physical axes --+    the eigenframes of two stages may be permuted relative to each other).+    """+    evals, _ = _eig_desc(coords)+    return np.sqrt(np.maximum(evals, 0.0))   def pca_canonicalise(coords: np.ndarray) -> tuple[np.ndarray, dict]:@@ -76,10 +120,7 @@ def pca_canonicalise(coords: np.ndarray) -> tuple[np.ndarray, dict]:     """     x = np.asarray(coords, dtype=np.float64)     x = x - x.mean(axis=0)-    cov = (x.T @ x) / max(len(x) - 1, 1)-    evals, evecs = np.linalg.eigh(cov)-    order = np.argsort(-evals, kind="stable")-    evals, evecs = evals[order], evecs[:, order]+    evals, evecs = _eig_desc(x)     if np.linalg.det(evecs) < 0:         evecs[:, -1] *= -1.0     diag = {"eig_frac": [float(v / max(evals.sum(), 1e-12)) for v in evals]}@@ -117,6 +158,7 @@ def main() -> None:     mech_off = os.environ.get("VEC_MECH_OFF", "") == "1"     factor = float(os.environ.get("VEC_FACTOR", "") or FACTOR)     alpha = 0.0 if mech_off else float(os.environ.get("VEC_ALPHA", "") or ALPHA)+    gamma = 0.0 if mech_off else float(os.environ.get("VEC_GAMMA", "") or GAMMA)      manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)@@ -149,19 +191,41 @@ def main() -> None:         del prev      canon, pca_diag = pca_canonicalise(last.coords[idx])-    radii = [rms_radius(read_stage(args.data, e, genes).coords) for e in inputs_by_time(manifest)]+    stages = [read_stage(args.data, e, genes) for e in inputs_by_time(manifest)]+    radii = [rms_radius(st.coords) for st in stages]     target_rms = float(np.max(radii)) * factor++    axis_info: dict = {}+    if gamma != 0.0 and prev_e is not None:+        # Rank-paired per-axis amplitude trend: sigma spectrum (sqrt eigenvalues,+        # descending) of prev vs last, s_j = 1 + gamma * (r_j - 1) applied to the+        # canonical coords BEFORE the isotropic rescale (so only axis ratios --+        # the cloud shape -- change; the final RMS stays at target_rms).+        sig_prev = sigma_spectrum(stages[-2].coords)+        sig_last = sigma_spectrum(stages[-1].coords)+        r = sig_last / np.maximum(sig_prev, 1e-9)+        s = np.maximum(1.0 + gamma * (r - 1.0), 1e-3)+        canon = canon * s+        axis_info = {+            "gamma": gamma,+            "sigma_prev": [round(float(v), 2) for v in sig_prev],+            "sigma_last": [round(float(v), 2) for v in sig_last],+            "r_j": [round(float(v), 4) for v in r],+            "s_j": [round(float(v), 4) for v in s],+        }+     coords = scale_to_rms(canon, target_rms).astype(np.float32)     info = {         "mech": "off" if mech_off else "on",         "factor": factor,-        "dt_ratio": float(ratio),+        "dt_ratio": None if ratio is None else float(ratio),         "n": int(len(idx)),         "pca": pca_diag,         "rms_inputs": [round(r, 2) for r in radii],         "rms_out": round(rms_radius(coords), 2),     }     info.update(delta_info)+    info.update(axis_info)     if prev_e is not None:         info["step"] = [prev_e["stage"], last_e["stage"], manifest["target"]["stage"]]     print(json.dumps(info, default=float), file=sys.stderr)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

All checks pass. Final state of `solution/`: `run.py` (GAMMA=0.0 committed, mechanism behind `VEC_GAMMA`), `METHOD.md`, `EXECUTION.json` (gpu=false). Verified: default output md5-identical to parent, vec-check ok, deterministic (seed 0/1 reruns), single-input fallback fixed (parent crashed on `float(None)`), disguised view (+1d time shift, renamed paths, shuffled manifest) gives byte-identical predictions. 4/20 queries used.

**做了什么**：按 PLAN T2HX-05 实现逐主轴幅度趋势外推——对两输入阶段各取 PCA 谱（秩配对、旋转不变），r_j=σ_last/σ_prev，对各向同性缩放前的规范化坐标乘 s_j=1+γ(r_j−1)；离线诊断确认 r_j=[0.558,0.610,0.751] 无极端值、两阶段特征帧轴置换（故用谱配对）。另修复了父节点单输入视图 `float(None)` 崩溃 bug。

**查分结果**：γ=1.0 → 51.10（shape_scale 54.37，d2_shape 0.0489→0.0570）；γ=0.5 → 52.71；γ=−0.5（诊断）→ 54.18（+0.03，噪声内，且属打分器特化不提交）；γ=0 对照与提交 → 54.15，输出逐字节=父节点。机制双向证伪，触发 PLAN 停止规则，提交族边界 γ=0。

**下一步最值得试**：坐标侧全局线性几何已 4 组饱和于 66.6（各向同性缩放最优，kNN 形变、各向异性混合、谱外推均负）。表达三组的 50.00 地板需要与 prev→last 差正交的信号源：用 external/ 的 Qiu E8.75 心脏细胞锚定跨样本技术差（−0.124 水平偏移是已证实的混淆主分量），或 prior/ 调控网络约束下的组成演化；每个方向先 1 次查分验证 de_direction 符号再投入。

调研员

ivation": "父节点 13/12 的 cell_state、expression_change、local_spatial 三组均钉在 50.00（copy_last 地板），且『沿观测趋势外推表达』整族已有 5 组独立证伪（node4、node10、node13、方法卡 damped_shift、官方 pseudobulk_shift），ANALYSIS 明确不要再碰表达侧趋势族。唯一非地板、仍有上探空间的是 shape_scale=66.60，ANALYSIS 指出它被 d2_shape=0.0489 卡住，『只靠全局缩放无法再涨，需改变点云形状本身』。node6 曾试各向异性固定混合（w=0.35/0.7，净负），但那是把形状向各向同性收缩的固定权重，不是沿观测趋势外推；node9 的 kNN 残差形变改变的是局部相对几何且 proxy 上为负（54.15→53.92）。本方案改做各主轴幅度的趋势外推，是未测过的形状变体。",
  "approach": "1) 保留父节点全部：表达照抄末阶段、确定性 PCA 规范化、各向同性缩放到 0.946×max_k RMS。2) 新增机制（在最终各向同性缩放之前）：对 prev 与 last 各自跑同一 pca_canonicalise，得各主轴标准差 σ_prev[j]、σ_last[j]（sqrt 特征值）；计算逐轴比值 r_j=σ_last[j]/σ_prev[j]；对 last 的规范化坐标按轴乘 s_j=1+γ·(r_j−1)，再做原各向同性缩放。这样只改变轴间比例（形状），γ 是趋势阻尼。3) γ 初值与搜索：先查 γ=1.0（一步趋势）与 γ=0.5 两个探针；若 shape_scale<66.0 立即停止并交 γ=0。范围上界 γ≤1（不外推超过一个观测步长，防发散）。4) 单输入退路：prev 不存在时无 σ_prev，γ 强制 0，输出=父节点。5) vec-score 快筛：每次只跑 proxy seed0，比较 shape_scale 与 d2_shape；用『首查 γ=1.0 若 shape_scale<66.0 即停』的停止规则控预算（照抄 node13 的纪律）。6) 视图无关：不读 board/时间，只用两输入阶段的协方差特征值，时间平移不变。",
  "expected_groups": ["shape_scale"],
  "risks": "a) 逐轴比值可能主要反映 prev/last 的样本技术差异而非生物形状趋势（与表达侧全局水平差同理）——Engineer 先看离线诊断：打印 r_j 各分量，若全部≈1（形状几乎没变）则机制无量可外推，直接交 γ=0 不耗查分；若某轴 r_j 极端(>2 或<0.5)提示技术噪声，降 γ 或放弃。b) PCA 主轴在两阶段间可能交换次序/方向，导致逐轴比值错配——用特征值降序配对并在日志打印轴对应；若错配严重则该机制不可靠。c) 与 node6 各向异性净负的先验冲突——若 γ=0.5 与 γ=1.0 均 ≤66.0，即视为与 node6 一致被证伪，交 γ=0。d) 查分噪声约 1 分，<1 分的变化不算进步，需看 d2_shape 方向确认。",
  "family_id": "T2HX-05",
  "mechanism": "把标量尺度趋势推广到逐主轴幅度：在 PCA 规范帧内，沿观测到的 prev→last 各主轴标准差比值做阻尼外推（s_j=1+γ(r_j−1)），只改轴间比例即点云形状，不动表达、不动相对邻域。",
  "vs_constant_shift": "不是每型常数位移（不动表达、不动细胞），也不是全局各向同性重缩放（那是父节点已做的 0.946×maxRMS）；它按每条主轴各自的数据驱动比值缩放，不同轴位移系数不同，因此改变的是形状（轴比）而非单一尺度。",
  "mechanism_evidence": "Engineer 打印：各轴 σ_prev、σ_last、r_j（确认形状确有变化且方向合理）、γ>0 时逐轴 s_j≠1、d2_shape 与 shape_scale 相对 γ=0 的变化；并报告四组分各自增减。若 r_j 全≈1 说明机制无量可动，应如实报告。",
  "mechanism_off_control": "同一程序设 γ=0（或 VEC_GAMMA=0/VEC_MECH_OFF=1）：s_j 全为 1，坐标管线退化为父节点，输出应逐字节等于父节点 12（54.15，50/50/50/66.60）。预期差别：γ>0 时仅 shape_scale 与 local_spatial 可能变化，表达三组不变。",
  "sources": []
}
```