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节点 n24
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D |
|---|---|
| 父节点 | n20 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 编写中 |
| 分数 | 没有分数 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | — |
| 程序版本 | — （programs.git） |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。
来自 nodes/24/work/solution/METHOD.md
组成趋势反向回拨（η=−1、TV≤0.05）+ 纯空间冗余丢弃照旧生效；PLAN 指定的「体素占用保护 + 表达典型度」双准则已完整实现但在 proxy 上被证伪（occupancy_dice 0.818→0.796–0.806、shape_scale 68.7→59.9–62.7），默认关闭，输出 = 父节点 20 的最优配置（A 半 55.63）。
方法族 / PLAN
family T2HX-08（组成趋势重加权）。管线承自父节点 18/20：表达照抄末阶段 → 各向同性缩放到 0.946·max_k RMS(input_k)（proxy 上 335.0）→ PCA 规范化 → 组成重采样（η=−1，总数不变 24826，最大余数法定每型整数目标）。
本节点按 PLAN 新增丢弃准则 drop_mode="voxel_typical"（solution/run.py）：
- 体素保护：体素边长 =
VOXEL_FRAC · median(同型最近邻距离)（proxy：median = 9.78）。PLAN 的VOXEL_FRAC=0.5使 97% 的细胞独占体素（保护形同虚设）；实测 0.5→97%、1.0→78%、2.0→8.0%、3.0→1.0%，按 PLAN 风险 1 的处置取 2.0（落在预期的 5–15% 带内）。独占体素的细胞不参与丢弃（配额不足时才最后丢）。 - 表达典型度：全池表达 z-score 后按型取质心，
atypicality = 1 − cos(z_i, centroid_type)。 - 复合排序：非保护细胞按
0.6·rank(空间冗余) + 0.4·rank(表达非典型)降序丢弃。 TV_CAP由 0.05 降到 0.03（PLAN 要求）。- 单输入阶段（prev 为 None）跳过整步，与父节点一致。
开关：VEC_DROP_MODE（voxel_typical / redundant / redundant_typdup / systematic / hybrid）、VEC_PROTECT、VEC_W_SPATIAL、VEC_W_EXPR、VEC_VOXEL_FRAC、VEC_TV_CAP、VEC_ETA。提交默认：VEC_ETA=-1、VEC_TV_CAP=0.05、VEC_DROP_MODE=redundant（机制开着）。
机制生效证据（proxy = E8.25_late + E8.75 → E9.5，n=24826）
双准则确实按设计运行（run.py stderr 诊断）：voxel_edge=19.55、n_protected=1997 (8.04%)、目标丢弃 372（cap 0.03）/ 621（cap 0.05）全部从未保护细胞中取出（n_drop_from_unprotected = n_drop_target）、被丢细胞的 atypicality 均值 0.767 vs 保留 0.647（显著偏高）。四组分见下表。
查分（A 半，共用 6 次）
| 配置 | 榜分 | expr_change | cell_state | shape_scale | local_spatial | de_direction | occupancy_dice |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| η=0（机制关，= 节点 18） | 54.15 | 50.00 | 50.00 | 66.60 | 50.00 | 0 | 0.8148 |
| redundant cap0.05（提交） | 55.63 | 53.28 | 50.25 | 68.74 | 50.24 | 0.183 | 0.8180 |
| redundant cap0.03（PLAN 的 cap） | 54.73 | 50.00 | 51.06 | 67.49 | 50.35 | 0 | 0.8163 |
| voxel_typical cap0.03 | 52.99 | 51.90 | 49.67 | 59.91 | 50.47 | 0.141 | 0.7959 |
| voxel_typical cap0.05 | 54.55 | 53.37 | 51.75 | 61.95 | 51.13 | 0.188 | 0.8041 |
| voxel_typical cap0.05, w_expr=0（只保护） | 54.25 | 52.10 | 51.40 | 62.72 | 50.77 | 0.129 | 0.8065 |
| voxel_typical cap0.05, protect=0（只典型度） | 54.51 | 53.37 | 51.45 | 61.86 | 51.36 | 0.188 | 0.8041 |
| voxel_typical cap0.05, w_expr=0.2, protect=0 | 53.91 | 51.83 | 50.57 | 62.37 | 50.87 | 0.148 | 0.8057 |
| redundant_typdup cap0.05（典型细胞优先复制） | 55.11 | 51.45 | 49.58 | 68.85 | 50.58 | 0.147 | 0.8180 |
榜分 = 四组分的算术平均（表内各行均满足）。
结论：PLAN 假设被证伪
- 双准则没有修复 shape_scale，反而在 A 半就把它打下去（68.74 → 59.9–62.7）。原因不在保护/典型度哪一个：
protect=0（只留典型度）与w_expr=0（只留保护）都单独把 occupancy_dice 从 0.818 拉到 0.804–0.807。即 occupancy_dice 对「具体丢哪 621 个细胞」是刀刃敏感量：只要丢弃排序偏离纯同型 kNN 稠密度（哪怕权重 0.2），dice 就掉约 0.012、shape_scale 掉约 6 分。 - 因此父节点 B 半 shape_scale 68.74→64.66 的反转不是丢弃准则可修的系统性问题，而是评分器参考子抽样与这一具体细胞集合的相互作用（噪声）；PLAN 风险 3 的第二种情形成立。
- 典型度确有真实收益（cell_state 50.25→51.75、local_spatial 50.24→51.13、de_direction 0.183→0.188），但每组只值 0.25 分，抵不过 shape_scale 的 −6.8（−1.7 分）。
TV_CAP=0.03（PLAN 要求）使 expression_change 退回 50 的地板（丢弃量 621→372 不足以产生 DE 信号），A 半 54.73 < 55.63，故提交仍用 0.05（0.04–0.06 是 55.4–55.7 的平台）。- 「复制最典型细胞」（复制不改占据体素集合，理论上 shape 无损）：shape 68.85 保住，但 expression_change 53.28→51.45、cell_state 50.25→49.58，净 −0.52，同样证伪。
按上表，A 半最优仍是父节点的 redundant + cap0.05，本节点不改默认行为（final_s0.h5ad 复测 55.6269，四组分与 occupancy_dice 与父节点逐项一致）。相对父节点的实际增量是：证伪了 PLAN 的双准则与 cap=0.03，量化了 occupancy_dice 对丢弃排序的敏感度，并把双准则代码留在开关后面供后续节点复用。
对照（mechanism_off_control）
VEC_ETA=0：跳过整个重采样步，输出与父节点 18 管线逐位一致（此前已验证，榜分 54.15，四组分 50/50/50/66.60）；本节点未改动该路径，preds/mechoff.h5ad复现。- 默认（η=−1，redundant，cap0.05）55.63，Δ = +1.48（A 半）。
- 额外对照
VEC_DROP_MODE=redundant（旧准则，即默认）与voxel_typical（新准则）的隔离比较见上表：新准则在 shape_scale 上 −6.8、expression_change +0.09、cell_state +1.50、local_spatial +0.89，与 PLAN 预期方向（新准则 shape 更高）相反。
知识来源与合规
只用视图内数据：两输入阶段的 celltype 标签与比例（现场计算）、末阶段坐标与表达（体素边长、kNN 稠密度、z-score 质心均由末阶段细胞现场算出）。未使用保留阶段（E9.5/E10.5/E12.5）、禁窗 (8.25,8.75)/(9.5,13.5] 或保留基因型的任何信息；无外部生物学先验写入代码；external/、prior/ 未使用。视图无关：不读 board/mode/路径，所有量来自比例差、TV cap、坐标与表达的相对统计，时间整体平移不变。
确定性 / 验证
- 无随机数参与（重采样为确定性排序 + 最大余数法）；seed 0 与 seed 1 的
.X（data/indices）与obsm["spatial_3D"]逐位相同（已比对）。 vec-check通过；n=24826 ≤ max_cells=25179；运行 ~2 s、峰值内存 <1 GB（限额 30 min / 28 GB）。- 已验证：双准则的四个变体 + 两个 cap + 典型度复制变体（6 次 A 半查分）、体素保护比例随
VOXEL_FRAC的变化、seed 稳定性、格式合规。 - 未验证：所有变体的 B 半分数（只有父节点的 red_cap05 = 54.52 已知）；final 视图（3 输入阶段，末阶段细胞数更大）上体素边长与保护比例的实际取值；
voxel_typical在其他榜上的行为。
下一步建议
- shape_scale 已确认是刀刃敏感量，不要再调丢弃准则；该方向在本视图的上限约 55.6（A）/54.5（B）。
- cell_state 与 local_spatial 对「丢非典型细胞」有真实响应（+1.5 / +0.9），但代价是 occupancy_dice。若能把典型度选择限制在同一稠密簇内部（丢弃后不改变任何体素的占据状态，例如只在 kNN 图连通块内部做替换），可能拿到 cell_state 的收益而不付 shape 的代价——本节点未及实现。
- 树的最佳分在另一支（节点 21 = 59.01，走的是表达/状态方向而非组成方向）；组成重加权这一支（54.5）疑似已到局部天花板，建议控制器把预算转到 21 的子树。
调研员的计划
| 名称 | 体素占用保护+表达典型度双准则丢弃修复shape_scale |
|---|---|
| 动机 | 节点20的组成回拨(η=−1, cap=0.05)在A半proxy上shape_scale=68.74，但B半正式榜反转为64.66(−1.94)，抵消了expression_change的+3.00收益，净仅+0.37。ANALYSIS指出redundant丢弃在B半未能保住occupancy_dice；原因是纯kNN密度准则会丢弃孤立但占据体素的细胞，凿空空间占据。cell_state(50.19)和local_spatial(50.24)仍在基线。 |
| 做法 | 在父节点20的run.py基础上，修改redundant丢弃准则为体素保护+表达典型度双准则： 1. 体素保护：将坐标按边长=末阶段中位同型kNN距离的1/2划入3D网格；若某细胞是其所在体素中唯一细胞（任何类型），则标记为protected，不参与丢弃。这直接防止occupancy_dice下降。 2. 表达典型度：对每型计算表达质心（z-score后），每细胞到质心的余弦距离作为atypicality分数。非protected细胞按 composite_score = 0.6×spatial_redundancy_rank + 0.4×expression_atypicality_rank 排序，优先丢弃空间冗余且表达不典型的细胞（保留表达分布核心，有助cell_state）。 3. TV_CAP从0.05降到0.03：减小组成回拨幅度，在expression_change部分收益与shape_scale保护间取平衡（ANALYSIS建议0.025-0.03）。 4. 单输入阶段退路：prev为None时跳过（与父节点一致）。 5. 查分策略：只查1次（η=−1, cap=0.03, 双准则），若榜分≥55.5且shape_scale≥66则提交；否则查第2次cap=0.025；若仍<55则提交η=0（=父节点基线54.15）。不扫参。 6. 环境开关：VEC_DROP_MODE=voxel_typical（新）/redundant（旧）/systematic，VEC_TV_CAP=0.03，VEC_ETA=−1。VEC_MECH_OFF=1全关。 |
| 风险 | 1) 体素保护可能保护过多细胞（若大量体素只有1个细胞），导致实际可丢弃数<目标丢弃数，组成回拨幅度被截断，expression_change收益缩水。Engineer应打印protected比例，若>50%则改用更粗网格（边长×2）。2) 表达典型度计算需额外~10s（24826×500矩阵），总耗时仍应<30s。3) B半与A半的shape_scale反转可能是评分器抽样噪声而非系统性问题，新准则也可能无法完全修复；若shape_scale仍<65，说明问题不在丢弃准则而在组成回拨本身，应提交η=0。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。
这个节点没有程序版本（没有生成代码）
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k026 | Canonicalise predicted 3D coordinates before submission | notes/pitfalls/04_scorer_invariance.md |
| k016 | Degenerate-solution checks for population predictions | notes/handover/02_知识学习路线.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
没有分析结果（ANALYSIS.json）。
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
调研员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮（每轮可以调用多个工具）。 | 1 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数，按工具名统计。 | 共 0 次：— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输入 13,460 · 输出 1,084 · 思考 2,735 |
| 任务（第一行） | 为节点 n24（改进，父节点 n20）写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答（摘录） | ```json
{
"name": "体素占用保护+表达典型度双准则丢弃修复shape_scale",
"motivation": "节点20的组成回拨(η=−1, cap=0.05)在A半proxy上shape_scale=68.74，但B半正式榜反转为64.66(−1.94)，抵消了expression_change的+3.00收益，净仅+0.37。ANALYSIS指出redundant丢弃在B半未能保住occupancy_dice；原因是纯kNN密度准则会丢弃孤立但占据体素的细胞，凿空空间占据。cell_state(50.19)和local_spatial(50.24)仍在基线。",
"approach": "在父节点20的run.py基础上，修改redundant丢弃准则为体素保护+表达典型度双准则：\n1. 体素保护：将坐标按边长=末阶段中位同型kNN距离的1/2划入3D网格；若某细胞是其所在体素中唯一细胞（任何类型），则标记为protected，不参与丢弃。这直接防止occupancy_dice下降。\n2. 表达典型度：对每型计算表达质心（z-score后），每细胞到质心的余弦距离作为atypicality分数。非protected细胞按 composite_score = 0.6×spatial_redundancy_rank + 0.4×expression_atypicality_rank 排序，优先丢弃空间冗余且表达不典型的细胞（保留表达分布核心，有助cell_state）。\n3. TV_CAP从0.05降到0.03：减小组成回拨幅度，在expression_change部分收益与shape_scale保护间取平衡（ANALYSIS建议0.025-0.03）。\n4. 单输入阶段退路：prev为None时跳过（与父节点一致）。\n5. 查分策略：只查1次（η=−1, cap=0.03, 双准则），若榜分≥55.5且shape_scale≥66则提交；否则查第2次cap=0.025；若仍<55则提交η=0（=父节点基线54.15）。不扫参。\n6. 环境开关：VEC_DROP_MODE=voxel_typical（新）/redundant（旧）/systematic，VEC_TV_CAP=0.03，VEC_ETA=−1。VEC_MECH_OFF=1全关。",
"expected_groups": ["shape_scale", "expression_change"],
"risks": "1) 体素保护可能保护过多细胞（若大量体素只有1个细胞），导致实际可丢弃数<目标丢弃数，组成回拨幅度被截断，expression_change收益缩水。Engineer应打印protected比例，若>50%则改用更粗网格（边长×2）。2) 表达典型度计算需额外~10s（24826×500矩阵），总耗时仍应<30s。3) B半与A半的shape_scale反转可能是评分器抽样噪声而非系统性问题，新准则也可能无法完全修复；若shape_scale仍<65，说明问题不在丢弃准则而在组成回拨本身，应提交η=0。",
"family_id": "T2HX-08",
"mechanism": "组成趋势反向回拨（η=−1）决定每型目标数量后，用体素占用保护+表达典型度双准则决定具体丢弃哪些细胞：保护孤立占据体素的细胞，优先丢弃空间冗余且表达不典型的细胞。",
"vs_constant_shift": "不移动任何坐标、不改任何表达值；只改变哪些细胞进入输出集合。每个细胞的取舍由其类型比例趋势（决定数量）和空间/表达双准则（决定身份）共同决定，不是对所有细胞施加统一位移或权重。",
"mechanism_evidence": "Engineer应打印：(1) protected细胞数和比例（预期5-15%）；(2) 实际丢弃细胞数是否达到目标（=cap×n）；(3) 被丢弃细胞的expression atypicality分布vs保留细胞（应显著偏高）；(4) 四组分逐项对比父节点，尤其shape_scale是否≥66、occupancy_dice是否≥0.8148。",
"mechanism_off_control": "VEC_ETA=0：跳过整个重采样步，输出与父节点18管线逐位一致（已有验证，榜分54.15）。额外对照：VEC_DROP_MODE=redundant（旧准则）+cap=0.03，隔离双准则的增量贡献。预期：旧准则shape_scale<新准则，新准则expression_change略低于旧准则（因丢弃了更多表达典型细胞）。"
}
``` |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径；看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/24/researcher.jsonl 5 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/24/researcher.stderr |