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节点 n15
对去尺度 kNN 残差形变场新增逐细胞位移上限(cap_frac×kNN 中位距离),扫 β∈{−0.15,−0.2,−0.25}×cap∈{0.4,0.6},全族在榜单证伪,提交默认 β=0(形变关闭,=尺度+PCA 基线)。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D |
|---|---|
| 父节点 | n9 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 54.15(+0.2) · proxy 54.15(+0.2) · 3 次复测均分 54.00 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 9 分 |
| 程序版本 | 41cc94f88390ad76a2d4173e67544fd0707e659e (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 41cc94f883:solution/METHOD.md
对去尺度 kNN 残差形变场新增逐细胞位移上限(cap_frac×kNN 中位距离),扫 β∈{−0.15,−0.2,−0.25}×cap∈{0.4,0.6},全族在榜单证伪,提交默认 β=0(形变关闭,=尺度+PCA 基线)。
方法族 / PLAN
family T2HX-02(PLAN 指定:保守形变场 β=−0.2 + 位移上限保邻域 + 榜单验证)。基础承自节点 6/9:表达逐位照抄末阶段(α=0)、坐标各向同性缩放到 0.946·max_k RMS(input_k)、确定性 PCA 规范化(质心归零、主轴旋转、det=+1、第三矩定向)。机制开关 = 环境变量 VEC_BETA(0 = 关闭)。提交默认 β=0(关闭)——PLAN 步骤 e 的证伪回退,见下。
本节点新增实现(相对节点 9)
- 默认
BETA从 −0.5 改为 0.0(证伪后回退;扫描时经VEC_BETA注入)。 - 新增逐细胞位移上限(
VEC_CAP_FRAC,默认常数 0.4):在单位 RMS 归一化的末阶段点云上建 cKDTree,对每个细胞取 k=10 近邻距离的中位数 d_med_i;若 |β·field_i| > cap_frac·d_med_i,则把位移截断到 cap_frac·d_med_i·unit(β·field_i)。目的:防止大位移撕裂局部邻域(节点 9 的 local_spatial 49.51 < 50)。cap_frac=0 关闭上限。 - stderr 诊断:
disp_rms_raw(截断前)、disp_rms(截断后)、frac_capped、d_med_median。 - 单输入阶段(prev_e=None)跳过形变,退化为缩放+PCA,不崩。
机制生效的证据(ON 对照,proxy 视图,A 半查分)
ON(β=−0.2, cap 0.4)stderr:field_rms=0.1536、frac_field_nonzero=1.0、disp_rms_raw=0.0307、disp_rms=0.0183(截断后/截断前=0.60,非退化)、frac_capped=0.283、d_med_median=0.0718。β=0 与 β=−0.2 输出坐标不全等(shape_scale 66.60→65.28、d2_shape 0.0489→0.0468)。
四组分 OFF→ON(β=0 → β=−0.2 cap0.4):expression_change 50.00→50.00(表达照抄未动)、cell_state 50.00→50.00、shape_scale 66.60→65.28(−1.32,d2_shape 与 occupancy_dice 均变差)、local_spatial 50.00→50.03(+0.03,上限确实保住了邻域)。
证伪表(proxy A 半,本节点 6 次查分 + 承自节点 6/9 的已知值)
| 配置 | 榜分 | shape_scale | local_spatial |
|---|---|---|---|
| β=0(=节点 6,提交默认) | 54.15 | 66.60 | 50.00 |
| β=−0.15, cap 0.4 | 54.02 | 66.05 | 50.03 |
| β=−0.2, cap 0.4 | 53.83 | 65.28 | 50.03 |
| β=−0.2, cap 0.6 | 53.77 | 65.05 | 50.02 |
| β=−0.25, cap 0.4 | 54.13 | 66.49 | 50.03 |
| β=−0.2, 无 cap | 54.32 | 67.32 | 49.97 |
| β=−0.5, 无 cap(节点 9:A 54.76 / B 半 53.92) | — | — | — |
结论(PLAN 步骤 b–e 全部触发回退):
- 所有带 cap 的 β≤−0.15 配置榜单分 ≤54.15;cap 的逐细胞截断破坏形变场的光滑性,shape_scale 损失(−0.1~−1.6)大于 local_spatial 收益(+0.03)。cap_frac 0.4→0.6 不救(更差),故不做 PLAN 步骤 f 的进一步扫描。
- 无 cap 的 β=−0.2 仅 54.32(+0.17,远在 T2 ~1 分噪声内),而同族 β=−0.5 已实证 A 半 +0.61 → B 半 −0.23(proxy 过拟合)。远小于该幅度的 A 半增益没有理由相信能迁移。
- 没有任何配置接近 PLAN 步骤 d 的提交门槛(54.15+1=55.15)。判定:去尺度 kNN 残差形变场族(T2HX-02)在本视图证伪,按步骤 e 提交 β=0,逐位复现节点 6 基线。
mechanism_off_control
同一程序:默认(β=0)即 OFF,输出与节点 6 逐位一致(代码路径相同:cap 与形变全在 beta != 0 分支内;实测默认输出榜单分 54.1494、四组分 50/50/50/66.60、d2_shape 0.04891、occupancy_dice 0.8148,与节点 6 记录完全一致)。ON(VEC_BETA=-0.2)与 OFF 的 d2_shape、occupancy_dice、shape_scale 均有非零差异(见上表)→ 机制接入并生效,但在权威口径下净负/噪声内,故提交保持 OFF。这是 PLAN 明文规定的证伪回退路径(步骤 e),与树内节点 3 的处理先例一致。
验证过 / 未验证
已验证:默认输出对 seed 确定(seed 0 与 seed 1 的 X 与坐标逐位相同;n=24826 ≤ max_cells=25179,无抽样);vec-check status ok;单输入退路存在(prev_e=None 跳过形变);不含 NaN/Inf;细胞数在 [1000, 25179] 内;视图无关(不读 board/mode/source/dataset,不写死视图名/绝对时间;dt_ratio 只进 stderr 报告,时间平移不变,不参与输出)。
未验证:final 视图未查分(本节点仅 proxy 额度)——但提交配置 β=0 不含任何外推机制,行为完全由末阶段数据 + 常数 0.946 决定,final 上即节点 6 的已验证行为。cap 分支在 final 输入(E8.75+E9.5)上的具体数值未测(默认不执行该分支)。
生物学知识来源
仅通用机制知识(承自节点 9):胚胎心脏在 E8.25→E8.75→E9.5 持续 morphogenesis,点云相对几何随时间连续演变,故曾尝试用两观测帧间的形状变化趋势做一阶外推;本次实测该外推在权威口径下不成立,已关闭。不使用任何保留阶段/基因型的实测数据、比例、标记基因或文献数值;所有量(RMS、形变场、d_med)均从 view 提供的已发布输入阶段现场计算,0.946 为承自节点 6 的常数。
调研员的计划
| 名称 | 保守形变场β=−0.2 + 位移上限保邻域 + 榜单验证 |
|---|---|
| 动机 | 节点9在β=−0.5处proxy显示+0.61但榜单−0.23(54.15→53.92),shape_scale 66.60→66.16、local_spatial 50→49.51,ANALYSIS判定proxy过拟合到occupancy_dice尖峰(0.8167)。β扫描显示β=−0.25处于平坦区(proxy仅+0.08),过拟合风险低。同时形变场使local_spatial跌破50(49.51),需加保邻域约束。父节点6(54.15)是验证过的稳健基线。 |
| 做法 | 在节点9代码上做三处修改: 1. β从−0.5改为−0.2(环境变量VEC_BETA,proxy平坦区,降低过拟合风险)。 2. 新增位移上限:对每个细胞,计算归一化空间中与k=10近邻的中位距离d_med_i;若|β·field_i| > cap_frac×d_med_i,则将位移截断到cap_frac×d_med_i×unit(field_i)。cap_frac默认0.4(搜索0.2–0.6),防止大位移撕裂局部邻域,保护local_spatial≥50。 3. 验证流程(用满20次查分额度): a) proxy快跑β=−0.2+cap,确认无崩溃、field非零、local_spatial≥50(1次proxy)。 b) 榜单查分β=−0.2(1次)。若>54.15(节点6),继续;若≤54.15,直接跳到步骤e。 c) 榜单查分β=−0.15和β=−0.25(2次),取三者中最高。 d) 若最佳β的榜单分>54.15+1(超过噪声),提交该β。 e) 若所有β≤−0.1的榜单分均≤54.15,设β=0(逐位复现节点6),提交。此时本族在本视图证伪,回退到节点6基线。 f) cap_frac在最佳β上扫0.2/0.4/0.6(3次榜单),仅在β>0时做。 单输入阶段退路:prev_e=None时跳过形变,与节点6相同。 时间预算:代码改动<5分钟,每次运行<2秒,总查分≤10次,30分钟内完成。 |
| 风险 | 1) β=−0.2的proxy增益仅+0.08,可能在榜单上完全消失(最可能结果),此时回退β=0=节点6,不亏但也不赚。Engineer在第一次榜单查分后即可发现。 2) 位移上限cap_frac可能过度约束,把形变场压到无效(等效β≈0),表现为field_rms正常但disp_rms极小。Engineer应检查stderr的disp_rms/field_rms比值,若<0.3说明cap太紧,放宽到0.6。 3) 即使β=−0.2在榜单上略正(+0.3~0.5),也在T2约1分噪声内,不能确认。需3种子复跑才能确认,但本节点无复跑额度,只能记录。 4) 回退到β=0时,节点等价于节点6(54.15),相对父节点9(53.92)是+0.23改善,但相对节点6无增益。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 4c301b52c0。改动的文件:solution/METHOD.md +29 −43、solution/README.md +5 −5、solution/run.py +25 −4
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 518ff39..8047436 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,63 +1,49 @@-在节点 6(表达照抄末阶段 + 各向同性缩放到 0.946·max RMS + PCA 规范化)之上,新增去尺度 kNN 残差形变场,把末阶段点云沿 prev→last 的形状变化方向前向外推 β=−0.5 倍,只改相对几何;proxy 54.15→54.76,shape_scale 66.6→69.5。+对去尺度 kNN 残差形变场新增逐细胞位移上限(cap_frac×kNN 中位距离),扫 β∈{−0.15,−0.2,−0.25}×cap∈{0.4,0.6},全族在榜单证伪,提交默认 β=0(形变关闭,=尺度+PCA 基线)。 ## 方法族 / PLAN -family `T2HX-02`(PLAN 指定的去尺度残差形变场 β 外推)。机制:移除两输入阶段的平移与尺度差异后,用 kNN 均值估计逐细胞的平滑残差形状变化场,沿该场把末阶段点云外推 β 倍,只改相对几何,不改表达、不改细胞数。机制开关 = 环境变量 `VEC_BETA`(0 = 关闭 = 逐位复现节点 6)。提交默认 `BETA=−0.5`(打开)。+family `T2HX-02`(PLAN 指定:保守形变场 β=−0.2 + 位移上限保邻域 + 榜单验证)。基础承自节点 6/9:表达逐位照抄末阶段(α=0)、坐标各向同性缩放到 `0.946·max_k RMS(input_k)`、确定性 PCA 规范化(质心归零、主轴旋转、det=+1、第三矩定向)。机制开关 = 环境变量 `VEC_BETA`(0 = 关闭)。**提交默认 β=0(关闭)**——PLAN 步骤 e 的证伪回退,见下。 -## 实现(相对节点 6 的改动)+## 本节点新增实现(相对节点 9) -保留节点 6 全部基础:表达逐位照抄末阶段(α=0)、坐标各向同性缩放到 `f·max_k RMS(input_k)`(f=0.946,proxy 上 scale_log_ratio≈0)、确定性 PCA 规范化(质心归零、主轴旋转、det=+1、第三矩定向)。新增一步形变场外推,插在“缩放”之前:+1. 默认 `BETA` 从 −0.5 改为 0.0(证伪后回退;扫描时经 `VEC_BETA` 注入)。+2. 新增逐细胞位移上限(`VEC_CAP_FRAC`,默认常数 0.4):在单位 RMS 归一化的末阶段点云上建 cKDTree,对每个细胞取 k=10 近邻距离的中位数 d_med_i;若 |β·field_i| > cap_frac·d_med_i,则把位移截断到 cap_frac·d_med_i·unit(β·field_i)。目的:防止大位移撕裂局部邻域(节点 9 的 local_spatial 49.51 < 50)。cap_frac=0 关闭上限。+3. stderr 诊断:`disp_rms_raw`(截断前)、`disp_rms`(截断后)、`frac_capped`、`d_med_median`。+4. 单输入阶段(prev_e=None)跳过形变,退化为缩放+PCA,不崩。 -1. 读 prev、last 两输入阶段坐标,各自去质心并缩放到单位 RMS(`rms_radius`)——完全移除平移与尺度差异,只留形状。-2. 在归一化 prev 上建 `scipy.spatial.cKDTree`,对每个归一化 last 细胞取 k=10 个最近邻;`field_i = mean(prev_norm[kNN_i]) − last_norm_i`,即去掉尺度后的平滑残差形状变化场(指向 prev 形状)。-3. `disp = β·field`,`last_norm_new = last_norm + disp`;负 β 把细胞推离 prev 形状 = 沿 prev→last 的形变趋势**前向外推**到目标时刻。-4. 处理顺序:归一化 → 形变 → `scale_to_rms` 恢复到 `f·max RMS` → PCA 规范化(rigid,再校正回精确 RMS)。-5. 单输入阶段(`prev_e is None`)时跳过形变,退化为节点 6 的缩放+PCA;不崩。+## 机制生效的证据(ON 对照,proxy 视图,A 半查分) -关键参数(全部 proxy 上调节,非硬编码数据):`SCALE_F=0.946`(承自节点 6)、`BETA=−0.5`、`KNN_K=10`、`VEC_ALIGN_NORM=0`(见下)。+ON(β=−0.2, cap 0.4)stderr:`field_rms=0.1536`、`frac_field_nonzero=1.0`、`disp_rms_raw=0.0307`、`disp_rms=0.0183`(截断后/截断前=0.60,非退化)、`frac_capped=0.283`、`d_med_median=0.0718`。β=0 与 β=−0.2 输出坐标不全等(shape_scale 66.60→65.28、d2_shape 0.0489→0.0468)。 -## 参数搜索(proxy = E8.25_late + E8.75 → E9.5,A 半查分)+四组分 OFF→ON(β=0 → β=−0.2 cap0.4):expression_change 50.00→50.00(表达照抄未动)、cell_state 50.00→50.00、shape_scale 66.60→65.28(−1.32,d2_shape 与 occupancy_dice 均变差)、local_spatial 50.00→50.03(+0.03,上限确实保住了邻域)。 -β 扫描(k=10,align off):+## 证伪表(proxy A 半,本节点 6 次查分 + 承自节点 6/9 的已知值) -| β | 榜分 | shape_scale | local_spatial | d2_shape | occupancy_dice |-|---|---:|---:|---:|---:|---:|-| 0(=节点6) | 54.15 | 66.60 | 50.00 | 0.0489 | 0.8150 |-| +0.25 | 51.90 | 57.66 | 49.95 | 0.0536 | 0.7878 |-| −0.25 | 54.23 | 66.99 | 49.92 | 0.0434 | 0.8138 |-| −0.375 | 54.36 | 67.72 | 49.74 | 0.0404 | 0.8144 |-| −0.45 | 54.28 | 67.51 | 49.60 | 0.0385 | 0.8136 |-| −0.48 | 54.51 | 68.48 | 49.57 | 0.0377 | 0.8151 |-| −0.49 | 54.52 | 68.53 | 49.57 | 0.0375 | 0.8151 |-| **−0.50** | **54.76** | **69.53** | 49.53 | 0.0372 | 0.8167 |-| −0.52 | 54.32 | 67.75 | 49.51 | 0.0367 | 0.8135 |-| −0.55 | 53.95 | 66.34 | 49.46 | 0.0359 | 0.8103 |-| −0.625 | 53.40 | 64.20 | 49.38 | 0.0340 | 0.8031 |-| −1.0 | 53.07 | 63.37 | 48.91 | 0.0235 | 0.7872 |+| 配置 | 榜分 | shape_scale | local_spatial |+|---|---:|---:|---:|+| β=0(=节点 6,提交默认) | **54.15** | 66.60 | 50.00 |+| β=−0.15, cap 0.4 | 54.02 | 66.05 | 50.03 |+| β=−0.2, cap 0.4 | 53.83 | 65.28 | 50.03 |+| β=−0.2, cap 0.6 | 53.77 | 65.05 | 50.02 |+| β=−0.25, cap 0.4 | 54.13 | 66.49 | 50.03 |+| β=−0.2, 无 cap | 54.32 | 67.32 | 49.97 |+| β=−0.5, 无 cap(节点 9:A 54.76 / **B 半 53.92**) | — | — | — | -方向明确:**负 β(前向外推形状变化)改善,正 β(回退到 prev 形状)变差**。d2_shape 随 |β| 单调下降(0.0489→0.0372→0.0235,真实结构性改善),但 occupancy_dice 在 β≈−0.5 达峰(0.8167)后随过度外推下降(−1.0 时 0.7872)。shape_scale 组合两者,峰值在 β=−0.5。k 扫描(β=−0.5):k=5→54.31、k=10→54.76、k=20→54.42、k=30→53.54,k=10 最优(太小场噪声、太大过度平滑稀释形状增益)。+结论(PLAN 步骤 b–e 全部触发回退):+- 所有带 cap 的 β≤−0.15 配置榜单分 ≤54.15;cap 的逐细胞截断破坏形变场的光滑性,shape_scale 损失(−0.1~−1.6)大于 local_spatial 收益(+0.03)。cap_frac 0.4→0.6 不救(更差),故不做 PLAN 步骤 f 的进一步扫描。+- 无 cap 的 β=−0.2 仅 54.32(+0.17,远在 T2 ~1 分噪声内),而同族 β=−0.5 已实证 A 半 +0.61 → B 半 −0.23(proxy 过拟合)。远小于该幅度的 A 半增益没有理由相信能迁移。+- 没有任何配置接近 PLAN 步骤 d 的提交门槛(54.15+1=55.15)。**判定:去尺度 kNN 残差形变场族(T2HX-02)在本视图证伪,按步骤 e 提交 β=0,逐位复现节点 6 基线。** -未采用:`VEC_ALIGN_NORM=1`(先对 prev/last 各做 PCA 规范化再算场,试图去除帧间旋转差异)→ 52.34,反而更差(field_rms 从 0.154 降到 0.103,形变被压平、丢失有效形状信号)。默认关闭。+## mechanism_off_control -## 机制生效的证据--stderr(β=−0.5,k=10,proxy):`field_rms=0.1536`、`frac_field_nonzero=1.0`(全部 24826 细胞都被位移)、`disp_rms=0.0768`、`disp_p95=0.1718`(归一化单位)。场非退化。--四组分对照(β=0 → β=−0.5,OFF→ON):-- `expression_change` 50.00 → 50.00(表达照抄,未动)-- `cell_state` 50.00 → 50.00(未动)-- `shape_scale` 66.60 → 69.53(+2.93:d2_shape 0.0489→0.0372、occupancy_dice 0.815→0.8167、scale_log_ratio 恒 −0.0027)——**相对几何被真实修改**,父节点中这两项在各向同性缩放扫描下恒定不变,本机制首次让它们同向改善。-- `local_spatial` 50.00 → 49.53(−0.47:neighborhood_mmd 0.1148→0.1166,kNN 位移轻微扰动局部邻域,幅度小、在噪声内)-- 总榜分 54.15 → 54.76(+0.61,A 半)--`mechanism_off_control`:同一程序 `VEC_BETA=0` → 形变场不应用,输出与父节点 6 **逐位相同**(X 与 coords 全等,已验证),预期总分 54.15、四组分 50/50/50/66.6。ON(β=−0.5)与 OFF 的 d2_shape、occupancy_dice、shape_scale 均出现非零变化 → 机制确实接入并生效。提交状态:打开(β=−0.5)。+同一程序:默认(β=0)即 OFF,输出与节点 6 逐位一致(代码路径相同:cap 与形变全在 `beta != 0` 分支内;实测默认输出榜单分 54.1494、四组分 50/50/50/66.60、d2_shape 0.04891、occupancy_dice 0.8148,与节点 6 记录完全一致)。ON(`VEC_BETA=-0.2`)与 OFF 的 d2_shape、occupancy_dice、shape_scale 均有非零差异(见上表)→ 机制接入并生效,但在权威口径下净负/噪声内,故提交保持 OFF。这是 PLAN 明文规定的证伪回退路径(步骤 e),与树内节点 3 的处理先例一致。 ## 验证过 / 未验证 -已验证:默认输出对 seed 确定(同 seed 两次运行 X/coords 逐位相同);`vec-check` 通过(status ok);单输入退路(prev_e=None 跳过形变);`VEC_BETA=0` 逐位复现父节点;输出不含 NaN/Inf、细胞数 24826 在 [1000, 25179] 内、obsm spatial_3D 有限。视图无关:不读 board/mode/source/dataset,不写死视图名或绝对时间,β/k/f 为常数,形变场由数据现场计算,时间只用于 stderr 报告的 ratio(不参与输出)。+已验证:默认输出对 seed 确定(seed 0 与 seed 1 的 X 与坐标逐位相同;n=24826 ≤ max_cells=25179,无抽样);`vec-check` status ok;单输入退路存在(prev_e=None 跳过形变);不含 NaN/Inf;细胞数在 [1000, 25179] 内;视图无关(不读 board/mode/source/dataset,不写死视图名/绝对时间;`dt_ratio` 只进 stderr 报告,时间平移不变,不参与输出)。 -未验证:**final 视图**上未查分——final 输入为 E8.75+E9.5、目标 E10.5,其 prev→last 形变方向与 proxy 不同,β=−0.5 的方向与幅度是否在 final 上仍净正未测(本节点仅有 proxy 查分额度)。风险:β=−0.5 处 occupancy_dice=0.8167 是局部尖峰,B 半可能回落到带内典型值 ~0.814,但 d2_shape 的结构性改善(0.0489→0.0372)应保留,shape_scale 仍应高于父节点;总分增益 +0.61 在 T2 ~1 分噪声内,属弱正。local_spatial 略降到 49.53(<50 的 PLAN 安全线),但被 shape_scale +2.93 远超抵消,净正。+未验证:final 视图未查分(本节点仅 proxy 额度)——但提交配置 β=0 不含任何外推机制,行为完全由末阶段数据 + 常数 0.946 决定,final 上即节点 6 的已验证行为。cap 分支在 final 输入(E8.75+E9.5)上的具体数值未测(默认不执行该分支)。 ## 生物学知识来源 -仅通用机制知识:胚胎心脏在 E8.25→E8.75→E9.5 持续 morphogenesis(环化、腔室扩张),点云的相对几何随时间连续演变,故可用两观测帧之间的形状变化趋势向目标时刻做一阶外推。不使用任何保留阶段/基因型的实测数据、比例、标记基因或文献数值;形变场完全从 view 提供的两个已发布输入阶段坐标现场计算。缩放因子 0.946 与外推系数 −0.5 均为 proxy 上调节的常数,非来自保留阶段。+仅通用机制知识(承自节点 9):胚胎心脏在 E8.25→E8.75→E9.5 持续 morphogenesis,点云相对几何随时间连续演变,故曾尝试用两观测帧间的形状变化趋势做一阶外推;本次实测该外推在权威口径下不成立,已关闭。不使用任何保留阶段/基因型的实测数据、比例、标记基因或文献数值;所有量(RMS、形变场、d_med)均从 view 提供的已发布输入阶段现场计算,0.946 为承自节点 6 的常数。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 8cd5b58..7354477 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,12 +1,12 @@-# T2:heart:val_extrap — 尺度精调 + PCA 规范化 + 去尺度 kNN 残差形变场前向外推+# T2:heart:val_extrap — 尺度精调 + PCA 规范化(形变场族已证伪,默认关闭) -`run.py --data <view> --out <pred.h5ad> --seed <int>`(纯 CPU,约 2–3 s,见 `EXECUTION.json`)。+`run.py --data <view> --out <pred.h5ad> --seed <int>`(纯 CPU,约 2 s,见 `EXECUTION.json`)。 - **表达**:末阶段原样复制(伪批量位移族已证伪,α=0)。 - **坐标尺度**:整体各向同性缩放到 `0.946 · max_k RMS(input_k)`(承自节点 6)。 - **PCA 规范化**:质心归零、主轴旋转、det=+1、第三矩定向。-- **新增·残差形变场(本节点)**:把 prev、last 两帧各去质心缩放到单位 RMS,在归一化 prev 上建 cKDTree,对每个归一化 last 细胞取 k=10 近邻求 `field = mean(prev_norm[kNN]) − last_norm`,再 `last_norm += β·field`(β=−0.5,前向外推 prev→last 的形状变化),恢复到目标 RMS 后做 PCA 规范化。只改相对几何,不改表达/细胞数。+- **去尺度 kNN 残差形变场 + 逐细胞位移上限(本节点新增,默认关闭)**:`VEC_BETA≠0` 时启用——prev/last 各归一化到单位 RMS,kNN 均值估计残差形状变化场,位移截断到 `cap_frac×kNN 中位距离`(`VEC_CAP_FRAC`,默认 0.4)。本节点在 β∈{−0.15,−0.2,−0.25}×cap∈{0.4,0.6} 上榜单查分全部 ≤ 基线,族证伪,提交默认 β=0(输出逐位 = 节点 6,proxy 54.15)。 - 细胞数 / 组成:保持末阶段(夹到 [min_cells, max_cells]);单输入阶段跳过形变,退化为缩放+PCA。-- 开关:`VEC_BETA=0` = 关闭形变场 = 逐位复现节点 6(proxy 54.15);`VEC_MECH_OFF=1` = copy_last(50.00)。默认打开(β=−0.5,proxy 54.76)。+- 开关:`VEC_BETA`(默认 0=关闭)、`VEC_CAP_FRAC`(默认 0.4)、`VEC_MECH_OFF=1` = copy_last(50.00)。 -参数搜索、四组分对照与风险见 `METHOD.md`。+证伪表、机制对照与查分记录见 `METHOD.md`。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 72f17d0..37a3cfc 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -21,8 +21,9 @@ cloud: subtract centroid, rotate onto PCA principal axes, force det = +1 This removes scorer-side alignment ambiguity (reflection / axis order) that would otherwise inject variance in the shape score. -Residual deformation field (env VEC_BETA, default -0.5; VEC_BETA=0 turns it-off and reproduces the pure-scaling version bit-for-bit). Both input clouds+Residual deformation field (env VEC_BETA, default 0.0 = OFF; the field was+falsified on this board, see METHOD.md — every nonzero beta tested scored at or+below the pure-scaling baseline on the authoritative half). Both input clouds are centred and scaled to unit RMS, removing translation and scale so only the shape difference between the two observed frames remains. A cKDTree on the normalised earlier stage gives, for every (normalised) last-stage cell, the@@ -66,8 +67,9 @@ from src.task2_spatial.view_io import ( SCALE_F = 0.946 # tuned shrink factor applied to max_k RMS(input_k) PCA_NORM = True-BETA = -0.5 # forward deformation-field extrapolation strength (env VEC_BETA); proxy-tuned+BETA = 0.0 # deformation field falsified on this board (see METHOD.md); 0 = off = node-6 baseline KNN_K = 10 # neighbours used to smooth the residual shape-change field+CAP_FRAC = 0.4 # per-cell displacement cap as a fraction of the local kNN median distance def pca_canonicalize(coords: np.ndarray) -> np.ndarray:@@ -101,6 +103,7 @@ def main() -> None: use_pca = (os.environ.get("VEC_PCA_NORM", "1" if PCA_NORM else "0") != "0") and not mech_off beta = float(os.environ.get("VEC_BETA", "") or BETA) knn_k = int(os.environ.get("VEC_KNN_K", "") or KNN_K)+ cap_frac = float(os.environ.get("VEC_CAP_FRAC", "") or CAP_FRAC) align_norm = os.environ.get("VEC_ALIGN_NORM", "0") == "1" manifest = load_manifest(args.data)@@ -142,13 +145,31 @@ def main() -> None: _, nn = tree.query(last_n, k=knn_k) field = prev_n[nn].mean(axis=1) - last_n disp = beta * field+ frac_capped = 0.0+ d_med_rms = 0.0+ if cap_frac > 0.0:+ # local neighbourhood scale: median distance to k nearest neighbours+ # among the (normalised) last-stage cells themselves+ tree_l = cKDTree(last_n_full)+ dd, _ = tree_l.query(last_n_full, k=knn_k + 1)+ d_med = np.median(dd[:, 1:], axis=1) # exclude self (distance 0)+ cap = (cap_frac * d_med)[idx]+ dnorm = np.linalg.norm(disp, axis=1)+ over = dnorm > cap+ scale = np.ones_like(dnorm)+ np.divide(cap, dnorm, out=scale, where=over)+ disp = disp * scale[:, None]+ frac_capped = float(over.mean())+ d_med_rms = float(np.sqrt((d_med ** 2).mean())) coords = scale_to_rms(last_n + disp, target_rms) info.update(- beta=beta, knn_k=knn_k,+ beta=beta, knn_k=knn_k, cap_frac=cap_frac, field_rms=float(np.sqrt((field ** 2).sum(axis=1).mean())), frac_field_nonzero=float((np.abs(field).sum(axis=1) > 0).mean()),+ disp_rms_raw=float(np.sqrt(((beta * field) ** 2).sum(axis=1).mean())), disp_rms=float(np.sqrt((disp ** 2).sum(axis=1).mean())), disp_p95=float(np.percentile(np.sqrt((disp ** 2).sum(axis=1)), 95)),+ frac_capped=frac_capped, d_med_median=d_med_rms, ) else: coords = scale_to_rms(coords, target_rms)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k026 | Canonicalise predicted 3D coordinates before submission | notes/pitfalls/04_scorer_invariance.md |
| k025 | Spateo: rigid + non-rigid alignment and morphometric vector fields | 10.1016/j.cell.2024.10.011 |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 在节点9代码上把默认β从−0.5改为0,并新增逐细胞位移上限(cap_frac×kNN中位距离,VEC_CAP_FRAC默认0.4);经6次A半查分(β∈{−0.15,−0.2,−0.25}×cap∈{0.4,0.6}及无cap)全部≤54.15后,按PLAN步骤e提交β=0,输出逐位复现节点6(尺度0.946+PCA基线),即放弃了形变场机制。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内/无变化:50.00→50.00(+0.00) expression_change:噪声内/无变化:50.00→50.00(+0.00,表达始终照抄末阶段,机制不触及) local_spatial:变好但非新机制所致:49.51→50.00(+0.49),同样来自回退;新增的cap在扫描中仅带来+0.03且以shape_scale −0.1~−1.6为代价 shape_scale:变好但非新机制所致:66.16→66.60(+0.44),是回退到节点6基线的结果(β=0撤销了节点9的β=−0.5对shape_scale的净损伤) |
| family_id | T2HX-02 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 否 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 3 次:bash 2、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 13,822 · 输出 1,155 · 思考 575 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n15 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/15/analyst.jsonl 9 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/15/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 20 |
| 工具调用 | 共 24 次:bash 15、edit 5、read 2、write 2 |
| 用时 | 6 分 |
| token 数 | 输入 47,070 · 输出 6,785 · 思考 8,285 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:保守形变场β=−0.2 + 位移上限保邻域 + 榜单验证 |
| 最后的回答(摘录) | 完成。 **做了什么**:按 PLAN 在节点 9 上实现 β=−0.2 + 逐细胞位移上限(cap_frac×kNN 中位距离,`VEC_CAP_FRAC`),榜单查分验证后全族证伪,提交默认 β=0(输出逐位复现节点 6 基线)。 **查分结果**(6/20 次,A 半):β=−0.15/cap0.4 → 54.02;β=−0.2/cap0.4 → 53.83;β=−0.2/cap0.6 → 53.77;β=−0.25/cap0.4 → 54.13;β=−0.2 无 cap → 54.32(噪声内);默认 β=0 → **54.15**(=节点 6,66.60/50.00/50.00)。cap 保住 local_spatial(50.03)但破坏场光滑性、shape_scale 净负;无任何配置达 PLAN 提交门槛 55.15。vec-check 通过,seed 0/1 输出逐位相同。 **下一步最值得试**:形变场族(T2HX-02)在本视图已双向证伪,建议放弃坐标微调(尺度 0.946、PCA 均已到平台),转向 expression_change/cell_state 两组(一直钉在 50):例如用 prior/(Reactome、GO)引导的通路级伪批量外推,或利用 external/ 的 Qiu E8.75 做跨数据集方向参考,而非仅靠两输入帧差分。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/15/engineer.jsonl 114 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/15/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 2 分 |
| token 数 | 输入 12,742 · 输出 1,421 · 思考 4,308 |
| 任务(第一行) | 为节点 n15(改进,父节点 n9)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | =−0.5处proxy显示+0.61但榜单−0.23(54.15→53.92),shape_scale 66.60→66.16、local_spatial 50→49.51,ANALYSIS判定proxy过拟合到occupancy_dice尖峰(0.8167)。β扫描显示β=−0.25处于平坦区(proxy仅+0.08),过拟合风险低。同时形变场使local_spatial跌破50(49.51),需加保邻域约束。父节点6(54.15)是验证过的稳健基线。", "approach": "在节点9代码上做三处修改:\n1. β从−0.5改为−0.2(环境变量VEC_BETA,proxy平坦区,降低过拟合风险)。\n2. 新增位移上限:对每个细胞,计算归一化空间中与k=10近邻的中位距离d_med_i;若|β·field_i| > cap_frac×d_med_i,则将位移截断到cap_frac×d_med_i×unit(field_i)。cap_frac默认0.4(搜索0.2–0.6),防止大位移撕裂局部邻域,保护local_spatial≥50。\n3. 验证流程(用满20次查分额度):\n a) proxy快跑β=−0.2+cap,确认无崩溃、field非零、local_spatial≥50(1次proxy)。\n b) 榜单查分β=−0.2(1次)。若>54.15(节点6),继续;若≤54.15,直接跳到步骤e。\n c) 榜单查分β=−0.15和β=−0.25(2次),取三者中最高。\n d) 若最佳β的榜单分>54.15+1(超过噪声),提交该β。\n e) 若所有β≤−0.1的榜单分均≤54.15,设β=0(逐位复现节点6),提交。此时本族在本视图证伪,回退到节点6基线。\n f) cap_frac在最佳β上扫0.2/0.4/0.6(3次榜单),仅在β>0时做。\n单输入阶段退路:prev_e=None时跳过形变,与节点6相同。\n时间预算:代码改动<5分钟,每次运行<2秒,总查分≤10次,30分钟内完成。", "expected_groups": ["shape_scale", "local_spatial"], "risks": "1) β=−0.2的proxy增益仅+0.08,可能在榜单上完全消失(最可能结果),此时回退β=0=节点6,不亏但也不赚。Engineer在第一次榜单查分后即可发现。\n2) 位移上限cap_frac可能过度约束,把形变场压到无效(等效β≈0),表现为field_rms正常但disp_rms极小。Engineer应检查stderr的disp_rms/field_rms比值,若<0.3说明cap太紧,放宽到0.6。\n3) 即使β=−0.2在榜单上略正(+0.3~0.5),也在T2约1分噪声内,不能确认。需3种子复跑才能确认,但本节点无复跑额度,只能记录。\n4) 回退到β=0时,节点等价于节点6(54.15),相对父节点9(53.92)是+0.23改善,但相对节点6无增益。", "family_id": "T2HX-02", "mechanism": "去尺度kNN残差形变场:归一化prev/last到单位RMS后,用kNN均值估计逐细胞形状变化场,沿该场以保守β=−0.2前向外推末阶段点云,加位移上限保护局部邻域。", "vs_constant_shift": "位移是逐细胞、空间变化的:每个细胞的位移取决于它在归一化prev帧中的k=10近邻位置,不同细胞方向和幅度不同。常数位移对所有细胞加同一向量,不改变相对几何;本机制改变点云的相对形状(d2_shape),且β=0时输出逐位等于无位移基线。", "mechanism_evidence": "Engineer应检查:1) stderr输出field_rms>0.05且frac_field_nonzero=1.0(场非退化);2) disp_rms>0.01(位移非零);3) β=0与β=−0.2输出的坐标不全等(diff>0);4) 四组分中shape_scale的d2_shape分量在β=−0.2时应低于β=0(0.0489→更小),说明形状确实被修改;5) local_spatial≥50(位移上限生效)。", "mechanism_off_control": "同一程序设VEC_BETA=0,形变场不应用,输出逐位复现节点6(已在节点9验证)。预期:总分54.15、四组分50/50/50/66.60。ON(β=−0.2)与OFF的d2_shape和shape_scale应有非零差异;若无差异说明机制未运行(被cap完全截断或bug)。", "sources": [] } ``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/15/researcher.jsonl 5 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-070222-search-t2-heart-extrap-g24-D/nodes/15/researcher.stderr |