运行档案 / T1:val / 10-02 20:29
screen_abcd / D 组
先看终选决定，再沿节点查看方法、代码改动和对话证据。
终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。
n22
本运行目标 61.92（种子 0 单次）
节点?搜索树里的每个候选程序。
32
已打分 21
官网分?官网 P2 返回的真实分数。
53.4
官网 P2 返回
大模型调用次数?各角色（调研员、工程师、分析员、审查员）调用大模型的次数。
99
分析员 19、工程师 22、调研员 24、审查员 10、tune 24
实际结果与评分依据
搜索目标、护栏和诊断分开阅读。不同真值分片或 seed 的同名尺子保留各自记录。
| 尺子 | 用途 | 分数 | 评分上下文 |
|---|---|---|---|
| X3 | 搜索目标复测 | 61.9 | 真值 B 半 / 3 个 seed均值 |
| X1 | 终检诊断 | 45.9 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X4 | 终检诊断 | 39.4 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X5 | 终检诊断 | 39.8 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X6 | 终检诊断 | 35.3 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| proxy | 诊断记录 | 50.0 | 真值 B 半 / 1 个 seed单次 |
| T1:val | 官网结果 | 53.4 | 提交预测对应的评分 |
来历?终选程序从种子程序一步步改过来的路径，每一步都写了改了什么、分数变了多少。
括号里的分差只表示变化方向，不代表统计显著性。
n1 种子
seed copy_last
搜索目标分 47.92 · X3 47.92 · 3 次复测均分 48.45
审查意见?审查员（Reviewer）检查程序是否越界读取、写死目标或钻评分器漏洞后的意见。 通过 seed (human-written, locked)
↓
n4 改进
按细胞类型算 E(k-1)→E(k) 的基因均值差，做基因级 EB 收缩后按时间比例 α·r 只在非零元上加位移（保稀疏），外推到目标阶段。
搜索目标分 54.45（+6.5） · X3 54.45（+6.5） · 3 次复测均分 54.95
分析员结论?分析员（Analyst）看完分数后写下的第一条经验。：对稀疏 scRNA 表达矩阵做基因级位移时，若对所有基因（含零元）稠密加位移，nnz 从 6% 涨到 28.5%、covariation 从 48.6 崩到 11.7、总分低于对照；只作用于已有非零元可在保留 de_recovery/cell_state 增益的同时把 covariation 损失控制在 ~3 分内。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——run.py 只通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 读 --data 视图内文件（run.py:78-87），无绝对路径、'..'、/mnt、external/、prior/ 或目标阶段文件读取，无联网；METHOD.md:53 亦声明未用 external/prior。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题—
↓
n5 改进
在父节点 per-type EB 位移之后，把每型位移向量投影到输入数据自身协变结构的 top-k PC 子空间再混合（k=25, β=1.0, HVG 8000），修复 covariation。
搜索目标分 54.83（+0.4） · X3 54.83（+0.4） · 3 次复测均分 55.54
分析员结论：在 per-type EB 位移（逐基因独立收缩破坏共变结构）之上，把位移向量投影到输入数据自身的 top-k PC 子空间（k=25、β=1.0、HVG 8000、≤3000 细胞、中心化）可修复 covariation（+2.3 且随 β 单调、跨 seed 一致），代价是 cell_state -1.3，总分变化在噪声内。
↓
n13 改进
在节点5低秩投影之上，把每型单一常位移改为逐细胞局部切向位移：每个输出细胞沿其 stage2 kNN(k=15) 在 PC(k=25) 子空间内的平均偏移方向反向推开（η=-3.0），恢复型内细胞间离散度。
搜索目标分 60.56（+5.7） · X3 60.56（+5.7） · 3 次复测均分 61.27
分析员结论：PLAN目标是提升direction与de_recovery，但两者实际持平/噪声内；总分+5.73全部来自非目标组cell_state（+22.45）——机制确实生效且大幅提分，但作用途径与假设不符：不是'局部切向细化方向'，而是负η把细胞推离局部密度中心、恢复被copy_last+共享位移+max(0,·)压缩的型内离散度。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现——run.py 只经 view_io(load_manifest/read_stage/inputs_by_time) 读 args.data 内视图输入，os 仅用于 os.environ 超参默认(run.py:104-120)，sys 仅 stderr，无绝对路径/..//mnt//home/data/raw/downloads、无 scorer/src/common/evaluation 访问、无联网；re
↓
n21 改进
按PLAN实现PC-band限制局部扩张（η·g只作用于第m+1–25维PC）：实测m>0全部降总分（covariation与cell_state单调权衡，交换率≈1:7），成功判据不成立；转而实现PLAN风险1的预案——逐细胞局部项范数归一（‖η·Vg_i‖按型归一到型投影位移范数的f倍），f=1.3双seed均正（+0.8/+0.3，噪声内），提交m=0、f=1.3，其余与节点13一致。
搜索目标分 61.23（+0.7） · X3 61.23（+0.7） · 3 次复测均分 61.46
分析员结论：PLAN的核心假设（低阶PC被逐细胞扩张稀释是covariation损失主因）被m扫描直接否证：m从0升到20，covariation仅+2.9（44.16→47.07）而cell_state掉-20（82.85→62.63），交换率约1:7，总分单调降——covariation损失来自局部扩张本身（逐细胞外向推开降低全基因协方差），不限于低阶PC方向。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——run.py 只通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage 等读取 --data 视图内数据（run.py:132-137），无绝对路径、'..'、/mnt、/home、目标阶段文件、prior/ 或联网下载；grep 全文无 open()/http/urllib。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题——所有均值、方差、HVG、PC 基 V
↓
在节点21管线上新增--gamma（默认0.3）：每个输出细胞的型级低秩位移 V·w_c 按 (1+γ·clip(p,±2)) 逐细胞缩放，p 为该细胞 stage2 HVG 表达相对本型均值在位移轴 ŵ_c 上的投影；γ=0 逐元素还原节点21。X3 A半双seed +0.42/+0.58（γ=0.3），PLAN 的 γ=10 与局部项复合失败（-30分）。
搜索目标分 61.73（+0.5） · X3 61.73（+0.5） · 3 次复测均分 61.92
分析员结论：节点9 的 γ=10 最优点不可迁移：在已有 η 局部项 + 低秩投影 + f 归一的管线上，p 的型内 sd≈1.7 使多数细胞触及 ±2 clip，γ=10 把位移放大到 s∈[-19,21]，总分崩到 29.82（cell_state 10.71）——从其他管线移植超参前必须先测调制量的实际分布尺度，可用幅度可能差一个数量级。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题。run.py 全部数据访问只经 view_io 的 load_manifest/panel_genes/inputs_by_time/read_stage（第31-40、139-144行），无 open()/np.load/h5py/Path/glob/listdir/subprocess/socket，无绝对路径、'..'、/mnt、/home、data/raw、downloads、打分器或 src/comm
搜索树?每个点是一个节点，连线从父节点指向子节点；颜色表示结果。
蓝色粗线是来历路径；鼠标停在点上看节点，点一下打开节点页。
已打分?程序正常跑完并拿到分数。生成失败?会话没能产出可用的程序。没有改动?这次会话没有对代码做任何修改。
搜索分数的变化?横轴是从运行开始算起的分钟数，纵轴是到那时为止最好的搜索目标分。
全部节点与对话（32）
| 节点 | 父节点 | 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 状态 | 搜索目标分?搜索用来比较节点的分数（各把尺子按权重合成，种子 0 单次）。 | 比父节点?这个节点的分数减去它父节点的分数；正数是变好。 | X3?用外部公开数据造的同类型题。 | 3 次复测?换 3 个随机种子各跑一次取平均 ± 标准差，比单次分更稳。 | 审查 | 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| n1 | — | 种子 | 已打分 | 47.9 | — | 47.9 | 48.4 | 通过 | 不到 1 分 | seed copy_last |
| n2 | — | 种子 | 已打分 | 50.7 | — | 50.7 | 48.9 | 通过 | 不到 1 分 | ot_moscot — Waddington-OT / moscot coupling, one-step displacement extrapolation |
| n3 | n2 | 改进 | 已打分 | 51.2 | +0.6 | 51.2 | 49.4 | 未审查 | 13 分 | ot_moscot + entropy-shrunk displacement: each output cell's step (kNN-smoothed position − barycentric OT ancestor) is scaled by conf^β, conf |
| n4 | n1 | 改进 | 已打分 | 54.4 | +6.5 | 54.4 | 54.9 | 通过 | 13 分 | 按细胞类型算 E(k-1)→E(k) 的基因均值差，做基因级 EB 收缩后按时间比例 α·r 只在非零元上加位移（保稀疏），外推到目标阶段。 |
| n5 | n4 | 改进 | 已打分 | 54.8 | +0.4 | 54.8 | 55.5 | 未审查 | 17 分 | 在父节点 per-type EB 位移之后，把每型位移向量投影到输入数据自身协变结构的 top-k PC 子空间再混合（k=25, β=1.0, HVG 8000），修复 covariation。 |
| n6 | — | 草稿 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 31 分 | OT-CFM velocity field in PCA for E9.5→E10.5 extrapolation |
| n7 | n4 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 5 分 | — |
| n8 | n5 | 改进 | 已打分 | 55.7 | +0.9 | 55.7 | 56.2 | 通过 | 13 分 | 按 PLAN 实现非 HVG 位移保留系数 γ（--proj-retain，默认 0.75）；实测 γ 对分数无影响（PLAN 风险 4 成立），改为在投影机制之上把位移幅度 α 从 1.5 调到 1.75（双 seed 一致 +0.3）。 |
| n9 | n4 | 改进 | 已打分 | 59.3 | +4.8 | 59.3 | 59.7 | 通过 | 11 分 | 在父节点 per-type EB 位移之上加逐细胞轨迹投影调制：每个细胞的位移乘 (1+γ·clip(p,−2,2))，p 为细胞相对本型 stage2 均值在位移轴上的投影，γ=10（X3 A 半网格选定），γ=0 逐位还原父节点。 |
| n10 | n8 | 改进 | 已打分 | 59.2 | +3.5 | 59.2 | 60.1 | 未审查 | 27 分 | 按 PLAN（family local_ot）在父节点 8 的 per-type EB 位移+PC 投影之上，加入同型两输入阶段间 entropic OT 耦合的 per-cell 零均值方向修正 κ·δ_j（δ 投影到同一 top-25 PC 子空间），κ=0.25，双 see |
| n11 | n9 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 4 分 | — |
| n12 | n9 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 3 分 | — |
| n13 | n5 | 改进 | 已打分 | 60.6 | +5.7 | 60.6 | 61.3 | 通过 | 23 分 | 在节点5低秩投影之上，把每型单一常位移改为逐细胞局部切向位移：每个输出细胞沿其 stage2 kNN(k=15) 在 PC(k=25) 子空间内的平均偏移方向反向推开（η=-3.0），恢复型内细胞间离散度。 |
| n14 | n10 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 4 分 | — |
| n15 | — | 草稿 | 已打分 | 49.1 | — | 49.1 | — | 未审查 | 27 分 | Gaussian VAE 潜空间转移：两输入阶段潜码 entropic-OT 耦合+kNN 局部回归得逐细胞位移，外推末阶段潜码解码，HVG 分位数匹配回末阶段边缘分布后以 γ=0.5 与真实值混合；非 HVG 保留末阶段值。 |
| n16 | n13 | 改进 | 已打分 | 60.6 | +0.0 | 60.6 | — | 未审查 | 16 分 | 按PLAN在节点13上加逐细胞kNN速度修正λ·v_i（同型stage1近邻、型内零均值、亲本回退）；λ正负双向均单调降分且direction不动（PLAN风险2成立），中止并提交λ=0，输出与节点13逐元素一致。 |
| n17 | n13 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 5 分 | — |
| n18 | — | 草稿 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 31 分 | manifold_ode draft: PCA-space neural ODE with kNN manifold constraint, Sinkhorn training |
| n19 | n15 | 改进 | 已打分 | 47.9 | -1.2 | 47.9 | — | 未审查 | 26 分 | VAE潜位移改为kNN真实细胞选择：z_pred=z_last+0.5·dz 在末阶段真实潜码中取最近邻，输出=该真实细胞原始表达（k=1，全panel），去掉QM分位数匹配与γ数值混合。 |
| n20 | n16 | 改进 | 已打分 | 61.0 | +0.5 | 61.0 | 61.3 | 未审查 | 18 分 | 按PLAN把节点13的逐细胞局部扩张 η·g_i 改为范数归一+按型增益：ĝ_i=g_i/‖g_i‖，s_c=clip(‖w_c‖/med_c(‖g‖),0.5,5)，位移=η·s_c·V ĝ_i；扫 η/裁剪/spow 后提交 typed η=-9（3 seed 配对验证，均值 |
| n21 | n13 | 改进 | 已打分 | 61.2 | +0.7 | 61.2 | 61.5 | 通过 | 12 分 | 按PLAN实现PC-band限制局部扩张（η·g只作用于第m+1–25维PC）：实测m>0全部降总分（covariation与cell_state单调权衡，交换率≈1:7），成功判据不成立；转而实现PLAN风险1的预案——逐细胞局部项范数归一（‖η·Vg_i‖按型归一到型投影位移 |
| n22 | n21 | 改进 | 已打分 | 61.7 | +0.5 | 61.7 | 61.9 | 通过 | 22 分 | 在节点21管线上新增--gamma（默认0.3）：每个输出细胞的型级低秩位移 V·w_c 按 (1+γ·clip(p,±2)) 逐细胞缩放，p 为该细胞 stage2 HVG 表达相对本型均值在位移轴 ŵ_c 上的投影；γ=0 逐元素还原节点21。X3 A半双seed +0.42 |
| n23 | n20 | 改进 | 已打分 | 61.1 | +0.0 | 61.1 | 61.4 | 未审查 | 18 分 | 按PLAN对局部扩张项做逐基因DE保护：a_g=1−ρ·clip(|δ_c[hvg_g]|/q_τ,0,1)（q_τ为该型|δ_c[hvg]|的τ分位），位移=η·s_c·(a⊙Vĝ_i)；扫ρ×τ后按父节点教训联扫η补偿幅度，提交 ρ=0.5、τ=0.90、η=−14（3-se |
| n24 | n20 | 改进 | 已打分 | 61.0 | +0.0 | 61.0 | — | 未审查 | 22 分 | 按PLAN(family lowrank_shape)对型级位移做PC空间方差加权收缩 f_m=s_m²/(s_m²+λ·s_1²)，tilde=V@(f·w_c)；实测λ>0单调降总分（cov↑但cs↓占主导），提交默认λ=0逐元素还原父节点20。 |
| n25 | n22 | 改进 | 已打分 | 61.7 | +0.0 | 61.7 | 61.9 | 通过 | 12 分 | 按PLAN实现按型内PC方差加权局部扩张方向（σ_c[k]=sqrt(λ_c[k]/mean)，clip[lo,hi]，f归一前乘入ĝ）；X3 A半双seed一致降分（seed1 -1.3，de_recovery双seed各-0.95），机制否决，提交σ≡1默认值（输出与节点22 |
| n26 | n10 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 3 分 | — |
| n27 | n13 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 3 分 | — |
| n28 | — | 草稿 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 15 分 | graph_fate: 伪时间定向kNN图逐细胞后继位移外推 |
| n29 | n25 | 改进 | 已打分 | 61.7 | +0.0 | 61.7 | 61.9 | 通过 | 15 分 | 按PLAN给型级位移加逐PC方差比重加权 w_c·clip((λ2/λ1)^β,lo,hi)；X3 A半6配置β正负双向、两种ε均单调降分，机制否决，提交β=0（与父节点逐元素一致，nnz==0）。 |
| n30 | n4 | 调参 | 没有改动 | — | — | — | — | 未审查 | 4 分 | — |
| n31 | n29 | 改进 | 已打分 | 61.7 | +0.0 | 61.7 | 61.9 | 通过 | 18 分 | 按PLAN实现管线末端逐型对角仿射残差校正（--shape-rho，输出残差逐PC缩放到输入方差轮廓，总量级不变）；X3 A半 ρ=±0.1/0.2/0.5 全部降 cov 与 de，机制否决，提交默认 ρ=0（与父节点逐元素一致，nnz==0）。 |
| n32 | n22 | 改进 | 已打分 | 61.7 | +0.0 | 61.7 | 61.9 | 通过 | 12 分 | METHOD |
资源消耗与失败情况
没有改动 8 生成失败 3
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 大模型调用次数 | 失败 | 总用时 | 输入 token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输出 token |
|---|---|---|---|---|---|
| 分析员 | 19 | 0 | 13 分 | 230,830 | 36,661 |
| 工程师 | 22 | 3 | 5 小时 38 分 | 1,180,776 | 392,052 |
| 调研员 | 24 | 0 | 1 小时 2 分 | 320,751 | 145,742 |
| 审查员 | 10 | 0 | 15 分 | 215,486 | 39,828 |
| tune | 24 | 0 | 19 分 | 205,982 | 48,486 |
运行配置与来源
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-202908-search-t1-scr-D 10-02 20:29 · 自动搜索 · T1:val · screen_abcd · D 组 · scr |
|---|---|
| 题目?比赛的哪道题、哪个阶段，例如 T1:val 是第 1 题的验证阶段。 | T1:val |
| 方式?自动搜索：ERA 式搜索树，多个节点不断改进程序；单 Agent：一个 Agent 会话从头做到尾。 | 自动搜索 |
| 搜索目标?这次运行用哪几把尺子、按什么权重合成分数来比较节点；目标不同的运行，最佳分不能直接比。 | X3；终检 X1、X6、X4、X5；护栏 X3；诊断 proxy |
| 状态 | 已结束 |
| 开始 / 结束 | 10-02 20:29 / 10-03 00:42 |
| 用时 | 4 小时 13 分 / 预算 4 小时 30 分 |
| 所在副本?运行目录所在的代码副本（Spark 上 ~/vec 下的哪个目录）。 | 2026_virtual_embryo |
出处?这次运行用的代码、配置、数据和模型的指纹，靠它们可以原样找回并复现。
| 代码版本?运行锁定时代码仓库的 git 提交号；带 +dirty 表示当时有未提交的改动。 | ef9306882c5ce000b0d66dd6ac17a37c661c7ec5 |
|---|---|
| 版本标签?可提交运行在锁定的提交上打的 git 标签 run/<运行编号>，以后能原样找回代码。 | — |
| 配置文件 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-D/config_source.yaml 配置指纹 888074fc95475823 |
| 锁定指纹?启动时把配置、代码、提示词等全部锁定后算出的总指纹。 | 3c989fe9b9e975c4 锁定格式 v8 |
| 运行专用代码副本?启动时为这次运行单独检出的一份只读代码；运行全程只读它，不受主副本更新影响。 | 目录存在 /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-D/code |
| 打分口径指纹?打分器、数据视图、种子等合起来的指纹；指纹相同，分数才能直接比较。 | fb88301e4aba02c2 |
| 数据视图指纹?程序能看到的输入数据文件的指纹，按视图汇总成一个短指纹。 | final：24 个文件，指纹 1ea9a3d2b62ff9fd proxy：19 个文件，指纹 604f04735239a30a test：120 个文件，指纹 ec509deb19934b14 views：2 个文件，指纹 a67144954f88da68 |
| 大模型?每个角色用的大模型；括号里是接口实际报告的模型名。 | 分析员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 工程师：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 调研员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 审查员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） |
| 运行目录 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-D 主机 spark-ad3f |
| 提交账本?notes/changelogs/submissions.tsv：每次上传官网的记录和返回的官网分。 | 第 31 行 · 2026-10-02 · T1:val · 预测文件指纹 b3b1d1868d9465e5 · 官网分 53.4 |
| 迭代报告?运行结束后自动生成的中文复盘报告（notes/reports/runs）。 | 还没有迭代报告 |