节点 n28

Fixing: manual diffusion-distance pseudotime instead of `sc.tl.dpt` (which failed on duplicate obs names), plus `obs_names_make_unique`.

```json
{
  "name": "graph_fate: 伪时间定向kNN图逐细胞后继位移外推",
  "motivation": "当前最佳节点22（rank3=61.92）依赖每型常位移+局部切向展开，covariation仅44.59（四组最弱）。graph_fate的核心差异是逐细胞、图局部的后继状态转移：同型细胞可沿不同分支走向不同后继，有望改善covariation和direction。X3为Qiu心脏早期数据，存在明确分化前沿，适合图方法。此前无graph_fate类draft（本族第1个），提供独立信号。",
  "approach": "步骤：(1) 取HVG（按方差排序，n=2500）；(2) PCA降维至25维；(3) 构建kNN图：两阶段时将E8.5+E9.5细胞合并（obs加stage列），单阶段时仅用E9.5；k=20，metric=cosine；(4) 计算伪时间：sc.tl.diffmap(n_comps=15)→选根（两阶段：E8.5中PC1最小值细胞；单阶段：增殖基因集得分最高的细胞）→sc.tl.dpt()；(5) 对每个待预测细胞（E9.5），在图中找后继邻居：dpt[邻居]>dpt[自身]的那些邻居，权重w∝(dpt_j−dpt_i)；(6) PC空间位移δ_i=Σw·(PC_j−PC_i)/Σw，再乘外推系数α（初值1.5，搜索范围0.5–4.0，步长0.5）；(7) 预测PC=PC_i+α·δ_i；(8) 用PCA loadings反投影回基因空间，加回均值；(9) 稀疏处理：原始为0且预测值<阈值(0.05)的保持0。vec-score快速筛选：先在α∈{1.0,1.5,2.0,3.0}上查分，选最优后确认。单阶段退路：去掉E8.5，仅用E9.5建图，根用增殖得分选；代码路径统一（检查adata.obs中是否有两个stage）。",
  "expected_groups": ["covariation", "direction"],
  "risks": "1) 伪时间方向不准：DPT根选错会导致位移方向反转→Engineer应检查位移向量与E8.5→E9.5均差的余弦相似度，若<0.3说明方向有问题。2) 后继邻居太少（图太稀疏或伪时间分辨率低）：检查每细胞平均后继数，若<3则增大k或降低伪时间阈值。3) 外推过度（α过大）导致离群：检查预测值的方差是否超过输入2倍。4) 30分钟时限：DPT在>5000细胞时可能慢，先子采样3000细胞验证再全量。5) 机制可能只等价于局部平滑（所有细胞位移趋同）：检查位移向量的型内余弦离散度，若>0.95说明没有分化分支信息。",
  "family_id": "graph_fate",
  "mechanism": "在kNN图上用伪时间定向边，每个细胞取伪时间更高的邻居加权平均作为后继方向，沿该方向外推得到下一时间点预测；同型不同细胞可因图局部结构不同而走向不同后继。",
  "vs_constant_shift": "常数位移对同一类型所有细胞施加相同向量；本方法每个细胞的位移由其在图上的局部后继邻域决定，同型细胞若处于分支点则走向不同方向，位移方向和幅度均逐细胞变化。",
  "mechanism_evidence": "Engineer应报告：(1) 位移向量的型内余弦相似度分布（若均值<0.7说明型内有方向分歧，机制生效）；(2) 不同型间位移方向差异；(3) 四组分各自变化（尤其covariation和direction）；(4) 实际改变了多少细胞（位移范数>1e-6的比例）。",
  "mechanism_off_control": "同一程序设α=0（--alpha 0）：位移全为零，输出等于E9.5输入（等价于copy_last）。预期：α=0时四组分与copy_last基线一致；α>0时cell_state和covariation应有变化。若α>0输出与α=0逐元素相同，则机制未运行。"
}
```