运行档案 / T1:val / 10-02 20:29
screen_abcd / B 组
先看终选决定，再沿节点查看方法、代码改动和对话证据。
终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。
n14
本运行目标 60.51（种子 0 单次）
节点?搜索树里的每个候选程序。
20
已打分 19
官网分?官网 P2 返回的真实分数。
49.5
官网 P2 返回
大模型调用次数?各角色（调研员、工程师、分析员、审查员）调用大模型的次数。
61
分析员 17、工程师 18、调研员 18、审查员 8
实际结果与评分依据
搜索目标、护栏和诊断分开阅读。不同真值分片或 seed 的同名尺子保留各自记录。
| 尺子 | 用途 | 分数 | 评分上下文 |
|---|---|---|---|
| X3 | 搜索目标复测 | 60.5 | 真值 B 半 / 3 个 seed均值 |
| X1 | 终检诊断 | 52.2 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X4 | 终检诊断 | 44.4 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X5 | 终检诊断 | 38.6 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X6 | 终检诊断 | 32.3 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| proxy | 诊断记录 | 46.8 | 真值 B 半 / 1 个 seed单次 |
| T1:val | 官网结果 | 49.5 | 提交预测对应的评分 |
来历?终选程序从种子程序一步步改过来的路径，每一步都写了改了什么、分数变了多少。
括号里的分差只表示变化方向，不代表统计显著性。
n2 种子
ot_moscot — Waddington-OT / moscot coupling, one-step displacement extrapolation
搜索目标分 50.65 · X3 50.65 · 3 次复测均分 48.87
审查意见?审查员（Reviewer）检查程序是否越界读取、写死目标或钻评分器漏洞后的意见。 通过 seed (human-written, locked)
↓
n11 改进
local_ot: PCA 空间逐细胞位移 + 残差保留解码（moscot 耦合），λ=3、kNN=30、addnz
搜索目标分 62.24（+11.6） · X3 62.24（+11.6） · 3 次复测均分 60.51
分析员结论?分析员（Analyst）看完分数后写下的第一条经验。：在 PCA 耦合空间做逐细胞位移外推（重心祖先 vs kNN 平滑），λ≈3 时 cell_state 可从 ~50 提到 ~90，而基因空间同样外推（父节点 λ=1）只有 ~50：位移必须在低维耦合空间里算。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——run.py/g37_common.py 仅通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 读视图内数据（run.py:42,74-76），无绝对路径、'..'、/mnt、data/raw、评分器或 src/common/evaluation 访问，无联网代码（grep 全源码无 open/np.load/urllib/
↓
local_ot 逐PC自适应收缩位移（ANOVA shrinkage）：全部 γ/归一化变体显著劣于父节点，默认提交父节点等价配置（γ=0），阴性结果如实报告
搜索目标分 62.24（+0.0） · X3 62.24（+0.0） · 3 次复测均分 60.51
分析员结论：在两输入阶段仅差 ~0.25 天的数据上，ANOVA 式逐 PC 信噪比收缩（Vb/(Vb+γ·Vw)）中 Vb 天然趋零（γ=0.5 时 raw shrink 中位 0.035），任何 γ>0 都等效于全局砍 λ，cell_state 从 89 崩到 ~55，de_recovery 只回收 ~1.5 分——用阶段间均值差估计 PC 级 SNR 在短时间间隔下不可行。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——所有数据访问经 src.task1_temporal.view_io（load_manifest/read_stage/panel_genes，run.py:47、g37_common.py:16），无绝对路径、'..'、/mnt、/home、下载或打分器路径；grep 无 open/np.load/requests/h5py 命中。; 2 硬编码目标统计量：未发现问题——run.py:49-62 仅为超参（
搜索树?每个点是一个节点，连线从父节点指向子节点；颜色表示结果。
蓝色粗线是来历路径；鼠标停在点上看节点，点一下打开节点页。
已打分?程序正常跑完并拿到分数。生成失败?会话没能产出可用的程序。
搜索分数的变化?横轴是从运行开始算起的分钟数，纵轴是到那时为止最好的搜索目标分。
全部节点与对话（20）
| 节点 | 父节点 | 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 状态 | 搜索目标分?搜索用来比较节点的分数（各把尺子按权重合成，种子 0 单次）。 | 比父节点?这个节点的分数减去它父节点的分数；正数是变好。 | X3?用外部公开数据造的同类型题。 | 3 次复测?换 3 个随机种子各跑一次取平均 ± 标准差，比单次分更稳。 | 审查 | 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| n1 | — | 种子 | 已打分 | 47.9 | — | 47.9 | 48.4 | 通过 | 不到 1 分 | seed copy_last |
| n2 | — | 种子 | 已打分 | 50.7 | — | 50.7 | 48.9 | 通过 | 不到 1 分 | ot_moscot — Waddington-OT / moscot coupling, one-step displacement extrapolation |
| n3 | n1 | 改进 | 已打分 | 49.4 | +1.5 | 49.4 | 50.0 | 通过 | 14 分 | 双阶段 KMeans 簇配对 + 经验贝叶斯收缩逐簇漂移（仅 HVG、只作用于非零表达项），α=2.0，单输入时退化为 copy_last。 |
| n4 | n2 | 改进 | 已打分 | 52.4 | +1.7 | 52.4 | 50.4 | 通过 | 17 分 | local_ot: top-k 祖先截断 + 逐细胞位移收缩（λ_base=0.75） |
| n5 | n1 | 改进 | 已打分 | 48.0 | +0.1 | 48.0 | — | 未审查 | 33 分 | 低秩投影逐簇Delta外推：双阶段KMeans簇配对，簇间伪批量差投影到目标簇自身前15个PC并乘α=2.0，仅加到非零表达项，单输入或α=0时逐比特退化为copy_last。 |
| n6 | — | 草稿 | 已打分 | 50.7 | — | 50.7 | 51.2 | 通过 | 30 分 | ot_cfm 族：whiten-PCA(25) 上 minibatch 精确 OT 配对训练 MLP 速度场，自最后输入阻尼 Euler 外推（α=0.65、t 钳 1），PCA 逆变换+逐细胞残差解码；单输入退化为 copy_last。 |
| n7 | n6 | 改进 | 已打分 | 50.7 | +0.0 | 50.7 | — | 未审查 | 17 分 | ot_cfm 位移结构滤波搜索（逐PC分层阻尼×9、平滑指数×2、kNN平滑×2）全部不优于中性滤波，默认提交父节点等价配置并报告阴性结果。 |
| n8 | n2 | 改进 | 已打分 | 62.2 | +11.6 | 62.2 | 60.5 | 通过 | 20 分 | local_ot: 耦合 PCA 空间祖先重心 + 解码放大位移（λ=3.0, ε=1e-3），位移仅沿耦合拟合的 30 维方向 |
| n9 | n7 | 改进 | 已打分 | 54.4 | +3.7 | 54.4 | 53.5 | 未审查 | 24 分 | ot_cfm 潜空间容量与外推强度重调：PCA 25→60、α 0.65→0.85（X3 A 半 50.29→53.46）；PLAN 零掩码软化搜索后证实有害，默认关闭。 |
| n10 | n1 | 改进 | 已打分 | 56.3 | +8.4 | 56.3 | 55.3 | 通过 | 24 分 | OT 耦合 PCA 空间逐细胞位移（top-k 祖先重心）+ 逆变换解码回基因空间，λ=5、ε=1e-3、30 维、仅作用于非零项，单输入或 λ=0 逐比特退化为 copy_last。 |
| n11 | n2 | 改进 | 已打分 | 62.2 | +11.6 | 62.2 | 60.5 | 通过 | 21 分 | local_ot: PCA 空间逐细胞位移 + 残差保留解码（moscot 耦合），λ=3、kNN=30、addnz |
| n12 | n9 | 改进 | 已打分 | 54.4 | +0.0 | 54.4 | — | 未审查 | 25 分 | ot_cfm 训练端正则化搜索：OT 配对目标加噪（熵正则）、steps=800、HVG=2000 全部阴性且单调变差，提交父节点等价默认（pair_sigma=0、steps=1500、dim60、α0.85），关闭对照逐比特一致。 |
| n13 | n3 | 改进 | 已打分 | 49.4 | +0.0 | 49.4 | — | 未审查 | 29 分 | 阴性结果：PLAN 的 PCA 空间逐簇漂移（低秩解码回基因空间）cov +1.7 但 cell_state −2.9，总分全不优于父节点基因空间漂移，提交父节点等价配置。 |
| n14 | n11 | 改进 | 已打分 | 62.2 | +0.0 | 62.2 | 60.5 | 通过 | 20 分 | local_ot 逐PC自适应收缩位移（ANOVA shrinkage）：全部 γ/归一化变体显著劣于父节点，默认提交父节点等价配置（γ=0），阴性结果如实报告 |
| n15 | — | 草稿 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 31 分 | generative_latent draft: 小型高斯 VAE + 潜空间 OT 位移 + 生成式解码 |
| n16 | n12 | 改进 | 已打分 | 54.4 | +0.0 | 54.4 | — | 未审查 | 33 分 | ot_cfm 与 moscot 耦合速度凸组合搜索：原始/幅度匹配/逐步步长保持三种混合共 4 个变体全部低于父节点（covariation 与 cell_state 此消彼长），阴性结果，默认提交父节点等价配置（--moscot-w 0，逐比特一致）。 |
| n17 | n10 | 改进 | 已打分 | 57.1 | +0.8 | 57.1 | 56.2 | 通过 | 29 分 | METHOD |
| n18 | — | 草稿 | 已打分 | 47.6 | — | 47.6 | — | 未审查 | 33 分 | manifold_ode: PCA 潜空间神经 ODE + Sinkhorn 分布匹配 + kNN 流形惩罚 |
| n19 | n4 | 改进 | 已打分 | 52.8 | +0.4 | 52.8 | — | 未审查 | 19 分 | local_ot: 位移幅度秩归一化逐细胞收缩（替代退化的耦合熵信号），λ_base 补偿至 1.0 |
| n20 | n18 | 改进 | 已打分 | 50.3 | +2.7 | 50.3 | — | 未审查 | 20 分 | manifold_ode v2: OT 耦合逐细胞重心位移作速度回归目标，推理位移由耦合方向锚定（α=2.0），Sinkhorn/kNN 流形项降为辅助 |
资源消耗与失败情况
生成失败 1
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 大模型调用次数 | 失败 | 总用时 | 输入 token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输出 token |
|---|---|---|---|---|---|
| 分析员 | 17 | 0 | 13 分 | 201,031 | 37,169 |
| 工程师 | 18 | 3 | 6 小时 12 分 | 1,009,643 | 365,701 |
| 调研员 | 18 | 0 | 48 分 | 240,655 | 110,425 |
| 审查员 | 8 | 0 | 11 分 | 164,043 | 30,071 |
运行配置与来源
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-202908-search-t1-scr-B 10-02 20:29 · 自动搜索 · T1:val · screen_abcd · B 组 · scr |
|---|---|
| 题目?比赛的哪道题、哪个阶段，例如 T1:val 是第 1 题的验证阶段。 | T1:val |
| 方式?自动搜索：ERA 式搜索树，多个节点不断改进程序；单 Agent：一个 Agent 会话从头做到尾。 | 自动搜索 |
| 搜索目标?这次运行用哪几把尺子、按什么权重合成分数来比较节点；目标不同的运行，最佳分不能直接比。 | X3；终检 X1、X6、X4、X5；护栏 X3；诊断 proxy |
| 状态 | 已结束 |
| 开始 / 结束 | 10-02 20:29 / 10-03 00:43 |
| 用时 | 4 小时 14 分 / 预算 4 小时 30 分 |
| 所在副本?运行目录所在的代码副本（Spark 上 ~/vec 下的哪个目录）。 | 2026_virtual_embryo |
出处?这次运行用的代码、配置、数据和模型的指纹，靠它们可以原样找回并复现。
| 代码版本?运行锁定时代码仓库的 git 提交号；带 +dirty 表示当时有未提交的改动。 | ef9306882c5ce000b0d66dd6ac17a37c661c7ec5 |
|---|---|
| 版本标签?可提交运行在锁定的提交上打的 git 标签 run/<运行编号>，以后能原样找回代码。 | — |
| 配置文件 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/config_source.yaml 配置指纹 521db0cf3c82b4b4 |
| 锁定指纹?启动时把配置、代码、提示词等全部锁定后算出的总指纹。 | d56c0200bc957bad 锁定格式 v8 |
| 运行专用代码副本?启动时为这次运行单独检出的一份只读代码；运行全程只读它，不受主副本更新影响。 | 目录存在 /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/code |
| 打分口径指纹?打分器、数据视图、种子等合起来的指纹；指纹相同，分数才能直接比较。 | fb88301e4aba02c2 |
| 数据视图指纹?程序能看到的输入数据文件的指纹，按视图汇总成一个短指纹。 | final：24 个文件，指纹 1ea9a3d2b62ff9fd proxy：19 个文件，指纹 604f04735239a30a test：120 个文件，指纹 a2f6cffa5df8366a views：2 个文件，指纹 a67144954f88da68 |
| 大模型?每个角色用的大模型；括号里是接口实际报告的模型名。 | 分析员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 工程师：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 调研员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 审查员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） |
| 运行目录 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B 主机 spark-ad3f |
| 提交账本?notes/changelogs/submissions.tsv：每次上传官网的记录和返回的官网分。 | 第 26 行 · 2026-10-02 · T1:val · 预测文件指纹 2b0ca86d0ecab62a · 官网分 49.5 |
| 迭代报告?运行结束后自动生成的中文复盘报告（notes/reports/runs）。 | 还没有迭代报告 |