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节点 n16
ot_cfm 与 moscot 耦合速度凸组合搜索:原始/幅度匹配/逐步步长保持三种混合共 4 个变体全部低于父节点(covariation 与 cell_state 此消彼长),阴性结果,默认提交父节点等价配置(--moscot-w 0,逐比特一致)。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-202908-search-t1-scr-B |
|---|---|
| 父节点 | n12 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 54.37(+0.0) · X3 54.37(+0.0) |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 33 分 |
| 程序版本 | ec9057f0fbedc6fca185adeecf0ccdcffaa9213b (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git ec9057f0fb:solution/METHOD.md
ot_cfm 与 moscot 耦合速度凸组合搜索:原始/幅度匹配/逐步步长保持三种混合共 4 个变体全部低于父节点(covariation 与 cell_state 此消彼长),阴性结果,默认提交父节点等价配置(--moscot-w 0,逐比特一致)。
方法族与实现
family_id = ot_cfm。管线同父节点(node 12 默认):whiten-PCA(60) 潜空间 → minibatch 精确 OT 配对训练 MLP 速度场(steps=1500, HVG=2500)→ 阻尼 Euler 外推(α=0.85, t 钳 1)→ PCA 逆变换 + 逐细胞残差 + 硬零掩码解码。单输入阶段退化为 copy_last。
本节点新增(PLAN:moscot 耦合速度锚定,凸组合权重 w):
--moscot-w(默认 0 = 关闭,逐比特父节点):v_final = (1−w)·v_cfm + w·v_mos。- v_mos 计算:对 stage0 细胞(≤3000,同训练子集)与输出细胞(从 stage1 抽样)在潜空间做 log-domain Sinkhorn(代价 = 平方欧氏,ε =
--moscot-eps(1e-3) × 平均代价,一致边际,25 次迭代收敛到 marg_err<1e-13;自写实现,POT 的 sinkhorn_log 在此 ε 下过慢);每个输出细胞取耦合权重 top-k=10 祖先重心 anc_z,v_mos = z_start − anc_z(t-单位,与 v_cfm 同单位;PLAN 写的 /dt 会造成视图间尺度不一致,未采用)。 --moscot-norm 1:v_mos 逐细胞缩放到起点处 |v_cfm|(纯方向锚定,消除幅度混杂)。--moscot-renorm:每个 Euler 步把混合后速度缩放回 |v_cfm|(保持父节点位移幅度,只旋转方向)。
机制证据(X3 视图,seed 0)
- 耦合非退化:v_mos 平均两两余弦 0.040(≪0.9),|v_mos| mean 7.398 std 2.526。
- 两速度方向确实不同:cos(v_cfm, v_mos) 逐细胞 mean 0.348 std 0.133 —— 混合有实质内容。
- 混合确实改变了细胞:位移 mean 8.79(父) → 8.00(w0.3 原始) → 6.09(w0.3 norm) → 5.04(w0.5 norm);renorm 变体位移回到父节点水平但方向被旋转。
- ε=1e-3 时耦合接近硬分配(top-1 列权重 ~0.5,有效祖先数 ~2.5),符合 PLAN 风险 1 的预判;未来若继续可试更大 ε。
对照结果(X3 A 半,seed 0,5 次查分;父节点 A 半 53.46 / cell_state 68.07 / cov 42.14 / de 49.07 / dir 49.40)
| 配置 | board | cell_state | covariation | de_recovery | direction |
|---|---|---|---|---|---|
| w=0.3 原始幅度 | 52.08 | 65.95 | 40.77 | 47.32 | 49.24 |
| w=0.3 幅度匹配 | 52.49 | 65.06 | 43.12 | 48.18 | 49.21 |
| w=0.5 幅度匹配 | 51.62 | 63.07 | 43.36 | 46.90 | 49.20 |
| w=0.5 幅度匹配+逐步 renorm | 52.43 | 66.84 | 40.64 | 47.75 | 49.26 |
| w=0(提交默认) | 53.46 | 68.07 | 42.14 | 49.07 | 49.40 |
机制关闭对照:--moscot-w 0 完全跳过 Sinkhorn 与混合分支,输出与父节点逐比特一致(sha256 52351017830352494d3729284326e77311470e09d6ca6bfb504c39e4240fe688,本节点改动后复验通过),分数即父节点 A 半 53.46。
结论与教训
- 假设不被支持:moscot 耦合速度混入 CFM 速度场不能修复 covariation。四个变体全部低于父节点。
- 结构诊断:在本管线里 covariation 与 cell_state 通过总位移幅度强耦合——凡缩小位移(原始混合、幅度匹配)covariation 升(42.1→43.4)但 cell_state 大跌(68→63-66);保持位移只旋转方向(renorm)则 covariation 反而降到 40.6。说明 local_ot(node 8/11,cov 49.6)的 covariation 优势来自其解码结构(耦合 PCA 空间位移 + λ=3 放大解码),不是耦合方向本身,方向混合搬不过来。
- ot_cfm 族训练端(node 7/9/12)与结构端(本节点)均阴性,54.37 平台确认;后续预算应转向 local_ot 族(62.24)的结构改进。
知识来源与合规
- 未使用任何保留阶段/保留基因型信息、未读 external/(本方法只用两个输入阶段自身的数据)、未用 prior/。方法只用通用最优传输/Sinkhorn 知识(Peyré & Cuturi, Computational Optimal Transport)与父节点已有代码。
- 已验证:X3 视图 seed 0 全部 5 个配置跑通、vec-check 通过、w=0 逐比特对照。未验证:更大 ε(更平滑耦合)、w<0.3、多 seed(提交默认与父节点逐比特相同,父节点已有 rank3 记录)。视图无关性:不读路径/manifest 排版,时间只用差值,w=0 路径与父节点相同(父节点已通过伪装视图检查)。
调研员的计划
| 名称 | ot_cfm 速度场与 moscot 耦合速度凸组合修复 covariation |
|---|---|
| 动机 | 父节点 12 的 covariation=42.29 是四组分最弱项,比 copy_last 的 ~48.4 低 6 分,且训练端正则化三连阴性(node 7/9/12)证明该方向已尽。local_ot(node 8/11)用 moscot 耦合位移达到 covariation 49.61,说明耦合重心位移天然保共变。将 moscot 耦合速度作为锚定与 CFM 速度凸组合,可在保留状态依赖方向的同时抑制速度场在共变结构上的漂移。 |
| 做法 | 在父节点 run.py 基础上新增 --moscot-w 参数(默认 0 = 纯 CFM,逐比特等价父节点)。步骤:(1) 复用已有 whiten-PCA(60) 潜空间,对 stage0/stage1 的 3000 细胞子集跑 Sinkhorn(ε=1e-3×代价尺度,POT ot.sinkhorn,CPU 3000×3000 约 2-5 s);(2) 对每个 stage1 细胞取 top-k=10 祖先重心 anc_z(耦合加权均值);(3) moscot 速度 v_mos = (z1_i − anc_z_i)/dt;(4) CFM 速度 v_cfm 照旧(steps=1500, α=0.85, t 钳 1);(5) 混合速度 v_final = (1−w)·v_cfm + w·v_mos;(6) 外推 z_out = z1 + α·v_final·(t_end−1),PCA 逆变换 + 逐细胞残差 + 硬零掩码解码。搜索序列:w ∈ {0.3, 0.5, 0.7},共 3 次查分 + 1 次基线确认 = 4 次,留余量给最优 w 的复验。单输入阶段退化为 copy_last(不变)。用 vec-score 查 X3 A 半;若 w=0.3 已使 covariation ≥ 45 且 board ≥ 54,锁定;否则继续。 |
| 风险 | 1) moscot 耦合在 60 维空间可能过平滑(ε 太小→近硬分配),导致 v_mos 方向过于集中、cell_state 下降;Engineer 应检查 v_mos 的方向多样性(mean pairwise cos < 0.9)。2) w 过大(0.7)退化为 local_ot,丧失 CFM 状态依赖优势,cell_state 可能从 69.8 跌至 <60;若 w=0.7 时 cell_state < 62 则放弃该格点。3) 3000×3000 Sinkhorn 在 60 维下内存 ~1.4 GB,加原有 1.9 GB 峰值应在 24 GB 内,但若超限可降至 2000 细胞。4) 提升可能 < 2 分噪声;Engineer 应在 w=0.3 和 w=0.5 各查一次确认方向一致性。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 3ea3209ebd。改动的文件:solution/METHOD.md +27 −38、solution/run.py +90 −0
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex f7c9f02..dbc867f 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,53 +1,42 @@-ot_cfm 训练端正则化搜索:OT 配对目标加噪(熵正则)、steps=800、HVG=2000 全部阴性且单调变差,提交父节点等价默认(pair_sigma=0、steps=1500、dim60、α0.85),关闭对照逐比特一致。+ot_cfm 与 moscot 耦合速度凸组合搜索:原始/幅度匹配/逐步步长保持三种混合共 4 个变体全部低于父节点(covariation 与 cell_state 此消彼长),阴性结果,默认提交父节点等价配置(--moscot-w 0,逐比特一致)。 ## 方法族与实现 -`family_id = ot_cfm`,管线与父节点(node 9)逐比特相同:whiten-PCA(60) 潜空间 → minibatch 精确 OT(torchcfm `ExactOptimalTransportConditionalFlowMatcher`)配对 stage0→stage1 训练 MLP 速度场 v(z,t)(steps=1500, batch=64, lr=1e-3, HVG=2500)→ 自最后输入阶段阻尼 Euler 外推(α=0.85、t 钳 1)→ PCA 逆变换 + 逐细胞残差解码 → 硬零掩码。单输入阶段退化为 copy_last。+`family_id = ot_cfm`。管线同父节点(node 12 默认):whiten-PCA(60) 潜空间 → minibatch 精确 OT 配对训练 MLP 速度场(steps=1500, HVG=2500)→ 阻尼 Euler 外推(α=0.85, t 钳 1)→ PCA 逆变换 + 逐细胞残差 + 硬零掩码解码。单输入阶段退化为 copy_last。 -本节点代码改动(两处,均为参数化,默认值 = 父节点行为):+本节点新增(PLAN:moscot 耦合速度锚定,凸组合权重 w): -1. **`--pair-sigma`(PLAN 机制的真实实现)**:训练循环里对每个 minibatch 的 stage1 目标点加高斯噪声 `y1 = T1[i1] + pair_sigma * randn(generator=g)` 后再做精确 OT 配对,即熵正则化配对的近似。噪声用与采样同一个 seeded generator,确定。`pair_sigma=0` 不消耗额外随机数,输出与父节点**逐比特一致**(sha256 `52351017830352494d3729284326e77311470e09d6ca6bfb504c39e4240fe688`,改动前后各验证一次)。-2. **`--sigma`**:把父节点硬编码的 torchcfm `sigma=0.0` 参数化。读 torchcfm 源码发现该 σ 只是条件路径的 σ_min(ut = x1 − (1−σ)·x0,xt 相应微调),**不是** PLAN 假设的"配对时向目标点加高斯噪声";实测 σ=0.01/0.05 时速度场统计几乎不变(|v| mean 3.019→3.026/3.016),是近似 no-op。PLAN 机制因此改由 `--pair-sigma` 实现。+- `--moscot-w`(默认 0 = 关闭,逐比特父节点):v_final = (1−w)·v_cfm + w·v_mos。+- v_mos 计算:对 stage0 细胞(≤3000,同训练子集)与**输出细胞**(从 stage1 抽样)在潜空间做 log-domain Sinkhorn(代价 = 平方欧氏,ε = `--moscot-eps`(1e-3) × 平均代价,一致边际,25 次迭代收敛到 marg_err<1e-13;自写实现,POT 的 sinkhorn_log 在此 ε 下过慢);每个输出细胞取耦合权重 top-k=10 祖先重心 anc_z,v_mos = z_start − anc_z(t-单位,与 v_cfm 同单位;PLAN 写的 /dt 会造成视图间尺度不一致,未采用)。+- `--moscot-norm 1`:v_mos 逐细胞缩放到起点处 |v_cfm|(纯方向锚定,消除幅度混杂)。+- `--moscot-renorm`:每个 Euler 步把混合后速度缩放回 |v_cfm|(保持父节点位移幅度,只旋转方向)。 -提交默认:`pair_sigma=0, sigma=0, steps=1500, dim=60, alpha=0.85, n_hvg=2500`——即 **PLAN 新增机制关闭**(阴性,见下),速度场机制本身打开。+## 机制证据(X3 视图,seed 0) -## 对照结果(X3 A 半,seed 0,共用 5 次查分;父节点 A 半基线 53.46 / covariation 42.14)+- 耦合非退化:v_mos 平均两两余弦 0.040(≪0.9),|v_mos| mean 7.398 std 2.526。+- 两速度方向确实不同:cos(v_cfm, v_mos) 逐细胞 mean 0.348 std 0.133 —— 混合有实质内容。+- 混合确实改变了细胞:位移 mean 8.79(父) → 8.00(w0.3 原始) → 6.09(w0.3 norm) → 5.04(w0.5 norm);renorm 变体位移回到父节点水平但方向被旋转。+- ε=1e-3 时耦合接近硬分配(top-1 列权重 ~0.5,有效祖先数 ~2.5),符合 PLAN 风险 1 的预判;未来若继续可试更大 ε。++## 对照结果(X3 A 半,seed 0,5 次查分;父节点 A 半 53.46 / cell_state 68.07 / cov 42.14 / de 49.07 / dir 49.40) | 配置 | board | cell_state | covariation | de_recovery | direction | |---|---|---|---|---|---|-| 父节点默认(=`--pair-sigma 0`,逐比特) | 53.46 | 68.07 | 42.14 | 49.07 | 49.40 |-| Q1 steps=800, sigma=0 | 51.62 | 61.29 | 43.89 | 48.18 | 49.65 |-| Q2 steps=1500, sigma=0.01(σ_min,no-op) | 53.26 | 67.53 | 41.96 | 49.07 | 49.37 |-| Q4 n-hvg=2000(PLAN 补充探索) | 51.24 | 63.45 | 40.40 | 47.32 | 49.18 |-| P5 **pair-sigma=0.10**(PLAN 机制真实实现) | 51.40 | 63.64 | 40.12 | 47.75 | 49.40 |-| P6 **pair-sigma=0.30** | 49.65 | 60.33 | 38.98 | 45.69 | 49.33 |--结论(对照基线 53.46):-- **steps=800 欠拟合**(−1.84,cell_state 68.1→61.3),触发 PLAN 风险 2 的放弃条件(<52);结合父节点 steps=3000 更差(50.13),steps≈1500 是窄峰,不再扫。-- **torchcfm σ_min 是 no-op**(53.26,噪声内),PLAN 的 sigma 搜索序列(0.01→0.05→0.10)在其原始参数上没有意义,按 PLAN 规则跳过剩余格点。-- **配对加噪(真实熵正则机制)单调有害**:0.10→−2.06,0.30→−3.81,且 covariation(本节点想修的最弱组分)不升反降(42.1→40.1→39.0)。方向明确,无需再测更小值(0.03 只会收敛回基线)。-- **n-hvg=2000 阴性**(−2.22),与父节点 hvg4000 阴性一致,2500 是局部最优。-- 所有 PLAN 方向均无正信号,按 PLAN 风险 4 如实提交父节点等价配置,报告阴性。--## 机制生效证据(pair-sigma 打开时确实改变了速度场,但方向与 PLAN 预期相反)--- 速度场统计(t=1 处 100 个探针细胞):pair_sigma 0 / 0.10 / 0.30 → mean pairwise cos 0.365 / 0.332 / 0.266,|v| mean 3.019 / 3.096 / 3.592,|v| std 0.956 / 0.967 / 1.086。PLAN 预期 cos 略升、std 略降(更平滑);实测 **|v| 与 std 反而增大**——目标加噪直接放大了条件向量 ut = y1 − x0 的方差,回归目标更噪,速度场不是更平滑而是更抖。-- 每细胞位移 ||Δz||(α 阻尼后):mean 8.79 / 9.28 / 11.08,std 3.85 / 4.44 / 4.86,max 42.0 / 38.5 / 44.8。PLAN 预期 max 下降(极端位移减少);实测 max 基本不动、mean/std 上升。-- 未触发 PLAN 风险 1 的退化停止条件(cos 始终 <0.90、|v| std >0.2),即速度场保持状态依赖(cos≈0.27–0.37,非常向量),机制真实生效但破坏了拟合质量,四组分中 cell_state、de_recovery、covariation 同时下降。-- steps=800 时 |v| mean 2.489(vs 1500 的 3.019)、位移 mean 6.34(vs 8.79),确为欠拟合而非平滑化。-- 速度场机制本体的 off 开关 `--ablation zero_velocity` 未重测(本节点未改动积分/解码路径,父节点已测 47.62 vs 50.29)。--## mechanism_off_control+| w=0.3 原始幅度 | 52.08 | 65.95 | 40.77 | 47.32 | 49.24 |+| w=0.3 幅度匹配 | 52.49 | 65.06 | 43.12 | 48.18 | 49.21 |+| w=0.5 幅度匹配 | 51.62 | 63.07 | 43.36 | 46.90 | 49.20 |+| w=0.5 幅度匹配+逐步 renorm | 52.43 | 66.84 | 40.64 | 47.75 | 49.26 |+| **w=0(提交默认)** | **53.46** | 68.07 | 42.14 | 49.07 | 49.40 | -- off = `--pair-sigma 0 --sigma 0 --steps 1500`(提交默认):输出 sha256 `523510178303…` 与父节点 node 9 提交代码在 X3 视图 seed 0 的输出**逐比特一致**(改动后复验通过),确认新代码路径在关闭时零污染。-- on/off 差异见上表:打开(pair_sigma>0)在 X3 A 半上单调变差,故提交保持关闭,符合 PLAN 风险 4 的阴性处理约定。+机制关闭对照:`--moscot-w 0` 完全跳过 Sinkhorn 与混合分支,输出与父节点**逐比特一致**(sha256 `52351017830352494d3729284326e77311470e09d6ca6bfb504c39e4240fe688`,本节点改动后复验通过),分数即父节点 A 半 53.46。 -## 验证与未验证+## 结论与教训 -- 已验证:X3 视图 seed 0 完整跑通(~40 s,CPU,峰值内存与父节点同级 ~1.9 GB);`vec-check` 通过;`--pair-sigma 0` 逐比特复现父节点;新参数不读绝对时间/路径/视图名,噪声走 seeded generator,对 seed 确定、视图无关(伪装视图平移时间不影响任何分支)。-- 未验证:pair_sigma 与 alpha/steps 的交互(配对加噪后 α 重新调优或可部分挽回,但机制本体已 −2 到 −4 分且伤及目标组分 covariation,交互翻盘概率低,未花查分);proxy/proxy2 视图未重跑(管线与父节点逐比特一致,父节点已在两视图跑通)。-- 生物学知识来源:本节点无新增生物学先验,全部改动是训练配置/正则化,`prior/`、`external/` 未使用。+- 假设不被支持:moscot 耦合速度混入 CFM 速度场**不能**修复 covariation。四个变体全部低于父节点。+- 结构诊断:在本管线里 covariation 与 cell_state 通过总位移幅度强耦合——凡缩小位移(原始混合、幅度匹配)covariation 升(42.1→43.4)但 cell_state 大跌(68→63-66);保持位移只旋转方向(renorm)则 covariation 反而降到 40.6。说明 local_ot(node 8/11,cov 49.6)的 covariation 优势来自其**解码结构**(耦合 PCA 空间位移 + λ=3 放大解码),不是耦合方向本身,方向混合搬不过来。+- ot_cfm 族训练端(node 7/9/12)与结构端(本节点)均阴性,54.37 平台确认;后续预算应转向 local_ot 族(62.24)的结构改进。 -## 下一步建议+## 知识来源与合规 -- covariation(本族最弱组分,α0.85 时 42.1 vs copy_last ≈48.4)在训练端正则化方向已三连阴性(node 7 位移滤波、node 9 零掩码软化、本节点配对加噪+步数),建议转向父节点 next_suggestions #1:与 moscot 系基因空间位移做凸组合,或直接改投 local_ot 族(node 8/10,62.24/56.28)的结构。+- 未使用任何保留阶段/保留基因型信息、未读 external/(本方法只用两个输入阶段自身的数据)、未用 prior/。方法只用通用最优传输/Sinkhorn 知识(Peyré & Cuturi, Computational Optimal Transport)与父节点已有代码。+- 已验证:X3 视图 seed 0 全部 5 个配置跑通、vec-check 通过、w=0 逐比特对照。未验证:更大 ε(更平滑耦合)、w<0.3、多 seed(提交默认与父节点逐比特相同,父节点已有 rank3 记录)。视图无关性:不读路径/manifest 排版,时间只用差值,w=0 路径与父节点相同(父节点已通过伪装视图检查)。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 2804df8..a26f869 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -13,6 +13,13 @@ monotonically in pair-sigma (0.10 -> -2.1, 0.30 -> -3.8 vs parent A-half 53.46); *increased* |v| and displacement std instead of smoothing them. Submitted default keeps pair-sigma=0, sigma=0, steps=1500 (parent-equivalent, bit-for-bit, sha 523510178303...). Negative result. Ablation: --ablation zero_velocity zeroes the velocity field -> output equals copy of last stage.+Node 16: PLAN moscot-coupling velocity blend (--moscot-w) implemented and searched: Sinkhorn (log-domain,+eps=1e-3*mean cost) coupling stage0 -> output cells, top-k=10 ancestor barycenter, v_mos = z1 - anc_z;+blended v = (1-w)*v_cfm + w*v_mos with optional magnitude matching (--moscot-norm) and per-step+displacement preservation (--moscot-renorm). All 4 scored variants (w=0.3/0.5) lost board score+(52.08/52.49/51.62/52.43 vs parent A-half 53.46): shrinking displacement lifts covariation but collapses+cell_state; direction-only rotation lowers covariation. Negative result; default --moscot-w 0 skips the+whole branch and reproduces the parent bit-for-bit (sha 523510178303...). Single input stage -> copy_last fallback. CPU only, deterministic given --seed. """ from __future__ import annotations@@ -75,6 +82,19 @@ def main(): help="absolute threshold on the PCA reconstruction (log1p units) to activate a zero position") ap.add_argument("--whiten", action="store_true", default=True) ap.add_argument("--no-whiten", dest="whiten", action="store_false")+ ap.add_argument("--moscot-w", type=float, default=0.0,+ help="blend weight w of moscot (Sinkhorn coupling) empirical velocity: "+ "v = (1-w)*v_cfm + w*v_mos; 0 = pure CFM (parent, bit-for-bit)")+ ap.add_argument("--moscot-k", type=int, default=10,+ help="top-k ancestors per stage1 cell in the coupling for the barycenter")+ ap.add_argument("--moscot-eps", type=float, default=1e-3,+ help="Sinkhorn entropic regularization as a fraction of mean squared-euclidean cost")+ ap.add_argument("--moscot-norm", type=float, default=0.0,+ help="1 = rescale v_mos per cell to the CFM velocity norm at the start point "+ "(pure direction anchor); 0 = raw coupling displacement")+ ap.add_argument("--moscot-renorm", action="store_true",+ help="rescale the blended velocity to the CFM velocity norm at every Euler step "+ "(pure direction rotation, parent displacement magnitude preserved)") args = ap.parse_args() view = args.data@@ -200,6 +220,69 @@ def main(): z_start = z1_all[out_idx] resid_h = X1[out_idx][:, hvg_local] - pca.inverse_transform(z_start).astype(np.float32) + # ---- moscot (Sinkhorn) empirical velocity, node 16 ----+ # For each output cell (sampled from stage1): top-k coupling-weighted ancestor barycenter+ # anc_z in z0 via log-domain Sinkhorn (uniform marginals, cost = sqeuclidean on whitened PCA,+ # eps = --moscot-eps * mean cost). v_mos = z_start - anc_z, in t-units (t spans 0->1 across+ # the input interval, symmetric with v_cfm units).+ w_mos = float(args.moscot_w)+ v_mos_out = None+ if w_mos > 0.0:+ from scipy.special import logsumexp++ z0d = z0.astype(np.float64)+ zd = z_start.astype(np.float64)+ C = ((z0d ** 2).sum(1)[:, None] + (zd ** 2).sum(1)[None, :]+ - 2.0 * (z0d @ zd.T))+ np.maximum(C, 0.0, out=C)+ eps = float(args.moscot_eps) * max(float(C.mean()), 1e-12)+ M = -C / eps+ del C+ la = np.full(z0d.shape[0], -np.log(z0d.shape[0]))+ lb = np.full(zd.shape[0], -np.log(zd.shape[0]))+ f = np.zeros(z0d.shape[0])+ g = np.zeros(zd.shape[0])+ for it in range(2000):+ f = la - logsumexp(M + g[None, :], axis=1)+ g = lb - logsumexp(M + f[:, None], axis=0)+ if it % 25 == 24:+ lw = M + f[:, None] + g[None, :]+ col = np.exp(logsumexp(lw, axis=0))+ err = float(np.abs(col - np.exp(lb)).max() / np.exp(lb[0]))+ del lw, col+ if err < 1e-6:+ break+ log(f"moscot sinkhorn: eps={eps:.4g} iters={it + 1} marg_err={err:.2e}")+ # top-k ancestors per output cell from the column-normalized coupling+ lw = M + f[:, None] + g[None, :]+ lw -= logsumexp(lw, axis=0, keepdims=True) # log column-conditional weights+ k_anc = int(min(args.moscot_k, z0d.shape[0]))+ top = np.argpartition(-lw, k_anc - 1, axis=0)[:k_anc]+ wts = np.take_along_axis(lw, top, axis=0)+ wts = np.exp(wts - wts.max(axis=0, keepdims=True))+ wts /= wts.sum(axis=0, keepdims=True)+ anc_z = np.einsum("kn,knd->nd", wts, z0d[top])+ v_mos_out = (zd - anc_z).astype(np.float32)+ nm = np.linalg.norm(v_mos_out, axis=1)+ pv = v_mos_out[:: max(1, len(v_mos_out) // 100)][:100]+ pvn = pv / np.maximum(np.linalg.norm(pv, axis=1, keepdims=True), 1e-12)+ cos_m = float((pvn @ pvn.T)[np.triu_indices(len(pvn), 1)].mean())+ with torch.no_grad():+ v_cfm0 = net(torch.cat([torch.from_numpy(z_start),+ torch.ones((z_start.shape[0], 1), dtype=torch.float32)], dim=1)).numpy()+ cn = v_cfm0 / np.maximum(np.linalg.norm(v_cfm0, axis=1, keepdims=True), 1e-12)+ mn = v_mos_out / np.maximum(nm[:, None], 1e-12)+ cos_per_cell = (cn * mn).sum(axis=1)+ log(f"moscot: k={k_anc} |v_mos| mean {nm.mean():.3f} std {nm.std():.3f}; "+ f"v_mos mean pairwise cos {cos_m:.3f} (degenerate if >0.9); "+ f"cos(v_cfm, v_mos) per-cell mean {cos_per_cell.mean():.3f} std {cos_per_cell.std():.3f}")+ if float(args.moscot_norm) > 0.0:+ scale = np.linalg.norm(v_cfm0, axis=1, keepdims=True) / np.maximum(nm[:, None], 1e-12)+ v_mos_out = (v_mos_out * scale).astype(np.float32)+ nm = np.linalg.norm(v_mos_out, axis=1)+ log(f"moscot norm-matched: |v_mos| mean {nm.mean():.3f} std {nm.std():.3f}")+ del M, lw, top, wts+ # ---- damped Euler integration t: 1 -> t_end ---- alpha = args.alpha if args.ablation == "zero_velocity":@@ -215,6 +298,13 @@ def main(): tt = min(tt, args.clamp_t) zt = torch.from_numpy(z) v = net(torch.cat([zt, torch.full((z.shape[0], 1), tt, dtype=torch.float32)], dim=1)).numpy()+ if v_mos_out is not None:+ vb = (1.0 - w_mos) * v + w_mos * v_mos_out+ if args.moscot_renorm:+ nv = np.linalg.norm(v, axis=1, keepdims=True)+ nb = np.maximum(np.linalg.norm(vb, axis=1, keepdims=True), 1e-12)+ vb = vb * (nv / nb)+ v = vb z = z + alpha * v * h disp0 = np.linalg.norm(z - z_start, axis=1) log(f"displacement (pre-damping): mean {disp0.mean():.3f} std {disp0.std():.3f} max {disp0.max():.3f}")
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k031 | Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss | 10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT) |
| k041 | Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 2 | 10.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2) |
| k034 | Flow matching and Schrödinger bridges offline: torchcfm (OT-CFM, SF2M), metric FM, DSB | arXiv:2302.00482 (OT-CFM, Tong et al.); arXiv:2307.03672 ([SF]2M); arXiv:2405.14780 (metric flow matching); arXiv:2106.01357 (DSB) |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 在父节点 run.py 新增 --moscot-w 凸组合分支:自写 log-domain Sinkhorn(eps=1e-3×平均代价)耦合 stage0→输出细胞,top-k=10 祖先重心得 v_mos,按 v=(1-w)*v_cfm+w*v_mos 混合,另有幅度匹配(--moscot-norm)与逐步保幅(--moscot-renorm)两个变体。A 半搜索 w=0.3/0.5 共 4 个变体(52.08/52.49/51.62/52.43)全部低于父节点 53.46,最终提交 w=0 默认,与父节点逐比特一致(sha 523510178303...),故榜分与四组分均 +0.00。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内/无变化:69.78 vs 69.78(+0.00) covariation:噪声内/无变化:42.29 vs 42.29(+0.00);探索期变体在 A 半上 covariation 最高 43.36 但 board 反而更低 de_recovery:噪声内/无变化:50.45 vs 50.45(+0.00,提交即父节点等价配置) direction:噪声内/无变化:49.48 vs 49.48(+0.00) |
| family_id | ot_cfm |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 是 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 2 次:bash 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 11,577 · 输出 1,115 · 思考 583 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n16 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/nodes/16/analyst.jsonl 7 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/nodes/16/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次(失败 1 次) |
| 轮数 | 27 |
| 工具调用 | 共 31 次:bash 18、edit 11、read 1、write 1 |
| 用时 | 30 分 |
| token 数 | 输入 58,837 · 输出 11,664 · 思考 11,650 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:ot_cfm 速度场与 moscot 耦合速度凸组合修复 covariation |
| 最后的回答(摘录) | All four variants below parent. Per node 12's precedent, submit parent-equivalent default (w=0) as a negative result. Verify bit-for-bit: |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/nodes/16/engineer.jsonl 154 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/nodes/16/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 2 分 |
| token 数 | 输入 17,070 · 输出 1,117 · 思考 3,908 |
| 任务(第一行) | 为节点 n16(改进,父节点 n12)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | {
"name": "ot_cfm 速度场与 moscot 耦合速度凸组合修复 covariation",
"motivation": "父节点 12 的 covariation=42.29 是四组分最弱项,比 copy_last 的 ~48.4 低 6 分,且训练端正则化三连阴性(node 7/9/12)证明该方向已尽。local_ot(node 8/11)用 moscot 耦合位移达到 covariation 49.61,说明耦合重心位移天然保共变。将 moscot 耦合速度作为锚定与 CFM 速度凸组合,可在保留状态依赖方向的同时抑制速度场在共变结构上的漂移。",
"approach": "在父节点 run.py 基础上新增 --moscot-w 参数(默认 0 = 纯 CFM,逐比特等价父节点)。步骤:(1) 复用已有 whiten-PCA(60) 潜空间,对 stage0/stage1 的 3000 细胞子集跑 Sinkhorn(ε=1e-3×代价尺度,POT ot.sinkhorn,CPU 3000×3000 约 2-5 s);(2) 对每个 stage1 细胞取 top-k=10 祖先重心 anc_z(耦合加权均值);(3) moscot 速度 v_mos = (z1_i − anc_z_i)/dt;(4) CFM 速度 v_cfm 照旧(steps=1500, α=0.85, t 钳 1);(5) 混合速度 v_final = (1−w)·v_cfm + w·v_mos;(6) 外推 z_out = z1 + α·v_final·(t_end−1),PCA 逆变换 + 逐细胞残差 + 硬零掩码解码。搜索序列:w ∈ {0.3, 0.5, 0.7},共 3 次查分 + 1 次基线确认 = 4 次,留余量给最优 w 的复验。单输入阶段退化为 copy_last(不变)。用 vec-score 查 X3 A 半;若 w=0.3 已使 covariation ≥ 45 且 board ≥ 54,锁定;否则继续。",
"expected_groups": ["covariation", "direction"],
"risks": "1) moscot 耦合在 60 维空间可能过平滑(ε 太小→近硬分配),导致 v_mos 方向过于集中、cell_state 下降;Engineer 应检查 v_mos 的方向多样性(mean pairwise cos < 0.9)。2) w 过大(0.7)退化为 local_ot,丧失 CFM 状态依赖优势,cell_state 可能从 69.8 跌至 <60;若 w=0.7 时 cell_state < 62 则放弃该格点。3) 3000×3000 Sinkhorn 在 60 维下内存 ~1.4 GB,加原有 1.9 GB 峰值应在 24 GB 内,但若超限可降至 2000 细胞。4) 提升可能 < 2 分噪声;Engineer 应在 w=0.3 和 w=0.5 各查一次确认方向一致性。",
"family_id": "ot_cfm",
"mechanism": "学习到的状态依赖速度场 v_cfm(z,t) 仍是核心驱动;moscot 耦合提供的经验速度 v_mos 作为锚定分量按权重 w 混入,抑制速度场在基因共变方向上的过冲。",
"vs_constant_shift": "速度随每个细胞在潜空间的位置变化(CFM 是状态相关的非线性场),混合权重 w 是全局的但两个速度分量都是逐细胞向量;不是每型加同一个常数位移。",
"mechanism_evidence": "1) 报告 v_cfm 与 v_mos 的逐细胞余弦相似度分布(若全为 1 则混合无意义);2) 混合后逐细胞位移 ||Δz|| 的 mean/std 应介于纯 CFM(8.79/3.85)与纯 moscot 之间;3) 四组分各自变化:预期 covariation +3~6、cell_state −2~5、de_recovery 持平、direction 持平或略升;4) 位移在型内的离散程度(速度场不能退化为常数)。",
"mechanism_off_control": "--moscot-w 0:完全跳过 Sinkhorn 和混合步骤,代码路径与父节点逐比特一致(可用 sha256 校验)。预期:输出与父节点相同,分数 53.46(A 半)。若 w=0 输出有任何差异则实现有 bug。",
"sources": []
} |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/nodes/16/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-B/nodes/16/researcher.stderr |