运行档案 / T1:val / 10-02 20:29
screen_abcd / A 组
先看终选决定，再沿节点查看方法、代码改动和对话证据。
终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。
n19
本运行目标 62.98（种子 0 单次）
节点?搜索树里的每个候选程序。
22
已打分 21
官网分?官网 P2 返回的真实分数。
52.0
官网 P2 返回
大模型调用次数?各角色（调研员、工程师、分析员、审查员）调用大模型的次数。
67
分析员 19、工程师 20、调研员 20、审查员 8
实际结果与评分依据
搜索目标、护栏和诊断分开阅读。不同真值分片或 seed 的同名尺子保留各自记录。
| 尺子 | 用途 | 分数 | 评分上下文 |
|---|---|---|---|
| X3 | 搜索目标复测 | 63.0 | 真值 B 半 / 3 个 seed均值 |
| X1 | 终检诊断 | 46.7 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X4 | 终检诊断 | 48.0 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X5 | 终检诊断 | 45.1 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| X6 | 终检诊断 | 50.0 | 全部真值 / 1 个 seed单次 |
| proxy | 诊断记录 | 50.0 | 真值 B 半 / 1 个 seed单次 |
| T1:val | 官网结果 | 52.0 | 提交预测对应的评分 |
来历?终选程序从种子程序一步步改过来的路径，每一步都写了改了什么、分数变了多少。
括号里的分差只表示变化方向，不代表统计显著性。
n1 种子
seed copy_last
搜索目标分 47.92 · X3 47.92 · 3 次复测均分 48.45
审查意见?审查员（Reviewer）检查程序是否越界读取、写死目标或钻评分器漏洞后的意见。 通过 seed (human-written, locked)
↓
n4 改进
按细胞型在 PCA(25维,2500HVG) 空间估计两输入阶段均值差，方差收缩后乘时间比逐细胞加到最后阶段非零表达上（clip≥0）；单输入退路 copy_last。
搜索目标分 56.16（+8.2） · X3 56.16（+8.2） · 3 次复测均分 56.56
分析员结论?分析员（Analyst）看完分数后写下的第一条经验。：两阶段全局均值差被细胞组成变化污染：全局低秩位移（46.83）反而低于父节点 copy_last（47.92）且 de_direction 为负；改成按细胞型配对求差后 de_recovery 43.8→51.0（X3 本地）。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题。run.py 仅通过 view_io 的 load_manifest/inputs_by_time/read_stage/panel_genes/covered_mask 读视图内输入（run.py:60-83），无绝对路径、无 .. / /mnt / data/raw，未读 external/（X3 manifest 列了 external 但代码未使用）、未读目标阶段文件、无联网。; 2 硬编码目标统计量：
↓
n5 改进
在父节点分型 PCA 均值外推上叠加"形状演化"：按细胞型估计各 PC 两阶段方差比，收缩后乘时间比、只允许扩张（r≥1），逐细胞缩放其在 PC 空间偏离型心的残差，使型内分布展宽、共变结构随时间演化。
搜索目标分 58.56（+2.4） · X3 58.56（+2.4） · 3 次复测均分 59.11
分析员结论：在均值外推上叠加'只扩张'的型内方差比缩放（r_t clip 下界 1.0）+ 大放大系数（β=3）能显著改善 cell_state（+10，mmd_u 0.0218→0.0176），说明目标阶段分布比最后输入阶段更展宽，扩张型形状演化直接改善分布匹配。
审查意见 通过 1 越界读取：未发现问题——run.py 只通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes/covered_mask 读取 --data 视图内文件（run.py:31-41,77-100），无绝对路径、..、/mnt、/home、data/raw、downloads、打分器或 src/common/evaluation 引用，无联网。; 2 硬编
↓
n7 改进
低秩形状演化改为各向同性扩张（型内方差加权平均的单一扩张系数，保留加性非零掩码解码），替代父节点的逐 PC 各向异性缩放；PLAN 指定的乘性解码 x·exp(δ/x) 已实现并全扫 β，实测劣于加性，如实报告后不采用。
搜索目标分 59.00（+0.4） · X3 59.00（+0.4） · 3 次复测均分 59.60
分析员结论：在 X3 A 半上，把形状解码从加性+非零掩码换成乘性 x·exp(δ/x)（β=1..5 全扫）后 covariation 为 41.4–46.8、全部 <47（β=0 对照 47.7），且总分峰值 56.95 低于加性 57.33 → 掩码非线性不是 covariation 受损主因，损伤来自展宽本身，换解码形式无用。
↓
n14 改进
在 node 7（iso-add β=3）之上加逐 PC 方差重归一 + PC 子空间部分重投影（blend m=0.3）：对被形状化 5 型的预测细胞，把 PC 残差按 (1+c)²·var_obs/var_pred 向目标方差校正，再以 0.3 权重向 25 维 PC 重构收缩，非零掩码 + clip≥0 保持支撑；X3 A 半 seed0/1 = 61.60/61.00（父 57.67/57
搜索目标分 62.60（+3.6） · X3 62.60（+3.6） · 3 次复测均分 62.40
分析员结论：PLAN 的因果假设被证伪：实测 ratio_k=var_pred/var_target 全部 >1（各型 median 1.12–1.48，AVC-CM max 2.98），即 clip/掩码解码后型内 PC 方差低于扩张目标，但纯方差校正（delta 解码，w=0.3→1.0）使 covariation 单调下降 45.2→44.5——把各 PC 方差推向 (1+c)²·var_obs 会放大高序号 PC 的噪声占比，不是 covariation 受损主因。
审查意见 通过 检查1(越界读取): run.py 仅通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 等读取输入，全文无 open()、绝对路径、..、/mnt、/home、data/raw、downloads、联网或对打分器/src.common.evaluation 的访问，未发现越界读取。; 检查2(硬编码目标统计量): 所有数值均为超参(LOWRANK_T
↓
n17 改进
实测 PLAN 两机制均无增益：逐 PC 衰减使垂直收缩趋零而大幅恶化，范围扩展只多 9 细胞；提交改为 β=4 扩张 × m=0.3 blend 交互配置，双种子略优于父节点。
搜索目标分 63.21（+0.6） · X3 63.21（+0.6） · 3 次复测均分 62.98
分析员结论：在 blend 低秩收缩框架下引入逐 PC 指数衰减（decay<1）时，垂直分量权重 m_perp=m·decay^25 趋零（0.02–0.08），而 covariation 的主杠杆恰是垂直分量收缩（基因空间去噪），结果总分从 61.6 掉到 57.8–59.2；即使只衰减 Δz 保留 m_perp（BLEND_PERP=1）仍劣于等权（61.32/60.97 vs 61.60），说明高序号 PC 的方差校正增量也有正贡献。
审查意见 通过 检查1 越界读取：未发现问题——run.py 仅通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 读取 args.data 视图内文件（run.py:87-102），无绝对路径、'..'、/mnt、/home、打分器路径，无联网代码。; 检查2 硬编码目标统计量：未发现问题——无任何写死的细胞类型名、比例、细胞数或基因列表；细胞型来自 labels_
↓
解耦 blend 为垂直收缩(m_perp)与方差校正(m_var)两独立权重并扫描 9+4 组；实测 m_perp=0.3 仍是峰（提高 m_perp 用 cell_state 换 covariation，净负），提交默认=父节点配置（逐位相同），阴性结果如实报告。
搜索目标分 63.21（+0.0） · X3 63.21（+0.0） · 3 次复测均分 62.98
分析员结论：在 X3 上把 blend 垂直收缩权重 m_perp 从 0.3 提到 0.4/0.5，covariation 单调升 +2.2/+3.8 但 cell_state 降 −1.8/−5.7，总分净负：垂直去噪与低秩收缩在 cell_state 上强耦合，无法独立加强。
审查意见 通过 检查1（越界读取）：未发现问题——run.py 仅通过 view_io（load_manifest/read_stage/panel_genes 等）以 args.data 为根读取输入阶段与基因面板（run.py:34-44,87-102），无绝对路径、'..'、/mnt、/home、data/raw、打分器路径，无任何网络访问。; 检查2（硬编码目标统计量）：未发现问题——代码中的数值常量均为算法超参数（tau=0.3、alpha=
搜索树?每个点是一个节点，连线从父节点指向子节点；颜色表示结果。
蓝色粗线是来历路径；鼠标停在点上看节点，点一下打开节点页。
已打分?程序正常跑完并拿到分数。生成失败?会话没能产出可用的程序。
搜索分数的变化?横轴是从运行开始算起的分钟数，纵轴是到那时为止最好的搜索目标分。
全部节点与对话（22）
| 节点 | 父节点 | 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 状态 | 搜索目标分?搜索用来比较节点的分数（各把尺子按权重合成，种子 0 单次）。 | 比父节点?这个节点的分数减去它父节点的分数；正数是变好。 | X3?用外部公开数据造的同类型题。 | 3 次复测?换 3 个随机种子各跑一次取平均 ± 标准差，比单次分更稳。 | 审查 | 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| n1 | — | 种子 | 已打分 | 47.9 | — | 47.9 | 48.4 | 通过 | 不到 1 分 | seed copy_last |
| n2 | — | 种子 | 已打分 | 50.7 | — | 50.7 | 48.9 | 通过 | 不到 1 分 | ot_moscot — Waddington-OT / moscot coupling, one-step displacement extrapolation |
| n3 | n2 | 改进 | 已打分 | 51.0 | +0.3 | 51.0 | 49.7 | 通过 | 19 分 | local_ot：moscot 耦合位移场双侧 kNN(K=100) 平滑后外推；生长重采样与 addnz 解码不变 |
| n4 | n1 | 改进 | 已打分 | 56.2 | +8.2 | 56.2 | 56.6 | 通过 | 20 分 | 按细胞型在 PCA(25维,2500HVG) 空间估计两输入阶段均值差，方差收缩后乘时间比逐细胞加到最后阶段非零表达上（clip≥0）；单输入退路 copy_last。 |
| n5 | n4 | 改进 | 已打分 | 58.6 | +2.4 | 58.6 | 59.1 | 通过 | 22 分 | 在父节点分型 PCA 均值外推上叠加"形状演化"：按细胞型估计各 PC 两阶段方差比，收缩后乘时间比、只允许扩张（r≥1），逐细胞缩放其在 PC 空间偏离型心的残差，使型内分布展宽、共变结构随时间演化。 |
| n6 | — | 草稿 | 生成失败 | — | — | — | — | 未审查 | 33 分 | OT-CFM 最小版：共享 PCA 小速度场 + 阻尼外推，零速度关闭对照 |
| n7 | n5 | 改进 | 已打分 | 59.0 | +0.4 | 59.0 | 59.6 | 未审查 | 19 分 | 低秩形状演化改为各向同性扩张（型内方差加权平均的单一扩张系数，保留加性非零掩码解码），替代父节点的逐 PC 各向异性缩放；PLAN 指定的乘性解码 x·exp(δ/x) 已实现并全扫 β，实测劣于加性，如实报告后不采用。 |
| n8 | n4 | 改进 | 已打分 | 56.7 | +0.5 | 56.7 | 57.2 | 未审查 | 11 分 | 父节点分型 PCA 均值外推上叠加 Ledoit-Wolf 协方差差低秩校正（γ=0.4, k=3）：按细胞型取两阶段 25 维 PC 协方差差 D 的前 3 特征方向，对细胞残差加性一步外推，逆投影只加到非零元素上。 |
| n9 | n5 | 改进 | 已打分 | 58.6 | +0.0 | 58.6 | — | 未审查 | 13 分 | 按 PLAN 实现并验证"shape delta 施加到全部 HVG 位置"的解码：零位置的稠密施加使 covariation 单调恶化（45.2→30.6），零阈值扫描确认父节点的非零掩码解码是该轴最优，故按 PLAN 第 4 步回退（默认 LOWRANK_SHAPE_ALLH |
| n10 | n7 | 改进 | 已打分 | 59.3 | +0.3 | 59.3 | 58.8 | 未审查 | 34 分 | 低秩形状演化改为各向同性扩张（型内方差加权平均的单一扩张系数，保留加性非零掩码解码），替代父节点的逐 PC 各向异性缩放；PLAN 指定的乘性解码 x·exp(δ/x) 已实现并全扫 β，实测劣于加性，如实报告后不采用。 |
| n11 | n9 | 改进 | 已打分 | 59.0 | +0.4 | 59.0 | 59.6 | 未审查 | 24 分 | 形状演化由逐PC各向异性改为各向同性单一扩张系数（型内方差加权、β=3、保留非零掩码解码），采用 node7 已验证机制作提交默认；PLAN 的 top-k PC 选择与相关校正已实现并实测无增益，默认关闭。 |
| n12 | n7 | 改进 | 已打分 | 59.5 | +0.5 | 59.5 | 60.0 | 未审查 | 18 分 | 对被形状化细胞型的 PC 残差做迹保持白化-再着色协方差锚定（Σ_target=(1−w)Σ_pred+wΣ_obs，w=0.1），并把各向同性扩张系数 β 提到 4 以补偿 cell_state；w=0 时精确复现父节点。 |
| n13 | n11 | 改进 | 已打分 | 59.0 | +0.0 | 59.0 | 59.6 | 未审查 | 19 分 | 在父节点（ISO β=3）之上加 PC 空间型内协方差校正块（COVAR_FIX2）：对 5 个 shaped 类型用 last 阶段型内协方差做白化-再着色，默认提交配置为相关结构校正（MODE=1, W=1.0，保各 PC 方差）；实测 covariation 组对该机制不敏 |
| n14 | n7 | 改进 | 已打分 | 62.6 | +3.6 | 62.6 | 62.4 | 通过 | 29 分 | 在 node 7（iso-add β=3）之上加逐 PC 方差重归一 + PC 子空间部分重投影（blend m=0.3）：对被形状化 5 型的预测细胞，把 PC 残差按 (1+c)²·var_obs/var_pred 向目标方差校正，再以 0.3 权重向 25 维 PC 重构收 |
| n15 | — | 草稿 | 已打分 | 48.5 | — | 48.5 | — | 未审查 | 24 分 | VAE(2500 HVG, latent15) 学两输入阶段配对细胞型的 latent 位移 δ(z)=Wz+b（ridge λ=1），按时间比外推 z，用解码器差值 dec(z_pred)−dec(z_last) 加到最后阶段非零 HVG 上（w=0.5）。 |
| n16 | n15 | 改进 | 已打分 | 52.1 | +3.6 | 52.1 | — | 未审查 | 27 分 | VAE(latent20) 上用同型 kNN 细胞级配对拟合位置依赖位移场 δ(z)=Wz+b（型内/型间 sd 比 0.98，父节点 0.08），再用 ridge 把 δ 校准到实测型级伪批量差的线性读出 G，按时间比外推、只加到最后阶段非零 HVG 位点（w=1.5）。 |
| n17 | n14 | 改进 | 已打分 | 63.2 | +0.6 | 63.2 | 63.0 | 通过 | 23 分 | 实测 PLAN 两机制均无增益：逐 PC 衰减使垂直收缩趋零而大幅恶化，范围扩展只多 9 细胞；提交改为 β=4 扩张 × m=0.3 blend 交互配置，双种子略优于父节点。 |
| n18 | — | 草稿 | 已打分 | 48.0 | — | 48.0 | — | 未审查 | 29 分 | manifold_ode：25维PCA潜空间里训练小型非自治MLP速度场v(z,t)（Sinkhorn分布匹配+kNN流形约束），从最后输入阶段阻尼外推(γ)到目标，解码时潜空间位移只加到原细胞非零HVG位置。 |
| n19 | n17 | 改进 | 已打分 | 63.2 | +0.0 | 63.2 | 63.0 | 通过 | 14 分 | 解耦 blend 为垂直收缩(m_perp)与方差校正(m_var)两独立权重并扫描 9+4 组；实测 m_perp=0.3 仍是峰（提高 m_perp 用 cell_state 换 covariation，净负），提交默认=父节点配置（逐位相同），阴性结果如实报告。 |
| n20 | n19 | 改进 | 已打分 | 63.2 | +0.0 | 63.2 | 63.0 | 通过 | 15 分 | 实现按型置信度收缩（c_t=n/(n+κ) 向全局位移收缩）与 SE 裁剪两个机制；X3 实测两者均单调降低总分与 direction，任何对型级位移幅度的衰减都有害，提交默认=父配置（逐位相同），阴性结果如实报告。 |
| n21 | n18 | 改进 | 已打分 | 48.0 | +0.0 | 48.0 | — | 未审查 | 26 分 | manifold_ode 改进：外推积分每个 RK4 子步后向 E9.5 观测潜流形做 kNN(K=5) 锚定投影（blend α）；实测 α>0 均不涨分且 α≥0.3 显著变差，提交默认 α=0（逐位复现父节点 node 18），阴性结果如实报告。 |
| n22 | n20 | 改进 | 已打分 | 63.2 | +0.0 | 63.2 | 63.0 | 通过 | 14 分 | 实测 PLAN 置信度放大机制（α_t=α(1+γc_t)）与两个补充机制均单调劣于父：γ=0.5→59.53、保范数方向正则 w=0.5/1.0→60.61/59.81、全局 α=2.0/1.6→61.57/62.00（父 α=1.8→62.06），位移幅度与方向均为两侧最优， |
资源消耗与失败情况
生成失败 1
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 大模型调用次数 | 失败 | 总用时 | 输入 token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输出 token |
|---|---|---|---|---|---|
| 分析员 | 19 | 0 | 15 分 | 242,361 | 43,194 |
| 工程师 | 20 | 2 | 6 小时 5 分 | 1,153,324 | 427,797 |
| 调研员 | 20 | 0 | 52 分 | 300,953 | 125,768 |
| 审查员 | 8 | 0 | 9 分 | 170,522 | 24,485 |
运行配置与来源
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-202907-search-t1-scr-A 10-02 20:29 · 自动搜索 · T1:val · screen_abcd · A 组 · scr |
|---|---|
| 题目?比赛的哪道题、哪个阶段，例如 T1:val 是第 1 题的验证阶段。 | T1:val |
| 方式?自动搜索：ERA 式搜索树，多个节点不断改进程序；单 Agent：一个 Agent 会话从头做到尾。 | 自动搜索 |
| 搜索目标?这次运行用哪几把尺子、按什么权重合成分数来比较节点；目标不同的运行，最佳分不能直接比。 | X3；终检 X1、X6、X4、X5；护栏 X3；诊断 proxy |
| 状态 | 已结束 |
| 开始 / 结束 | 10-02 20:29 / 10-03 00:32 |
| 用时 | 4 小时 3 分 / 预算 4 小时 30 分 |
| 所在副本?运行目录所在的代码副本（Spark 上 ~/vec 下的哪个目录）。 | 2026_virtual_embryo |
出处?这次运行用的代码、配置、数据和模型的指纹，靠它们可以原样找回并复现。
| 代码版本?运行锁定时代码仓库的 git 提交号；带 +dirty 表示当时有未提交的改动。 | ef9306882c5ce000b0d66dd6ac17a37c661c7ec5 |
|---|---|
| 版本标签?可提交运行在锁定的提交上打的 git 标签 run/<运行编号>，以后能原样找回代码。 | — |
| 配置文件 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/config_source.yaml 配置指纹 4a0a53e98113ea2c |
| 锁定指纹?启动时把配置、代码、提示词等全部锁定后算出的总指纹。 | c599c6848b218e45 锁定格式 v8 |
| 运行专用代码副本?启动时为这次运行单独检出的一份只读代码；运行全程只读它，不受主副本更新影响。 | 目录存在 /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/code |
| 打分口径指纹?打分器、数据视图、种子等合起来的指纹；指纹相同，分数才能直接比较。 | fb88301e4aba02c2 |
| 数据视图指纹?程序能看到的输入数据文件的指纹，按视图汇总成一个短指纹。 | final：24 个文件，指纹 1ea9a3d2b62ff9fd proxy：19 个文件，指纹 604f04735239a30a test：120 个文件，指纹 105881b1e7c248f9 views：2 个文件，指纹 a67144954f88da68 |
| 大模型?每个角色用的大模型；括号里是接口实际报告的模型名。 | 分析员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 工程师：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 调研员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） 审查员：alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max （接口报告 qwen3.8-max） |
| 运行目录 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A 主机 spark-ad3f |
| 提交账本?notes/changelogs/submissions.tsv：每次上传官网的记录和返回的官网分。 | 第 25 行 · 2026-10-02 · T1:val · 预测文件指纹 487845827f6d1f6c · 官网分 52.0 |
| 迭代报告?运行结束后自动生成的中文复盘报告（notes/reports/runs）。 | 还没有迭代报告 |