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节点 n6

OT-CFM 最小版:共享 PCA 小速度场 + 阻尼外推,零速度关闭对照

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-202907-search-t1-scr-A
父节点(种子,没有父节点)
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。草稿
状态生成失败
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。33 分
程序版本— (programs.git)
备注missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称OT-CFM 最小版:共享 PCA 小速度场 + 阻尼外推,零速度关闭对照
动机draft ot_cfm。当前最佳节点 4(rank3 56.56)证明 PCA 低秩位移解码有效:cell_state 49.68→67.95(+18.27)、de_recovery 44.09→54.37(+10.28),但其位移是每细胞型常向量,direction 仅 50.37(噪声内)、covariation 47.97 最弱。节点 2/3 的 OT 耦合重心位移 direction 也只有 ~49–50,且节点 3 加 kNN 平滑后 covariation −5.84、de_recovery −3.92。本节点测试:用 minibatch-OT 配对学一个随细胞状态变化的速度场(OT-CFM),在同一 PCA+残差解码框架下,能否给出比每型常向量更有方向信息的位移。
做法1) 预处理(照搬节点 4 的成熟管线):按视图 manifest 时间排序取两个输入阶段;两阶段合并选 2500 HVG、拟合共享 PCA 25 维,得到早阶段 Z0 与晚阶段 Z1;所有阶段名/绝对时间只用相对差 Δt。若视图只有一个输入阶段:无法训练,直接退路 copy_last。2) 训练(上限约 5 分钟):每阶段抽样 ≤3000 细胞;首选 torchcfm 1.0.7 的 ExactOptimalTransportConditionalFlowMatcher(sigma=0.0),batch=256 内精确 OT 配对,t,xt,ut=fm.sample_location_and_conditional_flow(z0,z1),loss=MSE(v([xt,t]),ut);v 为小 MLP[26→64→64→25],SiLU,Adam lr=1e-3,800 步(可搜 400–2000)。若 torchcfm API 不顺,立即改 20 行手写版:batch 内平方欧代价 + ot.emd 配对,t~U(0,1),xt=(1-t)z0+t·z1,ut=z1-z0,同一损失。不要在此纠缠超过 5 分钟。3) 外推:对晚阶段全部细胞,用 v(z, t=1.0 钳制) 做 n=4 步 Euler 积分,总步长 s = damp·Δt_out/Δt_in;damp 初值 0.8,搜 {0.5, 0.8, 1.0, 1.2}。t 钳制在 1 避免时间外推 OOD;这是 k034 建议的 local-velocity 退路。4) 解码(沿用被证明有效的保稀疏支撑方式):HVG 位移 d=(z_pred−z_last)@components_(注意反缩放),X_out = X_last + d 只作用于该细胞已有非零元素,clip≥0;非 HVG 基因不动;输出基因面板读视图 genes.txt,不得硬编码。5) 关闭对照:环境变量 G_MECH_OFF=1 时速度恒零→z_pred=z_last→输出与 copy_last 逐元素相同,须验证 max|diff|=0。6) 本地检查与查分:先跑 off-control(应≈48,1 次查询);再跑 s∈{0.5,0.8,1.0} 三次查询挑最好;最好的配置复跑 1–2 次确认超过 off-control ≥3 分(T1 噪声约 2 分)才算有信号;总查询 ≤8 次。同时离线打印:每基因方差比(输出/晚输入)、零值比例变化、每型内位移向量 SD 与型均值位移模长之比。程序不得按视图/路径/池子大小切换行为。
风险1) 越过训练区间外推过冲:只有 [0,1] 一段训练数据,t=1→2 属 OOD——用 t 钳制+damp≤1 缓解;Engineer 若见位移模长分布长尾或每基因方差比 >1.5,先降 damp。2) 速度场退化成每型常向量:看型内位移 SD/型均值模长比,接近 0 即退化,如实报告 draft 失败。3) 解码改非零支撑以外元素会伤 covariation(节点 3 教训),故默认保支撑;若 covariation 明显下降(>2 分)不要扩大稠密加法。4) torchcfm/torchdyn 版本 API 不符:手写回退 20 行即可,勿恋战。5) 30 分钟时限:训练设硬墙(800 步或 5 分钟),先 500 细胞冒烟再全量。6) X3 与训练视图同源格式但为外部数据,不做任何视图特判;若分数与 copy_last 差 <2 分视为噪声内。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k034Flow matching and Schrödinger bridges offline: torchcfm (OT-CFM, SF2M), metric FM, DSBarXiv:2302.00482 (OT-CFM, Tong et al.); arXiv:2307.03672 ([SF]2M); arXiv:2405.14780 (metric flow matching); arXiv:2106.01357 (DSB)
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)
k009Conditional / OT flow matching for population transportarXiv:2210.02747 (Lipman et al., Flow Matching for Generative Modeling)

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次(失败 1 次)
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。36
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 38 次:bash 29、edit 8、write 1
用时30 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 66,439 · 输出 10,219 · 思考 9,011
任务(第一行)按计划修改程序:OT-CFM 最小版:共享 PCA 小速度场 + 阻尼外推,零速度关闭对照
最后的回答(摘录)
机制开启 47.88 vs 关闭 47.62 — 噪声范围内;协方差下降。用 damp 扫描来检查位移幅度是否有帮助。
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/6/engineer.jsonl 228 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/6/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时3 分
token 数输入 9,249 · 输出 1,506 · 思考 5,311
任务(第一行)为节点 n6(草稿,父节点 nNone)写改进计划 PLAN.json,思路 ot_cfm
最后的回答(摘录)
胞;首选 torchcfm 1.0.7 的 ExactOptimalTransportConditionalFlowMatcher(sigma=0.0),batch=256 内精确 OT 配对,t,xt,ut=fm.sample_location_and_conditional_flow(z0,z1),loss=MSE(v([xt,t]),ut);v 为小 MLP[26→64→64→25],SiLU,Adam lr=1e-3,800 步(可搜 400–2000)。若 torchcfm API 不顺,立即改 20 行手写版:batch 内平方欧代价 + ot.emd 配对,t~U(0,1),xt=(1-t)z0+t·z1,ut=z1-z0,同一损失。不要在此纠缠超过 5 分钟。3) 外推:对晚阶段全部细胞,用 v(z, t=1.0 钳制) 做 n=4 步 Euler 积分,总步长 s = damp·Δt_out/Δt_in;damp 初值 0.8,搜 {0.5, 0.8, 1.0, 1.2}。t 钳制在 1 避免时间外推 OOD;这是 k034 建议的 local-velocity 退路。4) 解码(沿用被证明有效的保稀疏支撑方式):HVG 位移 d=(z_pred−z_last)@components_(注意反缩放),X_out = X_last + d 只作用于该细胞已有非零元素,clip≥0;非 HVG 基因不动;输出基因面板读视图 genes.txt,不得硬编码。5) 关闭对照:环境变量 G_MECH_OFF=1 时速度恒零→z_pred=z_last→输出与 copy_last 逐元素相同,须验证 max|diff|=0。6) 本地检查与查分:先跑 off-control(应≈48,1 次查询);再跑 s∈{0.5,0.8,1.0} 三次查询挑最好;最好的配置复跑 1–2 次确认超过 off-control ≥3 分(T1 噪声约 2 分)才算有信号;总查询 ≤8 次。同时离线打印:每基因方差比(输出/晚输入)、零值比例变化、每型内位移向量 SD 与型均值位移模长之比。程序不得按视图/路径/池子大小切换行为。",
 "expected_groups": ["direction", "cell_state"],
 "risks": "1) 越过训练区间外推过冲:只有 [0,1] 一段训练数据,t=1→2 属 OOD——用 t 钳制+damp≤1 缓解;Engineer 若见位移模长分布长尾或每基因方差比 >1.5,先降 damp。2) 速度场退化成每型常向量:看型内位移 SD/型均值模长比,接近 0 即退化,如实报告 draft 失败。3) 解码改非零支撑以外元素会伤 covariation(节点 3 教训),故默认保支撑;若 covariation 明显下降(>2 分)不要扩大稠密加法。4) torchcfm/torchdyn 版本 API 不符:手写回退 20 行即可,勿恋战。5) 30 分钟时限:训练设硬墙(800 步或 5 分钟),先 500 细胞冒烟再全量。6) X3 与训练视图同源格式但为外部数据,不做任何视图特判;若分数与 copy_last 差 <2 分视为噪声内。",
 "family_id": "ot_cfm",
 "mechanism": "在共享 PCA(25) 中,用 minibatch 精确 OT 配对的两个输入阶段训练时间条件小速度场(条件流匹配回归路径速度),从晚阶段细胞以钳制端点速度做阻尼欧拉外推,位移解码回基因空间加到原有表达上。",
 "vs_constant_shift": "位移由每个细胞自身的潜在状态 z 经 MLP 决定,同型内不同细胞方向和大小可以不同;不是每型一个常向量,也不是全局组成重加权。型内离散度是核心可测区别。",
 "mechanism_evidence": "1) 每细胞型内位移向量的 SD 与型均值位移模长之比(≈0 说明退化为常数位移);2) 逐细胞位移与该细胞所属型均值位移的角度/残差分布;3) X3 四组分各自相对 off-control 的变化(重点 direction、cell_state);4) 每基因方差比与零值比例,排除普遍扩散;5) off-control 与 copy_last 逐元素一致证明开关真实。",
 "mechanism_off_control": "G_MECH_OFF=1:跳过训练、速度恒为零,积分返回原坐标,输出等于 copy_last(晚阶段原样);预期打开机制后输出与其逐元素不同,且 direction/cell_state 组分出现 >噪声 的差异;若两者相同则机制未运行。",
 "sources": []}
```
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/6/researcher.jsonl 6 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/6/researcher.stderr