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节点 n19 终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序;可能是候选节点,也可能由护栏回退到基线。在终选来历上
解耦 blend 为垂直收缩(m_perp)与方差校正(m_var)两独立权重并扫描 9+4 组;实测 m_perp=0.3 仍是峰(提高 m_perp 用 cell_state 换 covariation,净负),提交默认=父节点配置(逐位相同),阴性结果如实报告。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-202907-search-t1-scr-A |
|---|---|
| 父节点 | n17 |
| 子节点 | n20 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 63.21(+0.0) · X3 63.21(+0.0) · 3 次复测均分 62.98 |
| 审查 | 通过 检查1(越界读取):未发现问题——run.py 仅通过 view_io(load_manifest/read_stage/panel_genes 等)以 args.data 为根读取输入阶段与基因面板(run.py:34-44,87-102),无绝对路径、'..'、/mnt、/home、data/raw、打分器路径,无任何网络访问。; 检查2(硬编码目标统计量):未发现问题——代码中的数值常量均为算法超参数(tau=0.3、alpha=1.8、beta=4、n_hvg=2500、n_pcs=25 等,run.py:68-85,107),HVG、PC、型内均值/方差、时间差全部从 manife… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 14 分 |
| 程序版本 | adb0c874d71f83f35919fc6ab54625323aeb7947 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git adb0c874d7:solution/METHOD.md
解耦 blend 为垂直收缩(m_perp)与方差校正(m_var)两独立权重并扫描 9+4 组;实测 m_perp=0.3 仍是峰(提高 m_perp 用 cell_state 换 covariation,净负),提交默认=父节点配置(逐位相同),阴性结果如实报告。
方法(family: lowrank_shape;提交配置 = node 17 默认,β=4, m_perp=m_var=0.3)
上游与 node 17 完全一致(2500 HVG、25 PC svds(v0=ones)、α=1.8、τ=0.3、τ_shape=0.5、RLO=1、mc=10、iso-add 形状解码 β=4、非零掩码解码、单输入退路 copy_last)。blend 后处理块由 PLAN 重写为两阶段解耦形式:
- 垂直收缩(去噪):
e_perp = xp − mean_h − zp@Vt(PC 子空间外残差),x_denoised = xp − m_perp·e_perp; - 方差校正:
x_out = x_denoised + ((zp_new − zp)·m_var_vec) @ Vt,其中 zp_new 是型内 PC 残差按 (1+c_k)²·var_obs/var_pred 向目标方差缩放后的分数。
新增开关:BLEND_M_PERP(默认 = BLEND_M×decay^k)、BLEND_M_VAR(默认 = BLEND_M)。等价性验证:m_perp=m_var=m、decay=1 时新公式与父节点 (1−m)·xp + m·(zp_new@Vt+mean_h) 输出 maxdiff=0.0(seed0,652×32285,nnz 相同)。原 BLEND_DECAY/BLEND_PERP 语义保留。
X3 A 半查分记录(seed0;父 node 17 = 62.06 / s1 61.25;额度用 19/20)
| 配置 (m_perp, m_var, β) | 总分 | cell_state | covar | de_rec | dir | 结论 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| (0.3, 0.3, 4)(=父,提交) | 62.06 | 85.97 | 52.23 | 52.47 | 50.82 | 基线 |
| (0.3, 0.2, 4) | 62.00 | 85.67 | 52.35 | 52.47 | 50.84 | m_var↓ 微负 |
| (0.3, 0.4, 4) | 61.97 | 86.19 | 52.12 | 51.96 | 50.81 | m_var↑ 微负 |
| (0.4, 0.2/0.3/0.4, 4) | 61.68/61.79/61.87 | 83.8–84.5 | 54.3–54.5 | 51.96 | 50.68 | covar +2.2 但 cell_state −1.8,净负 |
| (0.5, 0.2/0.3/0.4, 4) | 60.73/60.89/61.01 | 79.7–80.7 | 55.9–56.0 | 51.96 | 50.5 | covar +3.8 但 cell_state −5.7,净负(PLAN 风险1应验) |
| (0.4, 0.3, β=6) | 61.69 | 84.89 | 53.30 | 51.46 | 50.80 | 用更大 β 补 cell_state 失败 |
| (0.5, 0.3, β=8) | 59.72 | 78.90 | 54.32 | 50.00 | 50.74 | 进一步崩塌 |
| (0.3, 0.3, β=4.5) | 62.14 | 86.47 | 51.92 | 52.47 | 50.81 | +0.08,远低于 2 分噪声,不采用 |
| (0.3, 0.3, β=5.0) | 61.96 | 86.47 | 51.60 | 51.96 | 50.83 | 负 |
| 关闭对照 (0, 0, β=4) | 57.73 | 77.50 | 44.87 | 51.96 | 50.06 | 见下 |
结论(阴性):PLAN 假设"垂直收缩可独立加强而不受方差校正约束"在 X3 上不成立——m_perp 从 0.3 提到 0.4/0.5 时 covariation 确实单调上升(52.2→54.4→56.0),但 cell_state 下降更快(86.0→84.2→80.3),总分单调下降;提高 β 也无法补偿(β 与 m_perp 的交互在 m_perp>0.3 时是负的,与 node 17 在 m=0.3 处的正交互不同)。m_var 在 0.2–0.4 内影响 <0.1 分。父节点的 m=0.3 等权配置是该二维扫描内的峰,故提交默认不变(与父逐位相同,正式分预期复现 ~63.2)。
机制生效证据与对照(PLAN 要求项)
- 关闭对照:
BLEND_M_PERP=0 BLEND_M_VAR=0时 x_out=xp(blend 块不改变任何值),输出与BLEND_M=0(整块跳过)maxdiff=0.0。查分 57.73 vs 提交 62.06:cell_state 77.50→85.97、covariation 44.87→52.23、de_recovery 51.96→52.47、direction 50.06→50.82,两个机制(垂直去噪+方差校正)合计 +4.33,均在运行。 - 逐细胞不同:提交输出 vs 关闭对照,495/652 个细胞被修改,逐细胞 mean|dx| 分布 0.042–0.391(min–max,中位 0.130);BLEND_DEBUG 逐型 mean|dx|:AVC-CM 0.198 (n=36)、IFT-CM 0.189 (n=139)、OFT/RV-CM 0.173 (n=114)、SV-CM 0.218 (n=67)、Unknown 0.181 (n=130)、aSHF 0.199 (n=9,非形状化只做垂直收缩)。不是常数位移(每细胞按其在 PC 子空间外的残差被压缩)。
- 等价性:m_perp=m_var=0.3 与父节点公式 maxdiff=0.0(见上)。
验证过 / 没验证
- 验证过:X3 seed0 上 9 组 (m_perp,m_var) 扫描、2 组 β 补偿、β∈{4.5,5}、关闭对照、公式等价性、逐细胞位移分布。
- 没验证:β=4.5 的 seed1 符号(+0.08 远低于噪声,不值得花额度);final 类视图上的行为(本节点只在 X3 查分);m_perp<0.3 方向(node 14 已证 m=0.25 劣于 0.3)。
- 知识来源:无新增生物学先验;全部为统计方法(PCA 低秩收缩、方差校正),沿用父节点。视图无关:代码只依赖 manifest 数据与时间差,不读 board/mode/路径;无 ARTIFACTS。
调研员的计划
| 名称 | 解耦 blend 垂直收缩与方差校正权重以提升 covariation |
|---|---|
| 动机 | 父节点 17 四组分中 covariation 52.46 是最弱可改善组(direction 51.01 长期停滞,de_recovery 54.37 未变)。ANALYSIS 已证实垂直分量收缩是 covariation 的直接杠杆(node 14 blend +6.99),且 w=0 消融证明方差校正也有 +0.57 正贡献,但两者共用 m=0.3 无法独立调优。node 17 的 decay<1 实验证明任何削弱垂直分量的做法都恶化 covariation(61.6→57.8-59.2),因此需要的是解耦而非衰减。 |
| 做法 | 将 blend 块从单权重 m 拆为两阶段:(1) 垂直收缩(去噪):x_denoised=(1-m_perp)·x_pred+m_perp·(z_pred@V^T+mean_h),m_perp 控制 PC 子空间外噪声的压缩;(2) 方差校正:delta_x=(z_varcorr-z_pred)@V^T,x_out=x_denoised+m_var·delta_x,m_var 控制型内方差校正强度。当 m_perp=m_var=m 时数学上退化为当前公式(先验证 maxdiff=0)。扫描:m_perp∈{0.3,0.4,0.5}×m_var∈{0.2,0.3,0.4}=9 组(β=4 固定),取最优后细扫 β∈{3.5,4.5}×2 组。最后跑关闭对照。共约 12 次查分,每次 ~7s,在 30 分钟内充裕。实现要点:新增 env 开关 BLEND_M_PERP(默认=BLEND_M 值 0.3)和 BLEND_M_VAR(默认=BLEND_M 值 0.3),默认值等于当前最优配置以避免 node 17 的默认值污染教训。单输入退路不变(copy_last)。 |
| 风险 | 1) m_perp>0.3 可能过度平滑导致 cell_state 下降(node 14 已证 m≥0.5 崩塌),Engineer 应在第一轮 3 个 m_perp 值后立即检查 cell_state 是否掉 >2 分;2) 改善幅度可能 <2 分噪声,需双种子确认符号一致性;3) m_perp 与 m_var 交互可能非单调,9 组扫描应能覆盖;4) 若所有配置均 ≤63.21,如实报告阴性结果。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 d3109cfb24。改动的文件:solution/METHOD.md +28 −34、solution/run.py +7 −7
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 95f753c..3c60275 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,45 +1,39 @@-实测 PLAN 两机制均无增益:逐 PC 衰减使垂直收缩趋零而大幅恶化,范围扩展只多 9 细胞;提交改为 β=4 扩张 × m=0.3 blend 交互配置,双种子略优于父节点。+解耦 blend 为垂直收缩(m_perp)与方差校正(m_var)两独立权重并扫描 9+4 组;实测 m_perp=0.3 仍是峰(提高 m_perp 用 cell_state 换 covariation,净负),提交默认=父节点配置(逐位相同),阴性结果如实报告。 -## 方法(family: lowrank_shape;提交配置 = node 14 的 blend 块 + β=4)+## 方法(family: lowrank_shape;提交配置 = node 17 默认,β=4, m_perp=m_var=0.3) -上游与 node 14 完全一致(2500 HVG、25 PC svds(v0=ones)、α=1.8、τ=0.3、τ_shape=0.5、RLO=1、mc=10、iso-add 形状解码、非零掩码解码、单输入退路 copy_last)。blend 后处理块重写为带开关的通用形式:+上游与 node 17 完全一致(2500 HVG、25 PC svds(v0=ones)、α=1.8、τ=0.3、τ_shape=0.5、RLO=1、mc=10、iso-add 形状解码 β=4、非零掩码解码、单输入退路 copy_last)。blend 后处理块由 PLAN 重写为两阶段解耦形式: -- `BLEND_M`(默认 0.3):blend 权重 m;`BLEND_M=0` 时整块跳过(= node 7 输出,前提 β 也取 3)。-- `BLEND_ALL`(默认 1):1=对所有被均值位移的型(两阶段各 ≥5 细胞,X3 seed0 下为 5 个形状化型 + aSHF n=9)做 blend;0=仅形状化型(父节点范围)。-- `BLEND_DECAY`(默认 1.0):逐 PC 权重 m_k=m·decay^k;垂直分量权重 m_perp=m·decay^k(可用 `BLEND_PERP` 单独覆盖)。decay=1.0 走与父节点逐位相同的标量公式。-- `PCVAR_W`(默认 1.0):形状化型的方差校正 w;非形状化型强制 w=0(zp_new=zp,只做低秩收缩)。-- `BLEND_MEANFIX`(默认 0):blend 后把型内 HVG 均值校准回 blend 前(实测有害,关闭)。-- `LOWRANK_SHAPE_BETA` 默认 3.0→4.0(本节点唯一有正效果的改动)。+1. **垂直收缩(去噪)**:`e_perp = xp − mean_h − zp@Vt`(PC 子空间外残差),`x_denoised = xp − m_perp·e_perp`;+2. **方差校正**:`x_out = x_denoised + ((zp_new − zp)·m_var_vec) @ Vt`,其中 zp_new 是型内 PC 残差按 (1+c_k)²·var_obs/var_pred 向目标方差缩放后的分数。 -## X3 A 半查分记录(seed0 除注明外;父 node 14 = 61.60 / s1 61.00)+新增开关:`BLEND_M_PERP`(默认 = BLEND_M×decay^k)、`BLEND_M_VAR`(默认 = BLEND_M)。**等价性验证**:m_perp=m_var=m、decay=1 时新公式与父节点 `(1−m)·xp + m·(zp_new@Vt+mean_h)` 输出 maxdiff=0.0(seed0,652×32285,nnz 相同)。原 BLEND_DECAY/BLEND_PERP 语义保留。 -| 配置 | 总分 | cell_state | covar | 结论 |-|---|---|---|---|---|-| m=0.25 blend_all decay∈{0.85,0.90,0.95,1.0} | 57.81/58.10/59.23/61.25 | 76.9→83.6 | 45.5→51.8 | decay<1 大幅恶化:m_perp=m·decay^25≈0.02–0.08,垂直噪声收缩(covariation 主杠杆)被消灭 |-| m=0.3/0.4 decay=0.9 但 BLEND_PERP=1(只衰减 Δz) | 61.32/60.97 | 83.1/81.2 | 52.8/54.8 | 只衰减方差校正增量仍劣于等权 61.60:高序号 PC 的 Δz 也有正贡献 |-| m=0.25 / 0.35 blend_all=0 decay=1 | 61.27/61.48 | 83.7/83.1 | 51.7/53.8 | m 峰仍在 0.3(父已验证),细扫无增益 |-| blend_all=1 vs 0(m=0.25, decay=1) | 61.25 vs 61.27 | ≈同 | ≈同 | 范围扩展无效果:唯一新增型 aSHF 只有 9 个细胞 |-| w=0 消融 m∈{0.3,0.4,0.5} | 61.03/60.52/59.47 | 82.1/79.6/75.4 | 53.0/55.0/56.4 | w=1 方差校正在 blend 下为正贡献(m=0.3 时 +0.57),补上了父节点缺失的 w 消融归因 |-| meanfix m=0.3/0.35 | 61.34/61.44 | 83.4/82.7 | 52.5/53.5 | 均值再校准对 direction 无可复现增益(50.8→50.8/50.7),关闭 |-| **β=4 + m=0.3 blend_all=1(提交)** | **62.06(s1 61.25)** | **85.97(s1 83.13)** | 52.23(s1 52.08) | de_rec 52.47/50.96,dir 50.82/52.61;两种子均优于父对应种子(+0.46/+0.25) |-| β=2.5 + m=0.3 | 57.96* | — | — | *该次与 b4 首跑、meanfix 首跑、m032 首跑共 4 次被 BLEND_DECAY 默认值 0.9 污染(见"教训"),仅 β=4、meanfix、m=0.35 用 decay=1.0 重跑 |+## X3 A 半查分记录(seed0;父 node 17 = 62.06 / s1 61.25;额度用 19/20) -## 机制生效证据与对照(PLAN 要求项)+| 配置 (m_perp, m_var, β) | 总分 | cell_state | covar | de_rec | dir | 结论 |+|---|---|---|---|---|---|---|+| (0.3, 0.3, 4)(=父,提交) | **62.06** | 85.97 | 52.23 | 52.47 | 50.82 | 基线 |+| (0.3, 0.2, 4) | 62.00 | 85.67 | 52.35 | 52.47 | 50.84 | m_var↓ 微负 |+| (0.3, 0.4, 4) | 61.97 | 86.19 | 52.12 | 51.96 | 50.81 | m_var↑ 微负 |+| (0.4, 0.2/0.3/0.4, 4) | 61.68/61.79/61.87 | 83.8–84.5 | 54.3–54.5 | 51.96 | 50.68 | covar +2.2 但 cell_state −1.8,净负 |+| (0.5, 0.2/0.3/0.4, 4) | 60.73/60.89/61.01 | 79.7–80.7 | 55.9–56.0 | 51.96 | 50.5 | covar +3.8 但 cell_state −5.7,净负(PLAN 风险1应验) |+| (0.4, 0.3, β=6) | 61.69 | 84.89 | 53.30 | 51.46 | 50.80 | 用更大 β 补 cell_state 失败 |+| (0.5, 0.3, β=8) | 59.72 | 78.90 | 54.32 | 50.00 | 50.74 | 进一步崩塌 |+| (0.3, 0.3, β=4.5) | 62.14 | 86.47 | 51.92 | 52.47 | 50.81 | +0.08,远低于 2 分噪声,不采用 |+| (0.3, 0.3, β=5.0) | 61.96 | 86.47 | 51.60 | 51.96 | 50.83 | 负 |+| **关闭对照 (0, 0, β=4)** | 57.73 | 77.50 | 44.87 | 51.96 | 50.06 | 见下 | -- **关闭对照 1(范围+衰减)**:`BLEND_ALL=0 BLEND_DECAY=1.0 BLEND_M=0.3 LOWRANK_SHAPE_BETA=3.0` 输出与父节点 node 14 seed0 输出 maxdiff=0.0(本次提交代码上重新验证)。-- **关闭对照 2(机制本身)**:`BLEND_M=0` 时 fix_types 为空、整块跳过,输出=node 7(β 同为 3 时)。-- **改变了哪些细胞**:blend_all=1 下 6 型共 495/652 细胞被改(AVC-CM 36、IFT-CM 139、OFT/RV-CM 114、SV-CM 67、Unknown 130、aSHF 9);每细胞校正量取决于其 PC 残差与垂直分量,逐细胞不同(BLEND_DEBUG 打印型均 |dx| 0.012–0.033),非常数位移。均值位移(direction/de_recovery 上游)未被 blend 块改动。-- **四组分变化(提交 vs 父,A 半 seed0)**:cell_state 83.68→85.97(+2.29,主收益,来自 β=4 更强展宽)、covariation 52.74→52.23(−0.51)、de_recovery 53.0→52.47、direction 50.8→50.82。-- **PLAN 假设检验**:假设"高序号噪声 PC 过收缩导致 cell_state 在 m≥0.4 崩塌,衰减权重可解"——**证伪**:任何 decay<1(无论是否保留 m_perp)都比等权差;covariation 的主杠杆是垂直分量收缩 m·e_perp(基因空间去噪),逐 PC 衰减恰好削弱它。假设"其余 ~25% 细胞无收缩、扩展范围可再拿 covariation"——**无效**:非形状化型在 X3 上只有 aSHF 9 细胞(父节点 METHOD 的 ~25% 估计把 Unknown 算作未覆盖,实际 Unknown 已被形状化)。+**结论(阴性)**:PLAN 假设"垂直收缩可独立加强而不受方差校正约束"在 X3 上不成立——m_perp 从 0.3 提到 0.4/0.5 时 covariation 确实单调上升(52.2→54.4→56.0),但 cell_state 下降更快(86.0→84.2→80.3),总分单调下降;提高 β 也无法补偿(β 与 m_perp 的交互在 m_perp>0.3 时是负的,与 node 17 在 m=0.3 处的正交互不同)。m_var 在 0.2–0.4 内影响 <0.1 分。父节点的 m=0.3 等权配置是该二维扫描内的峰,故提交默认不变(与父逐位相同,正式分预期复现 ~63.2)。 -## 教训(供后续节点)+## 机制生效证据与对照(PLAN 要求项) -- 改默认值引入新 env 开关时,默认 BLEND_DECAY=0.9 污染了随后 4 次未显式传 decay 的查分(浪费 4 个额度);新增开关的默认值必须等于当前最优已知配置。-- β=4 的 +0.46/+0.25(双种子)低于 T1 约 2 分的噪声阈值,按 PLAN 自己的规则属"更保守"边界情形;选它的理由:两种子符号一致、cell_state 两种子均 +2 以上、且与 node 12(β=4 补偿收缩)方向一致。B 半可能不重现,如实报告。+- **关闭对照**:`BLEND_M_PERP=0 BLEND_M_VAR=0` 时 x_out=xp(blend 块不改变任何值),输出与 `BLEND_M=0`(整块跳过)maxdiff=0.0。查分 57.73 vs 提交 62.06:cell_state 77.50→85.97、covariation 44.87→52.23、de_recovery 51.96→52.47、direction 50.06→50.82,两个机制(垂直去噪+方差校正)合计 +4.33,均在运行。+- **逐细胞不同**:提交输出 vs 关闭对照,495/652 个细胞被修改,逐细胞 mean|dx| 分布 0.042–0.391(min–max,中位 0.130);BLEND_DEBUG 逐型 mean|dx|:AVC-CM 0.198 (n=36)、IFT-CM 0.189 (n=139)、OFT/RV-CM 0.173 (n=114)、SV-CM 0.218 (n=67)、Unknown 0.181 (n=130)、aSHF 0.199 (n=9,非形状化只做垂直收缩)。不是常数位移(每细胞按其在 PC 子空间外的残差被压缩)。+- **等价性**:m_perp=m_var=0.3 与父节点公式 maxdiff=0.0(见上)。 -## 验证过 / 未验证+## 验证过 / 没验证 -- 验证过:两个关闭对照(maxdiff=0.0 / 块跳过);提交配置双种子查分且默认代码输出与查分文件逐元素一致(maxdiff=0.0);vec-check 两 seed 通过;确定性(无全局随机,rng 仅用于行采样);视图无关(只用表达、标签、PC 基、相对时间比 s,无绝对时间/路径/视图判断,伪装视图平移不影响输出)。-- 未验证:β=4 在 final 类视图(s 由 E9.5→E10.5 时间比决定,同为 1.8·α 路径)的交互峰值;β∈{3.5, 4.5} 细扫;blend_all 在细胞型更多的视图(final)上的效果——X3 上因 aSHF 仅 9 细胞而信号不足,final 上非形状化型可能更多,BLEND_ALL=1 的行为在 final 上未被任何查分覆盖(有风险,但 X3 双种子显示其影响≈0)。-- 外部数据 / prior:均未使用。生物学知识:无新增(沿用父节点:谱系配对的型内 PCA 位移外推)。-- 查分额度:用 19/20。+- 验证过:X3 seed0 上 9 组 (m_perp,m_var) 扫描、2 组 β 补偿、β∈{4.5,5}、关闭对照、公式等价性、逐细胞位移分布。+- 没验证:β=4.5 的 seed1 符号(+0.08 远低于噪声,不值得花额度);final 类视图上的行为(本节点只在 X3 查分);m_perp<0.3 方向(node 14 已证 m=0.25 劣于 0.3)。+- 知识来源:无新增生物学先验;全部为统计方法(PCA 低秩收缩、方差校正),沿用父节点。视图无关:代码只依赖 manifest 数据与时间差,不读 board/mode/路径;无 ARTIFACTS。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex c44b22c..a6a1f9b 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -234,8 +234,9 @@ def main() -> None: else: fix_types = list(shape_info_by_type.keys()) if fix_types:- m_vec = blend_m * blend_decay ** np.arange(k)- m_perp = blend_m * _env_float("BLEND_PERP", blend_decay ** k)+ m_perp = _env_float("BLEND_M_PERP", blend_m * _env_float("BLEND_PERP", blend_decay ** k))+ m_var = _env_float("BLEND_M_VAR", blend_m)+ m_var_vec = m_var * blend_decay ** np.arange(k) for t in fix_types: sel = np.flatnonzero(lab_last_rows == t) if sel.size < 2:@@ -257,11 +258,10 @@ def main() -> None: zp_new = zc + (1.0 + pcvar_w * (ratio - 1.0)) * rr else: zp_new = zp- if blend_decay == 1.0:- xc_new = (1.0 - blend_m) * xp + blend_m * (zp_new @ Vt + mean_h)- else:- e_perp = xp - mean_h - zp @ Vt- xc_new = xp - m_perp * e_perp + ((zp_new - zp) * m_vec) @ Vt+ # two-stage form: (1) vertical shrink (denoise), (2) PC-space var correction.+ # m_perp == m_var == m reproduces (1-m)*xp + m*(zp_new@Vt + mean_h) exactly.+ e_perp = xp - mean_h - zp @ Vt+ xc_new = xp - m_perp * e_perp + ((zp_new - zp) * m_var_vec) @ Vt if _env_int("BLEND_MEANFIX", 0): xc_new = xc_new + (xp.mean(axis=0) - xc_new.mean(axis=0)) if os.environ.get("BLEND_DEBUG"):
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k041 | Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 2 | 10.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2) |
| k031 | Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss | 10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT) |
| k038 | RNA velocity family (scVelo, dynamo, CellRank velocity kernel): not applicable to T1 files; substitutes | 10.1038/s41587-020-0591-3 (scVelo); 10.1016/j.cell.2021.12.045 (dynamo); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2) |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 把 blend 块从单权重 m 解耦为两阶段独立开关 BLEND_M_PERP(垂直收缩去噪)与 BLEND_M_VAR(方差校正),验证 m_perp=m_var=0.3 时与父节点公式 maxdiff=0;扫描 9 组 (m_perp,m_var) + β 补偿 + β∈{4.5,5}(19/20 次查分)后提交默认=父配置,代码与父节点输出逐位相同。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内(+0.00,87.92→87.92) covariation:噪声内(+0.00,52.46→52.46;X3 半程扫描显示 m_perp 0.3→0.5 时 covariation 升 52.2→56.0 但 cell_state 降 86.0→80.3,总分净负,故未采用) de_recovery:噪声内(+0.00,54.37→54.37;提交配置与父逐位相同,预期如此) direction:噪声内(+0.00,51.01→51.01) |
| family_id | lowrank_shape |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 是 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 3 次:bash 1、read 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 11,053 · 输出 1,095 · 思考 271 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n19 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/analyst.jsonl 10 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 22 |
| 工具调用 | 共 25 次:bash 21、edit 2、read 1、write 1 |
| 用时 | 11 分 |
| token 数 | 输入 42,901 · 输出 7,193 · 思考 6,115 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:解耦 blend 垂直收缩与方差校正权重以提升 covariation |
| 最后的回答(摘录) | **做了什么**:按 PLAN 把 blend 块解耦为垂直收缩(`BLEND_M_PERP`)与方差校正(`BLEND_M_VAR`)两独立权重,验证 m_perp=m_var=m 时与父节点公式 maxdiff=0.0;扫描 9 组 (m_perp,m_var) + 2 组 β 补偿 + β∈{4.5,5}(共 19/20 次查分);跑关闭对照(PERP=VAR=0,与 BLEND_M=0 输出逐位相同,查分 57.73 vs 62.06,cell_state 77.5→86.0、covariation 44.9→52.2,证明机制在运行且逐细胞不同:495/652 细胞被改,mean|dx| 0.04–0.39)。
**查分结果**:阴性。m_perp 提到 0.4/0.5 时 covariation 单调升(52.2→56.0)但 cell_state 降更快(86.0→80.3),总分 61.7/60.9;β=6/8 补偿失败(61.7/59.7);β=4.5 仅 +0.08(噪声内)。父配置 m_perp=m_var=0.3 是峰,提交默认与父节点逐位相同(预期正式分 ~63.2),vec-check 通过。
**下一步最值得试**:(1) covariation 的杠杆在 PC 子空间内而非垂直方向——试对低序号 PC 残差做去噪重投影(保留高序号 PC 收缩);(2) de_recovery 长期卡在 ~52,其量化台阶(52.47/51.96)提示离散基因集阈值效应,值得检查 blend 后非零掩码对高 |log2FC| 基因的逐种子稳定性;(3) direction ~51 完全停滞,均值位移幅度 α=1.8 可能已饱和,可试按型置信度加权收缩 dt_pc。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/engineer.jsonl 101 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 2 分 |
| token 数 | 输入 17,699 · 输出 1,058 · 思考 4,745 |
| 任务(第一行) | 为节点 n19(改进,父节点 n17)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "解耦 blend 垂直收缩与方差校正权重以提升 covariation",
"motivation": "父节点 17 四组分中 covariation 52.46 是最弱可改善组(direction 51.01 长期停滞,de_recovery 54.37 未变)。ANALYSIS 已证实垂直分量收缩是 covariation 的直接杠杆(node 14 blend +6.99),且 w=0 消融证明方差校正也有 +0.57 正贡献,但两者共用 m=0.3 无法独立调优。node 17 的 decay<1 实验证明任何削弱垂直分量的做法都恶化 covariation(61.6→57.8-59.2),因此需要的是解耦而非衰减。",
"approach": "将 blend 块从单权重 m 拆为两阶段:(1) 垂直收缩(去噪):x_denoised=(1-m_perp)·x_pred+m_perp·(z_pred@V^T+mean_h),m_perp 控制 PC 子空间外噪声的压缩;(2) 方差校正:delta_x=(z_varcorr-z_pred)@V^T,x_out=x_denoised+m_var·delta_x,m_var 控制型内方差校正强度。当 m_perp=m_var=m 时数学上退化为当前公式(先验证 maxdiff=0)。扫描:m_perp∈{0.3,0.4,0.5}×m_var∈{0.2,0.3,0.4}=9 组(β=4 固定),取最优后细扫 β∈{3.5,4.5}×2 组。最后跑关闭对照。共约 12 次查分,每次 ~7s,在 30 分钟内充裕。实现要点:新增 env 开关 BLEND_M_PERP(默认=BLEND_M 值 0.3)和 BLEND_M_VAR(默认=BLEND_M 值 0.3),默认值等于当前最优配置以避免 node 17 的默认值污染教训。单输入退路不变(copy_last)。",
"expected_groups": ["covariation"],
"risks": "1) m_perp>0.3 可能过度平滑导致 cell_state 下降(node 14 已证 m≥0.5 崩塌),Engineer 应在第一轮 3 个 m_perp 值后立即检查 cell_state 是否掉 >2 分;2) 改善幅度可能 <2 分噪声,需双种子确认符号一致性;3) m_perp 与 m_var 交互可能非单调,9 组扫描应能覆盖;4) 若所有配置均 ≤63.21,如实报告阴性结果。",
"family_id": "lowrank_shape",
"mechanism": "将 blend 后处理从单一权重 m 解耦为两个独立阶段:垂直收缩(m_perp 控制 PC 子空间外噪声压缩)和方差校正(m_var 控制型内 PC 残差的方差调整),使 covariation 的主杠杆(垂直去噪)可独立加强而不受方差校正最优权重的约束。",
"vs_constant_shift": "垂直收缩按每个细胞在 PC 子空间外的残差逐细胞不同地压缩噪声;方差校正按每细胞偏离型心的残差逐 PC 缩放。两者都不移动型均值(均值位移由上游 mean shift 完成),改变的是型内分布形状和基因间共变结构,与每型常数位移(所有细胞加同一向量)本质不同。",
"mechanism_evidence": "1) m_perp=0.5 vs 0.3 时 covariation 分数变化(预期 +1~3);2) 打印型均 |x_pred-x_denoised| 确认垂直分量被实际压缩且逐细胞不同;3) 四组分各自变化(预期 covariation 升、cell_state 持平或微降、de_recovery 不变、direction 持平);4) m_perp=m_var=m 配置与当前代码输出 maxdiff=0 验证公式等价性。",
"mechanism_off_control": "BLEND_M_PERP=0 且 BLEND_M_VAR=0 时 x_out=x_pred(blend 块不改变任何值),输出应等于 blend 前的 node 7 输出(β 相同时)。预期差别:covariation 从 ~52 回落到 ~46(失去去噪),cell_state 从 ~88 回落到 ~79(失去展宽后的低秩收缩),证明两个机制均在运行。",
"sources": []
}
``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/researcher.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 6 |
| 工具调用 | 共 11 次:read 8、glob 1、bash 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 21,948 · 输出 1,437 · 思考 1,496 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n19 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/reviewer.jsonl 96 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202907-search-t1-scr-A/nodes/19/reviewer.stderr |