Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n4

改了什么

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native
父节点n3
子节点n7、n12、n15
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 48.22(+1.1) · proxy 49.28(+0.0) · proxy2 49.28(+0.0) · X3 46.10(+3.5) · 3 次复测均分 48.75
审查通过 1 越界读取:未发现问题。run.py 仅通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage 从 --data 视图目录读取 manifest 给定的输入阶段,无绝对路径、无网络访问。; 2 硬编码目标统计量:未发现问题。唯一常量是收缩系数 ALPHA=0.1(run.py:26),为通用超参;类型比例与差值均由 stratified_sample 和 type_deltas 从输入数据现场计算(run.py:29-53, 78)。; 3 钻评分器漏洞:未发现问题。分层抽样按细胞类型比例采样属合理生物学做法,未利用行序抽样、坐标手…
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。9 分
程序版本9f9acc3f888748473f502ce623bbe388b0594c2e (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 9f9acc3f88:solution/METHOD.md

改了什么

  1. 将收缩系数 α 从 0.3 进一步降低到 0.1。第 1 轮实验显示 α 从 0.5→0.3 使 covariation 提升 +2.07(40.77→42.84)、cell_state 提升 +0.61、X3 提升 +1.08,而 direction 基本不变(-0.07)。趋势表明更低的 α 有利于保持原始分布结构(更接近 copy_last),同时保留少量方向信息。
  2. 关键洞察:在 proxy 和 proxy2 视图上,过滤外部阶段后只剩一个官方阶段,差值分支不执行,α 无效;α 只在 final(E8.5+E9.5)和 X3(Qiu E8.75+E9.0)上起作用。X3 的改善(42.65→43.73)直接证明低 α 在两阶段场景下更优。

用到的知识与出处

  • 第 1 轮实验结果:α=0.3 相比 α=0.5 在 covariation(+2.07)、cell_state(+0.61)、X3(+1.08)上均有改善,direction 不变
  • 方法卡 k018:α=1 低于 copy_last,α∈[0,1] 是超参;α=0 即复制最后阶段
  • 任务书 CONTRACT:proxy/proxy2 过滤外部阶段后只有一个官方输入,差值分支不触发
  • 父节点 ANALYSIS:建议做 α 消融(α=0 vs α=0.5 vs α=1)

调研员的计划

名称native r2: Change 1: 'ALPHA = 0.3' to 'ALPHA = 0.1'
动机OpenEvolve native generation (route C), parent 3, round 2 of 3, half-A score 48.2801
做法## 改了什么
1. 将收缩系数 α 从 0.3 进一步降低到 0.1。第 1 轮实验显示 α 从 0.5→0.3 使 covariation 提升 +2.07(40.77→42.84)、cell_state 提升 +0.61、X3 提升 +1.08,而 direction 基本不变(-0.07)。趋势表明更低的 α 有利于保持原始分布结构(更接近 copy_last),同时保留少量方向信息。
2. 关键洞察:在 proxy 和 proxy2 视图上,过滤外部阶段后只剩一个官方阶段,差值分支不执行,α 无效;α 只在 final(E8.5+E9.5)和 X3(Qiu E8.75+E9.0)上起作用。X3 的改善(42.65→43.73)直接证明低 α 在两阶段场景下更优。
## 用到的知识与出处
- 第 1 轮实验结果:α=0.3 相比 α=0.5 在 covariation(+2.07)、cell_state(+0.61)、X3(+1.08)上均有改善,direction 不变
- 方法卡 k018:α=1 低于 copy_last,α∈[0,1] 是超参;α=0 即复制最后阶段
- 任务书 CONTRACT:proxy/proxy2 过滤外部阶段后只有一个官方输入,差值分支不触发
- 父节点 ANALYSIS:建议做 α 消融(α=0 vs α=0.5 vs α=1)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 85e30575ef。改动的文件:solution/METHOD.md +6 −6、solution/run.py +3 −2

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 0f9313e..5cd82e8 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,8 +1,8 @@ ## 改了什么-1. 将基础采样限定为官方阶段(过滤 source=="external"),修复 proxy2 中从 Qiu E9.0 心脏细胞采样导致全胚预测崩溃的问题(proxy2 从 27→预期~50)。-2. 用按细胞类型分层抽样替代均匀随机抽样,保持类型比例从而改善 covariation 分数。-3. 对伪批量差值乘收缩系数 α=0.5(方法卡 k018 指出 α=1 低于 copy_last,需要收缩)。+1. 将收缩系数 α 从 0.3 进一步降低到 0.1。第 1 轮实验显示 α 从 0.5→0.3 使 covariation 提升 +2.07(40.77→42.84)、cell_state 提升 +0.61、X3 提升 +1.08,而 direction 基本不变(-0.07)。趋势表明更低的 α 有利于保持原始分布结构(更接近 copy_last),同时保留少量方向信息。+2. 关键洞察:在 proxy 和 proxy2 视图上,过滤外部阶段后只剩一个官方阶段,差值分支不执行,α 无效;α 只在 final(E8.5+E9.5)和 X3(Qiu E8.75+E9.0)上起作用。X3 的改善(42.65→43.73)直接证明低 α 在两阶段场景下更优。 ## 用到的知识与出处-- 方法卡 k018(Damped per-type shift: shrinkage alpha)-- 任务书 CONTRACT 中关于 proxy2 外部输入阶段的说明(inputs_by_time 默认返回外部阶段、类型名不匹配)-- 方向库 T1-01(组成重加权)的思路用于分层采样保持比例+- 第 1 轮实验结果:α=0.3 相比 α=0.5 在 covariation(+2.07)、cell_state(+0.61)、X3(+1.08)上均有改善,direction 不变+- 方法卡 k018:α=1 低于 copy_last,α∈[0,1] 是超参;α=0 即复制最后阶段+- 任务书 CONTRACT:proxy/proxy2 过滤外部阶段后只有一个官方输入,差值分支不触发+- 父节点 ANALYSIS:建议做 α 消融(α=0 vs α=0.5 vs α=1)diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex abfc55a..237ede7 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -23,7 +23,7 @@ from src.task1_temporal.view_io import (     write_prediction, ) -ALPHA = 0.5+ALPHA = 0.1   def stratified_sample(labels: np.ndarray, n_target: int, rng: np.random.Generator) -> np.ndarray:@@ -74,7 +74,8 @@ def main() -> None:     X = last.X[rows]     if len(official) >= 2:         prev = read_stage(args.data, official[-2], genes)-        deltas = type_deltas(prev.X, labels_of(prev), last.X, labels)+        prev_labels = labels_of(prev)+        deltas = type_deltas(prev.X, prev_labels, last.X, labels)         del prev         shrunk = {k: v * ALPHA for k, v in deltas.items()}         X = shift_rows(X, labels[rows], shrunk)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么run.py 中收缩系数 ALPHA 由父节点的 0.5 改为 0.1(diff 为准;PLAN 声称父节点是 0.3,与 diff 不符),并顺带把 labels_of(prev) 提取为局部变量 prev_labels,无逻辑变化;METHOD.md 同步更新。
各组分数的变化cell_state:噪声内偏正 +0.67(47.93→48.61)
covariation:变好 +4.74(40.77→45.51),超出 T1 约 2 分的噪声
de_recovery:无变化 +0.00(48.66),同上
direction:无变化 +0.00(49.48),与机制一致:该视图差值分支不执行,α 无效
尺子 X3:变好 +3.45(42.65→46.10),超出 T1 约 2 分的噪声;α 生效的两阶段视图
尺子 proxy:无变化 +0.00(49.28),差值分支不执行,α 无效
尺子 proxy2:无变化 +0.00(49.28),差值分支不执行,α 无效
假设是否成立是
经验
  1. 在 proxy/proxy2/de_recovery/direction 这类过滤外部阶段后只剩单个官方阶段的视图上,if len(official)>=2 差值分支不执行,α 完全不生效(本节点四组均 +0.00 直接证实);α 消融只能看 X3 和 final 榜分。
  2. 在两阶段场景下把伪批量差值收缩系数从 0.5 降到 0.1,covariation +4.74、X3 +3.45(均超噪声),direction/de_recovery 不受影响;即更低的 α(更接近 copy_last)保留分布结构更好。
  3. 榜分 +1.15 在 T1 约 2 分噪声内,不能单独作为改进证据;分组分数(尤其精确 +0.00 的组)比榜分更能判断机制是否生效。
  4. OpenEvolve native 生成的 PLAN 可能错报父节点常数(声称 0.3→0.1,diff 实为 0.5→0.1);一切以 git diff 为准。
下一步建议
  1. 针对 covariation/X3:做 α=0 vs α=0.1 vs α=0.2 消融(α=0 即纯分层 copy_last);若 α=0 的 X3 低于 α=0.1,说明少量方向信息有用,最优 α 在 0~0.2 之间。
  2. 针对 direction(49.48,与 de_recovery 一样不受 α 影响):单独改动采样策略,如对比均匀采样与分层采样对 direction 的影响(seed 均匀采样时 direction 曾达 50.96),不要与 α 改动混在同一节点。
  3. 针对 covariation(45.51 仍是最低组):在分层框架内改进类型内采样质量(如按表达谱聚类后在簇内均匀取样),而非继续调 α。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。5
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 4 次:bash 2、write 1、edit 1
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 9,151 · 输出 1,148 · 思考 1,177
任务(第一行)分析节点 n4 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/analyst.jsonl 12 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/analyst.stderr

native

角色native alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数3 次
轮数0
工具调用共 0 次:—
用时6 分
token 数输入 51,958 · 输出 4,228 · 思考 12,288
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)—
原始记录位置—

审查员

角色审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数6
工具调用共 9 次:read 6、bash 2、write 1
用时1 分
token 数输入 13,607 · 输出 1,126 · 思考 1,182
任务(第一行)审查节点 n4 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞
最后的回答(摘录)
REVIEW.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/reviewer.jsonl 51 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/reviewer.stderr

stream

角色stream
调用次数0 次
轮数3
工具调用共 0 次:—
用时6 分
token 数输入 51,958 · 输出 4,228 · 思考 12,288
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)
Let me analyze the round 1 results carefully.

**Round 1 results vs parent (node 3):**
- Score: 47.57 vs 47.07 (+0.50) — improvement, but within noise threshold (~2 points)
- cell_state: 48.54 vs 47.93 (+0.61)
- covariation: 42.84 vs 40.77 (+2.07) — improved!
- de_recovery: 48.35 vs 48.66 (-0.31) — noise level
- direction: 49.41 vs 49.48 (-0.07) — noise level
- X3: 43.73 vs 42.65 (+1.08)
- proxy: 49.49 vs 49.28 (+0.21)
- proxy2: 49.49 vs 49.28 (+0.21)

**Key observations:**
1. α=0.3 vs α=0.5: covariation improved (+2.07), cell_state improved (+0.61), direction essentially unchanged (-0.07). So reducing α helps covariation without hurting direction.
2. The trend: lower α → better covariation and cell_state. This makes sense: less perturbation = closer to the original data distribution.
3. What if α=0? That's pure copy_last with stratified sampling. From the seed baseline, copy_last scored ~49.77 on proxy. The parent's proxy is 49.28 (with α=0.5). With α=0.3, proxy is 49.49. So lower α → higher proxy score, which makes sense since proxy has only one input stage (no delta computed), so α doesn't matter on proxy. Wait — on proxy, there's only one official stage, so the `if len(official) >= 2` branch doesn't execute, and α is irrelevant. So proxy score differences are just sampling noise.

4. The real question: on final (E8.5 + E9.5 → E10.5), what's the optimal α? We can't test that directly. But the proxy2 score (which has two stages: E8.5 + Qiu E9.0) also doesn't trigger the delta because Qiu E9.0 is filtered out as external. So on both proxy views, α is irrelevant!

Wait, that's a critical insight. On proxy and proxy2, the delta branch never executes because:
- proxy: only E8.5 (one official stage)
- proxy2: E8.5 + Qiu E9.0, but Qiu is filtered as external → only E8.5 remains

So on both proxy views, the program is just stratified copy_last. The α parameter only matters on the final board and X3. The X3 score improved from 42.65 → 43.73 with α=0.3, suggesting lower α is better for X3 too.

**Next improvement directions:**
1. Try α=0.15 or even α=0.1 — the trend suggests lower is better for X3 and overall score
2. Improve within-type sampling quality — instead of simple random sampling within each type, could we do something smarter?
3. The covariation improvement from α=0.3 was +2.07 over α=0.5. If we go even lower, covariation might improve further.

Let me try α=0.1. This keeps a tiny amount of directional information while being very close to copy_last.

Additionally, I want to think about whether there's a way to improve the sampling itself. The current stratified sampling preserves type proportions exactly. One issue: when `n_target >= n_total`, it returns all cells (no sampling). But when sampling is needed, it does random selection within each type.

Another idea: for the X3 test case (Qiu heart E8.75 + E9.0 → E9.5), the external stages might actually be used since they don't have `source: "external"` in that view (X3 has its own manifest with those stages as official inputs). So on X3, the delta branch DOES execute, and α matters! That explains why X3 improved with α=0.3.

So for X3: two stages → delta computed → α=0.3 is better than 0.5. Let me try α=0.15.

Actually, let me think more carefully. The direction score barely changed (49.41 vs 49.48). If α=0 gives the best copy_last behavior, and direction was 50.96 with the original seed (which used α=1.0 on the full stages without filtering), then something else is going on with direction.

(只摘前 40 行)

原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/native/0/stream.jsonl 6 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/native/1/stream.jsonl 5 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/4/native/2/stream.jsonl 6 KB