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节点 n33 在终选来历上

几何再闭合 γ 从父边界 0.45 延伸至内点最优 1.35，并把平滑底物 ε 联合重扫到 0.1（γ×ε 联合网格 20 次查分），de_direction/de_score/variogram 全树最佳；坐标、行序、细胞数、门控、PBC、α=1、k=0.5 全部冻结承自父节点 31。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 5825f4a271:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 673b91fb60。改动的文件：solution/METHOD.md +94 −100、solution/run.py +35 −6

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 287ec2b..3cb9268 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,100 +1,94 @@-几何均值总量比均匀线性缩放替代逐细胞线性总量回拉（γ=0.45）：log 域近似恒定每细胞偏移，保住位移的跨基因 dp 排序；PLAN 的速度表达水平回归经 6 配置查分证否后按备选机制路径提交。--# 节点 31（improve，父 = 节点 29，proxy_noscale A 半 56.23）--## 实际提交的方法族与机制--- family_id: T2HX-01（copy_last 基座上的按型速度乘法外推），底物/门控/坐标冻结全部承自节点 29。-- **提交机制：几何均值再闭合（geometric re-closure）**，`VEC_RECLOSE_GEO=1`（默认）、`VEC_GAMMA=0.45`（默认）。-  节点 24 以来的 γ 再闭合把每个位移后细胞的**线性总量**拉回其自身平滑后总量：由于拉回是逐细胞线性缩放，-  高表达基因以加性 log 偏移吸收、低表达基因以乘性方式吸收，**跨基因 dp 排序被扭曲**（实测再闭合后-  spearman(dp, dt_approx) 从 0.57 掉到 0.39）。几何变体改为施加统一线性缩放-  `s_i = (r_med / r_i)^γ`（`r_i = tot_new_i / tot_old_i`，r_med = 全体中位数）：log1p 域大值每细胞近似-  平移同一常数，位移的基因排序大部分保留（γ=0.3 时 spearman_post 0.4624 > 父 0.3941），同时位移后线性-  总量中位数仍落回未位移中位数（实测阶段的库容量不变量在中位数意义上保持）。零保持零、稀疏模式/坐标/-  行序/细胞数/组成全部不变；PBC=10、软阈值 k=0.5、门控、平滑 ε=0.4 底物均不变。--## PLAN 机制（速度表达水平回归）——已证否--PLAN 要求逐型把 v_t 对锚阶段 log1p 表达水平 OLS 回归取残差（std 复原）以改善 de_score。已按 PLAN 实现-（`VEC_VEL_REGRESS`/`VEC_REGRESS_MODE`/`VEC_REGRESS_W`/`VEC_REGRESS_KEEPMEAN`，代码保留、默认关），-离线诊断：33 个细胞型中 28 型 R² < 0.05（PLAN 风险 1 的放弃线），仅 Forebrain 0.12 / Hindgut 0.095 /-Unknown 0.095 / Neural Tube 0.083 有可去趋势；回归前后速度 Spearman 0.92–1.00。6 次查分（≥3 种幅度组合、-共 20 次查分额度用满）de_score 全部低于父节点 0.1944，PLAN 首查目标 ≥0.20 未达成，de_direction 监控线-0.28 大多被击穿 → 按 improve 规则转备选机制（下表 #1–#6）。--**结论（供后续节点）**：速度与表达水平的共线分量携带真实 DE 信号而非纯 chance 伪影——去水平化-（回归残差、加性解码）一律降 de_score/de_direction；#11 的支撑掩码加性解码（level-free dp）使-de_direction 塌到 0.046，是本方向最强的证否证据。--## 全部 20 次查分（proxy_noscale A 半；父 = 56.23：de_score 0.1944 / de_dir 0.2837 / mmd_u 0.04669 / vario 0.03795 / nb_mmd 0.07569）--| # | 配置 | 榜分 | de_score | de_dir | mmd_u | vario | nb_mmd |-|---|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|-| 1 | 回归 type w=1 | 55.86 | 0.1806 | 0.2638 | 0.04562 | 0.03991 | 0.07936 |-| 2 | 回归 global w=1 | 55.84 | 0.1667 | 0.2523 | 0.04692 | 0.03875 | 0.07828 |-| 3 | 回归 type w=0.5 | 55.88 | 0.1806 | 0.2716 | 0.04655 | 0.03949 | 0.07921 |-| 4 | 回归 type w=−0.5（反向放大） | 55.81 | 0.1528 | 0.2758 | 0.04881 | 0.03773 | 0.07881 |-| 5 | 回归 type w=1 保均值 | 55.79 | 0.1806 | 0.2538 | 0.04610 | 0.04011 | 0.07917 |-| 6 | 回归 global w=0.5 | 55.87 | 0.1667 | 0.2703 | 0.04727 | 0.03874 | 0.07861 |-| 7 | 收缩 N0=150 | 55.63 | 0.1667 | 0.2839 | 0.04649 | 0.04124 | 0.08069 |-| 8 | 收缩 N0=30 | 55.88 | 0.1667 | 0.2888 | 0.04704 | 0.03938 | 0.07912 |-| 9 | 收缩 N0=50 | 55.91 | 0.1806 | 0.2908 | 0.04683 | 0.03974 | 0.07935 |-| 10 | 收缩 N0=400 | 54.89 | 0.1528 | 0.2187 | 0.04704 | 0.04380 | 0.08328 |-| 11 | 加性解码 α=0.5（支撑掩码） | 50.81 | −0.0139 | 0.0462 | 0.05509 | 0.05929 | 0.10479 |-| 12 | 幅度分层 q40/1.15/0.55（移植节点30） | 55.87 | 0.1806 | 0.2869 | 0.05019 | 0.03644 | 0.08029 |-| 13 | 幅度分层 q40/1.3/0.4 | 55.69 | 0.1667 | 0.2821 | 0.05148 | 0.03581 | 0.08128 |-| 14 | 线性再闭合基准=原始总量 | 55.76 | 0.1667 | 0.2678 | 0.04894 | 0.03834 | 0.07897 |-| 15 | 非对称 AUP1.15/ADN0.85 | 55.83 | 0.1528 | 0.2954 | 0.05049 | 0.03565 | 0.08044 |-| 16 | 非对称 AUP0.85/ADN1.15 | 55.24 | 0.1389 | 0.2491 | 0.04694 | 0.04294 | 0.08049 |-| 17 | 速度空间扩散 w=0.5 k=15 | 55.80 | 0.1667 | 0.2811 | 0.04566 | 0.04121 | 0.07907 |-| 18 | **几何再闭合 γ=0.3** | 56.18 | 0.1944 | 0.3132 | 0.04564 | 0.03949 | 0.07906 |-| 19 | **几何再闭合 γ=0.45（提交）** | **56.33** | **0.2222** | **0.3215** | **0.04542** | 0.03954 | 0.07932 |-| 20 | 几何再闭合 γ=0.15 | 56.07 | 0.1806 | 0.2999 | 0.04597 | 0.03941 | 0.07885 |--备选机制族（#7–#17）：全局速度收缩（4 档幅度）、加性解码、幅度分层（2 档）、再闭合基准、方向非对称-（2 档）、速度空间扩散——全部 ≤ 55.91。几何再闭合是唯一超过父节点的机制（#18–#20，γ 单调上升）。--## 提交配置的分组变化（#19 vs 父）--- expression_change（父最弱组，57.02）→ **58.15**：de_score 0.1944→0.2222（+2 个量化步，全树最佳，-  超过 PLAN 首查目标 0.20）；de_direction 0.2837→0.3215（全树最佳，连续量、远超以往配置 ±0.01 的抖动）。-- cell_state 58.06 → 58.07：mmd_u 0.04669→0.04542（全树最佳），variogram 0.03795→0.03954（略差）。-- local_spatial 59.83 → 59.09：nb_mmd 0.07569→0.07932（唯一恶化项，−0.74 分，被表达组 +1.13 覆盖）。-- shape_scale 50.00 不变（proxy_noscale 固定 + 坐标冻结）。-- 总分 56.23 → 56.33（+0.10，在 ~1 分噪声内；但机制级证据是结构性的：dp 排序保持度 spearman_post-  0.39→0.46，两个 DE 指标同创树内最佳且方向一致，非单指标尖峰）。--## 机制生效证据与对照--- 机制改变的细胞：全部 24,826 个锚细胞的表达被位移（moved_frac=1.0），几何再闭合改变其中每个细胞的-  缩放因子（与线性再闭合逐细胞不同）；坐标/行序/细胞数/零模式逐位不变（数组级验证）。-- 关闭对照：`--ablate <任意名>`（含 harness 将传入的 `VEC_VEL_REGRESS`，未识别名按主要机制=几何再闭合-  处理）或 `VEC_RECLOSE_GEO=0` → 回到同 γ=0.45 的线性再闭合，输出与主运行不同（mechanism_active 可判）。-- `VEC_GAMMA=0.3 VEC_RECLOSE_GEO=0` 时输出与父节点 29 逐位一致（X 与坐标 array_equal=True，已验证）；-  回归/收缩/分层/扩散/加性解码全部默认关，默认输出 = #19 查分文件逐位一致（已验证）。--## 验证过 / 未验证--- 已验证：默认输出逐位 = 已查分的 #19；seed 0/1/2 逐位一致（锚 24,826 ≤ max_cells 25,179，分层 take-  返回全部行，机制无随机性）；伪装视图（时间统一 +1、manifest 键序打乱、路径更换）输出逐位一致；-  vec-check 通过（主运行与 --ablate）；运行 ~3s / <2GB（limits 30min/28GB 内）；EXECUTION.json gpu:false。-- 未验证：γ>0.45（0.6/0.75）——γ 扫描在测试范围内单调上升，0.45 是已测最大值而非内点最优，额度用尽-  无法外探，**后续节点可先试 γ=0.6**；B 半与官网外推榜的迁移（本地外推尺子已知高估，历史 54.2→49.6，-  +0.10 的总分差不可外推，但 de_score/de_direction/mmd_u 三项 raw 同向创树内最佳是更可信的信号）；-  nb_mmd −0.0036 的代价在真实括号上是否更大。-- 单输入阶段/锚≠末输入退路同父：平滑与速度一并关闭，逐位 copy_last。--## 知识来源--无生物学先验知识被使用（sources=[]）：本节点全部改动为算法级（再闭合的缩放几何），只依赖输入数据现场-计算的量（各细胞总量、中位总量比），不含任何由已发布阶段测量值硬编码的常数。--## 旋钮（默认 = 提交配置）--`VEC_RECLOSE_GEO`(1)、`VEC_GAMMA`(0.45)；继承：`VEC_SMOOTH_STEPS`(2)、`VEC_SMOOTH_EPS`(0.4)、-`VEC_SMOOTH_K`(15)、`VEC_ALPHA`(1.0)、`VEC_K`(0.5)、`VEC_PBC`(10)、`VEC_MIXMODE`(rel)、-`VEC_MIXREL`(1.0)、`VEC_MIXEPS`(1.0)、`VEC_GATE_SPEARMAN`(0.3)；已证否机制保留可复用：-`VEC_VEL_REGRESS`(0)、`VEC_REGRESS_MODE/W/KEEPMEAN/MINGENES`、`VEC_SHRINK_N0`(0)、`VEC_SHRINK_MODE`、-`VEC_DECODE`(mult)、`VEC_STRAT_Q`(0)/`UP`/`DN`、`VEC_VDIFF_W`(0)/`K`、`VEC_RECLOSE_REF`(smoothed)、-`VEC_AUP/ADN`(1.0)、`VEC_DEBUG`。+几何再闭合 γ 从父边界 0.45 延伸至内点最优 1.35，并把平滑底物 ε 联合重扫到 0.1（γ×ε 联合网格 20 次查分），de_direction/de_score/variogram 全树最佳；坐标、行序、细胞数、门控、PBC、α=1、k=0.5 全部冻结承自父节点 31。++- family_id: T2HX-01+- parent: node 31（γ=0.45, ε=0.4，A 半 56.33 / 正式 56.60）+- 提交配置: VEC_GAMMA=1.35, VEC_SMOOTH_EPS=0.1（仅改这两个默认值，代码逻辑与父节点相同）++## 方法++基座完全承自父节点 31：坐标 15-NN 两步支撑掩码扩散平滑（ε）→ 按型 rel 速度+v_t=(pb_a−pb_p)/(pb_p+1) 软阈值（k=0.5）乘法外推（α=1，log 域 x·2^v，零保持零）→+几何均值再闭合 s_i=(r_med/r_i)^γ（r_i=位移后/位移前线性总量比）→ PBC=10 亮度钳制；+坐标、行序、细胞数、组成、双硬门控（std(dp)≥1%·std(dt_approx)、spearman≥0.3）不变。+本节点只做 PLAN 指定的 γ 边界延伸与 γ×ε 联合重扫：γ 是几何再闭合强度（校准"库容量+不变量恢复"与"跨基因 dp 排序保持"的权衡点），ε 是平滑底物强度（节点 29 在旧的线性+再闭合下优化过，机制切换后需重扫）。无新生物学假设，未使用任何新的外部知识条目+（生物学知识来源承自父/祖先节点，本节点为纯算法参数定位）。++## 查分记录（20/20 次，全部 task T2:heart:val_extrap/proxy_noscale，seed 0，A 半）++父节点同半参考（node 31 METHOD 记录）：γ0.45/ε0.4 → 56.33，de_score 0.2222、+de_direction 0.3215、mmd_u 0.04542、nb_mmd 0.07932。++| γ | ε | α | 榜分 | de_score | de_direction | mmd_u | variogram | nb_mmd |+|---|---|---|---|---|---|---|---|---|+| 0.6 | 0.4 | 1 | 56.468 | 0.25 | 0.3300 | 0.04534 | 0.03955 | 0.07963 |+| 0.75 | 0.4 | 1 | 56.467 | 0.25 | 0.3353 | 0.04547 | 0.03942 | 0.07997 |+| 0.9 | 0.4 | 1 | 56.566 | 0.2639 | 0.3471 | 0.04595 | 0.03892 | 0.08029 |+| 0.9 | 0.3 | 1 | 56.475 | 0.2361 | 0.3490 | 0.04589 | 0.03938 | 0.07956 |+| 0.9 | 0.5 | 1 | 56.203 | 0.2222 | 0.3215 | 0.04703 | 0.03782 | 0.08134 |+| 1.1 | 0.25 | 1 | 56.676 | 0.25 | 0.3552 | 0.04707 | 0.03714 | 0.07940 |+| 1.2 | 0.4 | 1 | 56.620 | 0.2639 | 0.3528 | 0.04826 | 0.03602 | 0.08101 |+| 1.2 | 0.35 | 1 | 56.634 | 0.25 | 0.3584 | 0.04802 | 0.03608 | 0.08049 |+| 1.2 | 0.3 | 1 | 56.680 | 0.25 | 0.3602 | 0.04789 | 0.03614 | 0.08005 |+| 1.2 | 0.25 | 1 | 56.700 | 0.25 | 0.3597 | 0.04780 | 0.03621 | 0.07974 |+| 1.2 | 0.2 | 1 | 56.706 | 0.25 | 0.3594 | 0.04775 | 0.03631 | 0.07958 |+| 1.2 | 0.15 | 1 | 56.692 | 0.25 | 0.3577 | 0.04775 | 0.03641 | 0.07956 |+| 1.2 | 0.5 | 1 | 56.200 | 0.2222 | 0.3316 | 0.04928 | 0.03578 | 0.08231 |+| 1.2 | 0.25 | 0.85 | 56.518 | 0.25 | 0.3566 | 0.04643 | 0.03979 | 0.07937 |+| 1.2 | 0.25 | 1.15 | 56.697 | 0.2639 | 0.3754 | 0.05050 | 0.03387 | 0.08198 |+| 1.35 | 0.2 | 1 | 56.760 | 0.25 | 0.3768 | 0.04890 | 0.03515 | 0.08026 |+| **1.35** | **0.1** | **1** | **56.792（提交）** | 0.2639 | 0.3730 | 0.04888 | 0.03531 | 0.08025 |+| 1.35 | 0.0 | 1 | 56.579 | 0.2361 | 0.3691 | 0.04911 | 0.03547 | 0.08084 |+| 1.5 | 0.4 | 1 | 56.370 | 0.2361 | 0.3672 | 0.05150 | 0.03414 | 0.08307 |+| 1.5 | 0.2 | 1 | 56.726 | 0.25 | 0.3829 | 0.05011 | 0.03425 | 0.08112 |++## 机制生效证据（PLAN mechanism_evidence 对应）++1. de_direction（连续量、最灵敏）随 γ 单调上升：ε=0.4 下 0.3215(父)→0.33→0.3353→+   0.3471→0.3528→0.3672；ε=0.2 下 1.35γ 达 0.3768、1.5γ 达 0.3829——远超历史 ±0.01+   抖动，为机制级（几何再闭合强度）效应而非噪声。+2. de_score 涨 ≥3 个量化步（0.2222→0.25→0.2639，步长 ~0.0139）。+3. 离线 spearman(dp, dt_approx)（DEBUG renorm_geo）随 γ 从 0.3981(0.45) 降到+   0.2274(1.5)，但**对真实目标**的 de_direction 反而升：dt_approx（锚−前一输入）只是+   真实 dt 的代理，更强的再闭合把 dp 排序从"对上一步的变化"转向"对目标的变化"。+4. nb_mmd 代价：0.0793(父)→0.0803(提交)，−0.07 分；skill 0.589 ≫ 0.5，结构门保持 1，+   未连带扣形状分。mmd_u 0.0454→0.0489（−0.2 分），variogram 0.0388→0.0353（+0.4 分）。+5. ε=0 对照（56.579）证明平滑底物在 γ=1.35 下仍有贡献，ε=0.1 是内点（0.0/0.1/0.2 →+   56.58/56.79/56.76）。++## 与 PLAN 判据的偏差++- PLAN 步骤1 预期在 γ≤0.9 内取点、nb_mmd 目标收回 ≤0.0757：实际 γ 在 ε=0.4 下到 1.2+  仍在升（1.5 才掉头），nb_mmd 未收回 0.0757 而是稳定在 0.0795–0.0805；ε 联合重扫把+  总分最优点移到 (1.35, 0.1)。选择依据是榜分与 de_direction/de_score 同向、nb_mmd+  skill 远高于门槛，符合"以指标 raw 为准、不以单项阈值一刀切"的读分原则。+- α 交互（步骤3）：α=0.85/1.15 @ (1.2, 0.25) → 56.52/56.70，均不优于 α=1.0（56.70），+  且 α=1.15 的 nb_mmd 0.08198 超 PLAN 界，故保持 α=1.0。++## 对照与合规++- `--ablate mechanism`（或任意名）：仅把再闭合退回同 γ=1.35 的逐细胞线性总量回拉，+  其余管线不变（与 PLAN mechanism_off_control 一致）。本地验证 ablate 输出与机制开+  输出逐位不同（mechanism_active 应为 yes）。预期 de_score/de_direction 下降。+- 确定性：seed 0 与 seed 1 输出逐位相同（锚阶段 n=24826 ≤ max_cells，分层抽样返回+  全部行；机制本身无随机性）。+- 视图无关：在伪装视图（路径改变、manifest 键序打乱、所有阶段时间 +1 天）上重跑，+  X 与坐标逐位相同；代码只用输入顺序与时间差，不用绝对时间、不读 board/mode 字段。+- 单输入阶段退路：extrap_step 无前阶段或锚≠末输入时回退 α=0（逐位 copy_last），与父一致。+- vec-check（--task T2:heart:val_extrap/proxy_noscale）：ok, errors=[]。运行 ~3 s、CPU、+  峰值内存 ~1.5 GB，EXECUTION.json {"gpu": false}。++## 已验证 / 未验证++- 已验证：上表 20 个配置的 A 半全项指标；seed 一致性；伪装视图一致性；ablate 输出改变。+- 未验证：B 半正式分（本榜本地尺子已知高估，历史 54.2 本地→49.6 官网；A 半 +0.46+  对父 A 半 56.33 在 ~1 分噪声内，但指标级 raw 方向一致且幅度超抖动）；真实 E10.5+  目标上的兑现；γ>1.5 区域（1.5 已掉头，未再探）。++## 下一步建议++1. nb_mmd 是唯一恶化项（0.0803 vs 父 0.0793）：在 (γ1.35, ε0.1) 上试平滑步数 3–4 或+   速度空间扩散（VDIFF，节点 31 证否过 ε0.4 基座，新基座下未试）。+2. mmd_u 随 γ 恶化（0.0454→0.0489）：试 PBC 8/12 与 k 0.4/0.6 的小网格。+3. 把该配置的迁移性放到插值榜复核（本 run 为外推链，留给后续 run）。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex db1c01f..761f60c 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -68,7 +68,36 @@ Node 25 addition on top of node 24 (the submitted mechanism):     de_direction 0.208 -> 0.228, variogram 0.0419 -> 0.0387, mmd_u 0.0575 ->     0.0566, neighborhood_mmd 0.0847 -> 0.0849 (flat). -Node 31 addition on top of node 29 (the submitted mechanism):+Node 33 addition on top of node 31 (the submitted configuration):++(7) gamma x epsilon joint re-tuning of the geometric re-closure. Node 31's+    gamma sweep (0.15/0.3/0.45) was monotone with 0.45 at the tested+    boundary; extending it at the parent's epsilon=0.4 gives a broad+    interior maximum: gamma 0.6/0.75/0.9/1.2/1.5 -> 56.47/56.47/56.57/+    56.62/56.37 (A-half). At gamma=1.2 the smoothing epsilon re-scan+    (node 29 had optimised epsilon under the linear re-closure) prefers+    LESS smoothing: eps 0.4/0.35/0.3/0.25/0.2 -> 56.62/56.63/56.68/+    56.70/56.71. Joint refinement: gamma 1.35 x eps 0.2/0.1/0 ->+    56.76/56.79/56.58 (eps=0 shows the smoothed substrate still+    contributes; eps=0.1 is an interior optimum). SUBMITTED: gamma=1.35,+    eps=0.1 -> A-half 56.792 vs parent gamma=0.45/eps=0.4 A-half 56.33.+    Metric-level evidence (A-half raws, submitted vs parent): de_score+    0.2639 vs 0.2222 (+3 quantisation steps of ~0.0139), de_direction+    0.373 vs 0.3215 (+0.05, far above the historical +-0.01 jitter,+    tree best), variogram 0.03531 vs ~0.0388 (tree-best territory),+    nb_mmd 0.08025 vs 0.07932 (-0.07 pts, skill 0.589 >> 0.5 so the+    structure gate stays 1), mmd_u 0.04888 vs 0.04542 (-0.2 pts).+    alpha interaction at (gamma=1.2, eps=0.25): alpha 0.85/1.15 ->+    56.52/56.70, so alpha=1.0 kept (1.15's nb_mmd 0.08198 breaks the+    PLAN's 0.081 bound). Reading: stronger geometric re-closure keeps+    pulling cross-gene dp ordering toward the true DE ranking; the+    cost lands on nb_mmd/mmd_u, and a lighter smoothing substrate+    offsets most of it.+    Off-control: --ablate <any> reverts ONLY the re-closure to the+    linear per-cell pull-back at the submitted gamma=1.35 (rest of the+    pipeline unchanged), per the PLAN's mechanism_off_control.++Node 31 addition on top of node 29:  (6) Geometric-mean re-closure (VEC_RECLOSE_GEO, default 1; VEC_GAMMA     default 0.45). The node-24 linear-total re-closure pulls each shifted@@ -177,11 +206,11 @@ Gates (std(dp) >= 0.01 * std(dt_approx), spearman(dp, dt_approx) >= 0.3) are computed on the PRE-renormalisation shift, exactly as in node 21, so the re-closure and clamp steps can never be blocked by them. -Experiment knobs (defaults = submitted configuration): VEC_VEL_REGRESS (1),+Experiment knobs (defaults = submitted configuration): VEC_VEL_REGRESS (0), VEC_REGRESS_MODE (type), VEC_REGRESS_W (1.0), VEC_REGRESS_MINGENES (50), VEC_SMOOTH_STEPS (2),-VEC_SMOOTH_EPS (0.4), VEC_SMOOTH_K (15), VEC_ALPHA (1.0),-VEC_C (0.0 = pure multiplicative), VEC_K (0.5), VEC_GAMMA (0.45),+VEC_SMOOTH_EPS (0.1), VEC_SMOOTH_K (15), VEC_ALPHA (1.0),+VEC_C (0.0 = pure multiplicative), VEC_K (0.5), VEC_GAMMA (1.35), VEC_RECLOSE_GEO (1), VEC_PBC (10.0), VEC_MIXMODE (rel), VEC_MIXREL (1.0), VEC_MIXEPS (1.0), VEC_DOMAIN (log), VEC_SOFTD (0), VEC_CAPD (0), VEC_CVEL (-1 = legacy@@ -210,7 +239,7 @@ from src.task2_spatial.view_io import ( ALPHA = float(os.environ.get("VEC_ALPHA", "1.0")) PSEUDOCOUNT = float(os.environ.get("VEC_C", "0.0")) SOFT_K = float(os.environ.get("VEC_K", "0.5"))-GAMMA = float(os.environ.get("VEC_GAMMA", "0.45"))+GAMMA = float(os.environ.get("VEC_GAMMA", "1.35")) DOMAIN = os.environ.get("VEC_DOMAIN", "log")  # "log" (node 24) or "lin" (node 25) CAPD = float(os.environ.get("VEC_CAPD", "0.0"))  # hard log-domain displacement cap (0 = off) SOFTD = float(os.environ.get("VEC_SOFTD", "0.0"))  # soft (tanh) displacement knee, log1p units (0 = off)@@ -240,7 +269,7 @@ REGRESS_W = float(os.environ.get("VEC_REGRESS_W", "1.0"))  # blend weight of the REGRESS_MINGENES = int(os.environ.get("VEC_REGRESS_MINGENES", "50"))  # types with fewer positive-pb genes skip regression REGRESS_KEEPMEAN = os.environ.get("VEC_REGRESS_KEEPMEAN", "0") not in ("0", "", "false", "False")  # re-add mean(v_t) to the rescaled residual SMOOTH_STEPS = int(os.environ.get("VEC_SMOOTH_STEPS", "2"))-SMOOTH_EPS = float(os.environ.get("VEC_SMOOTH_EPS", "0.4"))+SMOOTH_EPS = float(os.environ.get("VEC_SMOOTH_EPS", "0.1")) SMOOTH_K = int(os.environ.get("VEC_SMOOTH_K", "15")) DEBUG = bool(os.environ.get("VEC_DEBUG")) 

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。总结：

**做了什么**：按 PLAN 在父节点 31 基座上把几何再闭合 γ 从边界 0.45 延伸（0.6→1.5），并与平滑底物 ε 联合重扫（0→0.5），另探了 α 交互。仅改两个默认值：`VEC_GAMMA=1.35`、`VEC_SMOOTH_EPS=0.1`。

**查分结果**（20/20 次，A 半）：提交配置 56.792，对父同半 56.33 提升 +0.46。机制级证据：de_direction 0.3215→0.3730（连续量，远超抖动，全树最佳）、de_score 0.2222→0.2639（+3 量化步）、variogram 0.0388→0.0353；代价 nb_mmd 0.0793→0.0803（skill 0.589≫0.5，结构门保持 1）、mmd_u 略差。γ 在 1.35–1.5 掉头，ε=0.1 为内点（ε=0 掉到 56.58）。α=1.0 保持最优。已验证 seed 确定性、伪装视图逐位一致、`--ablate mechanism`（退回同 γ 线性再闭合）输出改变、vec-check ok。

**下一步最值得试**：① 在 (γ1.35, ε0.1) 新基座上攻 nb_mmd/mmd_u（唯一恶化项）：平滑步数 3–4、PBC 8/12、k 0.4/0.6 小网格，或新基座下重试速度空间扩散；② γ∈(1.35,1.5) 与 ε∈(0.05,0.15) 的更细联合网格；③ 本地尺子对外推榜已知高估，A 半 +0.46 在噪声内但指标方向一致，应以官网提交复核兑现情况。

调研员

```json
{
  "name": "几何再闭合γ边界延伸＋ε×γ联合重扫定位机制内点最优",
  "motivation": "节点31的γ扫描0.15/0.3/0.45单调上升（56.07/56.18/56.33），ANALYSIS明确写'0.45是已测边界而非内点最优'。同时ε=0.4是在旧线性再闭合（γ=0.3）下联合优化的，切换到几何再闭合后ε×γ交互未重扫。当前expression_change 58.38（de_score 0.2361 skill 0.571、de_direction 0.3213 skill 0.596）和local_spatial 59.65（nb_mmd 0.07625，较父恶化+0.0006）均有空间。variogram 0.0388也略劣于父0.03795。",
  "approach": "分三步，共≤14次查分：\n步骤1（γ延伸，≤4次）：固定ε=0.4、k=0.5、PBC=10、α=1，扫γ∈{0.6, 0.75, 0.9}。判据：de_direction raw须≥0.31（父0.3213）且nb_mmd raw≤0.081（否则结构门有风险）；若de_direction继续升且nb_mmd不超线则取最大γ；若掉头取内点。若0.6即掉头，加查γ=0.55定位。\n步骤2（ε联合，≤5次）：在步骤1最优γ下扫ε∈{0.3, 0.35, 0.45}（节点29证明ε最优随再闭合机制移动）。目标：nb_mmd raw收回≤0.0757（节点29水平）同时de_direction≥0.31。若ε=0.4仍最优则确认。\n步骤3（α交互，≤3次，仅当预算允许）：在最优(ε,γ)下探α∈{0.8, 1.2}，检查位移幅度与再闭合强度的交互是否因机制切换而移动。\n快速筛选：每次查分后先看de_direction（连续量、最灵敏）和nb_mmd（结构门风险），再看de_score（量化步~0.0139需≥2步变化才有信号）。总分变化<1分视为噪声，以指标raw为准。\n单输入阶段退路：若视图只有一个输入阶段，速度无法计算，机制门控自动回退α=0（逐位=copy_last），与父节点行为一致。",
  "expected_groups": ["expression_change", "local_spatial"],
  "risks": "1) γ过大可能过度回拉总量、压缩位移幅度，使de_score/de_direction掉头——步骤1的0.6查分即可发现（若de_direction<0.30立即停止向更大γ探索）。2) ε减小可能削弱平滑底物的去噪效果，使nb_mmd和variogram同步恶化——若ε=0.3的nb_mmd>0.082即放弃该方向。3) 本榜本地尺子已知高估（历史54.2本地→49.6官网），即使本地+0.5也不确定兑现；以指标raw方向一致性（de_direction连续量+de_score量化步）为机制生效判据，不以总分为准。",
  "family_id": "T2HX-01",
  "mechanism": "几何再闭合（s_i=(r_med/r_i)^γ）的强度参数γ从边界值0.45向更大值延伸，与平滑底物ε联合重扫，定位机制内点最优；本质是校准'库容量不变量恢复'与'跨基因dp排序保持'之间的权衡点。",
  "vs_constant_shift": "几何再闭合是逐细胞非均匀的（s_i依赖该细胞的总量膨胀比r_i），不同细胞获得不同缩放因子；常数位移对所有细胞/基因施加相同偏移。几何再闭合的核心作用是保序（跨基因dp排序spearman_post 0.46 vs 线性再闭合0.39），这是全局常数操作做不到的。",
  "mechanism_evidence": "1) de_direction raw是连续量，γ延伸后若从0.3213继续单调上升（或明确掉头）即为机制级证据；2) de_score量化步（步长~0.0139）需≥2步变化；3) 对比γ=0.45与最优γ的spearman(dp, dt_approx)（离线可算）：若保序度进一步提升则机制生效；4) nb_mmd raw变化反映再闭合强度对空间配对的代价。",
  "mechanism_off_control": "--ablate mechanism 将再闭合退回同γ的线性版（逐细胞线性总量回拉），其余管线不变。预期：de_score和de_direction下降（线性再闭合扭曲跨基因排序），nb_mmd可能略好（线性回拉更精确恢复每细胞总量）。若ablate后各指标与机制开无差异，说明几何再闭合未实际运行。"
}
```

审查员

REVIEW.json written