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节点 n51

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 4f4df85174:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 a88ea2bb46。改动的文件：solution/METHOD.md +7 −58

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 8012454..28aebc9 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,60 +1,9 @@-型内前沿解码 β=-0.20（扩散前）移植到节点45基座，并按 PLAN 把 γ 重扫到 2.5、型因子封顶 cap 放宽到 10+[auto: Engineer 未完成] 节点49基座换q=0.7分位再闭合参考并重耦合γ×W×β -## 方法（family T2HX-01，improve，父=节点45）+（harness 在 Engineer 会话开始前按 PLAN 写入的占位；Engineer 没有改写它。方法说明与知识来源以 PLAN 为准。） -在父节点45的完整管线（ε=0.1 扩散底物、rel 速度乘法外推 α=1/k=0.5、外部同时刻复制样去批次 w=0.3、-几何再闭合 + β_rec=0.15 低通、同型 NN 再闭合参考、速度扩散 W=0.7、方差对齐、PBC=10、逐基因 Newton-伪批量复原、双硬门控；坐标/行序/细胞数/组成冻结）之上，按 PLAN 做三处改动：--1. **型内前沿解码（PLAN step 1，本节点机制）**：对每个型 t（≥10 个锚细胞、‖v_t‖>0、投影 std>0），-   计算细胞 i 的锚表达在该型速度方向 v_t（软阈值后、外部校正后、未扩散的按型速度）上的标准化投影-   `z_i = (dot(x_i, v_t) − mean_t)/std_t`，主路径速度按 `v_i ← v_i · max(1+β·z_i, 0)` 调制。β<0 使-   前沿（z_i 大，已表达未来程序）细胞少移、后沿细胞多移，在型内沿速度轴产生同步化收缩，制造位移场的-   空间异质性。**施加在速度扩散 W=0.7 之前**（`VEC_BETA_PRE=1`）：PLAN step 1 原拟在扩散之后施加，但-   实测扩散后 nb_mmd 改善仅 0.00013（<0.001，PLAN risk 1 的稀释判据触发），扩散前更高，故采用扩散前。-2. **γ 重扫（PLAN step 3）**：在调制后速度下把几何再闭合强度 γ 从父的 1.5 重扫 {1.5,1.7,2.0,2.5}，-   cap=10 时内点峰在 **γ=2.5**（γ=3.0 时 nb_mmd 反弹到 0.0713、board 回落）。-3. **cap 放宽（PLAN step 4，节点47经验）**：同型再闭合参考的封顶 `VEC_REC_CAP` 从 3 放宽到 **10**-   （cap=∞ 时 nb_mmd/variogram 变差、board 58.73；cap 10~20 是平台，取 PLAN/节点47 指定的 10）。--**dp 钉死保护**：平行（钉死）路径消费**未调制**的干净速度，写出的逐基因伪批量被 Newton 复原钉到它，-所以 β 机制对 de_score/de_direction **逐位冻结**（全部 β 档 de_score=0.3333、de_direction=0.4058，与-β=0 逐位相同）；机制只能在基因列内**再分配**表达，不能移动群体均值。γ/cap 会改变平行路径的再闭合、-从而移动 dp 钉死目标（这是 γ 提升 de_score 的原因，与 β 无关）。--## 关键参数（提交=默认）--`VEC_BETA=-0.20`、`VEC_BETA_PRE=1`、`VEC_BETA_MIN_CELLS=10`、`VEC_GAMMA=2.5`、`VEC_REC_CAP=10.0`；-其余全部承父节点45。`--ablate <任意名>` 只把 β 置 0（γ/cap 保持 2.5/10），即 PLAN 的 mechanism_off_control。--## 验证过什么--- **机制生效（PLAN mechanism_evidence 全部满足，A 半 proxy_noscale）**：γ=2.5/cap=10 下 β 从 0→−0.30 六档，-  nb_mmd 单调下降 0.07087→0.06958、mmd_u 单调下降 0.04064→0.03930（二者正是父最弱的 skill 0.623/0.582），-  variogram 单调上升（付出）0.03186→0.03316，de_score/de_direction 逐位不变；型内位移 std=|β|>0（33/33 型被调制），-  非退化为常数。ablate(β=0) 与提交输出**逐位不同**（24765/24826 个细胞被改），mechanism_active=yes。-- **五项可变 raw 全部优于父基座**：提交 vs 父节点45 基线（A 半）——de_score 0.2917→0.3333、de_direction-  0.3856→0.4058、mmd_u 0.04292→0.03972、variogram 0.03446→0.03285、nb_mmd 0.07173→0.06994；形状组坐标-  冻结在地板 skill 0.500、结构门=1。board A 半 58.125→**58.946**（+0.82）。-- **增益分解（诚实说明）**：γ/cap 重扫（PLAN step 3/4）贡献主体——β=0 时 γ2.5/cap10 = 58.889（较父 +0.76）；-  β 机制在其上再加 +0.057（board），幅度在 T2 约 1 分噪声内，但其 nb_mmd/mmd_u 的单调改善是结构性的、-  跨 6 档一致（父 ANALYSIS 的判据：方向一致性比总分更可信）。-- **网格**：γ@cap10 {2.0,2.5,3.0}=58.717/58.905/58.876；cap@γ2.5 {3,10,20,∞}=58.659/58.905/58.907/58.729；-  扩散前 vs 后@γ2.5cap10β-0.10 = 58.905 vs 58.889（前略高，采用前）。共 13 次 vec-score 查分。-- **确定性 / 格式 / 视图无关**：默认运行与已查分的 β=-0.20 预测**逐位一致**；seed 0 两次逐位一致；-  vec-check（`--task T2:heart:val_extrap/proxy_noscale`）status=ok；X float32、基因=genes.txt 同序、无 NaN、-  n=24826∈[1000,25179]、spatial_3D 有限。本节点新增计算只用表达/坐标/时间差（外推步长），不读绝对发育时间、-  不读视图路径/文件名、不硬编码任何由已发布阶段尺寸或保留阶段测量算出的常数——伪装视图（时间平移）下不变-  （承父节点45已验证的视图无关性，新增机制未引入绝对时间依赖）。-- **单输入退路**：prev_entry 为空时整个外推分支不进入 → 无速度、无调制 → 逐位 copy_last（承父）。--## 没验证 / 风险--- 只在 A 半 proxy_noscale 查分；B 半（正式分）与终选保留尺子未查。外推榜本地尺子已知可能高估，β 带来的-  +0.057 board 在噪声内，不应视为确定收益；但五项 raw 同向改善（尤其 nb_mmd 这个 25 分权重项）是选它的依据。-- β 在 A 半单调升到网格外 −0.30（58.982），提交取 PLAN 网格边界 −0.20 以 disciplined、避免 A 半过拟合；-  更强 β 的边际 board 增益（≤+0.036）远小于 T2 噪声，不值得追。-- final/真实视图、external/ 为空或不同的挂载未在本会话直接跑（机制不依赖 external，去批次 w=0.3 承父、-  external 为空时退化为不去批次的父基座管线，已由父验证）。-- 机制来源：无外部生物先验知识、无文献/数据库测量；全部改动是数据驱动的几何/统计变换（表达投影、时间差、-  再闭合封顶），不含任何保留阶段或保留基因型的测量值。+- family_id: T2HX-01+- mechanism: 把同型再闭合参考从型内位移因子的中位数（q=0.5）改为 0.7 分位数：每型位移因子向该型自身位移分布的 70% 分位锚定，保留更多型间亮度/位移结构，供 neighborhood_mmd 的表达-位置配对消费；配套在新基座下重耦合 γ（再闭合强度）、W（速度扩散）、β（前沿解码）。+- approach: 在节点49完整管线（β=-0.20 扩散前前沿解码、外部批次校正 w=0.3、速度扩散 W=0.7、ε=0.1 底物、cap=10、dp钉死、双硬门控、坐标/行序/细胞数/组成冻结）上做一处结构改动 + 重耦合重扫：(1) VEC_TYPEREC_Q 从 0.5 改为 0.7（同型 NN 再闭合参考从型内位移因子中位数改为 0.7 分位数），γ、β、W 初值沿用提交值。(2) 粗扫约7次查分：γ∈{2.0,2.5,3.0}×W∈{0.5,0.7}（β固定-0.20）。注意 γ 在 q=0.7 分支的内点峰可能≠2.5（节点47在q=0.7时峰在2.0），以数据定。(3) 细扫约6-8次：围绕粗扫最优点扫 β∈{-0.20,-0.30}（父49已证 nb_mmd/mmd_u 随|β|单调改善到-0.30），必要时 W 加一档。选点准则不看榜分差（<1分为噪声），看五项可变 raw（de_score、de_direction、mmd_u、variogram、nb_mmd）：要求 nb_mmd 与 mmd_u 严格优于父49（<0.0663、<0.03856），且≥4/5 项不差于父49；同等时优先 nb_mmd（权重25+门）。(4) 提交前：最优配置复跑1次确认可重现（A/B半差<1）、--ablate q05 确认机制开/关逐位不同、日志记录各型再闭合因子的型间 std（q=0.7 vs q=0.5）。dp 钉死平行路径继续消费未调制速度，DE 对 q/β 冻结；若榜分增益在噪声内，以 raw 同向单调为接受依据（父ANALYSIS判据）。(5) 单输入退路：prev_entry 为空→无速度→无调制无再闭合→逐位 copy_last（承父，逐位不变）。external/ 为空→退化为不去批次（承父）。若预算有余（≤2次）可做父ANALYSIS建议3的A/B：z_i 投影轴改用扩散后速度方向，仅当主机制已选定且查分余额≥3时执行，否则不做。止损：若 q=0.7 下最优配置仍不能同时改善 nb_mmd 与 mmd_u，按父提交逻辑不劣化提交（选五项 raw 最优配置；若全部劣于父则以 ablate 态=父管线逻辑提交并报告）。+- mechanism_off_control: --ablate q05：同一程序把 VEC_TYPEREC_Q 置回 0.5（中位），γ、cap、W、β、w、ε 全部保持提交值——即节点49的中位基座管线。预期差别：ablate 的 nb_mmd 回到≈0.0663（父49水平）或更差，型间因子 std 变小，mmd_u/variogram 可能略好；两项 DE 逐位相同（都吃未调制速度的钉死路径）。若 ablate 与提交逐位相同，说明 q 改动未生效，须排查后再评。+- parent: node 49

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果（ANALYSIS.json）。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

调研员

定。(3) 细扫约6-8次：围绕粗扫最优点扫 β∈{-0.20,-0.30}（父49已证 nb_mmd/mmd_u 随|β|单调改善到-0.30），必要时 W 加一档。选点准则不看榜分差（<1分为噪声），看五项可变 raw（de_score、de_direction、mmd_u、variogram、nb_mmd）：要求 nb_mmd 与 mmd_u 严格优于父49（<0.0663、<0.03856），且≥4/5 项不差于父49；同等时优先 nb_mmd（权重25+门）。(4) 提交前：最优配置复跑1次确认可重现（A/B半差<1）、--ablate q05 确认机制开/关逐位不同、日志记录各型再闭合因子的型间 std（q=0.7 vs q=0.5）。dp 钉死平行路径继续消费未调制速度，DE 对 q/β 冻结；若榜分增益在噪声内，以 raw 同向单调为接受依据（父ANALYSIS判据）。(5) 单输入退路：prev_entry 为空→无速度→无调制无再闭合→逐位 copy_last（承父，逐位不变）。external/ 为空→退化为不去批次（承父）。若预算有余（≤2次）可做父ANALYSIS建议3的A/B：z_i 投影轴改用扩散后速度方向，仅当主机制已选定且查分余额≥3时执行，否则不做。止损：若 q=0.7 下最优配置仍不能同时改善 nb_mmd 与 mmd_u，按父提交逻辑不劣化提交（选五项 raw 最优配置；若全部劣于父则以 ablate 态=父管线逻辑提交并报告）。",
 "expected_groups": ["local_spatial", "cell_state"],
 "risks": "(1) q=0.7 可能牺牲父49在 mmd_u/variogram 上的中位优势（两支各有所长），粗扫第一组（γ=2.5, W=0.7, q=0.7）即对照父峰值：若 mmd_u 与 variogram 双双明显劣化且 nb_mmd 无收益，立即止损；可试 q=0.6 作一次性补救但不追加。(2) 增益可能整体在 T2 约1分噪声内——预先声明以五项 raw 同向改善+单调性为接受判据，不追榜分；rank3 由复跑判定。(3) γ 峰位随 q 移动，若细扫在网格边界（2.0 或 3.0）出现单调，补1-2次外推查分确认是否内点。(4) 节点50（节点48下，engineering）可能在做反向嫁接（q=0.7基座加β=-0.20/γ=2.5），本方案与其互为镜像，若其先成且更优，本节点信息仍有交叉验证价值。(5) ablate 必须只关 q（回0.5），不得连带改 γ/β，否则机制归因失效。",
 "family_id": "T2HX-01",
 "mechanism": "把同型再闭合参考从型内位移因子的中位数（q=0.5）改为 0.7 分位数：每型位移因子向该型自身位移分布的 70% 分位锚定，保留更多型间亮度/位移结构，供 neighborhood_mmd 的表达-位置配对消费；配套在新基座下重耦合 γ（再闭合强度）、W（速度扩散）、β（前沿解码）。",
 "vs_constant_shift": "q 分位基线按型计算、随每型自身位移分布与速度幅度缩放，型间不对称地改变位移因子；不是对全体基因/细胞的统一乘加，也不改细胞组成。关闭它（回中位）会在大量基因×细胞上非均匀地改变输出，而常数位移只会平移伪批量且被 chance 校正与 dp 钉死吃掉。",
 "mechanism_evidence": "(1) 各型再闭合因子的型间 std：q=0.7 应大于 q=0.5（型间结构保留更多的直接证据，写入日志）；(2) nb_mmd raw 应随 q 0.5→0.7 下降并向节点48水平（0.06313）靠拢，同时 mmd_u/variogram 不显著回退；(3) ablate(q=0.5) 与提交输出逐位不同，harness 判 mechanism_active=yes；(4) DE 两项保持逐位冻结（证明变化来自再闭合/分布而非 dp 目标漂移）；(5) γ 或 β 单变量扫描下 nb_mmd/mmd_u 方向一致，排除单点噪声。",
 "mechanism_off_control": "--ablate q05：同一程序把 VEC_TYPEREC_Q 置回 0.5（中位），γ、cap、W、β、w、ε 全部保持提交值——即节点49的中位基座管线。预期差别：ablate 的 nb_mmd 回到≈0.0663（父49水平）或更差，型间因子 std 变小，mmd_u/variogram 可能略好；两项 DE 逐位相同（都吃未调制速度的钉死路径）。若 ablate 与提交逐位相同，说明 q 改动未生效，须排查后再评。"}
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