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节点 n16
tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-093415-search-t1-r2-D-s1 |
|---|---|
| 父节点 | n13 |
| 子节点 | n20 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 调参 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 54.91(+1.3) · X3 52.26(+1.9) · proxy10 60.21(+0.0) · 3 次复测均分 54.82 |
| 审查 | 通过 检查1(越界读取):未发现问题——run.py 只读 os.path.join(view, ...) 下的 genes.txt/manifest.json/input_*.h5ad(L33、L38、L319),无绝对路径、..、/mnt、/home、data/raw、downloads、打分器或 src/common/evaluation 路径,无联网;L85/L250 import 的 src.task1_temporal.reweight 是 harness 提供的官方种子重加权先验模块,不在禁止路径清单内。; 检查2(硬编码目标统计量):未发现问题——代码中无写死的比例表或大段数值常量… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 10 分 |
| 程序版本 | 500a4266b189d0aff536c2ca4247fc44802d3a8b (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 500a4266b1:solution/METHOD.md
tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.
manifold_ode v2:ODE 速度范数只做型内细胞选择(不再位移表达),叠加两阶段类型频率趋势重加权;单输入退路=心脏解剖组成先验重加权+型内增殖程序(λ=0.15)。
方法(family_id: manifold_ode,按 PLAN Fix1/Fix2 实现后按查分证据修正)
两输入路径(X3、final)
- ODE 训练与节点 11 相同:HVG(2500)+PCA(25) 潜空间,MLP 26→48→48→25,Sinkhorn(blur=0.05) 匹配相邻输入阶段,λ_v=0.05,kNN(k=8) 流形惩罚 λ_m=0.1,≤200 epochs/120s。
- 组成(型间):按两阶段类型频率趋势外推 w_t = c1_t · clip((c1_t+5)/(c0_t+5), 0.2, 5)^T,T=(t_target−t_last)/(t_last−t_prev) 并截断 ≤2;largest_remainder 分配 n_out。纯数据驱动,无硬编码类型名。
- 机制(型内,ODE 速度):对末阶段全部细胞算 v_i=f(z_i,t=1),型内按 w_i=1+γ·clip(||v_i||/型内中位数,0.2,3)−1(γ=0.5)做无放回加权抽样(Gumbel top-k,seed 确定)——速度大的细胞(更动态/更晚成熟)被优先选中。表达不做任何位移(α=0 默认;PLAN 的 rank-K 速度投影位移已实现并用查分否决,见下)。
单输入路径(proxy10)
无法训练 ODE,继承节点 3/7 已验证策略(父节点教训:新家族在某视图无法运作时应继承父策略而非裸复制):
src.task1_temporal.reweight的解剖组成先验(心脏类型×1.6、边缘外胚层等×0.25、Neural Tube 剔除)重抽样 n_out 个真实细胞;- 型内表达程序 x_out = clip(x + λ·(x − mean_type)·z, 0),λ=0.15,z=型内增殖评分(16 个细胞周期标记基因均值,通用知识:Mki67/Top2a/Ccnb1/Cdk1 等)的归一化秩×2(均值≈1),即高增殖(更晚期)细胞被推离型均值更多——伪时间梯度替代 ODE 速度的退化形式。
对照与机制证据(X3,seed 0,A 半)
- 机制开(默认):X3 = 52.37(de_score +0.100,mmd 得分 16.33)。
- MECH_OFF=1(跳过型内速度加权→均匀抽样,λ_m=0,无位移;型间趋势重加权保留):X3 = 51.32(de_score +0.086,mmd 15.76)。机制净贡献 +1.05,主要落在 cell_state(mmd) 与 de 两项;速度加权确实改变了被选中的细胞集合(输出逐元素不同)。
- 位移机制被否决的证据:rank-5 速度投影位移 α=0.2 → X3 45.82(de_score −0.243、variogram 0.00203);纯速度范数全局重加权(无位移、无趋势重加权)→ 46.88(de_score −0.286)。说明 ODE 位移方向在 X3 上仍系统性押反,全局速度重加权也押错;把速度只用于型内排序后 de_score 首次转正(−0.22→+0.10)。
- proxy10 上被否决的变体:型内增殖加权抽样(maturity selection)+λ0.15 → 55.15,比均匀抽样+λ0.15 的 59.76 差 4.6(variogram 0.00103→0.00150),已回退。λ 扫描:0 → 59.04,0.15 → 59.76,0.3 → 58.96。
查分结果(A 半,seed 0)
- proxy10 = 59.76(父 52.75,de_direction 0.277、mmd 0.0288);X3 = 52.37(父 45.41,copy_last 47.92)。估算节点分 (59.76+2×52.37)/3 ≈ 54.8(父 47.86)。
已验证 / 未验证
- 已验证:两视图跑通、vec-check 通过、seed 确定(Gumbel/rng 全部走 default_rng(seed),torch.manual_seed(seed))、MECH_OFF 对照、λ/α/γ 部分扫描。视图无关:只用时间差比值 T 与视图内数据,无绝对时间、无路径/视图名判断。
- 未验证:final(E8.5+E9.5→E10.5,T=1,此时趋势外推更温和);γ、T 截断细扫;rank-K 位移在 final 上是否不同;proxy2 视图。
- 知识来源:细胞周期标记基因为通用增殖知识(非禁窗测量);心脏解剖组成先验来自 harness 提供的
src.task1_temporal.reweight快照(官方种子方法);未用任何保留阶段/禁窗数据。
下一步
- proxy10 的 λ 程序输出稠密、损伤 variogram:可把程序限制在 HVG 或保持稀疏(只对非零元素位移)。2) X3 型间趋势的 T 截断与平滑 s 可细扫;3) 型内速度选择可换为速度在型内秩(对尺度更稳健)。
调研员的计划
| 名称 | tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3. |
|---|---|
| 动机 | tune of #13 (op tune, arm D): round 1 of 2, half-A seed-mean gain +1.333 > 1 |
| 做法 | T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3. |
| 风险 | parameter tuning on half A only |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 3207dea9bb。改动的文件:solution/METHOD.md +2 −0、solution/run.py +2 −2
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex f149c74..d927619 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,3 +1,5 @@+tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.+ manifold_ode v2:ODE 速度范数只做型内细胞选择(不再位移表达),叠加两阶段类型频率趋势重加权;单输入退路=心脏解剖组成先验重加权+型内增殖程序(λ=0.15)。 ## 方法(family_id: manifold_ode,按 PLAN Fix1/Fix2 实现后按查分证据修正)diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 27de9fa..5ab89eb 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -237,11 +237,11 @@ def two_input_path(prev, last, n_out, seed, rng, mech_off, # ---- between-type composition: frequency-trend extrapolation ---- lab0 = prev.obs["celltype"].astype(str).to_numpy() lab1 = last.obs["celltype"].astype(str).to_numpy()- T = min(T_raw, 2.0) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))+ T = min(T_raw, 1.5) * float(os.environ.get("TSCALE", "1")) types = np.unique(lab1).tolist() c0 = {t: float((lab0 == t).sum()) for t in np.unique(lab0).tolist()} wtype = []- s = 5.0+ s = 3.0 for t in types: c1t = float((lab1 == t).sum()) ratio = (c1t + s) / (c0.get(t, 0.0) + s)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
没有记录调研来源。
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | solution/run.py 的 two_input_path 频率趋势外推里两个常数:T 上限 min(T_raw, 2.0) -> 1.5,平滑 s 5.0 -> 3.0;无其他逻辑改动(METHOD.md 仅加一行说明)。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | X3:全部收益都在这把尺子:mmd_u 0.0316 -> 0.02913(skill 0.514 -> 0.544,+0.90 分)、variogram 0.00171 -> 0.001477(skill 0.470 -> 0.513,+0.85 分),de_score -0.013 -> 0(+0.11)、de_direction 0.0595 -> 0.0674(+0.08);尺子分 50.31 -> 52.26(+1.95)。 cell_state:+2.00(56.72 -> 58.72),全部来自 X3 mmd_u 0.0316 -> 0.02913(+0.90 分),proxy10 无变化。 covariation:+2.83(48.00 -> 50.83),全部来自 X3 variogram 0.00171 -> 0.001477(+0.85 分,skill 首次越过地板 0.5)。总榜分 53.61 -> 54.91(+1.30),小于 T1 约 2 分噪声,方向与预期的 mmd/variogram 一致。 de_recovery:+0.29(51.37 -> 51.67),仅来自 X3 de_score 触到 0,噪声内。 direction:+0.22(56.62 -> 56.84),X3 de_direction +0.08 分,噪声内。 proxy10:完全无变化:四项原始值与得分逐位相同(de_score 0.1412/13.75、de_direction 0.2797/16.27、mmd_u 0.02857/20.20、variogram 0.001224/9.99),尺子分 60.21 -> 60.21,说明该尺子上 T_raw <= 1.5、clip 不起作用且 s 的影响被输出采样/量化吃掉。 |
| family_id | manifold_ode |
| 假设是否成立 | unclear |
| 经验 |
|
| mechanism_active | unclear |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 5 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 5 次:bash 3、write 1、edit 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 10,641 · 输出 2,038 · 思考 728 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n16 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/analyst.jsonl 17 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/analyst.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 5 |
| 工具调用 | 共 8 次:bash 5、read 3 |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 19,573 · 输出 1,232 · 思考 2,400 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n16 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/reviewer.jsonl 82 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/reviewer.stderr |
tune
| 角色 | tune alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 2 次 |
| 轮数 | 0 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 17,590 · 输出 1,430 · 思考 2,048 |
| 任务(第一行) | — |
| 最后的回答(摘录) | — |
| 原始记录位置 | — |
stream
| 角色 | stream |
|---|---|
| 调用次数 | 0 次 |
| 轮数 | 2 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 17,590 · 输出 1,430 · 思考 2,048 |
| 任务(第一行) | — |
| 最后的回答(摘录) | Looking at the results from round 0:
- The nonzero-only mask had zero effect on proxy10 (identical scores) — meaning the program wasn't creating new nonzeros where there were none (the shift was already mostly on nonzero elements, or the effect was negligible).
- γ=0.7 slightly hurt X3 (52.10 vs 52.21 baseline), particularly de_direction dropped (0.0696 vs 0.074).
So I should revert γ back to 0.5 and try a different direction.
Key observations:
- X3 variogram skill is 0.487 (below floor 0.5) — the weakest metric
- X3 de_score skill 0.525, de_direction 0.530 — modest
- The smoothing parameter s=5.0 in the frequency trend extrapolation hasn't been swept
- T clip at 2.0 hasn't been swept
For X3 (qiu_heart_early), T = (t_target - t_last)/(t_last - t_prev). If T is large, the trend extrapolation is aggressive. Reducing the clip from 2.0 to 1.5 would make composition more conservative, potentially improving variogram (less distortion of cell-type composition).
Also, reducing s from 5.0 to 3.0 makes the ratio more responsive to actual frequency changes (less smoothing), which could better capture which types are expanding.
Let me try: reduce T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative extrapolation), and reduce smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend signal). Both changes target the between-type composition which affects variogram and mmd.
CHANGE: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.
<<<<<<< SEARCH
T = min(T_raw, 2.0) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))
=======
T = min(T_raw, 1.5) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))
>>>>>>> REPLACE
<<<<<<< SEARCH
s = 5.0
=======
s = 3.0
>>>>>>> REPLACE |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/tune/0/stream.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/tune/1/stream.jsonl 3 KB |