Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n16

tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-093415-search-t1-r2-D-s1
父节点n13
子节点n20
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。调参
状态已打分
分数搜索目标分 54.91(+1.3) · X3 52.26(+1.9) · proxy10 60.21(+0.0) · 3 次复测均分 54.82
审查通过 检查1(越界读取):未发现问题——run.py 只读 os.path.join(view, ...) 下的 genes.txt/manifest.json/input_*.h5ad(L33、L38、L319),无绝对路径、..、/mnt、/home、data/raw、downloads、打分器或 src/common/evaluation 路径,无联网;L85/L250 import 的 src.task1_temporal.reweight 是 harness 提供的官方种子重加权先验模块,不在禁止路径清单内。; 检查2(硬编码目标统计量):未发现问题——代码中无写死的比例表或大段数值常量…
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。10 分
程序版本500a4266b189d0aff536c2ca4247fc44802d3a8b (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 500a4266b1:solution/METHOD.md

tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.

manifold_ode v2:ODE 速度范数只做型内细胞选择(不再位移表达),叠加两阶段类型频率趋势重加权;单输入退路=心脏解剖组成先验重加权+型内增殖程序(λ=0.15)。

方法(family_id: manifold_ode,按 PLAN Fix1/Fix2 实现后按查分证据修正)

两输入路径(X3、final)
  1. ODE 训练与节点 11 相同:HVG(2500)+PCA(25) 潜空间,MLP 26→48→48→25,Sinkhorn(blur=0.05) 匹配相邻输入阶段,λ_v=0.05,kNN(k=8) 流形惩罚 λ_m=0.1,≤200 epochs/120s。
  2. 组成(型间):按两阶段类型频率趋势外推 w_t = c1_t · clip((c1_t+5)/(c0_t+5), 0.2, 5)^T,T=(t_target−t_last)/(t_last−t_prev) 并截断 ≤2;largest_remainder 分配 n_out。纯数据驱动,无硬编码类型名。
  3. 机制(型内,ODE 速度):对末阶段全部细胞算 v_i=f(z_i,t=1),型内按 w_i=1+γ·clip(||v_i||/型内中位数,0.2,3)−1(γ=0.5)做无放回加权抽样(Gumbel top-k,seed 确定)——速度大的细胞(更动态/更晚成熟)被优先选中。表达不做任何位移(α=0 默认;PLAN 的 rank-K 速度投影位移已实现并用查分否决,见下)。
单输入路径(proxy10)

无法训练 ODE,继承节点 3/7 已验证策略(父节点教训:新家族在某视图无法运作时应继承父策略而非裸复制):

  1. src.task1_temporal.reweight 的解剖组成先验(心脏类型×1.6、边缘外胚层等×0.25、Neural Tube 剔除)重抽样 n_out 个真实细胞;
  2. 型内表达程序 x_out = clip(x + λ·(x − mean_type)·z, 0),λ=0.15,z=型内增殖评分(16 个细胞周期标记基因均值,通用知识:Mki67/Top2a/Ccnb1/Cdk1 等)的归一化秩×2(均值≈1),即高增殖(更晚期)细胞被推离型均值更多——伪时间梯度替代 ODE 速度的退化形式。

对照与机制证据(X3,seed 0,A 半)

  • 机制开(默认):X3 = 52.37(de_score +0.100,mmd 得分 16.33)。
  • MECH_OFF=1(跳过型内速度加权→均匀抽样,λ_m=0,无位移;型间趋势重加权保留):X3 = 51.32(de_score +0.086,mmd 15.76)。机制净贡献 +1.05,主要落在 cell_state(mmd) 与 de 两项;速度加权确实改变了被选中的细胞集合(输出逐元素不同)。
  • 位移机制被否决的证据:rank-5 速度投影位移 α=0.2 → X3 45.82(de_score −0.243、variogram 0.00203);纯速度范数全局重加权(无位移、无趋势重加权)→ 46.88(de_score −0.286)。说明 ODE 位移方向在 X3 上仍系统性押反,全局速度重加权也押错;把速度只用于型内排序后 de_score 首次转正(−0.22→+0.10)。
  • proxy10 上被否决的变体:型内增殖加权抽样(maturity selection)+λ0.15 → 55.15,比均匀抽样+λ0.15 的 59.76 差 4.6(variogram 0.00103→0.00150),已回退。λ 扫描:0 → 59.04,0.15 → 59.76,0.3 → 58.96。

查分结果(A 半,seed 0)

  • proxy10 = 59.76(父 52.75,de_direction 0.277、mmd 0.0288);X3 = 52.37(父 45.41,copy_last 47.92)。估算节点分 (59.76+2×52.37)/3 ≈ 54.8(父 47.86)。

已验证 / 未验证

  • 已验证:两视图跑通、vec-check 通过、seed 确定(Gumbel/rng 全部走 default_rng(seed),torch.manual_seed(seed))、MECH_OFF 对照、λ/α/γ 部分扫描。视图无关:只用时间差比值 T 与视图内数据,无绝对时间、无路径/视图名判断。
  • 未验证:final(E8.5+E9.5→E10.5,T=1,此时趋势外推更温和);γ、T 截断细扫;rank-K 位移在 final 上是否不同;proxy2 视图。
  • 知识来源:细胞周期标记基因为通用增殖知识(非禁窗测量);心脏解剖组成先验来自 harness 提供的 src.task1_temporal.reweight 快照(官方种子方法);未用任何保留阶段/禁窗数据。

下一步

  1. proxy10 的 λ 程序输出稠密、损伤 variogram:可把程序限制在 HVG 或保持稀疏(只对非零元素位移)。2) X3 型间趋势的 T 截断与平滑 s 可细扫;3) 型内速度选择可换为速度在型内秩(对尺度更稳健)。

调研员的计划

名称tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.
动机tune of #13 (op tune, arm D): round 1 of 2, half-A seed-mean gain +1.333 > 1
做法T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.
风险parameter tuning on half A only

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 3207dea9bb。改动的文件:solution/METHOD.md +2 −0、solution/run.py +2 −2

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex f149c74..d927619 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,3 +1,5 @@+tune of #13: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.+ manifold_ode v2:ODE 速度范数只做型内细胞选择(不再位移表达),叠加两阶段类型频率趋势重加权;单输入退路=心脏解剖组成先验重加权+型内增殖程序(λ=0.15)。  ## 方法(family_id: manifold_ode,按 PLAN Fix1/Fix2 实现后按查分证据修正)diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 27de9fa..5ab89eb 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -237,11 +237,11 @@ def two_input_path(prev, last, n_out, seed, rng, mech_off,     # ---- between-type composition: frequency-trend extrapolation ----     lab0 = prev.obs["celltype"].astype(str).to_numpy()     lab1 = last.obs["celltype"].astype(str).to_numpy()-    T = min(T_raw, 2.0) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))+    T = min(T_raw, 1.5) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))     types = np.unique(lab1).tolist()     c0 = {t: float((lab0 == t).sum()) for t in np.unique(lab0).tolist()}     wtype = []-    s = 5.0+    s = 3.0     for t in types:         c1t = float((lab1 == t).sum())         ratio = (c1t + s) / (c0.get(t, 0.0) + s)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么solution/run.py 的 two_input_path 频率趋势外推里两个常数:T 上限 min(T_raw, 2.0) -> 1.5,平滑 s 5.0 -> 3.0;无其他逻辑改动(METHOD.md 仅加一行说明)。
各组分数的变化X3:全部收益都在这把尺子:mmd_u 0.0316 -> 0.02913(skill 0.514 -> 0.544,+0.90 分)、variogram 0.00171 -> 0.001477(skill 0.470 -> 0.513,+0.85 分),de_score -0.013 -> 0(+0.11)、de_direction 0.0595 -> 0.0674(+0.08);尺子分 50.31 -> 52.26(+1.95)。
cell_state:+2.00(56.72 -> 58.72),全部来自 X3 mmd_u 0.0316 -> 0.02913(+0.90 分),proxy10 无变化。
covariation:+2.83(48.00 -> 50.83),全部来自 X3 variogram 0.00171 -> 0.001477(+0.85 分,skill 首次越过地板 0.5)。总榜分 53.61 -> 54.91(+1.30),小于 T1 约 2 分噪声,方向与预期的 mmd/variogram 一致。
de_recovery:+0.29(51.37 -> 51.67),仅来自 X3 de_score 触到 0,噪声内。
direction:+0.22(56.62 -> 56.84),X3 de_direction +0.08 分,噪声内。
proxy10:完全无变化:四项原始值与得分逐位相同(de_score 0.1412/13.75、de_direction 0.2797/16.27、mmd_u 0.02857/20.20、variogram 0.001224/9.99),尺子分 60.21 -> 60.21,说明该尺子上 T_raw <= 1.5、clip 不起作用且 s 的影响被输出采样/量化吃掉。
family_idmanifold_ode
假设是否成立unclear
经验
  1. 在 X3(qiu_heart_early,T_raw > 1.5)上把组成外推的 T clip 从 2.0 降到 1.5、平滑 s 从 5.0 降到 3.0,mmd_u 降 8%(0.0316->0.0291)、variogram 降 14%(0.00171->0.00148),两项合计 +1.75 分;说明更保守的组成外推 + 更锐的频率趋势在真实两输入尺子上是同向收益。
  2. 同一改动在 proxy10 上逐位零变化(四项原始值完全相同):该尺子 T_raw 未触及 1.5 的上限,参数扫描只对真正走 two_input_path 外推分支的尺子有效,选 sweep 目标前应先确认参数在该尺子上是否 binding。
  3. 总榜分 +1.30 小于 T1 约 2 分噪声,单靠一次总分不能判定 tune 有效;应看 score_parts 里目标项(此处 mmd_u、variogram)是否同向移动,本例两项都动且幅度超过各自地板分的几个百分点。
  4. X3 的 de_score 原始值 -0.013 -> 0,是负值被指标定义截到 0 的结果,不代表 DE 排序变好;de 两项各 +0.11/+0.08 分应视为噪声内。
  5. 耗时 54.8s -> 71.8s(+31%)而内存峰值不变 5.73GB:纯常数调整不应增加这么多时间,可能是重跑波动或 s 变小后重采样权重更极端导致更多迭代,tune 节点需留意耗时是否可复现。
mechanism_activeunclear
下一步建议
  1. 针对 X3:单独扫 T clip ∈ {1.2, 1.5, 1.8} 与 s ∈ {1.0, 3.0, 5.0} 的 3x3 网格(每次只动一个,避免本次两参同改无法归因),指标以 mmd_u、variogram 的原始值为主判据而非总分。
  2. 针对 proxy10:先打印该尺子的 T_raw 与两输入时间间隔,确认走的是 two_input_path 还是单输入退路;若 T_raw < 1.5,则 proxy10 需要另一族参数(型内选择阈值、λ=0.15 增殖程序)才能改善,不要继续在这条分支上调参。
  3. 针对 covariation/variogram(两把尺子上最弱项,proxy10 skill 恰为 0.500 地板、X3 0.513):在组成重加权之外,加入保持基因间共变的型内细胞选择(按 ODE 速度范数选细胞而非位移表达),而不是逐基因独立偏移或加独立噪声——后者按评分规则会直接损害 mmd_u 与 variogram。
  4. 针对 mechanism 判定:在 run.py 的 mech_off 分支下跑一次对照(关闭频率趋势重加权),确认 X3 的输出与得分确实随机制开关而变,以便后续节点能把机制收益与常数调参收益分开。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。5
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 5 次:bash 3、write 1、edit 1
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 10,641 · 输出 2,038 · 思考 728
任务(第一行)分析节点 n16 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/analyst.jsonl 17 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/analyst.stderr

审查员

角色审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数5
工具调用共 8 次:bash 5、read 3
用时1 分
token 数输入 19,573 · 输出 1,232 · 思考 2,400
任务(第一行)审查节点 n16 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞
最后的回答(摘录)
REVIEW.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/reviewer.jsonl 82 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/reviewer.stderr

tune

角色tune alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数2 次
轮数0
工具调用共 0 次:—
用时1 分
token 数输入 17,590 · 输出 1,430 · 思考 2,048
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)—
原始记录位置—

stream

角色stream
调用次数0 次
轮数2
工具调用共 0 次:—
用时1 分
token 数输入 17,590 · 输出 1,430 · 思考 2,048
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)
Looking at the results from round 0:
- The nonzero-only mask had zero effect on proxy10 (identical scores) — meaning the program wasn't creating new nonzeros where there were none (the shift was already mostly on nonzero elements, or the effect was negligible).
- γ=0.7 slightly hurt X3 (52.10 vs 52.21 baseline), particularly de_direction dropped (0.0696 vs 0.074).

So I should revert γ back to 0.5 and try a different direction. 

Key observations:
- X3 variogram skill is 0.487 (below floor 0.5) — the weakest metric
- X3 de_score skill 0.525, de_direction 0.530 — modest
- The smoothing parameter s=5.0 in the frequency trend extrapolation hasn't been swept
- T clip at 2.0 hasn't been swept

For X3 (qiu_heart_early), T = (t_target - t_last)/(t_last - t_prev). If T is large, the trend extrapolation is aggressive. Reducing the clip from 2.0 to 1.5 would make composition more conservative, potentially improving variogram (less distortion of cell-type composition).

Also, reducing s from 5.0 to 3.0 makes the ratio more responsive to actual frequency changes (less smoothing), which could better capture which types are expanding.

Let me try: reduce T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative extrapolation), and reduce smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend signal). Both changes target the between-type composition which affects variogram and mmd.

CHANGE: T clip from 2.0 to 1.5 (more conservative composition extrapolation), smoothing s from 5.0 to 3.0 (sharper frequency trend), to improve variogram and mmd on X3.

<<<<<<< SEARCH
    T = min(T_raw, 2.0) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))
=======
    T = min(T_raw, 1.5) * float(os.environ.get("TSCALE", "1"))
>>>>>>> REPLACE

<<<<<<< SEARCH
    s = 5.0
=======
    s = 3.0
>>>>>>> REPLACE
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/tune/0/stream.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-093415-search-t1-r2-D-s1/nodes/16/tune/1/stream.jsonl 3 KB