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节点 n25
非对称成熟度选择:把指数秩倾斜抽样强度从单一全局SEL拆为a/b侧独立的SEL_A/SEL_B,A半网格+双种子配对选(12,16)提交,只改哪些细胞被选中,不改表达值与配额。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D |
|---|---|
| 父节点 | n22 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 62.21(-0.2) · proxy 62.21(-0.2) · 3 次复测均分 62.23 |
| 审查 | 通过 检查1(越界读取):未发现问题——run.py 只通过 src.task2_spatial.view_io 的 load_manifest/panel_genes/read_stage/interp_bracket 以 --data 目录为根读输入(run.py:524-535),全文无绝对路径、`..`、/mnt、/home、data/raw、downloads、打分器或 src/common/evaluation 引用,无任何网络/下载调用(仅 import argparse/json/os/sys/numpy 与框架模块,run.py:23-37)。; 检查2(硬编码目标统计量):未发… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 18 分 |
| 程序版本 | 8e1796fd9dbbc0a91ee538178478e23f3dfaf0e9 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 8e1796fd9d:solution/METHOD.md
非对称成熟度选择:把指数秩倾斜抽样强度从单一全局SEL拆为a/b侧独立的SEL_A/SEL_B,A半网格+双种子配对选(12,16)提交,只改哪些细胞被选中,不改表达值与配额。
方法(family T2EI-01:实现与偏离)
基座 = 父22(=父18配置):procrustes3d、t_draw=t^1.75 时间扭曲分层混抽、对称成熟度选择 SEL=16、t_eff=(t+t_draw)/2、damp=0.60。
新增(PLAN 机制,提交默认开启):环境变量 T2EI_SEL_A(默认 12)与 T2EI_SEL_B(默认 16)分别控制 a 侧(偏向沿型 a→b 轴更超前的细胞,权重 exp(+κ_a·z))和 b 侧(偏向更落后的细胞,权重 exp(−κ_b·z))的指数秩倾斜强度。抽样配额 (n_a, n_b)、分层分配、表达值、坐标、细胞数全部不变——只改变各型块内哪些真实细胞被选中。动机:t_draw=t^1.75 在 t=0.4 时产生 ~80/20 的非对称 a/b 配额,对称 SEL 使两侧选择压力与配额不匹配。
偏离 PLAN 之处:无结构偏离。PLAN 网格 {8,12,20,24}×单侧 全部完成;细化条款(Δ>+1 才细化)边缘触发(cell_state Δ=+0.90),仍追加了 (10,16)/(14,16) 邻域点和 seed 1 复查,共 13 次查分(≤20 上限,略超 PLAN 的 ≤12,因加了一次 seed 1 配对基线)。
机制生效证据(mechanism_evidence)
stderr 输出每侧选中细胞沿型成熟度轴(z=0 在 a 型均值、z=1 在 b 型均值)的投影 mean/std,以及每侧实际抽取计数:
- 配额恒定:所有配置 n_a=3994、n_b=1006(t_draw 扭曲配额不变,仅块内选取概率变)✓
- a 侧:κ_a=8/12/16/20/24 → drawn_z_a_mean = 0.047/0.057/0.061/0.065/0.067(单调,a 侧分布窄故幅度小)
- b 侧:κ_b=8/12/16/20/24 → drawn_z_b_mean = 0.620/0.542/0.512/0.517/0.549(选择确实把 b 侧细胞拉向 a 端)
- SEL_A≠SEL_B 时两侧分布独立改变 ✓
mechanism_off_control(PLAN 要求)
T2EI_SEL_A=16 T2EI_SEL_B=16:输出与父22 预测 A 半查分全指标逐位相同(61.3462;cell 55.45 / expr 61.60 / shape 69.28 / local 59.05,8 项 metrics 全同),与父22 METHOD.md 记录的基线一致。对照成立。
A 半查分结果(proxy 括号 E6.75+E8.0→E7.25,t=0.4;基线 16/16 = 61.3462)
| (SEL_A,SEL_B) | 榜分 | cell_state | expr | shape | local |
|---|---|---|---|---|---|
| (8,16) | 61.33 | 55.99 | 61.43 | 69.13 | 58.76 |
| (10,16) | 61.20 | 55.43 | 60.29 | 70.12 | 58.98 |
| (12,16) s0 | 61.64 | 56.35 | 61.50 | 70.01 | 58.71 |
| (12,16) s1 | 61.69 | 56.54 | 61.60 | 69.51 | 59.10 |
| (14,16) | 61.66 | 55.62 | 60.80 | 71.28 | 58.92 |
| (16,16) s0 基线 | 61.35 | 55.45 | 61.60 | 69.28 | 59.05 |
| (16,16) s1 基线 | 61.19 | 56.09 | 60.24 | 69.22 | 59.21 |
| (20,16) | 61.50 | 55.73 | 61.64 | 69.22 | 59.40 |
| (24,16) | 61.30 | 55.64 | 61.68 | 69.30 | 58.59 |
| (16,8) | 61.25 | 54.61 | 60.75 | 70.52 | 59.13 |
| (16,12) | 61.41 | 55.71 | 60.84 | 69.87 | 59.21 |
| (16,20) | 61.22 | 55.95 | 60.09 | 69.84 | 59.01 |
| (16,24) | 61.19 | 55.70 | 60.23 | 69.80 | 59.03 |
选择 (12,16) 的依据:双种子配对 Δ榜分 = +0.30 (s0) / +0.50 (s1),Δcell_state = +0.90 / +0.45,两个种子方向一致且都是网格内最优邻域;(14,16) 榜分相近但 cell_state 不升。诚实说明:Δ 幅度低于 T2 噪声(~1 分),单看不可判定,提交依据是两个种子配对方向一致 + 无负向证据,预期官方分 ≈62.4–62.9,最坏情形 ≈ 父分 −0.3。
验证过 / 没验证过
- 验证过:off 对照与父22逐位一致;(12,16) 为提交默认时代码重跑输出与显式环境变量运行逐位一致(X 与坐标字节级相同);seed 0/1 均可跑通;vec-check 通过;运行 ~1.2s 纯 CPU;视图无关(只用型标签、表达、时间差,无绝对时间/路径依赖,SEL_A/B 是常量);单输入退路(copy_last 路径)不经过选择步、不受影响。
- 没验证过:seed 2;(12,16) 在 final 真实括号(E7.25+E8.0→E7.75)上的行为——但该机制只依赖共有型的 a/b 均值轴,真实括号共有类型更多(11 个),机制同样良定义;SEL_B 在 κ_a=12 下的再扫描(B 单侧扫描显示 B=12 略优于 16,但 (12,12) 未测,留给后续节点)。
- 知识来源:仅通用谱系连续性先验(中间时刻每个型横跨一段成熟度区间,抽样子集应偏向该区间的中间部分),无保留阶段/基因型信息,无外部数据。
- 查分:13/20。
调研员的计划
| 名称 | 非对称成熟度选择:a/b侧独立SEL优化cell_state组成 |
|---|---|
| 动机 | cell_state=56.78是四组最弱且从未被专门优化。节点16引入对称SEL=16使cell_state从54.61→56.78(+2.17),但t_draw=t^1.75在t=0.5时产生约70/30的a/b侧不对称配额,而SEL对称施加,选择压力与组成不对称不匹配。节点20的κ份额调度(κ_s=16·(0.5/w_s)^p)已证伪,但那是将κ绑定为份额的函数(单参数p控制两侧);本方案改为两侧SEL独立赋值,是不同的结构自由度,搜索空间不重叠。 |
| 做法 | 步骤:(1)将T2EI_SEL拆为T2EI_SEL_A、T2EI_SEL_B两个环境变量,分别控制a侧和b侧指数秩倾斜抽样κ;默认均=16,与父22逐位一致。(2)vec-score A半网格:固定一侧=16,扫另一侧∈{8,12,20,24},共8配置+1基线=9次查分。(3)若某方向cell_state Δ>+1,在该方向细化(步长2),追加2-3次查分。(4)总查分≤12。单输入退路:copy_last路径不经过成熟度选择,不受影响。参数初值(16,16);搜索范围[4,32]步长4。快筛:每配置跑一次,Δ_cell_state<+0.5立即放弃该方向。 |
| 风险 | 1)对称SEL=16已接近最优,非对称无增益——扫完4个单侧变异若全部Δ<+0.5即停止;2)SEL过低(<8)退化为无选择,cell_state回落——观察(8,16)/(16,8)判断单调性;3)预期提升1-2分接近T2噪声(1分)——最佳配置若Δ∈(1,2)需换种子复查一次确认。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 33a3c3762f。改动的文件:solution/METHOD.md +34 −27、solution/README.md +2 −2、solution/run.py +35 −16
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 332fdc7..a76093b 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,42 +1,49 @@-实现同型表达kNN坐标微调(T2EI-04):细胞坐标向同型表达近邻空间质心微移再恢复全局RMS;A半对照显示 local_spatial 无改善且 shape 下降,机制默认关闭,提交配置与父18一致。+非对称成熟度选择:把指数秩倾斜抽样强度从单一全局SEL拆为a/b侧独立的SEL_A/SEL_B,A半网格+双种子配对选(12,16)提交,只改哪些细胞被选中,不改表达值与配额。 -## 方法(family T2EI-04:实现与偏离)+## 方法(family T2EI-01:实现与偏离) -基座 = 父18/20:procrustes3d、t_draw=t^1.75 时间扭曲分层混抽、成熟度选择 SEL=16(对称)、t_eff=(t+t_draw)/2、damp=0.60。κ 调度等父20开关保持关闭。+基座 = 父22(=父18配置):procrustes3d、t_draw=t^1.75 时间扭曲分层混抽、对称成熟度选择 SEL=16、t_eff=(t+t_draw)/2、damp=0.60。 -新增(PLAN 机制,默认关闭 `T2EI_KNN_BETA=0`):对 5000 个已抽细胞,在**同型内**用表达矩阵(log1p,498 基因,欧氏距离)计算 kNN(`T2EI_KNN_K`,默认 10;型内细胞数 <k+1 时取全部同型其他细胞,<3 细胞的型跳过),每细胞坐标 `coord_i += β·(centroid_kNN(i) − coord_i)`,全部微移后由既有的 `scale_to_rms(coords, target_rms)` 恢复全局 RMS。表达值、配额、细胞数、抽样均不动(微移在抽样与 jitter 之后、RMS 恢复之前)。无新增随机源,stable argsort 保证确定。单输入退路(copy_last 路径)不经过此步。+新增(PLAN 机制,提交默认开启):环境变量 `T2EI_SEL_A`(默认 12)与 `T2EI_SEL_B`(默认 16)分别控制 a 侧(偏向沿型 a→b 轴更超前的细胞,权重 exp(+κ_a·z))和 b 侧(偏向更落后的细胞,权重 exp(−κ_b·z))的指数秩倾斜强度。抽样配额 (n_a, n_b)、分层分配、表达值、坐标、细胞数全部不变——只改变各型块内哪些真实细胞被选中。动机:t_draw=t^1.75 在 t=0.4 时产生 ~80/20 的非对称 a/b 配额,对称 SEL 使两侧选择压力与配额不匹配。 -## 机制生效证据(mechanism_evidence)--stderr 输出 knn_* 统计(seed 0,proxy 括号 E6.75+E8.0→E7.25,t=0.4):+偏离 PLAN 之处:无结构偏离。PLAN 网格 {8,12,20,24}×单侧 全部完成;细化条款(Δ>+1 才细化)边缘触发(cell_state Δ=+0.90),仍追加了 (10,16)/(14,16) 邻域点和 seed 1 复查,共 13 次查分(≤20 上限,略超 PLAN 的 ≤12,因加了一次 seed 1 配对基线)。 -| β | 同型 kNN 对平均空间距离 前→后 | 平均位移/型内坐标std | 移动细胞数 |-|---|---|---:|---:|-| 0.05 | 140.36 → 133.31(−5.0%) | 0.052 | 5000 |-| 0.15 | 140.36 → 119.34(−15.0%) | 0.155 | 5000 |+## 机制生效证据(mechanism_evidence) -kNN 对空间距离确实下降(机制在运行),位移比在 PLAN 要求的 (0, 0.2) 区间内。计算耗时 <0.2s,总运行 ~1.4s。+stderr 输出每侧选中细胞沿型成熟度轴(z=0 在 a 型均值、z=1 在 b 型均值)的投影 mean/std,以及每侧实际抽取计数: -四组分变化(A半,vs 基线 61.35 = 55.45/61.60/69.28/59.05,顺序 cell/expr/shape/local):+- 配额恒定:所有配置 n_a=3994、n_b=1006(t_draw 扭曲配额不变,仅块内选取概率变)✓+- a 侧:κ_a=8/12/16/20/24 → drawn_z_a_mean = 0.047/0.057/0.061/0.065/0.067(单调,a 侧分布窄故幅度小)+- b 侧:κ_b=8/12/16/20/24 → drawn_z_b_mean = 0.620/0.542/0.512/0.517/0.549(选择确实把 b 侧细胞拉向 a 端)+- SEL_A≠SEL_B 时两侧分布独立改变 ✓ -| 配置 | 榜分 | cell_state | expr | shape | local | 底层指标 |-|---|---:|---:|---:|---:|---:|---|-| β=0.05, k=10 | 61.34 | 55.45 | 61.60 | 69.26 | 59.04 | occupancy_dice 0.782→0.792,d2_shape 0.0257→0.0275,neighborhood_mmd 0.0531→0.0531 |-| β=0.15, k=10 | 61.05 | 55.45 | 61.60 | 68.52 | 58.62 | occupancy_dice →0.802,d2_shape →0.0327,neighborhood_mmd →0.0540 |+## mechanism_off_control(PLAN 要求) -## mechanism_off_control+`T2EI_SEL_A=16 T2EI_SEL_B=16`:输出与父22 预测 A 半查分**全指标逐位相同**(61.3462;cell 55.45 / expr 61.60 / shape 69.28 / local 59.05,8 项 metrics 全同),与父22 METHOD.md 记录的基线一致。对照成立。 -`T2EI_KNN_BETA=0`(提交默认)跳过整个微调步。本地校验:修改后代码 β=0 的预测在 A半查分与父20/18 基线**全指标逐位相同**(61.3462;55.45/61.60/69.28/59.05,metrics 8 项全同),且同 seed 重跑输出文件字节一致。+## A 半查分结果(proxy 括号 E6.75+E8.0→E7.25,t=0.4;基线 16/16 = 61.3462) -## 结论与教训+| (SEL_A,SEL_B) | 榜分 | cell_state | expr | shape | local |+|---|---:|---:|---:|---:|---:|+| (8,16) | 61.33 | 55.99 | 61.43 | 69.13 | 58.76 |+| (10,16) | 61.20 | 55.43 | 60.29 | 70.12 | 58.98 |+| **(12,16) s0** | **61.64** | **56.35** | 61.50 | 70.01 | 58.71 |+| **(12,16) s1** | **61.69** | **56.54** | 61.60 | 69.51 | 59.10 |+| (14,16) | 61.66 | 55.62 | 60.80 | 71.28 | 58.92 |+| (16,16) s0 基线 | 61.35 | 55.45 | 61.60 | 69.28 | 59.05 |+| (16,16) s1 基线 | 61.19 | 56.09 | 60.24 | 69.22 | 59.21 |+| (20,16) | 61.50 | 55.73 | 61.64 | 69.22 | 59.40 |+| (24,16) | 61.30 | 55.64 | 61.68 | 69.30 | 58.59 |+| (16,8) | 61.25 | 54.61 | 60.75 | 70.52 | 59.13 |+| (16,12) | 61.41 | 55.71 | 60.84 | 69.87 | 59.21 |+| (16,20) | 61.22 | 55.95 | 60.09 | 69.84 | 59.01 |+| (16,24) | 61.19 | 55.70 | 60.23 | 69.80 | 59.03 | -- **表达 kNN 坐标微调被否证**:β=0.05 时 local_spatial Δ=−0.01(PLAN 快筛条款:Δ<+0.5 放弃);β=0.15 时 local 反而 −0.43 且 shape −0.76(PLAN 停止条款:local 无改善且 shape 下降立即停止)。未再扫 k∈{5,20}——β 方向本身为负,k 只改邻居范围。-- 底层指标解释了失败:微调确实提升 occupancy_dice(占据格更实),但 neighborhood_mmd 与 d2_shape 变差——把细胞拉向表达近邻的空间质心会**抹平型内的真实空间散布**,使局部邻域的表达-空间联合分布偏离参考,且型内收缩等效于减小局部尺度。与父20 SHRINK(纯几何型内收缩,+0.08 噪声内)一致:这个管线的坐标局部结构已接近评分器偏好,任何收缩型扰动都无增益。-- 提交 = 父18/20 配置(所有新开关默认关闭),预期官方分 ≈62.38。+选择 (12,16) 的依据:双种子配对 Δ榜分 = +0.30 (s0) / +0.50 (s1),Δcell_state = +0.90 / +0.45,两个种子方向一致且都是网格内最优邻域;(14,16) 榜分相近但 cell_state 不升。诚实说明:Δ 幅度低于 T2 噪声(~1 分),单看不可判定,提交依据是两个种子配对方向一致 + 无负向证据,预期官方分 ≈62.4–62.9,最坏情形 ≈ 父分 −0.3。 ## 验证过 / 没验证过 -- 验证过:β=0 与父基线全指标一致、seed 0 重跑字节一致;β=0.05/0.15 机制统计(kNN 距离下降、位移比);vec-check 通过;~1.4s 纯 CPU,无内存增长;视图无关(只用型标签、表达与坐标,无绝对时间/路径依赖);单输入退路不受影响。-- 没验证过:k=5/20(方向为负后未扫);β 在 (0, 0.05) 的更细网格(Δ 已 ≈0,无信号);final 括号上的行为(A半为负,无跨视图复核价值)。-- 知识来源:仅通用先验(同型内表达相似的细胞倾向空间相邻),无保留阶段/基因型信息,无外部数据。-- 查分:3/20(base 复现、β=0.05、β=0.15)。+- 验证过:off 对照与父22逐位一致;(12,16) 为提交默认时代码重跑输出与显式环境变量运行逐位一致(X 与坐标字节级相同);seed 0/1 均可跑通;vec-check 通过;运行 ~1.2s 纯 CPU;视图无关(只用型标签、表达、时间差,无绝对时间/路径依赖,SEL_A/B 是常量);单输入退路(copy_last 路径)不经过选择步、不受影响。+- 没验证过:seed 2;(12,16) 在 final 真实括号(E7.25+E8.0→E7.75)上的行为——但该机制只依赖共有型的 a/b 均值轴,真实括号共有类型更多(11 个),机制同样良定义;SEL_B 在 κ_a=12 下的再扫描(B 单侧扫描显示 B=12 略优于 16,但 (12,12) 未测,留给后续节点)。+- 知识来源:仅通用谱系连续性先验(中间时刻每个型横跨一段成熟度区间,抽样子集应偏向该区间的中间部分),无保留阶段/基因型信息,无外部数据。+- 查分:13/20。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 6ea00ad..750186a 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,3 +1,3 @@-# mix + 时间扭曲组成 + 成熟度选择 + t_eff 坐标尺度(T2:embryo:val_interp)+# mix + 时间扭曲组成 + 非对称成熟度选择 + t_eff 坐标尺度(T2:embryo:val_interp) -父18 配置为提交默认(procrustes3d、t_draw=t^1.75、SEL=16 对称成熟度选择、t_eff=(t+t_draw)/2、damp=0.60)。本节点按 PLAN 实现 κ 份额调度层(T2EI_KAPPA_MODE=sched,T2EI_KAPPA_P),双向查分均降分(61.03 / 60.79 vs 61.35 A半),默认关闭;sym 模式与父18输出逐位一致。附加探索(SHRINK、GAMMA_RMS)亦无增益、默认关闭。纯 CPU ~2s。详见 METHOD.md。+提交默认:procrustes3d、t_draw=t^1.75、成熟度选择 SEL_A=12 / SEL_B=16(本节点新增:a/b 侧独立指数秩倾斜,只改块内选中哪些细胞,配额/表达/坐标不动)、t_eff=(t+t_draw)/2、damp=0.60。off 对照 `T2EI_SEL_A=16 T2EI_SEL_B=16` 与父22(=父18)输出逐位一致。父系开关(KAPPA_MODE=sched、SEL_ADAPT、SHRINK、KNN_BETA、ALPHA)均保持关闭。纯 CPU ~1.2s。详见 METHOD.md。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 61f23a9..76c8619 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -101,6 +101,16 @@ def _anchor_b_to_a(ca: np.ndarray, aligned_b: np.ndarray, labels_a: np.ndarray, SEL = float(os.environ.get("T2EI_SEL", "16"))+# Asymmetric maturity selection (T2EI-01): independent exponential rank-tilt+# strengths for the a-side (SEL_A, favouring cells ahead along their type's+# a->b axis) and the b-side (SEL_B, favouring cells behind). Setting+# T2EI_SEL_A=16 T2EI_SEL_B=16 reproduces the parent (node 22 = node 18+# config) bit-for-bit (mechanism-off control, verified: A-half 61.3462,+# all 8 metrics identical). Submitted default (12,16) won the A-half grid+# and replicated on two seeds (paired delta +0.30 / +0.50 board,+# cell_state +0.90 / +0.45).+SEL_A = float(os.environ.get("T2EI_SEL_A", "12"))+SEL_B = float(os.environ.get("T2EI_SEL_B", "16")) SEL_ADAPT = os.environ.get("T2EI_SEL_ADAPT", "0") == "1" # Constant-product kappa schedule (T2EI-05): kappa_s = SEL*(0.5/w_s)^P clamped # to [0.25*SEL, 4*SEL], where w_s is that side's draw share this step@@ -213,16 +223,15 @@ def _adaptive_kappas(Xa, la: np.ndarray, Xb, lb: np.ndarray, means_a: dict, mean return {c: kappa_base * float(np.clip(snr[c] / med, 0.25, 2.0)) for c in snr} -def _drawn_axis_mean(X, drawn_labels: np.ndarray, means_self: dict, means_other: dict, cnt_self: dict, cnt_other: dict, self_is_a: bool) -> float:- """Mean maturity position (units of the a->b type axis) of drawn cells.+def _drawn_axis_stats(X, drawn_labels: np.ndarray, means_self: dict, means_other: dict, cnt_self: dict, cnt_other: dict, self_is_a: bool):+ """(mean, std) maturity position (units of the a->b type axis) of drawn cells. Both sides are measured on the canonical earlier->later axis d = m_b - m_a: z = (x.d - m_a.d)/|d|^2, so z=0 at the earlier-stage type mean and z=1 at- the later-stage type mean. Cell-count weighted over shared types.+ the later-stage type mean. Pooled over shared types. """ drawn_labels = np.asarray(drawn_labels).astype(str)- num = 0.0- den = 0+ zs = [] for c in sorted(set(means_self) & set(means_other)): if cnt_self.get(c, 0) < MIN_TYPE_CELLS or cnt_other.get(c, 0) < MIN_TYPE_CELLS: continue@@ -239,10 +248,11 @@ def _drawn_axis_mean(X, drawn_labels: np.ndarray, means_self: dict, means_other: if nrm < 1e-9: continue rows = _rows(X, idx)- z = (rows @ d - base) / nrm- num += float(z.sum())- den += int(idx.size)- return num / den if den else 0.0+ zs.append((rows @ d - base) / nrm)+ if not zs:+ return 0.0, 0.0+ z = np.concatenate(zs)+ return float(z.mean()), float(z.std()) def _weighted_stratified(labels: np.ndarray, n: int, rng: np.random.Generator, weights: np.ndarray) -> np.ndarray:@@ -342,7 +352,7 @@ def mix_type_shift(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, gamma cb = scale_to_rms(aligned_b, target_rms) n_anchored = 0 n = _limits(params, stage_a.n, stage_b.n, t, "interp")- if SEL > 0.0:+ if SEL_A > 0.0 or SEL_B > 0.0: la_s = np.asarray(stage_a.labels).astype(str) lb_s = np.asarray(stage_b.labels).astype(str) cnt_a = {k: int(v) for k, v in zip(*np.unique(la_s, return_counts=True))}@@ -364,14 +374,21 @@ def mix_type_shift(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, gamma kap_b = float(np.clip(kap_b_raw, lo, hi)) ka, kb = kap_a, -kap_b else:- ka, kb = SEL, -SEL- wa = _selection_weights(stage_a.X, la_s, means_a, means_b, cnt_a, cnt_b, ka, SEL, True)- wb = _selection_weights(stage_b.X, lb_s, means_b, means_a, cnt_b, cnt_a, kb, -SEL, False)+ ka, kb = SEL_A, -SEL_B+ wa = _selection_weights(stage_a.X, la_s, means_a, means_b, cnt_a, cnt_b, ka, SEL_A, True)+ wb = _selection_weights(stage_b.X, lb_s, means_b, means_a, cnt_b, cnt_a, kb, -SEL_B, False) ia = _weighted_stratified(la_s, n_a, rng, wa) ib = _weighted_stratified(lb_s, n_b, rng, wb)+ za_m, za_s = _drawn_axis_stats(stage_a.X[ia], la_s[ia], means_a, means_b, cnt_a, cnt_b, True)+ zb_m, zb_s = _drawn_axis_stats(stage_b.X[ib], lb_s[ib], means_b, means_a, cnt_b, cnt_a, False)+ print(json.dumps({+ "sel_a": SEL_A, "sel_b": SEL_B,+ "n_a": int(ia.size), "n_b": int(ib.size),+ "drawn_z_a_mean": za_m, "drawn_z_a_std": za_s,+ "drawn_z_b_mean": zb_m, "drawn_z_b_std": zb_s,+ }, default=float), file=sys.stderr) if KAPPA_MODE == "sched":- za = _drawn_axis_mean(stage_a.X[ia], la_s[ia], means_a, means_b, cnt_a, cnt_b, True)- zb = _drawn_axis_mean(stage_b.X[ib], lb_s[ib], means_b, means_a, cnt_b, cnt_a, False)+ za, zb = za_m, zb_m clamp_hit = [ side for side, raw in (("a", kap_a_raw), ("b", kap_b_raw)) if raw < 0.25 * SEL or raw > 4.0 * SEL@@ -468,6 +485,8 @@ def mix_type_shift(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, gamma t_draw=t_draw, t_rms=t_rms, sel=int(SEL),+ sel_a=SEL_A,+ sel_b=SEL_B, sel_adapt=int(SEL_ADAPT), n_from_a=int(ia.size), n_from_b=int(ib.size),@@ -515,7 +534,7 @@ def main() -> None: stage_b = read_stage(args.data, b, genes) params = board_params(manifest, "mix", PARAMS, args.seed) expr, coords, info = mix_type_shift(stage_a, stage_b, t, params, ALPHA, GAMMA, RMS_WARP, B_ANCHOR)- keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "t_draw", "t_rms", "gamma", "rms_warp", "damp", "sel", "sel_adapt", "target_rms", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "alpha", "n_types_shifted", "delta_norm_min", "delta_norm_med", "delta_norm_max", "cos_ab_before", "cos_to_mid_after", "n_from_a", "n_from_b", "knn_beta", "knn_k", "knn_n_moved", "knn_pair_dist_before", "knn_pair_dist_after", "knn_mean_disp", "knn_disp_over_type_std")}+ keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "t_draw", "t_rms", "gamma", "rms_warp", "damp", "sel", "sel_a", "sel_b", "sel_adapt", "target_rms", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "alpha", "n_types_shifted", "delta_norm_min", "delta_norm_med", "delta_norm_max", "cos_ab_before", "cos_to_mid_after", "n_from_a", "n_from_b", "knn_beta", "knn_k", "knn_n_moved", "knn_pair_dist_before", "knn_pair_dist_after", "knn_mean_disp", "knn_disp_over_type_std")} print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep}, default=float), file=sys.stderr) write_t2(args.out, expr, coords, genes, seed=args.seed)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k026 | Canonicalise predicted 3D coordinates before submission | notes/pitfalls/04_scorer_invariance.md |
| k025 | Spateo: rigid + non-rigid alignment and morphometric vector fields | 10.1016/j.cell.2024.10.011 |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 把成熟度选择的指数秩倾斜强度从单一全局 SEL=16 拆成 a/b 侧独立的 T2EI_SEL_A/T2EI_SEL_B(只改块内选中概率,配额 n_a/n_b、表达、坐标不动),A 半网格+双种子配对后提交 (SEL_A=12, SEL_B=16);(16,16) 时与父22 逐位一致(off 对照成立)。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:在噪声内偏正:57.56 vs 56.78,Δ=+0.78,未达 PLAN 自设的 +1 阈值 expression_change:变坏但在噪声边缘:61.26 vs 61.99,Δ=-0.73(T2 噪声约1) local_spatial:变坏但在噪声边缘:59.82 vs 60.65,Δ=-0.83 shape_scale:噪声内:70.19 vs 70.09,Δ=+0.10 |
| family_id | T2EI-01 |
| 假设是否成立 | unclear |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 是 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 5 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 5 次:bash 2、read 1、write 1、edit 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 14,517 · 输出 1,213 · 思考 1,025 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n25 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/analyst.jsonl 16 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 25 |
| 工具调用 | 共 26 次:bash 18、edit 5、write 2、read 1 |
| 用时 | 14 分 |
| token 数 | 输入 60,126 · 输出 8,517 · 思考 10,022 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:非对称成熟度选择:a/b侧独立SEL优化cell_state组成 |
| 最后的回答(摘录) | Done. Summary:
**做了什么**:按 PLAN 把成熟度选择 κ 拆为独立的 `T2EI_SEL_A`/`T2EI_SEL_B`(只改各型块内指数秩倾斜的选中概率,配额 n_a=3994/n_b=1006、表达、坐标均不动)。off 对照 (16,16) 与父22 A半全指标逐位一致(61.3462)。完成 PLAN 的 8 配置单侧网格 + 细化 (10,16)/(14,16) + seed 1 配对复查,共查分 13/20。
**查分结果**:(12,16) 为网格最优且双种子配对一致为正——s0: 61.64(Δ+0.30,cell_state +0.90),s1: 61.69 vs 基线 61.19(Δ+0.50,cell_state +0.45)。Δ 低于 T2 噪声(~1),提交依据是方向在两种子重现。已设为提交默认,重跑逐位一致、vec-check 通过、~1.2s 纯 CPU。预期官方分 ≈62.4–62.9。
**下一步最值得试**:① 在 κ_a=12 下扫 SEL_B∈{12,14,20}(B=12 在 A=16 时略优,(12,12) 未测);② cell_state 的组成层面自由度基本榨干,可试节点21 的 κ=64 强选择与本基座组合;③ 坐标后处理方向(OT/kNN/收缩)已被节点19/20/22 连续证伪,不要再投入。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/engineer.jsonl 152 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 3 分 |
| token 数 | 输入 12,816 · 输出 780 · 思考 7,579 |
| 任务(第一行) | 为节点 n25(改进,父节点 n22)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "非对称成熟度选择:a/b侧独立SEL优化cell_state组成",
"motivation": "cell_state=56.78是四组最弱且从未被专门优化。节点16引入对称SEL=16使cell_state从54.61→56.78(+2.17),但t_draw=t^1.75在t=0.5时产生约70/30的a/b侧不对称配额,而SEL对称施加,选择压力与组成不对称不匹配。节点20的κ份额调度(κ_s=16·(0.5/w_s)^p)已证伪,但那是将κ绑定为份额的函数(单参数p控制两侧);本方案改为两侧SEL独立赋值,是不同的结构自由度,搜索空间不重叠。",
"approach": "步骤:(1)将T2EI_SEL拆为T2EI_SEL_A、T2EI_SEL_B两个环境变量,分别控制a侧和b侧指数秩倾斜抽样κ;默认均=16,与父22逐位一致。(2)vec-score A半网格:固定一侧=16,扫另一侧∈{8,12,20,24},共8配置+1基线=9次查分。(3)若某方向cell_state Δ>+1,在该方向细化(步长2),追加2-3次查分。(4)总查分≤12。单输入退路:copy_last路径不经过成熟度选择,不受影响。参数初值(16,16);搜索范围[4,32]步长4。快筛:每配置跑一次,Δ_cell_state<+0.5立即放弃该方向。",
"expected_groups": ["cell_state"],
"risks": "1)对称SEL=16已接近最优,非对称无增益——扫完4个单侧变异若全部Δ<+0.5即停止;2)SEL过低(<8)退化为无选择,cell_state回落——观察(8,16)/(16,8)判断单调性;3)预期提升1-2分接近T2噪声(1分)——最佳配置若Δ∈(1,2)需换种子复查一次确认。",
"family_id": "T2EI-01",
"mechanism": "将成熟度选择的指数倾斜强度从单一全局SEL拆分为a侧(SEL_A)和b侧(SEL_B)两个独立参数,使选择压力可匹配t_draw扭曲造成的非对称a/b配额,改善中间时间点的细胞状态组成。",
"vs_constant_shift": "不移动任何细胞的坐标或表达值;改变的是哪些细胞被选入输出(组成层面),且a/b两侧选择强度独立设定,不是对全部细胞做统一位移或全局组成重加权。",
"mechanism_evidence": "1)stderr输出每侧选中细胞沿型成熟度轴的投影均值与std,确认SEL_A≠SEL_B时分布确实改变;2)各配置cell_state分量对比;3)输出每型a/b侧实际抽取计数,确认配额(n_a,n_b)未变、仅块内选取概率改变。",
"mechanism_off_control": "T2EI_SEL_A=16且T2EI_SEL_B=16时代码路径与父22完全一致,预期输出逐位相同、A半查分=62.38。",
"sources": []
}
``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/researcher.jsonl 3 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/researcher.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 8 |
| 工具调用 | 共 10 次:bash 8、read 1、write 1 |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 27,411 · 输出 1,911 · 思考 2,987 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n25 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/reviewer.jsonl 117 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/25/reviewer.stderr |