Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n18

改了什么

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native
父节点n9
子节点n27
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 51.21(-0.2) · proxy 53.28(-0.3) · proxy2 53.28(-0.3) · X3 47.06(+0.0) · 3 次复测均分 51.41
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。7 分
程序版本d36a9858b2abf32a823270df137420210e3ad506 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git d36a9858b2:solution/METHOD.md

改了什么

回退第0轮的分层抽样和均值拉扯(导致covariation从51.96暴跌到44.55),恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值,完美保留基因间协变结构)。在此基础上调整家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85,更激进地上调心脏族、下调非心脏族,预期进一步提升cell_state而不损害covariation。

用到的知识与出处

第0轮实验反馈(均值拉扯beta=0.05导致covariation -7.4,证实任何表达值修改都破坏协变结构);方向库T1-01(组成重加权,种子heart_jcf_peri用×1.6和×0.25);方法卡T1标签节(E8.5独有名应降权);父节点ANALYSIS建议扫参reduced权重(0.0/0.15/0.25)。

调研员的计划

名称native r1: Change 1: Replace:
rows = rng.choice(last.n_obs, size=n_target, replace=True, p=weights)
X = last.X[rows]
动机OpenEvolve native generation (route C), parent 9, round 1 of 3, half-A score 51.1864
做法## 改了什么
回退第0轮的分层抽样和均值拉扯(导致covariation从51.96暴跌到44.55),恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值,完美保留基因间协变结构)。在此基础上调整家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85,更激进地上调心脏族、下调非心脏族,预期进一步提升cell_state而不损害covariation。
## 用到的知识与出处
第0轮实验反馈(均值拉扯beta=0.05导致covariation -7.4,证实任何表达值修改都破坏协变结构);方向库T1-01(组成重加权,种子heart_jcf_peri用×1.6和×0.25);方法卡T1标签节(E8.5独有名应降权);父节点ANALYSIS建议扫参reduced权重(0.0/0.15/0.25)。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 34254aa790。改动的文件:solution/METHOD.md +2 −2、solution/run.py +3 −3

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 58fac39..9641820 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,4 +1,4 @@ ## 改了什么-从 pseudobulk_shift 改为组成重加权(T1-01 方向)。核心变化:(1) 使用 include_external=False 避免 proxy2 中 Qiu E9.0 标签不匹配导致的崩溃(原程序 proxy2 仅 27.43);(2) 按正则模式将细胞类型分为 heart(×1.6)、reduced(×0.15,含 surface ectoderm/EXEM/paraxial/neural)、gut(×0.9)、neutral(×1.0)四族,用加权抽样替代均匀抽样,不改表达值;(3) 对 X3 等无官方输入的视图有退路(回退到全部输入)。权重规则按名称模式定义,不写死特定阶段的名字。+回退第0轮的分层抽样和均值拉扯(导致covariation从51.96暴跌到44.55),恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值,完美保留基因间协变结构)。在此基础上调整家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85,更激进地上调心脏族、下调非心脏族,预期进一步提升cell_state而不损害covariation。 ## 用到的知识与出处-方向库 T1-01(种子 heart_jcf_peri:心脏类 ×1.6,表面外胚层/EXEM/轴旁中胚层 ×0.25,丢 Neural Tube;proxy 55.97);方法卡 T1 标签节(E8.5 独有名应降权或丢弃);k012(cell_state 权重 30%,组成匹配是关键得分项)。+第0轮实验反馈(均值拉扯beta=0.05导致covariation -7.4,证实任何表达值修改都破坏协变结构);方向库T1-01(组成重加权,种子heart_jcf_peri用×1.6和×0.25);方法卡T1标签节(E8.5独有名应降权);父节点ANALYSIS建议扫参reduced权重(0.0/0.15/0.25)。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 4710196..115cde7 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -43,11 +43,11 @@ _GUT_PAT = re.compile(  def family_weight(name: str) -> float:     if _HEART_PAT.search(name):-        return 1.6+        return 1.8     if _REDUCED_PAT.search(name):-        return 0.15+        return 0.08     if _GUT_PAT.search(name):-        return 0.9+        return 0.85     return 1.0  

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么回退第0轮的均值拉扯/分层抽样代码,恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值),并调更激进的家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85。
各组分数的变化X3:噪声内(+0.00,47.06 不变)
cell_state:噪声内偏弱(-0.44,51.23→50.79),未达到预期的提升
covariation:噪声内偏弱(-0.41,51.96→51.54)
de_recovery:噪声内(+0.00,49.41 不变)
direction:噪声内(+0.09,53.15→53.24)
榜分:噪声内(-0.19,51.40→51.21,T1 噪声约 2 分)
假设是否成立否
经验
  1. 在 T1 榜分约 51、噪声约 2 分的水平下,仅调整家族权重(1.6→1.8、0.15→0.08、0.9→0.85)这种小幅度参数扰动,各分组变化均 ≤0.5 分,全部在噪声内,不构成有效改进。
  2. 更激进地上调 heart/下调 reduced 并没有如预期提升 cell_state,反而 cell_state -0.44、covariation -0.41,说明加权抽样在父节点权重附近已接近局部平台,继续同方向推权重收益枯竭。
  3. 正确回退了修改表达值的均值拉扯(第0轮 covariation -7.4),确认任何表达值后处理都会破坏基因间协变结构,纯抽样是 covariation 的安全基线。
  4. 本节点耗时从 1.5s 降到 1.2s、内存不变(1.26GB),回退冗余代码没有资源代价。
下一步建议
  1. 停止在权重数值上继续微调(针对 cell_state/covariation):父节点权重已在噪声平台上,应转向改变权重的结构,例如按阶段特异性给 E8.5 独有细胞类型名直接置 0(丢弃)而非降到 0.08。
  2. 针对 covariation:尝试在抽样时按细胞类型分层但保持每类内部原始表达不动(每类独立有放回抽样到目标配额),验证是否能在不破坏协变的前提下比全局加权抽样更贴近目标组成。
  3. 针对 direction/X3(本节点完全不变):这两个分组对组成权重不敏感,需要不同的干预手段(如轨迹方向相关的伪时间排序或 X3 视图专用输入),不要再指望调 family_weight。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。5
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 4 次:bash 2、write 1、edit 1
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 6,680 · 输出 1,011 · 思考 563
任务(第一行)分析节点 n18 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/analyst.jsonl 11 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/analyst.stderr

native

角色native alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数3 次
轮数0
工具调用共 0 次:—
用时5 分
token 数输入 71,631 · 输出 6,416 · 思考 7,612
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)—
原始记录位置—

stream

角色stream
调用次数0 次
轮数3
工具调用共 0 次:—
用时4 分
token 数输入 71,631 · 输出 6,416 · 思考 7,612
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)
Looking at the results: Round 1 (51.19) scored below parent (51.40). The more aggressive weights hurt proxy (53.13 vs 53.57) and covariation (50.53 vs 51.96). I'll revert to parent weights and add a small shrunk delta only when 2+ stages exist (fires on X3 which has E8.75+E9.0, but not on proxy/proxy2 which have only 1 official stage).

<<<<<<< SEARCH
def family_weight(name: str) -> float:
    if _HEART_PAT.search(name):
        return 1.8
    if _REDUCED_PAT.search(name):
        return 0.08
    if _GUT_PAT.search(name):
        return 0.85
    return 1.0
=======
def family_weight(name: str) -> float:
    if _HEART_PAT.search(name):
        return 1.6
    if _REDUCED_PAT.search(name):
        return 0.15
    if _GUT_PAT.search(name):
        return 0.9
    return 1.0
>>>>>>> REPLACE

<<<<<<< SEARCH
    rows = rng.choice(last.n_obs, size=n_target, replace=True, p=weights)
    X = last.X[rows]
    write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)
=======
    rows = rng.choice(last.n_obs, size=n_target, replace=True, p=weights)
    X = last.X[rows]

    if len(stages) >= 2:
        from scipy import sparse as sp

        prev = read_stage(args.data, stages[-2], genes)
        prev_labels = np.asarray(labels_of(prev))
        labels_arr = np.asarray(labels)

        if sp.issparse(X):
            X = np.asarray(X.toarray(), dtype=np.float32)
        else:

(只摘前 40 行)

原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/native/0/stream.jsonl 17 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/native/1/stream.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/native/2/stream.jsonl 5 KB