总览 · ← 返回运行 20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native
节点 n18
改了什么
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native |
|---|---|
| 父节点 | n9 |
| 子节点 | n27 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 51.21(-0.2) · proxy 53.28(-0.3) · proxy2 53.28(-0.3) · X3 47.06(+0.0) · 3 次复测均分 51.41 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 7 分 |
| 程序版本 | d36a9858b2abf32a823270df137420210e3ad506 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git d36a9858b2:solution/METHOD.md
改了什么
回退第0轮的分层抽样和均值拉扯(导致covariation从51.96暴跌到44.55),恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值,完美保留基因间协变结构)。在此基础上调整家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85,更激进地上调心脏族、下调非心脏族,预期进一步提升cell_state而不损害covariation。
用到的知识与出处
第0轮实验反馈(均值拉扯beta=0.05导致covariation -7.4,证实任何表达值修改都破坏协变结构);方向库T1-01(组成重加权,种子heart_jcf_peri用×1.6和×0.25);方法卡T1标签节(E8.5独有名应降权);父节点ANALYSIS建议扫参reduced权重(0.0/0.15/0.25)。
调研员的计划
| 名称 | native r1: Change 1: Replace: rows = rng.choice(last.n_obs, size=n_target, replace=True, p=weights) X = last.X[rows] |
|---|---|
| 动机 | OpenEvolve native generation (route C), parent 9, round 1 of 3, half-A score 51.1864 |
| 做法 | ## 改了什么 回退第0轮的分层抽样和均值拉扯(导致covariation从51.96暴跌到44.55),恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值,完美保留基因间协变结构)。在此基础上调整家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85,更激进地上调心脏族、下调非心脏族,预期进一步提升cell_state而不损害covariation。 ## 用到的知识与出处 第0轮实验反馈(均值拉扯beta=0.05导致covariation -7.4,证实任何表达值修改都破坏协变结构);方向库T1-01(组成重加权,种子heart_jcf_peri用×1.6和×0.25);方法卡T1标签节(E8.5独有名应降权);父节点ANALYSIS建议扫参reduced权重(0.0/0.15/0.25)。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 34254aa790。改动的文件:solution/METHOD.md +2 −2、solution/run.py +3 −3
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 58fac39..9641820 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,4 +1,4 @@ ## 改了什么-从 pseudobulk_shift 改为组成重加权(T1-01 方向)。核心变化:(1) 使用 include_external=False 避免 proxy2 中 Qiu E9.0 标签不匹配导致的崩溃(原程序 proxy2 仅 27.43);(2) 按正则模式将细胞类型分为 heart(×1.6)、reduced(×0.15,含 surface ectoderm/EXEM/paraxial/neural)、gut(×0.9)、neutral(×1.0)四族,用加权抽样替代均匀抽样,不改表达值;(3) 对 X3 等无官方输入的视图有退路(回退到全部输入)。权重规则按名称模式定义,不写死特定阶段的名字。+回退第0轮的分层抽样和均值拉扯(导致covariation从51.96暴跌到44.55),恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值,完美保留基因间协变结构)。在此基础上调整家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85,更激进地上调心脏族、下调非心脏族,预期进一步提升cell_state而不损害covariation。 ## 用到的知识与出处-方向库 T1-01(种子 heart_jcf_peri:心脏类 ×1.6,表面外胚层/EXEM/轴旁中胚层 ×0.25,丢 Neural Tube;proxy 55.97);方法卡 T1 标签节(E8.5 独有名应降权或丢弃);k012(cell_state 权重 30%,组成匹配是关键得分项)。+第0轮实验反馈(均值拉扯beta=0.05导致covariation -7.4,证实任何表达值修改都破坏协变结构);方向库T1-01(组成重加权,种子heart_jcf_peri用×1.6和×0.25);方法卡T1标签节(E8.5独有名应降权);父节点ANALYSIS建议扫参reduced权重(0.0/0.15/0.25)。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 4710196..115cde7 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -43,11 +43,11 @@ _GUT_PAT = re.compile( def family_weight(name: str) -> float: if _HEART_PAT.search(name):- return 1.6+ return 1.8 if _REDUCED_PAT.search(name):- return 0.15+ return 0.08 if _GUT_PAT.search(name):- return 0.9+ return 0.85 return 1.0
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
没有记录调研来源。
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 回退第0轮的均值拉扯/分层抽样代码,恢复父节点的纯加权有放回抽样(不修改表达值),并调更激进的家族权重:heart 1.6→1.8、reduced 0.15→0.08、gut 0.9→0.85。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | X3:噪声内(+0.00,47.06 不变) cell_state:噪声内偏弱(-0.44,51.23→50.79),未达到预期的提升 covariation:噪声内偏弱(-0.41,51.96→51.54) de_recovery:噪声内(+0.00,49.41 不变) direction:噪声内(+0.09,53.15→53.24) 榜分:噪声内(-0.19,51.40→51.21,T1 噪声约 2 分) |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 5 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 4 次:bash 2、write 1、edit 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 6,680 · 输出 1,011 · 思考 563 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n18 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/analyst.jsonl 11 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/analyst.stderr |
native
| 角色 | native alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 3 次 |
| 轮数 | 0 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 5 分 |
| token 数 | 输入 71,631 · 输出 6,416 · 思考 7,612 |
| 任务(第一行) | — |
| 最后的回答(摘录) | — |
| 原始记录位置 | — |
stream
| 角色 | stream |
|---|---|
| 调用次数 | 0 次 |
| 轮数 | 3 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 4 分 |
| token 数 | 输入 71,631 · 输出 6,416 · 思考 7,612 |
| 任务(第一行) | — |
| 最后的回答(摘录) | Looking at the results: Round 1 (51.19) scored below parent (51.40). The more aggressive weights hurt proxy (53.13 vs 53.57) and covariation (50.53 vs 51.96). I'll revert to parent weights and add a small shrunk delta only when 2+ stages exist (fires on X3 which has E8.75+E9.0, but not on proxy/proxy2 which have only 1 official stage).
<<<<<<< SEARCH
def family_weight(name: str) -> float:
if _HEART_PAT.search(name):
return 1.8
if _REDUCED_PAT.search(name):
return 0.08
if _GUT_PAT.search(name):
return 0.85
return 1.0
=======
def family_weight(name: str) -> float:
if _HEART_PAT.search(name):
return 1.6
if _REDUCED_PAT.search(name):
return 0.15
if _GUT_PAT.search(name):
return 0.9
return 1.0
>>>>>>> REPLACE
<<<<<<< SEARCH
rows = rng.choice(last.n_obs, size=n_target, replace=True, p=weights)
X = last.X[rows]
write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)
=======
rows = rng.choice(last.n_obs, size=n_target, replace=True, p=weights)
X = last.X[rows]
if len(stages) >= 2:
from scipy import sparse as sp
prev = read_stage(args.data, stages[-2], genes)
prev_labels = np.asarray(labels_of(prev))
labels_arr = np.asarray(labels)
if sp.issparse(X):
X = np.asarray(X.toarray(), dtype=np.float32)
else:(只摘前 40 行) |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/native/0/stream.jsonl 17 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/native/1/stream.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/18/native/2/stream.jsonl 5 KB |