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节点 n21 在终选来历上
测试 PLAN 的中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial×1.2),3 seed 证伪(de_recovery 与总分均低于父),默认 VEC_MESO=1.0 关闭,精确回退节点 20。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era |
|---|---|
| 父节点 | n20 |
| 子节点 | n24 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 54.14(+0.0) · proxy 56.21(+0.0) · proxy2 56.21(+0.0) · X3 50.00(+0.0) · 3 次复测均分 54.30 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 21 分 |
| 程序版本 | e1c03b1ec16729a8292cd405297d2be90b4efa77 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git e1c03b1ec1:solution/METHOD.md
测试 PLAN 的中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial×1.2),3 seed 证伪(de_recovery 与总分均低于父),默认 VEC_MESO=1.0 关闭,精确回退节点 20。
方法
本节点在父节点 20(copy_last 官方基底 + 解剖学类型重加权 heart×1.6 / edge×0.25 / 删 Neural Tube + 典型性 rho=0.45 + T=0.85 + k=1 保底 + 细胞级 beta=-0.5/gamma=0.2)之上,按 PLAN 新增第三层解剖因子 VEC_MESO,随后用 3-seed 查分检验,结论为证伪并默认关闭。
- 新增中胚层/器官发生解剖层(代码保留,默认禁用):在
anatomical_type_factors里,NT→heart→edge 之后追加一个elif分支,对类型名小写子串命中foregut, gut, paraxial, somite, mesenchym, mesoderm, lateral plate(VEC_MESO_KW)的类型乘 VEC_MESO。elif顺序保证已被 heart/edge/NT 命中的类型不会被二次加权(PLAN 风险 1 的排除逻辑)。- 实测命中集(E8.5 proxy 输入,打印每类型所属层确认):仅 Foregut(2405 细胞) 与 Paraxial Mesoderm(934 细胞),两者均不属于 heart/edge/NT,无交叉污染。
- 关键词是通用胚胎学词汇(肠内胚层 + 轴旁/侧板中胚层衍生物,在器官发生中期活跃扩增分化——谱系关系类通用知识,不针对任何禁窗阶段的测量,无按阶段硬编码比例)。
- 默认 VEC_MESO=1.0(层为 no-op):证伪后把默认值设回 1.0,提交配置与节点 20 逐字节一致(proxy 输出 md5 与父配置相同)。代码保留禁用层 + 本文档,供后续节点避免重复此方向(同树中 node 14/18 的“实测证伪默认关闭”模式)。
- 其余全部继承节点 20,未改动:X3 路径(n_out ≥ 池大小)跳过解剖/典型性/保底保持恒等;proxy2 只取官方输入(E8.5),代码路径与 proxy 相同。
关键参数
VEC_MESO=1.0(默认,禁用)、VEC_MESO_KW=foregut,gut,paraxial,somite,mesenchym,mesoderm,lateral plate;VEC_HEART=1.6、VEC_EDGE=0.25、VEC_NT=0、VEC_ALPHA=0、VEC_BETA=-0.5、VEC_GAMMA=0.2、VEC_K=1、VEC_TEMP=0.85、VEC_RHO=0.45、VEC_THR=2.0、VEC_MKMAX=200(同节点 20)。
查分记录(proxy A 半,共用 9/20 次;本节点分 = proxy/proxy2/X3 各 ×1 平均)
| 配置 | seed0 | seed1 | seed2 | 3-seed 均值 |
|---|---|---|---|---|
| baseline = 父 20(VEC_MESO=1.0,采用) | 56.40 | 56.82 | 56.27 | 56.50 |
| — de_recovery 子分 | 53.54 | 53.00 | 53.00 | 53.18 |
| VEC_MESO=1.2(PLAN 主假设) | 56.47 | 56.27 | 55.78 | 56.17 |
| — de_recovery 子分 | 52.48 | 53.00 | 52.48 | 52.65 |
| VEC_MESO=0.8(反向探针,仅 seed0) | 56.32 | - | - | - |
| — de_recovery 子分 | 53.00 | - | - | - |
三视图确认(最终配置 = 父,seed0):proxy 56.40、proxy2 56.40(组子分完全相同)、X3 50.00(恒等);三视图 vec-check 全 ok;同 seed 重复运行确定;proxy 输出与父配置 md5 相同。A 半节点分 ≈ (56.40+56.40+50.00)/3 = 54.27。
验证过 / 未验证
- 验证(证伪 PLAN 主假设):中胚层/器官发生解剖层对目标组 de_recovery 无正向作用,反而一致下降。de_recovery 随倍数呈倒 V:0.8→53.00、1.0→{53.54,53.00,53.00}、1.2→{52.48,53.00,52.48}——峰值在 baseline(meso=1.0),向任一方向扰动 Foregut+Paraxial 都降 de_recovery。总分 3-seed 均值 baseline 56.50 > meso=1.2 56.17(−0.33),meso=1.2 在 2/3 seed 上总分更低,seed0 的 +0.07 是纯噪声。PLAN 决策规则要求 de_recovery≥53.0 且总分≥56.2 才保留 1.2,实测 de_recovery 52.65 均值 <53.0,未通过,拒绝;PLAN 的“否则试 1.3”前提(meso↑ 推 de_recovery↑)被数据反向否定,故未试 1.3(会朝错误方向加码)。
- 未验证:final 视图(E9.5 输入标签命中集与 E8.5 不同构,且 meso 层已禁用,不影响提交);B 半;单独 foregut-only vs paraxial-only 消融(PLAN 回退步骤 6)——因两者合并的 meso=0.8/1.2 双向都低于 baseline,倒 V 峰值在 1.0,单独子集极不可能翻正,为省预算未做。
- 结论:节点 20 的类型间组成已饱和。E8.5 上处于 ×1.0 的大群体恰是 Foregut(2405) 与 Paraxial(934) 这两个 meso 类型,其余大群体已被 heart×1.6 / edge×0.25 / NT 删除覆盖,heart 1.6 vs 1.8(父已测)、rho、T、beta/gamma 均在种子噪声内。de_recovery 的“类型间比例”杠杆在此基底已到局部最优,任何进一步组成微调都是追噪声。
生物学知识来源
关键词仅编码“肠内胚层 / 轴旁·侧板中胚层衍生物”这一通用解剖学—谱系分类(不针对禁窗阶段任何测量,无硬编码比例或标记基因);倍数由查分反馈确定。未用保留阶段/保留基因型信息,未读 uns.celltype_palette。
下一步建议
- 不要再试中胚层/foregut/paraxial/somite 的类型间重加权(本节点 3-seed 双向证伪,倒 V 峰值在 1.0)。
- 类型间组成杠杆在此家族已饱和;若要再推 de_recovery,需换机制家族而非继续调倍数:例如类型内按分化轨迹的连续重加权(非标记典型性)、或对 heart 命中型做“心肌 vs 内皮 vs 间充质”细分倍数的多种子验证(父的 1.6/1.8 单 seed 分辨率不足)。
- 本节点(三视图一致、确定性 ok、~1.9s/~1.8GB、逐字节等于父 20)可作为稳定基底;后续 improve 若同样落在噪声内,应优先换家族而非参数细扫。
调研员的计划
| 名称 | 中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial/Somite ×1.2)推 de_recovery |
|---|---|
| 动机 | 父节点 20 最弱组 de_recovery=52.41(四组最低),虽已离开 51.33 平台但仍有空间。ANALYSIS 证实类型间比例是 de_recovery 的唯一杠杆。当前解剖层仅覆盖 heart(×1.6)、edge(×0.25)、NT(×0),Foregut/Paraxial Mesoderm/Somite 等中胚层大类仍为默认 1.0。这些群体在 E8.5→E9.5 器官发生期活跃扩增分化(通用胚胎学知识),其 DE 信号在预测中欠代表。节点 12(纯解剖无 typicality)de_recovery 52.04、总分 54.50 为全树最高,说明解剖层仍有未榨取的组成信号。 |
| 做法 | 步骤: 1. 在节点 20 run.py 的解剖因子逻辑中新增第三层 VEC_MESO 关键词: foregut, gut, paraxial, somite, mesenchym, mesoderm, lateral plate(小写子串匹配,排除已被 heart/edge/NT 命中的类型),默认倍数 1.2(环境变量 VEC_MESO=1.2)。实现方式与现有 heart/edge 层完全同构,约 10 行代码。2. 第一次查分(proxy A 半 seed0):VEC_MESO=1.2 全栈。若 de_recovery ≥53.0 且总分 ≥56.2,保留;否则试 1.3。 3. 若 VEC_MESO 正向,第二次查分换 seed1 确认(排除单 seed 噪声)。 4. 若 VEC_MESO 确认正向,尝试副靶:在 alpha=0 基底上将 rho 从 0.45 调至 0.55(ANALYSIS 建议细扫),看 cell_state 是否回升(父 54.25 < 祖父 55.33)。 5. 最终配置跑 proxy2(确认路径一致,proxy2 只取官方 E8.5 输入)和 X3(n_out≥池→恒等,不受影响)。 6. 若 VEC_MESO 无效(<+0.5 de_recovery),回退并改为单独消融:只加 foregut ×1.3 查一次,只加 paraxial ×1.3 查一次,归因哪个子集有效。单输入阶段退路:本方案仅操作输入阶段自身 obs 标签的子串匹配,不依赖第二时间点,proxy(单阶段)和 final(双阶段)代码路径相同。 查分预算:主路径 6-8 次(含消融),上限 20 次内。时间:实现 <5 min,每次查分 <10 s(1.9 s 运行 + 开销),总计 <25 min。 |
| 风险 | 1) 中胚层关键词在 E8.5 obs 标签中命中面过宽(如 'mesoderm' 匹配到已被 heart 层覆盖的类型)——Engineer 应先打印命中列表确认无交叉,用排除逻辑避免重复加权。2) ×1.2 效果在噪声内(<+1)——用双 seed 确认,若两 seed 均 <+0.5 则放弃该层。3) 关键词在 final 视图 E9.5 标签上命中集不同(如类型改名)——子串匹配已是最宽泛策略,无法在 proxy 上验证,接受该风险。4) rho 调整与解剖层交互未知——先固定解剖层再动 rho,避免混淆归因。5) Engineer 应在第一次查分后立即检查 de_recovery 子分,若 <52.5(低于父)则停止该方向。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 4b34e53843。改动的文件:solution/METHOD.md +28 −39、solution/README.md +2 −2、solution/run.py +39 −3
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 40e6f5d..40b5fab 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,55 +1,44 @@-# 节点15基底+解剖学类型重加权组合:心脏及心脏邻近类型(CM/SHF/心内膜内皮/心包/JCF关键词)×1.6、胚外/表面×0.25、删Neural Tube,替代增殖权重(alpha=0),保留典型性rho=0.45、T=0.85、k=1+测试 PLAN 的中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial×1.2),3 seed 证伪(de_recovery 与总分均低于父),默认 VEC_MESO=1.0 关闭,精确回退节点 20。 ## 方法 -在节点 15(copy_last 官方基底 + E-S 组成重抽样)上,把类型级增殖权重(alpha=-3)**替换**为节点 12 家族的解剖学类型重加权,其余成分全部保留:+本节点在父节点 20(copy_last 官方基底 + 解剖学类型重加权 heart×1.6 / edge×0.25 / 删 Neural Tube + 典型性 rho=0.45 + T=0.85 + k=1 保底 + 细胞级 beta=-0.5/gamma=0.2)之上,按 PLAN 新增**第三层解剖因子 VEC_MESO**,随后用 3-seed 查分检验,结论为**证伪并默认关闭**。 -1. **解剖学类型因子(新,类型间比例)**:按输入阶段自身 obs 类型标签的小写子串匹配(关键词为通用解剖学词汇,现场匹配,无按阶段硬编码):- - heart 关键词 `cm,shf,heart,cardiac,pericard,myocard,endocard,endothel,jcf` → ×1.6(VEC_HEART)。E8.5 上命中 6 个 CM 型、aSHF/pSHF、Pericardium、Endothelium、JCF;- - edge 关键词 `exem,extraembryonic,surface,yolk` → ×0.25(VEC_EDGE)。命中 EXEM、Surface Ectoderm;**Blood 故意不降权**(消融实测降权有害:cell_state 54.3→51.3);- - `neural tube` → 权重置 0 且不占 k=1 保底名额(删除);- - alpha 置 0(消融实测 alpha=-3 叠加解剖权重明显为负:53.55)。-2. **保留**:细胞级增殖梯度 beta=-0.5、凋亡罚分 gamma=0.2、k=1 分层保底(wrand)、温度平滑 T=0.85、节点 15 典型性因子 rho=0.45(类型标记 z 分数,全部现场计算)。-3. X3 路径(n_out ≥ 池大小)跳过解剖因子、典型性与保底,保持恒等;proxy2 只取官方输入(E8.5),代码路径与 proxy 相同。+1. **新增中胚层/器官发生解剖层(代码保留,默认禁用)**:在 `anatomical_type_factors` 里,NT→heart→edge 之后追加一个 `elif` 分支,对类型名小写子串命中 `foregut, gut, paraxial, somite, mesenchym, mesoderm, lateral plate`(VEC_MESO_KW)的类型乘 VEC_MESO。`elif` 顺序保证已被 heart/edge/NT 命中的类型**不会被二次加权**(PLAN 风险 1 的排除逻辑)。+ - 实测命中集(E8.5 proxy 输入,打印每类型所属层确认):仅 **Foregut(2405 细胞)** 与 **Paraxial Mesoderm(934 细胞)**,两者均不属于 heart/edge/NT,无交叉污染。+ - 关键词是通用胚胎学词汇(肠内胚层 + 轴旁/侧板中胚层衍生物,在器官发生中期活跃扩增分化——谱系关系类通用知识,不针对任何禁窗阶段的测量,无按阶段硬编码比例)。+2. **默认 VEC_MESO=1.0(层为 no-op)**:证伪后把默认值设回 1.0,提交配置与节点 20 **逐字节一致**(proxy 输出 md5 与父配置相同)。代码保留禁用层 + 本文档,供后续节点避免重复此方向(同树中 node 14/18 的“实测证伪默认关闭”模式)。+3. 其余全部继承节点 20,未改动:X3 路径(n_out ≥ 池大小)跳过解剖/典型性/保底保持恒等;proxy2 只取官方输入(E8.5),代码路径与 proxy 相同。 -机制正交性:解剖因子改类型间比例(node 12 家族),典型性因子改类型内细胞选择(node 15 家族),乘性叠加。全栈(56.4 s0)优于裸解剖重加权(55.6 s0)。+## 关键参数 -生物学知识来源:关键词仅编码"心脏/心脏邻近谱系 vs 胚外/表面 vs 神经管"的通用解剖学分类(谱系关系类通用知识,不针对禁窗阶段的任何测量);比例调整本身由评分反馈确定,非硬编码目标比例。未用保留阶段/保留基因型信息,未读 uns.celltype_palette。+VEC_MESO=1.0(默认,禁用)、VEC_MESO_KW=`foregut,gut,paraxial,somite,mesenchym,mesoderm,lateral plate`;VEC_HEART=1.6、VEC_EDGE=0.25、VEC_NT=0、VEC_ALPHA=0、VEC_BETA=-0.5、VEC_GAMMA=0.2、VEC_K=1、VEC_TEMP=0.85、VEC_RHO=0.45、VEC_THR=2.0、VEC_MKMAX=200(同节点 20)。 -环境变量:VEC_HEART(1.6)、VEC_EDGE(0.25)、VEC_NT(0)、VEC_HEART_KW/VEC_EDGE_KW/VEC_NT_KW(关键词表)、VEC_ALPHA(0)、VEC_BETA/VEC_GAMMA/VEC_K/VEC_TEMP/VEC_RHO/VEC_THR/VEC_MKMAX 同节点 15。+## 查分记录(proxy A 半,共用 9/20 次;本节点分 = proxy/proxy2/X3 各 ×1 平均) -## 查分记录(proxy A 半,共用 12/20 次)+| 配置 | seed0 | seed1 | seed2 | 3-seed 均值 |+|---|---|---|---|---|+| **baseline = 父 20(VEC_MESO=1.0,采用)** | **56.40** | **56.82** | **56.27** | **56.50** |+| — de_recovery 子分 | 53.54 | 53.00 | 53.00 | 53.18 |+| VEC_MESO=1.2(PLAN 主假设) | 56.47 | 56.27 | 55.78 | 56.17 |+| — de_recovery 子分 | 52.48 | 53.00 | 52.48 | 52.65 |+| VEC_MESO=0.8(反向探针,仅 seed0) | 56.32 | - | - | - |+| — de_recovery 子分 | 53.00 | - | - | - | -| 配置 | seed0 | seed1 | seed2 |-|---|---|---|---|-| 父节点 15 | 56.09(榜) / 56.27 | 56.07 | 55.54 |-| 宽关键词+Blood降权,全栈 | 54.23 | - | - |-| 裸解剖(k=0,T=1,rho=0)窄关键词 | 53.87 | - | - |-| +endothel,pericard | 55.30 | - | - |-| +jcf | 55.57 | - | - |-| **全栈默认(采用)** | **56.40** | **56.82** | **56.27** |-| heart=1.8 | 56.54 | 56.79 | - |-| alpha=-3 叠加 | 53.55 | - | - |-| edge=0.15 | 56.26 | - | - |-| rho=0.65 | 56.92 | 56.24 | - |-| rho=0.85 | 56.88 | - | - |+三视图确认(最终配置 = 父,seed0):proxy **56.40**、proxy2 **56.40**(组子分完全相同)、X3 **50.00**(恒等);三视图 vec-check 全 ok;同 seed 重复运行确定;proxy 输出与父配置 md5 相同。A 半节点分 ≈ (56.40+56.40+50.00)/3 = 54.27。 -关键发现:-1. **de_recovery 首次离开 51.33 平台**:53.0–53.5(三 seed),节点 9–18 家族全部停在 51.33。类型间比例(而非类型内选择)才是 de_recovery 的杠杆,印证父节点 ANALYSIS 的归因猜想。-2. 三 seed 均值 56.50 vs 父 55.96(+0.54,噪声带内但方向 3/3);cell_state 56.9–58.0 亦高于父。-3. Blood 降权明确有害;Endothelium/Pericardium/JCF 计入 heart 有正贡献(55.30/55.57 vs 53.87,方向一致)。-4. heart 1.8 vs 1.6、rho 0.65/0.85 vs 0.45、edge 0.15 vs 0.25 均在种子噪声内,不追单 seed 峰值,保留父验证参数。+## 验证过 / 未验证 -三视图确认:proxy seed0 = 56.40;proxy2 seed0 = **56.40**(组子分相同);X3 seed0 = **50.00**(恒等);三视图 vec-check ok;同 seed 重复运行确定。预计 A 半节点分 (56.40+56.40+50)/3 ≈ 54.27 vs 父 54.06;3-seed A 半均值 ≈ 54.33。+- **验证(证伪 PLAN 主假设)**:中胚层/器官发生解剖层对目标组 de_recovery **无正向作用,反而一致下降**。de_recovery 随倍数呈**倒 V**:0.8→53.00、1.0→{53.54,53.00,53.00}、1.2→{52.48,53.00,52.48}——**峰值在 baseline(meso=1.0)**,向任一方向扰动 Foregut+Paraxial 都降 de_recovery。总分 3-seed 均值 baseline 56.50 > meso=1.2 56.17(−0.33),meso=1.2 在 2/3 seed 上总分更低,seed0 的 +0.07 是纯噪声。PLAN 决策规则要求 de_recovery≥53.0 且总分≥56.2 才保留 1.2,实测 de_recovery 52.65 均值 <53.0,**未通过,拒绝**;PLAN 的“否则试 1.3”前提(meso↑ 推 de_recovery↑)被数据反向否定,故未试 1.3(会朝错误方向加码)。+- **未验证**:final 视图(E9.5 输入标签命中集与 E8.5 不同构,且 meso 层已禁用,不影响提交);B 半;单独 foregut-only vs paraxial-only 消融(PLAN 回退步骤 6)——因两者合并的 meso=0.8/1.2 双向都低于 baseline,倒 V 峰值在 1.0,单独子集极不可能翻正,为省预算未做。+- **结论**:节点 20 的**类型间组成已饱和**。E8.5 上处于 ×1.0 的大群体恰是 Foregut(2405) 与 Paraxial(934) 这两个 meso 类型,其余大群体已被 heart×1.6 / edge×0.25 / NT 删除覆盖,heart 1.6 vs 1.8(父已测)、rho、T、beta/gamma 均在种子噪声内。de_recovery 的“类型间比例”杠杆在此基底已到局部最优,任何进一步组成微调都是追噪声。 -## 验证过 / 未验证+## 生物学知识来源 -- 验证:12 次查分(关键词消融、heart/edge/rho/alpha 变体、三 seed、proxy2、X3);vec-check 三视图。-- 未验证:final 视图(E9.5 输入的类型标签不同,关键词按子串泛化匹配:E9.5 的 CM/SHF/Endocardium/BEC? 会命中 heart,但命中集与 E8.5 不完全同构,无法在 proxy 上验证迁移性);B 半;关键词更细粒度(如区分 Endothelium 的胚内/胚外来源——无标签可用)。-- 风险:解剖关键词在 final 视图 E9.5 标签上的命中面与 proxy 不同(例如 NCC-derived、ST 不含 heart 关键词),比例调整幅度可能与目标阶段需求错配;rho/温度参数继承自 alpha=-3 基底的调参,在 alpha=0 基底上未细扫。+关键词仅编码“肠内胚层 / 轴旁·侧板中胚层衍生物”这一通用解剖学—谱系分类(不针对禁窗阶段任何测量,无硬编码比例或标记基因);倍数由查分反馈确定。未用保留阶段/保留基因型信息,未读 `uns.celltype_palette`。 ## 下一步建议 -1. 关键词命中的类型集合是主要自由度:可在 final-like 设定(若可获得两阶段视图)核对 E9.5 标签命中情况,或对 heart 命中型按"心肌 vs 内皮 vs 间充质"细分不同倍数。-2. de_recovery 对类型间比例敏感已被证实:下一步可试对 Foregut/Paraxial Mesoderm 等大类单独调倍(各 1 次查分归因)。-3. rho 与解剖权重的交互未细扫:在 alpha=0 基底上 rho 0.45–0.65 双 seed 细扫。+1. **不要再试**中胚层/foregut/paraxial/somite 的类型间重加权(本节点 3-seed 双向证伪,倒 V 峰值在 1.0)。+2. 类型间组成杠杆在此家族已饱和;若要再推 de_recovery,需换**机制家族**而非继续调倍数:例如类型内按分化轨迹的连续重加权(非标记典型性)、或对 heart 命中型做“心肌 vs 内皮 vs 间充质”细分倍数的**多种子**验证(父的 1.6/1.8 单 seed 分辨率不足)。+3. 本节点(三视图一致、确定性 ok、~1.9s/~1.8GB、逐字节等于父 20)可作为稳定基底;后续 improve 若同样落在噪声内,应优先换家族而非参数细扫。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 0eb4eb5..d7f40b8 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,3 +1,3 @@-# 增殖加权重采样 + 类型保底抽样(节点 9)+# copy_last 官方基底 + 解剖学类型重加权(节点 20 家族,节点 21 = 已验证回退) -最新官方输入阶段的细胞池,按类型级增殖权重(alpha=-3)、细胞级梯度(beta=-0.5)、凋亡罚分(gamma=0.2)做 E-S 加权不放回抽样;抽样前每类型按权重随机预留 k=1 个代表细胞(保底),表达值不修改。详见 METHOD.md。环境变量:VEC_K / VEC_KMODE / VEC_EPS / VEC_ALPHA / VEC_BETA / VEC_GAMMA。+最新官方输入阶段的细胞池,按类型级解剖因子(heart×1.6 / edge×0.25 / Neural Tube 删除 / meso 层默认关闭 VEC_MESO=1.0)、细胞级增殖梯度(beta=-0.5)、凋亡罚分(gamma=0.2)、标记典型性(rho=0.45)做 E-S 加权不放回抽样;温度平滑 T=0.85,抽样前每类型按权重随机预留 k=1 个代表细胞(保底),表达值不修改。节点 21 新增并 3-seed 证伪了中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial),默认禁用,提交配置逐字节等于父节点 20。详见 METHOD.md。环境变量:VEC_HEART / VEC_EDGE / VEC_NT / VEC_MESO / *_KW / VEC_K / VEC_KMODE / VEC_TEMP / VEC_RHO / VEC_THR / VEC_MKMAX / VEC_ALPHA / VEC_BETA / VEC_GAMMA / VEC_EPS / VEC_DELTA。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex f6a0043..2e92504 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -94,7 +94,31 @@ Node 20 addition (composition only, expressions untouched): 0: heart 1.8 ~ 1.6 (56.54/56.79 s0/s1, noise); edge 0.15 ~ 0.25 (56.26); rho 0.65: 56.92/56.24 s0/s1, rho 0.85: 56.88 s0 -- all within seed noise of rho 0.45, so the 3-seed-validated 0.45 is kept.- VEC_HEART=1, VEC_EDGE=1, VEC_NT=1, alpha=-3 recovers node 15.+ VEC_HEART=1, VEC_EDGE=1, VEC_NT=1, alpha=-3 recovers node 15.++Node 21 (TESTED AND FALSIFIED -- meso layer kept DISABLED, default VEC_MESO=1.0):+ * Added a third anatomical layer for mesoderm / organogenesis types+ (keywords: foregut, gut, paraxial, somite, mesenchym, mesoderm,+ "lateral plate"), matched as lowercase substrings AFTER NT/heart/edge+ so already-classified types are never double-weighted. On the E8.5+ proxy input this layer hits exactly Foregut (2405 cells) and Paraxial+ Mesoderm (934 cells); neither overlaps heart/edge/NT (verified by+ printing the per-type layer assignment).+ * Hypothesis (PLAN): up-weighting these expanding organogenesis+ populations would push de_recovery (the weakest group). FALSIFIED on a+ 3-seed A-half proxy test. de_recovery by multiplier: 0.8 -> 53.00 (s0);+ 1.0 (baseline) -> 53.54 / 53.00 / 53.00 (s0/s1/s2); 1.2 -> 52.48 /+ 53.00 / 52.48. de_recovery PEAKS at the baseline (meso=1.0); perturbing+ Foregut+Paraxial in EITHER direction lowers it. Totals (3-seed mean):+ baseline 56.50 vs meso=1.2 56.17 (-0.33) -- a consistent regression,+ the seed0 total bump (+0.07) was noise. Between-type composition around+ the node-20 optimum is saturated: the large x1.0 pools are exactly the+ two meso types, and both re-weight directions hurt.+ * Therefore VEC_MESO defaults to 1.0 (layer present but a no-op), so the+ submitted configuration is IDENTICAL to node 20 (parent). The code is+ retained (disabled) and this result documented so future nodes do not+ re-try mesoderm/foregut composition re-weighting on this base.+ VEC_MESO=1.0 recovers node 20 exactly. """ from __future__ import annotations@@ -215,10 +239,19 @@ HEART_KW = tuple(k for k in os.environ.get( EDGE_KW = tuple(k for k in os.environ.get( "VEC_EDGE_KW", "exem,extraembryonic,surface,yolk").split(",") if k) NT_KW = tuple(k for k in os.environ.get("VEC_NT_KW", "neural tube").split(",") if k)+# Node 21: mesoderm / organogenesis layer. Generic embryology vocabulary for+# gut endoderm + paraxial/lateral-plate mesoderm derivatives that actively+# expand and differentiate during mid-organogenesis (stage-independent lineage+# knowledge, not tied to any held-out measurement). Matched as lowercase+# substrings on the input stage's own obs labels; NT/heart/edge already-matched+# types are excluded by the elif ordering below.+MESO_KW = tuple(k for k in os.environ.get(+ "VEC_MESO_KW",+ "foregut,gut,paraxial,somite,mesenchym,mesoderm,lateral plate").split(",") if k) def anatomical_type_factors(ct: np.ndarray, heart: float, edge: float,- nt: float) -> np.ndarray:+ nt: float, meso: float = 1.0) -> np.ndarray: """Per-cell multipliers from type-name anatomy keywords (lowercase substrings).""" f = np.ones(ct.shape[0], dtype=np.float64) for t in np.unique(ct):@@ -230,6 +263,8 @@ def anatomical_type_factors(ct: np.ndarray, heart: float, edge: float, f[m] = heart elif any(kw in name for kw in EDGE_KW): f[m] = edge+ elif any(kw in name for kw in MESO_KW):+ f[m] = meso return f @@ -398,8 +433,9 @@ def main() -> None: heart_m = float(os.environ.get("VEC_HEART", "1.6")) edge_m = float(os.environ.get("VEC_EDGE", "0.25")) nt_m = float(os.environ.get("VEC_NT", "0.0"))+ meso_m = float(os.environ.get("VEC_MESO", "1.0")) if ct is not None and n_out < adata.n_obs:- anat = anatomical_type_factors(ct, heart_m, edge_m, nt_m)+ anat = anatomical_type_factors(ct, heart_m, edge_m, nt_m, meso_m) w = np.clip(w * anat, 0.0, 100.0) # Marker-typicality factor (node 15): within each type, upweight cells with # higher z-scored expression of that type's marker genes. rho=0 -> node 11.
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k041 | Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 2 | 10.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2) |
| k031 | Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss | 10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT) |
| k018 | Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed delta | notes/plan/cards/T1.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 在节点 20 基底新增第三层中胚层/器官发生解剖因子(关键词 foregut,gut,paraxial,somite,mesenchym,mesoderm,lateral plate,E8.5 仅命中 Foregut 2405 细胞和 Paraxial Mesoderm 934 细胞),3-seed 查分证伪后默认 VEC_MESO=1.0 关闭该层;提交配置与父节点 20 等价,榜分 54.14 与四组子分全部 +0.00。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内(+0.00,54.25),提交配置与父相同;PLAN 步骤 4 的 rho 0.45→0.55 细扫未执行(因 meso 证伪后 Engineer 判定组成已饱和)。 covariation:噪声内(+0.00,53.74),提交配置与父相同。 de_recovery:噪声内(+0.00,52.41);提交配置=父,变化为零。内部 3-seed 测试中 meso=1.2 的 de_recovery 均值 52.65 < baseline 53.18,且倒 V 峰值在 meso=1.0,双向扰动均降。 direction:噪声内(+0.00,56.07),提交配置与父相同。 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 2 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 1 次:write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 10,093 · 输出 1,071 · 思考 38 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n21 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/21/analyst.jsonl 5 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/21/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 34 |
| 工具调用 | 共 36 次:bash 24、edit 4、read 3、todowrite 3、write 2 |
| 用时 | 18 分 |
| token 数 | 输入 69,013 · 输出 11,243 · 思考 18,046 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial/Somite ×1.2)推 de_recovery |
| 最后的回答(摘录) | 完成。节点 21 是一次**已验证的证伪 + 回退**。
**做了什么**:按 PLAN 在节点 20 基底新增第三层中胚层/器官发生解剖因子(`VEC_MESO_KW=foregut,gut,paraxial,somite,mesenchym,mesoderm,lateral plate`,`elif` 排在 heart/edge/NT 之后避免二次加权)。E8.5 上仅命中 Foregut(2405)、Paraxial Mesoderm(934),无交叉污染。用 3-seed 查分检验后**证伪**,把默认值设回 `VEC_MESO=1.0`(层保留但 no-op),提交配置与父节点 20 逐字节一致(proxy 输出 md5 相同、确定性已验证)。
**查分结果**(proxy A 半,共用 9/20 次):
- de_recovery 随倍数呈倒 V,**峰值在 baseline**:meso=0.8→53.00(s0)、1.0→{53.54,53.00,53.00}、1.2→{52.48,53.00,52.48}
- 总分 3-seed 均值:baseline **56.50** > meso=1.2 **56.17**(−0.33,2/3 seed 更低;seed0 的 +0.07 是噪声)
- 三视图确认(=父配置,seed0):proxy **56.40** / proxy2 **56.40** / X3 **50.00**,三视图 vec-check 全 ok
- PLAN 保留门槛(de_recovery≥53.0 且总分≥56.2)未通过;“试 1.3”的前提(meso↑ 推 de_recovery↑)被反向否定,未加码
**下一步最值得试的方向**:类型间组成杠杆在此家族已饱和(×1.0 的大群体恰是这两个 meso 类型,其余已被 heart/edge/NT 覆盖;heart 1.6/1.8、rho、T、beta/gamma 均在种子噪声内)。要再推 de_recovery 需**换机制家族**而非继续调倍数:①类型内按分化轨迹的连续重加权(区别于标记典型性);②对 heart 命中型做“心肌 vs 内皮 vs 间充质”细分倍数的**多种子**验证(父的单 seed 分辨率不足)。**明确不要再试** foregut/paraxial/somite 类型间重加权。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/21/engineer.jsonl 177 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/21/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 2 分 |
| token 数 | 输入 14,956 · 输出 925 · 思考 4,080 |
| 任务(第一行) | 为节点 n21(改进,父节点 n20)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "中胚层/器官发生解剖层(Foregut/Paraxial/Somite ×1.2)推 de_recovery",
"motivation": "父节点 20 最弱组 de_recovery=52.41(四组最低),虽已离开 51.33 平台但仍有空间。ANALYSIS 证实类型间比例是 de_recovery 的唯一杠杆。当前解剖层仅覆盖 heart(×1.6)、edge(×0.25)、NT(×0),Foregut/Paraxial Mesoderm/Somite 等中胚层大类仍为默认 1.0。这些群体在 E8.5→E9.5 器官发生期活跃扩增分化(通用胚胎学知识),其 DE 信号在预测中欠代表。节点 12(纯解剖无 typicality)de_recovery 52.04、总分 54.50 为全树最高,说明解剖层仍有未榨取的组成信号。",
"approach": "步骤:\n1. 在节点 20 run.py 的解剖因子逻辑中新增第三层 VEC_MESO 关键词:`foregut, gut, paraxial, somite, mesenchym, mesoderm, lateral plate`(小写子串匹配,排除已被 heart/edge/NT 命中的类型),默认倍数 1.2(环境变量 VEC_MESO=1.2)。实现方式与现有 heart/edge 层完全同构,约 10 行代码。\n2. 第一次查分(proxy A 半 seed0):VEC_MESO=1.2 全栈。若 de_recovery ≥53.0 且总分 ≥56.2,保留;否则试 1.3。\n3. 若 VEC_MESO 正向,第二次查分换 seed1 确认(排除单 seed 噪声)。\n4. 若 VEC_MESO 确认正向,尝试副靶:在 alpha=0 基底上将 rho 从 0.45 调至 0.55(ANALYSIS 建议细扫),看 cell_state 是否回升(父 54.25 < 祖父 55.33)。\n5. 最终配置跑 proxy2(确认路径一致,proxy2 只取官方 E8.5 输入)和 X3(n_out≥池→恒等,不受影响)。\n6. 若 VEC_MESO 无效(<+0.5 de_recovery),回退并改为单独消融:只加 `foregut` ×1.3 查一次,只加 `paraxial` ×1.3 查一次,归因哪个子集有效。\n\n单输入阶段退路:本方案仅操作输入阶段自身 obs 标签的子串匹配,不依赖第二时间点,proxy(单阶段)和 final(双阶段)代码路径相同。\n\n查分预算:主路径 6-8 次(含消融),上限 20 次内。时间:实现 <5 min,每次查分 <10 s(1.9 s 运行 + 开销),总计 <25 min。",
"expected_groups": ["de_recovery", "cell_state"],
"risks": "1) 中胚层关键词在 E8.5 obs 标签中命中面过宽(如 'mesoderm' 匹配到已被 heart 层覆盖的类型)——Engineer 应先打印命中列表确认无交叉,用排除逻辑避免重复加权。2) ×1.2 效果在噪声内(<+1)——用双 seed 确认,若两 seed 均 <+0.5 则放弃该层。3) 关键词在 final 视图 E9.5 标签上命中集不同(如类型改名)——子串匹配已是最宽泛策略,无法在 proxy 上验证,接受该风险。4) rho 调整与解剖层交互未知——先固定解剖层再动 rho,避免混淆归因。5) Engineer 应在第一次查分后立即检查 de_recovery 子分,若 <52.5(低于父)则停止该方向。"
}
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| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/21/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/21/researcher.stderr |