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节点 n14
类型内中心性偏置抽样(按到类型中位表达的Pearson相关加权)与温度丰度排名轴均实测证伪,默认精确回退节点13配置;表达值不修改
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era |
|---|---|
| 父节点 | n13 |
| 子节点 | n16 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 53.99(+0.0) · proxy 55.99(+0.0) · proxy2 55.99(+0.0) · X3 50.00(+0.0) · 3 次复测均分 53.60 |
| 审查 | 通过 检查项1(越界读取):未发现问题。run.py 仅通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/panel_genes 按 --data 清单读输入阶段(run.py:403-410),无绝对路径、..、/mnt、网络或打分器路径。; 检查项2(硬编码目标统计量):未发现问题。CC_GENES/AP_GENES(run.py:113-127)为阶段无关的通用细胞周期/凋亡基因集(Tirosh 2016、GO:0006915,来源已注明),所有类型权重、中位表达、细胞数均从输入池现场计算(run.py:179-201,228-… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 17 分 |
| 程序版本 | 3a1f6ecb1e3a505e0dc2757fa66ef878667cf9ff (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 3a1f6ecb1e:solution/METHOD.md
类型内中心性偏置抽样(按到类型中位表达的Pearson相关加权)与温度丰度排名轴均实测证伪,默认精确回退节点13配置;表达值不修改
方法
基底与节点 13 完全一致(最新官方输入阶段细胞池、alpha=-3 类型增殖权重、beta=-0.5 细胞级梯度、gamma=0.2 凋亡罚分、k=1 wrand 保底、按类型中位权重排名的温度 T_c∈[0.60,0.90]、E-S 不放回抽样)。本节点按计划实现了两个新机制,均实测负向或中性,默认全部关闭/保持节点 13:
- 类型内中心性偏置(VEC_CENT,默认 0=关闭):对每个类型算逐基因中位表达 mu_c(稀疏感知,只遍历 >50% 细胞表达的列),细胞权重乘入 c_i = (clip(corr(x_i, mu_c), 0.05, 1) / 类型内均值)^delta,再 clip [0.01,100],然后照旧过温度与 E-S 抽样。类型 <5 细胞跳过。delta=0 精确退化节点 13。全程确定性、无 RNG。X3 恒等路径(n_out≥n_obs)跳过该块,X3 输出不变。
- 温度丰度排名轴(VEC_TAXIS,默认 "weight"=节点 13):T_c 排名轴从类型中位权重换成类型细胞数升序(最稀有的类型得最低温度、保留更多存在)。
查分记录(proxy A 半,本节点共用 8 次)
| 配置 | seed 0 | seed 1 | de_score s0/s1 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 基底=节点 13 | 56.01 | 55.48(父报) | 0.0727 / 0.0545 | 本次复跑 56.005 确认环境一致 |
| 中心性 delta=0.2 | 55.44 | - | 0.0545 | cell_state 57.35, cov 53.20 |
| 中心性 delta=0.3 | 55.58 | - | 0.0727 | cell_state 56.88 |
| 中心性 delta=0.5 | 55.57 | 55.09 | 0.0727 / 0.0364 | 双 seed 均负 |
| 中心性 delta=-0.2 | 55.61 | - | 0.0727 | 反向也负 |
| 丰度轴 (0.60,0.90) | 56.02 | 55.34 | 0.0545 / 0.0364 | s0 cov +1.3 但 de 掉档;s1 负 |
结论:
- 中心性偏置两个方向都伤分:偏向类型中心细胞减少类型内多样性,covariation/cell_state 受损,de_score 平台 0.0727 未被突破(PLAN 风险 2 成立)。de_recovery 对该组成家族是结构性的,此路封闭。
- 丰度轴不满足父节点采纳标准(双 seed >55.6):s0 总分持平(cov +1.3 被 de 掉档抵消),s1 55.34 < 55.48。de_score 档位似乎绑定「权重轴 + T_hi=0.90」这一具体温度分配,换轴即掉档。不采纳。
- 默认提交 = 节点 13 行为的逐字节复现(sha256 验证),预期正式分 ≈ 父节点。
验证过 / 未验证
- 验证:8 次 proxy A 半查分(中心性 5 配置 + 丰度轴双 seed + 基底复现);VEC_CENT=0 且 VEC_TAXIS=weight 默认输出与节点 13 代码路径逐字节一致(final_proxy_s0 与 base_s0 sha256 相同);同 seed 重跑逐字节一致(确定性);proxy2 输出与 proxy 逐字节一致(include_external=False,sha256 相同,proxy2 无需另查);X3 恒等路径不受两机制影响(n_out≥n_obs 时中心性块跳过、温度不改多重集);三视图 vec-check 全部 ok;运行 ~4.5s、内存与父节点相同量级。
- 未验证:final 视图(代码路径同 proxy,dt=1);B 半。本节点为证伪型负结果:提交配置即父配置,无新增分数主张。
- 知识来源:同父节点(细胞周期基因 Tirosh et al. 2016 惯例、凋亡基因 GO:0006915);中心性与丰度轴只用输入池自身表达/计数现场计算,无硬编码统计,未用保留阶段/禁窗/保留基因型信息。
下一步建议
- 组成-权重家族(比例、温度、保底、中心性、丰度轴)已系统扫过且全部收敛/证伪;de_score 阶梯 0.0727→更高档对任何抽样权重形状不敏感。建议换家族:在保持逐细胞实体的前提下做细胞状态的轻度演化(如对每种类型按已发布 E8.5→E9.5 之外的通用分化知识做小幅基因模块调整),或类型间过渡态细胞的构造(混合型插值细胞以少量比例注入),目标直接对准 de_recovery/direction。
- covariation 对「稀有类型保留」有响应(丰度轴 s0 cov +1.3):若能与权重轴温度做凸组合轴(rank = ρ·权重排名 + (1-ρ)·丰度排名,ρ 可搜),可能保住 de 档的同时吃到 cov 增益;单 seed 探针 ≤2 次。
- 不要再试:任何 k≥2 保底、任何中心性/典型性偏置、T_hi<0.90 的温度。
调研员的计划
| 名称 | 类型内中心性偏置抽样:按到类型中位表达的距离加权,锐化DE信号 |
|---|---|
| 动机 | de_recovery 是全树最弱分组(51.33),从节点 6 到 13 几乎未动(50.32→51.33),且 de_score 在 0.0727/0.0545 两档间跳动。Analyst 确认温度/保底家族已收敛,但从未尝试过按类型内表达典型性(到类型中心距离)选择细胞。机制假设:当前 E-S 抽样对类型内细胞无偏好,抽到边缘细胞会模糊类型间 DE 对比;偏向中心细胞可锐化类型均值差异,提升 DE 基因召回。cell_state(55.21)也可能因更典型细胞而小幅受益。 |
| 做法 | 在节点 13 的 run.py 基础上,在最终权重 w_i = w_c * m_i * a_i 之后、温度与 E-S 抽样之前,乘入一个类型内中心性因子 c_i: 1. 对每个类型 c,用该类型所有细胞的表达矩阵(稀疏矩阵直接操作)计算逐基因中位数向量 mu_c(用 scipy.sparse 按类型切片取 median,避免密集化全矩阵)。 2. 对类型 c 内每个细胞 i,计算与 mu_c 的 Spearman 相关或负 L2 距离(优先用 Pearson 相关,对稀疏数据更稳健:先对 X 行做 log1p 再算相关)。sim_i = corr(x_i, mu_c),clip 到 [0.05, 1]。 3. 中心性权重 c_i = (sim_i / sim_type_mean) ** delta,delta 为新参数(VEC_CENT),默认 0.3。delta=0 时 c_i 恒为 1,精确退化为节点 13。 4. 最终权重 w_i = w_c * m_i * a_i * c_i,clip [0.01, 100],后续温度、E-S 抽样、k=1 保底均不变。 5. 若某类型细胞数 < 5,该类型跳过中心性计算(c_i=1)。 6. X3 路径(n_out >= n_obs)不变,恒等输出。 7. proxy2 路径不变(include_external=False,只用官方 E8.5)。 参数搜索(共用 ≤8 次查分): - 第一轮 seed 0 单查:delta ∈ {0.2, 0.3, 0.5},同时记录 de_score 和 covariation。 - 若最佳配置 de_score ≥ 0.0727 且总分 > 56.0:用 seed 1 复核(1 次)。 - 若 covariation 掉 > 1.5:降低 delta 到 0.15 再查一次。 - 若所有 delta 的 de_score 均为 0.0545 或总分 ≤ 55.5:放弃,回退节点 13 代码。 - 剩余配额用于最佳配置的双 seed 确认。 vec-score 快速筛选:每个配置只跑 proxy A 半 seed 0,比较总分和 de_score 两列。 |
| 风险 | 1. 中心性偏置减少类型内多样性,可能伤 covariation(当前 53.07);Engineer 应在第一次查分时就检查 covariation 子分,掉 >1.5 则降 delta 或放弃。2. de_score 平台可能是结构性的(Analyst 已警告),中心性偏置可能仍无法突破 0.0727;若 seed 0 仍为 0.0545 或 0.0727 不变,一次验证后止损。3. 类型中位数计算在稀疏矩阵上需注意效率;用 scipy.sparse 按类型索引切片后 .mean(axis=0) 即可,不需要密集化,预计增加 <0.5s。4. 增益可能 <2 分噪声;必须双 seed 一致正向才可采纳。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 ec3e1aab1e。改动的文件:solution/METHOD.md +23 −30、solution/README.md +2 −2、solution/run.py +101 −7
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 5f1df56..96204e1 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,43 +1,36 @@-# 节点11基础上把标量温度换成按类型的权重温度:类型按中位权重升序排名,T_c 从 0.60 线性升到 0.90(低权重类型保留更多细胞);类型特定 k=2 保底实测证伪;表达值不修改+# 类型内中心性偏置抽样(按到类型中位表达的Pearson相关加权)与温度丰度排名轴均实测证伪,默认精确回退节点13配置;表达值不修改 ## 方法 -基底与节点 11 完全一致:最新官方输入阶段细胞池、类型级增殖权重(alpha=-3)、细胞级梯度(beta=-0.5)、凋亡罚分(gamma=0.2)、k=1 wrand 分层保底、E-S 加权不放回抽样。**唯一采用的新操作**:+基底与节点 13 完全一致(最新官方输入阶段细胞池、alpha=-3 类型增殖权重、beta=-0.5 细胞级梯度、gamma=0.2 凋亡罚分、k=1 wrand 保底、按类型中位权重排名的温度 T_c∈[0.60,0.90]、E-S 不放回抽样)。本节点按计划实现了两个新机制,**均实测负向或中性,默认全部关闭/保持节点 13**: -**按类型的权重温度(T_lo=0.60, T_hi=0.90)**:抽样前把每细胞权重替换为 w_i^{T_{c(i)}}。类型按其中位权重升序排名 r,T_c = T_lo + (T_hi-T_lo)·r/(n_types-1)。权重最低(增殖最强、被 alpha=-3 压得最狠)的类型得到 T=0.60,保留更多存在;权重最高的类型得到 T=0.90,比均匀 T=0.85 压得更平。T_lo==T_hi 精确退化为节点 11 的均匀温度;无 celltype 列或类型数 <4 时退回 VEC_TEMP(默认 0.85)。排名与 T_c 全部由输入池现场计算,确定性(stable argsort,无随机)。+1. **类型内中心性偏置(VEC_CENT,默认 0=关闭)**:对每个类型算逐基因中位表达 mu_c(稀疏感知,只遍历 >50% 细胞表达的列),细胞权重乘入 c_i = (clip(corr(x_i, mu_c), 0.05, 1) / 类型内均值)^delta,再 clip [0.01,100],然后照旧过温度与 E-S 抽样。类型 <5 细胞跳过。delta=0 精确退化节点 13。全程确定性、无 RNG。X3 恒等路径(n_out≥n_obs)跳过该块,X3 输出不变。+2. **温度丰度排名轴(VEC_TAXIS,默认 "weight"=节点 13)**:T_c 排名轴从类型中位权重换成类型细胞数升序(最稀有的类型得最低温度、保留更多存在)。 -**类型特定 k=2 保底(已实现,默认关闭 VEC_KLOW=0)**:只对权重最低四分位的类型把保底从 k=1 提到 k=2。实测证伪(见下表),与节点 9 的全局 k=2 同一种失败模式(de_score 掉档)。+## 查分记录(proxy A 半,本节点共用 8 次) -环境变量:VEC_TLO(默认 0.60)、VEC_THI(默认 0.90)、VEC_KLOW/VEC_QLOW(默认 0/0.25,关闭)、其余同节点 11。X3 路径(n_out≥n_obs):温度不改变恒等输出的多重集,X3 输出与父节点逐字节一致(sha256 验证)。proxy2 只用官方 E8.5(include_external=False),输出与 proxy 逐字节一致。--## 查分记录(proxy A 半,本节点共用 10 次)--| 配置 (T_lo, T_hi) | seed 0 | seed 1 | de_score s0/s1 | cell_state s0/s1 |+| 配置 | seed 0 | seed 1 | de_score s0/s1 | 备注 | |---|---|---|---|---|-| 父节点 11(均匀 0.85) | 55.65 | 55.45 | 0.0727 / 0.0545 | 57.17 / 56.28 |-| **(0.60, 0.90)(采用)** | **56.01** | **55.48** | 0.0727 / 0.0545 | 58.32 / 57.24 |-| (0.65, 0.90) | 55.99 | 55.11 | 0.0727 / 0.0364 | 58.34 / 55.96 |-| (0.50, 0.90) | 55.90 | - | 0.0727 | 58.11 |-| (0.60, 0.85) | 55.83 | - | 0.0545 | 58.17 |-| (0.70, 0.85) | 55.53 | - | 0.0545 | 57.01 |-| (0.40, 0.95) | 55.34 | - | 0.0545 | 56.95 |-| (0.60, 0.90)+KLOW=2 | 55.27 | - | 0.0545 | 56.58 |-| 均匀 0.85+KLOW=2 | 55.39 | - | 0.0545 | 56.90 |--关键发现:-1. T_hi=0.90 且 T_lo≥0.50 时 de_score 在 s0 稳定保持 0.0727 平台;T_hi<0.90 或 T_lo≤0.40 或 KLOW=2 都掉回 0.0545。**0.0727 平台未被突破**(PLAN 风险 1 成立:平台对该组成家族是结构性的)。-2. 采用配置的收益来自 cell_state:两 seed 一致 +1.15/+0.96,高于任何均匀温度(最高 57.57@T=0.75 但 de_recovery 掉档)。方向两 seed 均正(+0.36/+0.03)。-3. 类型特定 k=2 保底与全局 k=2 一样负向,保底家族到此为止(k=1 + 温度是该家族最优)。-4. de_score 随 seed 翻档(父 s1 也是 0.0545)是总分主要方差来源,组成微调控制不了。+| 基底=节点 13 | 56.01 | 55.48(父报) | 0.0727 / 0.0545 | 本次复跑 56.005 确认环境一致 |+| 中心性 delta=0.2 | 55.44 | - | 0.0545 | cell_state 57.35, cov 53.20 |+| 中心性 delta=0.3 | 55.58 | - | 0.0727 | cell_state 56.88 |+| 中心性 delta=0.5 | 55.57 | 55.09 | 0.0727 / 0.0364 | 双 seed 均负 |+| 中心性 delta=-0.2 | 55.61 | - | 0.0727 | 反向也负 |+| 丰度轴 (0.60,0.90) | 56.02 | 55.34 | 0.0545 / 0.0364 | s0 cov +1.3 但 de 掉档;s1 负 |++结论:+1. **中心性偏置两个方向都伤分**:偏向类型中心细胞减少类型内多样性,covariation/cell_state 受损,de_score 平台 0.0727 未被突破(PLAN 风险 2 成立)。de_recovery 对该组成家族是结构性的,此路封闭。+2. **丰度轴不满足父节点采纳标准(双 seed >55.6)**:s0 总分持平(cov +1.3 被 de 掉档抵消),s1 55.34 < 55.48。de_score 档位似乎绑定「权重轴 + T_hi=0.90」这一具体温度分配,换轴即掉档。不采纳。+3. 默认提交 = 节点 13 行为的逐字节复现(sha256 验证),预期正式分 ≈ 父节点。 ## 验证过 / 未验证 -- 验证:9 个 proxy A 半配置查分;采用配置双 seed;proxy2 / X3 输出与 proxy / 父路径逐字节一致(sha256,故 proxy2=56.01、X3=50.00 无需查分);三视图 vec-check ok;同 seed 重跑输出逐字节一致(确定性)。预计 A 半节点分 (56.01+56.01+50)/3 ≈ 54.00 vs 父 A 半 53.77。-- 未验证:final 视图(代码路径同 proxy,dt=1,类型温度机制同样只用输入阶段自身信息);B 半。**A 半增益 +0.23(双 seed 均值 +0.20)在 ±2 噪声带内,不宣称显著进步**;采用理由:双 seed 方向一致、cell_state 子分一致 +1、机制是节点 11 已采纳温度的自然细化、T_lo=T_hi=0.85 可精确回退。-- 知识来源:细胞周期基因(Tirosh et al. 2016 惯例)、凋亡基因(GO:0006915),同父节点。类型温度只用输入池自身权重排名,无任何硬编码统计。未用保留阶段/禁窗/保留基因型信息。+- 验证:8 次 proxy A 半查分(中心性 5 配置 + 丰度轴双 seed + 基底复现);VEC_CENT=0 且 VEC_TAXIS=weight 默认输出与节点 13 代码路径逐字节一致(final_proxy_s0 与 base_s0 sha256 相同);同 seed 重跑逐字节一致(确定性);proxy2 输出与 proxy 逐字节一致(include_external=False,sha256 相同,proxy2 无需另查);X3 恒等路径不受两机制影响(n_out≥n_obs 时中心性块跳过、温度不改多重集);三视图 vec-check 全部 ok;运行 ~4.5s、内存与父节点相同量级。+- 未验证:final 视图(代码路径同 proxy,dt=1);B 半。本节点为**证伪型负结果**:提交配置即父配置,无新增分数主张。+- 知识来源:同父节点(细胞周期基因 Tirosh et al. 2016 惯例、凋亡基因 GO:0006915);中心性与丰度轴只用输入池自身表达/计数现场计算,无硬编码统计,未用保留阶段/禁窗/保留基因型信息。 ## 下一步建议 -1. 保底+温度家族已收敛(de_score 平台 0.0727 是结构性的);想再上台阶需要不同家族的组成操作,例如对低权重类型做「细胞复制式」过采样(有放回),但预期伤 covariation/MMD,先单次查分验证即止。-2. cell_state 对权重分布形状最敏感(温度细化 +1),可试按类型丰度(而非权重)排名的第二种温度轴,或对 T_c 用权重分位数而非排名(对类型数更稳健)。-3. de_score 随 seed 翻档说明 B 半可能落在任一档;不建议再为 A 半 de_score 榨参数(A/B 半档位可能不同,过拟合无益)。+1. 组成-权重家族(比例、温度、保底、中心性、丰度轴)已系统扫过且全部收敛/证伪;de_score 阶梯 0.0727→更高档对任何抽样权重形状不敏感。建议换家族:在保持逐细胞实体的前提下做**细胞状态的轻度演化**(如对每种类型按已发布 E8.5→E9.5 之外的通用分化知识做小幅基因模块调整),或类型间**过渡态细胞的构造**(混合型插值细胞以少量比例注入),目标直接对准 de_recovery/direction。+2. covariation 对「稀有类型保留」有响应(丰度轴 s0 cov +1.3):若能与权重轴温度做凸组合轴(rank = ρ·权重排名 + (1-ρ)·丰度排名,ρ 可搜),可能保住 de 档的同时吃到 cov 增益;单 seed 探针 ≤2 次。+3. 不要再试:任何 k≥2 保底、任何中心性/典型性偏置、T_hi<0.90 的温度。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 0eb4eb5..2596be5 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,3 +1,3 @@-# 增殖加权重采样 + 类型保底抽样(节点 9)+# 增殖加权重采样 + 类型保底 + 按类型温度(节点 13 配置;节点 14 两新机制实测证伪、默认关闭) -最新官方输入阶段的细胞池,按类型级增殖权重(alpha=-3)、细胞级梯度(beta=-0.5)、凋亡罚分(gamma=0.2)做 E-S 加权不放回抽样;抽样前每类型按权重随机预留 k=1 个代表细胞(保底),表达值不修改。详见 METHOD.md。环境变量:VEC_K / VEC_KMODE / VEC_EPS / VEC_ALPHA / VEC_BETA / VEC_GAMMA。+最新官方输入阶段的细胞池,按类型级增殖权重(alpha=-3)、细胞级梯度(beta=-0.5)、凋亡罚分(gamma=0.2)做 E-S 加权不放回抽样;抽样前每类型按权重随机预留 k=1 个代表细胞(保底);温度按类型中位权重排名从 T_lo=0.60 线性升到 T_hi=0.90。表达值不修改。节点 14 新增但默认关闭:类型内中心性偏置(VEC_CENT=0)、温度丰度排名轴(VEC_TAXIS=weight)——均实测负向,详见 METHOD.md。环境变量:VEC_ALPHA / VEC_BETA / VEC_GAMMA / VEC_K / VEC_KMODE / VEC_TEMP / VEC_TLO / VEC_THI / VEC_TAXIS / VEC_CENT / VEC_EPS / VEC_DELTA。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 3cbcc98..91705a4 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -70,10 +70,25 @@ Node 13 addition (composition only, expressions untouched): falls back to VEC_TEMP. Grid measured (seed 0): (0.65,0.90)=55.99, (0.50,0.90)=55.90, (0.60,0.85)=55.83, (0.70,0.85)=55.53, (0.40,0.95)=55.34 -- spread too wide or T_hi<0.90 loses de_score.- * type-specific presence floor k=2 for the lowest-weight quartile of- types (VEC_KLOW, default 0 = OFF): measured negative, 55.27 (with- per-type temp) and 55.39 (with uniform T=0.85) at seed 0, de_score- drops to 0.0545 -- same failure mode as the global k=2 of node 9.+ * type-specific presence floor k=2 for the lowest-weight quartile of+ types (VEC_KLOW, default 0 = OFF): measured negative, 55.27 (with+ per-type temp) and 55.39 (with uniform T=0.85) at seed 0, de_score+ drops to 0.0545 -- same failure mode as the global k=2 of node 9.++Node 14 (both mechanisms MEASURED NEGATIVE, defaults keep node 13 exactly):+ * within-type centrality bias (VEC_CENT, default 0 = OFF): c_i =+ (corr(x_i, median_c) / mean_type)**delta multiplied into w_i before+ temperature. Proxy A-half seed 0: delta=0.2 -> 55.44 (de_score 0.0545),+ 0.3 -> 55.58, 0.5 -> 55.57, -0.2 -> 55.61, vs base 56.01; delta=0.5+ seed 1 -> 55.09 (de_score 0.0364) vs base 55.48. Both signs hurt:+ sampling typical (central) cells reduces within-type diversity that the+ distribution metrics reward, and de_score does not improve. Refuted.+ * abundance ranking axis for the per-type temperature (VEC_TAXIS,+ default "weight" = node 13): rank types by cell count instead of median+ weight. Proxy A-half seed 0: 56.02 (covariation 53.93 -> 55.26 but+ de_score drops to 0.0545); seed 1: 55.34 vs base 55.48, de_score+ 0.0364. Not positive on both seeds -> not adopted. The de_score tier+ (0.0727) requires the weight axis with T_hi=0.90, T_lo in [0.5, 0.65]. """ from __future__ import annotations@@ -189,7 +204,7 @@ def type_weights(adata, scores: np.ndarray, alpha: float, dt: float, def apply_temperature(w: np.ndarray, ct: np.ndarray | None, temp: float,- t_lo: float, t_hi: float) -> np.ndarray:+ t_lo: float, t_hi: float, axis: str = "weight") -> np.ndarray: """Per-type weight temperature (node 13). Types are ranked by their median weight ascending; the type with rank r@@ -198,6 +213,9 @@ def apply_temperature(w: np.ndarray, ct: np.ndarray | None, temp: float, (strongly downweighted, highly proliferative) types more, preserving their presence. t_lo == t_hi reproduces the uniform temperature exactly. Falls back to uniform VEC_TEMP when types are unavailable or < 4 types.++ axis (node 14): "weight" (node 13, rank by median weight) or "abundance"+ (rank by type cell count ascending -- rarest types get the lowest T). """ if t_lo == t_hi: return np.power(w, t_lo) if t_lo != 1.0 else w@@ -209,13 +227,78 @@ def apply_temperature(w: np.ndarray, ct: np.ndarray | None, temp: float, return np.power(w, temp) if temp != 1.0 else w tw = np.empty(nt, dtype=np.float64) for t in range(nt):- tw[t] = np.median(w[codes == t])+ if axis == "abundance":+ tw[t] = np.count_nonzero(codes == t)+ else:+ tw[t] = np.median(w[codes == t]) ranks = np.empty(nt, dtype=np.int64) ranks[np.argsort(tw, kind="stable")] = np.arange(nt) tc = t_lo + (t_hi - t_lo) * (ranks / max(nt - 1, 1)) return np.power(w, tc[codes]) +def sparse_col_median(Xcsc) -> np.ndarray:+ """Per-column median of a sparse matrix, zeros counted implicitly.++ Only columns with enough nonzeros (nnz >= n//2 + 1) can have a nonzero+ median; the rest stay 0. Lower median for even n (deterministic).+ """+ n = Xcsc.shape[0]+ out = np.zeros(Xcsc.shape[1], dtype=np.float64)+ lo = (n - 1) // 2+ nnz = np.diff(Xcsc.indptr)+ for j in np.flatnonzero(nnz >= n // 2 + 1):+ s, e = Xcsc.indptr[j], Xcsc.indptr[j + 1]+ zeros = n - nnz[j]+ data = np.sort(Xcsc.data[s:e])+ k = lo - zeros+ if n % 2 == 1:+ out[j] = data[k]+ else:+ hi = data[k + 1] if k + 1 < nnz[j] else 0.0+ out[j] = 0.5 * (data[k] + hi)+ return out+++def centrality_weights(X, codes: np.ndarray, n_types: int, delta: float,+ min_cells: int = 5) -> np.ndarray:+ """Within-type centrality factor c_i (node 14).++ Per type c: mu_c = per-gene median of the type's cells (sparse-aware);+ sim_i = Pearson correlation between cell i's log1p profile and mu_c over+ all panel genes, clipped to [0.05, 1]; c_i = (sim_i / mean_type(sim))**delta.+ Types with < min_cells cells keep c_i = 1. delta = 0 recovers node 13.+ Fully deterministic (no RNG).+ """+ n = X.shape[0]+ c = np.ones(n, dtype=np.float64)+ if delta == 0.0:+ return c+ Xcsr = X.tocsr() if sp.issparse(X) else sp.csr_matrix(X)+ ng = X.shape[1]+ for t in range(n_types):+ idx = np.flatnonzero(codes == t)+ if idx.size < min_cells:+ continue+ Xt = Xcsr[idx]+ mu = sparse_col_median(Xt.tocsc())+ mm = float(mu.mean())+ varm = float((mu - mm) @ (mu - mm))+ if not np.isfinite(varm) or varm <= 1e-12:+ continue+ dots = np.asarray(Xt @ mu, dtype=np.float64).ravel()+ sums = np.asarray(Xt.sum(axis=1), dtype=np.float64).ravel()+ sq = np.asarray(Xt.multiply(Xt).sum(axis=1), dtype=np.float64).ravel()+ xm = sums / ng+ cov = dots - ng * xm * mm+ varx = sq - ng * xm * xm+ sim = cov / np.sqrt(np.maximum(varx, 1e-12) * varm)+ sim = np.clip(np.nan_to_num(sim, nan=0.05), 0.05, 1.0)+ rel = sim / max(float(sim.mean()), 1e-6)+ c[idx] = np.power(np.clip(rel, 0.05, 20.0), delta)+ return c++ def stratified_floor_sample(w: np.ndarray, ct: np.ndarray | None, n_out: int, rng: np.random.Generator, k: int, mode: str = "top",@@ -347,10 +430,21 @@ def main() -> None: ct = np.asarray(adata.obs[col]) break + cent = float(os.environ.get("VEC_CENT", "0.0"))+ t_axis = os.environ.get("VEC_TAXIS", "weight")+ scores = cell_cycle_scores(adata, genes) ap = apoptosis_scores(adata, genes) if gamma != 0.0 else None w = type_weights(adata, scores, alpha, dt, beta=beta, ap=ap, gamma=gamma)- w = apply_temperature(w, ct, temp, t_lo, t_hi)++ # Node 14: within-type centrality factor (composition only). Skipped on+ # the identity path (n_out >= pool, X3) so its output stays byte-identical.+ if cent != 0.0 and ct is not None and n_out < adata.n_obs:+ types_c, codes_c = np.unique(ct, return_inverse=True)+ c_i = centrality_weights(adata.X, codes_c, len(types_c), cent)+ w = np.clip(w * c_i, 0.01, 100.0)++ w = apply_temperature(w, ct, temp, t_lo, t_hi, axis=t_axis) k_low = int(os.environ.get("VEC_KLOW", "0")) q_low = float(os.environ.get("VEC_QLOW", "0.25"))
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k041 | Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 2 | 10.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2) |
| k031 | Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss | 10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT) |
| k018 | Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed delta | notes/plan/cards/T1.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 实现两个新机制并默认关闭:类型内中心性偏置(VEC_CENT,按到类型中位表达的 Pearson 相关加权,稀疏感知中位数)和温度丰度排名轴(VEC_TAXIS=abundance)。两者实测负向/中性,提交配置与节点 13 逐字节一致(sha256 验证),故所有分组变化为 0。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内(+0.00,55.21):查分中 cell_state 未见一致增益(delta=0.2 时 57.35 但 de 掉档总分 55.44 < 基底 56.01) covariation:噪声内(+0.00,53.07):中心性偏置两方向均伤 covariation;丰度轴 s0 cov +1.3 但被 de 掉档抵消且 s1 负 de_recovery:噪声内(+0.00,51.33):中心性 delta=0.2~0.5 与 -0.2 均未突破 de_score 0.0727 平台,多数配置掉档至 0.0545/0.0364,机制证伪后回退 direction:噪声内(+0.00,55.93):提交配置即父配置,无变化 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 2 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 1 次:write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 10,584 · 输出 959 · 思考 92 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n14 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/analyst.jsonl 5 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 33 |
| 工具调用 | 共 37 次:bash 25、edit 7、read 3、write 2 |
| 用时 | 15 分 |
| token 数 | 输入 68,894 · 输出 10,495 · 思考 12,778 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:类型内中心性偏置抽样:按到类型中位表达的距离加权,锐化DE信号 |
| 最后的回答(摘录) | **做了什么**:按 PLAN 在节点 13 上实现类型内中心性偏置抽样(到类型中位表达的 Pearson 相关加权,VEC_CENT),并顺带探针父节点建议的温度丰度排名轴(VEC_TAXIS=abundance)。 **查分结果**(proxy A 半,共用 8/20 次):中心性 delta=0.2/0.3/0.5/-0.2 → 55.44/55.58/55.57/55.61,delta=0.5 seed1 → 55.09,全部低于基底 56.01/55.48,de_score 平台未破且两方向都伤 covariation——机制证伪。丰度轴 s0=56.02(cov +1.3 但 de 掉档)、s1=55.34,不满足双 seed 标准,不采纳。最终提交默认配置 = 节点 13 逐字节复现(sha256 验证),proxy2 输出与 proxy 逐字节一致,X3 恒等路径不变,三视图 vec-check 全过,确定性复跑验证通过。 **下一步最值得试**:组成-权重家族已系统收敛,建议换家族——构造少量类型间过渡态细胞(插值)或按通用分化知识做轻度基因模块演化,直接对准 de_recovery;次选:权重排名与丰度排名的凸组合温度轴(ρ 搜索),可能保住 de 档同时吃到 covariation 增益(探针 ≤2 次)。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/engineer.jsonl 191 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 13,974 · 输出 971 · 思考 2,283 |
| 任务(第一行) | 为节点 n14(改进,父节点 n13)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "类型内中心性偏置抽样:按到类型中位表达的距离加权,锐化DE信号",
"motivation": "de_recovery 是全树最弱分组(51.33),从节点 6 到 13 几乎未动(50.32→51.33),且 de_score 在 0.0727/0.0545 两档间跳动。Analyst 确认温度/保底家族已收敛,但从未尝试过按类型内表达典型性(到类型中心距离)选择细胞。机制假设:当前 E-S 抽样对类型内细胞无偏好,抽到边缘细胞会模糊类型间 DE 对比;偏向中心细胞可锐化类型均值差异,提升 DE 基因召回。cell_state(55.21)也可能因更典型细胞而小幅受益。",
"approach": "在节点 13 的 run.py 基础上,在最终权重 w_i = w_c * m_i * a_i 之后、温度与 E-S 抽样之前,乘入一个类型内中心性因子 c_i:\n\n1. 对每个类型 c,用该类型所有细胞的表达矩阵(稀疏矩阵直接操作)计算逐基因中位数向量 mu_c(用 scipy.sparse 按类型切片取 median,避免密集化全矩阵)。\n2. 对类型 c 内每个细胞 i,计算与 mu_c 的 Spearman 相关或负 L2 距离(优先用 Pearson 相关,对稀疏数据更稳健:先对 X 行做 log1p 再算相关)。sim_i = corr(x_i, mu_c),clip 到 [0.05, 1]。\n3. 中心性权重 c_i = (sim_i / sim_type_mean) ** delta,delta 为新参数(VEC_CENT),默认 0.3。delta=0 时 c_i 恒为 1,精确退化为节点 13。\n4. 最终权重 w_i = w_c * m_i * a_i * c_i,clip [0.01, 100],后续温度、E-S 抽样、k=1 保底均不变。\n5. 若某类型细胞数 < 5,该类型跳过中心性计算(c_i=1)。\n6. X3 路径(n_out >= n_obs)不变,恒等输出。\n7. proxy2 路径不变(include_external=False,只用官方 E8.5)。\n\n参数搜索(共用 ≤8 次查分):\n- 第一轮 seed 0 单查:delta ∈ {0.2, 0.3, 0.5},同时记录 de_score 和 covariation。\n- 若最佳配置 de_score ≥ 0.0727 且总分 > 56.0:用 seed 1 复核(1 次)。\n- 若 covariation 掉 > 1.5:降低 delta 到 0.15 再查一次。\n- 若所有 delta 的 de_score 均为 0.0545 或总分 ≤ 55.5:放弃,回退节点 13 代码。\n- 剩余配额用于最佳配置的双 seed 确认。\n\nvec-score 快速筛选:每个配置只跑 proxy A 半 seed 0,比较总分和 de_score 两列。",
"expected_groups": ["de_recovery", "cell_state"],
"risks": "1. 中心性偏置减少类型内多样性,可能伤 covariation(当前 53.07);Engineer 应在第一次查分时就检查 covariation 子分,掉 >1.5 则降 delta 或放弃。2. de_score 平台可能是结构性的(Analyst 已警告),中心性偏置可能仍无法突破 0.0727;若 seed 0 仍为 0.0545 或 0.0727 不变,一次验证后止损。3. 类型中位数计算在稀疏矩阵上需注意效率;用 scipy.sparse 按类型索引切片后 .mean(axis=0) 即可,不需要密集化,预计增加 <0.5s。4. 增益可能 <2 分噪声;必须双 seed 一致正向才可采纳。"
}
``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/researcher.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 5 |
| 工具调用 | 共 7 次:read 5、bash 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 20,446 · 输出 1,088 · 思考 755 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n14 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/reviewer.jsonl 99 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-A-era/nodes/14/reviewer.stderr |