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节点 n6
组成重加权(心脏×1.6、边缘×0.25、去神经管)抽 4000 真实细胞,表达不改;本节点测试的表达位移方向全部无效,保留父方法原样。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261001-204440-search-t1-g21q-A |
|---|---|
| 父节点 | n2 |
| 子节点 | n9 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 56.23(+0.0) · proxy 56.23(+0.0) · 3 次复测均分 56.61 |
| 审查 | 通过 1 越界读取:未发现问题——run.py 仅通过 view_io 读取 manifest 提供的输入(inputs_by_time[-1],即视图内 E8.5_RNA.h5ad)与 genes.txt(run.py:35-38),无绝对路径、..、外部目录或网络访问。; 2 硬编码目标统计量:未发现问题——最终代码不含表达位移或比例常量表,仅 N_CELLS=4000(run.py:25)且经 target_n_cells(manifest, ...) 按视图 min/max_cells 约束(view_manifest max_cells=5118);心脏×1.6/边缘×0.25 属规则型… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 12 分 |
| 程序版本 | a810cb810d0ac6438a202f340c5cb3ddd76e3295 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git a810cb810d:solution/METHOD.md
组成重加权(心脏×1.6、边缘×0.25、去神经管)抽 4000 真实细胞,表达不改;本节点测试的表达位移方向全部无效,保留父方法原样。
方法
与父节点 2 完全相同:heart_reweight(最后输入阶段按类型加权重采样 4000 个真实细胞,
heart×1.6 / edge×0.25 / drop Neural Tube),.X 不做任何修改。run.py 与父节点逐字节一致
(δ=0 时本节点实验版输出与父版 heart_reweight 输出经 nnz-diff 验证逐位相同)。
本节点测试过什么(负结果,全部在 proxy A 半查分)
基线 δ=0:56.19(de_recovery 53.0, cell_state 57.21, covariation 55.29, direction 58.89)。
- 文献 per-type 常数位移(log1p 空间加常数、clip≥0,18 基因均在 panel):
- 位移表:aSHF/pSHF up Myl7/Tnnt2/Actc1/Myh6、down Isl1/Fgf10(k044:Kelly 2001、Cai 2003); JCF up Wt1/Tbx18/Upk3b/Msln(k047 + PMID 18722343、32359445);CM 各型 up Myh6/Nppa/Myl2/ Myl3/Actn2(半幅,心肌成熟通识);aPHM/pPHM up Tbx1/Pitx2(k046:Lescroart 2010、Adachi 2020); Proepicardium up Upk3b/Msln/Krt8/Krt18(半幅)。
- δ=0.2:56.15;δ=0.4:56.11;δ=0.7:56.05。单调变差,de_recovery 恒为 53.0 (de_score 0.1091 四位小数不动),cell_state/covariation 随 δ 缓降。
- 结论:十几个标记基因的低幅位移完全推不动 DE 类指标,只轻微把细胞推离流形。
- 数据驱动质心牵引(PLAN 备选 5):per-type 常数位移 β·(μ_target−μ_source), 均值从当次重采样云现场计算(E8.5 log 伪批量),边 aSHF/pSHF→CM 池、JCF→Pericardium:
- β=0.05:55.21(covariation 52.4);β=0.12:53.66(de_recovery 也降到 51.96)。
- 结论:全基因幅度更大但方向不是真实时间差分,协方差结构被破坏,明确有害。
为什么不再试其它位移
- proxy 视图 external 为空,视图内只有 E8.5 一个阶段,任何 E8.5→E9.5 的真实全转录组 差分都无法从视图数据估计;只能来自先验知识,而先验知识只到标记基因层面(上面第 1 条已证 明标记级位移对 de_recovery 无效)。
- 节点 4 已用 11 次查分证明组成杠杆饱和;本节点用 6 次查分证明表达位移(文献级与数据驱动 质心级)在 proxy 上均为负收益或噪声内。de_recovery≈53 的机制性缺口需要真实时间差分信息, 在 proxy 视图内不可得。
未验证 / 局限
- final 视图(E8.5+E9.5 双输入)上"用两官方阶段观测差分 + 收缩系数外推"(PLAN 第 7 条) 未在本地验证(本节点只有 proxy 视图),且 proxy 上无法给它公平信号——留给有 final 视图 或 proxy2(Qiu E9.0 第二时间点)的后续节点。
- 红系 Hbb 切换未测(检索未能确证 E9.5 时点,PLAN 已排除)。
下一步建议
- 在 proxy2 视图上用 Qiu E9.0 心脏细胞 vs 官方 E8.5 心脏类型估计心脏谱系内的观测差分 (0.5 天),收缩后外推 1 天加到 E8.5 心脏类细胞上——这是唯一能拿到数据驱动时间差分的视图。
- de_recovery 对标记级位移完全钝感、对离流形位移敏感:任何后续表达修改都应以 covariation/cell_state 不降为硬约束。
调研员的计划
| 名称 | 组成不变 + 沿文献谱系方向的低幅 per-type 表达位移(主攻 de_recovery) |
|---|---|
| 动机 | 父节点 2(56.23 / rank3 56.61)最弱组是 de_recovery 53.61,其次 covariation 55.94;cell_state 56.60 与 direction 58.66 已较强。父方法只重加权组成、完全不改表达,真实 E8.5 细胞不含 E8.5→E9.5 的基因调控变化,这是 de_recovery 卡在 53 的机制性原因。节点 4 已证明:组成参数网格(hw/ew/n/Foregut,11 次查分)全部无采纳级提升,组成杠杆已饱和;且 proxy 视图 external 为空列表,无法用 Qiu E9.0 估计 delta。因此剩下的唯一杠杆是在不动组成的前提下给表达加一个方向正确的小位移。per-type 常数位移不改变类型内协方差,对 covariation 与 cell_state 的破坏最小。 |
| 做法 | 1) 保留父节点重加权与 4000 抽样逐位不变(heart_reweight + 同 seed),只在其后加表达位移。2) 先检查 read_stage 返回 X 的空间(counts 还是 log):若为 counts,位移在 log1p 空间做 X'=expm1(log1p(X)+Δ) 并 clip≥0;若为 log 则 X'=clip(X+Δ,0)。3) 位移表按类型名索引(键覆盖 E8.5 与 E9.5 两阶段的名字,未知类型 Δ=0,因此 proxy 单输入与 final 双输入走同一条代码路径,都对 inputs_by_time()[-1] 应用;这就是单阶段退路):SHF/aSHF/pSHF:up Myl7,Tnnt2,Actc1,Myh6;down Isl1,Fgf10(k044 方向)。JCF:up Wt1,Tbx18,Upk3b,Msln(k047 边 + PMID 32359445/18722343 确认这套标记在早期心外膜原基共表达);Mab21l2 不动。CM/V-CM:小幅成熟 up Myh6,Nppa,Myl2,Myl3,Actn2(幅度取 δ/2)。PHM/aPHM/pPHM:up Tbx1,Pitx2(k046 方向)。Proepicardium(仅 final 输入会出现):up Upk3b,Msln,Krt8,Krt18 小幅。红系 Hbb 切换因检索未能确证 E9.5 时点而排除,不冒险。基因先与 panel_genes 求交集并打印覆盖率,缺失的边直接去掉并记录。4) 查分流程(运行 1.3 s,预算 ≤10 次查询):先复跑 δ=0 基线拿 A 半分(应≈56.2),再各跑 δ_up=δ_down∈{0.2,0.4,0.7}(log 单位)三档;采纳标准:总分 ≥ 基线+2(噪声阈)且 cell_state、covariation 各不低于基线−1;若 de_recovery 升 ≥2 但总分不足,减半 δ 再查一次;最优档若接近阈值,用 seed 1 复核一次再采纳。5) 若文献位移全档失败,第二家族(预留 2 次查询):数据驱动的质心牵引 X'=(1−β)X+β·μ_CM(E8.5),只作用于 SHF/JCF 细胞,β∈{0.05,0.12},同样按 +2 标准判。6) 全部失败则按节点 4 先例原样交回父代码并在 METHOD.md 记负结果。7) 可选(仅当文献位移已被采纳且查询有余):final 双输入时用两个官方输入按类型匹配算观测 delta、以收缩系数 0.3–0.5 外推动量替代文献表,用 len(inputs)==2 守卫,proxy 上自动退回文献表。 |
| 风险 | 主要风险是把细胞推离真实流形导致 cell_state(56.60)下滑:第一个查询就用最小档 δ=0.2 并盯 cell_state,跌 >1 分立即减档或只保留 JCF/SHF 两条最强的边。第二风险是 panel 基因覆盖不足(Wt1/Upk3b/Msln 等可能不在 panel):打分前先打印交集大小,覆盖 <50% 的边弃用,避免无效查分。第三风险是 X 空间判断错误(counts 当 log 加 δ 会造成巨大畸变):实现前先打印 X 的 max/mean 确认。第四风险是提升淹没在 ~2 分噪声里:严格执行 +2 采纳阈和 seed 复核,达不到就交回父代码,不硬采纳。最后,若某档只涨 de_recovery 却等量跌 cell_state/covariation(位移方向与真实 DE 不一致的信号),说明该边方向错了,应整边剔除而不是调幅度。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 03bfe08b09。改动的文件:solution/METHOD.md +47 −0
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..42b7910--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,47 @@+组成重加权(心脏×1.6、边缘×0.25、去神经管)抽 4000 真实细胞,表达不改;本节点测试的表达位移方向全部无效,保留父方法原样。++# 方法++与父节点 2 完全相同:`heart_reweight`(最后输入阶段按类型加权重采样 4000 个真实细胞,+heart×1.6 / edge×0.25 / drop Neural Tube),`.X` 不做任何修改。run.py 与父节点逐字节一致+(δ=0 时本节点实验版输出与父版 `heart_reweight` 输出经 nnz-diff 验证逐位相同)。++# 本节点测试过什么(负结果,全部在 proxy A 半查分)++基线 δ=0:56.19(de_recovery 53.0, cell_state 57.21, covariation 55.29, direction 58.89)。++1. **文献 per-type 常数位移**(log1p 空间加常数、clip≥0,18 基因均在 panel):+ - 位移表:aSHF/pSHF up Myl7/Tnnt2/Actc1/Myh6、down Isl1/Fgf10(k044:Kelly 2001、Cai 2003);+ JCF up Wt1/Tbx18/Upk3b/Msln(k047 + PMID 18722343、32359445);CM 各型 up Myh6/Nppa/Myl2/+ Myl3/Actn2(半幅,心肌成熟通识);aPHM/pPHM up Tbx1/Pitx2(k046:Lescroart 2010、Adachi 2020);+ Proepicardium up Upk3b/Msln/Krt8/Krt18(半幅)。+ - δ=0.2:56.15;δ=0.4:56.11;δ=0.7:56.05。**单调变差**,de_recovery 恒为 53.0+ (de_score 0.1091 四位小数不动),cell_state/covariation 随 δ 缓降。+ - 结论:十几个标记基因的低幅位移完全推不动 DE 类指标,只轻微把细胞推离流形。+2. **数据驱动质心牵引**(PLAN 备选 5):per-type 常数位移 β·(μ_target−μ_source),+ 均值从当次重采样云现场计算(E8.5 log 伪批量),边 aSHF/pSHF→CM 池、JCF→Pericardium:+ - β=0.05:55.21(covariation 52.4);β=0.12:53.66(de_recovery 也降到 51.96)。+ - 结论:全基因幅度更大但方向不是真实时间差分,协方差结构被破坏,明确有害。++# 为什么不再试其它位移++- proxy 视图 external 为空,视图内只有 E8.5 一个阶段,**任何** E8.5→E9.5 的真实全转录组+ 差分都无法从视图数据估计;只能来自先验知识,而先验知识只到标记基因层面(上面第 1 条已证+ 明标记级位移对 de_recovery 无效)。+- 节点 4 已用 11 次查分证明组成杠杆饱和;本节点用 6 次查分证明表达位移(文献级与数据驱动+ 质心级)在 proxy 上均为负收益或噪声内。de_recovery≈53 的机制性缺口需要真实时间差分信息,+ 在 proxy 视图内不可得。++# 未验证 / 局限++- final 视图(E8.5+E9.5 双输入)上"用两官方阶段观测差分 + 收缩系数外推"(PLAN 第 7 条)+ 未在本地验证(本节点只有 proxy 视图),且 proxy 上无法给它公平信号——留给有 final 视图+ 或 proxy2(Qiu E9.0 第二时间点)的后续节点。+- 红系 Hbb 切换未测(检索未能确证 E9.5 时点,PLAN 已排除)。++# 下一步建议++1. 在 proxy2 视图上用 Qiu E9.0 心脏细胞 vs 官方 E8.5 心脏类型估计**心脏谱系内**的观测差分+ (0.5 天),收缩后外推 1 天加到 E8.5 心脏类细胞上——这是唯一能拿到数据驱动时间差分的视图。+2. de_recovery 对标记级位移完全钝感、对离流形位移敏感:任何后续表达修改都应以+ covariation/cell_state 不降为硬约束。
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k047 | Juxta-cardiac field (JCF): a common progenitor pool of epicardium and myocardium | 10.1126/science.abb2986 (Tyser 2021) |
| k044 | Anterior second heart field (aSHF): Isl1+/Fgf10+ pharyngeal mesoderm adds outflow tract and right ventricle | 10.1016/S1534-5807(01)00040-5 (Kelly 2001); 10.1016/S1534-5807(03)00363-0 (Cai 2003); 10.1101/cshperspect.a015750 (Kelly 2014) |
| k046 | Cardiopharyngeal mesoderm (CPM): shared progenitors of head muscles, pharyngeal connective tissue and SHF myocardium | 10.1242/dev.050674 (Lescroart 2010); 10.1242/dev.185256 (Adachi 2020); 10.1038/nature14435 (Diogo 2015) |
计划里引用的来源
- PMID 32359445 — Lupu 2020, Stem Cell Reports:Wt1/Tbx18/Tcf21 等在早期心外膜原基(PEO)与心外膜细胞中共表达,支持 JCF→proepicardium 边的 up 基因集选择
- PMID 18722343 — Zhou 2008, BBRC:Wt1、Tbx18 是心外膜原基祖细胞标记,用于 JCF 位移方向
- 文献库 k047(Tyser 2021, 10.1126/science.abb2986):JCF→Proepicardium/CM 的 E8.5→E9.5 谱系边,Mab21l2/Hand1 高、Nkx2-5 低(不降调 Mab21l2)
- 文献库 k044(Kelly 2001; Cai 2003; Kelly 2014):aSHF→OFT/RV 心肌方向 = 肌小节基因 Myl7/Tnnt2/Actc1 上升、Isl1 下降,直接作为 SHF 位移表
- 文献库 k046(Lescroart 2010; Adachi 2020):CPM/PHM 向咽部程序(Tbx1/Pitx2/Myf5)分化而非心肌,作为 PHM 位移方向
文献检索
| 检索词 | 来源库 | 返回(标题 / 编号) |
|---|---|---|
| proepicardium Wt1 Tbx18 Upk3b Msln epicardial markers juxta-cardiac field | pubmed | 没有结果 |
| mouse definitive erythropoiesis Hbb-b1 onset yolk sac embryonic day 9.5 primitive globin switch | pubmed | 没有结果 |
| proepicardium Wt1 Tbx18 epicardium development | pubmed | Spatiotemporal Analysis Reveals Overlap of Key Proepicardial Markers in the Developing Murine Heart. 10.1016/j.stemcr.2020.04.002 Hippo Signaling Mediators Yap and Taz Are Required in the Epicardium for Coronary Vasculature Development. 10.1016/j.celrep.2016.04.027 Developmental patterns and characteristics of epicardial cell markers Tbx18 and Wt1 in murine embryonic heart. 10.1186/1423-0127-18-67 Nkx2-5- and Isl1-expressing cardiac progenitors contribute to proepicardium. 10.1016/j.bbrc.2008.08.044 Morphological and molecular left-right asymmetries in the development of the proepicardium: a comparative analysis on mouse and chick embryos. 10.1002/dvdy.21065 |
| definitive erythropoiesis mouse yolk sac hemoglobin switching | pubmed | Cellular Basis of Embryonic Hematopoiesis and Its Implications in Prenatal Erythropoiesis. 10.3390/ijms21249346 Hemoglobin switching in mice carrying the Klf1(Nan) variant. 10.3324/haematol.2019.239830 LCR 5' hypersensitive site specificity for globin gene activation within the active chromatin hub. 10.1093/nar/gks900 Ontogeny of erythropoiesis. 10.1097/MOH.0b013e3282f97ae1 Regulation of embryonic/fetal globin genes by nuclear hormone receptors: a novel perspective on hemoglobin switching. 10.1093/emboj/18.3.687 |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 最终交付代码与父节点 2 逐字节一致(heart_reweight,δ=0),仅新增 METHOD.md 记录负结果;实验中测试的两族表达位移(文献 per-type 标记位移、数据驱动质心牵引)均未达采纳阈,被回退。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内(56.60 vs 56.60,+0.00);实验内部随 δ 增大缓降 covariation:噪声内(55.94 vs 55.94,+0.00);实验内部质心牵引 β=0.05/0.12 时崩到 52.4 并进一步下降 de_recovery:噪声内(53.61 vs 53.61,+0.00,代码未变);实验内部:文献位移下 proxy 基线的 de_recovery 恒为 53.0,δ=0.2/0.4/0.7 四位小数不动 direction:噪声内(58.66 vs 58.66,+0.00) |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 4 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 3 次:bash 2、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 7,717 · 输出 970 · 思考 233 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n6 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/analyst.jsonl 9 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 19 |
| 工具调用 | 共 24 次:bash 20、write 3、edit 1 |
| 用时 | 7 分 |
| token 数 | 输入 38,004 · 输出 6,870 · 思考 6,401 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:组成不变 + 沿文献谱系方向的低幅 per-type 表达位移(主攻 de_recovery) |
| 最后的回答(摘录) | **总结**
- 做了什么:在父节点(heart_reweight,δ=0 输出与父逐位一致)之上测试了两族表达位移:① 文献 per-type 标记位移(SHF/JCF/CM/PHM 边,18 基因全覆盖,δ∈{0.2,0.4,0.7});② 数据驱动质心牵引(SHF→CM、JCF→Pericardium,β∈{0.05,0.12})。
- 查分结果(7/20 次):基线 56.19;文献位移 56.15/56.11/56.05 单调变差,de_recovery 恒 53.0;质心牵引 55.21/53.66,covariation 崩。全部未达 +2 采纳阈 → 按 PLAN 第 6 条原样交回父代码,METHOD.md 记录负结果。
- 下一步最值得试:在 proxy2 视图用 Qiu E9.0 vs 官方 E8.5 估计心脏谱系内数据驱动时间差分,收缩后外推——proxy 单输入视图内无法获得任何真实 E8.5→E9.5 差分,这是 de_recovery 卡 53 的机制性原因。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/engineer.jsonl 90 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 3 |
| 工具调用 | 共 4 次:bash 4 |
| 用时 | 5 分 |
| token 数 | 输入 21,018 · 输出 1,826 · 思考 10,275 |
| 任务(第一行) | 为节点 n6(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | )+Δ) 并 clip≥0;若为 log 则 X'=clip(X+Δ,0)。3) 位移表按类型名索引(键覆盖 E8.5 与 E9.5 两阶段的名字,未知类型 Δ=0,因此 proxy 单输入与 final 双输入走同一条代码路径,都对 inputs_by_time()[-1] 应用;这就是单阶段退路):SHF/aSHF/pSHF:up Myl7,Tnnt2,Actc1,Myh6;down Isl1,Fgf10(k044 方向)。JCF:up Wt1,Tbx18,Upk3b,Msln(k047 边 + PMID 32359445/18722343 确认这套标记在早期心外膜原基共表达);Mab21l2 不动。CM/V-CM:小幅成熟 up Myh6,Nppa,Myl2,Myl3,Actn2(幅度取 δ/2)。PHM/aPHM/pPHM:up Tbx1,Pitx2(k046 方向)。Proepicardium(仅 final 输入会出现):up Upk3b,Msln,Krt8,Krt18 小幅。红系 Hbb 切换因检索未能确证 E9.5 时点而排除,不冒险。基因先与 panel_genes 求交集并打印覆盖率,缺失的边直接去掉并记录。4) 查分流程(运行 1.3 s,预算 ≤10 次查询):先复跑 δ=0 基线拿 A 半分(应≈56.2),再各跑 δ_up=δ_down∈{0.2,0.4,0.7}(log 单位)三档;采纳标准:总分 ≥ 基线+2(噪声阈)且 cell_state、covariation 各不低于基线−1;若 de_recovery 升 ≥2 但总分不足,减半 δ 再查一次;最优档若接近阈值,用 seed 1 复核一次再采纳。5) 若文献位移全档失败,第二家族(预留 2 次查询):数据驱动的质心牵引 X'=(1−β)X+β·μ_CM(E8.5),只作用于 SHF/JCF 细胞,β∈{0.05,0.12},同样按 +2 标准判。6) 全部失败则按节点 4 先例原样交回父代码并在 METHOD.md 记负结果。7) 可选(仅当文献位移已被采纳且查询有余):final 双输入时用两个官方输入按类型匹配算观测 delta、以收缩系数 0.3–0.5 外推动量替代文献表,用 len(inputs)==2 守卫,proxy 上自动退回文献表。",
"expected_groups": ["de_recovery", "direction"],
"risks": "主要风险是把细胞推离真实流形导致 cell_state(56.60)下滑:第一个查询就用最小档 δ=0.2 并盯 cell_state,跌 >1 分立即减档或只保留 JCF/SHF 两条最强的边。第二风险是 panel 基因覆盖不足(Wt1/Upk3b/Msln 等可能不在 panel):打分前先打印交集大小,覆盖 <50% 的边弃用,避免无效查分。第三风险是 X 空间判断错误(counts 当 log 加 δ 会造成巨大畸变):实现前先打印 X 的 max/mean 确认。第四风险是提升淹没在 ~2 分噪声里:严格执行 +2 采纳阈和 seed 复核,达不到就交回父代码,不硬采纳。最后,若某档只涨 de_recovery 却等量跌 cell_state/covariation(位移方向与真实 DE 不一致的信号),说明该边方向错了,应整边剔除而不是调幅度。",
"sources": [
"PMID 32359445 — Lupu 2020, Stem Cell Reports:Wt1/Tbx18/Tcf21 等在早期心外膜原基(PEO)与心外膜细胞中共表达,支持 JCF→proepicardium 边的 up 基因集选择",
"PMID 18722343 — Zhou 2008, BBRC:Wt1、Tbx18 是心外膜原基祖细胞标记,用于 JCF 位移方向",
"文献库 k047(Tyser 2021, 10.1126/science.abb2986):JCF→Proepicardium/CM 的 E8.5→E9.5 谱系边,Mab21l2/Hand1 高、Nkx2-5 低(不降调 Mab21l2)",
"文献库 k044(Kelly 2001; Cai 2003; Kelly 2014):aSHF→OFT/RV 心肌方向 = 肌小节基因 Myl7/Tnnt2/Actc1 上升、Isl1 下降,直接作为 SHF 位移表",
"文献库 k046(Lescroart 2010; Adachi 2020):CPM/PHM 向咽部程序(Tbx1/Pitx2/Myf5)分化而非心肌,作为 PHM 位移方向"
]
}
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| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/researcher.jsonl 47 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/researcher.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 7 |
| 工具调用 | 共 10 次:read 6、bash 3、write 1 |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 15,114 · 输出 1,443 · 思考 2,131 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n6 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/reviewer.jsonl 63 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-204440-search-t1-g21q-A/nodes/6/reviewer.stderr |