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节点 n13

METHOD

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 653df455d3:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 6ec7018f3e。改动的文件：solution/METHOD.md +37 −0、solution/run.py +36 −9

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..16e2f1b--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,37 @@+# METHOD++词表守卫：官方标签视图逐位沿用父节点心脏重加权（proxy/proxy2 不变）；外来标签视图（X3）经同义词重加权与组成趋势外推实测均劣于复制，故落地 pass-through（原样输出最新输入全部真实细胞）。++## 方法++1. **词表守卫**：读最新官方输入阶段（`inputs_by_time`，proxy2 里自动忽略 Qiu E9.0 外部输入），统计其 `celltype` 标签落在 T1 心脏词表（`HEART_TYPES ∪ EDGE_TYPES ∪ DROP_TYPES`，来自 `src.task1_temporal.reweight`）的比例 f。+   - **f ≥ 0.5（官方词表视图：proxy、proxy2、final）**：逐位复现父节点 2（heart_jcf_peri）——`heart_reweight`（心脏类 ×1.6，Surface Ectoderm/EXEM/Paraxial Mesoderm ×0.25，丢 Neural Tube），重采样 4000 个真实细胞，不做任何表达位移。+   - **f < 0.5（外来标签视图：X3，Qiu 标签 f=0）**：pass-through——原样输出最新输入阶段（E9.0，2174 个细胞）的全部真实细胞，仅当超出 [min_cells, max_cells] 时才用 `sample_rows` 裁剪（X3 未触发）。+2. **不做**表达位移、不做外部数据读取、proxy2 的 Qiu E9.0 输入不参与任何计算。++## 已测试并否决的外来标签建模路径（X3，vec-score A 半，各 1 次查询）++| 方案 | X3 分 |+|---|---|+| pass-through（落地） | **50.00** |+| 同义词分类重加权：标签小写子串分三类（core: cardiomyocyte/myocyte/heart field/cardiac muscle；edge: endocard/endotheli/epicard/mesenchym/fibroblast/smooth muscle/pericyte/cardiac jelly；non: erythro/blood/immune/neural/ectoderm/endoderm/epitheli/mesoderm 等），W1 core×1.6/edge×1.6/non×0.25，重采样 4000 | 46.54 |+| 组成趋势外推：按 E8.75→E9.0 各标签比例线性外推到 E9.5（FHF 67.6→69.5→73.3%，SHF 15.0→16.2→18.6%，Endocardial 17.4→14.3→8.1%），无放回只取真实细胞（输出 1896） | 43.75 |++两者都大幅低于复制，且 W1 的劣化主要来自有放回重采样的重复细胞（与父节点 X3=46.85 一致）、趋势外推的 cell_state 崩到 40.76（丢掉真实细胞多样性 + 外推方向不可靠）。与节点 4/6/7 的结论一致：X3 上任何取样/位移类改动都劣于复制。计划中的 W2（温和版权重）不再测试：W1 已证明该家族低于 pass-through 超过 3 分，温和版只会介于 46.5 与 50 之间，采纳门槛（≥pass-through+2）不可能满足。++## 验证++- proxy、proxy2 输出与父节点程序在同一 seed 下的输出**逐字节相同**（`(a.X-b.X).nnz==0`，4000×32285）；父节点 proxy/proxy2 A 半均 56.23，故本节点这两个视图分数不变（未重复查询，节省额度）。+- X3 最终代码输出与已查分的 pass-through 预测逐字节相同（50.00），vec-check 三个视图全部 ok。+- 预期榜分 ≈ (56.23+56.23+50.0)/3 ≈ 54.15（A 半口径），与节点 4/7 持平。++## 未验证++- final 视图（官方 E8.5+E9.5）未运行（本节点无 final 视图）；官方路径代码与父节点完全相同，守卫 f≥0.5 在 E9.5 标签（V-CM、Endocardium、BEC、aPHM、pPHM、Proepicardium 均在词表内）下必然走父路径。+- 细胞周期调制（计划第 2 步）未实施：X3 已落地 pass-through，官方路径的任何组成内调制都会破坏与父节点的逐位一致性，且 15 分钟预算内无法完成两套 g 值的对照查询。++## 生物学知识来源++- Lotto et al. 2023 (Nat Commun, s41467-023-41279-6)：E9.0 前后心内膜经 EndMT 产生间充质（仅用于设计同义词分类的 edge 类，定性谱系知识，未用任何禁窗测量数据）。+- Tyser et al. 2021 (Science, 10.1126/science.abb2986，方向库 k047)：JCF 为心外膜/心肌共同祖细胞池（父节点词表设计依据，本节点未改动）。+- 未读取、未引用 `uns.celltype_palette`；未使用任何 E9.5<E≤E13.5 或保留基因型信息。X3 输入 E8.75/E9.0 为窗外数据，按 view 提供使用。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex a752b21..4515293 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,28 +1,40 @@ #!/usr/bin/env python3-"""heart_jcf_peri: run2's T1 winner. Reweight the latest input stage by cell type.+"""Vocab-guarded heart reweighting; foreign-label views pass through. -Neural Tube dropped; heart types (CM, endothelium/endocardium, SHF/PHM, JCF,-pericardium, proepicardium) x1.6; surface ectoderm, EXEM, paraxial mesoderm-x0.25; everything else x1. 4000 real cells, no expression shift. Proxy reads-E8.5, final reads E9.5; the type set already names both stages' labels.+Official-vocabulary views (>=50% of the latest input's cell-type labels fall+in the T1 heart vocabulary HEART/EDGE/DROP): identical to parent node 2+(heart_jcf_peri) -- reweight the latest input stage by cell type (heart x1.6,+surface ectoderm/EXEM/paraxial mesoderm x0.25, drop Neural Tube), resample+4000 real cells, no expression shift.++Foreign-label views (e.g. X3 with Qiu labels "First/Second heart field",+"Endocardial cells"): output all real cells of the latest input unchanged,+clipped into [min_cells, max_cells]. Measured on X3 (vec-score A-half):+pass-through 50.00 vs synonym-classifier weighted resampling 46.54 vs+composition-trend extrapolation from the two inputs 43.75 -- both modelling+attempts lose to copying, so pass-through is adopted. """  from __future__ import annotations  import argparse -from src.task1_temporal.reweight import heart_reweight+import numpy as np++from src.task1_temporal.reweight import DROP_TYPES, EDGE_TYPES, HEART_TYPES, heart_reweight from src.task1_temporal.view_io import (     inputs_by_time,     labels_of,     load_manifest,     panel_genes,     read_stage,+    sample_rows,     target_n_cells,     write_prediction, )  N_CELLS = 4000+VOCAB = HEART_TYPES | EDGE_TYPES | DROP_TYPES   def main() -> None:@@ -34,9 +46,24 @@ def main() -> None:      manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)-    last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)-    n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)-    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, seed=args.seed)+    official = inputs_by_time(manifest)+    entries = official if official else inputs_by_time(manifest, include_external=True)+    last = read_stage(args.data, entries[-1], genes, missing="zero")+    labels = labels_of(last)+    vocab_frac = float(np.mean([str(t) in VOCAB for t in labels]))++    if vocab_frac >= 0.5:+        # official-vocabulary path: byte-identical to parent node 2+        n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)+        X = heart_reweight(last.X, labels, n_cells=n, seed=args.seed)+    else:+        # foreign labels: pass through all real cells of the latest input+        rng = np.random.default_rng(args.seed)+        X = last.X+        rows = X.shape[0]+        if rows > manifest["max_cells"] or rows < manifest["min_cells"]:+            n = int(np.clip(rows, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))+            X = X[sample_rows(rows, n, rng)]     write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)  

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

计划里引用的来源

• https://www.nature.com/articles/s41467-023-41279-6 — Lotto et al. 2023 (Nat Commun, AV valve EMT)：E9.0 前后心内膜开始 EndMT 产生间充质，佐证把 mesenchymal/fibroblast 样标签归入 CARDIAC_EDGE 而非污染类（仅取定性谱系知识）
• 方向库 k047 (Tyser 2021, 10.1126/science.abb2986)：JCF 是心外膜与心肌的共同祖细胞池，佐证心脏祖细胞类在早期心脏视图中应整体上调的组成先验（上下文已提供，未经 lit-search）

文献检索

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

Done. Final summary:

**做了什么**：在父节点2（heart_jcf_peri）基础上加词表守卫——官方标签视图逐位复现父路径（proxy/proxy2 输出与父节点逐字节相同，已 diff 验证）；外来标签视图（X3）按计划实测了两套建模方案：同义词分类重加权（46.54）与 E8.75→E9.0 组成趋势外推（43.75），均大幅劣于 pass-through（50.00），故落地 pass-through。W2 温和版按采纳门槛逻辑不再耗查询。三视图 vec-check 全过，X3 最终输出与已查分预测逐位相同。

**查分结果**（用了 3/20 次）：X3 pass-through 50.00 / synonym-W1 46.54 / trend 43.75。预期节点分 ≈ (56.23+56.23+50.00)/3 ≈ 54.15，与节点4/7持平。

**下一步最值得试**：X3 上组成/取样/位移家族已全部证伪（复制是最优），要超过 54.15 只能在官方视图突破 56.23——例如在心脏重加权基础上做型内细胞周期调制（节点5方向）或 E9.5 新出生类型的组成先验，但需 ≥2 分的稳定提升才算数；X3 方向建议放弃建模、保持 pass-through。

调研员

）。第1步（新机制，只作用于 f<0.5 的外来标签视图，即 X3）：不再纯 pass-through，而是运行时构建标签同义词分类器——把标签小写后按子串规则分三类：CARDIAC_CORE（cardiomyocyte/myocyte/'cm'），CARDIAC_EDGE（endocard/endotheli/epicard/proepicard/mesenchym/fibroblast/smooth muscle/pericyte），NONCARDIAC（erythro/blood/immune/macrophag/t cell/neural/ectoderm/endoderm/epitheli）；未匹配者权重1。测两套权重：W1=CORE×1.6、EDGE×1.6、NONCARDIAC×0.25（与节点2同强度）；W2=CORE/EDGE×1.3、NONCARDIAC×0.5（温和版）。按权重有放回重采样到 target_n。安全网：若 (CORE+EDGE) 匹配细胞占比 <30%，判映射不可靠，自动退回 pass-through（原样输出全部真实细胞，clip 到 min/max_cells）。用 vec-score 查 X3 A 半共3次（pass-through、W1、W2）；只有当某套权重比 pass-through 高 ≥2 分（T1 噪声）才采用，否则落地 pass-through（此时结果等同节点4/7 的 54.15，不亏）。第2步（可选，仅当前两步完成且剩余查询 ≥8）：官方路径内加型内细胞周期调制——per-cell 分数 cs=面板中可用细胞周期基因（Mki67/Top2a/Cdk1/Ccnb1/Ccna2/Pcna/Rrm2/Mcm2-7/Birc5/Cenpf/Tyms/Foxm1 的子集，需≥3个，否则跳过）的 z 分均值，采样权重 ×(cs_i/该型均值)^g，g∈{−0.4,+0.4} 各查1次 proxy A 半（节点5 在 copy 基座上 g=−0.6 方向胜出，但本基座已含类型权重，两方向都测）；仅当 proxy 提升 ≥2 且 covariation 降幅 ≤1 才保留，否则 g=0。单输入阶段退路：整个方法只读最新一个输入阶段，与父节点相同，proxy/final（单官方输入或官方+外部输入）都成立；同义词路径只在无任何官方词表阶段时触发，final 的官方标签视图永远不会走到它。基因覆盖差异（Qiu 只有 27,883 基因）无影响：方法只改细胞行组成、不改表达值，输出基因表由视图 genes.txt 决定。全程不做任何表达位移。查询预算约 8–12 次（<20），实现约 15–20 分钟（<25）。",
  "expected_groups": ["de_recovery", "cell_state", "covariation"],
  "risks": "(1) Qiu 标签可能不是英文同义词可匹配的命名，分类器匹配率过低——由 <30% 自动退回 pass-through 兜底，Engineer 在第一次 X3 查询前就能从匹配率日志发现。(2) X3 只有约 2174 个真实细胞，有放回重采样到 4000 会引入重复，可能重演父节点 X3=46.85 的劣化——W1/W2 各只需1次查询即可判定，低于 pass-through+2 就落地 pass-through，最坏情况等同节点4/7 的 54.02。(3) 复现路径若与父节点有细微差异会破坏 proxy 56.23——用输出矩阵逐字节 diff 而非只靠分数发现。(4) 可选的细胞周期调制预期增益可能小于 2 分噪声——用严格采纳门槛（≥+2 且 covariation 不降超1）防止噪声追逐。(5) 榜分预期：X3 若维持 50.0 则 ≈54.15（与节点4/7 持平），X3 每 +3 榜分 +1；提升是否超噪声以 X3 单视图确定性变化为准，不靠单次榜分判断。",
  "sources": ["https://www.nature.com/articles/s41467-023-41279-6 — Lotto et al. 2023 (Nat Commun, AV valve EMT)：E9.0 前后心内膜开始 EndMT 产生间充质，佐证把 mesenchymal/fibroblast 样标签归入 CARDIAC_EDGE 而非污染类（仅取定性谱系知识）", "方向库 k047 (Tyser 2021, 10.1126/science.abb2986)：JCF 是心外膜与心肌的共同祖细胞池，佐证心脏祖细胞类在早期心脏视图中应整体上调的组成先验（上下文已提供，未经 lit-search）"]
}
```

审查员

REVIEW.json written