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节点 n11

词表守卫双分支与父节点逐位相同；组成权重网格（HEART/EDGE/N_CELLS 共 12 点，proxy 查分）全部在噪声内未达 +2 采纳线，提交父节点等值版本并记录负结果。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git bf0cba0fd5:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 039356edee。改动的文件：solution/METHOD.md +43 −16、solution/run.py +14 −6

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 38a7a51..119ce48 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,28 +1,55 @@-词表守卫：官方标签视图沿用父节点心脏重加权（proxy 逐位相同）；外来标签视图（如 X3 的 Qiu 标签）改为原样复制最新输入阶段全部细胞，不做重采样。+词表守卫双分支与父节点逐位相同；组成权重网格（HEART/EDGE/N_CELLS 共 12 点，proxy 查分）全部在噪声内未达 +2 采纳线，提交父节点等值版本并记录负结果。  ## 方法 -- 读 manifest，取最后一个官方输入阶段（`inputs_by_time` 只返回官方阶段，proxy2 的外部 Qiu E9.0 不读，proxy/proxy2 输出相同）。-- 计算 f = 最新输入细胞中标签落在已知心脏解剖词表（`HEART_TYPES ∪ EDGE_TYPES ∪ DROP_TYPES`）内的比例：-  - **f ≥ 0.5（proxy/proxy2/final）**：与父节点 heart_jcf_peri 逐位相同——丢 Neural Tube，心脏类 ×1.6，Surface Ectoderm/EXEM/Paraxial Mesoderm ×0.25，按丰度加权抽 4000 个真实细胞，RNG 顺序与 `heart_reweight` 一致（已验证 δ=0 输出与父节点预测逐元素相等）。-  - **f < 0.5（X3：Qiu 标签 First/Second heart field、Endocardial cells，f=0.000）**：原样输出最新输入阶段全部细胞（超出 max_cells 时截断，低于 min_cells 时确定性补齐）。父节点在 X3 上权重全落空退化为均匀重采样到 4000，A 半分 46.54；原样复制得 50.00（恰好是 copy_last 校准点）。+与节点 7 完全一致（默认路径无任何改动）： -## 验证过+- 读 manifest，取最后一个官方输入阶段（`inputs_by_time` 不含外部阶段；proxy2 的 Qiu E9.0 不读，proxy/proxy2 输出逐位相同，已 `cmp` 验证）。+- f = 最新输入细胞中标签落在心脏解剖词表（HEART∪EDGE∪DROP）的比例：+  - **f ≥ 0.5（proxy/proxy2/final）**：丢 Neural Tube，心脏类 ×1.6，Surface Ectoderm/EXEM/Paraxial Mesoderm ×0.25，按丰度加权抽 4000 个真实细胞，RNG 顺序与 `heart_reweight` 一致，无表达位移。+  - **f < 0.5（X3：Qiu 标签，f=0.000）**：原样复制最新输入阶段全部细胞（clip 到 min/max_cells）。 -- proxy δ=0 与父节点预测逐位相同（父 A 半复测 56.19）；proxy2 输出与 proxy 逐位相同。-- X3 原样复制：50.00（所有组恰为 50，确认 X3 尺子以 copy_last=50 校准）。三视图均过 vec-check，seed 确定性由 `default_rng(seed)` 保证。+## 本节点做了什么（PLAN 执行情况） -## 测过并否决（查分记录）+PLAN 的扩张型配额（EXPAND_TYPES × m）**不可行，未进入查分**：实际统计 E8.5 输入的 18 个类型标签及计数（Foregut 2405、pSHF 2192、Surface Ectoderm 1423、OFT/RV-CM 1176、Endothelium 1139、JCF 1119、IFT-CM 949、Paraxial Mesoderm 934、EXEM 863、aSHF 822、Neural Tube 773、Pericardium 745、AVC-CM 598、RV-CM 442、LV-CM 344、SV-CM 310、NCC 287、Blood 266），其中 Proepicardium / Hepatocyte / BEC / V-CM / Endocardium 计数全为 0——E9.5 新生/扩张类型在 E8.5 词表里不存在，配额乘子无法凭空生成它们（PLAN 风险 a 成真）。按 PLAN 第 5 步转向权重小网格。 -1. **型内成熟轴 rank-1 位移（PLAN 改动 B）**：s = mean(log1p Myl7/Myl4/Tnnt2/Actc1/Tnni1/Tcap/Myh6) − mean(log1p Isl1/Fgf10/Fgf8/Tbx1)，逐心脏型回归 v=cov(x,s)/var(s)、截断 ±1.5×型内基因 SD，位移 δ·SD(s)·v。回归方向正确（top+ 全是肌节基因，无周期基因主导），但 proxy：δ=0.25 → 55.89（de_recovery 不变 53.0/de_score 0.1091 与父相同，covariation 55.29→52.34），δ=0.5 → 55.21，δ=1.0 → 53.35（de_score 反降到 0.0909）；X3 δ=0.5 → 42.02（covariation 25.15）。**成熟轴位移完全不恢复 DE，只毁协方差**——E8.5→E9.5 的 DE 不在心脏型内成熟方向上。已弃用。-2. **X3 同数据集伪批量外推**（E9.0−E8.75 差值 ×1 加到 E9.0）：38.88（covariation 15.49）。已弃用。+## 负结果网格（proxy seed 0，A 半；父 = 56.23） -## 生物学知识来源+| 改动 | board | de_rec | cov | cs | dir | de_score |+|---|---|---|---|---|---|---|+| HEART_WEIGHT=2.0 | 55.80 | 54.64 | 53.71 | 55.84 | 58.57 | 0.1636 |+| HEART_WEIGHT=1.3 | 55.49 | 52.48 | 55.04 | 55.70 | 58.62 | 0.0909 |+| HEART_WEIGHT=2.6 | 54.25 | 53.0 | 51.48 | 53.88 | 58.14 | 0.1091 |+| EDGE_WEIGHT=0.15 | 55.41 | 53.54 | 54.05 | 55.56 | 58.18 | 0.1273 |+| EDGE_WEIGHT=0.40 | 55.47 | 53.0 | 54.59 | 55.48 | 58.63 | 0.1091 |+| N_CELLS=5000 | 55.60 | 53.54 | 53.90 | 55.55 | 59.08 | 0.1273 |+| N_CELLS=4600(×hw2.0) | 55.64 | 54.08 | 53.41 | 55.26 | 59.45 | 0.1455 |+| N_CELLS=3000 | 56.26 | 53.0 | 55.00 | 57.76 | 58.72 | 0.1091 |+| N_CELLS=2500 | 55.55 | 54.08 | 54.46 | 55.86 | 57.51 | 0.1455 |+| N_CELLS=2000 | 56.46 | 53.0 | 55.56 | 58.13 | 58.66 | 0.1091 |+| hw2.0×nc3000 | 55.35 | 54.08 | 53.65 | 55.15 | 58.20 | 0.1455 |+| hw2.0×nc2000 | 55.19 | 53.0 | 54.27 | 55.39 | 57.86 | 0.1091 |++结论： -- 成熟轴基因集符号（已否决但记录）：Kelly 2014 doi:10.1101/cshperspect.a015750（aSHF→OFT/RV 心肌：Myl7/Tnnt2/Actc1 升、Isl1 降）；Tyser 2021 doi:10.1126/science.abb2986（JCF 为心脏祖细胞池）。-- 词表守卫本身不含保留阶段信息：只用了父节点已有的 E8.5/E9.5 公开标签词表，对未知词表不做任何类型假设。+1. **全部 12 个点在父 ±0.8 内，无一达到 +2 采纳线**；且响应面非单调（hw2.0 > hw1.6 > hw2.6；nc2000 > nc3000 > nc2500 > nc4000 附近全是噪声锯齿），单 seed A 半的组成权重差异被评分噪声淹没。按 PLAN 第 8 步提交父等值版本。+2. HEART_WEIGHT=2.0 确实把 de_score 从 0.1091 抬到 0.1636（de_recovery 53.0→54.64，方向与 PLAN 假设一致：心脏配额↑→E9.5 心脏 DE 恢复↑），但 covariation -2.2、cell_state 下降，净值 -0.43，不划算。de_score 呈 1/55 步长量化，组成类改动最多抬 1-2 档。+3. N_CELLS 减小到 2000-3000 对 cell_state/covariation 有小幅正效应（mmd_u 0.0143→0.0131），最好点 +0.23，纯噪声内，且"少输出细胞换 mmd"有针对指标实现之嫌，不采纳。+4. 同一预测文件两次查分差 0.04（56.2317 vs 56.1946），查分本身有微小抖动。++## 验证过++- 最终 `run.py` 在 proxy / proxy2 / X3 三视图 seed 0 均跑通，vec-check 全过；proxy 与 proxy2 输出文件 `cmp` 逐位相同。+- 最终版 proxy 查分 56.19（= 父 A 半复测值），X3 查分 50.00（= copy_last 校准点，X3 分支与父逐位同逻辑）。+- 预期节点分 ≈ (56.2+56.2+50.0)/3 ≈ 54.1 = 父分。零回退风险。  ## 未验证 / 局限 -- final 视图（E8.5+E9.5）走 f≥0.5 路径 = 父节点行为，未直接跑 final 视图（不可用）。-- 预期节点分 ≈ (56.2 + 56.2 + 50.0)/3 ≈ 54.1（父 53.10）；提升全部来自 X3 的 +3.2（46.85→50.0），proxy/proxy2 与父逐位相同、零风险。+- final 视图（E8.5+E9.5）走 f≥0.5 路径，行为与父相同，无法直接跑。+- hw2.0 的 de_score 抬升是否在 B 半保持未验证（净分为负，不值得花 seed 验证）。+- 给后续节点的建议：组成权重家族（本方法类）在 proxy 上已到 56.2±0.5 的平台，12 点网格证明继续调权重/细胞数是噪声内打转；de_recovery 需要真正的新表达信息（如 E9.5 新生类型的表达谱合成），而不是配额。X3 已 50.00 = copy_last 校准上限，不要再花预算。++## 生物学知识来源++- 本节点未引入新的生物学先验；扩张配额的机制依据（肝芽 E9.5 侵入隔膜间充质 PMID 15841465；proepicardium 迁移覆盖 looping 心脏 PMID 40555850）因输入词表无对应类型而未使用。+- 词表守卫与心脏/边缘权重沿用父节点（E8.5/E9.5 公开标签词表，不含保留阶段信息）。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 15969e7..82f1b87 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,5 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""heart_jcf_peri + vocabulary guard.+"""heart_jcf_peri + vocabulary guard (node 11: bit-identical to node 7).  Official-vocabulary views (proxy/proxy2/final: f_known >= 0.5 of the latest input cells carry a label from the heart-dissection vocabulary) reproduce the@@ -11,11 +11,19 @@ raw copy of the latest input stage (all cells, clipped to the allowed range) instead of resampling with weights that cannot match the labels: on X3 the resample-to-4000 measured ~3.5 points below the plain copy. -A within-type maturation-axis rank-1 shift was tested (delta in {0.25, 0.5,-1.0}, score = mean(log1p Myl7/Myl4/Tnnt2/Actc1/Tnni1/Tcap/Myh6) --mean(log1p Isl1/Fgf10/Fgf8/Tbx1)) and rejected: de_recovery unchanged at-delta=0.25 (de_score 0.1091 both), covariation -3 at delta=0.25 and -21 on-X3 at delta=0.5. Not kept.+Rejected by measurement in node 11 (proxy seed 0, A-half; parent = 56.23):+composition grid HEART_WEIGHT {1.3, 2.0, 2.6} -> 55.49/55.80/54.25,+EDGE_WEIGHT {0.15, 0.40} -> 55.41/55.47, N_CELLS {2000, 2500, 3000, 4600,+5000} -> 56.46/55.55/56.26/55.64/55.60, and combos {2.0x3000, 2.0x4600,+2.0x2000} -> 55.35/55.64/55.19. All within +/-0.7 of parent, none at the++2 adoption threshold; the response surface is non-monotone (noise-dominated).+The planned expand-type quota is infeasible: the E8.5 label vocabulary+contains none of the E9.5-born/expanded types (Proepicardium, Hepatocyte,+BEC, V-CM, Endocardium all have count 0 in the input), so a quota multiplier+cannot materialise them. See METHOD.md.++Also rejected earlier (node 7): within-type maturation-axis rank-1 shift+(de_recovery unchanged at delta=0.25, covariation -3; X3 -8 at delta=0.5). """  from __future__ import annotations

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

计划里引用的来源

• PMID 15841465 — Zhao & Duncan 2005 (doi:10.1002/hep.20691)：小鼠肝芽 E8.5–E9.0 形成，E9.5 时 hepatoblast 脱离肝芽侵入 septum transversum（HNF4α/Prox1 标记）——支持 E8.5→E9.5 肝系细胞配额上升（仅定性时序，无禁窗阶段信息）。
• PMID 40555850 — Castillo-Casas 2025 (doi:10.1007/s00018-025-05735-4)：proepicardium 为窦静脉-侧板间充质交界的瞬时细胞群，心脏 E8.0–E8.5 开始搏动后 looping、形成房室腔，proepicardium 迁移覆盖心脏形成胚胎心外膜——支持 Proepicardium/Epicardium 与心室心肌在 E8.5→E9.5 扩张。

文献检索

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

**做了什么**：PLAN 的扩张配额因 E8.5 输入词表不含任何 E9.5 新生类型（Proepicardium/Hepatocyte/BEC/V-CM/Endocardium 计数全为 0）而不可行；按 PLAN 退路扫了 12 点组成网格（HEART_WEIGHT {1.3,2.0,2.6}、EDGE_WEIGHT {0.15,0.4}、N_CELLS {2000–5000} 及 3 个组合），全部在父 56.23 的 ±0.8 噪声带内，无一达 +2 采纳线，故提交与父节点 7 逐位等值的版本，负结果网格完整记入 METHOD.md。

**查分**（14/20 次）：最佳单点 nc2000=56.46（+0.23，噪声）；hw2.0=55.80 但 de_score 0.1091→0.1636（de_recovery +1.6，净分为负）；终版验证 proxy 56.19、X3 50.00、proxy2 与 proxy 逐位相同、三视图 vec-check 通过、seed 确定性通过。预期节点分 ≈54.1（=父）。

**下一步最值得试**：组成权重家族已到平台，别再调权重/细胞数；de_recovery 需要新的表达信息——例如用 prior/（CollecTRI/Reactome）为 E9.5 新生类型（Hepatocyte、Endocardium/BEC、V-CM）从 E8.5 亲本类型（Foregut、Endothelium、LV/RV-CM）合成表达谱并注入少量细胞，而不是配额重排；X3 已在 copy_last 校准上限，不必再花预算。

调研员

点 50.00（上限，不再花查分）；proxy2 输出与 proxy 逐位相同，故 proxy 每 +1 榜分 +2/3。",
  "approach": "1) 完整保留节点 7 的词表守卫双分支（f≥0.5 → heart_reweight_identical；f<0.5 → raw_copy），X3 路径一字不动。2) 在 f≥0.5 分支先免查分运行一次，stderr 打印全部类型标签与计数；EXPAND_TYPES 定义为实际标签与 {Proepicardium/Epicardium, Hepatocyte/Hepatoblast/Liver bud, BEC/Blood Endothelial, V-CM/Ventricular Cardiomyocyte, Endocardium} 的大小写不敏感交集，且输入中计数 ≥20 才入选（计数为 0 的类型无法凭空生成，直接跳过）。机制依据：E8.5→E9.5 期间肝芽细胞脱离侵入隔膜间充质（PMID 15841465）、proepicardium 迁移覆盖 looping 心脏形成心外膜且心室腔扩张（PMID 40555850），这些类型配额上升会在标记基因上产生正确方向的 DE。3) 权重实现：w(t) = 原逻辑基权（HEART×1.6 / EDGE×0.25 / 其余 1.0）× m（t∈EXPAND_TYPES），m 扫 {2, 3.5, 6}，proxy seed 0 各 1 次查分（3 次）；同时给 EXPAND 类合计配额封顶 20%×4000，防止小池子有放回重复过多。4) 每次查分同时看 de_recovery/de_score 与 covariation：covariation 单次掉 >1.5 立即停止加大 m。5) 取最优 m 后再精扫 1–2 个点；若最优增益 <2 分（噪声内），把剩余预算转投父节点建议 #2 的小网格（HEART_WEIGHT∈{1.3,2.0} 或 EDGE_WEIGHT∈{0.15,0.4}，在最优 m 上叠加，各 2–3 次查分）。6) 终验（约 6 次）：proxy seed 0/1/2、proxy2 seed 0（应与 proxy 相等，确认守卫未变）、X3 seed 0（必须仍 50.00）。总查分 ≈12–15 ≤20。7) 单输入退路：全程只用最后一个官方输入阶段的标签与计数，proxy/proxy2/final（E8.5+E9.5 官方输入）行为一致；proxy2 的外部 Qiu E9.0 与父节点相同不读，无需两阶段假设。8) 采纳标准：proxy seed 0 相对 56.23 提升 ≥+2 且 de_score >0.1091、seeds 1/2 不劣化才提交改动版；若全部在噪声内，提交与父节点逐位相同的版本并在 METHOD.md 记录负结果（含扫过的 m 网格），避免浪费节点。",
  "expected_groups": ["de_recovery", "cell_state"],
  "risks": "a) E8.5 输入里扩张类型计数接近 0，配额无法落地——第一次免查分运行的标签/计数打印即可发现，此时收窄 EXPAND 集或提前转向权重网格；b) m 过大导致小池子重复细胞过多、covariation 下降——每次查分盯 covariation，配 20% 封顶；c) 目标区域（心脏解剖视图）中这些类型实际占比不高，de_score 不动——m=2 第一次查分即可判断，最多浪费 3 次查分就转向；d) A 半增益不迁移到 B 半——坚持 ≥+2 且三 seed 一致的采纳标准；e) 意外触碰 X3 分支——终验强制 X3=50.00 断言。",
  "sources": [
    "PMID 15841465 — Zhao & Duncan 2005 (doi:10.1002/hep.20691)：小鼠肝芽 E8.5–E9.0 形成，E9.5 时 hepatoblast 脱离肝芽侵入 septum transversum（HNF4α/Prox1 标记）——支持 E8.5→E9.5 肝系细胞配额上升（仅定性时序，无禁窗阶段信息）。",
    "PMID 40555850 — Castillo-Casas 2025 (doi:10.1007/s00018-025-05735-4)：proepicardium 为窦静脉-侧板间充质交界的瞬时细胞群，心脏 E8.0–E8.5 开始搏动后 looping、形成房室腔，proepicardium 迁移覆盖心脏形成胚胎心外膜——支持 Proepicardium/Epicardium 与心室心肌在 E8.5→E9.5 扩张。"
  ]
}
```

审查员

REVIEW.json written