Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n5

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。aborted-20261001-203708-search-t1-g21q-B
父节点n3
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态编写中
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。—
程序版本— (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称全胚锚定 + 跨数据集谱系匹配的心脏拼接位移(α 收缩)
动机三个 seed 全部停在 27.43,且分组几乎逐项相同(node1 copy_last 3.28/2.24-2.26/49.52/54.45,node3 pseudobulk_shift 3.28/2.26/49.52/54.45),说明父节点的 type_deltas 在 proxy2 上从未生效:两个输入来自不同数据集(官方 E8.5 vs Qiu E9.0 心脏),标签词表不相交,所有类型都走'缺失即原样复制'分支,输出退化为只复制最新输入——而最新输入只有心脏谱系,丢掉全胚组成,导致 cell_state 3.28、covariation 2.26 两组接近地板。对照组证据:同一 copy_last 在 proxy(最新输入为官方 E8.5 全胚)上得 49.77,说明把输出基底换回全胚输入本身就有 ~20 分空间;分数≈四组均值((3.28+2.26+49.52+54.45)/4≈27.4),cell_state/covariation 的巨大提升足以覆盖 direction/de_recovery 的可能小幅回落。
做法总体:把父节点的'同名类型才位移'升级为'跨数据集按表达匹配类型 + 用最新全覆盖输入做组成基底'。规则按输入自动分支,不写死数据集名。

1) 输入体检:读两个输入阶段。判定'受限输入':某输入相对另一输入有>5% 基因在所有细胞上恒等于另一输入的列均值(Qiu 缺 32,285−27,883≈4,402 基因、view_io 用 E8.5 均值补齐,可检测),或两输入标签词表交集<20%。基底 = 最新的'全覆盖'输入(proxy2 上是官方 E8.5);受限输入只作位移信息源。
2) 若两输入标签词表一致(final:官方 E8.5+E9.5):直接沿用父节点 type_deltas,但位移乘收缩系数 α(k018:官方 α=1 常数位移低于地板),初值 α=0.75,缺失基因位移置 0。
3) 若词表不相交(proxy2):按 k004/k017 配方做表达匹配——两输入共同高变基因(检出率 0.5%–95%,按 log 方差和取前 2000)上算各类型 pseudobulk(均值 log 表达),对基底侧每个类型取与受限侧各类型的 cosine;接受匹配需 cosine≥0.6 且与次优差≥0.01(k004 的不确定即弃原则),未匹配类型不位移。对匹配上的基底类型(预期主要是 E8.5 心区/早期心肌类,Qiu 侧为心脏各类型):delta = mean(受限侧类型) − mean(基底侧匹配类型),仅在受限侧真实覆盖的基因上计算,缺失基因 delta=0(绝不用均值补齐的行参与 delta,避免把补值当信号)。
4) 生成输出:用与父节点相同的 sample_rows/target_n_cells 从基底抽样,逐细胞 x_new = clip(x + α·delta_match(type), 0)(log 空间),未匹配类型 α=0。可选加强:对 delta 按基因做经验贝叶斯收缩(方差大的基因位移小,k018),首版可先不做。
5) α 筛选(vec-score,seed 0):先跑 α=0(应≈纯 E8.5 复制,验证基底切换收益,预期 cell_state/covariation 大幅上升、总分 ~45–50);再跑 α∈{0.5, 0.75, 1.0};取最优后换 seed 1 复跑一次确认(噪声 ~2 分,差距<2 视为并列,加测 seed 2)。总查分 ≤6 次,远低于 20 上限。
6) 单输入退路(proxy 只有 E8.5):无第二输入、无 delta,自动退化为 copy_last(与父节点一致),代码里 len(stages)==1 分支保留。
7) 资源:纯 CPU、numpy,复用 src/task1_temporal/baselines 的 shift_rows/type_deltas,新增 cosine 匹配函数…
风险1) 匹配错误:E8.5 侧间充质类不稳定(k004:PCA 仅解释 ~31% 方差),cosine 可能把非心脏类型误配到心脏类型,导致错误位移。Engineer 应先打印匹配对表核查(期望匹配数少而干净),并保留 margin 阈值;宁可少匹配。2) de_recovery/direction 相对心脏复制基线可能回落(心脏细胞占比变小、非心脏细胞不位移),若 α 扫完后这两组降幅超过 cell_state+covariation 升幅,退回 α=0 的纯基底方案再评估是否值得只对心脏细胞加权过采样。3) 位移把细胞推出流形损伤 covariation:clip≥0 已在,若 covariation 随 α 单调下降则取低 α;经验贝叶斯基因级收缩是备选补救。4) 均值补齐基因被误当真实信号:必须用'受限侧零方差且等于基底列均值'的掩码排除,实现后用 1 个已知缺失基因抽查 delta==0。5) 噪声 2 分:α 各档差距可能不显著,用 seed 1/2 复跑裁决,不追小于噪声的差。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k018Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed deltanotes/plan/cards/T1.md
k017Lineage graph with prior / data / alignment edges and a rename testnotes/competition/05_lineage_graph.md
k004Our OT recipe on the released T1 stages (census)notes/competition/09_t1_census_lineage.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

调研员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。2
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 1 次:bash 1
用时3 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 12,104 · 输出 1,428 · 思考 6,253
任务(第一行)为节点 n5(改进,父节点 n3)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
为官方 E8.5 全胚)上得 49.77,说明把输出基底换回全胚输入本身就有 ~20 分空间;分数≈四组均值((3.28+2.26+49.52+54.45)/4≈27.4),cell_state/covariation 的巨大提升足以覆盖 direction/de_recovery 的可能小幅回落。",
  "approach": "总体:把父节点的'同名类型才位移'升级为'跨数据集按表达匹配类型 + 用最新全覆盖输入做组成基底'。规则按输入自动分支,不写死数据集名。\n\n1) 输入体检:读两个输入阶段。判定'受限输入':某输入相对另一输入有>5% 基因在所有细胞上恒等于另一输入的列均值(Qiu 缺 32,285−27,883≈4,402 基因、view_io 用 E8.5 均值补齐,可检测),或两输入标签词表交集<20%。基底 = 最新的'全覆盖'输入(proxy2 上是官方 E8.5);受限输入只作位移信息源。\n2) 若两输入标签词表一致(final:官方 E8.5+E9.5):直接沿用父节点 type_deltas,但位移乘收缩系数 α(k018:官方 α=1 常数位移低于地板),初值 α=0.75,缺失基因位移置 0。\n3) 若词表不相交(proxy2):按 k004/k017 配方做表达匹配——两输入共同高变基因(检出率 0.5%–95%,按 log 方差和取前 2000)上算各类型 pseudobulk(均值 log 表达),对基底侧每个类型取与受限侧各类型的 cosine;接受匹配需 cosine≥0.6 且与次优差≥0.01(k004 的不确定即弃原则),未匹配类型不位移。对匹配上的基底类型(预期主要是 E8.5 心区/早期心肌类,Qiu 侧为心脏各类型):delta = mean(受限侧类型) − mean(基底侧匹配类型),仅在受限侧真实覆盖的基因上计算,缺失基因 delta=0(绝不用均值补齐的行参与 delta,避免把补值当信号)。\n4) 生成输出:用与父节点相同的 sample_rows/target_n_cells 从基底抽样,逐细胞 x_new = clip(x + α·delta_match(type), 0)(log 空间),未匹配类型 α=0。可选加强:对 delta 按基因做经验贝叶斯收缩(方差大的基因位移小,k018),首版可先不做。\n5) α 筛选(vec-score,seed 0):先跑 α=0(应≈纯 E8.5 复制,验证基底切换收益,预期 cell_state/covariation 大幅上升、总分 ~45–50);再跑 α∈{0.5, 0.75, 1.0};取最优后换 seed 1 复跑一次确认(噪声 ~2 分,差距<2 视为并列,加测 seed 2)。总查分 ≤6 次,远低于 20 上限。\n6) 单输入退路(proxy 只有 E8.5):无第二输入、无 delta,自动退化为 copy_last(与父节点一致),代码里 len(stages)==1 分支保留。\n7) 资源:纯 CPU、numpy,复用 src/task1_temporal/baselines 的 shift_rows/type_deltas,新增 cosine 匹配函数 ~40 行;先在一次抽样上调试匹配表(打印匹配对与 cosine,人工核对是否只匹配到心区类型),再全量跑。",
  "expected_groups": ["cell_state", "covariation", "de_recovery", "direction"],
  "risks": "1) 匹配错误:E8.5 侧间充质类不稳定(k004:PCA 仅解释 ~31% 方差),cosine 可能把非心脏类型误配到心脏类型,导致错误位移。Engineer 应先打印匹配对表核查(期望匹配数少而干净),并保留 margin 阈值;宁可少匹配。2) de_recovery/direction 相对心脏复制基线可能回落(心脏细胞占比变小、非心脏细胞不位移),若 α 扫完后这两组降幅超过 cell_state+covariation 升幅,退回 α=0 的纯基底方案再评估是否值得只对心脏细胞加权过采样。3) 位移把细胞推出流形损伤 covariation:clip≥0 已在,若 covariation 随 α 单调下降则取低 α;经验贝叶斯基因级收缩是备选补救。4) 均值补齐基因被误当真实信号:必须用'受限侧零方差且等于基底列均值'的掩码排除,实现后用 1 个已知缺失基因抽查 delta==0。5) 噪声 2 分:α 各档差距可能不显著,用 seed 1/2 复跑裁决,不追小于噪声的差。",
  "sources": []
}
```
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/aborted-20261001-203708-search-t1-g21q-B/nodes/5/researcher.jsonl 7 KB
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