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节点 n46

NO_CHANGE: occupancy_dice 坐标探针（ANISO2 本征轴比 5 档 α、RDENS 径向密度 4 组全为净负或平手，d2_shape 以 20–40 倍亏损率对冲）

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git e712a04d58:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 90d7b3f2ea。改动的文件：solution/METHOD.md +86 −90、solution/README.md +16 −0、solution/run.py +197 −6

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 8229474..df6850a 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,90 +1,86 @@-NO_CHANGE: 共有类型DETR按起源分侧移除（count/asym/preserve 8配置全≤父64.62；de_score对计数重分配结构性敏感.357→.321，代价超variogram收益）--## 结论--PLAN 机制 **DETR-SIDE-SHARED**（family T2EI-01）已按方案实现并查分，在替代评测-（`T2:embryo:val_interp` proxy 视图，E6.75+E8.0→E7.25，t=0.4，A 半，seed 0）上-**净负或净零**，且两种针对同一弱项（cell_state / local_spatial）的备选机制也全部-不优于父节点 42。因此本节点提交 **NO_CHANGE**：`run.py` 默认 `T2_DETR_SIDE_SHARED=0`，-权威执行输出与父节点 42 **逐位一致**（digest `fb6726bc2637ee53…`，已用 sha 级比对验证；-`--ablate mechanism` 输出亦逐位相同，故 `mechanism_active=no`）。--## 父节点基线（同尺子 A 半，seed 0，本节点自测）--我用 `--ablate`（= 池化 DETR，逐位等于父 42）在同一 A 半尺子上重测父节点，作为-所有对比的锚点（**注意**：任务书里的 parent_score 65.12 是 B 半，不能直接和 A 半比）：--- board = **64.622**；expression_change 62.69 / cell_state 58.13 / shape_scale 77.75 / local_spatial 59.91-- de_score raw .3571 (pts 7.812) · de_direction raw .3647 (7.860) · mmd_u raw .01071 (7.832) ·-  variogram raw .00755 (6.700) · neighborhood_mmd raw .05126 (14.977)-- 坐标三项逐位不变：d2_shape .00470 (8.159) · occupancy_dice .8066 (3.511) · scale_log_ratio .01620 (7.767)--## 机制确实生效（PLAN mechanism_evidence）--`T2_DETR_SIDE_SHARED=1 T2_DETR_SIDE_MODE=count s=2.0` 时，共有类型的移除按起源分侧：--- 分侧类型数 `detr_ss_n_types=10`；a 起源移除 `rem_a=2849`，b 起源移除 `rem_b=17538`，-  合计 20387，池化等价 `rem_pool=13690` → 凸性增量 +6697（+49%），其中 1683 个基因-  分侧后移除数 > 池化。增量几乎全在 **b 侧（新兴基因）**：b 起源细胞来自较晚的 E8.0，-  对上升基因检出远高于几何目标 p_tgt=p_a^.6·p_b^.4，池化时被 a 侧的低检出抵消，分侧后暴露。-- 输出 nnz 由 .04588（父）降到 .04319，说明移除确实改变了哪些细胞的哪些基因从 ON→OFF。--## 全部查分（A 半，seed 0；shape_scale 三项逐位不变=77.75，故略）--| 配置 | board | expr | cell | local | de_score raw | de_dir raw | mmd_u raw | variogram raw | nbhd raw |-|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|-| 父42 (=ablate) | **64.622** | 62.69 | 58.13 | 59.91 | .3571 | .3647 | .01071 | .00755 | .05126 |-| count s=2.0 (PLAN 主配置) | 64.42 | 61.94 | 58.57 | 59.43 | .3214 | .3652 | .01090 | **.00718** | .05228 |-| count s=1.25 | 64.51 | 62.05 | 58.27 | 59.95 | .3214 | .3702 | .01078 | .00742 | .05119 |-| count s=1.0 | 64.44 | 62.10 | 57.86 | 60.03 | .3214 | .3725 | .01073 | .00769 | .05101 |-| asym a=2.0 b=1.25 | 64.37 | 62.02 | 58.20 | 59.49 | .3214 | .3702 | — | .00742 | .05216 |-| asym a=2.0 b=1.0 | 64.28 | 62.08 | 57.80 | 59.50 | .3214 | .3725 | — | .00766 | .05213 |-| asym a=2.0 b=0.5 | 64.03 | 61.98 | 56.95 | 59.41 | .3214 | — | — | .00818 | .05232 |-| preserve (池化计数+分侧定向) | 64.620 | 62.75 | 58.10 | 59.87 | .3571 | .3677 | .01064 | .00761 | .05136 |--共 9 次 `vec-score`（含父基线），≥3 种幅度/解码组合，满足 §5「判无效」门槛。--## 为什么证否（根因）--1. **de_score 对「共有类型 per-gene 移除计数」的重分配结构性敏感**：任何偏离池化计数的-   分侧（count s∈{1.0,1.25,2.0}、asym b∈{0.5,1.0,1.25}）都把 de_score raw 钉在 **.3214**-   （父 .3571，−0.036，≈ expression 组 −0.75 pts）。原因：分侧的凸性增量集中移除 b 起源-   细胞上新兴基因的检出，把这些基因的 pb 压到**上升真值之下** → dp 方向对新兴基因变差 →-   de_score 命中率下降。这与父 ANALYSIS 记录的 DETRX-SIDE 代价同源（检出移除对 DE 有系统代价）。-2. **variogram 收益靠「总移除质量」，不靠「定向」**：只有把总量推到 20387（s=2.0）才把-   variogram raw 从 .00755 拉到 .00718（cell_state 组 +0.44）；s=1.0（总量 12395，接近池化）-   variogram 反而 .00769（略差）。而这个质量增量正好制造上面的 de_score 代价。-3. **唯一的 de_score 中性方案（preserve）净零**：preserve 模式保持每基因移除数=池化值-   （de_score 守住 .3571），只把移除按 excess 比例重定向到超标起源侧、侧内仍用 NBHDCOH 选择。-   结果 board 64.620 vs 父 64.622（−0.002，纯噪声）：variogram .00761、nbhd .05136 都比父略差。-   → 说明父节点池化 NBHDCOH 的**定向已近最优**，单纯改「移哪些细胞」不动分。--**净结论**：在 DETR 检出通道里，de_score 与 variogram 存在结构性张力——池化计数是 de_score-最优，任何分侧都破坏它；分侧带来的 variogram 质量收益恒小于 de_score 代价。父节点 42 的-DETR（池化 s=2.0 + NBHDCOH + DETRX-SIDE）已在此通道最优点附近，本方向是死路。--## 试过但放弃的备选（均针对 cell_state/local_spatial，均 ≤ 父）--- count 幅度扫描 s_side∈{1.0,1.25,1.5,2.0}（PLAN step 8 的 s 扫描）。-- per-side 非对称强度 asym（a 侧留满质量抓下降基因的 variogram，b 侧调轻以护 de_score）——-  de_score 仍钉死 .3214，证明代价来自「计数模式改变」本身而非 b 侧幅度大小。-- preserve（计数守恒、仅重定向选择）——唯一 de_score 中性者，但净零。-- **未做**（PLAN step 8 明确排除，且属参数调优非本节点范围）：γ（RECAL 幅度收缩）重扫、-  s_ext/伪计数 m 重扫、occupancy_dice 坐标探针（那是 shape_scale 家族 T2EI-06，非本节点弱项）。--## 验证过 / 未验证--- 已验证：seed 0 确定性（跑两次 digest 相同）；`--ablate` 与默认(off) 输出逐位=父 42-  （digest `fb6726bc…`，nnz .04588≈父报告 .0459）；`vec-check` 在 seed 0/1 均 ok；-  运行 30s / 峰值内存 0.60GB（限 30min / 28GB）。单输入阶段视图走早期 return（无 bracket），-  分侧代码不触发，与父一致。分侧只在 do_split（两侧各≥3 细胞）时启用，小类型回退池化。-- 未验证：B 半与 seed 1/2 的正式分（A 半 seed 0 已一致 ≤ 父，且根因是结构性的，-  换半/换 seed 不会改变 de_score↔variogram 张力的符号，故未耗额度复测）。-- 视图无关：新增代码只读 n_from_a、out_labels、表达与 p_tgt（均由输入现场算），-  不读 board/mode/绝对时间、不写死视图名/细胞数；默认关闭时行为=父 42（父已过伪装视图检查）。--## 知识来源--本机制是纯统计再校准（检出率几何插值 + 按起源分侧计数），不涉及保留阶段/保留基因型的-测量值，也不引入新的教科书发育事件；动机来自父节点 42 的 DETRX-SIDE 教训「做目标率/观测率-校准时，分母必须与被校正细胞的来源同分布」（本节点内实验记录，非外部数据）。PLAN.sources 为空。+NO_CHANGE: occupancy_dice 坐标探针（ANISO2 本征轴比 5 档 α、RDENS 径向密度 4 组全为净负或平手，d2_shape 以 20–40 倍亏损率对冲）++父节点：45（= 42 的输出，A 半 seed 0 = 64.622）。本节点权威输出与父节点**逐位一致**+（X data/indices/indptr + obsm 的 sha256 前缀 `da6d03e8e995e85d`，seed 0；`--ablate mechanism`+输出相同 → mechanism_active=no）。ANISO2 与 RDENS 两段探针代码保留在 run.py 里（环境变量开关，+默认关），供后续节点查证，不影响输出。++## PLAN 机制（ANISO2，family T2EI-06）：实现与诊断++在输出云自身 PCA 框架里做全局对角缩放：目标 = 括号两端云本征值分数（旋转不变，直接从+`stage_a.coords` / `stage_b.coords` 现场算）的 t-对数插值；每轴乘 `(ft_i/fo_i)^α`（clip [0.5,2]），+再均匀缩放恢复探针前的精确 RMS（scale_log_ratio 逐位不动）；只动坐标，表达不动；单输入阶段+（无括号）自动跳过。诊断确认 PLAN 的前提成立：输出 eigfrac `[0.497, 0.317, 0.187]` vs+t-插值目标 `[0.606, 0.251, 0.143]`（log 偏差 `[+0.17, −0.26, −0.29]`）——现有 merged-frame+aniso（node 13，γ=0.5）只对齐了合并框架里的逐轴 spread，输出云自己的本征轴比仍偏离目标。+机制确实改变了坐标（α=0.15 时轴因子 `[1.030, 0.966, 0.961]`，eigfrac → `[0.530, 0.297, 0.173]`；+α=0.70 → `[0.647, 0.225, 0.127]`）。++## 查分记录（proxy A 半，seed 0，共 13 次查询；points = 该指标得分，满分为括号内数字）++基线（父 45）：board **64.622**；de_score 7.81(12.5)、de_direction 7.86(12.5)、mmd_u 7.83(12.5)、+variogram 6.70(12.5)、d2_shape 8.16(8.33)、occupancy_dice 3.51(8.33)、scale_log_ratio 7.77(8.33)、+neighborhood_mmd 14.98(25)。occ_raw=.8066，d2_raw=.0047，nbhd_raw=.05126。++| 配置 | board | d2 | occ | nbhd | de_s/de_d | mmd/var | occ_raw | d2_raw | nbhd_raw |+|---|---:|---:|---:|---:|---|---|---:|---:|---:|+| ANISO2 α=−0.15 | 64.010 | 8.14 | 2.91 | 14.99 | 不变 | 不变 | .7628 | .00487 | .05117 |+| ANISO2 α=0.05 | 64.350 | 7.88 | 3.51 | 14.98 | 不变 | 不变 | .8066 | .00689 | .05121 |+| ANISO2 α=0.15 | 63.773 | 7.26 | 3.56 | 14.98 | 不变 | 不变 | .8094 | .01235 | .05125 |+| ANISO2 α=0.40 | 62.239 | 5.82 | 3.48 | 14.96 | 不变 | 不变 | .8048 | .02961 | .05137 |+| ANISO2 α=0.70 | 61.256 | 4.52 | 3.83 | 14.94 | 不变 | 不变 | .8241 | .05462 | .05160 |+| RDENS 1.03→0.97 | 64.615 | 8.22 | 3.47 | 14.96 | 不变 | 不变 | .8038 | .00423 | .05146 |+| RDENS 1.045→0.955 | 64.129 | 7.81 | 3.40 | 14.94 | 不变 | 不变 | .8000 | .00749 | .05156 |+| RDENS 1.05→0.95 | 63.989 | 7.67 | 3.41 | 14.94 | 不变 | 不变 | .8000 | .00864 | .05159 |+| RDENS 0.97→1.03 | 63.545 | 7.38 | 3.21 | 14.98 | 不变 | 不变 | .7870 | .01130 | .05122 |+| cfgA 跨谱系移植* | 63.594 | 8.22 | 3.47 | 15.22 | 7.81/7.96 | 7.69/5.46 | .8038 | .00423 | .04926 |+| DETRX s=0.85* | 64.666 | 8.22 | 3.47 | 14.89 | 7.81/7.83 | 7.81/6.86 | .8038 | .00423 | .05201 |+| DETRX s=1.0* | 64.642 | 8.22 | 3.47 | 14.82 | 7.81/7.78 | 7.80/6.98 | .8038 | .00423 | .05262 |++\* 这三行跑时 RDENS(1.03→0.97) 默认为开（形状组数字含其 +0.06/−0.05 的 d2/occ 效应）；+DETRX 两行相对 RDENS 单跑的净差 = +0.05 / +0.03（噪声内）。cfgA = 节点 43 配方在本代码库的移植+（RECAL γ=0、DETR s=1.5、DETRX s=0.45 池化、SIDE 关）。++## 结论（为什么判无效）++1. **ANISO2**：occupancy_dice 对轴比修正的响应弱且非单调（raw 最多 +0.0175，+0.32 pts，α=0.70），+   d2_shape 同向恶化 20–40 倍（−3.64 pts）。PLAN 的两条护栏（Δnbhd_raw ≤ +0.0005、+   Δd2_raw ≤ +0.001）在所有 α>0.05 上都被击穿；α=0.05 时 occ 不动、d2 已 −0.28 pts。负 α+   （更等轴）occ 掉 0.6 pts。方向本身与 node 13 的 γ 网格一致（更 a-样各向异性买 occ、卖 d2），+   本征框架不改变这个交换率。+2. **RDENS（PLAN 步骤 4 备选）**：壳层压缩 (1.03→0.97) 是唯一近正配置（d2 +0.063、occ −0.045、+   nbhd −0.022 → 净 −0.007，平手）；更强压缩与反向膨胀都净负。局部 dice 代理（vs 括号云）在+   该方向 +0.007，但真实 occ 不跟（−0.003）——代理不可靠，已弃用。+3. **结构诊断**：occ 地板 ≈ raw .847（线性外推 skill .5），本谱系停在 .807。地板云是**单一真实+   阶段**的连贯切片，而 mix 输出是两阶段嵌合体，其占据体素集合近似两朵云归一化形状的**并集**+   （本地 16³ 统计：out 243 体素 vs a 169 / b 194）。全局仿射/径向形变无法把并集变成连贯中间形，+   occupancy_dice 的缺口对 mix 家族是结构性的；d2_shape (.979) 与 scale (.932) 已近天花板，+   任何大幅形状移动都在净亏。+4. **超出 PLAN 的两条附加测试**：(a) cfgA 移植证明本分支的 RECAL 幅度收缩是承重墙+   （去掉后 variogram .00755→.01107，跌破地板），不能照搬 43 谱系配方；(b) node 42 文档记录的+   DETRX 漂移余量（"s_ext=0.7 还差全漂移 30%"）：s_ext 0.85/1.0 使 variogram 单调改善+   （.00755→.00718→.00693）但 nbhd（.05126→.05201→.05262）与 de_direction（.3647→.3598→.3505）+   单调恶化，净 +0.03/+0.02，噪声内（T2 噪声 ≈1 分，父节点自身 seed 0/1/2 = 64.62/63.75/63.90）。+   检出通道的计数-选择张力再次封顶，与父节点 ANALYSIS 结论一致。++## 验证过的 / 没验证的++- 验证：默认（双探针关）输出与父逐位一致（seed 0）；`--ablate mechanism` 逐位一致；+  seed 0/1/2 均能运行且确定（`np.random.default_rng(seed)`，无全局随机）；vec-check ok；+  伪装视图（时间 +1 平移、文件重命名、manifest 键序打乱）digest 与真实视图逐位一致+  （view-independent）；运行时 ~2 s、内存 <1 GB（limits：28 GB / 30 min）；单输入退路+  （b=None 分支）不经过探针代码。+- 没验证：RDENS/ANISO2 在真实括号（E7.75+E8.25→E8.0，t=1/3）上的行为——两者在代理上即+  净负/平手，未提交，无需验证；occ 地板 raw（.847）是线性外推值，非实测。+- 知识来源：无（本节点全部为从视图输入现场计算的几何/统计探针，未使用任何外部生物学知识、+  文献数值或已发布阶段的测量值；目标 RMS、轴比、径向剖面全部由括号输入与 t 推得）。++## 给后续节点的建议++- 坐标通道对本谱系已封顶：全局各向异性（两个框架）、径向密度、per-type aniso（node 22）、+  体素再分布（node 24）、OT 重定位（方法卡）全部证否。occupancy_dice 的并集缺口只有+  「非嵌合」的坐标云能补，而那与 nbhd 的表达-位置配对不相容。不要再试全局仿射/径向形变。+- 检出通道同样封顶（本节点 s_ext 余量证否 + 父节点 45 分侧证否）。若还要提分，需要+  cell_state 的新信息源（如型内状态连续体重建），而不是现有计数的再校准。+- 树内最优是 43 谱系（65.93 B 半）；本谱系（42/45）与其差异主要在 RECAL 承重 + DETRX-SIDE，+  两者不可互换（cfgA 移植净 −1.03）。合并两谱系的增益需要逐件移植而非整配方照搬。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 304ba32..7c5214d 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,3 +1,19 @@+# 节点 46：NO_CHANGE — occupancy_dice 坐标通道探针（ANISO2 + RDENS）已证否++PLAN 机制 ANISO2（输出云自身 PCA 框架里的全局各向异性比值修正，向括号本征值分数的 t-对数插值+目标缩放各轴、恢复 RMS）已实现并在替代评测 A 半 seed 0 查分 5 档 α（−0.15/0.05/0.15/0.40/0.70 →+64.01/64.35/63.77/62.24/61.26，父 = 64.62）：occupancy_dice raw 最多 +0.0175（+0.32 pts），+d2_shape 以 20–40 倍亏损率恶化（α=0.70 时 −3.64 pts），PLAN 护栏全部击穿。PLAN 步骤 4 的备选+RDENS（5 层径向壳密度探针，RMS 恢复）4 组同样证否：最优 (1.03→0.97) 净 −0.007（平手），+其余 63.55–64.13。附加测试：节点 43 配方移植（−1.03，本分支 RECAL 承重）、DETRX 漂移余量+s_ext∈{0.85,1.0}（+0.05/+0.03，噪声内，nbhd/de_direction 单调恶化）。**提交默认+`T2_ANISO2_ENABLE=0`、`T2_RDENS_ENABLE=0`，权威输出与父节点 45（=42）逐位一致**+（X+coords digest `da6d03e8e995e85d`，seed 0），`--ablate` 亦相同（mechanism_active=no）。+探针代码保留、默认关闭；伪装视图（时间 +1、重命名、键序打乱）digest 一致。+结构性结论与建议见 METHOD.md。++---+ # 节点 45：NO_CHANGE — 共有类型 DETR 按起源分侧移除（DETR-SIDE-SHARED）已证否  PLAN 机制 DETR-SIDE-SHARED（把父 42 的 DETRX-SIDE「按起源分侧」思想推广到**共有类型**的 DETRdiff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex ba8d17d..0ff5d32 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -8,6 +8,35 @@ exp(log r_a + SCALE_DAMP·t·Δlog r), and draws cells stratified by type: round(t·n) from the later stage, the rest from the earlier one. Coordinates travel with the cells. n is log-linear in t, clipped to the board range. +This node (46, family T2EI-06): PLAN mechanism ANISO2 — global anisotropy-ratio+probe in the output cloud's OWN PCA frame (scale each principal axis by+(target_eigfrac_i/current_eigfrac_i)^alpha toward the t-log-interpolated bracket+eigenvalue fractions, RMS-restoring) — was implemented and FALSIFIED on the+proxy A half (seed 0) across 5 amplitudes (alpha = -0.15/0.05/0.15/0.40/0.70 →+64.01/64.35/63.77/62.24/61.26 vs parent 64.62): occupancy_dice responds at most++0.0175 raw (+0.32 pts) while d2_shape loses up to -3.64 pts (20-40x adverse+exchange rate; both PLAN guardrails breached at every alpha > 0.05). The PLAN+step-4 backup RDENS (radial shell-density probe, 5 equal-count layers with a+linear inner→outer radial factor ramp, RMS-restoring) was also implemented and+FALSIFIED across 4 configs: compression (1.03→0.97) 64.615 (tie: d2 +0.063,+occupancy -0.045, nbhd -0.022), (1.045→0.955) 64.129, (1.05→0.95) 63.989,+expansion (0.97→1.03) 63.545. Also tested beyond the PLAN: the cross-lineage+config port (RECAL off + DETR s=1.5 + DETRX s=0.45 pooled, i.e. node 43's+recipe in this codebase) → 63.59 (variogram .0076→.0111: on THIS branch the+RECAL shrink is load-bearing), and the documented DETRX drift headroom+("s_ext=0.7 still under-shoots the full drift by 30%"): s_ext = 0.85/1.0 →+64.67/64.64 (variogram .00755→.00718/.00693 monotone up, but nbhd+.05126→.05201/.05262 and de_direction .3647→.3598/.3505 monotone down; net+zero within noise). SUBMITTED = NO_CHANGE: ANISO2_ENABLE=0 and RDENS_ENABLE=0+by default, so the authoritative output is bit-for-bit parent node 45 (=42);+--ablate mechanism gives the same output (mechanism_active=no). The probe code+is retained behind env flags for the record. Diagnosis: occupancy_dice's gap to+floor (~.807 vs ~.847) is STRUCTURAL for the mix family — the floor cloud is a+coherent single-stage section while our output is a two-stage chimera whose+occupied-voxel set is a union; no global affine or radial deformation of the+chimera closes that gap without paying several times more in d2_shape.+See METHOD.md for the full grids and per-metric points.+ This node (45, family T2EI-01): PLAN mechanism DETR-SIDE-SHARED — extend node 42's origin-conditioned drift to the SHARED-type DETR removal counts (split each shared type's output cells by origin stage a/b, per-side target@@ -1187,6 +1216,53 @@ ANISO_ENABLE = os.environ.get("T2_ANISO_ENABLE", "1") == "1" ANISO_DAMP = float(os.environ.get("T2_ANISO_DAMP", "1.25")) ANISO_CLIP = (float(os.environ.get("T2_ANISO_CLIP_LO", "0.3")),               float(os.environ.get("T2_ANISO_CLIP_HI", "3.0")))+# RDENS (family T2EI-06, node 46 backup mechanism): radial shell-density+# probe (PLAN step 4). The output cloud is split into RDENS_K radial layers by+# distance to the centroid (equal-count quantile bins); layer i's radial+# coordinate is multiplied by a factor linearly ramped from s_lo (innermost)+# to s_hi (outermost), then the cloud is uniformly rescaled to the exact+# pre-probe RMS (scale_log_ratio untouched). s_lo > s_hi compresses the radial+# profile toward a mid-radius shell; s_lo < s_hi expands it. Expression and+# cell identity untouched; the deformation is smooth and radial, so the 15-NN+# neighborhood structure (neighborhood_mmd) changes only marginally.+# RDENS_ENABLE=0 (or s_lo == s_hi == 1) skips the step → parent bit-for-bit.+# FALSIFIED on the proxy A half (seed 0): (1.03,0.97) 64.615 vs parent 64.622+# (tie: d2 +0.063 pts, occupancy −0.045, nbhd −0.022); (1.045,0.955) 64.129;+# (1.05,0.95) 63.989; expansion (0.97,1.03) 63.545. No net gain in any+# direction → submitted default ENABLE=0 (output bit-for-bit = parent node 45).+RDENS_ENABLE = os.environ.get("T2_RDENS_ENABLE", "0") == "1"+RDENS_SLO = float(os.environ.get("T2_RDENS_SLO", "1.03"))+RDENS_SHI = float(os.environ.get("T2_RDENS_SHI", "0.97"))+RDENS_K = int(os.environ.get("T2_RDENS_K", "5"))+RDENS_CLIP = (float(os.environ.get("T2_RDENS_CLIP_LO", "0.8")),+              float(os.environ.get("T2_RDENS_CLIP_HI", "1.25")))+# ANISO2 (family T2EI-06, node 46, PLAN mechanism): global anisotropy-ratio+# probe in the OUTPUT cloud's OWN PCA frame. The inherited aniso_reshape works+# in the merged-bracket PCA frame and equalizes per-axis SPREADS there; because+# the output cloud's principal axes are rotated w.r.t. that frame (the diagonal+# of a covariance in a non-eigen frame is majorized by its eigenvalues), the+# cloud's own eigenvalue fractions still deviate from the bracket-interpolated+# target. Diagnostic on the proxy (seed 0): output eigfrac [0.497, 0.317, 0.187]+# vs t-log-interpolated target [0.590, 0.244, 0.140] — the output is LESS+# anisotropic than the interpolation of the two bracket clouds' eigenvalue+# fractions (eigenvalues are rotation-invariant, so the aligned and raw clouds+# give the same fractions). ANISO2 projects the final coordinates on their own+# principal axes, multiplies axis i by s_i = clip((ft_i/fo_i)^alpha, LO, HI),+# then uniformly rescales to restore the exact pre-probe RMS+# (scale_log_ratio untouched; expression untouched; alpha = 0 or+# T2_ANISO2_ENABLE=0 skips the step entirely → parent bit-for-bit).+# FALSIFIED on the proxy A half (seed 0), 5 amplitudes: α = −0.15 → 64.01,+# 0.05 → 64.35, 0.15 → 63.77, 0.40 → 62.24, 0.70 → 61.26, all below parent+# 64.62. occupancy_dice responds weakly and non-monotonically (raw .8066 →+# .7628/.8066/.8094/.8048/.8241; best +0.0175 = +0.32 pts at α=0.70) while+# d2_shape degrades 20–40× faster (raw .0047 → .0546 = −3.64 pts at α=0.70).+# The eigen-ratio direction toward the a-like anisotropy does buy occupancy+# (as node 13's γ grid already hinted) but never enough to pay for d2.+# Submitted default: ENABLE=0, α=0.+ANISO2_ENABLE = os.environ.get("T2_ANISO2_ENABLE", "0") == "1"+ANISO2_ALPHA = float(os.environ.get("T2_ANISO2_ALPHA", "0.0"))+ANISO2_CLIP = (float(os.environ.get("T2_ANISO2_CLIP_LO", "0.5")),+               float(os.environ.get("T2_ANISO2_CLIP_HI", "2.0"))) # Within-type per-gene std log-interpolation (VARISO, family T2EI-01, this node): # for every shared type (>=VARISO_MIN_CELLS cells in each bracket stage, # >=VARISO_MIN_DE DE genes |Δ|>=0.25), the per-gene within-type std of the@@ -1427,6 +1503,90 @@ def aniso_reshape(coords, aligned_a, aligned_b, t: float, damp: float):     return out, info  +def _eigfracs(X):+    """Sorted (desc) eigenvalue fractions of the centered coordinate cloud."""+    X = np.asarray(X, dtype=np.float64)+    X = X - X.mean(axis=0)+    cov = (X.T @ X) / max(len(X) - 1, 1)+    ev = np.linalg.eigvalsh(cov)[::-1]+    ev = np.maximum(ev, 1e-12)+    return ev / ev.sum()+++def aniso2_probe(coords, coords_a, coords_b, t: float, alpha: float):+    """Global anisotropy-ratio probe in the output cloud's own PCA frame.++    Target eigenvalue fractions: log-interpolation of the two bracket clouds'+    eigenvalue fractions (rotation-invariant, computed from the raw stage+    coordinates). The output cloud is projected on its own principal axes, each+    axis scaled by (ft_i / fo_i)^alpha (clipped), then uniformly rescaled to the+    exact pre-probe RMS so scale_log_ratio is untouched.+    """+    fa = _eigfracs(coords_a)+    fb = _eigfracs(coords_b)+    ft = np.exp(np.log(fa) + float(t) * (np.log(fb) - np.log(fa)))+    ft = ft / ft.sum()+    c = np.asarray(coords, dtype=np.float64)+    mu = c.mean(axis=0)+    X = c - mu+    cov = (X.T @ X) / max(len(X) - 1, 1)+    ev, evec = np.linalg.eigh(cov)+    order = np.argsort(ev)[::-1]+    ev = np.maximum(ev[order], 1e-12)+    evec = evec[:, order]+    fo = ev / ev.sum()+    s = np.clip((ft / fo) ** float(alpha), ANISO2_CLIP[0], ANISO2_CLIP[1])+    proj = X @ evec+    new = (proj * s) @ evec.T+    rms_before = float(np.sqrt((X ** 2).sum(axis=1).mean()))+    rms_after = float(np.sqrt((new ** 2).sum(axis=1).mean()))+    new = new * (rms_before / max(rms_after, 1e-12))+    ev_new = np.maximum(np.linalg.eigvalsh((new.T @ new) / max(len(new) - 1, 1))[::-1], 1e-12)+    info = {+        "aniso2_alpha": float(alpha),+        "aniso2_eigfrac_a": fa.tolist(),+        "aniso2_eigfrac_b": fb.tolist(),+        "aniso2_eigfrac_out_before": fo.tolist(),+        "aniso2_eigfrac_target": ft.tolist(),+        "aniso2_eigfrac_out_after": (ev_new / ev_new.sum()).tolist(),+        "aniso2_axis_factor": s.tolist(),+        "aniso2_logdev_before": np.log(ft / fo).tolist(),+        "aniso2_rms": rms_before,+    }+    return (new + mu).astype(np.float32), info+++def rdens_probe(coords, s_lo: float, s_hi: float, k: int):+    """Radial shell-density probe: linearly ramped per-layer radial scaling.++    Layers are equal-count quantile bins of the distance to the centroid; the+    innermost layer's radii are multiplied by s_lo, the outermost by s_hi, with+    a linear ramp in between (clipped). The cloud is then uniformly rescaled to+    its exact pre-probe RMS, so scale_log_ratio is untouched.+    """+    c = np.asarray(coords, dtype=np.float64)+    mu = c.mean(axis=0)+    Y = c - mu+    r = np.linalg.norm(Y, axis=1)+    k = int(max(k, 2))+    edges = np.quantile(r, np.linspace(0.0, 1.0, k + 1))+    edges[-1] += 1e-9+    li = np.clip(np.searchsorted(edges, r, side="right") - 1, 0, k - 1)+    fac = np.clip(s_lo + (s_hi - s_lo) * (li / (k - 1)), RDENS_CLIP[0], RDENS_CLIP[1])+    new = Y * fac[:, None]+    rms_before = float(np.sqrt((Y ** 2).sum(axis=1).mean()))+    rms_after = float(np.sqrt((new ** 2).sum(axis=1).mean()))+    new = new * (rms_before / max(rms_after, 1e-12))+    frac = np.bincount(li, minlength=k) / len(r)+    info = {+        "rdens_s_lo": float(s_lo), "rdens_s_hi": float(s_hi), "rdens_k": k,+        "rdens_layer_frac": frac.tolist(),+        "rdens_fac_min": float(fac.min()), "rdens_fac_max": float(fac.max()),+        "rdens_rms": rms_before,+    }+    return (new + mu).astype(np.float32), info++ def type_aniso_reshape(coords, labs_out, ca, cb, la_all, lb_all, t: float):     """Per-type anisotropic reshaping of the output cloud (see TYPEANISO_* docs)."""     gamma = TYPEANISO_DAMP * float(t)@@ -2099,11 +2259,13 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     parser.add_argument("--ablate", default=None,-                        help="mechanism-off control (node 45): 'mechanism' (or any name) sets "-                             "origin_split_shared=False, so the SHARED-type DETR removal counts are "-                             "pooled (parent behaviour) instead of split by cell origin stage. "-                             "NBHDCOH selection and DETRX-SIDE (parent node 42 mechanisms) stay ON, "-                             "so the ablated output reproduces parent node 42 bit-for-bit")+                        help="mechanism-off control (node 46): 'mechanism' (or any name) disables "+                             "ANISO2 (global anisotropy-ratio probe in the output cloud's own PCA "+                             "frame) and RDENS (radial shell-density probe) — coordinates are "+                             "written exactly as the parent pipeline produced them, so the ablated "+                             "output reproduces parent node 45 bit-for-bit (both probes are also "+                             "off by default after falsification). Inherited mechanisms (NBHDCOH, "+                             "DETRX-SIDE, DETR, ...) stay ON in both runs")     args = parser.parse_args()     # Mechanism-off control (node 45): DETR-SIDE-SHARED (origin-split shared-type     # removal counts). This is the ONLY mechanism this node adds on top of parent@@ -2226,6 +2388,27 @@ def main() -> None:         coords, sci = side_cluster_repair(coords, int(info.get("n_from_a", 0)))         sc_info.update(sci)     info.update(sc_info)+    # ANISO2 (node 46, PLAN mechanism): global anisotropy-ratio probe in the+    # output cloud's own PCA frame (see ANISO2_* config docs). FALSIFIED on the+    # proxy A half (α∈{−0.15,0.05,0.15,0.40,0.70} all below parent): d2_shape+    # degrades 20–40× faster than occupancy_dice gains. Submitted default α=0.+    aniso2_on = ANISO2_ENABLE and ANISO2_ALPHA != 0.0 and not args.ablate+    a2_info = {"aniso2_enable": bool(ANISO2_ENABLE), "aniso2_alpha_cfg": ANISO2_ALPHA,+               "aniso2_applied": bool(aniso2_on and coords.shape[0] >= 10)}+    if aniso2_on and coords.shape[0] >= 10:+        coords, a2i = aniso2_probe(coords, stage_a.coords, stage_b.coords, float(t), ANISO2_ALPHA)+        a2_info.update(a2i)+    info.update(a2_info)+    # RDENS (node 46 backup mechanism): radial shell-density probe (PLAN step+    # 4). --ablate turns this off too → output bit-for-bit identical to parent.+    rdens_on = (RDENS_ENABLE and coords.shape[0] >= 10 and not args.ablate+                and abs(RDENS_SLO - 1.0) + abs(RDENS_SHI - 1.0) > 0.0)+    rd_info = {"rdens_enable": bool(RDENS_ENABLE), "rdens_slo_cfg": RDENS_SLO,+               "rdens_shi_cfg": RDENS_SHI, "rdens_applied": bool(rdens_on)}+    if rdens_on:+        coords, rdi = rdens_probe(coords, RDENS_SLO, RDENS_SHI, RDENS_K)+        rd_info.update(rdi)+    info.update(rd_info)     keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped",                                      "align", "alpha", "n_shared_types_converged", "within_type_std_rel",                                      "between_type_mean_dist_rel", "n_from_a", "n_from_b",@@ -2252,7 +2435,15 @@ def main() -> None:                                         "bracket_clip", "n_clamped_cells",                                        "pair_beta", "n_paired_types", "n_pairs", "pair_within_std_rel",                                        "pair_orth_var_rel", "pair_dist_over_diam",-                                       "aniso_enable", "aniso_damp", "aniso_gamma", "aniso_spread_a",+                                        "rdens_enable", "rdens_slo_cfg", "rdens_shi_cfg", "rdens_applied",+                                        "rdens_s_lo", "rdens_s_hi", "rdens_k", "rdens_layer_frac",+                                        "rdens_fac_min", "rdens_fac_max", "rdens_rms",+                                        "aniso2_enable", "aniso2_alpha_cfg", "aniso2_applied",+                                        "aniso2_alpha", "aniso2_eigfrac_a", "aniso2_eigfrac_b",+                                        "aniso2_eigfrac_out_before", "aniso2_eigfrac_target",+                                        "aniso2_eigfrac_out_after", "aniso2_axis_factor",+                                        "aniso2_logdev_before", "aniso2_rms",+                                        "aniso_enable", "aniso_damp", "aniso_gamma", "aniso_spread_a",                                        "aniso_spread_b", "aniso_spread_cur", "aniso_spread_target",                                        "aniso_factor", "aniso_aspect_in", "aniso_aspect_out",                                         "typeaniso_enable", "typeaniso_damp", "typeaniso_min_cells",

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。最终状态:

**做了什么**:按 PLAN 实现并证否了 ANISO2(输出云自身 PCA 框架的全局各向异性比值修正,RMS 守恒、只动坐标),5 档 α(−0.15/0.05/0.15/0.40/0.70);又实现并证否 PLAN 步骤 4 的备选 RDENS(5 层径向壳密度探针),4 组;另加两条超出 PLAN 的测试(节点 43 配方跨谱系移植、DETRX 漂移余量 s_ext∈{0.85,1.0})。提交为 NO_CHANGE:默认 `T2_ANISO2_ENABLE=0`、`T2_RDENS_ENABLE=0`,权威输出与父节点 45(=42)逐位一致(digest `da6d03e8…`,seed 0/1/2 确定,`--ablate` 相同,伪装视图 digest 一致,vec-check ok)。

**查分结果**(13/20 次,A 半 seed 0,父=64.622):ANISO2 全部净负(61.26–64.35)——occupancy_dice raw 最多 +0.0175(+0.32 pts),d2_shape 以 20–40 倍亏损率恶化(−3.64 pts);RDENS 最优 (1.03→0.97) 净 −0.007(平手:d2 +0.06、occ −0.05);cfgA 移植 63.59(本分支 RECAL 承重);s_ext 余量 +0.03~0.05(噪声内,variogram↑ 被 nbhd/de_direction↓ 抵消)。结论:occupancy_dice 缺口(地板 raw≈.847 vs 本谱系 .807)是 mix 嵌合体"占据体素并集"的结构性问题,全局坐标形变无法弥补。

**下一步最值得试**:坐标通道与检出通道双双封顶,不要再做全局仿射/径向形变或 DETR 计数再校准;若要突破需 cell_state 的新信息源(如型内状态连续体重建),或把 42 谱系的 DETRX-SIDE 逐件(而非整配方)移植进 43 谱系(rank3 65.50)验证可加性。

调研员

{
  "name": "occupancy_dice 全局各向异性比值探针（坐标通道，表达正交）",
  "motivation": "父节点 45（=42）八项指标中 occupancy_dice 是唯一低于地板的排名指标（raw 0.8086，skill 0.424 < 0.5，得分 3.53/8.3 < 地板 4.17），而 d2_shape skill 0.963、scale_log_ratio skill 0.932 表明整体尺寸和成对距离分布已近天花板。ANALYSIS 明确建议'换到坐标通道做 occupancy_dice 坐标探针，潜在 +0.6'。检出通道已证死（de_score↔variogram 结构性张力），表达组无剩余空间；坐标通道与表达正交、无 de_score 风险。",
  "approach": "步骤：(1) 诊断——在输出云上计算居中坐标的协方差特征值 (λ1≥λ2≥λ3) 和各轴占比；同样计算括号两端 a、b 云的特征值，按 t 对数插值得目标轴比；比较输出与目标的轴比偏差，确定最大偏差轴。(2) 修正——在输出云自身 PCA 空间中，对每轴乘以 (target_λi / current_λi)^α，α 为修正强度，初值 0.15，搜索范围 {0.05, 0.10, 0.15, 0.25, 0.40}；修正后统一缩放恢复原 RMS（保 scale_log_ratio 不变）。(3) 护栏——每个配置先检查 neighborhood_mmd raw 增量 ≤ +0.0005（否则否决）；d2_shape raw 增量 ≤ +0.001；scale_log_ratio 变化 ≤ 0.005。(4) 若轴比修正不足，追加密度探针：把输出云按到质心距离分 5 层，对各层径向坐标乘轻微缩放（层间差异 ≤ 3%），测试是否改善占据模式。(5) 单输入阶段退路：无括号时跳过修正，输出 = 输入原样（与父行为一致）。(6) vec-score 快速筛选：先跑 α=0.15 一次查分确认方向，再扫其余 α；若第一个配置已超父 +0.5 则只复测 seed 1 确认。预期：occupancy_dice 从 3.53 向 4.17（地板）靠拢，+0.3~0.6 分；其余七项不变或噪声内。",
  "expected_groups": ["shape_scale"],
  "risks": "1) 轴比修正可能不是 occupancy_dice 低分的根因（可能是密度分布或边界形状问题），此时 α 扫描全部噪声内——Engineer 应在第一个 α 配置后比较 occupancy_dice raw 变化，若 <0.005 则转密度探针。2) 全局仿射变换可能轻微破坏 neighborhood_mmd（表达-位置配对），设硬否决线 +0.0005；若触发则降 α 或放弃。3) 增益 ≤0.6 分在 T2 约 1 分噪声内，需 2 个 seed 配对差同向确认。4) 节点 22（per-type aniso）已证否，本方案是 GLOBAL 非 per-type，且强度范围更保守（0.05–0.40 vs 22 的 −1.0–1.0），机制不同。",
  "family_id": "T2EI-06",
  "mechanism": "在输出云 PCA 空间中施加全局对角缩放，将各轴特征值比值向括号插值目标靠拢（强度 α 控制），再恢复原 RMS；仅动坐标、不动表达。",
  "vs_constant_shift": "常数位移对每个基因加相同表达偏移，改变的是表达值；本机制改变的是细胞的空间坐标排列（各轴展幅比例），不影响任何基因的表达值。两者作用空间完全不同。",
  "mechanism_evidence": "Engineer 应记录：(a) 修正前后输出云的三轴特征值及轴比；(b) occupancy_dice raw 变化；(c) d2_shape raw 变化（应几乎不动）；(d) neighborhood_mmd raw 变化（应在否决线内）；(e) scale_log_ratio raw 变化（应 ≈0）。若轴比确实向目标移动且 occupancy_dice 改善，机制生效。",
  "mechanism_off_control": "设 α=0（或环境变量 T2_ANISO_PROBE=0），此时对角缩放为单位阵，输出坐标与父节点逐位一致；预期榜分与父完全相同（digest 一致）。",
  "sources": []
}