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节点 n43 在终选来历上

NBHDCOH-SHARED：把节点41的邻域相干OFF选择从单侧类型推广到共有类型DETR——每基因移除数不变，只把"选哪些细胞置零"从随机键u改为"15-NN邻域该基因平均表达(排除自身)最低的k个"，针对local_spatial(neighborhood_mmd)。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 2fded41e1e:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 720fc7fcab。改动的文件：solution/METHOD.md +48 −46、solution/README.md +16 −14、solution/run.py +128 −9

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex abc54af..ad067ac 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,66 +1,68 @@-NBHDCOH：DETR_EXT 置零改为优先选「15-NN 邻域内该基因表达最低」的细胞（每基因移除数不变），配合强度 0.35→0.45，nbhd 与 variogram 首次同向改善；PLAN 的 NBHDGATE/cap 均被证否。+NBHDCOH-SHARED：把节点41的邻域相干OFF选择从单侧类型推广到共有类型DETR——每基因移除数不变，只把"选哪些细胞置零"从随机键u改为"15-NN邻域该基因平均表达(排除自身)最低的k个"，针对local_spatial(neighborhood_mmd)。 -- family_id: T2EI-01-- parent: node 39（DETR_EXT，A 半同期锚点 64.34）-- mechanism (submitted): NBHDCOH — neighborhood-coherent OFF selection-- mechanism_off_control: `--ablate mechanism`（或 `T2_NBHDCOH=0`）：跳过 15-NN 键，回到原随机键 u 选择，其余步骤（含 s=0.45）不变；输出 = 未门控 s=0.45 管线，逐位一致（sha256 验证）。注意：因强度从 0.35 重调到 0.45，ablate 输出不等于父节点 39 的输出，但恰好隔离本节点机制（同强度对照 65.04 vs 64.33 = 机制净贡献 +0.71）。+## 方法（family T2EI-01，improve on node 41） -## PLAN 机制（NBHDGATE）的实现与证否+父节点 41 的 NBHDCOH 证明了：在 DETR_EXT 支持集修复上，**保持每基因移除数不变、只改选哪些细胞置零**（邻域相干选择）能同时改善 nbhd 与 variogram，三种子均值 +0.72。但那套相干选择只作用于**单侧独有类型**（DETR_EXT，~37% 输出细胞）；**共有类型 DETR 置零**（~63% 输出细胞、强度 1.5、更大的支持集修复）仍用节点 37 的**逐细胞随机键 u** 选择。 -按 PLAN 实现：输出坐标上 cKDTree 取 15-NN（含自身，与 neighborhood_mmd 同尺度），r_i = 邻域内同型同侧单侧细胞占比；r_i < θ 时该细胞置零预算缩为 round(r_i/θ × k_orig)，按超额概率 (p_cur−p_t) 降序保留（确定性排序，基因索引破平）。+本节点 **NBHDCOH_SHARED** 把与单侧完全相同的相干选择推广到共有类型 DETR： -先做了 PLAN 第 6 步的分布检查：1842 个单侧细胞 r_i 中位数 0.20、p90 0.47、仅 9.9% > 0.5、坐标无重复 → 门控有区分度，不触发跳过条件。+- 对每个共有类型的每个激活基因 g、每一侧（a/b），在该型的非零细胞中，按**15-NN 邻域内基因 g 的平均表达**（排除自身）排序，置零**最低的 k 个**。+- 邻域场 NS 在**置零前的输出云**上算一次：cKDTree 建在最终输出坐标 `coords[:n_out]`，query k=15（含自身），确定性 tie-break `(dist, index)`；`NS' = (k·NS − x_i)/(k−1)` 排除自身（`NBHDCOH_SELF=0`，沿用父默认）。+- 确定性选择键：`np.lexsort((nz, u[nz], NS'))[:k]`（主键 NS'，次键遗留随机键 u，三键 cell 局部索引），与单侧 NBHDCOH 逐字一致。+- **k（每基因移除数）完全不变**：仍由 DETR 的 `p_t = p_a^(1−t)·p_b^t`（geom 模式）、强度 s=1.5、公式 `k = round((p_t − p_cur)·n·s)` 决定。所以 marginal 检出率 / variogram 的目标不动，只把移除搬到**微环境本就缺该转录本**的位置，最小化对 neighborhood_mmd 所读的"邻域平均表达场"的扰动（空间自相关：相干移除像真实深度差异，孤立随机 dropout 才是 nbhd 惩罚的对象）。 -A 半 seed 0（同一次评分会话内可比；本会话锚点与 node 39 记录不同，父节点同文件重测 64.337，de_score 0.3448→0.3214，跨会话绝对值不可比）：+机理不是常数位移、也不是组成重加权：同一共有类型内、不同空间位置的细胞有不同的 15-NN 邻域表达谱，因此获得不同的置零决策；不改任何基因表达值、不改细胞总数、不改坐标，只改**哪些细胞的哪些基因被置零**。 -| 配置 | 榜分 | nbhd raw | variogram raw |-|---|---:|---:|---:|-| 父（s=0.35，无门控） | 64.34 | 0.05232 | 0.007513 |-| gate θ=0.15 | 64.33 | 0.05225 | 0.007573 |-| gate θ=0.25 | 64.29 | 0.05212 | 0.007731 |-| gate θ=0.35 | 64.25 | 0.05196 | 0.007915 |-| gate θ=0.35 + s=0.45 | 64.34 | 0.05279 | 0.007429 |-| cap K=median⁺=14 | 64.05 | 0.05137 | 0.008662 |+单输入阶段退路不变：`b is None` → 分层照抄，DETR/NBHDCOH_SHARED 自然不激活。 -结论：门控方向上 nbhd 确实单调改善（θ↑ → nbhd raw↓，支持"混合邻域中的置零更伤 nbhd"假设），但每 1e-4 nbhd raw 只值 ~0.047 分，而同等置零削减造成的 variogram 回退每 1e-4 值 ~0.125 分——**任何削减置零总量的门控都净负**。PLAN 的 cap 备选按原定义（全体单侧细胞移除数的中位数）退化：68% 单侧细胞零移除 → 中位数 0 → 全部置零被禁；改用正计数中位数 K=14 后削 62% 移除，同样净负（64.05）。NBHDGATE 判无效（6 配置、8 次查分，见上表 + gate035_st045/nogate_st045 归因对）。+## 关键参数（提交默认） -## 提交的备选机制：NBHDCOH（针对同一弱项 local_spatial）+- `T2_NBHDCOH_SHARED=1`（机制开）+- `T2_NBHDCOH_SHARED_K=15`（邻域尺度 = neighborhood_mmd 的 15-NN）+- `T2_NBHDCOH_SELF=0`（排除自身，沿用父）+- `T2_DETR_STRENGTH=1.5`（父强度，**不动**——纯位置改变，最干净的归因）+- `T2_DETR_EXT_STRENGTH=0.45`、单侧 `T2_NBHDCOH=1`（父节点 41 原样保留） -证据链：s=0.45 同强度下，门控把混合邻域置零换成同质邻域置零，nbhd 每移除伤害 9.3e-8 → 1.7e-7 之差说明**移除发生的位置**比**移除总量**更关键。于是保持 DETR_EXT 每基因移除数不变（变igram/边际检出修复全部保留），只改选哪些细胞：对基因 g，在其非零细胞中按 15-NN 邻域平均表达 NS（**排除自身**：NS'=(15·NS−x_i)/14，预移除输出云、cKDTree、确定性 lexsort 键 (NS', u, index)）取最低的 k 个置零。生物学依据：表达的空间自协/共环境协变是组织的一般性质（Moran 1950, doi:10.2307/2332142 —— 一般机制知识，不含任何保留阶段测量值；所有量均运行时从视图输入现场计算）。移除一个「微环境本就缺该转录本」的条目，对邻域平均表达场扰动最小——node 39 nbhd 代价的来源正是随机键在混合邻域制造的孤立置零噪声。+## 验证过什么 -强度补偿：无门控 s=0.45/0.55 会把 nbhd 打到 0.0537/0.0553（净负 64.33/64.19）；NBHDCOH 保护下 s=0.45 的 nbhd 仅 0.0493，同时 variogram 收益扩大 → 提交 s=0.45。+所有分数为 A 半、**同一评分会话**（父教训：本地锚点跨会话不可比），proxy 视图 `T2:embryo:val_interp`。 -A 半查分（同会话）：+**1) 关闭机制对照（--ablate mechanism / T2_NBHDCOH_SHARED=0）**：共有类型 DETR 回退随机键 u，单侧 NBHDCOH 保留。输出与父节点 41 **逐位一致**（seed 0 sha256 相同，`bae7f50e…`）——机制归因干净，ablate = 父。 -| 配置 | 榜分 | nbhd | variogram | mmd_u |-|---|---:|---:|---:|---:|-| coh self s=0.35 | 64.84 | 0.04880 | 0.00772 | 0.01035 |-| coh noself s=0.35 | 64.85 | 0.04882 | 0.00768 | 0.01034 |-| coh P=0.5 blend s=0.35 | 64.69 | 0.05017 | 0.00765 | 0.01040 |-| coh self s=0.45 | 65.02 | 0.04928 | 0.00717 | 0.01027 |-| **coh noself s=0.45（提交）** | **65.04** | 0.04929 | 0.00711 | 0.01028 |-| coh noself s=0.55 | 65.04 | 0.05022 | 0.00672 | 0.01043 |-| coh self s=0.55 | 65.05 | 0.05017 | 0.00675 | 0.01037 |-| 无 coh s=0.45（=ablate） | 64.33 | 0.05365 | 0.00704 | 0.01111 |-| 无 coh s=0.55 | 64.19 | 0.05531 | 0.00670 | 0.01139 |+**2) 同强度机制归因（coh − nocoh，matched strength，seed 0）**： -3 种子配对（A 半，final vs parent 同种子）：65.04/64.64/64.68 vs 64.34/63.89/63.97 → **+0.71/+0.75/+0.71，均值 +0.72 ≥ 0.3**；nbhd raw 0.0493–0.0500 vs 0.0521–0.0535，variogram 0.0070–0.0072 vs 0.0075–0.0076，两组首次同向改善（node 39 是 variogram↑ nbhd↓ 交换）。+| s | coh board | nocoh board | Δ机制 | coh nbhd | nocoh nbhd |+|---|---|---|---|---|---|+| 1.5 | 65.262 | 65.043 | **+0.218** | 0.04778 | 0.04929 |+| 1.75 | 65.165 | 64.940 | **+0.225** | 0.04825 | 0.04972 |+| 2.0 | 65.090 | 64.862 | **+0.228** | 0.04870 | 0.05023 | -## 机制生效证据（PLAN mechanism_evidence 对应项）+机制在**每个强度**都稳定值 ~+0.22 榜分，nbhd raw 每档降 ~1.5e-3。 -1. 改变的细胞：s=0.45 时每基因移除数与无 coh 逐位相同（rate_gap_after 一致），但 74% 的被选细胞与随机键不同（`nbhdcoh_sel_move_frac`≈0.74，stderr info）；同一类型两个细胞因邻域不同获得不同移除集合（非型级常数位移/全局重加权，见 PLAN vs_constant_shift）。-2. nbhd raw 0.05365→0.04929（s=0.45 同强度对照），variogram 保持 ≤0.00711：两项同时满足（优于 PLAN 快筛线的相对形式）。-3. 四组分（seed 0）：local_spatial 58.80→60.87（+2.07），cell_state 58.62→59.39（noself s=0.45，mmd_u 0.01111→0.01028），expression_change 62.15→62.16（持平），shape_scale 77.75 不变（坐标逐位不动，d2/occupancy/scale 三项 raw 相同）。-4. 移除数与 r_i 的相关在 gate 实验中为 +0.039（弱正）；NBHDCOH 不依赖 r_i，依赖 NS'（更直接的邻域场扰动度量）。+**3) 三种子配对差（提交配置 s=1.5/k=15，coh − parent）**： -## 验证过 / 未验证+| seed | coh | parent(ablate) | Δboard | coh nbhd | parent nbhd | Δnbhd |+|---|---|---|---|---|---|---|+| 0 | 65.262 | 65.043 | +0.218 | 0.04778 | 0.04929 | −1.51e-3 |+| 1 | 64.827 | 64.644 | +0.183 | 0.04843 | 0.04995 | −1.52e-3 |+| 2 | 64.857 | 64.681 | +0.176 | 0.04789 | 0.04944 | −1.55e-3 | -- 验证过：seed 0 双跑逐位一致；`--ablate` = 无 coh s=0.45 逐位一致；`T2_NBHDCOH_P=1.0` = 父管线逐位一致；θ=0 gate = 父逐位一致；vec-check 全部通过；运行时 ~2s / <1GB（限 28GB/30min）；单输入阶段退路（b is None → 分层照抄，机制自然不激活）；两阶段重构（先收集后写回）对父输出逐位中性。-- 未验证：B 半与伪装视图（harness 执行）；final 真实括号上单侧类型占比若低于本视图 37%，机制收益同比缩小（s=0.45 的选择基于本视图剂量-响应，真实括号未测）；nbhd 的评分器抽样噪声（同会话内查分是确定性的，跨会话锚点不同）。-- 查分使用：20/20。+三种子 board 差全正（+0.18~+0.22），nbhd raw **每种降 1.5e-3**（远超 1e-4 判无效门槛）。++**4) 四组分分解（seed 0，coh vs parent）**：local_spatial 改善（nbhd 0.04929→0.04778，skill 0.609→0.616，+0.19 分，本机制主目标）；cell_state 微动（mmd_u 0.01028→0.01016 +0.03、variogram 0.007107→0.007124 −0.01，因共有 DETR 移除数不变，per-gene 检出率不变，variogram 读的是 on/off 结构 → 基本不动，符合预期）；expression_change 不变（de_score raw 逐位相同 0.3214）；shape_scale **逐位不变**（d2_shape 0.0047、occupancy_dice 0.8066、scale_log_ratio 0.0162 三项 raw 完全相同，坐标未动）。++**5) 机制生效证据**：共有类型中被 NBHDCOH_SHARED 改变置零决策的细胞比例 = **13.8%**（2888 个 gene×side 调用，18600 次移除）。低的原因：**70.5%** 的共有 DETR 基因调用是**全移除**（k == nz.size，无重排自由）；在有自由的基因上 move_frac = **46.7%**（实质重排）。NS' 区分度良好：中位 0.398、IQR 1.377、零占比 0.74% —— PLAN risk #2（邻域同质、NS' 区分度不足）**未发生**。++**6) 确定性**：同 seed 重跑逐位一致（sha256 相同）。**vec-check ok**。**运行时**：seed 0 约 3–4s（+cKDTree 15-NN 约 0.5s），内存 <1GB，远在 limits 内。**k 敏感性**：k=10/15/20 board 65.262/65.262/65.270、nbhd 0.0479/0.04778/0.04775，全在噪声内；保留 k=15（对齐 neighborhood_mmd 尺度，最有原则）。++## 没验证 / 已知弱点++- **增益幅度 +0.19（3 种子均值）远小于父节点 41 的 +0.72**，也小于 T2 ~1 分噪声；但配对差三种子全正、机制归因（matched-strength coh−nocoh ~+0.22）稳定、nbhd raw 每种一致降 1.5e-3，方向可信（沿用父节点的归因逻辑：信配对差与 matched-strength 对照，非信单一 board）。增益小是 PLAN risk #1 预判的：共有 DETR 的 nbhd 影响本就接近平，70% 基因全移除锁死了大部分重排自由。+- **未降 s 到 <1.5**：s=1.25 board 65.290（略高但噪声内），且降 s = 减少移除总量，正是节点 41 明确证否的方向（预算削减 variogram 损失 ~3× nbhd 收益，1:3 兑换率）；s=1.25 的 variogram 已劣化到 0.007226（vs 父 0.007107）。**未升 s 到 2.0**（PLAN step 5）：board 65.090 < 65.262，更差。故 s 保持父的 1.5。+- **未在 B 半 / 官方尺子验证**（无权限）；A 半增益是否兑现到官方分未知，但配对一致性是父节点采用的同类证据。+- **未做值通道改动**（node 17/19/37/39 教训：值通道一律伤 nbhd/mmd），本机制只动支持集（哪些细胞哪些基因置零）。+- 视图无关：机制只依赖坐标、表达、类型标签、相对时间差，不读视图路径 / 绝对时间 / manifest 排版；伪装视图平移时间不影响。  ## 知识来源 -- 表达的空间自协变/邻域共变是组织一般性质：Moran (1950) Biometrika 37:17–23, doi:10.2307/2332142（空间自相关度量的一般定义；仅用概念，不用任何数值）。-- neighborhood_mmd 的 15-NN 尺度：任务书评分简报（公开规则），机制与度量尺度对齐是设计选择，不读取评分器。-- 未使用任何保留阶段/保留基因型的测量值；全部统计量（检出率、漂移比、邻域均值、类型集合）运行时从视图 manifest 输入现场计算。+方法为纯算法（空间自相关 / 邻域相干 dropout 选择），不引入任何保留阶段或保留基因型的测量值、细胞类型清单、比例、表达量或形态尺寸。检出率插值目标 `p_t = p_a^(1−t)·p_b^t` 由程序从**输入括号阶段**（view 内 E6.75/E8.0，均非 T2 全胚禁窗 (7.25,8.0) 内的保留阶段）现场计算；邻域场由程序从输出坐标与表达现场计算。无外部数据集、无 prior 资源、无文献数值。（沿用父节点 41 的合规基线。）diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex c0786dc..e2e2214 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,18 +1,20 @@-# mix + 表达收敛管线 + DETR / DETR_EXT 检出率几何插值（T2:embryo:val_interp）+# mix + 表达收敛管线 + DETR / DETR_EXT 检出率几何插值 + 邻域相干置零（T2:embryo:val_interp） -父节点 37 管线原样保留（mix 混抽 + α=5 类型级收敛位移 + 软阈值基因权重 + 相关扩散+父节点 41 管线原样保留（mix 混抽 + α=5 类型级收敛位移 + 软阈值基因权重 + 相关扩散 η=1/asym=0.85 + λ=6 投影加权 + β=0.2 型内配对收缩 + aniso 坐标整形 damp=1.25 + DETR-共有类型检出率 OFF 校正 s=1.5；RESID/EIGPROJ/ITERDIFF/VARISO/TYPE_ANISO/PBPROJ/-TSHIFT/SPATRESID/AMPSHRINK 默认关闭）。+共有类型检出率 OFF 校正 s=1.5 + DETR_EXT 单侧类型 OFF 校正 s=0.45 + 单侧 NBHDCOH+邻域相干置零；RESID/EIGPROJ/ITERDIFF/VARISO/TYPE_ANISO/PBPROJ/TSHIFT/SPATRESID/+AMPSHRINK/NBHDGATE 默认关闭）。 -本节点（39）提交机制 DETR_EXT：DETR 只覆盖共有类型，37% 输出细胞（单侧独有类型）的-检出支持集仍冻结在源阶段。DETR_EXT 用共有类型细胞测得的逐基因检出漂移-(pa_sh/pb_sh) 作缺失侧代理，对这些细胞做同一几何插值目标的 OFF-only 置零-（T2_DETR_EXT_MODE=shared，T2_DETR_EXT_STRENGTH=0.35，逐细胞确定性键）。-A 半 seed 0：63.17 → 64.34；seeds 0/1/2 均值 64.07；variogram 0.01046→0.00751，-de_score 0.286→0.321，nbhd 0.0508→0.0523（代价 −0.7 分，已计入净收益）。---ablate（或 T2_DETR_EXT=0）逐位还原父节点 37（sha256 已验证）。--PLAN 机制 AMPSHRINK（nnz 幅度几何收缩）已实现并证否：3 解码 × 7 配置全部劣于父节点-（57.88–63.04），值通道乘性缩放单调伤害 mmd_u/nbhd/de。默认 T2_AMPSHRINK_ON=0。+本节点（43）提交机制 NBHDCOH_SHARED：把节点 41 的邻域相干 OFF 选择从单侧类型推广到+共有类型 DETR——对每基因每侧，在该型非零细胞中按 15-NN 邻域该基因平均表达（排除+自身，cKDTree 建于最终输出坐标，确定性 lexsort (NS', u, index)）取最低的 k 个置零；+k（每基因移除数）由 DETR 公式与 s=1.5 决定、完全不变。移除搬到微环境本就缺该转录本+的位置，最小化对 neighborhood_mmd 所读邻域平均场的扰动。+A 半同会话：机制在 matched strength 下稳定 +0.22（s=1.5/1.75/2.0）；提交配置+s=1.5/k=15 三种子配对差 +0.218/+0.183/+0.176，nbhd raw 每种降 1.5e-3+（0.0493→0.0478 / 0.0500→0.0484 / 0.0494→0.0479）；shape_scale 与 de_score 逐位不变。+共有类型置零决策改变率 13.8%（70.5% 基因调用为全移除、无选择自由；有自由的基因上+move_frac 46.7%）。--ablate mechanism（或 T2_NBHDCOH_SHARED=0）逐位还原父节点 41+（sha256 已验证）。s=2.0 更差（65.09）、s=1.25 落入已证否的预算削减方向，均不取。 详见 METHOD.md。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex c26db10..f8d3bca 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -8,7 +8,24 @@ exp(log r_a + SCALE_DAMP·t·Δlog r), and draws cells stratified by type: round(t·n) from the later stage, the rest from the earlier one. Coordinates travel with the cells. n is log-linear in t, clipped to the board range. -This node (41, NBHDCOH, family T2EI-01): the PLAN mechanism (NBHDGATE: shrink+This node (43, NBHDCOH_SHARED, family T2EI-01): node 41's NBHDCOH proved that+at matched per-gene removal counts, neighborhood-coherent OFF selection+improves nbhd AND variogram together — but only applied it to DETR_EXT+(one-side-only types, ~37% of output cells). The shared-type DETR zeroing+(~63% of cells, strength 1.5, the larger support repair) still selected on the+legacy per-cell random key u. NBHDCOH_SHARED extends the identical coherent+selection to shared DETR: for each gene and side, rank the type's nonzero+cells by their 15-NN neighborhood-average expression of that gene on the+PRE-removal output cloud (self excluded, cKDTree on the final output+coordinates, deterministic lexsort (NS', u, index)) and zero the k lowest, k+unchanged. Removals move to microenvironments that already lack the+transcript, minimizing the perturbation of the neighborhood-average field that+neighborhood_mmd reads, while the variogram/marginal-detection targets stay+intact. --ablate mechanism (or T2_NBHDCOH_SHARED=0) keeps the one-side NBHDCOH+and reverts shared DETR to the random key, reproducing parent node 41+bit-for-bit. See METHOD.md.++Parent node (41, NBHDCOH, family T2EI-01): the PLAN mechanism (NBHDGATE: shrink each one-side cell's DETR_EXT removal budget by its 15-NN same-type same-side fraction r_i when r_i < theta) was implemented and FALSIFIED — the r_i distribution has good discrimination (median 0.20, only 10% > 0.5) and gating@@ -422,6 +439,30 @@ NBHDCOH_P = float(os.environ.get("T2_NBHDCOH_P", "0.0")) # high-expression cell in a gene-off neighborhood stays selectable. A-half # seed 0: noself 65.043 vs self 65.022 at s=0.45 (default: noself). NBHDCOH_SELF = os.environ.get("T2_NBHDCOH_SELF", "0") == "1"+# NBHDCOH_SHARED (mechanism of this node 43, family T2EI-01): node 41 proved+# that at MATCHED per-gene removal counts, choosing WHICH cells are zeroed by+# 15-NN neighborhood coherence improves nbhd AND variogram simultaneously+# (+0.71 attributed at s=0.45 on one-side types). But that selection was only+# applied to DETR_EXT (one-side-only types, ~37% of output cells); the+# shared-type DETR zeroing (~63% of cells, the larger support-channel repair,+# strength 1.5) still selects on the legacy per-cell random key u (node 37).+# NBHDCOH_SHARED extends the identical coherent selection to shared DETR:+# for each gene g and side, among the type's nonzero cells rank by the 15-NN+# neighborhood-average expression of g on the PRE-removal output cloud (self+# excluded, NS'=(k·NS−x_i)/(k−1), cKDTree on the final output coordinates,+# deterministic lexsort key (NS', u, index)) and zero the k lowest — k+# unchanged (DETR p_t = p_a^(1−t)·p_b^t formula, strength untouched), so the+# variogram/marginal-detection targets are preserved while the removals move+# to microenvironments that already lack the transcript, minimizing the+# perturbation of the neighborhood-average expression field that+# neighborhood_mmd reads. Same rationale as node 41 (spatial autocorrelation+# of expression: coherent removals look like real depth variation, isolated+# random dropout is what nbhd penalizes).+# T2_NBHDCOH_SHARED=0 (or --ablate mechanism) disables and reproduces parent+# node 41 bit-for-bit (one-side NBHDCOH stays on; shared DETR returns to the+# random key u). NBHDCOH_SELF is shared for the self-exclusion choice.+NBHDCOH_SHARED = os.environ.get("T2_NBHDCOH_SHARED", "1") == "1"+NBHDCOH_SHARED_K = int(os.environ.get("T2_NBHDCOH_SHARED_K", "15")) # AMPSHRINK (mechanism of this node 39, family T2EI-01): DETR repaired the # zero/nonzero SUPPORT channel; the nnz AMPLITUDE channel is still frozen at # the source stage (a-side cells keep the E_a nnz-value distribution, b-side@@ -1564,6 +1605,43 @@ def mix_converge(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, view: s         rng_d = np.random.default_rng(int(params.get("seed", 0)) + 777001)         pb_before_d = np.vstack([xa, xb]).mean(axis=0).astype(np.float64)         gaps_before, gaps_after, n_genes_l, n_on_l, n_off_l = [], [], 0, 0, 0+        # NBHDCOH_SHARED (this node 43): neighborhood-average expression field+        # of the PRE-removal output cloud at the neighborhood_mmd scale+        # (15-NN incl self, cKDTree on the final output coordinates,+        # deterministic tie-break (dist, index)) — identical construction to+        # the one-side NBHDCOH field in the DETR_EXT block below, but computed+        # before the shared-type zeroing (the parent computed shared DETR on+        # the legacy random key u).+        coh_d = {"detr_coh_shared_enable": bool(NBHDCOH_SHARED),+                 "detr_coh_shared_k": NBHDCOH_SHARED_K,+                 "detr_coh_shared_n_genes": 0, "detr_coh_shared_n_off": 0,+                 "detr_coh_shared_move_frac": None, "detr_coh_shared_ns_zero_frac": None,+                 "detr_coh_shared_ns_med": None, "detr_coh_shared_ns_iqr": None}+        NS_d = None+        kk_d = 0+        move_fr_d, nsz_fr_d, ns_all_d = [], [], []+        if NBHDCOH_SHARED and shared_d:+            n_out_d = int(ia.size + ib.size)+            kk_d = int(min(NBHDCOH_SHARED_K, n_out_d))+            if kk_d >= 2:+                coord_d = np.asarray(coords[:n_out_d], dtype=np.float64)+                from scipy.spatial import cKDTree+                from scipy import sparse as sps+                tree_d = cKDTree(coord_d)+                dist_d, nbr_d = tree_d.query(coord_d, k=kk_d)+                if nbr_d.ndim == 1:+                    nbr_d = nbr_d[None, :]+                    dist_d = dist_d[None, :]+                nbr_d = np.ascontiguousarray(nbr_d, dtype=np.int64)+                order_d = np.lexsort((nbr_d, dist_d), axis=1)+                nbr_d = np.take_along_axis(nbr_d, order_d, axis=1)+                del tree_d, dist_d, order_d+                rows_d = np.repeat(np.arange(n_out_d, dtype=np.int32), kk_d)+                W_d = sps.csr_matrix((np.full(rows_d.size, 1.0 / kk_d, dtype=np.float32),+                                      (rows_d, nbr_d.ravel())), shape=(n_out_d, n_out_d))+                Xfull_d = np.vstack([xa, xb]).astype(np.float32)+                NS_d = np.asarray(W_d @ Xfull_d, dtype=np.float32)+                del W_d, Xfull_d, rows_d, nbr_d         for lab in shared_d:             ma = la_o == lab             mb = lb_o == lab@@ -1590,7 +1668,11 @@ def mix_converge(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, view: s             Bnew = B.copy()             idx_act = np.where(act)[0] -            def _flip(col, u, dpr, n):+            # global output-cloud row indices of this type's a/b-side cells+            gidx_a = np.where(ma)[0]+            gidx_b = np.where(mb)[0] + int(ia.size)++            def _flip(col, u, dpr, n, g=None, gidx=None):                 """Flip zeros->low value (dpr>=1) or nnz->0 (dpr<=-1) on one side/gene."""                 if not np.isfinite(dpr):                     return@@ -1610,7 +1692,27 @@ def mix_converge(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, view: s                     nz = np.where(col > 0)[0]                     k = min(int(round(-dpr)), nz.size)                     if k > 0:-                        if DETR_KEY == "gene":+                        coh = (NS_d is not None and kk_d >= 2 and DETR_KEY != "gene"+                               and g is not None and nz.size >= k)+                        if coh:+                            # NBHDCOH_SHARED: rank nonzero cells by their+                            # neighborhood-average expression of gene g (self+                            # excluded unless NBHDCOH_SELF), zero the k lowest+                            # — same deterministic lexsort (NS', u, index) and+                            # same removal COUNT k as the legacy random-key+                            # selection (variogram target untouched).+                            ns_g = NS_d[gidx[nz], int(g)].astype(np.float64)+                            if not NBHDCOH_SELF:+                                ns_g = (ns_g * kk_d - col[nz].astype(np.float64)) / (kk_d - 1.0)+                            ord_ = np.lexsort((nz, u[nz], ns_g))[:k]+                            sel = nz[ord_]+                            leg = nz[np.argsort(u[nz], kind="stable")[:k]]+                            move_fr_d.append(float(np.setdiff1d(sel, leg).size) / k)+                            nsz_fr_d.append(float((ns_g <= 0.0).mean()))+                            ns_all_d.append(ns_g)+                            coh_d["detr_coh_shared_n_genes"] += 1+                            coh_d["detr_coh_shared_n_off"] += k+                        elif DETR_KEY == "gene":                             sel = nz[rng_d.permutation(nz.size)[:k]]                         else:                             sel = nz[np.argsort(u[nz], kind="stable")[:k]]@@ -1618,8 +1720,10 @@ def mix_converge(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, view: s                         det_info["detr_n_off"] += k              for g in idx_act:-                _flip(Anew[:, g], ua, (p_t[g] - pa_cur[g]) * na * DETR_STRENGTH, na)-                _flip(Bnew[:, g], ub, (p_t[g] - pb_cur[g]) * nb * DETR_STRENGTH, nb)+                _flip(Anew[:, g], ua, (p_t[g] - pa_cur[g]) * na * DETR_STRENGTH, na,+                      g=int(g), gidx=gidx_a)+                _flip(Bnew[:, g], ub, (p_t[g] - pb_cur[g]) * nb * DETR_STRENGTH, nb,+                      g=int(g), gidx=gidx_b)             xa[ma] = Anew             xb[mb] = Bnew             pa_post = (Anew > 0).mean(axis=0)@@ -1631,6 +1735,16 @@ def mix_converge(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, alpha: float, view: s                                                            pb_post[m_act] - p_t[m_act]])).mean()))             n_genes_l += int(act.sum())             det_info["detr_n_types"] += 1+        if move_fr_d:+            coh_d["detr_coh_shared_move_frac"] = float(np.mean(move_fr_d))+        if nsz_fr_d:+            coh_d["detr_coh_shared_ns_zero_frac"] = float(np.mean(nsz_fr_d))+        if ns_all_d:+            ns_cat = np.concatenate(ns_all_d)+            coh_d["detr_coh_shared_ns_med"] = float(np.median(ns_cat))+            coh_d["detr_coh_shared_ns_iqr"] = float(+                np.subtract(*np.percentile(ns_cat, [75, 25])))+        det_info.update(coh_d)         if n_genes_l:             det_info["detr_n_genes"] = n_genes_l             det_info["detr_rate_gap_before"] = float(np.mean(gaps_before))@@ -2101,13 +2215,14 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     parser.add_argument("--ablate", default=None,                         help="mechanism-off control: 'mechanism' (or any name) disables this "-                             "node's mechanisms (NBHDCOH neighborhood-coherent OFF selection; "-                             "NBHDGATE spatial gating), reproducing parent node 39 bit-for-bit")+                             "node's mechanism (NBHDCOH_SHARED neighborhood-coherent OFF "+                             "selection for the shared-type DETR), keeping the one-side NBHDCOH "+                             "of parent node 41 — reproduces parent node 41 bit-for-bit")     args = parser.parse_args()     global RESID_GAMMA, SPATRESID_THETA, DETR_FLIP_ON, AMPS_ENABLE, DETR_EXT, NBHDGATE, NBHDCOH+    global NBHDCOH_SHARED     if args.ablate:-        NBHDGATE = False-        NBHDCOH = False+        NBHDCOH_SHARED = False     proj_asym = None     eigproj_k = 0 if args.ablate else None @@ -2196,6 +2311,10 @@ def main() -> None:                                            "nbhdcoh_enable", "nbhdcoh_p", "nbhdcoh_n_genes_coh",                                            "nbhdcoh_n_genes_leg", "nbhdcoh_ns_zero_frac",                                            "nbhdcoh_sel_move_frac",+                                           "detr_coh_shared_enable", "detr_coh_shared_k",+                                           "detr_coh_shared_n_genes", "detr_coh_shared_n_off",+                                           "detr_coh_shared_move_frac", "detr_coh_shared_ns_zero_frac",+                                           "detr_coh_shared_ns_med", "detr_coh_shared_ns_iqr",                                            "ampshrink_enable", "ampshrink_strength", "ampshrink_tau", "ampshrink_decode",                                            "ampshrink_n_types", "ampshrink_n_pairs", "ampshrink_n_shrunk",                                            "ampshrink_frac_shrunk", "ampshrink_f_mean", "ampshrink_f_min",

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

All verified. Done.

**做了什么**：实现 PLAN 机制 NBHDCOH-SHARED——把节点 41 的邻域相干置零选择从单侧类型（DETR_EXT）推广到共有类型 DETR（~63% 输出细胞）：每基因移除数不变（s=1.5），只把选细胞从随机键 u 改为「15-NN 邻域该基因平均表达（排除自身）最低的 k 个」，cKDTree 建于最终输出坐标，确定性 lexsort (NS', u, index)，与单侧实现逐字一致。`--ablate mechanism` 逐位还原父节点（sha256 验证）。

**查分结果**（14/20 次，同会话 A 半）：机制归因稳定——matched-strength coh−nocoh = +0.218/+0.225/+0.228（s=1.5/1.75/2.0）；提交配置 s=1.5/k=15 三种子配对差 +0.218/+0.183/+0.176，nbhd raw 每种一致降 1.5e-3（0.0493→0.0478 等），shape_scale 与 de_score 逐位不变。s=2.0（PLAN step 5）更差，s=1.25 落入已证否的预算削减方向，k=10/20 与 k=15 噪声内。move_frac 仅 13.8%（70.5% 共有 DETR 基因调用是全移除、无选择自由；有自由基因上 46.7%），故增益小于父节点的 +0.72，但方向全种子一致。

**下一步最值得试**：① occupancy_dice 是唯一低于地板的项（skill 0.42、差地板 0.66 分），先做只读诊断（三轴 RMS 比 + 16³ 占据谱对比参考云），但注意 node 21/22 坐标整形已两次证否，风险高；② 共有 DETR 的全移除基因占 70%，其列完全清零对 nbhd 是纯伤害源——可试「全移除基因保留最低 NS' 的少量细胞」是否与 variogram 兑换率为正（父教训 1:3 兑换率提示可能为负，需 matched 对照）；③ 在 coh 保护下重扫单侧 DETR_EXT s（0.45→0.55），父节点提示 A 半平顶、需 B 半确认。

调研员

ation": "节点 41 的 NBHDCOH 在单侧类型上证明邻域相干选择同时改善 nbhd（0.04996→0.04755）和 variogram（0.007408→0.007044），三种子均值 +0.72。但共有类型的 DETR 置零仍用随机键 u（节点 37 原始设计）。neighborhood_mmd 是权重最大的单项（25 分 + 门住形状组 25 分），当前 skill 0.621、得分 15.52/25，剩余空间 9.48 分，是所有指标中最大的。ANALYSIS 第一条建议即此推广。共有类型占输出 63%（单侧 37%），覆盖更大群体预期收益与单侧同量级或更大。",
  "approach": "步骤：(1) 在共有类型 DETR 置零中，将随机键 u 选择替换为 NBHDCOH 选择：对基因 g，在共有类型细胞中按 15-NN 邻域平均表达（排除自身，NS'=(15·NS−x_i)/14）排序，取最低的 k 个置零。cKDTree 建在最终输出坐标上，确定性 lexsort 键 (NS'_shared, u, index)，与单侧类型 NBHDCOH 完全相同的实现。(2) 保持每基因移除数不变（由 DETR 的 p_t=p_a^(1−t)·p_b^t 和强度 s=1.5 决定）。(3) 单侧类型 DETR_EXT NBHDCOH 保持不变（s=0.45）。(4) 先在 s=1.5（与父相同）验证机制效果，隔离机制贡献。(5) 若机制有效（nbhd raw 下降 ≥5e-5），再试 s=2.0（NBHDCOH 保护下可能允许更高强度，类似单侧从 0.35→0.45）。(6) 用 vec-score 快筛：nbhd raw ≤0.04700 且 variogram raw ≤0.007044 为通过线；若 nbhd 改善 <1e-4 则机制无效，回退父输出。单输入阶段退路：b is None → 分层照抄，DETR/NBHDCOH 自然不激活（与父相同）。",
  "expected_groups": ["local_spatial", "cell_state"],
  "risks": "1) 共有类型 DETR 的 nbhd 影响本就接近平（节点 37：0.04779→0.04775），NBHDCOH 的改善幅度可能小于单侧类型。Engineer 应在第一次查分后比较 nbhd raw 变化，若 <1e-4 则机制收益不足，不要继续调参。2) 共有类型细胞密度可能高于单侧，15-NN 邻域更同质，NS' 区分度可能不足——先输出 NS' 的 IQR 和中位数检查分布。3) s=2.0 可能在 NBHDCOH 保护下仍伤 variogram（移除总量增加），需同会话内对照确认。4) 运行时增加约 1s（共有类型 15-NN 计算），总计应 <5s，远在限制内。",
  "family_id": "T2EI-01",
  "mechanism": "将共有类型 DETR 置零的细胞选择从随机键改为 15-NN 邻域相干选择：对每个基因，在共有类型的非零细胞中按邻域平均表达（排除自身）排序，置零邻域表达最低的 k 个（k 由 DETR 公式决定不变），使置零发生在微环境本就缺该转录本的位置，最小化对邻域平均表达场的扰动。",
  "vs_constant_shift": "不是常数位移：同一共有类型内，不同空间位置的细胞具有不同的 15-NN 邻域表达谱，因此获得不同的置零决策。选择取决于局部空间表达场（NS'），而非类型级或基因级常数。两个同型细胞因邻域不同会被不同地处理。与全局组成重加权不同：不改变任何基因的表达值或细胞总数，只改变哪些细胞的特定基因被置零。",
  "mechanism_evidence": "1) 共有类型中被 NBHDCOH 改变置零决策的细胞比例（预期 ~60-75%，类似单侧的 74%）；2) nbhd raw 从 0.04755 下降（目标 ≤0.04700）；3) variogram raw 保持 ≤0.007044（移除数不变）；4) 四组分分解：local_spatial 改善、shape_scale 逐位不变（坐标未动）；5) 三种子配对差一致（≥+0.3）。",
  "mechanism_off_control": "--ablate mechanism 或 T2_NBHDCOH_SHARED=0：共有类型 DETR 回退到随机键 u 选择，单侧类型 NBHDCOH 保留不变。预期输出与父节点 41 逐位一致（父节点共有类型本就用随机键），sha256 可验证。若机制生效，ablate 版榜分应低于提交版 ≥0.3 分，差异主要来自 nbhd raw。"
}
```

审查员

REVIEW.json written