单 Agent 运行

T3:gata4 — 终选说明（run 20261003-155754-t3-gata4-komix-c）

本 run 只做头部 boards 里的 T3:gata4。

选定的提交

输出含训练敲除样本（Mab21l2 KO E9.5，官方训练数据）的真实细胞，占 ko_fraction = 0.24997（1862 / 7449）； 这些细胞保留自己的表达与自己的 spatial_3D。同一份信息写在文件的 uns["t3_komix"] （n、n_wt、n_ko、ko_fraction、params、disclosure）。

为什么选它

1. 本 run 的任务就是测这个点。 komix 有三个 run 变体，只在起点 (beta, k) 上不同；本 run 是变体 c (0.70, 0.75)（组成压得更少、WT 更多、变化更小）。主线参数按任务书原样使用，run 内没有改动， 以免污染跨 run 的 beta/k 比较。
2. T3 没有可用的本地目标尺子，所以按机制选。 lgo（参考 = 训练样本同阶段 WT）已知与官网完全反序； lgo875 只有三个点、且与打分服务视图机制相同，不是独立证据。方法卡明确要求：不用本地尺子分选择。 终选依据是"机制上站得住 + 通过非零比例检查"。
3. 机制上，混合真实敲除细胞提供方向，k 提供幅度。 官网五项里三项响应指标只看 dp 相对匹配 WT 的 排序与符号，severity_slope 是唯一看幅度的项且双向扣分。komix 的 dp 全部来自真实细胞的拼接， 零结构原样保留（因此 variogram 不会被稠密化破坏）。只用训练数据做的诊断（out/logs/komix_diag.txt）：
   • cos(dp, WT E8.75→E9.5 发育轴) = 0.824，dp ≈ 0.19 × dev：变化以"发育前进"为主，幅度约为 一个完整 E8.75→E9.5 位移的 1/5（与 ko_fraction = 0.25 一致）。
   • |dp| ≥ 0.25（真值响应基因的幅度门槛）的基因有 21 个，std(dp) = 0.103， 远高于"无变化保护"阈值（1% × std(dt)），不会触发 DE 两项记 0 的保护。
   • dp 的前 15 上调基因是 Meg3 H19 Myl7 Ttn Col3a1 Col1a1 Tnc Ankrd1 Hand2 Myl4 …， 前 15 下调是 Cadm1 Gja1 Crabp1 Ezr Irx5 Smoc1 …：即心脏成熟/ ECM 上、神经与早期模式基因下， 与"沿 E8.75 → 更晚阶段方向走"一致。

已评估但否决的变体

• --zero-gene Gata4（v1 self_zero 部件）。 诊断显示主线输出里 Gata4 的 dp = +0.092 （敲除池来自 E9.5，其 Gata4 比 E8.75 高，pb_wt = 0.918、pb_pred = 1.010）， 对功能丧失敲除而言这个符号可疑。但按五项指标的公式估算，置零只动 500 个基因里的 1 个： de_score 约 +1 次命中（≈ +0.2 分）、de_direction 秩相关约 +0.01（≈ +0.14 分）、 severity_slope 的双向扣分使幅度项符号不定，合计落在 ±0.5 分的噪声内； 同时它会破坏本 run 与另两个 run"只差 beta/k"的设计。因此保持主线默认（关）。 对照文件已生成并通过格式与非零比例检查（out/komix_b070_k075_s0_zeroGata4.h5ad， density_ratio 0.965），未进 final/。
• beta/k 邻域搜索。 任务书与方法卡都禁止 run 内用本地尺子选；没有其他可检验的依据。未做。
• 全局位移迁移、逐基因编辑（文献/共表达/调控网络）、任何稠密化。 方法卡"禁做"清单，未使用。
• 载体换成 WT E9.5 或混合两个 WT 阶段。 本榜的参考是 E8.75 的匹配 WT，换载体会额外注入与敲除无关的 发育位移。未做。

替代评测记录（只记录，不是选择依据）

final/proxy/T3__gata4.h5ad = 同一组参数（beta=0.70 k=0.75 seed=0 max_cells=7449）加 --ko-exclude-half B： 本地尺子的真值是训练敲除样本 split_half(seed=0) 的第二半，不排除就等于把真值细胞交上去，分数没有意义。 该文件同样是 7449 个细胞（5587 WT + 1862 敲除，敲除细胞全部来自第一半），density_ratio 0.966， verify_submission.py 通过。提交文件不加这个参数。

lgo875（out/logs/lgo875_record.log，anchors 在 out/anchors_lgo875/T3_lgo875.json， floor 50.00 / ceiling 100.00）：proxy_skill 85.20，分组 response_genes 0.929 / direction 0.957 / magnitude 0.828 / cell_state 0.636；指标 de_score 0.9032、de_direction 0.9529、 severity_slope −1.4320（即 dp ≈ 0.24 × dt）、mmd_u 0.0278、variogram 0.0308。 这把尺子的真值 = Mab21l2 KO E9.5 的第二半、参考 = WT E8.75，所以它的 dt 里含完整的 E8.75→E9.5 发育位移，它奖励的正是"沿发育方向前进"；本榜的 dt 是同阶段的敲除效应，两者不是一回事。 按方法卡：只有三个点、与打分服务视图机制相同，不是独立证据，不作为选择依据。

proxy_score T3:gata4 63.98

合规

• 只读 data/raw/official/t3/{WT_E8.75,WT_E9.5,E9.5_mab21l2_ko}.h5ad 与 data/reference/panels/；未修改它们。
• 未使用任何保留基因型的数据或由其导出的信息（Gata4 敲除、β-catenin 敲除、任何等位基因或表型相似的扰动）， 也未使用任何禁用时间窗内的外部数据。
• 输出里的 obs["celltype"] 是 komix 程序的规范输出（方法卡 v2：类型同义词表用于分组抽样与输出标签）。 T3 的排名指标不使用细胞类型标签，obs_required 为空，verify_submission.py 通过。
• 文件大小 3.5 MB（< 1200 MB），无 NaN。

外部数据披露

无。