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节点 n6
mix+组成阻尼κ=0.5 不变;晚端细胞改为类型内径向等频分层抽样(占位+),scale_damp 0.5→0.455 使输出 RMS 对准参考(形状+)。
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1 |
|---|---|
| 父节点 | n5 |
| 子节点 | n8 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 61.15(+0.5) · proxy 61.15(+0.5) · 3 次复测均分 60.64 |
| 审查 | 通过 1 越界读取:未发现问题——run.py 仅通过 load_manifest/read_stage/panel_genes 读取 --data 视图内文件(run.py:188-199),无绝对路径、'..'、/mnt、/home、data/raw、打分器路径或联网操作;导入的 src.task2_spatial 为任务框架库而非 src/common/evaluation。; 2 硬编码目标统计量:未发现问题——代码中的常数仅为插值模型标量超参(KAPPA=0.5、DAMP=0.455、ALPHA=0,run.py:52-54),无写死的细胞类型比例、表达值、细胞数或基因表;细胞数、类型配… |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 16 分 |
| 程序版本 | 59873a0a56968bcac8a4444ee2460d334c3c5461 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 59873a0a56:solution/METHOD.md
mix+组成阻尼κ=0.5 不变;晚端细胞改为类型内径向等频分层抽样(占位+),scale_damp 0.5→0.455 使输出 RMS 对准参考(形状+)。
方法
基础 = 父节点(node 5):括号 a<b procrustes3d 对齐、缩放到 log 线性 RMS、按 t_comp=κ·t(κ=0.5)类型分层混抽 4000a+1000b、表达和坐标一起走、jitter、重缩放到目标 RMS。本节点在抽样与尺度两处改动(均为环境变量开关,可关):
- T2EI_SPATIAL_STRAT / T2EI_SPATIAL_MODE(默认开、radial):晚端 b 细胞的类型配额与父节点完全相同(allocation 逻辑逐位一致,类型组成不变),仅类型内选择改为——按细胞到云质心的径向距离做 k 个等频 bin(k=该类型配额;k<4 退化为随机),每 bin 随机取 1 个。使保留的 1000 个 b 细胞均匀覆盖径向范围,弥补 κ 阻尼造成的 occupancy 损失。
- T2EI_DAMP=0.455(原 0.5):代理上 scale_log_ratio 随 damp 单调(0.4→−0.023、0.5→+0.0162、0.65→+0.075),说明 shape_scale 组在此区间几乎只由 RMS 失配驱动(d2_shape、occupancy_dice 不随 damp 变)。取使 |scale_log_ratio|≈0 的 0.455(实测 −0.0014,参考 RMS≈146.7,父节点输出 149.2 偏大 1.6%)。
- T2EI_ALPHA(父节点的型均值位移)保持 0(已证伪);κ 保持 0.5(父节点扫描的单峰)。
机制对照(vec-score,proxy E6.75+E8.0→E7.25,A 半;父节点复现 59.88)
| 配置 | 榜分 | 表达 | 状态 | 形状 | 邻域 | occupancy | scale_log_ratio |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 关闭(=父节点,逐位一致) | 59.88 | 60.2 | 52.6 | 68.5 | 58.3 | 0.8019 | +0.0162 |
| PCA1 分层(PLAN 原方案), damp 0.5 | 59.87 | 59.4 | 53.0 | 68.5 | 58.5 | 0.7981 | +0.0162 |
| radial 分层, damp 0.5 | 59.94 | 59.9 | 52.8 | 69.0 | 58.0 | 0.8065 | +0.0162 |
| damp 0.4 / 0.65(分层关) | 59.41 / 58.09 | ~60 | 52.6 | 66.7 / 61.4 | ~58 | 0.8019 | −0.023 / +0.075 |
| damp 0.455, 分层关 | 60.26 | 60.2 | 52.6 | 70.0 | 58.3 | 0.8019 | −0.0014 |
| damp 0.455 + radial(提交) | 60.32(seed1: 60.47) | 59.9 | 52.8 | 70.5 | 58.0 | 0.8065 | −0.0014 |
- PLAN 原机制(PCA1 等频 bin)被否证:榜分 −0.01、shape_scale −0.07、occupancy_dice 0.7981<0.8019,按 PLAN 放弃判据(shape 回升<1.5)放弃;代码保留(T2EI_SPATIAL_MODE=pca1)。诊断:随机抽样时 b 细胞 bbox 覆盖已达 90%,PCA1 一维展开没有增加三维占位。
- radial 变体有效但小:occupancy_dice +0.005/+0.011(seed 0/1),shape +0.5,方向与 PLAN 机制假设一致(空间均匀覆盖→占位),b 细胞最近邻最大间隙 46→38。
- 主要增益来自 RMS 对准:shape +1.5,机制清楚(scale_log_ratio→0),且在 seed 1 上复现。
- 两改动作用在 shape_scale 的不同子指标上(occupancy vs scale),可叠加;cell_state / expression_change / local_spatial 在噪声内不动(±0.5),证明组成与表达未被改动(b 细胞类型配额逐位相同)。
已验证 / 未验证
- 已验证:关闭态(STRAT=0, DAMP=0.5, ALPHA=0)与父节点输出逐位一致且复现父节点查分 59.8837;提交态 seed 0 两次运行逐位一致;seed 1 查分 60.47;vec-check 通过;程序只依赖时间差与数据,无绝对时间/视图分支(伪装视图安全);耗时 ~2s、内存 ~0.3GB。
- 未验证:final 视图(E7.25+E8.0→E7.5,t=1/3)——damp 0.455 比 0.5 把目标 RMS 压低约 0.5%(该括号 Δlog rms 较小),方法卡曾担心 final 上 RMS 偏小,此调整方向与之相反、幅度很小;B 半分数;κ 与 radial 分层的交互扫描。
- 生物学知识来源:无(纯几何/采样改动,未用外部数据、文献数值或保留阶段信息)。径向分层假设"细胞到质心距离的分布应被抽样保持",是通用采样知识。
下一步建议
- shape_scale 剩余差距在 occupancy_dice(0.807 vs κ=1 时更高)与 d2_shape:可试 b 细胞配额不减、改为把多余 b 细胞的表达向 a 近邻混合(若评分允许)或 κ 与 radial 的联合细扫;或覆盖贪心(voxel coverage greedy)替代等频 bin。
- cell_state(52.6–53.3)仍是最低组:κ=0.3 时 cell_state 55.9 但 shape 掉;radial 分层下重扫 κ∈{0.4,0.45,0.55} 可能移动峰值。
- damp 的最优值本质是"RMS 随时间的对数增长曲线"的局部拟合,可用 external/(若有允许的外部阶段)拟合更平滑的 RMS(t) 先验替代常数 damp。
调研员的计划
| 名称 | 空间分层抽样恢复组成阻尼下的形状占位 |
|---|---|
| 动机 | 节点5组成阻尼(κ=0.5)使cell_state +16.39(37.49→53.88),但shape_scale -5.34(74.43→69.09)。原因是晚端细胞随机抽样后空间覆盖不均,occupancy下降。shape_scale是当前唯一因父节点改动而显著恶化的组,且其损失机制明确(晚端细胞减少→空间占位不足),可通过改进抽样策略直接修复而不影响表达组成。 |
| 做法 | 在父节点mix_damped基础上,修改晚端细胞的抽样策略:从纯随机(类型分层)改为类型+空间双分层。具体步骤:(1) 对晚端细胞按类型分组后,在每个类型内对坐标做PCA取第一主成分投影;(2) 按投影值分成k个等频空间bin(k=该类型需抽取的细胞数,若k<4则退化为随机);(3) 每个bin内随机取1个细胞,保证抽出的晚端细胞沿主轴均匀分布。(4) 表达和坐标仍一起走,后续RMS缩放、jitter不变。环境变量T2EI_SPATIAL_STRAT=1开启(默认),=0关闭复现父节点。关键参数:bin数=需抽细胞数(无额外超参)。单输入阶段退路:若interp_bracket无b,走父节点相同的copy_last逻辑,不受影响。vec-score快速筛选:先跑κ=0.5+空间分层(1次查分),对比父节点60.63看shape_scale是否回升、cell_state是否保持;若shape_scale回升>2分且其他组无显著下降,再跑seed1确认。预计耗时<3s,内存不变。 |
| 风险 | 1) 空间分层可能改变晚端细胞的类型组成(若某类型集中在特定空间区域),间接影响cell_state——Engineer应检查抽样后各类型计数与随机抽样的差异,若>5%则改用类型内分层+空间次级排序而非硬bin。2) PCA主轴可能不反映真实占位方向(如球形分布),此时分层无增益但也无害。3) 改善可能<1分噪声——若首次查分shape_scale回升<1.5分即放弃,不浪费查分次数。尽早发现:第一次查分即可判断。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 c0bd9d51e4。改动的文件:solution/EXECUTION.json +1 −0、solution/METHOD.md +24 −24、solution/run.py +95 −8
diff --git a/solution/EXECUTION.json b/solution/EXECUTION.jsonnew file mode 100644index 0000000..9d5125c--- /dev/null+++ b/solution/EXECUTION.json@@ -0,0 +1 @@+{"gpu": false}diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 42279a8..1ea2385 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,37 +1,37 @@-mix + 组成阻尼(t_comp=κ·t,κ=0.5):晚端细胞比例减半,几何不变;PLAN 的型均值位移已实现但代理上单调有害,关闭(α=0)。+mix+组成阻尼κ=0.5 不变;晚端细胞改为类型内径向等频分层抽样(占位+),scale_damp 0.5→0.455 使输出 RMS 对准参考(形状+)。 ## 方法 -基础与父节点(node 2,mix)完全相同:括号 a<b 两端 procrustes3d 对齐、缩放到 log 线性 RMS(scale_damp=0.5)、按类型分层抽样、细胞数 interp_count(t),表达和坐标一起走。+基础 = 父节点(node 5):括号 a<b procrustes3d 对齐、缩放到 log 线性 RMS、按 t_comp=κ·t(κ=0.5)类型分层混抽 4000a+1000b、表达和坐标一起走、jitter、重缩放到目标 RMS。本节点在抽样与尺度两处改动(均为环境变量开关,可关): -新增两个开关(环境变量,均可关掉复现对照):+1. **T2EI_SPATIAL_STRAT / T2EI_SPATIAL_MODE(默认开、radial)**:晚端 b 细胞的类型配额与父节点完全相同(allocation 逻辑逐位一致,类型组成不变),仅类型内选择改为——按细胞到云质心的径向距离做 k 个等频 bin(k=该类型配额;k<4 退化为随机),每 bin 随机取 1 个。使保留的 1000 个 b 细胞均匀覆盖径向范围,弥补 κ 阻尼造成的 occupancy 损失。+2. **T2EI_DAMP=0.455(原 0.5)**:代理上 scale_log_ratio 随 damp 单调(0.4→−0.023、0.5→+0.0162、0.65→+0.075),说明 shape_scale 组在此区间几乎只由 RMS 失配驱动(d2_shape、occupancy_dice 不随 damp 变)。取使 |scale_log_ratio|≈0 的 0.455(实测 −0.0014,参考 RMS≈146.7,父节点输出 149.2 偏大 1.6%)。+3. T2EI_ALPHA(父节点的型均值位移)保持 0(已证伪);κ 保持 0.5(父节点扫描的单峰)。 -1. **T2EI_KAPPA(组成阻尼,提交默认 0.5,开启)**:抽样比例从 t 改为 t_comp=κ·t(本代理 t=0.4 → t_comp=0.2,4000 早端 + 1000 晚端),而 RMS 目标、细胞数仍按 t 计算,几何流程不变。κ=1 时逐位复现父节点输出(已验证 expr/coords allclose)。-2. **T2EI_ALPHA(PLAN 指定的型均值位移,提交默认 0,关闭)**:对共有类型 c,早端细胞 +α·t·(μ_b(c)−μ_a(c))、晚端细胞 −α·(1−t)·(...),截断到非负;仅一端有的类型不动。实现正确且生效(α=0.5 时移动 3185/5000 个细胞,11 个共有类型,位移范数 13.6–26.1 逐类型不同、非常数;类型伪批量均值在位移下不变,de_score 0.2143 不动可证)。+## 机制对照(vec-score,proxy E6.75+E8.0→E7.25,A 半;父节点复现 59.88) -## 机制对照(vec-score,proxy E6.75+E8.0→E7.25,A 半)+| 配置 | 榜分 | 表达 | 状态 | 形状 | 邻域 | occupancy | scale_log_ratio |+|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|+| 关闭(=父节点,逐位一致) | 59.88 | 60.2 | 52.6 | 68.5 | 58.3 | 0.8019 | +0.0162 |+| PCA1 分层(PLAN 原方案), damp 0.5 | 59.87 | 59.4 | 53.0 | 68.5 | 58.5 | 0.7981 | +0.0162 |+| radial 分层, damp 0.5 | 59.94 | 59.9 | 52.8 | 69.0 | 58.0 | 0.8065 | +0.0162 |+| damp 0.4 / 0.65(分层关) | 59.41 / 58.09 | ~60 | 52.6 | 66.7 / 61.4 | ~58 | 0.8019 | −0.023 / +0.075 |+| damp 0.455, 分层关 | 60.26 | 60.2 | 52.6 | 70.0 | 58.3 | 0.8019 | −0.0014 |+| **damp 0.455 + radial(提交)** | **60.32(seed1: 60.47)** | 59.9 | 52.8 | 70.5 | 58.0 | 0.8065 | −0.0014 | -| 配置 | 榜分 | 表达 | 状态 | 形状 | 邻域 |-|---|---:|---:|---:|---:|---:|-| α=0, κ=1(关闭,=父节点) | 56.42 | 59.8 | 36.2 | 75.2 | 54.5 |-| α=0.2, κ=1 | 54.58 | 59.7 | 30.6 | 75.2 | 52.8 |-| α=0.5, κ=1 | 52.82 | 59.7 | 27.3 | 74.6 | 49.6 |-| α=1.0, κ=1 | 48.47 | 59.5 | 23.4 | 66.7 | 44.3 |-| α=−0.25 / −0.5, κ=1 | 55.53 / 55.20 | ~59.7 | 33.2 / 31.8 | 75.2 | ~54 |-| **κ=0.5, α=0(提交)** | **59.88** | 60.2 | 52.6 | 68.5 | 58.3 |-| κ=0.45, α=0 | 59.76(seed1: 59.51) | 60.7 | 53.0 | 68.3 | 57.0 |-| κ=0.6 / 0.3 / 0.15 | 59.43 / 59.09 / 57.40 | ~60 | 49.7 / 55.9 / 54.1 | 69.2 / 66.1 / 64.7 | 58.7 / 54.9 / 51.9 |--**PLAN 机制(T2EI-01)被数据否证**:向中间态位移在两个方向上都单调伤害 cell_state(mmd_u 0.0173→0.0220@α=0.5,variogram 0.031→0.078),说明"端点细胞不像中间阶段"不是状态组低分的原因;混合云的过离散反而比收缩更接近参考分布。如实报告,不冒充。--**实际生效的机制是组成阻尼**:cell_state 从纯早端(copy_last,49.3)到 t=0.4 混抽(36.2)单调恶化,说明晚端细胞对状态分布的伤害超过其对表达变化的贡献。κ 扫描单峰,峰值 κ≈0.45–0.5(+3.3~3.5 分,远超 ~1 分噪声),代价是 shape_scale 75.2→68.5(occupancy 随晚端细胞减少而略降),净收益为正。κ=0.5 比 0.45 更接近峰且是整数,取 0.5。+- **PLAN 原机制(PCA1 等频 bin)被否证**:榜分 −0.01、shape_scale −0.07、occupancy_dice 0.7981<0.8019,按 PLAN 放弃判据(shape 回升<1.5)放弃;代码保留(T2EI_SPATIAL_MODE=pca1)。诊断:随机抽样时 b 细胞 bbox 覆盖已达 90%,PCA1 一维展开没有增加三维占位。+- **radial 变体有效但小**:occupancy_dice +0.005/+0.011(seed 0/1),shape +0.5,方向与 PLAN 机制假设一致(空间均匀覆盖→占位),b 细胞最近邻最大间隙 46→38。+- **主要增益来自 RMS 对准**:shape +1.5,机制清楚(scale_log_ratio→0),且在 seed 1 上复现。+- 两改动作用在 shape_scale 的不同子指标上(occupancy vs scale),可叠加;cell_state / expression_change / local_spatial 在噪声内不动(±0.5),证明组成与表达未被改动(b 细胞类型配额逐位相同)。 ## 已验证 / 未验证 -- 已验证:κ=1,α=0 与父节点输出逐位一致;seed 0 两次运行逐位一致(确定性);vec-check 通过;κ 在 seed 1 上仍 ~59.5(κ=0.45 抽查)。-- 未验证:final 视图(E7.25+E8.0→E7.5,t=1/3 → t_comp=1/6)——κ·t=0.167 与代理最优 t_comp≈0.2 接近,方法只依赖时间差、视图无关;κ 与 α 的交互(κ=0.5 下未重扫 α,κ=1 下 α 已证伪);B 半分数。-- 生物学知识来源:无外部数据或文献数值;仅用方法卡与代理查分反馈。κ 是从 manifest 时间差计算的相对量,无硬编码阶段统计。+- 已验证:关闭态(STRAT=0, DAMP=0.5, ALPHA=0)与父节点输出逐位一致且复现父节点查分 59.8837;提交态 seed 0 两次运行逐位一致;seed 1 查分 60.47;vec-check 通过;程序只依赖时间差与数据,无绝对时间/视图分支(伪装视图安全);耗时 ~2s、内存 ~0.3GB。+- 未验证:final 视图(E7.25+E8.0→E7.5,t=1/3)——damp 0.455 比 0.5 把目标 RMS 压低约 0.5%(该括号 Δlog rms 较小),方法卡曾担心 final 上 RMS 偏小,此调整方向与之相反、幅度很小;B 半分数;κ 与 radial 分层的交互扫描。+- 生物学知识来源:无(纯几何/采样改动,未用外部数据、文献数值或保留阶段信息)。径向分层假设"细胞到质心距离的分布应被抽样保持",是通用采样知识。 ## 下一步建议 -在 κ=0.5 基础上重扫小 α(正负各 0.1)确认无交互增益;shape_scale 的 occupancy 损失可尝试"晚端细胞坐标插值到早端邻域"弥补;心脏两榜可复用组成阻尼思路。+- shape_scale 剩余差距在 occupancy_dice(0.807 vs κ=1 时更高)与 d2_shape:可试 b 细胞配额不减、改为把多余 b 细胞的**表达**向 a 近邻混合(若评分允许)或 κ 与 radial 的联合细扫;或覆盖贪心(voxel coverage greedy)替代等频 bin。+- cell_state(52.6–53.3)仍是最低组:κ=0.3 时 cell_state 55.9 但 shape 掉;radial 分层下重扫 κ∈{0.4,0.45,0.55} 可能移动峰值。+- damp 的最优值本质是"RMS 随时间的对数增长曲线"的局部拟合,可用 external/(若有允许的外部阶段)拟合更平滑的 RMS(t) 先验替代常数 damp。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 5885bae..8093c32 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -6,15 +6,26 @@ align clouds (procrustes3d), rescale both to log-linear RMS exp(log r_a + SCALE_DAMP*t*dlog r), draw round(t*n) cells from b and the rest from a, stratified by type; expression and coordinates travel together. -Two knobs added on top (env-switchable, mechanism-off controls reproduce the-parent exactly):+Knobs on top (env-switchable; T2EI_SPATIAL_STRAT=0 + T2EI_DAMP=0.5 + T2EI_ALPHA=0+reproduce the parent, node 5, bit-for-bit): 1. T2EI_KAPPA (composition damping, default 0.5): the fraction of cells drawn from the later stage becomes round(KAPPA*t*n) while geometry (RMS target, cell count) still uses t. Motivation: cell_state collapses from 49 (pure early stage) to 36 at t=0.4 mixing, i.e. late-stage cells hurt the state distribution more than they help expression_change.-2. T2EI_ALPHA (per-type pseudobulk displacement, default 0 = OFF, refuted):+2. T2EI_SPATIAL_STRAT / T2EI_SPATIAL_MODE (spatial stratification of the+ late-stage draw, default ON, mode "radial"): within each type, the retained+ b-cells are spread over equal-frequency bins of their radial distance to the+ cloud centroid (one random cell per bin) instead of i.i.d. sampling; type+ counts are unchanged. Raises occupancy_dice 0.8019 -> 0.8065/0.8131 (seeds+ 0/1). Mode "pca1" (equal-frequency bins along the type's first principal+ axis, the PLAN's proposal) measured neutral (59.87 vs 59.88) -> kept in code,+ not default.+3. T2EI_DAMP (scale_damp, default 0.455): the parent's 0.5 overshoots the+ reference RMS (scale_log_ratio +0.0162); the proxy optimum is ~0.455+ (scale_log_ratio -0.0014), shape_scale 68.5 -> 70.0.+4. T2EI_ALPHA (per-type pseudobulk displacement, default 0 = OFF, refuted): x_a += ALPHA*t*d(c), x_b -= ALPHA*(1-t)*d(c), d(c)=mu_b(c)-mu_a(c). Measured monotone harmful on the proxy (alpha 0.2/0.5/1.0 -> 54.6/52.8/48.5 vs 56.4 at 0), kept off; code retained for the record.@@ -33,14 +44,77 @@ import numpy as np from src.task2_spatial.frame import align_pair, log_interp, rms_radius, scale_to_rms from src.task2_spatial.methods import _jitter, _limits-from src.task2_spatial.sample import mix_indices, take+from src.task2_spatial.sample import take from src.task2_spatial.shift import type_means from src.task2_spatial.transport import as_dense from src.task2_spatial.view_io import board_params, interp_bracket, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2 -PARAMS = {"align": "procrustes3d", "scale_damp": 0.5}+PARAMS = {"align": "procrustes3d", "scale_damp": float(os.environ.get("T2EI_DAMP", "0.455"))} ALPHA = float(os.environ.get("T2EI_ALPHA", "0.0")) KAPPA = float(os.environ.get("T2EI_KAPPA", "0.5"))+SPATIAL_STRAT = os.environ.get("T2EI_SPATIAL_STRAT", "1") != "0"+SPATIAL_MODE = os.environ.get("T2EI_SPATIAL_MODE", "radial")+++def _type_alloc(labels: np.ndarray, n: int):+ """Same per-type allocation as transport.stratified_choice (deterministic)."""+ types, counts = np.unique(labels, return_counts=True)+ raw = counts / counts.sum() * n+ alloc = np.floor(raw).astype(int)+ rem = int(n - alloc.sum())+ order = np.argsort(-(raw - alloc))+ for i in range(rem):+ alloc[order[i % len(order)]] += 1+ alloc = np.minimum(alloc, counts)+ deficit = int(n - alloc.sum())+ if deficit > 0:+ spare = counts - alloc+ for i in np.argsort(-spare):+ k = int(min(deficit, spare[i]))+ alloc[i] += k+ deficit -= k+ if deficit == 0:+ break+ return types, alloc+++def spatial_take(labels: np.ndarray, coords: np.ndarray, n: int, rng: np.random.Generator, centroid=None) -> np.ndarray:+ """Type-stratified draw, within type equal-frequency PCA1 bins pick one cell.++ Per-type counts match stratified_choice exactly (type composition unchanged);+ only the within-type selection differs: cells are spread uniformly along the+ type's principal spatial axis instead of drawn i.i.d., so the retained+ late-stage cells cover the original spatial extent (occupancy).+ """+ labels = np.asarray(labels).astype(str)+ n = int(min(max(n, 1), len(labels)))+ if n >= len(labels):+ return np.arange(len(labels))+ types, alloc = _type_alloc(labels, n)+ picks = []+ for lab, k in zip(types, alloc):+ k = int(k)+ if k <= 0:+ continue+ idx = np.flatnonzero(labels == lab)+ if k < 4 or k >= idx.size:+ picks.append(rng.choice(idx, k, replace=False))+ continue+ pts = np.asarray(coords[idx], dtype=np.float64)+ if SPATIAL_MODE == "radial":+ proj = np.linalg.norm(pts - np.asarray(centroid, dtype=np.float64), axis=1)+ else:+ cpts = pts - pts.mean(axis=0)+ try:+ _, _, vt = np.linalg.svd(cpts, full_matrices=False)+ proj = cpts @ vt[0]+ except np.linalg.LinAlgError:+ proj = np.linalg.norm(cpts, axis=1)+ order = np.argsort(proj, kind="stable")+ bins = np.array_split(order, k)+ sel = np.fromiter((b[rng.integers(len(b))] for b in bins if len(b)), dtype=np.intp, count=k)+ picks.append(idx[sel])+ return np.concatenate(picks) def mix_damped(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, kappa: float):@@ -55,7 +129,15 @@ def mix_damped(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, kappa: float): cb = scale_to_rms(aligned_b, target_rms) n = _limits(params, stage_a.n, stage_b.n, t, "interp") t_comp = float(np.clip(kappa * t, 0.0, 1.0))- ia, ib = mix_indices(stage_a.labels, stage_b.labels, t_comp, n, rng)+ n_b = int(np.clip(int(round(t_comp * n)), 0, n))+ n_a = n - n_b+ ia = take(stage_a.labels, n_a, rng) if n_a > 0 else np.array([], dtype=int)+ if n_b <= 0:+ ib = np.array([], dtype=int)+ elif SPATIAL_STRAT:+ ib = spatial_take(np.asarray(stage_b.labels).astype(str), cb, n_b, rng, centroid=np.asarray(cb).mean(axis=0))+ else:+ ib = take(stage_b.labels, n_b, rng) expr_parts, coord_parts = [], [] if ia.size: expr_parts.append(np.clip(as_dense(stage_a.X, ia), 0.0, None).astype(np.float32))@@ -67,7 +149,12 @@ def mix_damped(stage_a, stage_b, t: float, params: dict, kappa: float): coords = _jitter(np.vstack(coord_parts), rng) coords = scale_to_rms(coords, target_rms) info.update(t=t, t_comp=t_comp, n=int(expr.shape[0]), rms_a=rms_a, rms_b=rms_b,- out_rms=rms_radius(coords), n_from_a=int(ia.size), n_from_b=int(ib.size))+ out_rms=rms_radius(coords), n_from_a=int(ia.size), n_from_b=int(ib.size),+ spatial_strat=bool(SPATIAL_STRAT and ib.size > 0))+ if ib.size:+ sel_b = np.asarray(cb[ib], dtype=np.float64)+ info["b_bbox_frac"] = float(np.prod((sel_b.max(0) - sel_b.min(0)) / np.maximum(np.asarray(cb).max(0) - np.asarray(cb).min(0), 1e-9)))+ info["b_rms_frac"] = float(rms_radius(sel_b) / max(rms_radius(np.asarray(cb)), 1e-9)) return expr, coords.astype(np.float32), info, ia, ib @@ -114,7 +201,7 @@ def main() -> None: ev = {"applied": False, "reason": "alpha=0"} if ALPHA != 0: ev = type_shift(expr, stage_a, stage_b, t, ALPHA, ia, ib)- keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "t_comp", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "n_from_a", "n_from_b")}+ keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "t_comp", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "n_from_a", "n_from_b", "spatial_strat", "b_bbox_frac", "b_rms_frac")} print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep, "shift": ev}, default=float), file=sys.stderr) write_t2(args.out, expr, coords, genes, seed=args.seed)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k024 | World-model evaluation dimensions for state-transition predictors | notes/competition/07_biomedical_world_models.md |
| k027 | Joint expression-geometry generation with relative geometry | notes/competition/03_solution_landscape.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 在父节点(mix+κ=0.5组成阻尼)上做了两处改动:(1) 晚端b细胞类型内抽样从随机改为等频分层(PLAN的PCA1方案实测无效,改为径向距离radial分层,类型配额逐位不变);(2) 计划外新增 T2EI_DAMP:scale_damp 0.5→0.455,把输出RMS对准参考(scale_log_ratio +0.0162→−0.0014)。两者均有环境开关,全关时与父节点逐位一致。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:噪声内(+0.30,53.88→54.18) expression_change:噪声内(−0.03,60.08→60.05) local_spatial:噪声内(−0.22,59.48→59.26) shape_scale:变好,超出噪声(+2.01,69.09→71.10);据代理消融其中约+1.5来自damp 0.455的RMS对准,约+0.5来自radial分层 |
| family_id | T2EI-05 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | unclear |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 3 次:bash 1、glob 1、write 1 |
| 用时 | 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 12,861 · 输出 1,134 · 思考 2,130 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n6 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/analyst.jsonl 8 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 30 |
| 工具调用 | 共 32 次:bash 25、edit 4、read 2、write 1 |
| 用时 | 13 分 |
| token 数 | 输入 57,104 · 输出 10,306 · 思考 13,730 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:空间分层抽样恢复组成阻尼下的形状占位 |
| 最后的回答(摘录) | **做了什么**:在父节点(mix + κ=0.5 组成阻尼)上按 PLAN 实现了晚端细胞的空间分层抽样。PLAN 原方案(类型内 PCA1 等频 bin)被否证(−0.01,occupancy 反降);改为**径向等频分层**(occupancy_dice 0.802→0.807/0.813)并发现主增益来自 **scale_damp 0.5→0.455**(父节点 RMS 比参考大 1.6%,scale_log_ratio +0.016→−0.001,shape_scale 68.5→70.5)。所有改动带环境开关,关闭态与父节点逐位一致并复现其查分 59.88。
**查分结果**(A 半,共 7 次):提交配置 seed0 **60.32**、seed1 **60.47**(父节点复现 59.88);PCA1 分层 59.87、radial 单独 59.94、damp 0.4/0.65 为 59.41/58.09、damp 0.455 单独 60.26。vec-check 通过,确定性验证通过,耗时 ~2s。
**下一步最值得试**:① radial 分层下重扫 κ∈{0.4,0.45,0.55}(occupancy 修复后 κ 峰值可能左移,cell_state 仍是最弱组);② 用 voxel 覆盖贪心替代等频 bin 直接最大化 b 细胞占位;③ 用允许的外部阶段拟合平滑 RMS(t) 曲线替代常数 damp,提升 final 视图可迁移性。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/engineer.jsonl 138 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 9,449 · 输出 878 · 思考 3,221 |
| 任务(第一行) | 为节点 n6(改进,父节点 n5)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | {
"name": "空间分层抽样恢复组成阻尼下的形状占位",
"motivation": "节点5组成阻尼(κ=0.5)使cell_state +16.39(37.49→53.88),但shape_scale -5.34(74.43→69.09)。原因是晚端细胞随机抽样后空间覆盖不均,occupancy下降。shape_scale是当前唯一因父节点改动而显著恶化的组,且其损失机制明确(晚端细胞减少→空间占位不足),可通过改进抽样策略直接修复而不影响表达组成。",
"approach": "在父节点mix_damped基础上,修改晚端细胞的抽样策略:从纯随机(类型分层)改为类型+空间双分层。具体步骤:(1) 对晚端细胞按类型分组后,在每个类型内对坐标做PCA取第一主成分投影;(2) 按投影值分成k个等频空间bin(k=该类型需抽取的细胞数,若k<4则退化为随机);(3) 每个bin内随机取1个细胞,保证抽出的晚端细胞沿主轴均匀分布。(4) 表达和坐标仍一起走,后续RMS缩放、jitter不变。环境变量T2EI_SPATIAL_STRAT=1开启(默认),=0关闭复现父节点。关键参数:bin数=需抽细胞数(无额外超参)。单输入阶段退路:若interp_bracket无b,走父节点相同的copy_last逻辑,不受影响。vec-score快速筛选:先跑κ=0.5+空间分层(1次查分),对比父节点60.63看shape_scale是否回升、cell_state是否保持;若shape_scale回升>2分且其他组无显著下降,再跑seed1确认。预计耗时<3s,内存不变。",
"expected_groups": ["shape_scale", "local_spatial"],
"risks": "1) 空间分层可能改变晚端细胞的类型组成(若某类型集中在特定空间区域),间接影响cell_state——Engineer应检查抽样后各类型计数与随机抽样的差异,若>5%则改用类型内分层+空间次级排序而非硬bin。2) PCA主轴可能不反映真实占位方向(如球形分布),此时分层无增益但也无害。3) 改善可能<1分噪声——若首次查分shape_scale回升<1.5分即放弃,不浪费查分次数。尽早发现:第一次查分即可判断。",
"family_id": "T2EI-05",
"mechanism": "在组成阻尼减少晚端细胞数后,用空间分层抽样(按PCA1等频bin)替代随机抽样选取晚端细胞,使保留的晚端细胞均匀覆盖原始空间范围,恢复occupancy。",
"vs_constant_shift": "常数位移对所有细胞施加同一表达/坐标偏移,不改变抽样策略。本方案不移动任何细胞坐标、不修改表达值,仅改变从晚端云中选取哪些细胞的策略(从随机变为空间均匀),是采样层面的几何覆盖修复。",
"mechanism_evidence": "Engineer应比较:(1) 空间分层vs随机抽样下晚端细胞的坐标范围(bounding box体积)和最近邻距离分布(分层后应更均匀);(2) shape_scale子分变化(预期+2~5分);(3) cell_state和expression_change应噪声内不变(±1分),证明仅几何受影响;(4) 打印抽样后晚端细胞的PCA1投影直方图,确认均匀覆盖。",
"mechanism_off_control": "设T2EI_SPATIAL_STRAT=0,抽样退化为父节点的纯类型分层随机抽样(mix_indices原逻辑),输出应与父节点逐位一致(allclose验证)。预期差别:关闭时shape_scale回到69.09,开启时回升向74方向。",
"sources": []
} |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/researcher.stderr |
审查员
| 角色 | 审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 8 |
| 工具调用 | 共 14 次:read 7、bash 5、glob 1、write 1 |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 22,358 · 输出 1,813 · 思考 3,308 |
| 任务(第一行) | 审查节点 n6 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞 |
| 最后的回答(摘录) | REVIEW.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/reviewer.jsonl 88 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/6/reviewer.stderr |