Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n28

实现 b 侧坐标各向异性占据补偿(ANISO:按轴生长比 r_ax=σ_b/σ_a 外推的逐轴缩放,含几何均值归一化的纯各向异性变体);诊断显示 E6.75→E8.0 生长近各向同性(r_x/r_y 仅差 4.2%),δ 网格上证伪,提交态 ANISO_DELTA=0 与父节点逐位一致。

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1
父节点n26
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 62.15(+0.0) · proxy 62.15(+0.0)
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。16 分
程序版本e8622c4322e9f761077d174148f571a2d02d01e9 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git e8622c4322:solution/METHOD.md

实现 b 侧坐标各向异性占据补偿(ANISO:按轴生长比 r_ax=σ_b/σ_a 外推的逐轴缩放,含几何均值归一化的纯各向异性变体);诊断显示 E6.75→E8.0 生长近各向同性(r_x/r_y 仅差 4.2%),δ 网格上证伪,提交态 ANISO_DELTA=0 与父节点逐位一致。

方法(family T2EI-05,improve over node 26)

底座不变:interp_bracket → procrustes3d → scale_damp=0.5 → κ=0.65 → b 侧中间态选胞 SEL_P=1.0 → xy 膨胀 γ=1.15 → 新增 ANISO 步 → jitter → 终 RMS 缩放。

ANISO 步(γ 膨胀后、jitter 前,只动被选 b 细胞坐标,表达不动):

  • 在对齐坐标上用两侧全部细胞分别计算各轴 5–95% 分位距 σ_a,ax、σ_b,ax(xy,z 为离散切片轴不参与),r_ax=σ_b,ax/σ_a,ax;
  • c_ax = r_ax^δ(ANISO_NORM=1 时先除以活跃轴几何均值,得纯各向异性/面积保持分量);
  • x′_ax = μ_b,ax + (x_ax−μ_b,ax)·c_ax,μ_b 为被选 b 细胞各轴质心;随后各向同性终缩放保相对离心率。

环境变量:ANISO_DELTA(默认 0=关闭,提交态)、ANISO_AXES(默认 xy)、ANISO_NORM(默认 0)。 单输入退路:无括号 → 无 b 侧 → 跳过,与父一致。

诊断(mechanism_evidence,A 半代理,seed 0)

(a) r_x=4.410、r_y=4.234:max|r_ax−1|=3.41 ≫ PLAN 阈值 0.03,机制"有幅度";但幅度几乎全是各向同性生长, 各向异性部分 r_x/r_y=1.042(4.2%,与节点 25 报告的"两轴比值差仅 2%"一致)。 预测云离心率失配真实存在:out_ecc(σ_x/σ_y)=0.810 vs 括号插值参考 ref_ecc=0.885(−8.5%)。

(b) δ>0 时修正确实传到输出、未被终缩放冲掉(out_ecc): ANISO_NORM=1:δ=1→0.826,δ=3→0.867,δ=4→≈0.885(命中 ref),δ=6→0.924(过冲)。 literal(NORM=0):δ=0.25 时 c=(1.449,1.434),out_ecc 反而恶化到 0.722(各向同性膨胀把 b 云撑大,终缩放压缩 a 侧)。

(c)(d) 四组分逐项变化(A 半,seed 0,基线=父提交态 61.14:cell_state 52.84 / expr 60.50 / shape 72.18 / local 59.03):

配置cell_stateexpr_changeshapelocaloccupancy_dice结论
δ=0(父,提交)52.8460.5072.1859.030.80—
NORM=1 δ=152.8460.5072.1059.06—噪声内
NORM=1 δ=352.8460.5072.1859.07—噪声内
NORM=1 δ=452.8460.5071.7259.10—shape −0.46
NORM=1 δ=652.8460.5071.5959.11—shape −0.59
literal δ=0.2552.8460.5061.9758.830.651−2.6,破坏性

表达两组分完全不动(表达值未改,符合预期);shape/local 是坐标敏感的组。

机制对照(mechanism_off_control)与验证

off 对照 = ANISO_DELTA=0(代码默认,提交态):c_ax≡1,坐标不变,输出 md5 b86afc108c424bc0761200595d6a772b 与父节点 26/24/21/11 提交态逐位一致(已知父链 md5 复核通过)。 验证:seed 0 重跑两次 md5 相同(确定性);seed 3 输出不同(正确响应 seed);vec-check ok;运行 ~2s。 共 5 次查分(额度 20,余 15)。

结论与教训

  • literal 形式(c_ax=r_ax^δ)被证伪且破坏性:r_ax≈4.3 时 δ=0.25 已使 b 细胞 1.45× 各向同性膨胀 (等效 γ≈1.67,远超节点 19 证伪的 cap>1.15 边界),occupancy_dice 0.80→0.65、shape −10.2。 PLAN 的 δ∈{0.5,0.75,1.0} 档膨胀更大,无需消耗查分(停止条款:shape 掉 >1 即弃该区域)。
  • 纯各向异性形式(面积保持)无收益:把 out_ecc 从 0.810 精确拉到参考 0.885(δ=4)也不升 shape(−0.46), local 只 +0.04~0.08(噪声内)。xy 离心率失配不是 shape_scale 的驱动量——与节点 25 对比:z 轴 σ 匹配 (fac 0.92)升 shape +1.0,而 xy 各向异性(2–4% 幅度)在 b 侧(节点 25)和整云混合占比(本节点)均无效。 解释:shape 指标对占据(occupancy_dice)和整体尺度敏感;xy 轴比对连续占据云的惩罚很小,且 b 细胞仅占 26%。
  • 后续若再攻 shape_scale:方向应是 z 轴/占据结构(节点 25 已证),不是 xy 轴比;若攻 local_spatial, 本机制的 +0.08 幅度表明坐标逐轴缩放的杠杆太弱。

验证过 / 没验证

  • 验证过:δ=0 与父 md5 逐位一致、确定性、seed 响应;NORM=1 δ∈{1,3,4,6} 与 literal δ=0.25 的 seed0 响应 (5 次查分);诊断量 r_ax、c_ax、out_ecc、ref_ecc 全部由视图输入现场计算(无硬编码轴比、无绝对时间, 伪装视图平移时间不改变 r_ax 与 t)。
  • 没验证:literal δ≥0.5(膨胀更大,按停止条款跳过);多 seed(各配置距基线 ≤0.5 分或为负,PLAN 规定 <1 分不提交,无需两种子确认);ANISO 与 γ/κ 的联合重扫(底座参数未动)。

知识来源

无新增外部生物学知识;r_ax、μ_b、σ_ref 全部来自视图内两个输入阶段的对齐坐标; 5–95% 分位距、几何均值归一化是通用稳健统计方法,不针对任何保留阶段。

调研员的计划

名称b侧坐标各向异性占据补偿:按轴生长比外推的逐轴缩放
动机父节点26提交态与节点11/21/24逐位一致,四组分为 cell_state 54.35、expression_change 61.08、local_spatial 60.69、shape_scale 72.48。b侧表达扰动方向已6次证伪(节点8/12/17/21/24/26:收缩、径向膨胀、空间平滑位移均伤 variogram 或无 mmd_u 收益),父ANALYSIS明确'后续不应再在b侧表达上做方差恢复类扰动',首选建议转向从未被触及的 local_spatial/shape_scale(节点13方向:各向异性坐标占据补偿)。现有坐标处理只有各向同性成分(scale_damp=0.5、xy径向膨胀γ=1.15),节点19已证γ的幅度维度被搜尽(cap>1.15均变差),但'各轴分配'维度从未测试:若E8.5→E9.5胚体生长各向异性(某轴伸长更快),各向同性膨胀会系统性错配目标云离心率,直接伤 shape_scale(占据形状)并间接伤 local_spatial(邻域几何)。
做法底座完全不动(interp_bracket→procrustes3d→scale_damp=0.5→κ=0.65→b侧中间态选胞SEL_P=1.0→xy膨胀γ=1.15→jitter→终缩放)。新增步骤插在γ膨胀后、jitter前:(1)诊断:在对齐后坐标上,用两侧全部细胞(不只被选子集)分别计算各轴散布 σ_a,ax、σ_b,ax(用5–95%分位距代替std以抗离群,xy两轴分别算,z为离散切片轴不参与),得生长比 r_ax=σ_b,ax/σ_a,ax;同时输出预测云(δ=0)与外推目标离心率的差。若 max|r_ax−1|<0.03,机制无幅度,直接提交δ=0,不耗查分。(2)位移:被选b细胞坐标 x'_ax = μ_b,ax + (x_ax−μ_b,ax)·c_ax,c_ax = r_ax^δ,μ_b为被选b细胞各轴质心;先做各轴修正再做全局终RMS缩放(终缩放为各向同性,保相对离心率)。环境变量 ANISO_DELTA(默认0=关闭,逐位等于父)、ANISO_AXES默认xy。(3)查分:seed0在A半代理上扫δ∈{0.25,0.5,0.75,1.0}(1次对照+4次,共5次);停止条款:任一配置 shape_scale 或 local_spatial 掉>1分、或 cell_state/expression_change 掉>0.5(坐标动可能经identity/location耦合波及)即弃该δ区域。若最优δ超基线幅度<1分(噪声内),用剩余额度对最优两档加seed1复测取两种子均值确认(最多再花4次)。单输入退路:无括号→无b侧→跳过,与父一致。实现约40行,运行时间增量可忽略(现全跑1.9s),30分钟足够。
风险(1)生长近似各向同性(各r_ax≈1):诊断步即可发现,直接提交δ=0,零查分损失;(2)终RMS缩放可能冲掉修正:相对离心率理论保留,Engineer应验证δ>0时输出各轴σ之比确实偏离δ=0的值、且δ=0输出md5与父一致;(3)δ响应单调、sup在δ=0(节点19γ的翻版):按单调性首档即不超基线则停止,提交对照;(4)T2噪声~1分:任何<1分提升不提交,须两种子确认;(5)合规:r_ax只能来自两个输入视图对齐后坐标,禁止使用参考/目标云统计或任何硬编码轴比;伪装视图重跑时r_ax由输入几何算出、与视图无关(时间平移只改t不改坐标,公式不含绝对时间);(6)坐标拉伸可能轻微破坏identity/location耦合伤local_spatial——这正是要查的指标,若掉>1分即停。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 84cb053a64。改动的文件:solution/METHOD.md +47 −54、solution/run.py +63 −0

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 8f2d546..9fb1b72 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,76 +1,69 @@-实现 b 侧选胞后空间 kNN 平滑型内方差恢复(SPATVAR:沿同型空间邻域平均残差方向位移 β·r̃);variogram 在所有 β>0 下恶化 6–10%(超 PLAN 停止条款 5%)、mmd_u 无收益、cell_state 单调下降,机制证伪,提交态 SPATVAR_BETA=0 与父节点逐位一致。+实现 b 侧坐标各向异性占据补偿(ANISO:按轴生长比 r_ax=σ_b/σ_a 外推的逐轴缩放,含几何均值归一化的纯各向异性变体);诊断显示 E6.75→E8.0 生长近各向同性(r_x/r_y 仅差 4.2%),δ 网格上证伪,提交态 ANISO_DELTA=0 与父节点逐位一致。 -## 方法(family T2EI-09,improve over node 24)+## 方法(family T2EI-05,improve over node 26) -底座不变:interp_bracket → procrustes3d → scale_damp=0.5 目标 RMS → κ=0.65 组成阻尼-→ b 侧型内中间态偏好选胞(SEL_P=1.0,blend 质心)→ b 侧全局 xy 径向膨胀 γ=1.15 → jitter + 终缩放。+底座不变:interp_bracket → procrustes3d → scale_damp=0.5 → κ=0.65 → b 侧中间态选胞 SEL_P=1.0+→ xy 膨胀 γ=1.15 → **新增 ANISO 步** → jitter → 终 RMS 缩放。 -新增一步(`run.py` 中 `SPATVAR_*` 段,b 侧选胞后、spread/jitter 前):对每个共有型 c-(被选 ≥ SPATVAR_MIN=3),在双阶段合并 z-scored panel 空间计算每个被选 b 细胞的残差-r_i = z_i − μ_sel_c;用被选 b 细胞对齐后的 xy 坐标(z 为离散切片轴,不参与)建 cKDTree,-每个细胞取同型内空间最近 SPATVAR_K=8 个邻居(含自身),平滑残差 r̃_i = mean(r_j);-位移 z′_i = z_i + β·r̃_i,逆变换回表达空间,clip≥0。坐标不动。-意图(PLAN):同区域细胞同向移动,恢复被中间态选胞压缩的型内方差(σ²_all/σ²_sel≈2.81,节点 24 已证实),-同时避免节点 24 逐细胞独立径向膨胀放大空间邻近细胞表达差、破坏 variogram 的失败模式。+ANISO 步(γ 膨胀后、jitter 前,只动被选 b 细胞坐标,表达不动):+- 在对齐坐标上用两侧**全部**细胞分别计算各轴 5–95% 分位距 σ_a,ax、σ_b,ax(xy,z 为离散切片轴不参与),r_ax=σ_b,ax/σ_a,ax;+- c_ax = r_ax^δ(ANISO_NORM=1 时先除以活跃轴几何均值,得纯各向异性/面积保持分量);+- x′_ax = μ_b,ax + (x_ax−μ_b,ax)·c_ax,μ_b 为被选 b 细胞各轴质心;随后各向同性终缩放保相对离心率。 -环境变量:SPATVAR_BETA(默认 0 = 关闭,即提交态)、SPATVAR_K(默认 8)、SPATVAR_MIN(默认 3)。+环境变量:ANISO_DELTA(默认 0=关闭,提交态)、ANISO_AXES(默认 xy)、ANISO_NORM(默认 0)。 单输入退路:无括号 → 无 b 侧 → 跳过,与父一致。 -## 机制证据(mechanism_evidence)+## 诊断(mechanism_evidence,A 半代理,seed 0) -机制确实运行且改变了细胞:β=0.35/K=8/seed0 诊断显示 11 个共有型全部处理、675 个被选 b 细胞全部被位移;-被位移细胞的表达值实际改变(输出 md5 与 β=0 不同),坐标未动。+(a) r_x=4.410、r_y=4.234:max|r_ax−1|=3.41 ≫ PLAN 阈值 0.03,机制"有幅度";但幅度几乎全是**各向同性**生长,+各向异性部分 r_x/r_y=1.042(4.2%,与节点 25 报告的"两轴比值差仅 2%"一致)。+预测云离心率失配真实存在:out_ecc(σ_x/σ_y)=0.810 vs 括号插值参考 ref_ecc=0.885(−8.5%)。 -- **平滑有区分度**:cos(r, r̃) 型间均值 0.30(0.36–0.42 各大型),远低于 PLAN 风险条款的 0.95 阈值——-  r̃ 不等于 r,位移方向确实由空间邻域决定,未退化为节点 24 的逐细胞径向膨胀。-- **平滑压缩程度**:||r̃||/||r|| ≈ 0.29(0.38–0.42 各大型),故 β=0.35 的实际位移幅度 ≈ 0.10|r|,-  比节点 24 β=0.25 径向膨胀的 0.45|r| 小 4.5 倍。-- **方差确实恢复**:var_after/var_before 型间均值 1.08(β=0.35/K=8)。-- **位移场空间自相关**:cos(r, r̃)=0.30>0 即残差的空间自相关显著为正(邻域平均与自身方向一致),-  位移场 β·r̃ 是 kNN 平滑场,按构造空间自相关。-- **但四组分变化与 PLAN 预期相反**(A 半代理,seed 0,父基线=节点 24/21 提交态):+(b) δ>0 时修正确实传到输出、未被终缩放冲掉(out_ecc):+ANISO_NORM=1:δ=1→0.826,δ=3→0.867,δ=4→≈0.885(命中 ref),δ=6→0.924(过冲)。+literal(NORM=0):δ=0.25 时 c=(1.449,1.434),out_ecc 反而恶化到 0.722(各向同性膨胀把 b 云撑大,终缩放压缩 a 侧)。 -| 配置 | 榜分 | cell_state | expr_change | shape | local | mmd_u | variogram |-|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|-| β=0(父,**提交**) | 61.14 | 52.84 | 60.50 | 72.18 | 59.03 | 0.01116 | 0.01094 |-| β=0.15, K=8 | 60.97 | 52.10 | 60.54 | 72.18 | 59.06 | 0.01114 | 0.01162 (+6.2%) |-| β=0.35, K=8 | 60.89 | 51.70 | 60.57 | 72.18 | 59.10 | 0.01110 | 0.01204 (+10.1%) |-| β=0.5, K=24 | 60.88 | 51.66 | 60.56 | 72.18 | 59.10 | 0.01115 | 0.01203 (+10.0%) |+(c)(d) 四组分逐项变化(A 半,seed 0,基线=父提交态 61.14:cell_state 52.84 / expr 60.50 / shape 72.18 / local 59.03): -cell_state = f(mmd_u, variogram) 如预期由这两个指标决定,但方向与 PLAN 预期相反:-variogram 单调恶化且**首个 β 档就超过 PLAN 停止条款(>5%)**;mmd_u 几乎不动(0.01116→0.0111),-没有复现节点 24 径向膨胀的 mmd_u 收益(平滑把位移幅度压到 0.10|r|,太小;而放大幅度又先撞上 variogram)。-K=24 的更强平滑与 K=8 结果几乎相同(60.88 vs 60.89),排除"平滑不够"的解释。+| 配置 | cell_state | expr_change | shape | local | occupancy_dice | 结论 |+|---|---:|---:|---:|---:|---:|---|+| δ=0(父,**提交**) | 52.84 | 60.50 | 72.18 | 59.03 | 0.80 | — |+| NORM=1 δ=1 | 52.84 | 60.50 | 72.10 | 59.06 | — | 噪声内 |+| NORM=1 δ=3 | 52.84 | 60.50 | 72.18 | 59.07 | — | 噪声内 |+| NORM=1 δ=4 | 52.84 | 60.50 | 71.72 | 59.10 | — | shape −0.46 |+| NORM=1 δ=6 | 52.84 | 60.50 | 71.59 | 59.11 | — | shape −0.59 |+| literal δ=0.25 | 52.84 | 60.50 | 61.97 | 58.83 | 0.651 | −2.6,破坏性 |++表达两组分完全不动(表达值未改,符合预期);shape/local 是坐标敏感的组。  ## 机制对照(mechanism_off_control)与验证 -off 对照 = SPATVAR_BETA=0(代码默认,提交态):位移为零,z′=z,输出与父节点逐位一致-(md5 b86afc108c424bc0761200595d6a772b,与节点 21/24 提交态相同)。验证:-β=0 重跑两次 md5 相同(确定性);seed 3 输出不同(正确响应 seed);vec-check ok;-β>0 各档 vec-check ok、运行 ~5s(远低于 limit)。共 3 次查分(额度 20,余 17)。+off 对照 = ANISO_DELTA=0(代码默认,提交态):c_ax≡1,坐标不变,输出 md5+b86afc108c424bc0761200595d6a772b 与父节点 26/24/21/11 提交态逐位一致(已知父链 md5 复核通过)。+验证:seed 0 重跑两次 md5 相同(确定性);seed 3 输出不同(正确响应 seed);vec-check ok;运行 ~2s。+共 5 次查分(额度 20,余 15)。  ## 结论与教训 -- **机制证伪,且比节点 24 更糟**:空间平滑位移对 variogram 的单位幅度伤害显著高于逐细胞径向膨胀-  (位移幅度小 4.5 倍,variogram 恶化反而更大:+10.1% vs 节点 24 β=0.25 的 +6.3%)。-  解释:variogram 度量表达差随空间距离的结构;对 b 侧细胞叠加任何非生物来源的空间相关扰动场,-  都会在中短程空间尺度上注入参考里不存在的"伪信号",直接抬高 variogram;而平滑与否不改变-  a/b 细胞在局部邻域内混排时"只动 b 不动 a"造成的 identity/location 耦合破坏。-- 至此表达空间方差缺口利用的两个方向全部关闭:径向膨胀(节点 24,mmd_u 收益被 variogram 对冲)-  与空间平滑位移(本节点,无 mmd_u 收益、variogram 伤害更大)。**后续节点不应再尝试在-  b 侧表达上做方差恢复类扰动**,无论是否空间平滑、幅度多小(β=0.15 已 -0.17 分)。-  响应曲线对 β 单调,sup 在边界 β=0,故提交 β=0(与父逐位一致,安全回退)。-- 剩余可攻方向(与父 ANALYSIS 一致):改变 b 侧细胞身份来源(a-b 近邻差分外推,节点 12 已初步证伪)、-  或转向未被表达扰动触及的 local_spatial/shape_scale(坐标占据,节点 13 各向异性补偿方向)。+- **literal 形式(c_ax=r_ax^δ)被证伪且破坏性**:r_ax≈4.3 时 δ=0.25 已使 b 细胞 1.45× 各向同性膨胀+  (等效 γ≈1.67,远超节点 19 证伪的 cap>1.15 边界),occupancy_dice 0.80→0.65、shape −10.2。+  PLAN 的 δ∈{0.5,0.75,1.0} 档膨胀更大,无需消耗查分(停止条款:shape 掉 >1 即弃该区域)。+- **纯各向异性形式(面积保持)无收益**:把 out_ecc 从 0.810 精确拉到参考 0.885(δ=4)也不升 shape(−0.46),+  local 只 +0.04~0.08(噪声内)。**xy 离心率失配不是 shape_scale 的驱动量**——与节点 25 对比:z 轴 σ 匹配+  (fac 0.92)升 shape +1.0,而 xy 各向异性(2–4% 幅度)在 b 侧(节点 25)和整云混合占比(本节点)均无效。+  解释:shape 指标对占据(occupancy_dice)和整体尺度敏感;xy 轴比对连续占据云的惩罚很小,且 b 细胞仅占 26%。+- 后续若再攻 shape_scale:方向应是 z 轴/占据结构(节点 25 已证),不是 xy 轴比;若攻 local_spatial,+  本机制的 +0.08 幅度表明坐标逐轴缩放的杠杆太弱。  ## 验证过 / 没验证 -- 验证过:β=0 与父 md5 逐位一致、确定性;β∈{0.15,0.35}(K=8)、β=0.5(K=24) 的 seed0 响应(3 次查分);-  诊断量(cos、norm ratio、var ratio、位移细胞数);vec-check;单输入退路代码路径与父一致。-- 没验证:多 seed(响应单调、首档即触发停止条款,按 PLAN 停止条款无需继续);β<0.15 档-  (外推单调性表明其上界是 β=0 的父分数);SPATVAR 与 κ/γ 的交互(底座参数未动)。+- 验证过:δ=0 与父 md5 逐位一致、确定性、seed 响应;NORM=1 δ∈{1,3,4,6} 与 literal δ=0.25 的 seed0 响应+  (5 次查分);诊断量 r_ax、c_ax、out_ecc、ref_ecc 全部由视图输入现场计算(无硬编码轴比、无绝对时间,+  伪装视图平移时间不改变 r_ax 与 t)。+- 没验证:literal δ≥0.5(膨胀更大,按停止条款跳过);多 seed(各配置距基线 ≤0.5 分或为负,PLAN 规定+  <1 分不提交,无需两种子确认);ANISO 与 γ/κ 的联合重扫(底座参数未动)。  ## 知识来源 -无新增外部生物学知识;全部计算只来自视图内两个输入阶段的表达、标签与坐标。-kNN 空间平滑是通用统计方法,不针对任何保留阶段。+无新增外部生物学知识;r_ax、μ_b、σ_ref 全部来自视图内两个输入阶段的对齐坐标;+5–95% 分位距、几何均值归一化是通用稳健统计方法,不针对任何保留阶段。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 1f2a30a..1ddb3cf 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -80,6 +80,20 @@ z' = z + beta*r~ (env SPATVAR_BETA, default 0 = off, bit-identical to parent). Neighbors move together, restoring within-type variance without amplifying expression differences between spatially close cells (the node-24 failure mode that broke the variogram).++Change (PLAN T2EI-05, node 28): b-side coordinate anisotropic occupancy+compensation (ANISO). Per-axis growth ratio r_ax = sigma_b,ax/sigma_a,ax+(5-95% percentile range, aligned xy, all cells of both brackets); selected b+cells scale per axis around their centroid: c_ax = r_ax**delta (ANISO_NORM=1+divides r_ax by its geometric mean, isolating the pure anisotropic component).+FALSIFIED on the proxy (A half, seed 0): growth is near-isotropic (r_x=4.41,+r_y=4.23, ratio 4.2%), the literal form at delta=0.25 already inflates b cells+1.45x isotropically (occupancy_dice 0.80->0.65, shape -10.2), and the+area-preserving form, even tuned to hit the bracket-interpolated eccentricity+exactly (out_ecc 0.810 -> 0.885 at delta=4), leaves shape flat-to-worse+(-0.46) and local within noise (+0.07). xy eccentricity is not the driver of+shape_scale. Submitted default ANISO_DELTA=0 is bit-identical to node 26/24/+21/11 (md5 b86afc108c424bc0761200595d6a772b verified). """  from __future__ import annotations@@ -123,6 +137,9 @@ VARRESTORE_MIN = int(os.environ.get("VARRESTORE_MIN", "3")) SPATVAR_BETA = float(os.environ.get("SPATVAR_BETA", "0.0")) SPATVAR_K = int(os.environ.get("SPATVAR_K", "8")) SPATVAR_MIN = int(os.environ.get("SPATVAR_MIN", "3"))+ANISO_DELTA = float(os.environ.get("ANISO_DELTA", "0.0"))+ANISO_AXES = os.environ.get("ANISO_AXES", "xy").strip().lower()  # xy|xyz+ANISO_NORM = os.environ.get("ANISO_NORM", "0").strip().lower() not in ("0", "off", "false")   def _spread_apply(X: np.ndarray, rows: np.ndarray, mu: np.ndarray, f: float) -> None:@@ -556,6 +573,42 @@ def main() -> None:                 _spread_apply(cb, rows_sel, mu, f)                 spread_diag.append({"type": tname, "n_c": n_c, "k_c": k_c, "f": f}) +    # PLAN T2EI-05 (node 28): b-side coordinate anisotropic occupancy compensation.+    # Per-axis growth ratio r_ax = sigma_b,ax / sigma_a,ax estimated from ALL cells of+    # both brackets in the aligned frame, using the 5-95% percentile range as a robust+    # spread (xy only by default; z is a discrete slice axis). The selected b cells are+    # then scaled per axis around their own per-axis centroid: c_ax = r_ax**delta,+    # x'_ax = mu_b,ax + (x_ax - mu_b,ax)*c_ax. The isotropic final RMS rescale after+    # jitter preserves relative eccentricity. delta=0 => c_ax=1 => bit-identical to+    # the parent (mechanism-off control). Single input => no b side => skipped.+    aniso_diag = {"delta": ANISO_DELTA, "axes": ANISO_AXES}+    if ib.size:+        ax_idx = (0, 1) if ANISO_AXES == "xy" else (0, 1, 2)+        r_ax = np.ones(3)+        sig_ref = {}+        for ax in ax_idx:+            sa = float(np.percentile(aligned_a[:, ax], 95) - np.percentile(aligned_a[:, ax], 5))+            sb = float(np.percentile(aligned_b[:, ax], 95) - np.percentile(aligned_b[:, ax], 5))+            r_ax[ax] = sb / sa if sa > 1e-9 else 1.0+            # log-linear per-axis interpolation of the bracket spreads (undamped+            # reference for the predicted cloud's eccentricity diagnostics)+            sig_ref[ax] = float(np.exp((1.0 - t) * np.log(max(sa, 1e-9)) + t * np.log(max(sb, 1e-9))))+        r_use = r_ax+        if ANISO_NORM:+            gm = float(np.exp(np.mean(np.log(np.maximum(r_ax[list(ax_idx)], 1e-12)))))+            r_use = r_ax / gm+        c_ax = r_use ** ANISO_DELTA if ANISO_DELTA != 0.0 else np.ones(3)+        aniso_diag.update({+            "r_ax": {int(k): float(r_ax[k]) for k in ax_idx},+            "c_ax": {int(k): float(c_ax[k]) for k in ax_idx},+            "sigma_ref": {int(k): float(v) for k, v in sig_ref.items()},+            "n_cells": int(ib.size),+        })+        if ANISO_DELTA != 0.0:+            mu_b = cb[ib].mean(axis=0)+            cb = cb.copy()+            cb[ib] = mu_b + (cb[ib] - mu_b) * c_ax+     parts = []     coord_parts = []     if ia.size:@@ -583,6 +636,15 @@ def main() -> None:     else:         coords = scale_to_rms(coords, target_rms) +    if ib.size and "r_ax" in aniso_diag:+        ax_idx = (0, 1) if ANISO_AXES == "xy" else (0, 1, 2)+        out_sig = {int(ax): float(np.percentile(coords[:, ax], 95) - np.percentile(coords[:, ax], 5))+                   for ax in ax_idx}+        aniso_diag["out_sigma"] = out_sig+        aniso_diag["out_ecc"] = out_sig[0] / out_sig[1] if out_sig.get(1, 0) > 1e-9 else None+        sr = aniso_diag["sigma_ref"]+        aniso_diag["ref_ecc"] = sr[0] / sr[1] if sr.get(1, 0) > 1e-9 else None+     keep = {k: info.get(k) for k in ("n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align")}     print(json.dumps({         "bracket": [a["stage"], b["stage"]], "t": t, "n": int(expr.shape[0]),@@ -614,6 +676,7 @@ def main() -> None:         "spatvar_norm_ratio_mean": float(np.mean([s["norm_ratio"] for s in spatvar_diag])) if spatvar_diag else 0.0,         "spatvar_var_ratio": float(np.mean([s["var_after"] / s["var_before"] for s in spatvar_diag])) if spatvar_diag else 1.0,         "spatvar": spatvar_diag,+        "aniso": aniso_diag,     }, default=float), file=sys.stderr)     write_t2(args.out, expr, coords.astype(np.float32), genes, seed=args.seed) 

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k024World-model evaluation dimensions for state-transition predictorsnotes/competition/07_biomedical_world_models.md
k027Joint expression-geometry generation with relative geometrynotes/competition/03_solution_landscape.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么在底座(interp_bracket→procrustes→scale_damp=0.5→κ=0.65→SEL_P=1.0→γ=1.15→jitter→终缩放)的γ膨胀后新增ANISO步:按轴生长比r_ax=σ_b,ax/σ_a,ax(5-95%分位距)做被选b细胞逐轴缩放c_ax=r_ax^δ,含几何均值归一化(面积保持)变体ANISO_NORM。代理上证伪后提交态ANISO_DELTA=0,与父节点26/24/21/11逐位一致(md5 b86afc108c424bc0761200595d6a772b),故榜分与四组分均+0.00。
各组分数的变化cell_state:不变 +0.00(54.35)
expression_change:不变 +0.00(61.08,提交态δ=0与父逐位一致;代理上δ>0也不动,因表达值未改)
local_spatial:不变 +0.00(60.69);代理上δ>0各档仅+0.04~+0.08,在噪声内(T2约1分)
shape_scale:不变 +0.00(72.48);代理上:literal δ=0.25时−10.2(破坏性),面积保持δ=4把out_ecc精确拉到参考0.885仍−0.46
family_idT2EI-05
假设是否成立否
经验
  1. 当两括号阶段的逐轴散布比r_ax很大但各轴间比值差很小(本节点r_x=4.41/r_y=4.23,仅差4.2%)时,literal形式c_ax=r_ax^δ主要产生各向同性膨胀而非各向异性修正——δ=0.25即等效γ≈1.67,远超节点19证伪的cap>1.15边界,occupancy_dice 0.80→0.65、shape −10.2;诊断阶段应先看r_x/r_y比值再决定是否消耗literal档的查分。
  2. xy离心率失配不是shape_scale的驱动量:面积保持变体把预测云out_ecc从0.810精确拉到括号插值参考0.885(δ=4)也不升shape(−0.46),与节点25(z轴σ匹配升shape +1.0)互为印证;shape对占据结构和z轴尺度敏感,对连续占据云的xy轴比惩罚很小,且b细胞仅占26%、坐标杠杆弱。
  3. b侧坐标逐轴缩放对local_spatial的最大收益仅+0.08(噪声内),说明该类几何微调在b侧占比26%的混合云里杠杆不足,不值得继续在此机制族上加参数扫描。
  4. 先诊断后查分的PLAN模式有效:诊断发现生长近各向同性后,按停止条款跳过literal δ≥0.5档,仅用5/20次查分即完成证伪且提交态零风险回退(md5与父一致)。
mechanism_active否
下一步建议
  1. 针对shape_scale:在节点25谱系上做z轴σ匹配/占据结构的深化(节点25已证z匹配+1.0),不要再在xy轴比或离心率维度上投入(节点25与28双重证伪)。
  2. 针对local_spatial:放弃逐轴缩放类弱杠杆,改用更强的邻域几何手段(如局部密度均衡化或a-b邻域重排),并先在代理上确认单步幅度>1分再查分。
  3. b侧表达方差恢复(节点24径向膨胀、节点26空间平滑)与b侧坐标占据补偿(节点28)均已关闭,后续improve应转向a侧处理或κ/SEL_P组成参数的未扫区域。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。4
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 4 次:read 2、bash 1、write 1
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 13,750 · 输出 1,270 · 思考 578
任务(第一行)分析节点 n28 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/28/analyst.jsonl 12 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/28/analyst.stderr

工程师

角色工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数24
工具调用共 27 次:bash 17、edit 7、read 2、write 1
用时12 分
token 数输入 69,138 · 输出 8,174 · 思考 17,220
任务(第一行)按计划修改程序:b侧坐标各向异性占据补偿:按轴生长比外推的逐轴缩放
最后的回答(摘录)
**做了什么**:按 PLAN T2EI-05 在父管线 γ 膨胀后、jitter 前实现 b 侧坐标各向异性补偿(ANISO:r_ax=σ_b/σ_a 逐轴缩放,含几何均值归一化的面积保持变体 ANISO_NORM),诊断与 δ 网格全部由视图输入现场计算。

**查分结果**(5/20 次,A 半代理,基线 61.14):诊断 r_x=4.41、r_y=4.23——生长近各向同性(比值差仅 4.2%),但预测云 xy 离心率失配真实存在(0.810 vs 参考 0.885)。literal δ=0.25 破坏性(shape −10.2,occupancy_dice 0.80→0.65,等效 γ≈1.67 超节点 19 证伪边界);面积保持变体把 out_ecc 精确拉到 0.885(δ=4)也不升 shape(−0.46),local 仅 +0.07(噪声内)。机制证伪,提交态 ANISO_DELTA=0,md5 与父逐位一致(b86afc10…,已复核)、确定性、vec-check ok。

**下一步最值得试**:xy 轴比/离心率不是 shape_scale 的驱动量(本节点与节点 25 双重证据)——shape 的杠杆在 z 轴 σ 与占据结构(节点 25 已证 +1.0);建议后续在节点 25 谱系上合并 z 匹配,或攻 local_spatial 时换用比逐轴缩放更强的几何手段(b 细胞仅 26%,坐标杠杆弱)。
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/28/engineer.jsonl 170 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/28/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时3 分
token 数输入 13,838 · 输出 1,485 · 思考 5,344
任务(第一行)为节点 n28(改进,父节点 n26)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
胚体生长各向异性(某轴伸长更快),各向同性膨胀会系统性错配目标云离心率,直接伤 shape_scale(占据形状)并间接伤 local_spatial(邻域几何)。",
 "approach": "底座完全不动(interp_bracket→procrustes3d→scale_damp=0.5→κ=0.65→b侧中间态选胞SEL_P=1.0→xy膨胀γ=1.15→jitter→终缩放)。新增步骤插在γ膨胀后、jitter前:(1)诊断:在对齐后坐标上,用两侧全部细胞(不只被选子集)分别计算各轴散布 σ_a,ax、σ_b,ax(用5–95%分位距代替std以抗离群,xy两轴分别算,z为离散切片轴不参与),得生长比 r_ax=σ_b,ax/σ_a,ax;同时输出预测云(δ=0)与外推目标离心率的差。若 max|r_ax−1|<0.03,机制无幅度,直接提交δ=0,不耗查分。(2)位移:被选b细胞坐标 x'_ax = μ_b,ax + (x_ax−μ_b,ax)·c_ax,c_ax = r_ax^δ,μ_b为被选b细胞各轴质心;先做各轴修正再做全局终RMS缩放(终缩放为各向同性,保相对离心率)。环境变量 ANISO_DELTA(默认0=关闭,逐位等于父)、ANISO_AXES默认xy。(3)查分:seed0在A半代理上扫δ∈{0.25,0.5,0.75,1.0}(1次对照+4次,共5次);停止条款:任一配置 shape_scale 或 local_spatial 掉>1分、或 cell_state/expression_change 掉>0.5(坐标动可能经identity/location耦合波及)即弃该δ区域。若最优δ超基线幅度<1分(噪声内),用剩余额度对最优两档加seed1复测取两种子均值确认(最多再花4次)。单输入退路:无括号→无b侧→跳过,与父一致。实现约40行,运行时间增量可忽略(现全跑1.9s),30分钟足够。",
 "expected_groups": ["shape_scale", "local_spatial"],
 "risks": "(1)生长近似各向同性(各r_ax≈1):诊断步即可发现,直接提交δ=0,零查分损失;(2)终RMS缩放可能冲掉修正:相对离心率理论保留,Engineer应验证δ>0时输出各轴σ之比确实偏离δ=0的值、且δ=0输出md5与父一致;(3)δ响应单调、sup在δ=0(节点19γ的翻版):按单调性首档即不超基线则停止,提交对照;(4)T2噪声~1分:任何<1分提升不提交,须两种子确认;(5)合规:r_ax只能来自两个输入视图对齐后坐标,禁止使用参考/目标云统计或任何硬编码轴比;伪装视图重跑时r_ax由输入几何算出、与视图无关(时间平移只改t不改坐标,公式不含绝对时间);(6)坐标拉伸可能轻微破坏identity/location耦合伤local_spatial——这正是要查的指标,若掉>1分即停。",
 "family_id": "T2EI-05",
 "mechanism": "用两个括号阶段的对齐坐标估计逐轴生长比 r_ax=σ_b,ax/σ_a,ax,把此各向异性生长外推 t=(T−T_b)/(T_b−T_a) 步(c_ax=r_ax^δ),只对被选b细胞的坐标做逐轴缩放,补偿κ组成阻尼+各向同性膨胀后残留的离心率错配。",
 "vs_constant_shift": "不是每型表达常数位移,也不是全局各向同性缩放(γ已搜尽且是本方案的保留底座):它按轴区分、只动坐标不动表达、只动被选b细胞,幅度由输入数据自身的各轴生长比驱动而非单一标量;各向同性时(r_ax≡1)自动退化为无操作。",
 "mechanism_evidence": "Engineer需报告:(a)诊断输出的 r_x、r_y 数值(预期偏离1至少一个轴>0.03,否则机制无幅度);(b)δ>0时预测云各轴σ之比相对δ=0的实际改变量(证明修正传到输出、未被终缩放冲掉);(c)四组分逐项变化:预期 shape_scale 升、local_spatial 平或升、cell_state/expression_change 不动(表达值未改);(d)最优δ下榜分超基线>1分(否则按噪声处理)。",
 "mechanism_off_control": "ANISO_DELTA=0(代码默认)时所有 c_ax=r_ax^0=1,坐标不变,输出应与父节点26/24/21/11提交态md5逐位一致;Engineer须验证该md5(父链已知为 b86afc108c424bc0761200595d6a772b)与确定性重跑。预期差别:δ=0与父完全相同,δ>0仅坐标改变而表达矩阵相同。",
 "sources": []}
```
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/28/researcher.jsonl 6 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1/nodes/28/researcher.stderr