Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n2 在终选来历上

seed mix

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1
父节点(种子,没有父节点)
子节点n3、n5、n7
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。种子
状态已打分
分数搜索目标分 57.23 · proxy 57.23 · 3 次复测均分 57.47
审查通过 seed (human-written, locked)
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本71a5db9cc039346092b54605ecab67c7e8a9bc55 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称seed mix
做法seed mix: T2 方法卡的全胚插值选择:mix,align=procrustes3d(共有类型质心三维 Kabsch),scale_damp=0.5(目标 RMS 只走 log 线性的一半,防止代理上冲过真值)。其余同心脏 mi

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:这个提交的上一版(种子程序:相对空仓库)。改动的文件:solution/README.md +6 −0、solution/run.py +54 −0

diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdnew file mode 100644index 0000000..d3647c3--- /dev/null+++ b/solution/README.md@@ -0,0 +1,6 @@+# mix(T2:embryo:val_interp)++T2 方法卡的全胚插值选择:`mix`,align=procrustes3d(共有类型质心三维 Kabsch),scale_damp=0.5(目标 RMS 只走 log 线性的一半,防止代理上冲过真值)。其余同心脏 mix:括号两端按 (1−t, t) 分层抽真实细胞,表达和坐标一起走,细胞数夹到 [583, 5000]。+proxy(E6.75 + E8.0 → E7.25,t=0.4)预期 55.96(seed 0 实测 55.957,与方法卡一致;表达 59.1 / 状态 36.3 / 形状 73.6 / 邻域 54.9)。+final(E7.25 + E8.0 → E7.5,t=1/3):n=5000,RMS 168.2,z_dot 0.93,共有类型 11,与 `data/processed/t2/T2__embryo__val_interp__mix.h5ad` 逐位相同。+已知弱点:细胞状态组只有 36(两端细胞混抽不像中间阶段);scale_damp=0.5 是按代理慢增长段调的,真实括号 E7.25→E8.0 是快增长段,RMS 168 可能偏小。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pynew file mode 100644index 0000000..7ba73af--- /dev/null+++ b/solution/run.py@@ -0,0 +1,54 @@+#!/usr/bin/env python3+"""mix (T2 interpolation): real cells from both bracketing inputs, drawn (1−t, t).++Brackets the target with the nearest inputs before and after it, puts both in+one frame (``ALIGN``), rescales both clouds to the log-linear RMS+exp(log r_a + SCALE_DAMP·t·Δlog r), and draws cells stratified by type:+round(t·n) from the later stage, the rest from the earlier one. Expression and+coordinates travel together. n is log-linear in t, clipped to the board range.+Parameters are the T2 card's choice for this board (selected_params.json).+If the target is not bracketed, falls back to the latest input before it.+"""++from __future__ import annotations++import argparse+import json+import sys++import numpy as np++from src.task2_spatial.methods import interpolate+from src.task2_spatial.sample import take+from src.task2_spatial.view_io import board_params, interp_bracket, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2++PARAMS = {"align": "procrustes3d", "scale_damp": 0.5}+++def main() -> None:+    parser = argparse.ArgumentParser()+    parser.add_argument("--data", required=True)+    parser.add_argument("--out", required=True)+    parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)+    args = parser.parse_args()++    manifest = load_manifest(args.data)+    genes = panel_genes(args.data, manifest)+    a, b, t = interp_bracket(manifest)+    if b is None:+        stage = read_stage(args.data, a, genes)+        n = int(np.clip(stage.n, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))+        rows = np.sort(take(stage.labels, min(n, stage.n), np.random.default_rng(args.seed)))+        write_t2(args.out, stage.X[rows].toarray(), stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)+        return+    stage_a = read_stage(args.data, a, genes)+    stage_b = read_stage(args.data, b, genes)+    params = board_params(manifest, "mix", PARAMS, args.seed)+    expr, coords, info = interpolate(stage_a, stage_b, t, params)+    keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align")}+    print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep}, default=float), file=sys.stderr)+    write_t2(args.out, expr, coords, genes, seed=args.seed)+++if __name__ == "__main__":+    main()

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。里列出的文件看。

这个节点没有大模型对话记录。