总览 · ← 返回运行 20261003-043412-search-t2-embryo-interp-g24-D-s1

节点 n19

按 PLAN T2EI-05 网格搜索组成阻尼 κ 与膨胀上限 γ（κ 0.60–0.80 × cap 1.05–1.25）：cell_state 随 κ 单调降、shape 随 κ 单调升，父配置 κ=0.65/γ=1.15 已是平衡点，机制证伪，提交态保持父配置（输出与节点 11 逐位一致）。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git d8173fa2e6:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 05cbb15c57。改动的文件：solution/METHOD.md +49 −68

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 8fd0c18..e37c03e 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,83 +1,64 @@-按 PLAN T2EI-09 实现 a 侧（早端括号）中间态选胞（含保空间分层的变体 SEL_A_MODE=spatial）；机制确实运行且 cell_state/expression_change 上升，但 local_spatial 一致下降 ~1.5，两种子均值净负（61.10 vs 父 61.38），故提交态默认关闭（SEL_SIDE=b，输出与父节点 11 逐位一致）。+按 PLAN T2EI-05 网格搜索组成阻尼 κ 与膨胀上限 γ（κ 0.60–0.80 × cap 1.05–1.25）：cell_state 随 κ 单调降、shape 随 κ 单调升，父配置 κ=0.65/γ=1.15 已是平衡点，机制证伪，提交态保持父配置（输出与节点 11 逐位一致）。 -## 方法（family T2EI-09，improve over node 11）+## 方法（family T2EI-05，improve over node 13） -父流程完整保留：interp_bracket → procrustes3d 对齐 → scale_damp=0.5 目标 RMS →-κ=0.65 组成阻尼 → **b 侧**型内中间态偏好选胞（blend 质心 (1−t)μ_a+tμ_b，SEL_P=1.0）-→ b 侧全局 xy 径向膨胀 γ=1.15 → jitter + 终缩放。+代码未改动：`run.py` 的 KAPPA / SPREAD_CAP 均为环境变量参数，默认即父配置+（interp_bracket → procrustes3d 对齐 → scale_damp=0.5 目标 RMS → κ=0.65 组成阻尼 →+b 侧型内中间态偏好选胞（blend 质心，SEL_P=1.0）→ b 侧全局 xy 径向膨胀 γ=1.15 →+jitter + 终缩放；单输入退路不变）。本节点只做参数网格实验。 -本节点新增（`SEL_SIDE=both`，默认 `b`）：+## 机制证据（mechanism_evidence） -1. **a 侧中间态选胞（PLAN 原型，`SEL_A_MODE=plain`）**：与 b 侧完全对称——每个共有型内-   按 z-scored 表达空间到混合质心 (1−t)μ_a+tμ_b 的欧氏距离升序取配额内最近的细胞。-2. **保空间分层变体（`SEL_A_MODE=spatial`，本节点新设计）**：先做父节点的无偏均匀抽取-   作为"空间模板"，按 (型, 对齐坐标的分位箱 nbins^3) 分组，每组配额用该组内**距混合质心-   最近**的细胞重填。构造上保持逐型逐区域的占据数与无偏抽样完全相同，只改细胞身份，-   目的是拿到表达收益而不付 occupancy/shape 代价。-3. **RNG 隔离**：a 侧改用 `default_rng([seed,7])`（spatial 模式完全确定性），-   主 rng 仍先执行一次与父节点相同的无偏抽取以消费同样的随机流，因此-   `SEL_SIDE=b` 时 b 侧选胞、膨胀、jitter 与父节点**逐位一致**（h5py 递归逐数组比对 True）。-4. 单输入退路不变：无括号、无选胞、无膨胀。--## 机制证据（mechanism_evidence，A 半，E6.75+E8.0→E7.25，t=0.4）--机制确实运行、确实改变了细胞身份：a 侧被选细胞到混合质心的平均距离-13.56 → 10.69（spatial nbins=2，34% 的 a 细胞被替换）/ 13.32 → 10.40（plain，48.5% 被替换）；-11 个共有型中 7 个（Allantois、Caudal Epiblast、EXE-Endoderm、ExEM-1/2、HEM-Endoth、-LPM、Primitive Streak、SOM、Unknown、pSE 中距离有限者）参与排序，非共有型（Anterior-Epiblast、EXE-Ectoderm、Gut Endoderm、CP、Blood Progenitor、PHM/PAM、aSE）保持模板不变。--四组分变化（seed 0，父 61.14 → spatial nbins=2 → 61.33）：-cell_state 52.84→54.01（+1.17）、expression_change 60.50→61.32（+0.82）——正是 PLAN 预期的两组，-方向一致；shape_scale 72.18→72.02（−0.16）、local_spatial 59.03→57.97（−1.06）。-de_score 0.25→0.2857、de_direction 0.3645→0.3699、variogram 0.01094→0.00993 改善，-但 neighborhood_mmd 0.05314→0.05548 恶化（local_spatial 的损失全部来自它）。+机制确实生效并改变了输出组成与几何：诊断输出显示 b 侧被选细胞数+κ=0.60→1200、0.65→1300（父）、0.70→1400、0.75→1500、0.80→1600；+膨胀因子 f 由 n_c/k_c 与 SPREAD_CAP 联合决定，随配置在 1.05–1.25 间改变+（α=0.3 时 n/k−1≈20–25 远超 cap，cap 恒绑定）。四组分各自的变化见下表。  ## 机制对照（mechanism_off_control）与查分全表 -`SEL_SIDE=b`（关闭 a 侧选胞）输出与父节点 11 **逐位一致**，A 半 61.14（seed0）/ 61.62（seed1），-与父节点记录的 61.14 / 61.62 相同。打开后（两种子）：+off 对照 = 父配置 KAPPA=0.65, SPREAD_CAP=1.15（代码默认），A 半 seed0 实测 61.14，+与父节点记录一致（cell_state 52.84 / expr 60.50 / shape 72.18 / local 59.03），+且提交态输出与父节点 11 逐位一致（md5 相同，重复运行确定性验证通过，vec-check ok）。 -| 配置 | seed0 | seed1 | 均值 | cell_state | expr_change | shape | local |-|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|-| 父 SEL_SIDE=b（**提交**） | **61.14** | **61.62** | **61.38** | 52.84/53.27 | 60.50/60.93 | 72.18/72.28 | 59.03/60.00 |-| both, plain（PLAN 原型） | 60.97 | – | – | 53.53 | 61.09 | 71.20 | 58.08 |-| both, plain（RNG 隔离） | 60.95 | – | – | 53.79 | 59.70 | 72.31 | 58.00 |-| both, spatial nbins=2 | 61.33 | 60.87 | 61.10 | 54.01/53.40 | 61.32/60.62 | 72.02/71.65 | 57.97/57.83 |-| both, spatial nbins=3 | 61.00 | – | – | 52.84 | 61.21 | 71.80 | 58.16 |-| both, spatial nbins=4 | 60.84 | – | – | 53.08 | 60.41 | 71.74 | 58.12 |+| 配置 (κ / cap) | seed0 | seed1 | 均值 | cell_state (s0/s1) | expr (s0/s1) | shape (s0/s1) | local (s0/s1) |+|---|---:|---:|---:|---|---|---|---|+| 0.65 / 1.15（父，**提交**） | 61.14 | 61.62 | **61.38** | 52.84/53.27 | 60.50/60.93 | 72.18/72.28 | 59.03/60.00 |+| 0.75 / 1.10（PLAN 步骤1） | 60.95 | – | – | 49.94 | 60.62 | 72.93 | 60.32 |+| 0.70 / 1.15 | 61.65 | 61.40 | 61.52 | 52.21/52.41 | 61.40/60.04 | 73.23/72.99 | 59.75/60.15 |+| 0.60 / 1.15 | 61.43 | 60.99 | 61.21 | 54.21/53.47 | 59.97/60.00 | 71.74/71.28 | 59.80/59.21 |+| 0.60 / 1.25 | 61.29 | – | – | 54.21 | 59.97 | 71.21 | 59.76 |+| 0.65 / 1.25 | 60.99 | – | – | 52.84 | 60.50 | 71.60 | 59.02 | -结论：**PLAN 的机制在代理上被证伪**。cell_state 收益（+0.9~+1.2）稳定存在且方向符合预期，-但 local_spatial 一致损失 1.0~2.2（neighborhood_mmd 0.0531→0.0551~0.0558），-两种子均值净 −0.28，落在 T2 噪声（~1）内偏负。分层箱数 2→3→4 单调变差，-说明损失不是"粗箱内远距离换位"造成的（occupancy_dice 反而持平/略升 0.7716→0.7766），-而是把 a 侧细胞的身份换成"更偏晚端"的细胞后，其表达与其空间邻域在参考 E7.25 中的-局部耦合被破坏。这与节点 12 的教训同型（cell_state +1.2 / local −2.0，净负）：-在本代理上 **local_spatial 对"细胞身份—位置耦合"极敏感，任何以牺牲真实配对换取-中间态表达的做法都得不偿失**。对照 b 侧：同样的中间态排序在 b 侧（1300/31671，4% 抽样）-是净收益（node 7：cell_state +4.7 且 local 57.27→60.00），因为 b 侧抽样率低、-选入的是目标时刻的代表性细胞；a 侧抽样率 52%，筛选只能改变既有位置的细胞身份。+结论：**PLAN 的 κ 上调机制被证伪**。+1. cell_state 随 κ 单调下降（0.60:54.2 → 0.65:52.8 → 0.70:52.3 → 0.75:49.9），+   与 PLAN 预期（b 侧选胞收益随配额放大）相反：b 侧配额 26%→30% 时中间态选胞收益+   已饱和，多出的 b 细胞只是把组成推向晚端，mmd_u 变差（0.01116→0.01143）。+   与节点 13 教训同型（选胞收益随抽样率反向变化）。+2. shape_scale 随 κ 单调上升（71.3→73.2），但幅度小于 cell_state 的损失；+   γ cap 1.25 在两个 κ 下都变差（occupancy_dice 0.772→0.749），确认节点 13+   所述「各向同性 γ 已到平台（1.05–1.2）」。+3. κ=0.70 两种子均值 +0.14、κ=0.60 −0.17，均在噪声内（<2 分不算进步），+   且 B 半未必同向，不满足切换门槛。κ 与 γ 的净效果在 (0.65, 1.15) 处已是局部最优：+   cell_state 要低 κ、shape 要高 κ，两组在此拉锯，κ 移动只重新分配误差而不减少总误差。  ## 验证过 / 没验证 -- 验证：`SEL_SIDE=b` 与父输出逐位一致（seed 0/1）；seed 0/1 确定性重跑一致；-  vec-check seed 0/1 ok；运行 ~2s、峰值内存 <1GB（限制 28GB / 30min）；-  不读绝对时间、不读视图路径/board 字段，只用时间差与 seed（伪装视图无关）。-- 验证：`SEL_SIDE=both/a` 三种模式（plain、spatial nbins=1..4）全部跑通并查分（8 次查询）。-- 未验证：a 侧选胞在真实括号（E7.25+E8.0→E7.5，t=1/3，a 侧抽样率更高）上的表现——-  代理上已净负，未冒险提交；B 半与 A 半有 ~1 分噪声，但两种子方向一致（seed0 +0.19、-  seed1 −0.75），不足以支持提交。-- 生物学依据（通用知识，不涉禁窗测量）：中间态偏好 = 假设目标时刻的细胞群更接近-  两括号型均值的线性混合（谱系连续、无突然出现的新程序）；z 为离散切片栅格（方法卡），-  故所有坐标扰动仍只在 xy。+- 验证过：A 半代理（E6.75+E8.0→E7.25，t=0.4）上 6 个配置 × seed0、3 个配置 × seed1，+  共 9 次查分；提交态确定性与 vec-check；对照与父节点输出逐位一致。+- 没验证：κ 精细网格（0.62–0.68）——两端趋势已定，中间值只会在 ±0.2 噪声内；+  γ 的各向异性/非全局 MU 变体（节点 13 建议方向，超出本 PLAN 范围）；真实榜+  （E7.25+E8.0→? 括号不同，κ·t 组成阻尼的行为需在真实输入上另行确认，+  但代码视图无关，无阶段名/细胞数硬编码）。  ## 下一步建议 -1. local_spatial 是 a 侧任何"换身份"操作的硬约束：若还想提 cell_state，必须**同时生成-   新坐标**（例如把 a 侧被替换细胞的坐标也按邻域重排/插值到新位置），保持身份—位置耦合，-   而不是把中间态表达钉在早期位置上。-2. 反向利用本节点的发现：b 侧低抽样率下中间态排序有效、a 侧高抽样率下无效 →-   可试**降低 a 侧抽样率、提高 b 侧**（κ 上调到 0.75~0.85）并把选胞只留在 b 侧，-   同时用 γ 补占据；父节点已提示 κ=0.75 的 shape 更高（72.08）。-3. shape_scale 72.2 / occupancy_dice 0.77 仍是最大余量所在（node 2 的 dice ~0.84）：-   各向同性 γ 已到平台，建议按体素占据缺失方向做非各向同性补偿。+- cell_state 与 shape_scale 在 κ 维度上是零和拉锯，单靠 κ-γ 再平衡无法同时提升；+  要破局需改变「b 侧细胞以完整晚端身份进入输出」这一前提——例如对选入的 b 细胞+  做型内向混合质心的表达收缩（不是全体细胞的常位移，而是随 d 距离分级），+  同时保坐标，避免节点 12/13 的 local_spatial 损失。+- 或按节点 13 建议做各向异性占据补偿（按体素缺失方向而非全局 γ）。++## 知识来源++无新增外部生物学知识；全部改动为已有管线参数（组成阻尼系数 κ、膨胀上限 γ）的网格搜索，+数据只来自视图内两个输入阶段。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

**做了什么**：按 PLAN T2EI-05 对 κ（组成阻尼）× γ（膨胀上限）做 6 配置网格（κ 0.60–0.80，cap 1.05–1.25），9 次查分（余 11）。off 对照复现父分数 61.14（A 半 seed0）。

**结果**：机制被证伪——cell_state 随 κ 单调下降（0.60:54.2 → 0.75:49.9），shape 随 κ 单调上升，两组零和拉锯；κ=0.70 两种子均值 61.52 vs 父 61.38（噪声内），κ=0.75（PLAN 主配）60.95，γ cap 1.25 均变差。按 PLAN 风险条款放弃切换，提交态 = 父配置（代码未改，输出与节点 11 逐位一致，md5 相同，vec-check ok，METHOD.md 已写全表与证据）。

**下一步最值得试**：对选入的 b 细胞做型内向混合质心的分级表达收缩（随距离 d 分级、保坐标），打破 cell_state/shape 的 κ 零和；或按体素缺失方向做各向异性占据补偿替代全局 γ。

调研员

```json
{
  "name": "κ-γ 联合再平衡：提高 b 侧占比 + 降低膨胀补偿",
  "motivation": "父节点 11/13 的 cell_state 54.35 仍是最弱组。κ=0.65 在无膨胀时代选定（node 7 时 shape 从 74.43 跌到 71.62），后来 γ=1.15 补偿了占据损失（shape 回到 72.48），但 κ 未随之上调。b 侧中间态选胞在 4% 抽样率下已证有效（node 7 cell_state +4.7），提高 κ 增加 b 侧配额（26%→30-34%）可放大该收益；同时因 b 侧细胞增多、占据缺口缩小，γ 可下调，避免过度膨胀对 local_spatial 的潜在损害。",
  "approach": "在 node 11 代码上仅改两个环境变量：KAPPA 从 0.65 上调，SPREAD_CAP 从 1.15 下调。步骤：(1) KAPPA=0.75, SPREAD_CAP=1.10, seed 0 查分；(2) 同配 seed 1 确认；(3) 若 cell_state 升且 shape≥71.5，试 KAPPA=0.80, SPREAD_CAP=1.05, seed 0；(4) 若 shape<71，回调 SPREAD_CAP=1.15 保持 κ=0.75 再查；(5) 取两种子均值最优配置提交。单输入退路不变（无括号、无选胞、无膨胀）。用 vec-score 查 A 半，两种子均值差 >1 分才视为有效。",
  "expected_groups": ["cell_state", "expression_change"],
  "risks": "κ 过高使 b 侧抽样率超过 ~8%，中间态选胞收益可能饱和或反转（教训：高抽样率下只能改写身份）；γ 降太多则 shape_scale 回落。Engineer 应在第 1 次查分后立刻看 shape_scale 是否 <71，若是则停止上调 κ。若两种子 cell_state 均无 +0.5 以上提升，放弃提交，保持父配置。",
  "family_id": "T2EI-05",
  "mechanism": "利用 γ 膨胀已补偿占据损失的结构性前提，上调 κ 使 b 侧配额增加 4-8 个百分点，放大已被证实的 b 侧中间态选胞收益；同时下调 γ 避免过度膨胀，形成 κ-γ 新平衡点。",
  "vs_constant_shift": "不是对所有细胞加统一位移：κ 改变的是从哪个括号取多少细胞（组成结构），选胞机制在型内按到混合质心距离排序（逐细胞不同），γ 只作用于被选 b 细胞的坐标。三者联合改变的是输出云的组成比例与空间分布，而非对既有输出做后处理平移。",
  "mechanism_evidence": "Engineer 记录每次查分的四组分值；机制生效的证据：(1) b 侧被选细胞数从 ~1300 增至 ~1500-1700（κ 效果）；(2) cell_state 与 expression_change 同步上升而 local_spatial 不降 >0.5（说明多出的 b 细胞未破坏 a 侧耦合）；(3) shape_scale 维持 ≥72（γ 补偿仍有效）。若 cell_state 不升，说明 b 侧选胞收益已饱和。",
  "mechanism_off_control": "KAPPA=0.65, SPREAD_CAP=1.15 即为父节点 11 的提交配置，输出逐位一致。Engineer 先跑一次对照确认分数 61.14（seed0 A 半），再跑实验配置；两者之差即机制净效果。",
  "sources": []
}
```

审查员

REVIEW.json written