Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n4

copy_last + 型内表达时间插值(型均值delta按时间权重)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24-D
父节点n1
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态生成失败
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。31 分
程序版本— (programs.git)
备注missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称copy_last + 型内表达时间插值(型均值delta按时间权重)
动机父节点1(copy_last,48.68)最弱组是 expression_change 44.26:它把 E8.25_late 的表达原样当 E8.5 输出,表达完全没有随时间移动。同表的 mix 种子(节点2,59.50,expression_change 63.90)说明让表达向目标时间靠拢能大幅提分,但 mix 走的是组成混合路线(节点3已在继续)。本节点在 copy_last 分支上做不同的结构修复:保持坐标与组成不变,只按上下括号阶段的型内均值差对表达做时间插值,直接修 expression_change。
做法1) 读 manifest,取下括号阶段(父节点已用的 anchor,E8.25_late)和第一个时间晚于目标的上括号阶段;从时间戳计算插值权重 w=(t_target-t_lo)/(t_hi-t_lo),禁止硬编码数值(伪装视图时间会整体平移)。找不到上括号阶段时退路:w=0,输出与父节点完全相同(单输入阶段也走此退路)。2) 用 panel_genes 同一基因面板读两个阶段。3) 对两侧细胞数都≥min_n(初值20)的细胞型,算 delta[型,基因]=mean_hi-mean_lo,并按 min(n_lo,n_hi)/(min(n_lo,n_hi)+k)(初值k=30)收缩;不满足的型 delta=0。4) 与父节点相同地按细胞型分层抽样 E8.25_late 到上限,X_new=clip(X_old + w*delta[型], 0, None),坐标原样。5) vec-score 快筛:先跑 w=0 对照,确认与父节点输出逐元素一致;再跑 w≈0.5,看 expression_change 是否从 44.26 明显上升且 local_spatial/shape_scale 保持在 49–50。查分≤4次:对照1次、主方案1次,若提升>2分再试 min_n∈{10,50} 或 k∈{10,100}。全程纯 numpy,秒级,30分钟绰绰有余。
风险1) 稀有的型均值差噪声大、把表达带偏——用 min_n 阈值+计数收缩控制;Engineer 若发现个别型 delta 范数异常大或总分不升,先提高 min_n。2) 上下阶段细胞型标签词表不完全重合——只对两侧都有的型施加 delta。3) 提升小于噪声(T2约1分):以 expression_change 单组变化为准,若该组提升≥3–5分(组内波动小于总分)才可确认真实。4) 上括号阶段若细胞数远少于下括号,型均值估计不稳,收缩应更强。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k016Degenerate-solution checks for population predictionsnotes/handover/02_知识学习路线.md
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k023Time-split validation with a held-out intermediate or next time pointnotes/handover/02_知识学习路线.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次(失败 1 次)
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。9
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 13 次:bash 9、read 4
用时30 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 24,206 · 输出 1,486 · 思考 2,289
任务(第一行)按计划修改程序:copy_last + 型内表达时间插值(型均值delta按时间权重)
最后的回答(摘录)—
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24-D/nodes/4/engineer.jsonl 53 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24-D/nodes/4/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时1 分
token 数输入 5,520 · 输出 1,036 · 思考 2,910
任务(第一行)为节点 n4(改进,父节点 n1)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
```json
{"name": "copy_last + 型内表达时间插值(型均值delta按时间权重)",
 "motivation": "父节点1(copy_last,48.68)最弱组是 expression_change 44.26:它把 E8.25_late 的表达原样当 E8.5 输出,表达完全没有随时间移动。同表的 mix 种子(节点2,59.50,expression_change 63.90)说明让表达向目标时间靠拢能大幅提分,但 mix 走的是组成混合路线(节点3已在继续)。本节点在 copy_last 分支上做不同的结构修复:保持坐标与组成不变,只按上下括号阶段的型内均值差对表达做时间插值,直接修 expression_change。",
 "approach": "1) 读 manifest,取下括号阶段(父节点已用的 anchor,E8.25_late)和第一个时间晚于目标的上括号阶段;从时间戳计算插值权重 w=(t_target-t_lo)/(t_hi-t_lo),禁止硬编码数值(伪装视图时间会整体平移)。找不到上括号阶段时退路:w=0,输出与父节点完全相同(单输入阶段也走此退路)。2) 用 panel_genes 同一基因面板读两个阶段。3) 对两侧细胞数都≥min_n(初值20)的细胞型,算 delta[型,基因]=mean_hi-mean_lo,并按 min(n_lo,n_hi)/(min(n_lo,n_hi)+k)(初值k=30)收缩;不满足的型 delta=0。4) 与父节点相同地按细胞型分层抽样 E8.25_late 到上限,X_new=clip(X_old + w*delta[型], 0, None),坐标原样。5) vec-score 快筛:先跑 w=0 对照,确认与父节点输出逐元素一致;再跑 w≈0.5,看 expression_change 是否从 44.26 明显上升且 local_spatial/shape_scale 保持在 49–50。查分≤4次:对照1次、主方案1次,若提升>2分再试 min_n∈{10,50} 或 k∈{10,100}。全程纯 numpy,秒级,30分钟绰绰有余。",
 "expected_groups": ["expression_change", "cell_state"],
 "risks": "1) 稀有的型均值差噪声大、把表达带偏——用 min_n 阈值+计数收缩控制;Engineer 若发现个别型 delta 范数异常大或总分不升,先提高 min_n。2) 上下阶段细胞型标签词表不完全重合——只对两侧都有的型施加 delta。3) 提升小于噪声(T2约1分):以 expression_change 单组变化为准,若该组提升≥3–5分(组内波动小于总分)才可确认真实。4) 上括号阶段若细胞数远少于下括号,型均值估计不稳,收缩应更强。",
 "family_id": "T2HI-01",
 "mechanism": "以上下括号阶段的型内均值表达差作为每个细胞型的时间方向,按目标在区间内的时间位置 w 对 copy_last 的表达做型内插值。",
 "vs_constant_shift": "位移是逐基因、逐细胞型的,方向与幅度全部来自视图内两个输入阶段观测到的型内时间变化,再乘以由时间戳算出的 w 并按型样本量收缩;无证据的型位移为0。不改变组成比例和坐标(区别于组成重加权),型内方差因只加常数而严格保持不变。",
 "mechanism_evidence": "1) 报告各型 delta 的范数分布与非零型个数(应有多数型非零且幅度有差异);2) 预测与父输出的逐细胞差应等于该细胞所属型的 w*delta,且型内方差不变(前后比值≈1);3) 四组分:expression_change 应显著高于44.26,local_spatial/shape_scale 应≈49.75/49.37(坐标未动),以此证明提分来自表达的时间移动而非其他部件。",
 "mechanism_off_control": "同一程序加参数 --w 0(或跳过 delta 计算),输出应与父节点 copy_last 逐元素一致(diff 校验,含相同抽样);预期 expression_change 回落到 44.26,其余组分不变。若 w=0 与 w≈0.5 分数无差别,说明机制未生效。",
 "sources": []}
```
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24-D/nodes/4/researcher.jsonl 5 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-heart-interp-g24-D/nodes/4/researcher.stderr