总览 · ← 返回运行 20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24
节点 n4
残差保持型内表达插值(type-delta shift)改善 expression_change
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24 |
|---|---|
| 父节点 | n1 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 生成失败 |
| 分数 | 没有分数 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 32 分 |
| 程序版本 | — (programs.git) |
| 备注 | missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
没有 METHOD.md。
调研员的计划
| 名称 | 残差保持型内表达插值(type-delta shift)改善 expression_change |
|---|---|
| 动机 | 父节点 1(copy_last)四组分中 expression_change 最低(48.38),原因是输出原样复制 E6.75,表达毫无时间变化。节点 2(mix)证明表达插值可把 expression_change 拉到 59.72,但其 cell_state 崩至 37.49,推测因将细胞表达塌缩到型均值。本方案在保留单细胞残差的前提下加型级时间增量,兼顾 expression_change 提升与 cell_state 不塌。 |
| 做法 | 1) 用 view_io 读取两个输入阶段(下锚 E6.75、上锚 E8.0 或更后;若 manifest 只提供一个阶段则退路为 copy_last 原样输出)。2) 对每个细胞型 t:计算下锚型均值 μ_lo(t) 和上锚型均值 μ_hi(t);型内基因数差异用 panel_genes 对齐,缺失基因填下锚均值。3) 对下锚每个细胞 i(型 t_i):X_pred[i] = X_lo[i] + α·(μ_hi(t_i) − μ_lo(t_i)),α=0.5(中点插值)。若某型只在一个阶段出现,α=0 保持原样。4) 坐标、细胞数、组成与 copy_last 相同(保持下锚原样,分层抽样至 max_cells)。5) 负值 clip 到 0。关键参数:α 固定 0.5(中点),不搜索;若 vec-score 显示 expression_change 升但 cell_state 降超 2 分,尝试 α=0.3。用 vec-score 查 A 半,跑 1 次确认方向正确即可(预期提升 >5 分远超噪声 1 分)。单阶段退路:若 read_stage 只返回一个阶段或上锚不存在,直接执行 copy_last 逻辑。 |
| 风险 | 1) 上锚阶段基因面板与下锚不完全重叠,导致部分基因无法计算 delta → Engineer 应在加载后立即打印两阶段共有基因数,若 <80% 面板则退化为只用共有基因。2) 型级均值差异过小(发育 1 天内变化微弱),提升不到噪声 → 第一次 vec-score 即可判断,若 expression_change 提升 <2 分则放弃。3) 某些稀有型在上锚缺失 → 该型 α=0,不影响整体。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
这个节点没有程序版本(没有生成代码)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k016 | Degenerate-solution checks for population predictions | notes/handover/02_知识学习路线.md |
| k023 | Time-split validation with a held-out intermediate or next time point | notes/handover/02_知识学习路线.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
没有分析结果(ANALYSIS.json)。
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
工程师
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次(失败 1 次) |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 7 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 11 次:bash 8、read 3 |
| 用时 | 30 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 25,213 · 输出 1,032 · 思考 5,775 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:残差保持型内表达插值(type-delta shift)改善 expression_change |
| 最后的回答(摘录) | — |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/4/engineer.jsonl 73 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/4/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 2 分 |
| token 数 | 输入 5,487 · 输出 896 · 思考 4,480 |
| 任务(第一行) | 为节点 n4(改进,父节点 n1)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | {
"name": "残差保持型内表达插值(type-delta shift)改善 expression_change",
"motivation": "父节点 1(copy_last)四组分中 expression_change 最低(48.38),原因是输出原样复制 E6.75,表达毫无时间变化。节点 2(mix)证明表达插值可把 expression_change 拉到 59.72,但其 cell_state 崩至 37.49,推测因将细胞表达塌缩到型均值。本方案在保留单细胞残差的前提下加型级时间增量,兼顾 expression_change 提升与 cell_state 不塌。",
"approach": "1) 用 view_io 读取两个输入阶段(下锚 E6.75、上锚 E8.0 或更后;若 manifest 只提供一个阶段则退路为 copy_last 原样输出)。2) 对每个细胞型 t:计算下锚型均值 μ_lo(t) 和上锚型均值 μ_hi(t);型内基因数差异用 panel_genes 对齐,缺失基因填下锚均值。3) 对下锚每个细胞 i(型 t_i):X_pred[i] = X_lo[i] + α·(μ_hi(t_i) − μ_lo(t_i)),α=0.5(中点插值)。若某型只在一个阶段出现,α=0 保持原样。4) 坐标、细胞数、组成与 copy_last 相同(保持下锚原样,分层抽样至 max_cells)。5) 负值 clip 到 0。关键参数:α 固定 0.5(中点),不搜索;若 vec-score 显示 expression_change 升但 cell_state 降超 2 分,尝试 α=0.3。用 vec-score 查 A 半,跑 1 次确认方向正确即可(预期提升 >5 分远超噪声 1 分)。单阶段退路:若 read_stage 只返回一个阶段或上锚不存在,直接执行 copy_last 逻辑。",
"expected_groups": ["expression_change"],
"risks": "1) 上锚阶段基因面板与下锚不完全重叠,导致部分基因无法计算 delta → Engineer 应在加载后立即打印两阶段共有基因数,若 <80% 面板则退化为只用共有基因。2) 型级均值差异过小(发育 1 天内变化微弱),提升不到噪声 → 第一次 vec-score 即可判断,若 expression_change 提升 <2 分则放弃。3) 某些稀有型在上锚缺失 → 该型 α=0,不影响整体。",
"family_id": "T2EI-01",
"mechanism": "对每个细胞加上其所属细胞型在两个输入阶段间的平均表达变化量(type-level delta),保留细胞个体残差,实现时间方向上的表达位移。",
"vs_constant_shift": "常数位移对所有细胞加同一向量;本方案按细胞型分别计算位移向量,不同型获得不同方向和幅度的位移,且每个细胞的最终表达保留了其原始残差(个体异质性不被抹平)。组成重加权只改变各型细胞数量比例,不改变单个细胞的表达值。",
"mechanism_evidence": "Engineer 应验证:(1) 各型的 delta 向量非零且型间有差异(打印前 5 型的 delta L2 范数);(2) 输出表达与下锚原始表达的逐细胞差值按型分组后,组均值 ≈ 对应 delta,组内方差 ≈ 原始方差(残差保留);(3) expression_change 组分提升而 cell_state 不降超 1 分。",
"mechanism_off_control": "将 α 设为 0(即 X_pred = X_lo),其余流程不变,输出应与 copy_last 完全一致(分数回到 ~49.1)。若 α=0 时分数偏离 49.1 超过 0.5,说明实现有 bug。",
"sources": []
} |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/4/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/4/researcher.stderr |