Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n3

类型内表达插值改善 cell_state(mix 中间态化)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24
父节点n2
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态生成失败
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。17 分
程序版本— (programs.git)
备注missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称类型内表达插值改善 cell_state(mix 中间态化)
动机父节点 2 的 cell_state 仅 37.49,远低于 expression_change 59.72、local_spatial 57.27、shape_scale 74.43。METHOD.md 已指出原因:两端细胞混抽不像中间阶段。当前 mix 从括号两端随机抽真实细胞,其表达谱是端点状态而非过渡态,导致 cell_state 组严重失分。
做法核心改动:对每个共有细胞类型,将抽出的端点细胞的表达向另一阶段的同类型均值做 (1−t, t) 插值,使输出细胞呈中间态表达。具体步骤:(1) 保持现有 Procrustes 对齐和分层抽样逻辑不变;(2) 在 interpolate() 返回后、写入前,对每个共有类型计算两阶段的类型均值 μ_a, μ_b;(3) 对从阶段 A 抽出的该类型细胞:x_new = (1−t)·x + t·μ_b;对从阶段 B 抽出的:x_new = (1−t)·μ_a + t·x;(4) 坐标保持现有混合逻辑不动(local_spatial 和 shape_scale 已较好);(5) 仅出现在单端的类型不做插值。关键参数:插值权重直接用 t(无额外超参)。单输入阶段退路:若 interp_bracket 返回 b=None,走现有 fallback(直接复制最近输入),无插值。vec-score 快速筛选:先跑 seed 0 看 cell_state 是否从 37 升到 42+,若 cell_state 提升但 expression_change 下降超过 2 分则降低插值强度(用 α·t 代替 t,α∈{0.5,0.7,1.0})。预计实现改动 <30 行,运行时间不变(~1.5 s)。
风险(1) 向类型均值插值会压缩类型内表达方差,可能降低 expression_change 分数——Engineer 应在第一次查分后比较 expression_change 是否下降 >2 分,若是则试 α=0.5;(2) 类型标签若在两阶段不完全对齐(某类型仅一端有),需正确跳过,否则 KeyError——加 if 判断;(3) 提升可能 <1 分噪声——若首次查分总分 <58,用 3 个 seed 确认。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k028LLM-driven code evolution for analysis algorithms10.64898/2026.02.26.707870
k027Joint expression-geometry generation with relative geometrynotes/competition/03_solution_landscape.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次(失败 1 次)
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。9
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 14 次:bash 11、read 2、grep 1
用时15 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 25,403 · 输出 1,480 · 思考 4,818
任务(第一行)按计划修改程序:类型内表达插值改善 cell_state(mix 中间态化)
报错{"name": "APIError", "data": {"message": "Cannot connect to API: The socket connection was closed unexpectedly. For more information, pass `verbose: true` in the second argument to fetch()", "isRetry…
最后的回答(摘录)—
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/3/engineer.jsonl 67 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/3/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时1 分
token 数输入 5,895 · 输出 829 · 思考 2,307
任务(第一行)为节点 n3(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
{"name": "类型内表达插值改善 cell_state(mix 中间态化)",
 "motivation": "父节点 2 的 cell_state 仅 37.49,远低于 expression_change 59.72、local_spatial 57.27、shape_scale 74.43。METHOD.md 已指出原因:两端细胞混抽不像中间阶段。当前 mix 从括号两端随机抽真实细胞,其表达谱是端点状态而非过渡态,导致 cell_state 组严重失分。",
 "approach": "核心改动:对每个共有细胞类型,将抽出的端点细胞的表达向另一阶段的同类型均值做 (1−t, t) 插值,使输出细胞呈中间态表达。具体步骤:(1) 保持现有 Procrustes 对齐和分层抽样逻辑不变;(2) 在 interpolate() 返回后、写入前,对每个共有类型计算两阶段的类型均值 μ_a, μ_b;(3) 对从阶段 A 抽出的该类型细胞:x_new = (1−t)·x + t·μ_b;对从阶段 B 抽出的:x_new = (1−t)·μ_a + t·x;(4) 坐标保持现有混合逻辑不动(local_spatial 和 shape_scale 已较好);(5) 仅出现在单端的类型不做插值。关键参数:插值权重直接用 t(无额外超参)。单输入阶段退路:若 interp_bracket 返回 b=None,走现有 fallback(直接复制最近输入),无插值。vec-score 快速筛选:先跑 seed 0 看 cell_state 是否从 37 升到 42+,若 cell_state 提升但 expression_change 下降超过 2 分则降低插值强度(用 α·t 代替 t,α∈{0.5,0.7,1.0})。预计实现改动 <30 行,运行时间不变(~1.5 s)。",
 "expected_groups": ["cell_state"],
 "risks": "(1) 向类型均值插值会压缩类型内表达方差,可能降低 expression_change 分数——Engineer 应在第一次查分后比较 expression_change 是否下降 >2 分,若是则试 α=0.5;(2) 类型标签若在两阶段不完全对齐(某类型仅一端有),需正确跳过,否则 KeyError——加 if 判断;(3) 提升可能 <1 分噪声——若首次查分总分 <58,用 3 个 seed 确认。",
 "family_id": "T2EI-01",
 "mechanism": "对共有类型的端点细胞,将其表达向量向另一阶段同类型均值做线性插值,使输出细胞的转录状态呈中间阶段特征,而非端点状态的混合。",
 "vs_constant_shift": "不是对每个类型加一个常向量:插值目标取决于每个细胞自身的表达(保留细胞间异质性,只是将其向中间态拉近),且插值比例由 t 决定、逐细胞应用,不是全局平移。",
 "mechanism_evidence": "Engineer 应检查:(1) 插值后共有类型细胞的表达均值应介于两阶段同类型均值之间(而非等于某一端);(2) 类型内方差应 >0 但小于端点方差(说明插值生效但未坍缩);(3) 四组分中 cell_state 应明显上升而 shape_scale 基本不变(坐标未动)。",
 "mechanism_off_control": "将插值步骤跳过(或设 α=0),即完全回退到父节点的原始 mix 逻辑,预期输出与父节点逐位相同、分数回到 57.23 附近。"}
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/3/researcher.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/3/researcher.stderr