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节点 n15
mix 基座上实现 PLAN 的型丰度趋势加权抽取(T2EI-01:按两阶段丰度对数比 lr(c) 调型特异 t_draw(c),γ 控强度);机制确认触发(lr_std=0.94、38% 类型 |lr|>0.3、t_draw CV=0.52)但代理双向否决(γ=+0.3/0.6/1.0 的 cell_state 单调降至 51.8/51.63/49.89,γ=−0.6 升 cell_state
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24 |
|---|---|
| 父节点 | n13 |
| 子节点 | n16 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 60.92(+0.0) · proxy 60.92(+0.0) |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 16 分 |
| 程序版本 | 4a697759b55abc68d4996afe61cd4c56d043c967 (programs.git) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 4a697759b5:solution/METHOD.md
mix 基座上实现 PLAN 的型丰度趋势加权抽取(T2EI-01:按两阶段丰度对数比 lr(c) 调型特异 t_draw(c),γ 控强度);机制确认触发(lr_std=0.94、38% 类型 |lr|>0.3、t_draw CV=0.52)但代理双向否决(γ=+0.3/0.6/1.0 的 cell_state 单调降至 51.8/51.63/49.89,γ=−0.6 升 cell_state 却砸 board),按失败条款提交 γ=0,输出与父节点 13 逐位一致(三种子 np.array_equal 验证)。
方法
保留父节点 13 的 mix 流程:interp_bracket 取目标两侧输入,align=procrustes3d
对齐坐标帧,scale_to_rms 缩放到阻尼 log 线性目标 RMS(scale_damp=0.45),
按类型分层抽细胞(统一 t_draw = 0.5·t),细胞数夹到 manifest 的
[min_cells, max_cells]。单输入(b is None)时混合与机制整段跳过,输出=单阶段
分层抽样(与父一致)。历史机制(late-only 抽取、去成熟化、型心插值、型内 OT)
全部保持关闭。
PLAN 机制(T2EI-01,abundance_typed_draw,本节点新增):对后期阶段的每个
类型 c 计算丰度对数比 lr(c)=log2((f_b(c)+ε)/(f_a(c)+ε)),ε=1e-4;任一侧细胞数
<5 的类型 lr 置 0(稀有型守卫)。型特异抽取比例
t_draw(c)=0.5·t·(1+γ·clip(lr,−2,2)),夹到 [0.02,0.98];后期配额按
t_draw(c)·f_b(c)·n 分配(最大余数法取整,确定性排序),其余配额从早期阶段分层
抽取。扩展型多取后期细胞、收缩型少取。γ 由环境变量 T2_ABUND_GAMMA 控制,
提交默认 0(此时不调用新函数,走父的 mix_indices 原路径)。
机制生效证据(代理括号 E6.75+E8.0→E7.25,t=0.4,n=5000,seed 0,γ=0.6)
- lr 分布:均值 −0.116、标准差 0.940(≫PLAN 的 0.1 下限),|lr|>0.3 的类型占 38.5%(>30% 阈值)——丰度比信号充足且型间异质,机制非全局常数缩放;
- t_draw 分布:CV=0.517(>0.15 阈值),显著异于统一值 0.2;
- 被改变来源的细胞:n_from_b 1000→1070,型间配额重分配 + 来源切换合计约 264 个细胞位(占抽样总数 5.3%,占后期来源细胞的 ~26%;占比上限受 n_b/n=20% 约束, 未达 PLAN 预期的 15% 总占比,如实报告);
- 四组分归因(γ=0.6 vs γ=0,A 半):expression_change +0.31(de_direction 0.349→0.363)、local_spatial +0.65(neighborhood_mmd 0.0548→0.0534)、 cell_state −0.93(mmd_u 0.0118→0.0112 但 variogram 0.0106→0.0121)、 shape_scale −0.22(occupancy_dice 0.802→0.790)——机制走组成/状态通道, 与 PLAN 预期通道一致,但目标组分方向相反。
对照(mechanism off)
T2_ABUND_GAMMA=0(提交默认)时 mix_indices_typed 不调用新函数、rng 消耗
序列与父完全相同,输出与父节点 13 管线逐位一致:重构父 run.py 实跑,
seed 0/1/2 下 X 与 spatial_3D np.array_equal 全部 True。对照查分 60.17
(A 半,seed 0)与父节点 METHOD 报告的 60.17 完全一致。γ=0.6 下同一 seed 重跑
两次输出逐位相同(确定性验证)。
查分结果与否决(A 半,seed 0,共 5 次查询)
| γ | board | cell_state | expression_change | shape_scale | local_spatial |
|---|---|---|---|---|---|
| 0(对照) | 60.17 | 52.56 | 60.17 | 69.69 | 58.27 |
| +0.3 | 59.72 | 51.80 | 59.56 | 69.01 | 58.53 |
| +0.6 | 60.12 | 51.63 | 60.48 | 69.47 | 58.92 |
| +1.0 | 60.14 | 49.89 | 59.96 | 71.94 | 58.77 |
| −0.6 | 59.77 | 53.51 | 59.40 | 68.66 | 57.51 |
PLAN 采纳条件(最佳 γ 的 cell_state > 对照+1 = 53.56)不满足:正 γ 使目标组分 cell_state 随强度单调恶化(扩展型多取后期细胞把状态分布推向晚侧,variogram 升高),负 γ 虽升 cell_state(+0.95)但同时砸 local_spatial(−0.76)与 shape_scale(−1.03),board 净降。两个方向的 board 都低于对照,γ=0 是峰。 解读:统一 t_draw=0.5·t 已把混合云的状态分布调到代理目标附近,任何按丰度趋势 的型级再分配都在状态-空间两组分之间做净亏损的交换(与节点 10 的 ADJ 调节同型)。
关键参数
PARAMS = {align: procrustes3d, scale_damp: 0.45}(同父);T_DRAW_FRAC=0.5、LATE_ONLY_FRAC=0.5、DEMAT_ALPHA=0、CENTROID_DELTA=0(同父,历史机制关闭);T2_ABUND_GAMMA=0.0提交默认=机制关闭(env 可开启,仅调试);- 节点 5 遗留的型内 Sinkhorn OT 仍在代码中,默认关闭(
T2_OT_ON=0)。
验证与未验证
- 已验证:代理视图 seed 0 全 γ 网格跑通(~2 s,<0.4 GB);γ=0 输出 seed 0/1/2
vec-checkok 且与父逐位一致;γ≠0 路径对 seed 确定;机制触发的诊断/归因证据 完整;消耗 5 次查分。 - 未验证:真实括号(E7.25+E8.0,t=1/3,共有类型 11)上丰度加权的效果——代理的 双向否决说明"统一 t_draw 已在状态-空间交换的峰上"依赖括号的丰度结构,真实 括号不能排除方向不同,只能按代理证据保守回退。γ=−0.3 未测(−0.6 已净降 0.40,单调性下无越峰预期)。
- 生物学知识来源:无新增;仅使用 view 内数据(类型标签丰度、时间差)。
调研员的计划
| 名称 | 型丰度趋势加权抽取比例改善 cell_state |
|---|---|
| 动机 | 父节点13(=9=11)四组中 cell_state 53.88 最低。坐标通道已四轮否决(scale/OT/型心/负向外推),表达后处理三轮否决(节点3/7/11)。但抽取组成通道仍有空间:节点5的t_draw=0.5·t将cell_state从37.49拉到53.88(+16),节点12的组成插值+解耦进一步到57.12。当前管线对所有类型用统一t_draw=0.5·t,忽略了类型间丰度变化趋势。节点10的ADJ=0(共享型全取早期)过于极端导致cell_state−1.51,说明方向对但粒度需更细:按型连续调节而非二值切换。 |
| 做法 | 在mix_indices_typed抽取阶段,对每个共有类型c计算两阶段丰度对数比 lr(c)=log2((f_b(c)+ε)/(f_a(c)+ε)),ε=1e-4;将t_draw从统一0.5·t改为型特异:t_draw(c)=0.5·t·(1+γ·clip(lr(c),−2,2)),clip到[0.02,0.98]保证合法。γ=0时退化为父管线(逐位一致)。实现步骤:1)在mix_indices返回前,按类型标签统计ca/cb中各型频率;2)计算lr向量;3)对每个被抽中的后期细胞,按其类型的t_draw(c)决定是否入选(替代统一阈值)。代理验证:γ∈{0.3,0.6,1.0}+对照γ=0,共4次查分;若最佳γ的cell_state>对照+1,再补测γ±0.15(2次);否则提交γ=0。单输入(b is None)时跳过机制,输出=单阶段分层抽样。vec-score筛选:先看cell_state是否升、再看board是否升、最后确认local_spatial/shape_scale未降超1。 |
| 风险 | 1) 丰度比信号弱(多数类型lr≈0)→机制等效于常数缩放,Engineer应在代理上先打印lr分布(均值/标准差/非零比例),若std<0.1则提前终止;2) 某些稀有型频率估计不稳(<5细胞)→用ε平滑+将细胞数<5的类型lr置0;3) 调组成可能联动local_spatial(邻域类型配比变化)→若local_spatial降>1.5即停止该γ;4) 30分钟内足够:机制仅改抽样逻辑,无优化/迭代,代理单次<2s。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 673961da9b。改动的文件:solution/METHOD.md +53 −47、solution/run.py +91 −5
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex d5e2583..74baeac 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,69 +1,75 @@-mix 基座上实现 PLAN 的型心坐标时间插值(T2EI-04:共有类型坐标簇刚性平移到 μ_T=(1−t)μ_a+t·μ_b 的 δ 倍位置,表达不动);机制确认触发(型心位移均值 86.5、CV 0.34)但代理双向否决(δ=±0.25..1.0 全部降分,local_spatial 单调恶化),按失败条款提交 δ=0(输出与父逐位一致,三种子 np.array_equal 验证)。+mix 基座上实现 PLAN 的型丰度趋势加权抽取(T2EI-01:按两阶段丰度对数比 lr(c) 调型特异 t_draw(c),γ 控强度);机制确认触发(lr_std=0.94、38% 类型 |lr|>0.3、t_draw CV=0.52)但代理双向否决(γ=+0.3/0.6/1.0 的 cell_state 单调降至 51.8/51.63/49.89,γ=−0.6 升 cell_state 却砸 board),按失败条款提交 γ=0,输出与父节点 13 逐位一致(三种子 np.array_equal 验证)。 ## 方法 -保留父节点 11 的 mix 流程:`interp_bracket` 取目标两侧输入,`align=procrustes3d`+保留父节点 13 的 mix 流程:`interp_bracket` 取目标两侧输入,`align=procrustes3d` 对齐坐标帧,`scale_to_rms` 缩放到阻尼 log 线性目标 RMS(`scale_damp=0.45`),-按类型分层抽细胞(`t_draw = 0.5·t`),细胞数夹到 manifest 的 `[min_cells, max_cells]`。-单输入(b is None)时混合与机制整段跳过,输出=单阶段分层抽样(与父一致)。+按类型分层抽细胞(统一 `t_draw = 0.5·t`),细胞数夹到 manifest 的+`[min_cells, max_cells]`。单输入(b is None)时混合与机制整段跳过,输出=单阶段+分层抽样(与父一致)。历史机制(late-only 抽取、去成熟化、型心插值、型内 OT)+全部保持关闭。 -**PLAN 机制(T2EI-04,`centroid_time_interp`,本节点新增)**:在 `mix_indices`-抽取完成、`_pack_expr` 之前,对每个共有类型 c 用对应阶段**全部细胞**的坐标-(对齐+缩放后的 ca/cb 帧)计算质心 μ_a(c)、μ_b(c),目标质心 μ_T=(1−t)μ_a+t·μ_b。-抽中细胞来自 a 的平移 +δ·t·(μ_b−μ_a),来自 b 的平移 −δ·(1−t)·(μ_b−μ_a);-早/晚独有类型不动;表达值完全不动。δ 由环境变量 `T2_CENTROID_DELTA` 控制,-提交默认 0。+**PLAN 机制(T2EI-01,`abundance_typed_draw`,本节点新增)**:对后期阶段的每个+类型 c 计算丰度对数比 lr(c)=log2((f_b(c)+ε)/(f_a(c)+ε)),ε=1e-4;任一侧细胞数+<5 的类型 lr 置 0(稀有型守卫)。型特异抽取比例+t_draw(c)=0.5·t·(1+γ·clip(lr,−2,2)),夹到 [0.02,0.98];后期配额按+t_draw(c)·f_b(c)·n 分配(最大余数法取整,确定性排序),其余配额从早期阶段分层+抽取。扩展型多取后期细胞、收缩型少取。γ 由环境变量 `T2_ABUND_GAMMA` 控制,+提交默认 0(此时不调用新函数,走父的 `mix_indices` 原路径)。 -## 机制生效证据(代理括号 E6.75+E8.0→E7.25,t=0.4,n=5000,seed 0)+## 机制生效证据(代理括号 E6.75+E8.0→E7.25,t=0.4,n=5000,seed 0,γ=0.6) -- 步骤 0 诊断:共有类型 11 个,型心位移范数均值 86.5、最大 134.9、CV=0.336- (>0.3,型间位移有差异,非全局常数位移)——远高于 PLAN 的 0.05 阈值,机制信号充足;-- 实际移动细胞:a 来源 2861/4000、b 来源 520/1000(其余为独有类型,按 PLAN 不动);- δ=0.5 时逐细胞位移均值 21.6(云 RMS≈146,量级合理),位移 CV=0.396;-- 刚性平移:型内相对几何严格不变(每个细胞的位移是同一向量);-- 四组分归因(δ=1.0 vs δ=0,A 半):expression_change ±0.00、cell_state ±0.00- (表达与抽取未动,de_score/mmd_u/variogram 逐位相同),shape_scale −0.20- (d2_shape/occupancy_dice 微变,scale_log_ratio 不变),local_spatial −2.13- (neighborhood_mmd 0.0548→0.0597)——改动确实只走了坐标通道。+- lr 分布:均值 −0.116、标准差 0.940(≫PLAN 的 0.1 下限),|lr|>0.3 的类型占+ 38.5%(>30% 阈值)——丰度比信号充足且型间异质,机制非全局常数缩放;+- t_draw 分布:CV=0.517(>0.15 阈值),显著异于统一值 0.2;+- 被改变来源的细胞:n_from_b 1000→1070,型间配额重分配 + 来源切换合计约 264+ 个细胞位(占抽样总数 5.3%,占后期来源细胞的 ~26%;占比上限受 n_b/n=20% 约束,+ 未达 PLAN 预期的 15% 总占比,如实报告);+- 四组分归因(γ=0.6 vs γ=0,A 半):expression_change +0.31(de_direction+ 0.349→0.363)、local_spatial +0.65(neighborhood_mmd 0.0548→0.0534)、+ cell_state −0.93(mmd_u 0.0118→0.0112 但 variogram 0.0106→0.0121)、+ shape_scale −0.22(occupancy_dice 0.802→0.790)——机制走组成/状态通道,+ 与 PLAN 预期通道一致,但目标组分方向相反。 ## 对照(mechanism off) -`T2_CENTROID_DELTA=0`(提交默认)时函数直接原样返回坐标、不消耗 rng,输出与-父节点 11 管线**逐位一致**:重构父 run.py 实跑,seed 0/1/2 下 X 与 spatial_3D-`np.array_equal` 全部 True。对照查分 60.17(A 半,seed 0)与父节点 METHOD-报告的 60.17 完全一致。+`T2_ABUND_GAMMA=0`(提交默认)时 `mix_indices_typed` 不调用新函数、rng 消耗+序列与父完全相同,输出与父节点 13 管线**逐位一致**:重构父 run.py 实跑,+seed 0/1/2 下 X 与 spatial_3D `np.array_equal` 全部 True。对照查分 60.17+(A 半,seed 0)与父节点 METHOD 报告的 60.17 完全一致。γ=0.6 下同一 seed 重跑+两次输出逐位相同(确定性验证)。 ## 查分结果与否决(A 半,seed 0,共 5 次查询) -| δ | board | cell_state | expression_change | shape_scale | local_spatial | neighborhood_mmd |-|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|-| 0(对照) | **60.17** | 52.56 | 60.17 | 69.69 | **58.27** | **0.0548** |-| 0.5 | 60.14 | 52.56 | 60.17 | 70.36 | 57.45 | 0.0567 |-| 1.0 | 59.59 | 52.56 | 60.17 | 69.49 | 56.14 | 0.0597 |-| −0.25 | 59.73 | 52.56 | 60.17 | 67.99 | 58.19 | 0.0550 |-| −0.5 | 59.05 | 52.56 | 60.17 | 65.69 | 57.80 | 0.0559 |+| γ | board | cell_state | expression_change | shape_scale | local_spatial |+|---:|---:|---:|---:|---:|---:|+| 0(对照) | **60.17** | 52.56 | 60.17 | 69.69 | 58.27 |+| +0.3 | 59.72 | 51.80 | 59.56 | 69.01 | 58.53 |+| +0.6 | 60.12 | 51.63 | 60.48 | 69.47 | 58.92 |+| +1.0 | 60.14 | 49.89 | 59.96 | 71.94 | 58.77 |+| −0.6 | 59.77 | **53.51** | 59.40 | 68.66 | 57.51 | -PLAN 提交条件(δ=0.5 或 1.0 的 local_spatial > 父+1)不满足:目标组分-local_spatial 随 |δ| 双向单调恶化,δ=0 是两个方向的峰。解读:正 δ 把同一类型-来自两阶段的簇拉到一起,反而升高邻域类型失配(neighborhood_mmd)——说明-mix 抽出的混合云在邻域层面已经接近目标,型心插值把 a 簇推进 b 簇占据的区域-制造了新的失配;负 δ 把簇推开,主要砸 shape_scale(occupancy/d2_shape)。-未测 δ=0.25/0.75(PLAN 只在方向成立时补测;0.5 已 −0.82,单调性下无峰)。-按失败条款提交 δ=0。+PLAN 采纳条件(最佳 γ 的 cell_state > 对照+1 = 53.56)不满足:正 γ 使目标组分+cell_state 随强度单调恶化(扩展型多取后期细胞把状态分布推向晚侧,variogram+升高),负 γ 虽升 cell_state(+0.95)但同时砸 local_spatial(−0.76)与+shape_scale(−1.03),board 净降。两个方向的 board 都低于对照,γ=0 是峰。+解读:统一 t_draw=0.5·t 已把混合云的状态分布调到代理目标附近,任何按丰度趋势+的型级再分配都在状态-空间两组分之间做净亏损的交换(与节点 10 的 ADJ 调节同型)。 ## 关键参数 - `PARAMS = {align: procrustes3d, scale_damp: 0.45}`(同父);`T_DRAW_FRAC=0.5`、- `LATE_ONLY_FRAC=0.5`、`DEMAT_ALPHA=0`(同父,历史机制保持关闭);-- `T2_CENTROID_DELTA=0.0` 提交默认=机制关闭(env 可开启,仅调试);+ `LATE_ONLY_FRAC=0.5`、`DEMAT_ALPHA=0`、`CENTROID_DELTA=0`(同父,历史机制关闭);+- `T2_ABUND_GAMMA=0.0` 提交默认=机制关闭(env 可开启,仅调试); - 节点 5 遗留的型内 Sinkhorn OT 仍在代码中,默认关闭(`T2_OT_ON=0`)。 ## 验证与未验证 -- 已验证:代理视图 seed 0 全 δ 网格跑通(~2 s,<0.4 GB);δ=0 输出 seed 0/1/2- `vec-check` ok 且与父逐位一致;机制触发的诊断/归因证据完整;消耗 5 次查分。-- 未验证:真实括号(E7.25+E8.0,t=1/3,共有类型 11)上型心插值的效果——- 机制是纯几何插值、无阶段特异假设,但代理的双向否决说明"混合云的邻域结构- 已优于型心插值"这一结论依赖括号的几何,真实括号不能排除方向不同,只能- 按代理证据保守回退。-- 生物学知识来源:无新增;仅使用 view 内数据(类型标签、坐标、时间差)。+- 已验证:代理视图 seed 0 全 γ 网格跑通(~2 s,<0.4 GB);γ=0 输出 seed 0/1/2+ `vec-check` ok 且与父逐位一致;γ≠0 路径对 seed 确定;机制触发的诊断/归因证据+ 完整;消耗 5 次查分。+- 未验证:真实括号(E7.25+E8.0,t=1/3,共有类型 11)上丰度加权的效果——代理的+ 双向否决说明"统一 t_draw 已在状态-空间交换的峰上"依赖括号的丰度结构,真实+ 括号不能排除方向不同,只能按代理证据保守回退。γ=−0.3 未测(−0.6 已净降+ 0.40,单调性下无越峰预期)。+- 生物学知识来源:无新增;仅使用 view 内数据(类型标签丰度、时间差)。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 16761d2..be386d0 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,5 +1,17 @@ #!/usr/bin/env python3-"""mix + type-centroid coordinate time interpolation (family T2EI-04), T2 interpolation.+"""mix + abundance-trend-weighted draw fraction (family T2EI-01), T2 interpolation.++This node's PLAN mechanism (abundance_typed_draw): per-type later-stage draw+fraction t_draw(c) = 0.5*t*(1+gamma*clip(lr(c),-2,2)), lr(c) = log2((f_b(c)+eps)/+(f_a(c)+eps)); expanding types take more later-stage cells, contracting types+fewer. The mechanism FIRES on the proxy bracket (lr std 0.94, 38% of types+|lr|>0.3, t_draw CV 0.52, ~26% of later-source cells reallocated) but the proxy+grid REJECTS it in BOTH directions: gamma=+0.3/+0.6/+1.0 lower cell_state+monotonically (52.56 -> 51.80/51.63/49.89), gamma=-0.6 raises cell_state to+53.51 but drops local_spatial/shape_scale and the board to 59.77 vs control+60.17. Per the PLAN failure clause the submitted default is ABUND_GAMMA=0+(mechanism off, output bit-for-bit the parent's; np.array_equal verified on+seeds 0/1/2 for X and spatial_3D). This node's PLAN mechanism (centroid_time_interp): after the stratified draw, each shared type's coordinate cluster is rigidly translated so its centroid@@ -81,6 +93,14 @@ DEMAT_ALPHA = float(os.environ.get("T2_DEMAT_ALPHA", "0.0")) # Proxy grid rejected both directions (see module docstring / METHOD.md). # Default 0.0 = mechanism off, output bit-for-bit the parent pipeline. CENTROID_DELTA = float(os.environ.get("T2_CENTROID_DELTA", "0.0"))+# PLAN T2EI-01 mechanism (this node): abundance-trend-weighted draw fraction.+# For each type c present in the later stage, lr(c) = log2((f_b(c)+eps)/(f_a(c)+eps))+# (eps=1e-4; lr=0 for types with <5 cells on either side or absent from a), and the+# later-stage draw fraction becomes t_draw(c) = T_DRAW_FRAC*t*(1+gamma*clip(lr,-2,2))+# clipped to [0.02, 0.98]. Expanding types take more later-stage cells, contracting+# types fewer; the earlier stage fills the remainder of the n-cell quota.+# gamma=0 => mechanism OFF, bit-for-bit the parent's uniform mix_indices path.+ABUND_GAMMA = float(os.environ.get("T2_ABUND_GAMMA", "0.0")) def centroid_time_interp(pa, pb, la_drawn, lb_drawn, ca, la_all, cb, lb_all, t, delta, stats):@@ -168,12 +188,71 @@ def demat_late(xb, labels_b_drawn, stage_a, alpha, stats): return xb_new.astype(np.float32) -def mix_indices_typed(labels_a, labels_b, t, n, rng, shared_frac, late_only_frac, stats):+def abundance_typed_draw(la, lb, t, n, rng, base_frac, gamma, stats):+ """PLAN T2EI-01 mechanism: type-specific later-stage draw fraction from the+ two-stage abundance log-ratio. lr(c) = log2((f_b(c)+eps)/(f_a(c)+eps)),+ t_draw(c) = base_frac*t*(1+gamma*clip(lr,-2,2)) clipped to [0.02,0.98].+ Per-type later quota = t_draw(c)*f_b(c)*n (largest-remainder rounding);+ the earlier stage fills the remaining quota stratified by type."""+ eps = 1e-4+ a_types, a_counts = np.unique(la, return_counts=True)+ b_types, b_counts = np.unique(lb, return_counts=True)+ fa = dict(zip(a_types.tolist(), a_counts.tolist()))+ na, nb = max(la.size, 1), max(lb.size, 1)+ lrs = np.zeros(len(b_types))+ for i, ty in enumerate(b_types.tolist()):+ ca_ = fa.get(ty, 0)+ if b_counts[i] < 5 or ca_ < 5:+ continue # rare-type guard (PLAN risk 2): keep the uniform fraction+ lrs[i] = np.log2((b_counts[i] / nb + eps) / (ca_ / na + eps))+ lrs = np.clip(lrs, -2.0, 2.0)+ tdraw = np.clip(base_frac * t * (1.0 + gamma * lrs), 0.02, 0.98)+ stats["abund_gamma"] = gamma+ stats["abund_mode"] = "on"+ stats["abund_lr_mean"] = float(lrs.mean())+ stats["abund_lr_std"] = float(lrs.std())+ stats["abund_frac_lr_gt03"] = float((np.abs(lrs) > 0.3).mean())+ stats["abund_tdraw_cv"] = float(tdraw.std() / (tdraw.mean() + 1e-12))+ raw = tdraw * (b_counts / nb) * n+ counts = np.minimum(np.floor(raw).astype(int), b_counts)+ deficit = int(round(raw.sum())) - counts.sum()+ rem = raw - np.floor(raw)+ order = np.lexsort((-tdraw, -rem)) # deterministic largest remainder+ i = 0+ guard = 0+ while deficit > 0 and guard < 4 * len(counts) + 8:+ j = order[i % len(order)]+ if counts[j] < b_counts[j]:+ counts[j] += 1+ deficit -= 1+ i += 1+ guard += 1+ n_b = int(counts.sum())+ n_a = int(np.clip(n - n_b, 0, n))+ uni = base_frac * t * (b_counts / nb) * n # uniform-t_draw reference quotas+ stats["abund_src_changed_frac"] = float(np.abs(counts - np.floor(uni)).sum() / max(n, 1))+ stats["n_from_b_abund"] = n_b+ ia = take(la, n_a, rng) if n_a > 0 else np.array([], dtype=int)+ picks = []+ for j, ty in enumerate(b_types.tolist()):+ k = int(counts[j])+ if k <= 0:+ continue+ pool = np.flatnonzero(lb == ty)+ picks.append(rng.choice(pool, min(k, pool.size), replace=False))+ ib = np.concatenate(picks) if picks else np.array([], dtype=int)+ return ia, ib+++def mix_indices_typed(labels_a, labels_b, t, n, rng, shared_frac, late_only_frac, stats, gamma=0.0): """Type-stratified draw (family T2EI-01): b-types absent from a get draw fraction late_only_frac*t, shared b-types get shared_frac*t; a fills the rest. When late_only_frac == shared_frac (or b has no exclusive types) this falls back to the parent's uniform mix_indices, bit-for-bit (mechanism-off control).++ gamma != 0 activates the abundance-trend mechanism (abundance_typed_draw)+ on top of the shared_frac baseline; gamma == 0 leaves the parent path intact. """ la = np.asarray(labels_a).astype(str) lb = np.asarray(labels_b).astype(str)@@ -182,6 +261,10 @@ def mix_indices_typed(labels_a, labels_b, t, n, rng, shared_frac, late_only_frac late_only_mask = np.array([ty not in a_types for ty in b_types]) n_late_types = int(late_only_mask.sum()) stats["n_late_only_types"] = n_late_types+ if gamma != 0.0:+ return abundance_typed_draw(la, lb, t, n, rng, shared_frac, gamma, stats)+ stats["abund_gamma"] = 0.0+ stats["abund_mode"] = "off" if late_only_frac == shared_frac or n_late_types == 0: stats["late_only_mode"] = "off" return mix_indices(la, lb, shared_frac * t, n, rng)@@ -333,7 +416,7 @@ def main() -> None: n = _limits(params, stage_a.n, stage_b.n, t, "interp") stats: dict = {} ia, ib = mix_indices_typed(stage_a.labels, stage_b.labels, t, n, rng,- T_DRAW_FRAC, LATE_ONLY_FRAC, stats)+ T_DRAW_FRAC, LATE_ONLY_FRAC, stats, ABUND_GAMMA) xa = as_dense(stage_a.X, ia) pa = np.asarray(ca[ia], dtype=np.float64)@@ -374,7 +457,7 @@ def main() -> None: info.update(t=t, n=int(expr.shape[0]), rms_a=rms_a, rms_b=rms_b, out_rms=rms_radius(coords), align=align, scale_damp=damp, beta=beta, eps_frac=EPS_FRAC, n_ot_types=n_ot_types, disp_cv=disp_cv, n_from_a=int(ia.size), n_from_b=int(ib.size),- t_draw_frac=T_DRAW_FRAC, late_only_frac=LATE_ONLY_FRAC, **stats)+ t_draw_frac=T_DRAW_FRAC, late_only_frac=LATE_ONLY_FRAC, **stats) keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "beta", "eps_frac", "n_ot_types", "disp_cv", "n_from_a", "n_from_b", "t_draw_frac", "late_only_frac",@@ -384,7 +467,10 @@ def main() -> None: "demat_disp_mean", "demat_disp_cv", "demat_cell_norm_mean", "cent_delta", "cent_mode", "cent_n_shared", "cent_disp_mean", "cent_disp_max", "cent_disp_cv", "cent_n_moved_a", "cent_n_moved_b",- "cent_cell_shift_mean", "cent_cell_shift_cv")}+ "cent_cell_shift_mean", "cent_cell_shift_cv",+ "abund_gamma", "abund_mode", "abund_lr_mean", "abund_lr_std",+ "abund_frac_lr_gt03", "abund_tdraw_cv", "abund_src_changed_frac",+ "n_from_b_abund")} print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep}, default=float), file=sys.stderr) write_t2(args.out, expr, coords.astype(np.float32), genes, seed=args.seed)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k024 | World-model evaluation dimensions for state-transition predictors | notes/competition/07_biomedical_world_models.md |
| k026 | Canonicalise predicted 3D coordinates before submission | notes/pitfalls/04_scorer_invariance.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | 实现了按类型丰度对数比的型特异抽取比例 t_draw(c)=0.5·t·(1+γ·clip(lr(c),−2,2))(T2EI-01,abundance_typed_draw,env T2_ABUND_GAMMA);代理网格双向否决后按失败条款提交 γ=0,实际输出与父节点 13 逐位一致(seed 0/1/2 np.array_equal 验证),四组分与榜分完全为 0 变化。 |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:与父完全相同(53.88,Δ=+0.00);代理上 γ=+0.3/0.6/1.0 使其单调降至 51.80/51.63/49.89,γ=−0.6 升至 53.51 但 board 净降 expression_change:与父完全相同(60.08,Δ=+0.00),γ=0 提交,输出逐位一致 local_spatial:与父完全相同(59.48,Δ=+0.00);代理上 γ=−0.6 降 0.76 shape_scale:与父完全相同(70.24,Δ=+0.00) |
| family_id | T2EI-01 |
| 假设是否成立 | 否 |
| 经验 |
|
| mechanism_active | 否 |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 3 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 2 次:bash 1、write 1 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 13,149 · 输出 1,028 · 思考 680 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n15 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/15/analyst.jsonl 8 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/15/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 27 |
| 工具调用 | 共 29 次:bash 19、edit 7、read 2、write 1 |
| 用时 | 13 分 |
| token 数 | 输入 57,626 · 输出 9,079 · 思考 9,323 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:型丰度趋势加权抽取比例改善 cell_state |
| 最后的回答(摘录) | **Done.** 按 PLAN 实现了型丰度趋势加权抽取(T2EI-01,`abundance_typed_draw`,env `T2_ABUND_GAMMA`)。 - **机制触发确认**:lr_std=0.94、38% 类型 |lr|>0.3、t_draw CV=0.52、~26% 后期来源细胞被重分配。 - **查分(5 次,A 半)**:对照 γ=0 精确复现 60.17;γ=+0.3/+0.6/+1.0 → cell_state 单调降(51.80/51.63/49.89),board 59.72/60.12/60.14;γ=−0.6 → cell_state 升至 53.51 但 board 降到 59.77。双向否决,PLAN 采纳条件不满足。 - **提交**:γ=0 默认,输出与父节点 13 逐位一致(seed 0/1/2 `np.array_equal` 验证),`vec-check` 通过,运行 ~2 s / <0.4 GB。 **下一步最值得试**:cell_state 通道上"组成/来源比例"类调节至此已四轮否决(节点 10 的 ADJ、本节点的型级 t_draw 双向)——统一 t_draw=0.5·t 是状态-空间交换的峰。建议转向表达分布形状本身(如型内按目标时间做分位数/协方差匹配而非均值收缩),或试 local_spatial 的细胞级 kNN 微调(父节点 next_suggestions 第 2 条)。 |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/15/engineer.jsonl 165 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/15/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 12,623 · 输出 1,008 · 思考 2,735 |
| 任务(第一行) | 为节点 n15(改进,父节点 n13)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "型丰度趋势加权抽取比例改善 cell_state",
"motivation": "父节点13(=9=11)四组中 cell_state 53.88 最低。坐标通道已四轮否决(scale/OT/型心/负向外推),表达后处理三轮否决(节点3/7/11)。但抽取组成通道仍有空间:节点5的t_draw=0.5·t将cell_state从37.49拉到53.88(+16),节点12的组成插值+解耦进一步到57.12。当前管线对所有类型用统一t_draw=0.5·t,忽略了类型间丰度变化趋势。节点10的ADJ=0(共享型全取早期)过于极端导致cell_state−1.51,说明方向对但粒度需更细:按型连续调节而非二值切换。",
"approach": "在mix_indices_typed抽取阶段,对每个共有类型c计算两阶段丰度对数比 lr(c)=log2((f_b(c)+ε)/(f_a(c)+ε)),ε=1e-4;将t_draw从统一0.5·t改为型特异:t_draw(c)=0.5·t·(1+γ·clip(lr(c),−2,2)),clip到[0.02,0.98]保证合法。γ=0时退化为父管线(逐位一致)。实现步骤:1)在mix_indices返回前,按类型标签统计ca/cb中各型频率;2)计算lr向量;3)对每个被抽中的后期细胞,按其类型的t_draw(c)决定是否入选(替代统一阈值)。代理验证:γ∈{0.3,0.6,1.0}+对照γ=0,共4次查分;若最佳γ的cell_state>对照+1,再补测γ±0.15(2次);否则提交γ=0。单输入(b is None)时跳过机制,输出=单阶段分层抽样。vec-score筛选:先看cell_state是否升、再看board是否升、最后确认local_spatial/shape_scale未降超1。",
"expected_groups": ["cell_state"],
"risks": "1) 丰度比信号弱(多数类型lr≈0)→机制等效于常数缩放,Engineer应在代理上先打印lr分布(均值/标准差/非零比例),若std<0.1则提前终止;2) 某些稀有型频率估计不稳(<5细胞)→用ε平滑+将细胞数<5的类型lr置0;3) 调组成可能联动local_spatial(邻域类型配比变化)→若local_spatial降>1.5即停止该γ;4) 30分钟内足够:机制仅改抽样逻辑,无优化/迭代,代理单次<2s。",
"family_id": "T2EI-01",
"mechanism": "按类型的两阶段丰度对数比连续调节后期抽取比例:扩展型多取后期细胞、收缩型少取,使抽取组成更接近目标时间的类型构成。",
"vs_constant_shift": "常数位移对所有类型施加相同偏移;本机制的调节量按型不同(正比于该型的丰度变化lr(c)),且只作用于抽样概率而非坐标/表达值。全局组成重加权改变类型配额总数;本机制保持每型总配额不变,只改型内两阶段来源比例。",
"mechanism_evidence": "Engineer在代理上打印:(1) lr向量的均值、标准差、|lr|>0.3的类型占比(需>30%才算型特异);(2) γ=0.6时各型实际t_draw分布(应显著异于统一值,CV>0.15);(3) 四组分各自变化(预期cell_state升、expression_change不动、local_spatial/shape_scale噪声内);(4) 被改变来源的细胞数占抽中总数的比例(应>15%)。",
"mechanism_off_control": "γ=0(环境变量T2_ABUND_GAMMA=0,默认)时所有类型的t_draw退化为统一的0.5·t,输出与父节点13逐位一致(np.array_equal验证X和spatial_3D,seed 0/1/2)。对照查分应精确复现60.17(A半)。",
"sources": []
}
``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/15/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24/nodes/15/researcher.stderr |