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节点 n6

节点 6（improve，父=1 copy_last）

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 5c10ce93df:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 b27f90ea40。改动的文件：solution/EXECUTION.json +1 −0、solution/METHOD.md +37 −0、solution/README.md +0 −4、solution/run.py +80 −8

diff --git a/solution/EXECUTION.json b/solution/EXECUTION.jsonnew file mode 100644index 0000000..9d5125c--- /dev/null+++ b/solution/EXECUTION.json@@ -0,0 +1 @@+{"gpu": false}diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..64f4405--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,37 @@+# 节点 6（improve，父=1 copy_last）++摘要：T2EI-09 型内 PC1 伪时间微移已实现但按 PLAN 自带回退规则关闭（cell_state 掉 >1 分）；保留的有效改动是坐标按括号阻尼 log-RMS 各向同性缩放（mix 家族的 scale 分量，damp=0.5）。++## 方法++1. **T2EI-09 表达微移（已实现，提交时 alpha=0 关闭）**：anchor 阶段按 celltype 分组（≥15 细胞），centered 表达 SVD 取 PC1，方向按投影与每细胞总表达的 Spearman 相关定号，型内统一位移 alpha·sd(scores)·v1。+   结构修复：把 PLAN 的逐细胞 w_i 斜坡改为型内均匀位移（斜坡把分布扇形展开，只伤 cell_state 不涨表达）。+2. **坐标阻尼缩放（提交时打开，coord_damp=0.5）**：copy_last 的分层抽样细胞云各向同性乘 s = exp(0.5·t·(log rms_next − log rms_anchor))，t 与两阶段 RMS 由 `interp_bracket` 现场算出。这是 mix 家族 scale_damp 步骤的"只动尺度"版本（胚胎单调长大，括号给增长率）。无括号（外推/单输入）时自动跳过，退化为 copy_last。+3. 组成、标签、相对几何、细胞数（分层抽到 max_cells）与父节点完全一致。++## 对照与查分（proxy A 半）++| 配置 | 榜分 | expr | state | shape | spatial |+|---|---:|---:|---:|---:|---:|+| alpha=0, damp=0（=copy_last，机制全关） | 49.35 | 48.68 | 49.22 | 50.25 | 49.23 |+| alpha=0, damp=0.5（**提交配置**） | **52.80** | 48.68 | 49.22 | 64.05 | 49.23 |+| alpha=0.5 均匀, damp=0.5 | 52.10 | 49.79 | 41.67 | 65.05 | 51.89 |+| alpha=1.0 均匀, damp=0.5 | 50.40 | 50.17 | 35.63 | 65.05 | 50.74 |+| 原 PLAN 逐细胞斜坡 alpha=0.5/1/2/4, damp=0 | 49.24/48.15/45.80/37.67 | ≤50.1 | 45.4→23.0 | - | - |++## 机制生效证据与为何关闭 T2EI-09++- 微移确实改变了表达（expr 48.68→50.17，de_direction −0.026→+0.052），坐标/组成未动时其余组变化来自表达本身。+- 但方向不对：离线诊断（仅探索，不入程序）显示各型 PC1 与真实 anchor→E8.0 型级伪批量差的余弦只有 −0.17~0.37（10 型中 3 型为负），PC1 更多反映细胞周期/噪声轴（Primitive Streak、SOM 的 top loading 含 Top2a）。+- alpha≥0.5 时 cell_state 掉 7.5 分，远超 PLAN 风险条款"cell_state 降 >1 分即回退"，故按 PLAN 自己的规则回退到 alpha=0。alpha 在 {0, 0.5, 1.0} 及斜坡版 {0.5…4} 全网格均净亏。+- 结论如实记录：**单快照 PC1 伪时间方向推断在本数据上无效**，expression_change 最多 +1.5 而 cell_state 至少 −3.8。++## 知识来源++- 胚胎尺寸随发育单调增长（通用发育生物学常识，非禁窗测量）；括号两端 RMS 与 t 均现场从 view 输入计算，未硬编码任何阶段统计量。+- damp=0.5 取自方法卡 mix 家族在本代理括号上的实测（log 线性 t=0.4 冲到 RMS 182，真值 147；damp 0.5 给 149≈147）。++## 验证过 / 没验证++- 验证：seed 0 双跑逐位一致；vec-check 通过；alpha=0,damp=0 与 copy_last 同配置（49.35 vs 父 49.13，差在评分噪声内）；运行 ~4s / <1GB。+- 未验证：真实 final 括号（E7.25→E8.0, t=1/3）上 damp=0.5 的 RMS 估计（方法卡提示可能偏小）；damp 的细调（0.45/0.55，预期 <噪声）；伪装视图重跑（程序只用数据、时间差与 seed，无视图分支）。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index b1479e4..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,4 +0,0 @@-# copy_last（T2:embryo:val_interp）--输出目标之前最近的输入阶段（proxy：E6.75；final：E7.25），表达和坐标原样，按细胞类型分层无放回抽到榜上限 5,000（E6.75 有 7,093，E7.25 有 13,295）。-proxy 预期 ≈ 49.2（seed 0 实测 49.17；表达 48.5 / 状态 49.3 / 形状 49.8 / 邻域 49.1）。低于 50 的原因同心脏：地板是整份参考阶段（de_score 恰为 0），抽样子集带来假差异。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 0595dc9..1cf3b2a 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,20 +1,77 @@ #!/usr/bin/env python3-"""copy_last (T2): the latest input at or before the target, with its own coordinates.+"""copy_last + per-celltype PC1 pseudo-time micro-shift (family T2EI-09)+plus bracket-damped isotropic coordinate rescaling. -Interpolation boards take the lower bracket stage, extrapolation boards the-last input; this is the floor's reference stage on the proxy. Cells are drawn-stratified by cell type only when the stage exceeds the board's max_cells.-Expression and coordinates are unchanged.+Expression (T2EI-09, structural fixes over the parent plan):+  within each cell type with >=15 cells, PC1 of the centered expression is+  taken as the pseudo-time axis, oriented so projections correlate positively+  with per-cell total expression; every cell of the type is displaced by+  alpha * sd(scores) along it (uniform within type: the per-cell w_i ramp of+  the original plan fanned the distribution out and cost cell_state without+  extra expression gain). alpha=0 disables it.++Coordinates: the anchor cloud is scaled isotropically to the damped+  log-linear RMS of the interpolation bracket,+  s = exp(coord_damp * t * (log rms_next - log rms_anchor)),+  a size-only version of the mix family's scale_damp step (embryos grow+  monotonically; the bracket gives the growth rate). coord_damp=0 disables it.++Composition, labels and relative geometry are untouched; output cells are the+stratified copy_last sample. With alpha=0 and coord_damp=0 the program is+exactly copy_last (mechanism-off control). """  from __future__ import annotations  import argparse+import os  import numpy as np+from scipy.stats import spearmanr  from src.task2_spatial.sample import take-from src.task2_spatial.view_io import anchor_entry, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2+from src.task2_spatial.view_io import (+    anchor_entry,+    interp_bracket,+    load_manifest,+    panel_genes,+    read_stage,+    write_t2,+)++MIN_TYPE_CELLS = 15+ALPHA_DEFAULT = float(os.environ.get("T2EI09_ALPHA", "0.0"))+COORD_DAMP_DEFAULT = float(os.environ.get("T2EI09_COORD_DAMP", "0.5"))+++def pseudotime_shift(X: np.ndarray, labels: np.ndarray, alpha: float) -> np.ndarray:+    out = X.copy()+    if alpha == 0.0:+        return out+    for t in np.unique(labels):+        idx = np.flatnonzero(labels == t)+        if idx.size < MIN_TYPE_CELLS:+            continue+        Xm = X[idx]+        Xc = Xm - Xm.mean(axis=0)+        _, _, Vt = np.linalg.svd(Xc, full_matrices=False)+        v1 = Vt[0]+        scores = Xc @ v1+        sd = float(scores.std())+        if sd < 1e-8:+            continue+        rho = spearmanr(scores, np.asarray(Xm.sum(axis=1)).ravel()).statistic+        if not np.isfinite(rho):+            continue+        if rho < 0:+            v1 = -v1+        out[idx] = Xm + (alpha * sd) * v1[None, :]+    np.clip(out, 0.0, None, out=out)+    return out+++def cloud_rms(coords: np.ndarray) -> float:+    return float(np.sqrt((np.asarray(coords, dtype=np.float64) ** 2).sum(axis=1).mean()))   def main() -> None:@@ -22,6 +79,8 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--data", required=True)     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)+    parser.add_argument("--alpha", type=float, default=ALPHA_DEFAULT)+    parser.add_argument("--coord-damp", type=float, default=COORD_DAMP_DEFAULT)     args = parser.parse_args()      manifest = load_manifest(args.data)@@ -31,9 +90,22 @@ def main() -> None:     rng = np.random.default_rng(args.seed)     if n <= stage.n:         rows = np.sort(take(stage.labels, n, rng))-    else:  # fewer cells than min_cells: resample with replacement+    else:         rows = np.sort(rng.choice(stage.n, size=n, replace=True))-    write_t2(args.out, stage.X[rows].toarray(), stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)++    X = np.asarray(stage.X[rows].todense(), dtype=np.float32)+    X = pseudotime_shift(X, stage.labels[rows], args.alpha)++    coords = np.asarray(stage.coords[rows], dtype=np.float64)+    a_entry, b_entry, t = interp_bracket(manifest)+    if args.coord_damp != 0.0 and b_entry is not None and t is not None:+        nxt = read_stage(args.data, b_entry, genes)+        rms_a = max(cloud_rms(coords), 1e-9)+        rms_b = max(cloud_rms(nxt.coords), 1e-9)+        s = float(np.exp(args.coord_damp * float(t) * (np.log(rms_b) - np.log(rms_a))))+        coords = coords * s++    write_t2(args.out, X, coords, genes, seed=args.seed)   if __name__ == "__main__":

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。做了什么、结果、下一步：

**做了什么**：实现 PLAN 的 T2EI-09（型内 PC1 伪时间微移，含结构修复：逐细胞斜坡→型内均匀位移）并跑机制关闭对照；离线诊断发现单快照 PC1 与真实发育方向余弦仅 −0.17~0.37，alpha≥0.5 时 cell_state 掉 7.5 分，按 PLAN 自带回退规则关闭（alpha=0）。保留的有效改动：坐标按括号阻尼 log-RMS 各向同性缩放（damp=0.5，t 与 RMS 现场计算，无括号自动退化为 copy_last）。

**查分**（proxy A 半，用 9/20）：机制全关 49.35 ≈ 父 49.13；**提交配置 52.80**（shape_scale 50.25→64.05，其余三组不动）；微移开启的各 alpha 均净亏。seed 0 双跑逐位一致，vec-check 通过，运行 ~4s。

**下一步最值得试**：(1) 在坐标缩放基础上叠加 mix 家族的表达/组成成分（真实括号细胞混入），冲击 expr 与 shape 同时上涨；(2) 细调 coord_damp（0.45–0.6）或按 z 与 xy 分别缩放；(3) T2EI-09 方向推断如需保留，应换成与增殖基因负相关的定向规则，但预期收益有限。

调研员

gineered; a simpler per-cell-type PCA shift within the single snapshot avoids that complexity.

```json
{
  "name": "copy_last + 型内PCA伪时间微移（单快照方向推断）",
  "motivation": "父节点1(copy_last)的expression_change仅48.38，四组最弱，因为表达原样复制、变化为零。节点2(mix)证明表达向目标方向移动可提升expression_change至59.72，但破坏了cell_state(37.49)。节点4尝试跨阶段近邻插值但gen_failed（代码复杂度导致）。本方案在单快照内用PCA推断发育方向，按细胞型分别施加小幅表达位移，预期仅提升expression_change而保持其余三组。",
  "approach": "步骤：(1) 读取anchor阶段（proxy E6.75 / final E7.25）；(2) 按cell_type分组，每组≥15个细胞时，对centered表达矩阵做截断SVD取第1右奇异向量v1（即PC1 loadings）；(3) 确定方向：计算每细胞在v1上的投影score_i，取投影与每基因表达量之和的Spearman相关，若为正则v1指向'更晚'方向，否则翻转；(4) 对型内每个细胞：X_new[i] = X[i] + alpha * v1 * w_i，其中 w_i = 1 - (score_i - min_score)/(max_score - min_score + 1e-8)，使伪时间早端的细胞获得更大推力；(5) 将负值clip到0；(6) 坐标、细胞型标签、组成完全不变；(7) 按细胞型分层无放回抽样至max_cells。(8) 细胞数<15的型不做位移，原样保留。关键参数：alpha初值0.10，搜索{0.03, 0.05, 0.10, 0.15, 0.20}。vec-score筛选：先跑alpha=0确认与copy_last一致(~49)，再跑3个alpha值，比较expression_change组，选最优后全量跑。单输入阶段退路：本方法天然只需单快照（PCA在快照内完成），无需第二阶段；若manifest提供第二阶段，仍只用anchor阶段做PCA，不引入跨阶段匹配。",
  "expected_groups": ["expression_change"],
  "risks": "(1) PC1可能对应细胞周期而非发育进程→Engineer应打印每型top-10 loading基因，若全是增殖基因（Mki67、Top2a等）则换用PC2或放弃该型；(2) alpha过大→cell_state和local_spatial下降→从0.03起步逐步增大，一旦cell_state降>1分即回退；(3) 稀疏矩阵SVD数值不稳→用scipy.sparse.linalg.svds(k=1)，每型独立计算，矩阵小（<数千行）不会慢；(4) 方向判错→若alpha>0时expression_change反降，翻转v1符号重跑一次即可。尽早发现：第一次vec-score若expression_change未提升且其余组不变，说明alpha太小或方向错误。",
  "family_id": "T2EI-09",
  "mechanism": "在单快照内按细胞型做PCA，取PC1作为伪时间轴，沿该轴对每个细胞施加与伪时间位置成反比的小幅表达位移，模拟发育推进。",
  "vs_constant_shift": "方向按细胞型分别计算（不同型有不同PC1），幅度按细胞在伪时间轴上的位置逐细胞调制（早端推力大、晚端推力小），不是对全体细胞施加同一向量。",
  "mechanism_evidence": "(1) alpha>0时expression_change组分数应高于alpha=0（即copy_last的48.38）；(2) 打印每型位移前后均值表达的差异向量，应非零且与PC1 loading方向一致；(3) 其余三组（cell_state/local_spatial/shape_scale）变化应<0.5分（坐标和组成未动）；(4) 若按型计算位移向量的型间余弦相似度<0.9，证明不同型确实走了不同方向。",
  "mechanism_off_control": "将alpha设为0（或命令行参数--alpha 0），位移项消失，输出与copy_last完全相同（可用diff验证）。预期：四组分与父节点1一致（~49.1/48.4/49.2/49.7）。",
  "sources": []
}
```