Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 18:47(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n4

copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D
父节点n1
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态生成失败
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。31 分
程序版本— (programs.git)
备注missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成)
动机父节点 1(copy_last)expression_change 仅 48.38,四组最弱,因为它完全忽略第二个输入阶段,表达原样复制。节点 2(mix)做了组成+表达插值得 57.23,但 cell_state 跌至 37.49,说明组成插值有害。本方案只插值表达、不动组成和坐标,针对 expression_change 修复。
做法1) 用 view_io 读两个输入阶段(锚点阶段 A 和后续阶段 B)及 panel genes。2) 对 A 中每个细胞类型,取 B 中同型细胞;用 scipy.spatial.cKDTree 在 log1p 表达空间建 B 的索引,为 A 中每个细胞找 k=5 近邻(同型)。3) 插值:X_out[i] = X_A[i] + α·(mean(X_B[nn_i]) − X_A[i]),α 由目标时间在 A、B 之间的比例决定(manifest 的时间戳;单阶段退路:若只有一个输入阶段,α=0 即退化为 copy_last)。4) 坐标、细胞类型标签、细胞数目全部保持 A 不变;若 A 细胞数超 max_cells,按类型分层抽样(同父节点逻辑)。5) 用 vec-score 快速筛选:先在 proxy 上跑一次确认 > 49.5;若 expression_change 未提升则检查 α 是否正确、近邻是否跨型污染。关键参数:k=5(搜索 3–10)、α 由时间比例自动确定(不手调)。全程无需训练,预计 < 10 s。
风险1) 若两阶段细胞类型词汇不完全一致,部分细胞无同型近邻→退化为不移动;Engineer 应打印未匹配比例,>30% 则改用全局近邻。2) 近邻匹配在稀疏高维表达上可能噪声大;若 expression_change 提升 < 1 分(噪声水平),用 3 个 seed 的 vec-score 均值确认。3) α 计算依赖 manifest 时间戳字段名,若字段缺失需 fallback 到 α=0.5。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k016Degenerate-solution checks for population predictionsnotes/handover/02_知识学习路线.md
k023Time-split validation with a held-out intermediate or next time pointnotes/handover/02_知识学习路线.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次(失败 1 次)
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。7
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 11 次:bash 11
用时30 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 23,106 · 输出 1,421 · 思考 2,753
任务(第一行)按计划修改程序:copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成)
最后的回答(摘录)—
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/engineer.jsonl 58 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时1 分
token 数输入 5,488 · 输出 868 · 思考 3,033
任务(第一行)为节点 n4(改进,父节点 n1)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
```json
{
  "name": "copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成)",
  "motivation": "父节点 1(copy_last)expression_change 仅 48.38,四组最弱,因为它完全忽略第二个输入阶段,表达原样复制。节点 2(mix)做了组成+表达插值得 57.23,但 cell_state 跌至 37.49,说明组成插值有害。本方案只插值表达、不动组成和坐标,针对 expression_change 修复。",
  "approach": "1) 用 view_io 读两个输入阶段(锚点阶段 A 和后续阶段 B)及 panel genes。2) 对 A 中每个细胞类型,取 B 中同型细胞;用 scipy.spatial.cKDTree 在 log1p 表达空间建 B 的索引,为 A 中每个细胞找 k=5 近邻(同型)。3) 插值:X_out[i] = X_A[i] + α·(mean(X_B[nn_i]) − X_A[i]),α 由目标时间在 A、B 之间的比例决定(manifest 的时间戳;单阶段退路:若只有一个输入阶段,α=0 即退化为 copy_last)。4) 坐标、细胞类型标签、细胞数目全部保持 A 不变;若 A 细胞数超 max_cells,按类型分层抽样(同父节点逻辑)。5) 用 vec-score 快速筛选:先在 proxy 上跑一次确认 > 49.5;若 expression_change 未提升则检查 α 是否正确、近邻是否跨型污染。关键参数:k=5(搜索 3–10)、α 由时间比例自动确定(不手调)。全程无需训练,预计 < 10 s。",
  "expected_groups": ["expression_change"],
  "risks": "1) 若两阶段细胞类型词汇不完全一致,部分细胞无同型近邻→退化为不移动;Engineer 应打印未匹配比例,>30% 则改用全局近邻。2) 近邻匹配在稀疏高维表达上可能噪声大;若 expression_change 提升 < 1 分(噪声水平),用 3 个 seed 的 vec-score 均值确认。3) α 计算依赖 manifest 时间戳字段名,若字段缺失需 fallback 到 α=0.5。",
  "family_id": "T2EI-01",
  "mechanism": "在锚点阶段与后续阶段之间,按细胞类型做近邻匹配,将每个细胞的表达沿其匹配方向插值一个时间比例 α,坐标和组成不变。",
  "vs_constant_shift": "每型常数位移对同型所有细胞施加相同向量;本方案每个细胞的位移取决于它自己在后续阶段的最近邻,位移向量逐细胞不同,保留了细胞间异质性。Engineer 可验证:同型内位移向量的标准差应显著大于 0。",
  "mechanism_evidence": "1) 打印同型内位移向量各基因的标准差均值,应 > 0(常数位移则为 0)。2) 比较 expression_change 分组分数:应比 48.38 提升 ≥ 1 分。3) cell_state 和 local_spatial 应与父节点持平(±0.5),证明坐标和组成未被破坏。4) 打印实际被移动的细胞比例(位移范数 > 1e-6 的细胞占比),应 > 90%。",
  "mechanism_off_control": "设 α=0(或命令行加 --alpha 0),此时 X_out = X_A,输出与 copy_last 完全相同;预期分数回到 49.13 ± 0.5,四组分不变。若关掉后分数仍变化,说明有副作用(如抽样顺序改变)。",
  "sources": []
}
```
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/researcher.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/researcher.stderr