总览 · ← 返回运行 20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D
节点 n4
copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成)
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D |
|---|---|
| 父节点 | n1 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 生成失败 |
| 分数 | 没有分数 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 31 分 |
| 程序版本 | — (programs.git) |
| 备注 | missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required) |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
没有 METHOD.md。
调研员的计划
| 名称 | copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成) |
|---|---|
| 动机 | 父节点 1(copy_last)expression_change 仅 48.38,四组最弱,因为它完全忽略第二个输入阶段,表达原样复制。节点 2(mix)做了组成+表达插值得 57.23,但 cell_state 跌至 37.49,说明组成插值有害。本方案只插值表达、不动组成和坐标,针对 expression_change 修复。 |
| 做法 | 1) 用 view_io 读两个输入阶段(锚点阶段 A 和后续阶段 B)及 panel genes。2) 对 A 中每个细胞类型,取 B 中同型细胞;用 scipy.spatial.cKDTree 在 log1p 表达空间建 B 的索引,为 A 中每个细胞找 k=5 近邻(同型)。3) 插值:X_out[i] = X_A[i] + α·(mean(X_B[nn_i]) − X_A[i]),α 由目标时间在 A、B 之间的比例决定(manifest 的时间戳;单阶段退路:若只有一个输入阶段,α=0 即退化为 copy_last)。4) 坐标、细胞类型标签、细胞数目全部保持 A 不变;若 A 细胞数超 max_cells,按类型分层抽样(同父节点逻辑)。5) 用 vec-score 快速筛选:先在 proxy 上跑一次确认 > 49.5;若 expression_change 未提升则检查 α 是否正确、近邻是否跨型污染。关键参数:k=5(搜索 3–10)、α 由时间比例自动确定(不手调)。全程无需训练,预计 < 10 s。 |
| 风险 | 1) 若两阶段细胞类型词汇不完全一致,部分细胞无同型近邻→退化为不移动;Engineer 应打印未匹配比例,>30% 则改用全局近邻。2) 近邻匹配在稀疏高维表达上可能噪声大;若 expression_change 提升 < 1 分(噪声水平),用 3 个 seed 的 vec-score 均值确认。3) α 计算依赖 manifest 时间戳字段名,若字段缺失需 fallback 到 α=0.5。 |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
这个节点没有程序版本(没有生成代码)
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
| k016 | Degenerate-solution checks for population predictions | notes/handover/02_知识学习路线.md |
| k023 | Time-split validation with a held-out intermediate or next time point | notes/handover/02_知识学习路线.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
没有分析结果(ANALYSIS.json)。
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
工程师
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次(失败 1 次) |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 7 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 11 次:bash 11 |
| 用时 | 30 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 23,106 · 输出 1,421 · 思考 2,753 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成) |
| 最后的回答(摘录) | — |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/engineer.jsonl 58 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 1 分 |
| token 数 | 输入 5,488 · 输出 868 · 思考 3,033 |
| 任务(第一行) | 为节点 n4(改进,父节点 n1)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | ```json
{
"name": "copy_last + 跨阶段近邻表达插值(保坐标保组成)",
"motivation": "父节点 1(copy_last)expression_change 仅 48.38,四组最弱,因为它完全忽略第二个输入阶段,表达原样复制。节点 2(mix)做了组成+表达插值得 57.23,但 cell_state 跌至 37.49,说明组成插值有害。本方案只插值表达、不动组成和坐标,针对 expression_change 修复。",
"approach": "1) 用 view_io 读两个输入阶段(锚点阶段 A 和后续阶段 B)及 panel genes。2) 对 A 中每个细胞类型,取 B 中同型细胞;用 scipy.spatial.cKDTree 在 log1p 表达空间建 B 的索引,为 A 中每个细胞找 k=5 近邻(同型)。3) 插值:X_out[i] = X_A[i] + α·(mean(X_B[nn_i]) − X_A[i]),α 由目标时间在 A、B 之间的比例决定(manifest 的时间戳;单阶段退路:若只有一个输入阶段,α=0 即退化为 copy_last)。4) 坐标、细胞类型标签、细胞数目全部保持 A 不变;若 A 细胞数超 max_cells,按类型分层抽样(同父节点逻辑)。5) 用 vec-score 快速筛选:先在 proxy 上跑一次确认 > 49.5;若 expression_change 未提升则检查 α 是否正确、近邻是否跨型污染。关键参数:k=5(搜索 3–10)、α 由时间比例自动确定(不手调)。全程无需训练,预计 < 10 s。",
"expected_groups": ["expression_change"],
"risks": "1) 若两阶段细胞类型词汇不完全一致,部分细胞无同型近邻→退化为不移动;Engineer 应打印未匹配比例,>30% 则改用全局近邻。2) 近邻匹配在稀疏高维表达上可能噪声大;若 expression_change 提升 < 1 分(噪声水平),用 3 个 seed 的 vec-score 均值确认。3) α 计算依赖 manifest 时间戳字段名,若字段缺失需 fallback 到 α=0.5。",
"family_id": "T2EI-01",
"mechanism": "在锚点阶段与后续阶段之间,按细胞类型做近邻匹配,将每个细胞的表达沿其匹配方向插值一个时间比例 α,坐标和组成不变。",
"vs_constant_shift": "每型常数位移对同型所有细胞施加相同向量;本方案每个细胞的位移取决于它自己在后续阶段的最近邻,位移向量逐细胞不同,保留了细胞间异质性。Engineer 可验证:同型内位移向量的标准差应显著大于 0。",
"mechanism_evidence": "1) 打印同型内位移向量各基因的标准差均值,应 > 0(常数位移则为 0)。2) 比较 expression_change 分组分数:应比 48.38 提升 ≥ 1 分。3) cell_state 和 local_spatial 应与父节点持平(±0.5),证明坐标和组成未被破坏。4) 打印实际被移动的细胞比例(位移范数 > 1e-6 的细胞占比),应 > 90%。",
"mechanism_off_control": "设 α=0(或命令行加 --alpha 0),此时 X_out = X_A,输出与 copy_last 完全相同;预期分数回到 49.13 ± 0.5,四组分不变。若关掉后分数仍变化,说明有副作用(如抽样顺序改变)。",
"sources": []
}
``` |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/researcher.jsonl 4 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/4/researcher.stderr |