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节点 n3

mix + 类型内表达插值:让抽样细胞沿型特异性轨迹走向中间态

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D
父节点n2
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态生成失败
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。30 分
程序版本— (programs.git)
备注missing or empty solution/METHOD.md (method and knowledge sources are required)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称mix + 类型内表达插值:让抽样细胞沿型特异性轨迹走向中间态
动机父节点 2 的 cell_state 仅 37.49,远低于其他三组(59.72/57.27/74.43)。METHOD.md 已指出原因:两端细胞混抽后表达谱仍是端点样,不像中间阶段。expression_change 59.72 说明全局表达趋势尚可,但逐细胞的状态判别失败。改进方向:对每个被抽中的细胞,沿其所属类型的 A→B 均值方向做 t 比例的表达位移,使表达谱真正落在中间位置。
做法在 run.py 的 interpolate 调用之后、write_t2 之前,加一步类型内表达插值:
1. 用 stage_a.labels / stage_b.labels 得到每个细胞的类型标签;对齐后合并为统一标签数组。
2. 对共有类型集合中每个类型 c,计算 mean_A_c(该型在 stage A 的均值向量)和 mean_B_c(stage B 均值向量)。
3. 对每个被抽中的细胞 i(来自阶段 s∈{A,B}),计算 delta_i = mean_B_c(i) − mean_A_c(i)。若来自 A:expr_i += t·delta_i;若来自 B:expr_i −= (1−t)·delta_i。即 expr_new = (1−t)·mean_A_c + t·mean_B_c + (expr_i − mean_s_c),保留细胞内残差。
4. 非共有类型(只出现在一侧)的细胞不做位移(delta=0)。
5. 位移后截断负值(clip ≥ 0)。
6. 坐标不变(已由 procrustes + scale_damp 处理)。
参数:无额外超参(t 由 bracket 决定);可选一个 damp_expr ∈ [0.5, 1.0] 乘在位移量上防止过冲,初值 1.0,若 cell_state 反降则试 0.7。
单输入退路:若 b is None(无 bracket),跳过插值,行为与原 mix 相同。
vec-score 快筛:先只跑 seed 0 查一次分,看 cell_state 是否 ≥ 42(比噪声高 5 分)再决定是否微调。
风险1) 类型均值估计在小类型(<5 细胞)上噪声大,可能引入伪中间态 → Engineer 应对型内细胞数 < 5 的类型跳过位移。2) 位移过冲导致表达超出中间态范围 → 用 damp_expr=0.7 对照。3) 若评分器对表达绝对量敏感,残差保留可能不够 → 检查 expression_change 是否同步变化。Engineer 第一次查分即可判断方向是否正确。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k028LLM-driven code evolution for analysis algorithms10.64898/2026.02.26.707870
k027Joint expression-geometry generation with relative geometrynotes/competition/03_solution_landscape.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次(失败 1 次)
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。8
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 11 次:bash 9、read 1、todowrite 1
用时30 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 25,304 · 输出 1,072 · 思考 2,882
任务(第一行)按计划修改程序:mix + 类型内表达插值:让抽样细胞沿型特异性轨迹走向中间态
最后的回答(摘录)—
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/3/engineer.jsonl 60 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/3/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 5,896 · 输出 980 · 思考 1,074
任务(第一行)为节点 n3(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
{
  "name": "mix + 类型内表达插值:让抽样细胞沿型特异性轨迹走向中间态",
  "motivation": "父节点 2 的 cell_state 仅 37.49,远低于其他三组(59.72/57.27/74.43)。METHOD.md 已指出原因:两端细胞混抽后表达谱仍是端点样,不像中间阶段。expression_change 59.72 说明全局表达趋势尚可,但逐细胞的状态判别失败。改进方向:对每个被抽中的细胞,沿其所属类型的 A→B 均值方向做 t 比例的表达位移,使表达谱真正落在中间位置。",
  "approach": "在 run.py 的 interpolate 调用之后、write_t2 之前,加一步类型内表达插值:\n1. 用 stage_a.labels / stage_b.labels 得到每个细胞的类型标签;对齐后合并为统一标签数组。\n2. 对共有类型集合中每个类型 c,计算 mean_A_c(该型在 stage A 的均值向量)和 mean_B_c(stage B 均值向量)。\n3. 对每个被抽中的细胞 i(来自阶段 s∈{A,B}),计算 delta_i = mean_B_c(i) − mean_A_c(i)。若来自 A:expr_i += t·delta_i;若来自 B:expr_i −= (1−t)·delta_i。即 expr_new = (1−t)·mean_A_c + t·mean_B_c + (expr_i − mean_s_c),保留细胞内残差。\n4. 非共有类型(只出现在一侧)的细胞不做位移(delta=0)。\n5. 位移后截断负值(clip ≥ 0)。\n6. 坐标不变(已由 procrustes + scale_damp 处理)。\n参数:无额外超参(t 由 bracket 决定);可选一个 damp_expr ∈ [0.5, 1.0] 乘在位移量上防止过冲,初值 1.0,若 cell_state 反降则试 0.7。\n单输入退路:若 b is None(无 bracket),跳过插值,行为与原 mix 相同。\nvec-score 快筛:先只跑 seed 0 查一次分,看 cell_state 是否 ≥ 42(比噪声高 5 分)再决定是否微调。",
  "expected_groups": ["cell_state", "expression_change"],
  "risks": "1) 类型均值估计在小类型(<5 细胞)上噪声大,可能引入伪中间态 → Engineer 应对型内细胞数 < 5 的类型跳过位移。2) 位移过冲导致表达超出中间态范围 → 用 damp_expr=0.7 对照。3) 若评分器对表达绝对量敏感,残差保留可能不够 → 检查 expression_change 是否同步变化。Engineer 第一次查分即可判断方向是否正确。",
  "family_id": "T2EI-01",
  "mechanism": "对每个被抽中细胞,沿其类型的 A→B 均值差方向移动 t(或 1−t)比例的表达量,保留细胞内残差,使表达谱落在型内轨迹的中间位置而非端点。",
  "vs_constant_shift": "位移方向是逐类型计算的(每个类型有独立的 mean_B−mean_A 向量),幅度由 t 和该型的实际变化量决定;常数位移对所有细胞施加同一向量,不区分类型也不随 A→B 差异缩放。",
  "mechanism_evidence": "1) 输出位移前后每个细胞的 L2 位移量,按类型分组打印:应看到共有类型位移 > 0、非共有类型位移 = 0。2) 比较位移前后 cell_state 分数:若机制生效,cell_state 应提升 ≥ 5 分而 shape_scale 基本不变(坐标未动)。3) 检查 expression_change 是否同步变化(应微升或持平)。",
  "mechanism_off_control": "在 PARAMS 中加 \"expr_interp\": true/false 开关。设为 false 时跳过步骤 3-5,表达保持原始抽样值,输出应与父节点 2 逐位相同(可用 diff 验证)。若关闭后分数与父节点无差异、开启后也无差异,说明机制未运行。",
  "sources": []
}
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/3/researcher.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261003-004922-search-t2-embryo-interp-g24-D/nodes/3/researcher.stderr