节点 n11

CHANGE: alpha 从 1.6 调至 2.0，新增余弦相似度阈值 MIN_COS=0.20，跳过发育方向对齐度低的类型，减少 off-target 位移以改善 cell_state。

根据第1轮结果分析：
- MIN_COS=0.25 过于激进，跳过了太多类型（Caudal Epiblast 0.178, HEM-Endoth 0.227, SOM 0.242, Unknown 0.196, LPM 0.179），导致 local_spatial 从 53.57 降到 52.75
- 但 cell_state 从 50.00 提升到 51.96，说明跳过部分类型确实改善了 cell_state
- 需要将阈值降低到 0.20，让更多类型被位移（保留 HEM-Endoth 0.227, SOM 0.242），同时仍然跳过对齐度很低的类型（Caudal Epiblast 0.178, LPM 0.179, Unknown 0.196）
- alpha 保持 2.0，因为 alpha=2.0 + MIN_COS=0.25 时 cell_state 提升了约2分，说明更大的 alpha 配合更好的类型筛选有潜力

预期效果：阈值从 0.25 降到 0.20 会多保留 HEM-Endoth (0.227) 和 SOM (0.242)，增加位移细胞数，可能提升 local_spatial 同时保持 cell_state 的改善。

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MIN_CELLS = 20  # types smaller than this are left untouched
TOP_K = 10      # choose the pseudotime axis among the top-K PCs of the type
ALPHA_DEFAULT = 1.6
MODE_DEFAULT = "stretch"   # stretch (PLAN's mean-zero formula) | advance (rectified)
AXIS_DEFAULT = "best_cos"  # best_cos (PC closest to dev dir) | proj (dev dir on PC span)
=======
MIN_CELLS = 20  # types smaller than this are left untouched
TOP_K = 10      # choose the pseudotime axis among the top-K PCs of the type
ALPHA_DEFAULT = 2.0
MODE_DEFAULT = "stretch"   # stretch (PLAN's mean-zero formula) | advance (rectified)
AXIS_DEFAULT = "best_cos"  # best_cos (PC closest to dev dir) | proj (dev dir on PC span)
MIN_COS_DEFAULT = 0.20     # skip types with |cos_dev| below this threshold
>>>>>>> REPLACE

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    alpha = float(os.environ.get("T2EI09_ALPHA", ALPHA_DEFAULT))
    mode = os.environ.get("T2EI09_MODE", MODE_DEFAULT)
    axis_mode = os.environ.get("T2EI09_AXIS", AXIS_DEFAULT)
=======
    alpha = float(os.environ.get("T2EI09_ALPHA", ALPHA_DEFAULT))
    mode = os.environ.get("T2EI09_MODE", MODE_DEFAULT)
    axis_mode = os.environ.get("T2EI09_AXIS", AXIS_DEFAULT)
    min_cos = float(os.environ.get("T2EI09_MIN_COS", MIN_COS_DEFAULT))
>>>>>>> REPLACE

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            else:
                v = np.sign(cos[j]) * V[:, j]
                cosj = float(abs(cos[j]))

（只摘前 40 行）