总览 · ← 返回运行 20261002-230901-search-t2-g24-fake-D
节点 n26
copy_last, expression x0.98 (fake Engineer, node 26)
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261002-230901-search-t2-g24-fake-D |
|---|---|
| 父节点 | n2 |
| 子节点 | — |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 程序报错 |
| 分数 | 没有分数 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 不到 1 分 |
| 程序版本 | 51df6d2cbd8cf12603c2cca54e41b22ea4773443 (programs.git) |
| 备注 | crash: 6/exec/src/solution/run.py", line 34, in <module> main() File "/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/exec/src/solution/run.py", line 25, in … |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 51df6d2cbd:solution/METHOD.md
copy_last, expression x0.98 (fake Engineer, node 26)
Test run only.
调研员的计划
| 名称 | fake-plan-26 |
|---|---|
| 动机 | test node 26; idea improve |
| 做法 | perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting |
| 风险 | none (fake) |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 049462c156。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/README.md +0 −6、solution/run.py +10 −30
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..0038608--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+copy_last, expression x0.98 (fake Engineer, node 26)++Test run only.diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index 3cb16cd..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,6 +0,0 @@-# mix(T2:heart:val_interp)--T2 方法卡的心脏插值选择:`mix`,align=procrustes(xy 用共有类型质心 Kabsch,z 保持为切片轴,只定符号),scale_damp=1。取目标前后最近的两个输入,t=(目标−a)/(b−a),把两朵云缩放到 log 线性 RMS,按 (1−t, t) 分层抽真实细胞,表达和坐标一起走;细胞数 log 线性后夹到 [1000, 17616]。代码在 `modeling/src/task2_spatial/`(`view_io.py` + `methods.interpolate`)。-proxy(E8.25_late + E9.5 → E8.75,t=0.4)预期 59.12(seed 0 实测 59.116,与方法卡一致;表达 63.7 / 状态 66.5 / 形状 53.2 / 邻域 53.0)。-final(E8.25_late + E8.75 → E8.5,t=0.5):n=17616,RMS 277.1,共有类型 31,与 `data/processed/t2/T2__heart__val_interp__mix.h5ad` 逐位相同。-已知弱点:代理两端 RMS 都大(354/335),测不到心脏尺度的非单调;proxy 只有 5 个共有类型,对齐在 final 上更可靠。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 8c61767..7e094dd 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,28 +1,16 @@ #!/usr/bin/env python3-"""mix (T2 interpolation): real cells from both bracketing inputs, drawn (1−t, t).--Brackets the target with the nearest inputs before and after it, puts both in-one frame (``ALIGN``), rescales both clouds to the log-linear RMS-exp(log r_a + SCALE_DAMP·t·Δlog r), and draws cells stratified by type:-round(t·n) from the later stage, the rest from the earlier one. Expression and-coordinates travel together. n is log-linear in t, clipped to the board range.-Parameters are the T2 card's choice for this board (selected_params.json).-If the target is not bracketed, falls back to the latest input before it.-"""+"""fake-26: copy_last with expression scaled x0.98 (fake Engineer, T2 test run).""" from __future__ import annotations import argparse-import json-import sys import numpy as np -from src.task2_spatial.methods import interpolate from src.task2_spatial.sample import take-from src.task2_spatial.view_io import board_params, interp_bracket, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2+from src.task2_spatial.view_io import anchor_entry, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2 -PARAMS = {"align": "procrustes", "scale_damp": 1.0}+SCALE = 0.98 def main() -> None:@@ -31,23 +19,15 @@ def main() -> None: parser.add_argument("--out", required=True) parser.add_argument("--seed", type=int, default=0) args = parser.parse_args()- manifest = load_manifest(args.data) genes = panel_genes(args.data, manifest)- a, b, t = interp_bracket(manifest)- if b is None:- stage = read_stage(args.data, a, genes)- n = int(np.clip(stage.n, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))- rows = np.sort(take(stage.labels, min(n, stage.n), np.random.default_rng(args.seed)))- write_t2(args.out, stage.X[rows].toarray(), stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)- return- stage_a = read_stage(args.data, a, genes)- stage_b = read_stage(args.data, b, genes)- params = board_params(manifest, "mix", PARAMS, args.seed)- expr, coords, info = interpolate(stage_a, stage_b, t, params)- keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align")}- print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep}, default=float), file=sys.stderr)- write_t2(args.out, expr, coords, genes, seed=args.seed)+ stage = read_stage(args.data, anchor_entry(manifest), genes)+ raise RuntimeError('fake Engineer: deliberate crash')+ n = int(np.clip(stage.n, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))+ rng = np.random.default_rng(args.seed)+ rows = np.sort(take(stage.labels, n, rng)) if n <= stage.n else np.sort(rng.choice(stage.n, size=n, replace=True))+ X = stage.X[rows].toarray() * SCALE+ write_t2(args.out, X, stage.coords[rows], genes, seed=args.seed) if __name__ == "__main__":
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k027 | Joint expression-geometry generation with relative geometry | notes/competition/03_solution_landscape.md |
| k003 | Fused Gromov-Wasserstein mapping for spatial snapshots | 10.1038/s41586-024-08453-2 |
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | heart / edge weights |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:None expression_change:None local_spatial:None shape_scale:None |
| 失败原因 | status crash |
| family_id | other |
| 假设是否成立 | unclear |
| 经验 |
|
| mechanism_active | unclear |
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 1 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 0 次:— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 21 · 输出 5 · 思考 0 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n26 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/analyst.jsonl 1 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 56 · 输出 14 · 思考 0 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:fake-plan-26 |
| 最后的回答(摘录) | wrote solution/run.py with heart x1.4, edge x0.3 (crash) |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/engineer.jsonl 1 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 17 · 输出 4 · 思考 0 |
| 任务(第一行) | 为节点 n26(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | PLAN.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/researcher.jsonl 0 KB /home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-230901-search-t2-g24-fake-D/nodes/26/researcher.stderr |