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节点 n4 在终选来历上

METHOD

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 3c674dd783:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 d4381d09b5。改动的文件：solution/METHOD.md +29 −15、solution/README.md +7 −2、solution/run.py +43 −8

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 913a434..125fbd3 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,31 +1,45 @@ # METHOD -mix 改进：把组成抽样比与几何比解耦，t_mix = 0.5·t_geo（晚端细胞减半），RMS 缩放仍用 t_geo；类型内表达位移按 PLAN 实现但实测有害，默认关闭（ALPHA=0）。+在 mix(MIX_S=0.5) 上加两个纯坐标校正：按组成-几何差 (t−t_mix) 比例的分组 RMS 校正（proxy 最优为负系数 −0.8，即早端云放大、晚端云缩小）与两组 z 扩散向时间插值目标的混合（w=0.5），主要收回 MIX_S=0.5 损失的 shape_scale。  ## 方法 -父节点（node 2，mix，align=procrustes3d，scale_damp=0.5）按时间线性比 t 从括号两端分层抽真实细胞。本节点：+父节点（node 3）：mix，align=procrustes3d，scale_damp=0.5，组成比 t_mix=0.5·t_geo，RMS 目标用 t_geo；表达式不改任何细胞。本节点新增两个机制（都只动坐标、都由时间差驱动、视图无关）： -1. **组成比解耦（生效的机制）**：抽样用 `t_mix = MIX_S · t_geo`，`MIX_S=0.5` 为常数默认值（env `T2_MIX_S` 可调）；坐标 RMS 目标仍用 `log_interp(rms_a, rms_b, t_geo, scale_damp=0.5)`。MIX_S 是纯常数，t_geo 由 manifest 的时间差现场算出，视图无关（时间整体平移不影响）。-   - 依据：时间线性混合假设发育匀速；proxy 上 copy_last（纯早端）cell_state 49.3 高于 mix（t 线性）的 36.2，说明晚端（E8.0）细胞离目标 E7.25 的转录状态比线性假设更远，早端细胞应占更大比例。这是通用的"早期发育状态变化非线性"机制假设，未使用任何保留阶段信息。-2. **类型内表达插值（PLAN T2EI-01，实现但关闭）**：对共有类型（两端各 ≥5 细胞）算 d_type = mean_b − mean_a，a 端细胞 +t·α·d、b 端细胞 −(1−t)·α·d，clip≥0；env `T2_TYPE_ALPHA`（默认 0）、`T2_TYPE_CENTER`（去共有均值）。-3. 单输入阶段退路：同父节点，直接分层输出最近输入。+1. **分组 RMS 校正（PLAN T2EI-05，符号与 PLAN 假设相反）**：`corr = SHAPE_CORR·(t − t_mix)`，早端对齐云缩到 `target_rms·(1−corr)`、晚端缩到 `target_rms·(1+corr)`；混合后的整体 `scale_to_rms(target_rms)` 保留，故整体 RMS 不变，只改两组的相对尺度。**默认 SHAPE_CORR=−0.8**（env `T2_SHAPE_CORR`）：PLAN 假设正系数（早端缩小），但 proxy 实测正系数全部劣于基线（0.1→59.67、0.2→59.52、0.3→59.43、0.5→58.85，基线 59.88），负系数单调改善（−0.15→60.30、−0.3→60.68、−0.5→61.26、−0.8→61.48、−1.0→61.50 平台）。解释：MIX_S=0.5 下 80% 细胞来自早端且两端都被缩到同一 target_rms，混合云的占据域相对目标收缩（occupancy_dice 0.80），把占多数的早端云放大反而恢复二阶形状矩与占据。+2. **z 扩散插值（w=0.5，env `T2_Z_INTERP`）**：每组 z 列的 RMS 按 w 向 `log_interp(z_rms_a, z_rms_b, t, damp)` 混合。procrustes3d 的三维旋转会拧斜离散切片轴，z 是形状失配的主要方向之一；单独 w=0.5（SHAPE_CORR=0）已把 d2_shape 0.028→0.021、board 59.88→60.03，与分组校正叠加有效。++单输入退路不变（不混合、不校正）。类型内表达位移（T2_TYPE_ALPHA）保留但默认 0（父节点已证伪）。  ## 机制对照（同一程序，env 开关） -- **α 对照（PLAN 要求的 mechanism_off）**：`T2_TYPE_ALPHA=0` 输出与父节点代码逐位相同（X、坐标 max diff = 0），A 半查分 56.42（父正式分 57.23 为 B 半，差在噪声内，回归正确）。α=0.25/0.5/1.0（含 center 变体）cell_state 单调下降 36.2→30.0→27.3→23.4，board 54.3/52.8/54.8/48.5：**类型内位移在本榜有害**，证据是每型 ||d|| 不同（13.6–26.1，型特异而非常数位移）、63.7% 细胞被移位，但 mmd_u 0.017→0.022、variogram 0.031→0.078 均变差——端点细胞沿伪批量方向平移会离开真实表达流形。故提交默认 α=0。-- **MIX_S 扫描（seed 0，A 半）**：1.0→56.42，0.75→58.59，0.5→**59.88**，0.375→58.92，0.25→58.80。cell_state 随 MIX_S 降单调升（36→55），shape_scale 降（75→66，d2_shape 变差），0.5 处净最优。-- **MIX_S=0.5 种子稳健性**：seed 0/1/2 = 59.88 / 59.63 / 59.42（均值 59.64；对照组种子噪声 56.42/56.57，约 0.15）。-- **scale_damp 重调（MIX_S=0.5）**：0.35→64.2、0.5→68.5、0.65→61.4（shape_scale 组），0.5 仍最优，保持父值。+- **关闭对照**：`T2_SHAPE_CORR=0 T2_Z_INTERP=0` 输出与 node 3 逐位相同（X、坐标 max diff = 0），A 半 59.88 = 父 A 半。重构无回归。+- **机制生效证据**：(a) d2_shape 0.0280 → 0.0190（−0.8），PLAN 预期方向达成（目标 ≤0.01 未完全达到，剩余失配推测为各向异性/xy 形状差）；(b) 输出中两组 RMS 分离（−0.8 时早端 153.1、晚端 132.5，target 149.2；混合前目标差为 2·|corr|·target_rms≈47.7，整体重缩放后余 ≈20.6）；(c) 四组分（A 半 seed 0）：shape_scale 68.53→75.41（+6.9），occupancy_dice 0.802→0.852，cell_state 52.56 不变、expression_change 60.17 不变（表达式未动，±0 符合预期），local_spatial 58.27→57.77（−0.5，噪声内）。+- **与 PLAN 的差异如实报告**：PLAN 指定扫描正 SHAPE_CORR∈{0.1,0.2,0.3,0.5}，全部劣化且 d2_shape 不动（0.0272–0.0291）——PLAN 假设的“早端偏小”方向错误；负方向为扫描发现的实证修正，机制形式（乘性、分组、∝(t−t_mix)）与 PLAN 一致。z 插值是 PLAN 外的补充机制（同族：坐标二阶矩校正）。++## 查分记录（proxy A 半，seed 0，除注明外）++| 配置 | board | shape_scale | d2_shape | occupancy |+|---|---:|---:|---:|---:|+| 基线（node3 逐位） | 59.88 | 68.53 | 0.0280 | 0.802 |+| SHAPE_CORR=+0.1/+0.2/+0.3/+0.5 | 59.67/59.52/59.43/58.85 | 67.6/67.3/67.0/64.9 | ~0.027 | 0.78→0.73 |+| Z_INTERP=0.5（corr=0） | 60.03 | 69.84 | 0.0205 | 0.786 |+| Z=0.5, CORR=−0.15/−0.3 | 60.30/60.68 | 70.96/72.45 | 0.019/0.018 | 0.796/0.815 |+| Z=0.5, CORR=−0.5 | 61.26 | 74.55 | 0.0180 | 0.840 |+| **Z=0.5, CORR=−0.8（提交）** | **61.48** | **75.41** | 0.0190 | 0.852 |+| Z=0.5, CORR=−1.0 | 61.50 | 75.51 | 0.0203 | 0.856 |+| 提交配置 seed 1 | 60.67 | 73.72 | – | – | -四组分变化（A 半，seed 0，对照→本节点）：expression_change 59.8→60.2，cell_state 36.2→52.6，local_spatial 54.5→58.3，shape_scale 75.2→68.5。+seed 0/1 均值 61.08 vs 基线 59.88（+1.2）；seed 间波动 ~0.8（大于父节点报告的 0.15，因坐标校正放大了抽样差异），增益主要来自 shape_scale +5~7，远超噪声。查分额度用尽（20/20，其中 4 次因输出管道故障对同一批文件重复查分），seed 2 未验证。  ## 验证过 / 没验证过 -- 验证过：proxy 视图跑通 + vec-check ok + 逐位回归（α=0、MIX_S=1 = 父节点）；MIX_S=0.5 三种子稳定；运行时 ~2 s、内存 <1 GB，远低于 limits。-- 没验证过：final 视图（E7.25+E8.0→E7.5，t_geo=1/3 → t_mix=1/6）无法本地查分；MIX_S=0.5 是 proxy 单点扫描的最优，A/B 半差距与 final 迁移有风险，但 3.2 分增益大于 ~0.2 的种子噪声、也大于任务书给的 ~1 分噪声带。shape_scale 的下降（−6.7）已计入净收益。-- 未做：MIX_S 细扫（0.4–0.6）与 d2_shape 的组成感知补偿。+- 验证过：默认配置跑通 proxy（~2 s、内存 <0.5 GB）、vec-check ok、关闭对照逐位等于 node 3、默认输出逐位等于扫描时的 −0.8 配置、seed 1 可复现且增益保持。+- 没验证过：final 视图（t_geo=1/3，corr=−0.8·(1/3−1/6)=−0.133；校正随 t 差自然缩放，方向合理但未实测）；seed 2；Z_INTERP 与 SHAPE_CORR 的联合细扫（z 固定 0.5 扫 corr）；−0.8 与 −1.0 在 A 半并列，取 −0.8 为平台内侧更保守值。+- 风险：负系数在 proxy 上单调到平台，若 final 的括号几何不同（真实 E7.25↔E8.0 增长更快），−0.133 的组间尺度差可能偏大；但校正幅度 ∝ (t−t_mix)，t 越小自动越弱。  ## 知识来源 -仅通用机制知识：早期哺乳动物胚胎发育中转录状态变化速率非匀速（原肠胚形成期变化快），支持组成比相对时间比的非线性收缩；无保留阶段/基因型的任何测量信息。查分只用 `vec-score --task T2:embryo:val_interp`（额度用了 8 次，含对照与扫描）。+- 胚胎发育中整体尺寸随时间单调增长、不同谱系空间占位随发育重排：通用发育生物学机制知识（不针对禁窗阶段的定量信息）。+- z 为离散切片轴、三维旋转会拧斜切片：任务方法卡（T2 方法卡“坐标系”节）。+- 其余全部参数由 proxy 视图现场扫描确定，未使用任何保留阶段/基因型信息。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex 9729837..ae11c49 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,3 +1,8 @@-# mix + 组成比收缩（T2:embryo:val_interp）+# mix + 组成比收缩 + 分组 RMS / z 扩散坐标校正（T2:embryo:val_interp） -父节点 mix（procrustes3d, scale_damp=0.5）基础上把组成抽样比与几何比解耦：t_mix = 0.5·t_geo（常数 MIX_S，env T2_MIX_S 可调），RMS 缩放仍用 t_geo。PLAN 的类型内表达位移已实现（env T2_TYPE_ALPHA / T2_TYPE_CENTER），proxy 实测单调有害，默认 α=0（逐位等于父节点）。详见 METHOD.md。+node 3（mix, procrustes3d, scale_damp=0.5, t_mix=0.5·t_geo）基础上加两个纯坐标校正：++1. 分组 RMS 校正：早端云缩到 target_rms·(1−corr)、晚端 target_rms·(1+corr)，corr=SHAPE_CORR·(t−t_mix)，默认 SHAPE_CORR=−0.8（env `T2_SHAPE_CORR`；正方向为 PLAN 假设、实测劣化，负方向为 proxy 扫描最优）；混合后整体 RMS 不变。+2. z 扩散插值：每组 z 列 RMS 按 w=0.5（env `T2_Z_INTERP`）向 log_interp(z_a, z_b, t, damp) 混合，修正 procrustes3d 对离散切片轴的拧斜。++两个开关同时置 0 时输出逐位等于 node 3。proxy A 半 seed 0：59.88→61.48，shape_scale 68.5→75.4。详见 METHOD.md。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex b14e3b5..b3682ee 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -17,8 +17,23 @@ An optional within-type expression shift (d_type = mean_b - mean_a per shared type, ALPHA damping, env T2_TYPE_ALPHA, default 0 = off; env T2_TYPE_CENTER removes the delta's shared component) was tested per PLAN T2EI-01; on the proxy it monotonically hurt cell_state (36.2 -> 30.0 -> 27.3 for ALPHA-0.25/0.5 uncentered), so it ships off and the default output is bitwise the-parent's mix with MIX_S=0.5.+0.25/0.5 uncentered), so it ships off.++Node 4 (this version): recovers the shape_scale lost by MIX_S=0.5 with two+coordinate-only corrections, both proportional to time deltas (view-+independent) and both off-by-default reproducible (envs T2_SHAPE_CORR=0 and+T2_Z_INTERP=0 give the node-3 output bitwise):+1. Per-group RMS correction (PLAN T2EI-05): corr = SHAPE_CORR*(t - t_mix);+   the early cloud is scaled to target_rms*(1-corr), the late cloud to+   target_rms*(1+corr); the post-mix rescale keeps overall RMS unchanged.+   Proxy scan found the optimum at NEGATIVE SHAPE_CORR (early group larger),+   opposite to the PLAN hypothesis: with 80/20 early-biased composition the+   mixed occupancy was too contracted; SHAPE_CORR=-0.8 shipped.+2. Z-spread interpolation (T2_Z_INTERP=w, default 0.5): each group's z column+   RMS is blended w toward log_interp(z_rms_a, z_rms_b, t, damp), fixing the+   slice-axis spread that procrustes3d rotation and uniform scaling distort.+Proxy A-half seed 0: shape_scale 68.5 -> 75.4, d2_shape 0.028 -> 0.019,+occupancy_dice 0.80 -> 0.85, board 59.88 -> 61.48 (seed 1: 60.67).  If the target is not bracketed, falls back to the latest input before it. """@@ -41,12 +56,14 @@ from src.task2_spatial.view_io import board_params, interp_bracket, load_manifes  PARAMS = {"align": "procrustes3d", "scale_damp": float(os.environ.get("T2_SCALE_DAMP", "0.5"))} MIX_S = float(os.environ.get("T2_MIX_S", "0.5"))+SHAPE_CORR = float(os.environ.get("T2_SHAPE_CORR", "-0.8"))+ZI = float(os.environ.get("T2_Z_INTERP", "0.5")) ALPHA = float(os.environ.get("T2_TYPE_ALPHA", "0.0")) CENTER = bool(int(os.environ.get("T2_TYPE_CENTER", "0"))) MIN_TYPE_CELLS = 5  -def mix_pipeline(stage_a, stage_b, t, params, mix_s, alpha, center):+def mix_pipeline(stage_a, stage_b, t, params, mix_s, alpha, center, shape_corr=0.0, z_interp=0.0):     t = float(t)     t_mix = float(np.clip(t * mix_s, 0.0, 1.0))     damp = float(params.get("scale_damp", 1.0))@@ -57,8 +74,23 @@ def mix_pipeline(stage_a, stage_b, t, params, mix_s, alpha, center):     rms_a = rms_radius(stage_a.coords)     rms_b = rms_radius(stage_b.coords)     target_rms = log_interp(rms_a, rms_b, t, damp)-    ca = scale_to_rms(aligned_a, target_rms)-    cb = scale_to_rms(aligned_b, target_rms)+    # Per-group RMS correction (PLAN T2EI-05): corr = shape_corr*(t - t_mix);+    # group targets target_rms*(1-corr) / (1+corr). The post-mix rescale keeps+    # overall RMS at target_rms, so only the relative group scale shifts.+    # shape_corr=0 reproduces the previous behaviour bitwise. Shipped value is+    # negative (-0.8, proxy-optimal: early group larger under MIX_S=0.5).+    corr = float(shape_corr) * (t - t_mix)+    ca = scale_to_rms(aligned_a, target_rms * (1.0 - corr))+    cb = scale_to_rms(aligned_b, target_rms * (1.0 + corr))+    if float(z_interp) > 0.0:+        zt = log_interp(rms_radius(stage_a.coords[:, 2:3]), rms_radius(stage_b.coords[:, 2:3]), t, damp)+        w = float(z_interp)+        for cx, src in ((ca, stage_a.coords), (cb, stage_b.coords)):+            zs = rms_radius(src[:, 2:3])+            cz = rms_radius(cx[:, 2:3])+            tgt = (1.0 - w) * cz + w * zt+            if cz > 1e-8:+                cx[:, 2] = cx[:, 2] * (tgt / cz)     lo, hi = int(params["min_cells"]), int(params["max_cells"])     n = interp_count(stage_a.n, stage_b.n, t, lo, hi, float(params.get("count_damp", 1.0))) @@ -81,8 +113,11 @@ def mix_pipeline(stage_a, stage_b, t, params, mix_s, alpha, center):     coords = _jitter(np.vstack(coord_parts), rng)     coords = scale_to_rms(coords, target_rms)     info.update(-        t=t, t_mix=t_mix, mix_s=mix_s, alpha=alpha, n=int(expr.shape[0]),+        t=t, t_mix=t_mix, mix_s=mix_s, alpha=alpha, shape_corr=float(shape_corr), corr=corr, z_interp=float(z_interp),+        n=int(expr.shape[0]),         rms_a=rms_a, rms_b=rms_b, target_rms=target_rms, out_rms=rms_radius(coords),+        rms_out_a=rms_radius(coords[: ia.size]) if ia.size else None,+        rms_out_b=rms_radius(coords[ia.size:]) if ib.size else None,         scale_damp=damp, align=align, n_from_a=int(ia.size), n_from_b=int(ib.size),     )     return expr, coords.astype(np.float32), info@@ -131,8 +166,8 @@ def main() -> None:     stage_a = read_stage(args.data, a, genes)     stage_b = read_stage(args.data, b, genes)     params = board_params(manifest, "mix", PARAMS, args.seed)-    expr, coords, info = mix_pipeline(stage_a, stage_b, t, params, MIX_S, ALPHA, CENTER)-    keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "t_mix", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "n_from_a", "n_from_b")}+    expr, coords, info = mix_pipeline(stage_a, stage_b, t, params, MIX_S, ALPHA, CENTER, SHAPE_CORR, ZI)+    keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "t_mix", "shape_corr", "corr", "z_interp", "n", "rms_a", "rms_b", "target_rms", "out_rms", "rms_out_a", "rms_out_b", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align", "n_from_a", "n_from_b")}     print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep}, default=float), file=sys.stderr)     write_t2(args.out, expr, coords, genes, seed=args.seed) 

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。总结：

**做了什么**：按 PLAN T2EI-05 实现分组 RMS 校正（env `T2_SHAPE_CORR`，corr ∝ (t−t_mix)），并补充了 PLAN 外的 z 扩散插值（`T2_Z_INTERP=0.5`）。PLAN 假设的正系数在 proxy 上全部劣化（59.67→58.85，d2_shape 不动、occupancy 掉），扫描发现**负**方向单调改善至 −0.8/−1.0 平台；提交 SHAPE_CORR=−0.8 + Z_INTERP=0.5。两开关置 0 逐位复现 node 3（回归通过），默认输出逐位等于扫描配置，vec-check ok，运行 ~2 s。

**查分**（proxy A 半，20/20 用尽，其中 4 次因管道故障浪费在重复查分）：基线 59.88 → 提交配置 seed 0 **61.48**（shape_scale 68.5→75.4，d2_shape 0.028→0.019，occupancy_dice 0.80→0.85，cell_state/expression 不变，local_spatial −0.5）；seed 1 = 60.67，均值 +1.2。seed 2 未验证（额度用尽）。

**下一步最值得试**：① seed 2 复核与 Z_INTERP×SHAPE_CORR 联合细扫（z 固定 0.5 未扫过）；② d2_shape 剩余 0.019 的失配是各向异性的（xy 二阶矩/elongation 分组校正）；③ local_spatial 略降，可对晚端细胞的坐标做近邻保持处理；④ final 迁移检查：corr 幅度 ∝ t−t_mix 自动缩小，方向应成立。

调研员

If the shape difference between stages is anisotropic (different elongation axes, not just RMS), isotropic per-group scaling will only partially recover d2_shape; Engineer should log d2_shape per setting to confirm the trend. Over-correction (SHAPE_CORR > 0.5) could distort local_spatial neighbourhoods; monitor local_spatial alongside shape_scale. Proxy-optimal SHAPE_CORR may not transfer to final (t_geo = 1/3 vs proxy 0.4); keep the correction proportional to (t_geo − t_mix) so it scales naturally with t. If all SHAPE_CORR values fail to improve shape_scale by > 1 point, ship SHAPE_CORR=0 (bitwise parent) rather than a marginal change.",
  "family_id": "T2EI-05",
  "mechanism": "Per-group isotropic RMS scaling before mixing: the early-stage cloud is scaled slightly below target_rms and the late-stage cloud slightly above, in proportion to the composition–geometry gap (t_geo − t_mix), so the mixed cloud's second-order shape moments match the time-interpolated target despite the non-uniform cell ratio.",
  "vs_constant_shift": "Not an additive displacement; it is a multiplicative, group-specific scale factor that changes the relative spatial weight of each endpoint in the mixed cloud. The two groups receive different corrections, and the correction magnitude is coupled to (t_geo − t_mix), not a free constant applied uniformly to all cells.",
  "mechanism_evidence": "Engineer should report: (a) d2_shape per SHAPE_CORR setting (expect decrease from 0.028 toward ≤ 0.01), (b) per-group RMS in the output (should differ by ≈ 2·corr·target_rms), (c) four-group scores showing shape_scale recovery with cell_state unchanged (±1), (d) local_spatial stable or improved. If d2_shape does not move, the mechanism is not engaging.",
  "mechanism_off_control": "Set T2_SHAPE_CORR=0 → corr = 0 → both groups scaled to target_rms → output bitwise identical to node 3 (max coord diff = 0). Expected difference: zero; any non-zero diff indicates a regression in the refactored pipeline."
}
```

审查员

REVIEW.json written