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节点 n33

改了什么

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 888c5b8650:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 7450da4bce。改动的文件：solution/METHOD.md +7 −8、solution/run.py +2 −2

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 5007fd5..b5ecb31 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,12 +1,11 @@ ## 改了什么-相对父节点的全部改动：-1. 移除严格 addnz 约束：原来只在非零位点写入修改，现在对零位点增加阈值激活机制——当解码值超过该基因所有细胞解码值的第80百分位且绝对值>0.1时，以 ZERO_ACT_BLEND=0.4 的比例写入，允许预测新激活的DE基因；-2. BLEND_DECODED 从 0.25 提升到 0.30，增加非零位点的DE信号传递；-3. N_HVG 从 2000 增加到 3000，扩大VAE覆盖的基因范围，使更多潜在DE基因进入模型。+相对父节点只改一处（零位点激活机制的参数）：+1. ZERO_ACT_PERCENTILE 从 80 提高到 95：只有解码值超过该基因所有细胞第95百分位时才考虑激活，大幅减少伪激活位点数量；+2. ZERO_ACT_BLEND 从 0.4 降到 0.1：即使触发激活，写入比例也极小，最小化对基因间共变结构的破坏。 -理由：de_recovery 45.16 是最弱分组（比 ot_moscot 低 6.22），直接原因是 addnz 阻止了对零→非零转变的预测。阈值激活在保守性和DE恢复之间取平衡：只在解码器高置信度预测表达时才写入，避免噪声破坏 cell_state。+理由：父节点 ANALYSIS 明确指出 covariation -7.08 是最大损失，疑似零位点激活引入系统性共变失真。建议"把 ZERO_ACT_PERCENTILE 从 80 提到 95、ZERO_ACT_BLEND 从 0.4 降到 0.1"。保留 N_HVG=3000 和 BLEND_DECODED=0.30 不变，以隔离该机制的效果并保留 cell_state 增益。  ## 用到的知识与出处-- 父节点 ANALYSIS 的 next_suggestions 第2条：放开 addnz 限制，允许在原始为零但 HVG 解码值高的位点写入表达。-- 方法卡 k035：HVG 训练，非 HVG 保留；高斯 VAE 在 log1p(CP10k) 上工作。-- Lopez R. et al. scVI, Nat Methods 2018：VAE 框架。+- 父节点 ANALYSIS 的 next_suggestions 第1条：回退或保守化零位点激活，单独评估对 covariation 的影响。+- 父节点 ANALYSIS lessons 第3条：在零位点按解码值写入表达会直接改变基因间相关性结构。+- 父节点 ANALYSIS lessons 第4条：两组此消彼长时应优先保住分值更高的组（covariation 权重 20% vs cell_state 30%，但 covariation 损失远超 cell_state 增益）。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 77632b3..6ad8a1d 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -50,8 +50,8 @@ LR = 1e-3 K_NEIGHBORS = 20 LAMBDA = 0.5 BLEND_DECODED = 0.30-ZERO_ACT_BLEND = 0.4-ZERO_ACT_PERCENTILE = 80.0+ZERO_ACT_BLEND = 0.1+ZERO_ACT_PERCENTILE = 95.0 ZERO_TRANSITION = int(os.environ.get("ZERO_TRANSITION", "0")) N_THREADS = 8 

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

native

审查员

REVIEW.json written

stream

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{"name": "Bash", "arguments": {"command": "find /home/spark-longxinyang/.local/state/vec-report/calls/2-202908-search-t1-scr-C-n33-075de2/work -type f | head -30"}}
</tool_call>
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{"name": "Bash", "arguments": {"command": "ls /home/spark-longxinyang/.local/state/vec-report/calls/2-202908-search-t1-scr-C-n33-075de2/work/solution/ 2>/dev/null || echo \"no solution dir\""}}
</tool_call>