节点 n17

1. 在 X3（心脏，E8.75→E9.0→E9.5，exponent=2）上，稀疏稳定性过滤的表达差值外推使 covariation 49.70→46.41、总分 49.00→48.39，即使只改高 z 基因也净受损。
2. 在 X3 上，按增长率外推类型组成使 cell_state 51.22→31.3、covariation 49.70→42.79、总分 49.00→40.65；外推 2 步（exponent=2）放大组成误差，任何非零组成修改都极其有害。
3. 本节点回退后所有分组 delta 恰为 0.00（而非在 ±2 噪声内波动），确认评分确定性：相同输出得相同分，该分支三轮净收益为零，浪费了两次试错预算。
4. 当同一数据上表达修改和组成修改两条外推路线都被实验否定时，纯分层 copy_last（max_cells + 精确类型比例抽样）是该组件的强局部最优，继续在其邻域微调难以超过 49.00。

1. 放弃在 X3 上对 copy_last 输出做表达或组成的任何全局/分型变换；若要再动，只做协方差保结构的操作（如对细胞做无放回子集选择以外的重排序不改变任何统计量，预计无收益，不建议再试）。
2. 把预算转向其他组件或其他方法族：例如 per-gene 分位数对齐（把 last 的每个基因分布对齐到前两个时间点的插值分布），仅当有把握不破坏基因间协变时小步试（alpha≤0.01），针对 covariation/cell_state 组。
3. 在方向库中把'X3 上 copy_last + 分层抽样 = 49.00 为已验证基线，表达外推与组成外推均已证伪'记为知识条目，避免后续节点重复本分支的三次试错。

ANALYSIS.json written

The growth adjustment was catastrophic (cell_state 51.22→31.3). Both expression shifts and composition changes hurt. Reverting to pure stratified copy_last (the parent's proven behavior at 49.00).

```METHOD
## 改了什么
相对父节点（分层 copy_last）的全部改动：
1. 第 0 轮尝试稀疏稳定性过滤差值外推：covariation 从 49.70 降到 46.41，de_recovery 和 direction 未改善，总分 48.39 < 49.00。结论：即使只动高 z 基因，表达值修改仍损害 covariation。
2. 第 1 轮尝试组成增长率外推：cell_state 从 51.22 暴跌到 31.3，covariation 从 49.70 降到 42.79，总分 40.65。结论：组成变化在 X3（心脏数据，E8.75→E9.0→E9.5，exponent=2）上极其有害。
3. 本轮：完全回退到纯分层 copy_last（与父节点相同逻辑），去掉所有表达和组成修改。保留分层抽样和 max_cells 策略。
## 用到的知识与出处
- 第 0、1 轮实验反馈：表达修改损害 covariation；组成修改损害 cell_state；在 X3 上纯 copy_last 仍是最安全的基线
- k018：收缩系数思想；但实验证明在 X3 上任何非零收缩都不如不收缩
- 任务书：视图无关要求；预测的是一群细胞，要保留分布和比例
```

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#!/usr/bin/env python3
"""Stratified copy_last with growth-adjusted composition.

When two input stages exist, per-type growth ratios are estimated from
proportion changes and extrapolated to the target time.  This adjusts
sampling proportions without modifying any expression values, preserving
covariation while providing directional composition signal.
With one input stage, degrades to pure stratified copy_last.
"""

from __future__ import annotations

import argparse

import numpy as np

from src.task1_temporal.view_io import (
    inputs_by_time,
    load_manifest,
    panel_genes,
    read_stage,
    write_prediction,
)

ENABLE_GROWTH = True

（只摘前 40 行）